Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_4241_.pdf: 2322223 bytes, checksum: 0a4e2ac2777ef4dfa460bbad962daa00 (MD5) Previous issue date: 2010-09-28 / SANTOS, Felipe Rodrigues. Caracterização e avaliação econômica de povoamentos de eucalipto para multiprodutos. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Florestais) Universidade Federal do Espírito Santo, Alegre. Orientador: Prof. Dr. José Franklim Chichorro. Co-orientador: Prof. Dr. Gilson Fernandes da Silva. Este estudo de caso teve como objetivos: obter informações de produção de quatro povoamentos clonais de eucalipto; avaliar funções de afilamento e quantificar a madeira para uso único e multiprodutos; avaliar economicamente as possibilidades de uso da madeira; e dar suporte para tomada de decisão a empreendedores interessados em investir na atividade de silvicultura de eucalipto. Os dados foram obtidos de quatro povoamentos de clones híbridos diferentes (E. urophylla x E. grandis), com idades de 77 (povoamento 1), 72 (povoamento 2), 53 (povoamento 3) e 40 meses (povoamento 4), localizados no município de Jerônimo Monteiro, ES. Foi realizado inventário florestal amostral com alocação aleatória de 10 parcelas. Nestas foram mensuradas CAP (posteriormente convertido em DAP) e H. Em seguida, foram cubadas árvores de acordo com a distribuição diamétrica de cada povoamento, sendo que a freqüência foi de 3 a 5 indivíduos por classe de diâmetro. O volume das árvores foi obtido pelo somatório do volume das seções determinado pela fórmula de Smalian. Os modelos de relação hipsométrica avaliados foram: Linha Reta, Parabólico, Hiperbólico, Stoffels, Curtis e Prodan. Os modelos de volume ajustados para cada povoamento foram: Schumacher e Hall, Spurr Não-linear e Spurr Linear. Também foi calculado para cada povoamento média dos diâmetros, diâmetro médio, área basal por hectare e média das alturas. Com os dados de cubagem foram ajustados quatro modelos de afilamento em sua forma original, a saber: Kozak et al. (1969), Demaerschalk (1972), Ormerod (1973) e Schöepfer (1966), em cada povoamento. A seleção dos modelos para estimar altura comercial nos diâmetros 14, 12, 10, 8, 7 e 6 cm e volume comercial nos diâmetros 14, 7 e 6 cm deu-se pela aplicação dos critérios estatísticos viés (v), média das diferenças absolutas (MD) e desvio-padrão das diferenças (DPD), em conjunto com a análise gráfica dos resíduos. Após a avaliação dos modelos de afilamento, procedeu-se a quantificar das finalidades de uso da madeira. Nos povoamentos 1, 2 e 3 foram determinadas as produções de uso único para celulose (diâmetro mínimo=7cm) e energia (diâmetro mínimo=6cm), e no povoamento 4 para energia. Ainda determinou-se a produção combinada destes usos com a possibilidade de parte do fuste para mourões. Definiu-se que o uso para mourões seria a parte do tronco das árvores compreendida entre os pontos onde os diâmetros seriam de 14 e 6 cm, e até o diâmetro de 14 cm o uso seria para celulose ou energia. Assim, foram determinadas a produção combinada de celulose e mourões para os povoamentos 1, 2 e 3, e energia e mourões para o povoamento 4. Em seguida, foram aplicados dois métodos de avaliação econômica de projetos florestais, o VPL e o BPE. As informações referentes aos custos foram as utilizadas por PEREIRA (2010), CEDAGRO (2008) e por meio de consulta a profissionais da área florestal que atuam na região sul do Espírito Santo. Os preços de venda dos produtos analisados foram obtidos mediante consulta a profissionais e empresas especializadas que comercializam tais produtos. Na seleção dos modelos de relação hipsométricas foram selecionados os modelos de Stoffels para os povoamentos 1 e 3, o modelo de Prodan para o povoamento 2 e o modelo de Curtis para o povoamento 4. Com relação ao volume, o modelo de Schumacher e Hall foi selecionado para os povoamentos 1 e 2, e o de Spurr Não-linear para os povoamentos 3 e 4. Observou-se que a média dos diâmetros, diâmetro médio e área basal apresentaram relação direta proporcional com a idade dos povoamentos. Os resultados ajustes dos modelos mostraram haver diferença no perfil do fuste entre os povoamentos, pois diferentes modelos foram selecionados para estimar altura e volume em cada diâmetro de avaliado de cada povoamento. O aproveitamento da madeira de uso único para celulose foi maior no povoamento 1 (97%), seguido do povoamento 3 (90%) e 2 (80%). Para energia, a proporção foi maior nos povoamentos 1 e 4 (99 e 94%,respectivamente) em relação ao 2 e 3 (86 e 91%, respectivamente). Analisando a produção para multiprodutos, observou-se que os povoamentos mais jovens (3 e 4) apresentaram maior proporção de uso da madeira para mourões em relação à celulose e energia. Enquanto que os povoamentos de maior idade por terem árvores de maior porte, tendem a apresentar o diâmetro de 14 cm em ponto mais alto no fuste, justificando seu maior uso para celulose quando destinado a multiprodutos. A alternativa de uso da madeira para energia mostrou-se inviável economicamente em todas as situações avaliadas. Já para celulose, sob uma taxa de juros baixa, mostraram-se viáveis economicamente. No entanto, os povoamentos 2 e 3 foram mais sensíveis à variação de aumento na taxa de juros em relação aos projetos do povoamento 1. O uso da madeira para multiprodutos foi alternativa mais viável para os quatro povoamentos. Palavras-chave: floresta plantada, produção florestal, afilamento, sortimentos.

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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Ce projet visait à caractériser la structure et la composition de la végétation de marécages isolés et riverains dans la région des Basses-terres du Saint-Laurent, dans le sud du Québec. Des inventaires de végétation ont été réalisés dans 56 marécages répartis dans deux bassins versants. Les caractéristiques physiques du sol, la micro et la macrotopographie, ainsi que l’occupation du territoire y ont été inventoriés. Des différences de composition ont été observées entre les marécages isolés et riverains, ces derniers montrant une abondance plus élevée d’herbacées latifoliées et de ptéridophytes, deux groupes de plantes associés à un bon drainage des sols. Les marécages isolés montraient une richesse et une diversité en espèces plus élevées que les marécages riverains, mais ces derniers possédaient le plus d’arbres à fort diamètre. Les résultats de cette étude suggèrent que des mesures de gestion distinctes devraient être élaborées pour ces deux types de marécages. / This project aimed to characterize the structure and composition of isolated and riparian swamps in the St. Lawrence lowlands region of southern Quebec. Vegetation surveys were made in 56 swamps distributed in two watersheds. We also collected data on soil physical characteristics, microtopography, topography and land use of those swamps. Isolated and riparian swamps showed differences in vegetation composition. Herbaceous broad-leaved plants and pteridophytes which are both associated with good soil drainage were more abundant in riparian swamp. The most important factors driving this pattern were associated with soil wetness that positively impacted plant establishment. Isolated swamps showed higher richness and diversity than riparian swamps but the latter had bigger trees. These distinctions might reflect the differences in the ecosystem services such swamps provide and suggest the need for management scenarios adapted to swamp types in order to preserve their biodiversity and associated ecosystem services.

La flore microbienne est un ensemble de micro-organismes comme les bactéries, archées, eucaryotes inférieurs et virus, jouant un rôle important dans l’équilibre d’un écosystème. Cette flore reste encore mal définie car en 2012, seules ~30% des micro-organismes de la flore intestinale humaine étaient caractérisés, et moins de 50% des micro-organismes de la flore fromagère traditionnelle étaient caractérisés au niveau fonctionnel. Depuis 2006, les séquenceurs à ADN de seconde génération permettent d’analyser directement le contenu génique d’un prélèvement de flore sans contrainte d’isolement ou de culture. Toutefois, les séquences d’ADN générées ne sont pas structurées en génome et sont hautement fragmentées, freinant considérablement l’analyse et l’exploitation de ces données. Dans ce travail, nous avons développé de nouvelles méthodes dites de métagénomiques quantitatives, car elles permettent de regrouper les courtes séquences d’ADN ayant la même abondance au sein de plusieurs échantillons métagénomiques, pouvant provenir d’une même espèce microbienne.Au niveau du microbiote intestinal humain, nous avons structuré un catalogue de 3,9 millions de gènes de la flore intestinale humaine en 741 unités ou « clusters » correspondant à des génomes de bactéries, d’archées et d’eucaryotes, que nous appelons espèces métagénomiques (MGS) et 6640 unités correspondant principalement à des génomes de virus, plasmides et divers ilots génomiques comme des CRISPR, que nous appelons unités métagénomiques (MGU). Cette méthode de structuration a ensuite été utilisée pour faciliter des analyses d’associations de la composition de la flore intestinale avec des maladies humaines comme la maladie de Crohn, l’obésité ou le diabète de type 2. Enfin, au niveau des flores alimentaires, nos méthodes ont été utilisées pour constituer un catalogue de 134 génomes d’espèces bactériennes fromagères et caractériser la flore de surface de fromages traditionnels. Ceci nous a permis de détecter la présence de nouvelles bactéries alimentaires, pouvant enrichir la liste des bactéries à possible intérêt technologique dans les produits laitiers fermentés. / The microbial flora is a micro-organism complex containing for example bacteria, archaea, lower eukaryotes and viruses, which play an important role in ecosystem equilibrium. This flora remains poorly defined as in 2012, only ~30% of the intestinal flora micro-organisms have been characterized, and less than 50% of traditional cheese floras were characterized at the functional level. Since 2006, the second generation of DNA sequencers have allowed the direct analysis of the genetic content from a microbial flora sample without isolation or culture limitation. However, the DNA reads generated are not structured with respect to genomes and also are highly fragmented, slowing down dramatically the exploitation and analysis of these data.In this work, a new methodology based on quantitative metagenomic are described., This allows the clustering of short DNA sequences with the same abundance in multiple metagenomic samples, which should originate from the same microbial species. A 3.9 million gene catalog has been built from the human intestinal tract microbiota and divided into 741 units or clusters corresponding to bacteria, archaea and eukaryote genomes. These have been defined as metagenomic species (MGS) and 6640 units of them corresponds mainly to viral genomes, plasmids and genetic islands like CRISPR, with the sub-name of metagenomic units (MGU). This methodology was then used to facilitate the association analysis of the intestinal flora composition with human diseases such as Crohn’s disease, obesity or type 2 diabetes. Within, the alimentary flora, our methods have also been used to constitute a 134 genomic catalog of cheese bacteria and characterize them from the surface of traditional cheeses. This allowed the detection of new alimentary bacteria, that will enriched the list of bacteria with potential interest for the commercial exploitation of fermented products.

L'intérêt des disciplines du paléoenvironnement pour l'étude des pratiques anthropiques passées, de leurs impacts sur le milieu, suppose une bonne connaissance des écosystèmes actuels. En explorant le lien entre la végétation actuelle et sa pluie pollinique, la palynologie cherche à établir des référentiels pour l'interprétation des spectres fossiles.<br />La recherche de ces marqueurs polliniques est menée ici dans deux milieux caractérisés par une végétation anthropique très spécifique : la flore adventice des champs cultivés et la flore rudérale, dans une région riche en données fossiles pour une application future, la Franche-Comté.<br />L'analyse phytogéographique de l'évolution de ces communautés végétales depuis le Néolithique permet d'abord de valider l'analogue. En distinguant espèces indigènes et étrangères (archéophytes et néophytes), en affinant leurs caractéristiques écologiques, elle discrimine aussi des marqueurs « forts » de l'anthropisation.<br />L'étude de terrain (relevés de végétation, collecte et lecture de données polliniques) permet, elle, d'analyser et de valider la relation végétation/pluie pollinique théorique/pluie pollinique réelle, au moyen d'une série d'analyses statistiques (classifications, ACoP, PCIA, indices de Davis).<br />Enfin, la comparaison des résultats de ces deux démarches permet une synthèse critique de l'application des marqueurs classiques de l'anthropisation (IPA, Behre...) à la région d'étude ainsi que la mise au jour de nouveaux marqueurs locaux plus spécifiques.

Dans le contexte fromager, les champignons filamenteux du genre Mucor ont un rôle ambivalent. En fonction du fromage considéré, ils peuvent être assimilés à des microorganismes d’altération responsables de défauts de fabrication ou au contraire contribuer au développement des qualités organoleptiques des produits. Dans le cadre de ce travail, nous avons souhaité confirmer et objectiver la dichotomie classiquement faite en industrie fromagère entre espèces technologiques et espèces contaminantes, et investiguer les mécanismes d’adaptation potentiels mis en oeuvre chez les espèces technologiques. La morphologie et la croissance radiale de 7 souches représentatives d’espèces technologiques, contaminantes et non-fromagères (endophyte) de Mucor ont été étudiées sur différents milieux (synthétique, mimant le fromage et fromager) en fonction de facteurs clés du processus de production des fromages (température, aw, pH). Les valeurs cardinales de croissance ont été déterminées sur milieu synthétique, un modèle prédictif a été proposé et validé sur matrices fromagères pour le facteur température et la meilleure faculté de croissance des souches technologiques sur milieux fromagers par rapport au milieu synthétique a été démontrée. Une approche de protéomique comparée a permis de décrire les voies métaboliques mises en jeu par 4 de ces souches dans les deux types d’environnement, fromager et non-fromager, et 35 protéines spécifiquement surexprimées par la souche technologique M. lanceolatus UBOCC-A-109153 sur milieu mimant le fromage ont été identifiées. Les avantages compétitifs associés à ces potentiels marqueurs d’adaptation vont faire l’objet d’investigations complémentaires. / In the cheese industry context, Mucor species exhibit an ambivalent behavior, as some species are essential technological organisms contributing to the required organoleptic characteristics of some cheeses while some others can be spoiling agents. The present study aimed at better understanding this ambivalence and investigating the putative adaptation mechanisms to cheese existing in Mucor technological species. Morphology and radial growth of 7 representative Mucor species: technological, contaminant and non-cheese related (plant endophyte) species were monitored on different media (synthetic, cheese-mimicking media and cheese) in function of key parameters for cheese manufacture (temperature, aw, pH). Cardinal values were determined on synthetic medium and as a result a predictive model was proposed and validated on cheese matrices for the temperature parameter. Interestingly, cheese technological species exhibited higher optimal growth rates on cheese related matrices than on synthetic media, while the opposite was observed for non-technological species. A comparative proteomic approach allowed unraveling the main metabolic pathways playing a role in growth of 4 of the 7 studied strains on both synthetic medium and cheese-mimicking medium. This proteomic study also highlighted the occurrence of 35 proteins specifically expressed by the technological strains M. lanceolatus UBOCC-A-109153 on the cheese-mimicking medium. Putative competitive and adaptative advantages of these hypothetical adaptation markers will be tested through additional investigations.

Ce projet visait à mieux comprendre la répartition de la végétation riveraine en forêt boréale québécoise. La végétation adjacente à cinq types de plans d’eau ou cours d’eau a été inventoriée dans quatre provinces naturelles recoupant d’est en ouest tout le Nord de la forêt boréale commerciale québécoise en paysage forestier vierge. Certaines caractéristiques physiques du milieu ont été évaluées. La végétation riveraine variait selon la province naturelle principalement en fonction de la topographie. Les profils d’élévation particuliers à certains types de lacs et cours d’eau ont généré des communautés végétales distinctes dont les patrons de répartition ont été résumés en toposéquences. Celles-ci révèlent la présence récurrente de trois différentes sous-zones au milieu riverain : le dénudé humide, la forêt riveraine humide et la forêt riveraine sèche. Ces trois sous-zones, qui couvraient en général environ 40 m à partir de la rive, s’étendaient davantage dans les régions au relief plat. / The aim of this project was to improve the knowledge of riparian plant distribution in the boreal forest of Quebec. Vegetation adjacent to five types of water bodies or watercourses was sampled in the four ecoregions covering from East to West all the northern part of Quebec’s commercial boreal forests restricted to natural landscapes. Some physical factors of the riparian area were also evaluated. Mainly, riparian vegetation varied among ecoregions in relation with topography. Particular elevation profiles for some types of water bodies and watercourses supported distinct plant communities. Patterns of plant communities were summarized in toposequences that consistently reveal the existence of three different sub-areas in the riparian area: untreed wetland, riparian wet forest, and riparian dry forest. Those three sub-areas generally covered about 40 m from the shore and extended even more in flat regions.

Les composés soufrés volatils (CSV) sont des composés majeurs de l'arôme des fromages. Même présents à de très faibles concentrations, ils contribuent de manière significative à leur qualité aromatique et à leur typicité, du fait notamment de leur faible seuil de détection et de leur forte réactivité. Jusqu'à présent, les études portant sur la production de CSV étaient axées essentiellement sur le catabolisme de la méthionine, sans inclure l'implication potentielle de la cystéine dans leur production. Cette étude a donc eu pour principal objectif d'étudier dans quelle mesure la cystéine pourrait contribuer à la production de CSV par les levures et les bactéries de la flore d'affinage. La mise au point d'une technique de piégeage dans un système fermé, et de capture in situ de l'H2S produit par le catabolisme de la cystéine, nous a permis d'effectuer une sélection de souches les plus aptes à dégrader la cystéine. Cette technique a donc été utilisée pour quantifier la production d'H2S de vingt souches de levures et dix-sept souches de bactéries. Cinq souches de levures et quatre souches de bactéries ont été ainsi sélectionnées, et nous avons donc étudié leur capacité à produire des CSV à partir i) de la cystéine, ii) de la méthionine ou iii) de mélanges méthionine-cystéine. En ajoutant de la cystéine, aucun nouveau CSV n'a été produit par les levures, et seulement des traces de CSV ont été quantifiées chez les bactéries. Avec l'ajout de méthionine, deux voies de dégradation de la methionine ont été mises en évidence chez les souches de levures : une produisant du méthional/méthionol, l'autre du DMDS/DMTS. Deux nouveaux composés soufrés volatils ont également été détectés : la 2-méthyl-tétrahydrothiophène-3-one et le 1,3-oxothiane. Concernant les bactéries, elles produisent sur cystéine seule ou méthionine seule les CSV majeurs du catabolisme de la méthionine (DMDS, DMTS, DMQS et des thioesters). En ce qui concerne les mélanges de méthionine-cystéine, la production de CSV est plus ou moins réduite selon la concentration de cystéine ajoutée. Cet effet correspond certainement à une dégradation réduite de la méthionine consécutive à l'ajout de cystéine. Bien que cet effet demeure souche dépendant, des modifications du profil des CSV produits ont été observées dans tous les cas. Chez les bactéries, nous avons obtenu une production accrue des polysulfures DMTS et DMQS, parallèlement à la diminution de la production de thioesters. Chez les levures, on observe une diminution de la concentration de méthional/méthionol et de thioesters, mais sans augmentation de la production des polysulfures. Une faible concentration des formes solubles et réactives de l'H2S (HS- et S2-) dans le milieu de culture acide utilisé pour les levures pourrait expliquer ce résultat. Des essais de flairage ont montré que l'addition de faibles concentrations de cystéine, en présence de méthionine, assure la production de notes aromatiques globalement équilibrées et proches de celles d'un fromage à pâte molle croûte lavée bien affiné. Ainsi, dans un contexte fromager, nous pouvons raisonnablement supposer que l'H2S produit par le catabolisme de la cystéine ne participerait pas à la modification du profil de CSV en début d'affinage, à cause du caractère acide du caillé pendant cette période. Toutefois, l'augmentation du pH, résultat du développement des levures déacidifiantes, peut augmenter la réactivité de l'H2S qui, avec la production simultanée de méthanethiol par le catabolisme de la méthionine des bactéries d'affinage, pourrait ainsi favoriser un meilleur équilibre entre les polysulfures et les thioesters. Ainsi, la co-production de ces molécules soufrées par les levures et les bactéries d'affinage pourrait favoriser le développement d'un arôme équilibré de type fromage affiné.