Dans Escherichia coli la Dam Methyl Transferase (DamMT) est responsable du transfert d’un groupement méthyle sur les adénosines situés au cœur du tétranucléotide GATC; il s’agit donc d’une activité post réplicative. Ainsi, après le passage de la fourche de réplication, le brin d’ADN nouvellement synthétisé est non méthylé – l’ADN est dit hémimethylé. L’ADN reste hémimethylé pendent une brève période - de l’ordre de la minute - avant d’être reméthylé par la DamMT. L’hypothèse de l’implication de la méthylation de l’ADN dans le contrôle général du programme de maintenance de l’ADN repose essentiellement sur cette observation, puisque l’ADN hemimethyle – exception faite de l’origine de réplication et de la région promotrice du gène dnaA – est diagnostique du passage récent de la fourche de réplication. Cette hypothèse, et le criblage phylogénomique qui en a découlé a conduit a l’identification de plusieurs gènes dont les produits sont supposes être impliqués dans la maintenance de l’ADN. yjaG est l’un de ces gènes. Il a été renomme cycC en raison des dérèglements de la progression du cycle cellulaire associés a un mutant nul de ce gène. L’étude effectuée au cours de ma thèse s’attachera à expliquer l’état actuel de nos connaissances sur la protéine CycC et de son implication dans le processus de réplication de l’ADN. Nos résultats montrent que la protéine CycC est impliquée dans la processivité de la réplication lorsqu’il y a un dommage au niveau de l’ADN. CycC spécifie une activité qui conduit à freiner les fourches de réplication, afin de prévenir des avortements des réplisomes. La surexpression de CycC bloque l’initiation de la réplication entre l’ouverture de la molécule d’ADN et le chargement de l’hélicase réplicative. Nous proposons que CycC interagisse avec le complexe réplicative et ralentit les fourches de réplication. Ce ralentissement prévient de nouvelles collisions lorsque les cellules sont dans des conditions de stress-qui cause des arrêts de la réplication. / In Escherichia coli the Dam Methyl Transferase (DamMT) is responsible for the transfer of a methyl group on the adenosine located in tetranucleotide GATC, so this is a post-replicative activity. Thus, after the passage of the replication fork, the newly synthesized DNA strand is unmethylated - DNA is called hemimethylated. DNA remains hemimethylated in a brief period - about a minute - before being reméthylé by DamMT. The hypothesis of the involvement of DNA methylation in the general control of the maintenance program of the DNA is essentially on this observation, since the hemimethylated DNA - except the origin of replication and the region dnaA gene promoter - is diagnostic of the recent passage of the replication fork. This assumption and phylogenomics screening has led to the identification of several genes whose protein are supposed to be involved in the maintenance of DNA. yjaG is one of these genes. It was renamed cycC, the cell cycle progression is deregulated with a null mutant of this gene. The study in my thesis will focus on explaining the current state of our knowledge of the cycC protein and its involvement in the process of DNA replication. Our results show that the CycC protein is involved in the processivity of replication when there is damage into the DNA. CycC specifies an activity that leads to slow replication forks to prevent abortions of replisomes. CycC overexpression blocks the initiation of replication between the open complex of the DNA at oriC and the loading of the replicative helicase. We propose that CycC interacts with the replicative complex and slows replication forks. This slowdown replication prevents new collisions when cells are under stress, causing replication stops.

Dans Escherichia coli la Dam Methyl Transferase (DamMT) est responsable du transfert d'un groupement méthyle sur les adénosines situés au cœur du tétranucléotide GATC; il s'agit donc d'une activité post réplicative. Ainsi, après le passage de la fourche de réplication, le brin d'ADN nouvellement synthétisé est non méthylé - l'ADN est dit hémimethylé. L'ADN reste hémimethylé pendent une brève période - de l'ordre de la minute - avant d'être reméthylé par la DamMT. L'hypothèse de l'implication de la méthylation de l'ADN dans le contrôle général du programme de maintenance de l'ADN repose essentiellement sur cette observation, puisque l'ADN hemimethyle - exception faite de l'origine de réplication et de la région promotrice du gène dnaA - est diagnostique du passage récent de la fourche de réplication. Cette hypothèse, et le criblage phylogénomique qui en a découlé a conduit a l'identification de plusieurs gènes dont les produits sont supposes être impliqués dans la maintenance de l'ADN. yjaG est l'un de ces gènes. Il a été renomme cycC en raison des dérèglements de la progression du cycle cellulaire associés a un mutant nul de ce gène. L'étude effectuée au cours de ma thèse s'attachera à expliquer l'état actuel de nos connaissances sur la protéine CycC et de son implication dans le processus de réplication de l'ADN. Nos résultats montrent que la protéine CycC est impliquée dans la processivité de la réplication lorsqu'il y a un dommage au niveau de l'ADN. CycC spécifie une activité qui conduit à freiner les fourches de réplication, afin de prévenir des avortements des réplisomes. La surexpression de CycC bloque l'initiation de la réplication entre l'ouverture de la molécule d'ADN et le chargement de l'hélicase réplicative. Nous proposons que CycC interagisse avec le complexe réplicative et ralentit les fourches de réplication. Ce ralentissement prévient de nouvelles collisions lorsque les cellules sont dans des conditions de stress-qui cause des arrêts de la réplication.

Des stress réplicatifs sont rencontrés à chaque phase S du cycle cellulaire et différents mécanismes permettent leur prise en charge. La recombinaison homologue (RH) tient un rôle important dans le maintien de la stabilité du génome au cours de la réplication. En effet, la RH escorte la progression des fourches et prévient les défauts mitotiques. Toutefois, le lien moléculaire entre le stress réplicatif et les défauts mitotiques n’est pas élucidé. De façon générale, les fourches de réplication bloquées peuvent être sauvées grâce à leur fusion avec la fourche convergente ou au redémarrage de fourche par la RH. Le laboratoire a développé un essai génétique reposant sur l’utilisation d’une barrière de réplication conditionnelle afin d’étudier le mécanisme par lequel la RH contribue au sauvetage des fourches de réplication bloquées. L’équipe a montré que le redémarrage des fourches bloquées par la RH est conditionné par l’exposition d’un ADNsb et non d’une cassure double-brin. Ainsi, les fonctions de la RH au cours de la gestion du stress réplicatif peuvent être adressées indépendamment de sa fonction de réparation des cassures (fonction relativement bien documentée). Les travaux décrits dans ce manuscrit s’inscrivent autour des mécanismes que la RH engage afin d’assurer la stabilité génétique en réponse au stress réplicatif. Plus précisément, je me suis intéressée à l’implication des facteurs de la RH dans la protection des fourches de réplication bloquées au niveau moléculaire et cellulaire. En absence de la recombinase Rad51 ou de son chargeur Rad52, le blocage d’une seule fourche de réplication est suffisant pour induire des défauts mitotiques, incluant des ponts anaphasiques (lien physique entre chromatides sœurs). Il s’avère que les fourches bloquées sont extensivement dégradées par la nucléase Exo1 en absence de Rad51/Rad52. De manière intéressante, l’accumulation excessive d’ADNsb à la fourche est à l’origine de la non-disjonction des chromatides sœurs en mitose et ce malgré l’arrivée de fourches convergente. Ainsi, les fourches de réplication non protégées sont le siège de terminaison pathologique mettant à mal la ségrégation des chromosomes. La RH étant impliquée dans la protection et le redémarrage des fourches de réplication, l’utilisation du mutant de séparation de fonction Rad51-3A a permis de montrer que ces deux fonctions sont génétiquement séparables. Les fourches de réplication protégées et incapables d’être redémarrées par la RH ne présentent pas de symptômes de terminaison pathologique. Ainsi, au-delà de sa capacité à redémarrer les fourches inactivées, les facteurs de la RH assurent la complétion de de la réplication en maintenant les fourches de réplication dans une conformation propice à une fusion avec la fourche convergente. Ces résultats contribuent à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires invoqués par la RH afin de maintenir la stabilité génétique au cours du stress réplicatif. / At each cell cycle, cells undertaking the DNA replication process face several sources of replication stress (RS) compromising the progression of the replicating forks and threatening both chromosome duplication fidelity and their correct segregation during mitosis. Replication stresses emerged as a major source of genetic instability and cancer development. Several mechanisms, among which homologous recombination (HR), operate to buffer the deleterious effects of RS. HR acts as an escort to fork progression and prevents mitotic defects. Nonetheless, the molecular connection between replication stress and mitotic defects remains elusive. A conditional replication fork barrier (RFB) acting in a polar manner was developed in the lab to terminally-arrest fork progression. In this system, HR functions handling replication stress can be assessed independently of its well-known function in double strand break repair. The work described here aims to understanding the mechanism that HR performs to ensure genetic stability in response to replication stress. In general, blocked replication forks can be rescued either by fork convergence or by active HR-mediated fork restart. However, in absence of Rad51 recombinase or it loader Rad52, a single activated RFB is sufficient to induce mitotic abnormalities including anaphase bridges. The involvement of HR factors in fork protection was explored at the molecular and cellular levels. It turns out that terminally-arrested forks are extensively resected by the Exo1 nuclease in the absence of Rad51/Rad52. Interestingly, the excess of ssDNA accumulation at the fork triggers sister chromatid non-disjunction in mitosis despite the arrival of an uncorrupted converging fork to rescue replication. Thus, unprotected replication forks are prone to pathological termination threatening chromosome segregation. HR being involved in fork protection and restart, the use of a Rad51 mutant showed that these two functions are genetically separable. Indeed, protected forks unable to restart by HR do not show any pathological termination. Thus, beyond their ability to restart inactivated forks, HR factors ensure replication completion by maintaining the forks in a suitable conformation for a fusion with the converging fork. Overall, these results shed light on the molecular events engaged by RH to ensure genome stability in response to replication stress.

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À partir du milieu du Xe siècle, conjointement à l'émergence et au développement d'une conscience communautaire, l'Église chrétienne médiévale met en place un cimetière consacré interdit aux « mauvais morts ». Parallèlement, la construction ecclésiale se concrétise par un encadrement plus précis des fidèles (à la fois liturgique, sacramentel et juridique), modifiantainsi le paysage et les pratiques sociales. Dès le XIe siècle, et – plus particulièrement – aux XIIe-XIIIe siècles, les décrétalistes, liturgistes et canonistes, dressent de nombreuses catégories de « mauvais chrétiens » privés de sepultura ecclesiastica, lesquels ont – jusqu'à présent – été considérés par les historiens des textes et les archéologues comme des « exclus ». Si la justice ecclésiastique semble intransigeante au sujet du devenir de certains (à l'instar – notamment – des meurtriers, des incendiaires, des jouteurs et, d'une façon plus générale, des excommuniés), elle envisage néanmoins leur réintégration dans le giron de l'Église. La présente étude, en favorisant une approche transdisciplinaire (sources écrites et archéologiques), se propose de comprendre ces interdictions funéraires, mais également d'appréhender sous un jour nouveau la gestion des espaces cimétériaux et de leurs marges. Si elle tend non seulement à éclairer le devenir des corps privés de sepultura ecclesiastica, elle invite également à discuter la prise en charge des « mauvais morts » par les autorités civiles et laïques. À ce titre, elle incite à concevoir les lieux d'exécution (fourches patibulaires, gibets, etc.) comme une forme à part entière de regroupement des « mauvais morts » / From the mid-10th century, together with the emergency and the development of a community conscientiousness, the medieval Christian Church sets up a consecrated cemetery forbidden to the "bad Dead". At the same time, the landscape and the social practices change due to a better defined guidance of the Faithful on liturgical, sacramental and juridical aspects. From the 11th century and more particularly by the 12th and 13th centuries, the decretalists, liturgists and Canonists list out a number of "bad Christians' " groups deprived of sepultura ecclesiastica, who were previously regarded as "outsiders" by the historians of written sources and the archaeologists. Despite of the ecclesiastical justice being uncompromising regarding the future of murderers, arsonists, jousters, and more generally, those who have been excommunicated, their reintegration within the Church is pondered.This study, promoting a multidisciplinary approach (written and archaeological sources), aims at understanding these funeral bans, as well as assessing in a new light the management of burial areas and their edges. It not only tends to shed light on the future of the bodies deprived of sepultura ecclesiastica, but it also raises the question on assuming the care of the "bad Dead" by the civil and lay/secular authorities. As such, it leads to see the execution areas (patibulary forks, gallows, etc.) as a full-fledged type of gathering the "bad Dead"