O eucalipto é a arbórea mais cultivada no mundo para a exploração comercial de madeira. No Brasil, a principal espécie do gênero Eucalyptus utilizada é E. grandis, cujo cultivo, principalmente de híbridos com outras espécies, é voltado para a produção de celulose e papel. A relevância econômica do eucalipto para o Brasil e para vários países do mundo tem estimulado avanços científicos e tecnológicos, desde a área de biologia molecular até a silvicultura e a indústria de processamento da madeira. Entre os tópicos de interesse em biologia molecular estão genes e proteínas responsáveis pelo crescimento, pela qualidade da madeira e pela resposta vegetal a estresses ambientais. A família de proteínas Dof (DNA binding with one finger) compreende fatores de transcrição exclusivos de plantas, caracterizados pela presença do domínio Dof de ligação ao DNA, que contém uma estrutura semelhante ao domínio “dedo-de-zinco”. Esses fatores estão relacionados à ativação e à inibição de promotores de genes envolvidos nos mais variados fenômenos metabólicos das plantas tais como desenvolvimento do endosperma, metabolismo de carboidratos, germinação de sementes, desenvolvimento vascular e resposta a fitormônios. Pelo presente trabalho, visou-se caracterizar os fatores de transcrição Dof de E. grandis realizando-se análises filogenéticas com ferramentas de bioinformática, além de ensaios de RT-qPCR para se determinar perfis de expressão relativa dos genes Dof de E. grandis em folhas, caules e raízes de plantas sob diferentes tratamentos bióticos e abióticos que incluíram ABA, NAA, KIN, NaCl e seca. As análises filogenéticas permitiram a identificação de dez pares de genes parálogos no genoma de E. grandis, além de 13 grandes clados e nove pequenos grupos de genes ortólogos entre E. grandis, Arabidopsis thaliana e Populus trichocarpa. Os resultados permitiram-nos sugerir funções aos fatores de transcrição Dof de E. grandis. Os perfis de expressão relativa exibidos levaram-nos a concluir que os genes Dof são expressos em diversos órgãos e apresentam diferentes graus de acúmulo de mRNAs sob diferentes tratamentos. / Eucalypt is the most widely cultivated tree in the world for commercial logging. In Brazil, the main species of the Eucalyptus genus used is E. grandis, whose cultivation, mainly done with hybrids, is geared primarily for the production of pulp and paper. The economic relevance of eucalypts in Brazil and many countries worldwide has stimulated scientific and technological advances, from molecular biology to forestry and wood processing industry. Among the topics of interest in molecular biology are genes and proteins responsible for growth, the quality of wood and the plant response to environmental stress. The Dof (DNA binding with one finger) family of proteins comprehends plant exclusive transcription factors characterized by the presence of the DNA binding Dof domain, which is similar to the zinc finger domain. Dof transcription factors are related to the activation and inhibition of the promoters of genes involved in various plant metabolisms such as endosperm development, carbohydrate metabolism, seed germination, vascular development and response to phytohormones. In this study, we aimed to characterize the Dof transcription factors of E. grandis through phylogenetic analyzes using bioinformatic tools, in addition to RT-qPCR assays to determine the relative expression profiles of E. grandis Dof genes in leaves, stalks and roots of plants under different biotic and abiotic treatments that included ABA, NAA, KIN, NaCl and drought. Phylogenetic analysis allowed the identification of 10 pairs of paralogous genes in the genome of E. grandis, in addition to 13 major clusters and 9 small groups of orthologous genes between E. grandis, Arabidopsis thaliana and Populus trichocarpa, which allowed us to suggest functions for the E. grandis Dof transcription factors. The relative expression profiles showed that the Dof genes are expressed in various organs and display different degrees of mRNA accumulation under different treatments.

A família Rallidae é representada por aves cosmopolitas popularmente conhecidas como saracuras, sanãs, carquejas, galinhas-d`água e frangos-d`água. Compreende cerca de 135 espécies distribuídas em 33 gêneros, dos quais 13 são monotípicos. As relações filogenéticas baseadas em caracteres morfológicos e dados moleculares indicam diferentes afinidades entre os membros da família, principalmente na posição dos gêneros Rallus, Porphyrio, Gallinula e Fulica. Neste estudo, focado em espécies Neotropicais da família, uma nova análise filogenética baseada em caracteres osteológicos é proposta. Uma amostra de 100 esqueletos de 13 gêneros e 31 espécies foi analisada. No total 50 caracteres foram codificados, dos quais 17 são cranianos e 33 pós-cranianos para a construção de uma matriz e subseqüente análise filogenética de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados árvores de consenso estrito e consenso de maioria. A primeira gerou 151 árvores igualmente parcimoniosas com 99 passos. A análise com método de pesagem sucessiva dos caracteres obteve melhores resoluções entre as espécies amostradas. A topologia do cladograma permite a validade de determinados gêneros como entidades monofiléticas, como Rallus, Porphyrio, Aramides, Gallinula e Fulica. O posicionamento de Porphyrio como um ramo basal dentro da subfamília Rallinae foi suportado e suas relações interespecíficas demonstram que as espécies do Novo mundo são mais proximamente relacionadas do que P. porphyrio, permitindo a inclusão taxonômica de Porphyrula. A relação próxima entre as espécies do gênero Gallinula e Fulica foi corroborada, no entanto, G. melanops é um ramo basal do clado que inclui as espécies de Fulica, indicando que uma mudança taxonômica é necessária. A relação entre as espécies de Rallus e Pardirallus é distante e não suporta a inclusão das espécies de Pardirallus em Rallus. As maiores discordâncias da filogenia proposta em comparação com estudos moleculares referem-se à posição interna dos membros de Porphyrio e suas relações com outros gêneros / The family Rallidae is represented by cosmopolitan birds commonly known as wood-rails, crakes, coots, gallinules and swamp hens. It comprises around 135 species, distributed in 33 genera, of which 13 are monotypics. The phylogenetic relationships based on morphological characters and molecular parameters indicate different affinities among family species, mainly the position of the genera Rallus, Porphyrio, Gallinula and Fulica. In this study, focused on the Neotropical species of the family, a new phylogenetic analysis based on osteological characters is proposed. A sample of 100 skeletons of 13 genera and 31 species was analyzed. A total of 50 characters was codified, of which 17 were cranial and 33 post-cranial to provide a matrix construction and a subsequent phylogenetic analysis according to the principle of parsimony. A strict consensus and a majority rule consensus tree were calculated. The former generated 151 equally parsimonious trees with 99 steps. The successive weighting approach analyses of characters obtained better resolutions around the sampled species. The cladogram topology allows the acceptance of some genera as valid monophyletic groups, such as Rallus, Porphyrio, Aramides, Gallinula and Fulica. The position of Porphyrio as a basal branch within the subfamily Rallinae was supported and the interspecific relationships show that New World species were more closely related than P. porphyrio, allowing the taxonomic inclusion of Porphyrula. The close relationship between the species of Gallinula and Fulica was corroborated, but G. melanops is a basal branch of a clade that includes Fulica species, indicating that a taxonomic change is needed. The relationship of Rallus and Pardirallus is distant and so does not support the inclusion of Pardirallus species in Rallus. The major discordances of the proposed phylogeny in comparison with molecular studies concern the internal position of the Porphyrio members and their relationships with other genera.

Os gaviões buteoninos são aves pertencentes à família Accipitridae de distribuição cosmopolita, mas predominante na região Neotropical. Nas classificações mais tradicionais, os buteoninos incluem os gêneros Buteo, Busarellus, Buteogallus, Geranoaetus, Geranospiza, Harpyhaliaetus, Leucopternis e Parabuteo. Recentemente, dados moleculares agregaram a este subgrupo os gêneros Ictinia e Rosthramus, historicamente considerados como pertencentes a outro subgrupo da família, popularmente conhecido como kites. Neste trabalho, foi realizado um estudo da anatomia comparada do esqueleto craniano de representantes da família Accipitridae e, entre eles, amostrados os táxons historicamente relacionados aos buteoninos. Para tanto, foram analisados 98 esqueletos cranianos, totalizando 45 espécies de representantes da ordem Falconiformes, sendo selecionadas 34 como espécies terminais para as análises filogenéticas. Foram codificados 59 caracteres do esqueleto craniano para a construção da matriz, sendo esta posteriormente submetida à análise filogenética e otimização dos caracteres, de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados diagramas de consenso estrito e de maioria e, em uma análise adicional, foram realizados procedimentos de ponderação sucessiva dos caracteres. Os resultados permitem o reconhecimento da subfamília Buteoninae sustentada por quatro sinapomorfias e composta pelos gêneros: Buteo, Geranoaetus, Buteogallus, Harpyhaliaetus Leucopternis e Parabuteo. Dessa maneira, o resultado aqui obtido é parcialmente discordante da maioria dos estudos moleculares sobre o grupo, uma vez que os gêneros Ictinia, Rosthramus e Geranospiza não aparecem como componentes deste clado, enquanto o gênero Busarellus mostra-se como o táxon mais basal do componente irmão de Buteoninae. / The buteonine hawks are members of the family Accipitridae with a worldwide distribution but mainly restricted to the Neotropics. Traditionally, the buteonine group has included the genera Buteo, Busarellus, Buteogallus, Geranoaetus, Geranospiza, Harpyhaliaetus, Leucopternis and Parabuteo. Recently, molecular data has indicated that two other genera, Ictinia and Rosthramus, should be incorporated in this subgroup, although historically these have been treated as representative of another family subgroup, commonly known as kites. A comparative anatomical study was made on the cranial skeleton of representatives of the family Accipitridae, including those taxa historically related to the buteonine hawks. A sample of 98 cranial skeletons of 45 species representative of the order Falconiformes was analysed, and 34 of these were selected as terminal species in the phylogenetic analyses. A total of 59 characters were used to construct a data matrix which was submitted to a phylogenetic analysis and character optimization according to the principle of parsimony. Strict and majority rule consensus trees were calculated, and in an additional analysis, successive weighting approaches were conducted. The results permit the recognition of the subfamily Buteoninae supported by four synapomorphies and comprising the genera: Buteo, Geranoaetus, Buteogallus, Harpyhaliaetus Leucopternis and Parabuteo. However, the analysis does not fully support the relationships indicated by the molecular data for the group, since the genera Ictinia, Rosthramus and also Geranospiza are excluded from this clade, while the genus Busarellus appears as the most basal taxon of the sister group to the Buteoninae.

Na pesquisa evolutiva do grupo Hydrozoa, um dos maiores desafios continua sendo a proposta de relações históricas entre grandes grupos. A partir de um ciclo de vida \"tradicional\" nos Medusozoa, determinado pela metagênese (a geração da fase adulta pelágica de medusa a partir de um pólipo bentônico), as linhagens apresentam espécies com formas alternativas de ciclo de vida e uma riqueza de espécies diversa, sendo destacado o grupo mais rico em espécies, os Leptothecata. Novos dados moleculares para diversas espécies de Hydrozoa, e principalmente de Leptothecata, foram gerados para combinar com informação genética já disponível. A partir de matrizes multilocus e individuais gênicas de marcadores ribossomais, foram realizadas diferentes análises para inferir e avaliar filogenias, assim como também para definir e estabelecer o impacto dos métodos utilizados na qualidade dos estudos filogenéticos desenvolvidos para Hydrozoa em geral, e Leptothecata de forma específica. Os resultados permitem propor novas relações sistemáticas básicas nos Hydroidolina, assim como uma nova classificação taxonômica para uma das suas linhagens principais, os Leptothecata. A partir do cenário filogenético obtido, são discutidos fenômenos que podem ter promovido o padrão macroevolutivo do grupo dos leptotecados. Desafios e questões de genética evolutiva, que podem ser de grande relevância na evolução do grupo, são apresentados como vínculo temático para futuros estudos no capítulo final / In modern evolutionary research considering lineages such as the Hydrozoa, one of the major challenges is the proposal of historical relationships between their main groups. From a \"traditional\" life cycle in Medusozoa, defined by a metagenesis process (the generation of a pelagic adult phase from a benthic polyp), the lineages exhibit a diverse array of life cycles and species richness, with Leptothecata being considered the richest group in number of species. New molecular data for diverse Hydrozoa species, particularly from Leptothecata, were generated to combine with available genetic information. From new multilocus and single gene matrices of ribosomal markers, different analyses were created to infer and evaluate phylogenies, as well as to define and establish the impact of used methods on data treatment and nodal support to Hydrozoa, and more specifically, Leptothecata.The results allow proposing new basic systematic relationships in Hydroidolina, as well as a new taxonomic classification for Leptothecata. From this phylogenetic scenario, potential phenomena that may have promoted the macroevolutionary pattern of the group are presented and discussed. Questions and challenges from evolutionary genetics, which may be relevant in the evolution of the group, are presented as nexus for future studies in the final chapter

Foi realizado um estudo das relações filogenéticas de Stygarctidae e Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) seguindo-se os princípios e métodos henniguianos. Foram selecionados na literatura os caracteres morfológicos utilizados para os dois grupos: 61 caracteres (43 binários e 18 multiestado) para 17 táxons terminais, de Stygarctidae, ao nível de espécie, e 40 caracteres (31 binários e 9 multiestado) para 10 táxons superiores de Digitopoda. As análises manuais produziram cladogramas totalmente resolvidos com 101 passos evolutivos e índice de consistência 0,86 para Stygarctidae, e 79 passos evolutivos e índice de consistência 0,63 para Digitopoda. Também foram feitas análises numéricas, com o auxílio do programa Hennig 86, comparando-se os resultados destas com as análises manuais. O algoritmo utilizado foi o mhennig*. O consenso de duas árvores de Stygarctidae apresentou topologia idêntica à do cladograma supracitado, com 98 passos evolutivos, índice de consistência 0,77 e índice de retenção 0,82. No caso de Digitopoda, o consenso de duas árvores apresentou uma topologia radicalmente diferente do resultado manual, com 66 passos evolutivos, índice de consistência 0,68 e índice de retenção 0,63. Também foram analisados dois caracteres multiestado, cada um com duas condições apomórficas, para três táxons terminais (nível de espécie) de Orzeliscinae. Neste caso, o cladograma obtido apresentou quatro passos evolutivos e índice de consistência 1. Stygarctidae foi mantido como táxon monofilético, apresentando a seguinte topologia entre os seus gêneros: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda foi subdividido em dois táxons monofiléticos, apresentando a seguinte topologia: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae não é monofilético e Halechiniscinae é um táxon mais restrito, que inclui apenas Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae é redefinido de forma a incluir Paradoxipus, grupo-irmão de Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae inclui também Archechiniscus. Archechiniscinae não é válido. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae e Megastygarctidinae foram eliminados do sistema de Tardigrada / Relationships among the subgroups of Stygarctidae and Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) were invetigated according to hennigian principles and methods. Morphological characters were selected from the literature for these two groups: 61 characters (43 binary and 18 multistate) for 17 species of Stygarctidae and 40 characters (31 binary and 9 multistate) for 10 major groups of Digitopoda. Manual analysis produced fully resolved cladograms with 101 evolutionary steps and consistency index = 0,86 for Stygarctidae, and 79 evolutionary steps and consistency index = 0,63 for Digitopoda. Numerical analysis were done using the software Hennig 86, for comparison with manual analysis. The algoritm mhennig* was used. The consensus tree of two Stygarctidae trees showed identical topology with the manual cladogram, with 98 evolutionary steps, consistency index = 0,77 and retention index = 0,82. The consensus tree of two Digitopoda trees showed a complete different topology from the manual cladogram, with 66 evolutionary steps, consistency index = 0,68 and retention index = 0,63. There were also analysed two multistate characters, each one with two apomorphic conditions, for three Orzeliscinae species. In this case, another fully resolved cladogram with four evolutionary steps and consistency index = 1 was obtained. Stygarctidae was maintained as a monophyletic taxon, showing the following system for its genera: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda, branched into two monophyleitc taxa, showed the following system: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae is not a monophyletic taxon and Halechiniscinae is a more inclusive taxon comprising only Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae includes Paradoxipus, the sistergroup of Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae is monophyletic with the inclusion of Archechiniscus. Archechiniscinae is not valid. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae and Megastygarctidinae are not supported in the system of the Tardigrada

Este estudo propõe hipóteses das relações filogenéticas entre representantes da ordem Psittaciformes, com base em caracteres morfológicos (osteológicos, principalmente cranianos, e anatômicos da siringe), usando o princípio da parcimônia para análise dos dados. Como o conhecimento prévio da anatomia comparada da siringe na ordem ainda é restrito, com sua nomenclatura anatômica confusa, foi feito, primeiramente, estudo anatômico para possibilitar melhor compreensão dos caracteres siringeais utilizados posteriormente nas análises filogenéticas. Neste estudo anatômico é apresentada uma gama de variações antes desconhecidas, que são confrontadas com o conhecimento prévio da morfologia da siringe dos Psittaciformes. Das variações detectadas, parte ocorre em estruturas que, provavelmente, estão envolvidas na produção dos sons, o que deverá ser levado em consideração em futuros estudos de anatomia funcional. As análises filogenéticas efetuadas contaram com 215 siringes e 208 esqueletos, pertencentes 91 espécies de Psittaciformes (distribuídas em 43 gêneros). Esse conjunto de espécimes foi separado em 53 táxons terminais (monofiléticos em relação ao universo amostrado); uma parte deles (11 ao todo) não tiveram sua siringe ou seu esqueleto estudados, e foram aqui denominados terminais incompletos, por possuírem muitos caracteres indeterminados (?). Ao todo foram codificados 101 caracteres variáveis (62 siringeais e 49 esqueléticos), com os quais foram feitas análises com diferentes composições de terminais incompletos, buscando obter hipóteses filogenéticas mais precisas. Para cada análise principal, efetuada com parte dos caracteres multiestados ordenados, foi realizada análise adicional (com todos os caracteres considerados como não-ordenados) visando verificar a influência desses ordenamentos nas topologias. As hipóteses obtidas foram comparadas com as disponíveis na literatura, e diversas congruências foram encontradas, aumentando assim o \"suporte\" de inúmeros componentes recorrentemente resgatados. As opções de ordenamento afetam mais alguns componentes que outros, e as análises adicionais geraram hipóteses menos concordantes com as da literatura. Os caracteres aqui amostrados contêm inúmeras homoplasias, entretanto, a resolução das hipóteses, fortemente congruentes com as filogenias prévias, reforça a importância e a validade dos caracteres morfológicos para recuperações filogenéticas entre os Psittaciformes, ao contrário do alegado por alguns autores. Com base nas hipóteses aqui obtidas e compiladas, algumas recomendações são feitas para tornar a sistemática dos Psittaciformes mais informativa filogeneticamente: a. inclusão de N. nenday no gênero Aratinga; b. inclusão de A. xanthops no gênero Graydidascalus; c. Reconhecimento de duas famílias na ordem: Nestoridae (Nestor e Strigops) e Psittacidae (com os demais Psittaciformes, inclusive com os representantes da antiga família Cacatuidae). / This study proposes hypothesis of phylogenetic relationships among representatives of the Order Psittaciformes, based on morphological characters (osteological, mainly from skull, and anatomical of syrinx), using the Principle of Parsimony for analysis of data. As previous knowledge on the compared anatomy of syrinx in the order is still restricted, with its anatomical nomenclature confused, an anatomical study was first conducted to yield a better comprehension of syrinx characters, used afterwards in phylogenetic analyses. In this anatomical study, an array of variations not known before is presented, which is compared with previous knowledge of syrinx morphology in Psittaciformes. Among detected variations, some occur in structures that are possibly involved in sound production, which will need to be taken into consideration in future functional anatomy studies. Phylogenetic analyses were based on 215 syrinxes and 208 skeletons, belonging to 91 species of Psittaciformes (distributed in 43 genera). This set of specimens was organized in 53 terminal taxa (monophyletic in relation to the sampled universe); part of them (11 in a whole) did not have their syrinx or skeleton studied and are regarded herein as incomplete terminals for processing many undetermined characters (?). In total, 101 variable characters (62 from syrinx and 49 from skeleton) were coded, with which analyses were made varying composition of incomplete terminals to find more precise phylogenetic hypothesis. For each main analysis, done with part of multi-state characters ordered, an additional analysis was done with all multi-state characters unordered to verify the influence of ordering in topologies. Obtained hypothesis were compared with the ones from literature and many congruencies were found, increasing the \"support\" of innumerous components recurrently retrieved. Options of ordering affect more some components than others, and additional analyses generated hypothesis with less agreement with the ones from literature. Characters herein sampled contain various homoplasies but resolution of hypothesis strongly congruent with previous phylogenies reinforces the importance of morphological characters to retrieve phylogenies among Psittaciformes, contrary to what is affirmed by some authors. Based on hypothesis obtained herein, some recommendations are pointed out to make systematics of Psittaciformes more phylogenetic informative: a. inclusion of N. nenday in the genus Aratinga; b. inclusion of A. xanthops in the genus Graydidascalus; c. Recognition of two families in the order: Nestoridae (Nestor and Strigops) and Psittacidae (with remaining Psittaciformes, including representatives of the former family Cacatuidae).

A musculatura esquelética representa um dos principais complexos anatômicos dos vertebrados, contudo, esta fonte de informação é escassamente estudada em alguns grupos de peixes, com o conhecimento atual limitado em observações de aspectos superficiais da musculatura de poucas espécies ou descrições sucintas de componentes miológicos pontuais. Este cenário ilustra o conhecimento em dois importantes grupos de Ostariophysi (Teleostei), os Gymnotiformes e os Siluriformes. Os estudos anatômicos nestas ordens acompanham a tendência dos esforços em outros grupos de Teleostei e apresentam uma ênfase excessiva na osteologia. Outros complexos anatômicos relevantes, como os miológicos, permanecem amplamente desconhecidos. O presente estudo foi concebido objetivando preencher a lacuna no conhecimento da musculatura dorsolateral da cabeça em Gymnotiformes e Siluriformes. Cada ordem é tratada em um capítulo separado, incluindo seções descritivas, comparativas e filogenéticas. O capítulo 1 descreve e ilustra os músculos faciais de 83 espécies de Gymnotiformes. As descrições são acompanhadas por uma análise comparativa destinada a estabelecer relações de homologia. As conclusões nessa parte do estudo estão resumidas em uma lista nomenclatural, incluindo 15 músculos, e os respectivos nomes válidos, mais 18 sinônimos. O estudo anatômico comparativo identificou 56 caracteres miológicos discretos que foram analisados com metodologia filogenética. A topologia resultante da árvore, baseada exclusivamente em caracteres mitológicos, concorda com muitas hipóteses de relacionamentos anteriormente propostas para Gymnotiformes. Em uma segunda análise, os caracteres derivados da miologia foram concatenados com uma matriz fenotípica maior, que inclui caracteres de várias fontes diferentes. Os resultados das análises concatenadas demonstram que os caracteres de miologia facial são altamente informativos para os relacionamentos em Gymnotiformes, especialmente para grupos mais inclusivos. O Capítulo 2 oferece o mesmo tipo de estudo que o Capítulo 1, mas desta vez aplicado a Siluriformes, um grupo muito maior e mais complexo. Uma análise comparativa abrangente dos músculos dorsolaterais da cabeça dos Siluriformes é oferecida, com descrições detalhadas e ilustrações dos músculos faciais de 124 espécies em 39 famílias da ordem. Inúmeros problemas de homologia e nomenclatura são identificados e resolvidos, com a lista sinônima resultante contendo 215 nomes para 44 músculos válidos. Conforme feito para Gymnotiformes, a informação comparativa é organizada em 67 caracteres miológicos. Esses caracteres foram concatenados com um banco de dados morfológico disponível e resultaram em um conjunto de novas sinapomorfias em Siluriformes e discussões sobre novas evidências para os relacionamentos na ordem. Os resultados apresentados neste estudo compreendem na síntese do conhecimento da miologia facial dos Gymnotiformes e Siluriformes através da documentação detalhada dos principais grupos e subgrupos destas ordens. A padronização nomenclatural dos componentes musculares, bem como a proposição de novos caracteres oriundos da miologia, fornecem base para investigações futuras sobre a detecção de potenciais sinais filogenéticos oriundos deste complexo anatômico, além de estimular contribuições direcionadas para a busca em fontes de informações ainda inexploradas em Gymnotiformes e Siluriformes. / Skeletal musculature is among the most important anatomical complexes of vertebrates, however, this source of information is barely explored in most groups of fishes, with knowledge restricted to superficial features in a few species or brief descriptions of specific muscles. Such is the case in two of the most important groups of freshwater fishes, Gymnotiformes and Siluriformes. Anatomical studies in those orders have followed the usual trend in Teleostei, with an inordinate emphasis on osteology. Other relevant anatomical systems, such as myology, remain mostly unknown. The present study attempts to fill this gap by focusing on the head musculature Gymnotiformes and Siluriformes. Each order is treated in a separate chapter, including descriptive, comparative and phylogenetic sections. Chapter 1 describes and illustrates the facial muscles of 83 gymnotiform species. The descriptions are accompanied by a comparative analysis intended to establish relationships of homology. The conclusions in that portion of the study are summarized in a nomenclatural list including 15 muscles and respective valid names, plus 18 synonyms. The comparative anatomical study identified 56 discrete myological characters which were analyzed with phylogenetic methodology. The resulting tree topology, based exclusively on myological characters, agrees with many previously-proposed hypotheses of relationships for Gymnotiformes. In a second analysis, characters derived from myology were concatenated with a larger phenotypic matrix including characters from several different sources. Results of the concatenated analyzes demonstrate that facial myological characters are highly informative for relationships of Gymnotiformes, especially for more inclusive groups. Chapter 2 offers the same kind of study as Chapter 1, but this time applied to Siluriformes, a much larger and more complex group. A comprehensive comparative analysis of the myological components of the dorsolateral head muscles of the Siluriformes is offered, with detailed descriptions and illustrations of the facial muscles of 124 species in 39 families of the order. Countless homology and nomenclatural problems are identified and resolved, with the resulting synonymic list containing 215 names for 44 valid muscles. As done for Gymnotiformes, comparative information is organized into 67 discrete myological characters. Those characters were concatenated with a previously-available morphological database, and resulted in a set of new synapomorphies within Siluriformes and discussions about new evidences for relationships within the order. Results presented herein comprise the synthesis of the knowledge of the facial myology of Gymnotiformes and Siluriformes through the detailed documentation of the main groups and subgroups of these orders. The nomenclatural standardization of muscles, as well as the proposition of new characters form the myology, provide the basis for future investigations on potential phylogenetic signals from this anatomical complex, in addition to motivating contributions directed to the search in sources of information unexplored in Gymnotiformes and Siluriformes.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2015-11-06T19:31:35Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Rafaela Augusta Mouzinho Bordalo.pdf: 3519525 bytes, checksum: c2c6204c8420d2aff0e7e7a06f977edb (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-06T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Rafaela Augusta Mouzinho Bordalo.pdf: 3519525 bytes, checksum: c2c6204c8420d2aff0e7e7a06f977edb (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-03-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / It conducted a taxonomic study for the Culex species nigripalpus based on analyzes imorfológicas and molecular analysis with the "barcode" region of the COI gene. The analysis indicated that individuals in the US and Brazil do not differ as to infer that make up a species complex. In this case, the wide geographic distance did not represent a high genetic and morphological divergence. / Foi realizado um estudo taxonômico para a espécie Culex nigripalpus com base em análises morfológicas e moleculares, com a região "barcode" do gene COI. As análises indicaram que os indivíduos dos EUA e do Brasil não diferem entre si a ponto de inferir que compõem um complexos de espécies. Neste caso, a ampla distância geográfica não representou uma elevada divergência genética e morfológica.

Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) é um gênero sul-americano de peixes de água doce composto por onze espécies reconhecidas, sendo dez delas já descritas formalmente. A maioria dessas espécies ocorre no sul do Brasil nos Biomas Floresta Atlântica e Pampa. Acredita-se que o gênero possua um elevado grau de endemismo, com oito espécies associadas a regiões específicas de distribuição muito restrita. As espécies do gênero habitam ambientes de água doce com baixa correnteza e estão tipicamente associadas à vegetação campestre. Este trabalho teve como objetivo principal estudar e entender os padrões de diversificação em Cnesterodon através da utilização de ferramentas moleculares, e os resultados foram divididos em três manuscritos. No primeiro, foram utilizadas sequências de DNA dos genomas mitocondrial e nuclear para avaliar a estrutura genética e geográfica de C. decemmaculatus, uma espécie amplamente difundida no Bioma Pampa. Os resultados demonstraram que C. decemmaculatus possui uma estrutura genética associada aos amplos sistemas de drenagem do Sul da América do Sul. Esta espécie possui uma história evolutiva recente, com estimativas de divergência entre grupos genéticos entre 0.8 e 0.02 milhões de anos. Reconstruções filogeográficas apontam para um ancestral de C. decemmaculatus originado na Bacia do Uruguai, com posterior colonização para a Bacia do Rio Negro e bacias costeiras do Uruguai, com evidências de eventos de captura de cabeceiras ao longo de sua diversificação no Bioma Pampa. No segundo estudo, o objetivo foi estabelecer o número de linhagens genéticas relacionadas aos táxons Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus através de sequenciamento de nova geração pela técnica de RAD-seq. Essas espécies, simpátricas, endêmicas do Planalto Sul- Brasileiro (PSB), e restritas a altitudes acima de 750 metros podem ser distinguidas pela morfologia do órgão copulador masculino (gonopódio). Porém, a distinção baseada em outras estruturas morfológicas em fêmeas e machos jovens é extremamente difícil e até o momento não existem limites morfológicos claros entre esses táxons. Os resultados permitiram concluir que Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus constituem um complexo de espécies crípticas formado por quatro linhagens genéticas distintas, associadas ao tamanho do gonopódio e aos sistemas de drenagem Tramandaí-Mampituba, Laguna dos Patos e Rio Uruguai . A origem, diversificação e manutenção destes grupos genéticos estão provavelmente associadas a eventos de especiação alopátrica e seleção sexual. Finalmente, no terceiro estudo, dados de sequência de DNA (mitocondrial e nuclear) foram usados para propor uma hipótese filogenética, incluindo as novas linhagens identificadas no trabalho anterior. As filogenias moleculares se mostraram discordantes das resultantes a partir de dados morfológicos, e sugeriram que as espécies do Bioma Pampa e do complexo de espécies crípticas do PSB são grupos irmãos. A idade do ancestral comum mais recente do gênero foi estimada em 8 milhões de anos, sugerindo que o início da diversificação das espécies atuais do gênero teria ocorrido no Mioceno. As partes elevadas da bacia do Paraná podem ter sido o centro de origem de Cnesterodon, com posterior colonização, através de eventos vicariantes, para drenagens ao Norte e ao Sul. Os resultados obtidos neste trabalho revelaram que o conhecimento sobre a diversidade de Cnesterodon era subestimada, e que o grupo possui uma história evolutiva complexa, cuja diversidade genética e distribuição geográfica foram moldadas por processos geológicos e biológicos. / Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) is a South American genus of freshwater fishes composed of eleven recognized species, with ten of them formally described. Most species occur in Southern Brazil, in the Atlantic Forest and Pampa biomes. It is believed that this genus has high endemism, with eight species associated to specific regions and a narrow distribution. This genus inhabits freshwater environments with low streamflow, and is typically associated to grassland vegetation. This work had as its main goal to study and understand the diversification patterns of Cnesterodon using molecular tools, and the results were divided in three manuscripts. In the first study, DNA sequences from mitochondrial and nuclear genomes were used to evaluate the genetic and geographic structure of C. decemmaculatus, a species widely distributed in the Pampa Biome. The results showed that C. decemmaculatus has a genetic structure associated to the broad drainage systems in Southern South America. This species has a recent evolutionary history, with divergence time estimates among genetic groups between 0.8 and 0.02 million years. Phylogeographic reconstructions suggest a C. decemmaculatus ancestor originated in the Uruguay basin with subsequent colonization of Rio Negro and Coastal basins of Uruguay, showing evidence for headwater capture events along its diversification in the Pampa Biome. In the second study, the goal was to establish the number of genetic lineages related to the taxa Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus using nextgeneration sequencing (RAD-seq). These sympatric species, endemic to the Southern Brazilian Highlands (SBH) and restricted to elevations above 750m can be distinguished by the morphology of the male copulatory organ (gonopodium). However, the distinction based on other morphological structures in females and young males is extremely difficult, and so far there are no clear morphological limits between these taxa. The results allowed us to conclude that Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus constitute a complex of cryptic species formed by four distinct genetic lineages, associated to gonopodium morphology and to hydrological basins. The origin, diversification and maintenance of these genetic groups are probably associated to events of allopatric speciation and sexual selection. Finally, in the third study, DNA sequence data (mitochondrial and nuclear) were used to propose a phylogenetic hypothesis including the new lineages identified in the previous study. Molecular phylogenies were discordant from those based on morphological data, and suggested that the species from the Pampa Biome and those from SBH represent sister groups. The time to the most common ancestor of the genus was estimated around 8 million years, suggesting that the initial diversification of the current species in the genus occurred in the Miocene. High elevation areas in the Paraná basin could have been Cnesterodon center of origin, with the subsequent colonization, based on vicariant events, to Northern and Southern drainages. The results from this work revealed that knowledge about Cnesterodon diversity was underestimated, and that this group has a complex evolutionary history, in which genetic diversity and geographic distribution have been shaped by geological and biological processes.

A posição sistemática da família Cathartidae (abutres do Novo Mundo) sempre foi motivo de muita discussão e apresenta divergências entre os sistematas, sendo debatida a proximidade dos representantes dos abutres do Novo Mundo entre as ordens Falconiformes e/ou Ciconiiformes. Muitos dos caracteres diagnósticos do grupo provêm de adaptações ao conspícuo hábito alimentar dessas aves, como bicos e pés fortes utilizados na dilaceração de carcaças; cabeça e pescoço desprovidos de penas que evitam o acúmulo de matéria orgânica em decomposição nestas regiões; e espesso colar de penas no pescoço que evita a passagem de líquidos provenientes da dieta às outras partes do corpo. Devido às similaridades na dieta, muitas dessas adaptações morfológicas são compartilhadas entre os catartídeos e os abutres do Velho Mundo (Gypaetinae e Aegypiinae; Accipitridae), gerando historicamente muita confusão na taxonomia dos grupos em questão. Visando contribuir com o conhecimento osteológico da família Cathartidae, bem como dos grupos historicamente relacionados, foram realizados: a) estudo de uma estrutura anatômica craniana (forâmen do nervo olfativo), criando subsídios para inferências acerca do comportamento alimentar dos representantes da família Cathartidae; e b) análises filogenéticas com base em uma ampla amostragem taxonômica (inclusive com táxons fósseis de Cathartidae), lançando hipóteses que elucidem problemas tanto em níveis intragenérico e intraespecífico da família Cathartidae. Além disso, foram feitas inferências acerca do posicionamento mais inclusivo do grupo em questão, sugerindo mudanças no sistema classificatório para que este seja filogeneticamente mais informativo. Da análise da anatomia do forâmen e sulco olfativos de Cathartidae, foi possível inferir que aves do gênero Cathartes possuem uma grande capacidade olfativa, indicando que a morfologia do forâmen do nervo olfativo e do sulco a ele associado são adaptações que promovem um melhor desempenho do olfato neste gênero. Dentre os resultados da análise cladística de 207 caracteres osteológicos (cranianos e pós-cranianos), foi recuperado o monofiletismo da família indicando a existência de duas linhagens distintas dentro do grupo. Quanto às relações mais inclusivas do grupo, a família mostrou-se como a divergência mais basal do componente que inclui Cathartidae e os demais Falconiformes. Foram feitas considerações acerca de algumas das relações entre os táxons historicamente relacionados a Cathartidae e recuperadas pela presente análise: Sagittarius serpentarius, aparentemente, é uma linhagem com divergência antiga dentro dos Falconiformes; confirmou-se o relacionamento adjacente de Pandion haliaetus à família Accipitridae; a separação do grupo de abutres do Velho Mundo em duas subfamílias não relacionadas (Aegypiinae e Gypaetinae) foi corroborada, indicando que o hábito de alimentação saprófago surgiu independentemente três vezes dentro da linhagem \"falconiforme\"; a relação próxima entre Scopidae e Balaeniciptidae foi corroborada; relações de Ardeidae aqui apresentadas corroboram as hipóteses de relacionamento mais recentes. Foram propostas atualizações nomenclaturais e hierárquicas, assim como uma nova proposta classificatória do grupo, onde se incluem os abutres do Novo Mundo: a elevação da categoria hierárquica deste grupo, sendo considerada a ordem Cathartiformes Seehbohm, 1890; dentro desta ordem foi proposta a criação de duas famílias, Cathartidae Lafresnaye, 1839 (incluindo os gêneros de \"urubus verdadeiros\" - Cathartes e Coragyps) e Vulturidae Illiger, 1811 (incluindo os gêneros de condores e o urubu-rei - Vultur, Gymnogyps, Breagyps+ e Sarcoramphus). / The systematic position of the family Cathartidae (New World Vultures) has always been a motive for debate, and presents divergences among sistematists, the proximity of New World Vultures representatives between the orders Falconiformes and Ciconiiformes always being discussed. Most of the diagnosable characters of the group come from adaptations related to the conspicuous feeding behavior of these birds, such as strong beaks and claws used to dilacerate carcasses, featherless heads and necks to avoid carrion accumulation in these regions and a thick feather necklace that prevents the passage of liquids from food to other parts of the body. Due to these similarities in diets, most morphological adaptations are shared with the cathartid vultures and Old World Vultures (Gypaetinae and Aegypiinae; Accipitridae), historically causing much confusion in the taxonomy of these groups. With the aim of contributing to osteological knowledge of the family Cathartidae and historically related groups the following tasks were carried out: a) a study on anatomic cranial structure (olfactory nerve foramen), thus creating subsidies for inferences on the feeding behavior of Cathartidae representatives; and b) phylogenetic analyses based on an extensive taxonomic sample (including fossils of the Cathartidae), thereby launching hypotheses that elucidate problems up to the intrageneric and intraspecific levels, as inferences for the most inclusive systematic positioning of the group, and suggestions of changes in the classificatory system for this to become more phylogenetically informative. From the anatomic study of the foramen and olfactory sulcus of Cathartidae, it was possible to infer that birds of the Cathartes genus have great olfactory capacity, indicating that the morphology of the olfactory nerve and the furrow associated to it, are adaptations that promote better performance of olfaction in this genus. In the results on the cladistic analysis of 207 osteological characters (cranial and post-cranial) the monophyly of the family was recovered, this indicating the existence of two distinct lineages within the group. As to the most inclusive relationships of the group, the family appears as the basal divergence of the component that includes Cathartidae and the other Falconiformes. Considerations on certain of the relationships between the Cathartidae historically related taxa recovered by the present analysis: Sagittarius serpentarius is apparently a lineage with an ancient divergence inside the Falconiformes; the adjacent relationship of Pandion haliaetus to the Accipitridae was confirmed; the separation of the Old World Vultures assemblage into two non-related subfamilies was corroborated, indicating that the carrion eating habit appeared independently three times in the \"falconiform\" lineage; the close relationship between Scopidae and Balaenicipitidae was corroborated; relationships of Ardeidae presented here corroborate the most recent published hypotheses. Nomenclatural and hierarchical updating was put forward, as a new classificatory proposal of the group that includes the New World Vultures: the elevation of the hierarchical rank of the group, on considering the order Cathartiformes Seehbohm, 1890; in this order, the creation of two families, Cathartidae Lafresnaye, 1839 (including the \"true vultures\" genus - Cathartes and Coragyps) and Vulturidae Illiger, 1811 (including the condors and King Vultures genus - Vultur, Gymnogyps, Breagyps+ and Sarcoramphus),was proposed.