O presente trabalho refere-se à avaliação do potencial genético das populações de milho (Zea mays L.) BR-105 e BR-106 para o melhoramento interpopulacional. Utilizaram- se para tanto, de progênies de meios irmãos interpopulacionais obtidas de plantas endogâmicas - S1,s. Estas progênies foram avaliadas em Goiânia-GO, Sete Lagoas-MG e Londrina-PR. Foram tomados dados de produção (peso de espigas espalhadas), altura da planta e da espiga e índice de espigas (número de espigas dividido pelo número de plantas por parcela). A estimativa da heterose para peso de espigas despalhadas foi de 23,55 e 11,19% em relação à média dos pais e ao pai superior, respectivamente. Com relação aos caracteres altura da planta e da espiga, verificou-se que o híbrido interpopulacional possui porte semelhante ã media dos híbridos comerciais utilizados como testemunhas e valores de heteroses baixos e até negativos, principalmente em relação à população parental superior (BR-106). Para todos os caracteres avaliados, foram apresentados dados de variabilidade genética interpopulacional e progressos esperados com seleção, para investigar o potencial destas populações para o melhoramento interpopulacional. Verificou-se que as magnitudes destas estimativas permitem progressos substanciais com seleção recorrente recíproca. A variância da interação efeitos aditivos x locais foi 2,40 vezes inferior à variância genética aditiva para o caráter peso de espigas. Estes resultados indicam que existe variabilidade genética aditiva suficiente para permitir progressos substanciais com seleção para uma ampla região, uma vez que o progresso esperado com a seleção recorrente recíproca para o híbrido interpopulacional foi de 9,05% para o caráter peso de espigas, o que corresponde a cerca de 900 kg por hectare. Para os demais caracteres, a variância da interação efeitos aditivos x locais apresentaram magnitudes baixas e ou insignificantes. A metodologia proposta por MORENO GONZALES(1986), de avaliação das populações envolvidas no programa de seleção recorrente reciproca em locais diferentes e contrastantes, não se mostrou promissora. Os resultados das estimativas de progressos esperados no híbrido interpopulacional obtidos segundo esta metodologia variaram de 5,75 a 8,52%, sendo que o melhor resultado e inferior ao obtido quando se avalia e seleciona em todos os locais propostos. Entretanto, estes resultados mostram que uma escolha errada de locais, na eventualidade de falta de recursos e ou sementes, poderia diminuir em muito a magnitude do progresso esperado com a seleção. As estimativas dos progressos indiretos esperados com a seleção, obtidas neste trabalho permitem concluir que, ocorrendo falta de recursos e ou sementes, o melhor local para a avaliação das progênies seria Sete Lagoas (local 2 ). A produtividade teórica dos melhores híbridos de linhagens e em média 66,04 e 57,52% superior à média dos híbridos utilizados como testemunhas (BR-301 e XL-670) , considerando híbridos simples e duplos, respectivamente. As elevadas produtividades das populações per se e do híbridos interpopulacional, a heterose para peso de espigas relativamente alta, o porte das plantas e a altura das espigas semelhantes ás testemunhas, a elevada magnitude da variabilidade genética e do progresso com seleção, e a possibilidade de obtenção de híbridos de linhagens muito produtivos, evidenciam o potencial destas populações para serem utilizadas em programas de seleção recorrente recíproca e de híbridos de linhagens. / The present work was carried out in order to evaluate the genetic potencial of the maize (Zea mays L.) populations BR-105 and BR-106 aiming an interpopulation breeding program. There were used interpopulation half - sib progenies from S1 plants. These progenies were evaluated in Goiânia-GO, Sete Lagoas-MG and Londrina-PR, Brazil. Data of ear yield, plant and ear height and ear index (number of ears/number of plants per plot) were recorded. The estimate of heterosis for ear yield was 23.55 and 11 .9% in relation to the mid-parent .and high-parent respectivelly. For plant and ear height the interpopulation hybrid was similar to the commercial hybrids used as checks. These traits had shown low and even negative values of heterosis, mainly in relation to the higher parental population (BR-106). To investigate the potential of these populations for interpopulation breeding, data of interpopulation genetic variability and expected progress with selection were estimated for all the evaluated traits. According to the magnitude of these estimates, a substantial expected progress with reciprocal recurrent selection was estimated. The additive environment interaction variance was 2.40 times inferior to the additive genetic variance for ear yield. This result indicated there is enough additive genetic variability to allow a substancial progress with selection for a large region since the expected progress with reciprocal recurrent selection for ear yield in the interpopulution hybrid was 9.05% which means 900 kg per hectare. For the other traits, the additive genotype x environment interaction variances were low and/or non significant. The proposed methodology by MORENO GONZALES (1986) for evaluating populations involved in reciprocal recurrent selection programs in different and contrasting locations was shown to be not very much promising. According to this methodology the estimates of the expected progress in the interpopulation hybrid varied from 5.75 to 8.52%: The best result is inferior to that obtained when selection for interpopulation hybrid was based in all locations. Meanwhile these results show that a wrong choice of places, in the case of lack of resources or seeds might decrease the expected progress with. selection. The estimates of the indirect expected progress with selection allow the conclusion that in a lack of resources and/or seeds, Sete Lagoas (place 2) would be the best location for progenies evaluation. The theoretical productivity of the best estimated hybrids of inbred lines are in average 66.04 and 57.52% higher than the average of the hybrids used as checks (BR-301 and XL-670), considering simple and double - crosses hybrids respectivelly. The high per se population yield as their interpopulation hybrid, the high heterosis for ear yield, plant size and ear height similar to the checks, the high genetic variability and progress with selection and the possibility in getting hybrids of high production, put in evidence the potential of these populations for a reciprocal recurrent selection program and/or an inbred line hybrid program

O híbrido de Saccharomyces cerevisiae M606 é uma levedura de aplicação industrial que alia alta capacidade de produção de etanol a resistência ao antibiótico poliênico nistatina. Com o objetivo de isolar o gene que confere a esse organismo a capacidade de se multiplicar na presença dessa substância, tóxica a leveduras e à maioria dos fungos, foi construída uma biblioteca genômica com o DNA de uma linhagem segregante de M606, M606.1c. Um plasmídio epissomal de levedura contendo um fragmento genômico da biblioteca de 5900 pares de bases foi capaz de conferir resistência a linhagens sensíveis quando introduzido por transformação. A determinação da sequência de nucleotídeos desse fragmento de DNA, designado NYS1, permitiu a sua localização no braço longo do cromossomo XIV de Saccharomyces cerevisiae. A subclonagem do fragmento NYS1 revelou que o gene responsável pela resistência é o quadro de leitura aberta (ORF) conhecido como YNL231C, que passa a ser denominado NYS, gene de resistência a nistatina de Saccharomyces cerevisiae. O gene NYS foi subclonado em um fragmento de 1337 pares de bases, que foi nomeado NYS3. Esse plamídio foi utilizado para transformar linhagens sensíveis, conferindo-lhes resistência. Sua sequência de nucleotídeos foi integralmente determinada e comparada com o Banco de Dados de Genoma de Saccharomyces cerevisiae para a identificação das diferenças ao nível do DNA entre os mutantes NYS e o tipo selvagem sensível a nistatina. Não foram identificadas diferenças de sequência entre o tipo selvagem e o gene clonado. Esse dado sugere que o gene clonado não é o mesmo que é responsável pela resistência de M606.1c. M606.1c apresentou o derivado de ergosterol cholesta-5,7,22,24-tetraenol, que parece estar ligado à resistência. As leveduras transformadas com o gene NYS não apresentaram a formação desse composto, sendo este mais um dado que sugere a clonagem de um segundo gene de resistência. A provável explicação para a resistência conferida por um gene selvagem seria o alto número de cópias em que ele se apresenta nos transformantes. O desequilíbrio na dosagem do produto gênico de NYS, possivelmente teria tido como efeito alguma alteração na membrana plasmática que levou à resistência a nistatina / not available

Estudaram-se 27 caracteres agronômicos para verificar suas alterações ao longo do melhoramento, correlações com a produção e formular ideotipo para milho. Ocorreram alterações na produção, eficiência, prolificidade, acamamento, altura de planta e espiga, relação entre as alturas, número de ramificações do pendão, área foliar, angulo foliar, dias para florescimento, índice de raízes adventícias aéreas e índices de bonecas. A produção e/ou seus caracteres correlacionaram-se positivamente com a uniformidade e velocidade de germinação, índices de bonecas, prolificidade, número total de folhas, folhas acima da espiga e eficiência e negativamente com dias para florescimento, acamamento, numero de ramificações do pendão, relação entre alturas e angulo foliar. O ideotipo idealizado foi de planta mais precoce e com maior período de enchimento de grãos. Também prolifica, com menor área foliar, folhas mais eretas e também apresentar posicao relativa da espiga mais baixa e pendão com menor número de ramificações / not available

O objetivo do presente trabalho foi a quantificação dos componentes da interação genótipo x ambiente, mais precisamente genótipo x ano, em progênies provenientes de cruzamentos biparentais de soja [Glycine max (L.) Merril] e suas implicações no melhoramento. Três populações denominadas 1, 2 e 3; oriundas dos cruzamentos BR 80-14853 x PI-165896, PI-123439 x PI-239235 e GAÚCHA x OC 79230 respectivamente; compostas de 60 linhagens homozigóticas aleatórias obtidas pelo método SSD (Single seed descente), foram avaliadas em relação ao caráter produtividade de grãos, em uma localidade (Piracicaba, SP/Brasil) durante três anos agrícolas: 1993/4, 1994/5 e 1995/6. Empregou-se um delineamento em blocos ao acaso modificado com três repetições e parcelas lineares de um metro de comprimento por 0,50 metro de largura, contendo 17 plantas após o desbaste. A população 3 foi em média superior quanto à produção de grãos, seguida pelas populações 1 e 2, respectivamente. Detectou-se variabilidade genética altamente significativa para as três populações, indicando a possibilidade de seleção de linhagens superiores. Detectou-se também uma interação genótipos x ambientes (progênie x anos) altamente significativa para todas as populações avaliadas. A análise dos componentes da interação fenotípicos e genéticos demonstrou que o componente complexo da mesma foi predominante em alto grau (média das três populações: 90,91% e 96,03% , para os componentes genéticos e fenotípicos, respectivamente). As implicações da predominância do componente complexo da interação nos programas de melhoramento foram estudados e discutidas em detalhe no presente trabalho / not available

Orientadores : Claudio Lopes de Souza Junior, Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T17:59:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Benchimol-Reis_LucianaLasry_D.pdf: 4041893 bytes, checksum: 9b1956f584b37b0c7a0190adbb82b011 (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:04:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6194_1.pdf: 1210490 bytes, checksum: dd39d40d5a7274ca62770fd7c90ad5e8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / As Seqüências Repetidas em Tandem (STRs) presentes nos cromossomos sexuais são ferramentas importantes na genética forense. As X-STRs são especialmente úteis em casos complexos de testes de paternidade e naqueles de identificação de sexo. Com o objetivo de caracterizar a população pernambucana quanto ao polimorfismo de seis X-STRs (DXS7132, DXS6789, DXS8377, DXS101, DXS10011 e ARA), foi analisado um total de 300 homens e 300 mulheres não aparentados. O teste para o desequilíbrio de ligação entre os locos na subamostra feminina não revelou evidência consistente de associação entre os marcadores (p>0,214) e a verificação da diversidade haplotípica, na subamostra masculina, revelou que todos os haplótipos foram únicos. A heterozigosidade variou de 0,743 (DXS7132) a 0,937 (DXS8377) e o poder de discriminação (PD) de 0,906 (DXS7132) a 0,993 (DXS10011). Com base no cálculo da distância genética a partir dos dados dos marcadores DXS7132, DXS8377, DXS6789 e DXS101, concluiu-se que a população pernambucana está geneticamente mais próxima da portuguesa (0.022) e da espanhola (0.029) do que da afro-americana (0.036). O presente trabalho demonstra que estes marcadores genéticos são altamente discriminantes, e portanto, úteis em propósitos forenses e estudos populacionais

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:29:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4050_1.pdf: 1460993 bytes, checksum: eab1d3eebda2782194ea219e1c3c3b7e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / A hanseníase é uma doença infecciosa que pode vir acompanhada das reações hansênicas que são quadros frequentes e importantes no contexto da doença, pois podem ser responsáveis pelo retratamento e pelas incapacidades. O entendimento dos padrões reacionais é primordial para o seu manejo. Vários são os fatores, dentre eles o genético, que podem influenciar no desenvolvimento das formas clínicas da hanseníase e das reações. Este trabalho consta de dois artigos. O primeiro cujo título é: Características epidemiológicas e clínicas das reações hansênicas em indivíduos paucibacilares e multibacilares atendidos em dois centros de referência para hanseníase na cidade de Recife-PE , teve a finalidade de descrever as características epidemiológicas e clínicas de 201 pacientes com história de quadro reacional. Variáveis epidemiológicas e clínicas como baciloscopia inicial, sexo, idade, fototipo, procedência, forma clínica, retratamento e tipo de tratamento e de reação, índice baciloscópico final e período de surgimento da reação em relação ao tratamento, foram avaliados. Para cálculo dos fatores de risco para as formas multibacilares foram realizadas análises univariada e multivariada. Sexo masculino, pele fototipo V, idade entre 30 - 44 anos e procedência do Recife caracterizaram a maioria da amostra. Em relação às características clínicas, a forma clínica borderline, tratamento regular, reação tipo I, neurite, presença de 10 a 20 nódulos e surgimento da reação hansênica durante o tratamento foram os achados mais frequentes. Pela análise univariada, os pacientes submetidos ao retratamento tiveram chance uma vez maior de serem multibacilares. Ainda em relação à comparação do quadro reacional entre indivíduos paucibacilares e multibacilares, pela análise multivariada, indivíduos do sexo masculino tiveram chance uma vez maior de serem multibacilares. As reações hansênicas se desenvolveram predominantemente durante o tratamento. O segundo artigo, sob o título: Polimorfismos do gene NRAMP1 em indivíduos com reações hansênicas atendidos em dois centros de referência no Recife, Nordeste do Brasil abordou o aspecto genético da amostra estudada no primeiro artigo, avaliando três polimorfismos do gene NRAMP1 por meio de um estudo comparativo e observacional, que através do polimorfismo de fragmento de restrição (RFLP), investigou a frequência de três polimorfismos gênicos da proteína NRAMP1: 274C/T, D543N, 1729+55del4. O genótipo mutante 274 TT foi associado positivamente ao eritema nodoso (p=0,04) e negativamente à reação reversa (p=0,03). Esses resultados sugerem que o polimorfismo 274 C/T do gene NRAMP1 pode auxiliar na determinação da susceptibilidade à reação tipo II em indivíduos com hanseníase

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-14T17:59:05Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 576076 bytes, checksum: a35361e9df206cb269d00894da983094 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T17:59:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 576076 bytes, checksum: a35361e9df206cb269d00894da983094 (MD5) Previous issue date: 2018-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O capim-elefante é uma cultura perene alógama com reprodução assexuada. Devido a essas características, os melhoristas têm como alternativa desenvolver híbridos para explorar a hetorose. Uma das dificuldades para obter os melhores híbridos é a escolha dos genitores. Uma das alternativas para a escolha dos genitores é realizar cruzamentos dialélicos e realizar as análises para obter informações sobre as capacidades geral e específica de combinação. No entanto, sendo uma cultura perene, diversos cortes são realizados, ou seja, várias medidas em um mesmo indivíduo são realizadas, dificultando a avaliação dos dados nas análises estatísticas. Para esse tipo de dados uma forma simples de fazer a análise é utilizar os modelos de repetibilidade. Dessa maneira um modelo de análise dialélica que permite estimar a capacidade geral e específica de combinação e a repetibilidade seria mais adequado que os modelos que não permitem a estimação da repetibilidade e, portanto, não levam em consideração a forma que os dados foram obtidos. Assim, foi proposto no presente trabalho, um modelo de análise dialélica com informação de repetibilidade e a aplicação desse modelo em dados obtidos de um cruzamento dialelo de capim elefante. Foram utilizadas informações de cinco cortes para características morfológicas e dois cortes para características de valor nutritivo. O modelo dialelo com a informação de repetibilidade permitiu estimar além do efeito genético, informações sobre o número de cortes e interação de corte x genótipos. Foi evidenciado que o modelo proposto mostrou ser uma alternativa que permitiu estimar os parâmetros genéticos para escolha de parentais além de levar em consideração a estrutura de medidas repetidas dos dados. / Elephant grass is an allogamous perennial crop with asexual reproduction. Because of these characteristics, the plant breeders have with alternative to develop hybrids to explore the heterosis. One of difficulties to develop hybrids is the choice of the parents. One alternative for this problem is make a crossings following a scheme and analyze the data to estimate the general and specific combination. However, as a perennial crop, several cuttings are made or in other words repeated measured are made, and it difficult to evaluate the data in the statistical analyzes. For this type of data, a simple way to do the analysis is to use repeatability models. In this way, a diallel analysis model that allows to estimate the general and specific combination ability and repeatability would be more adequate instead the models that do not allow the repeatability estimation and, therefore, do not take into account how the data were obtained. Thus, we proposed in the present study, a diallelic analysis model with repeatability and we gave an application of this model in data obtained from a diallel cross of elephant grass. It was used information of five cuttings for morphological traits and two cuttings for nutritive value traits. The diallel model with repeatability information allowed estimate in addition to the genetics effects, information about the number cuttings and genotype x cutting interaction. It was evidenced that the proposed model was a better alternative to analyze the data allowing to estimation of genetic parameters for choosing the best parents, besides taking into account the structure of repeated measurements of the data.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-14T18:26:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1296377 bytes, checksum: 4cf50482fa770814eb465e7df5af6db5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T18:26:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1296377 bytes, checksum: 4cf50482fa770814eb465e7df5af6db5 (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A identificação de genótipos com desempenho superior é um dos principais objetivos da maioria dos programas de melhoramento de plantas. No entanto, a capacidade de atingir esse objetivo é limitada pelo alto custo da fenotipagem e realização de experimentos. Neste contexto, a Seleção Genômica (SG) foi proposta para estimar o valor genético (VGG) de indivíduos que ainda não foram fenotipados por meio de informações de marcadores distribuídos em todo o genoma. No entanto, a maioria das modelagens da SG expressam o valor fenotípico como função apenas do efeito aditivo do valor genotípico o que dificulta, muitas vezes, uma representação mais realística da arquitetura genética de caracteres quantitativos, sendo a inclusão de efeitos dominância e interações epistáticas fatores cruciais para aumentar a acurácia da predição. O papel da epistasia na arquitetura genética de caracteres complexos tem sido discutido desde o surgimento da genética quantitativa e, embora seja visto por diferentes perspectivas, o reconhecimento sobre sua importância é crescente. Nas populações, a variância genética total é dividida em componentes de variância aditivo, de dominância e de epistasia, que dependem dos efeitos dos locos e das frequências dos alelos presentes na população. Assim, se a frequência do alelo epistático varia entre as populações, o efeito do gene de interesse pode significativo em uma população, mas não em outra, e o efeito pode até mesmo ser inverso sobre o caráter em ambientes diferenciados. Neste contexto, as Redes Neurais Artificias (RNAs) tornam-se alternativas de análise promissoras por capturar relações não lineares entre os marcadores a partir dos próprios dados, o que a maioria dos modelos comumente utilizados na SG não conseguem. Entretanto, a inclusão de todos os marcadores no genoma no modelo aumenta as chances de existência de alta correlação entre eles e representa um enorme desafio computacional, que acarreta menor precisão no treinamento da RNA, que utilizam boa parte de seus recursos para representar porções irrelevantes do espaço de busca, dificultando o aprendizado. Assim, um modelo mais realístico deveria incluir apenas os SNPs (Single Nucletiode polymorphism) ao caráter de interesse. Para minimizar os efeitos da dimensionalidade sobre a modelagem de SG usando RNA foi proposta, no presente trabalho, a utilização de métodos de redução de dimensionalidade do tipo Sonda e Stepwise para fins de seleção de um subconjunto de marcadores que serão utilizados na predição do valor genético. Após a seleção de marcadores, foi avaliada a eficiência do método de seleção genômica RR-BLUP e das redes neurais artificias do tipo de base radial (RNA-REF) e Perceptron de Múltiplas camadas (RNA-MLP) na predição do valor genético em população natural com desequilíbrio gamético. Para isso, foi simulada uma população Fl oriunda da hibridação de genitores divergentes, com 500 indivíduos, genotipados com 1000 marcadores do tipo SNP. As características fenotípicas foram determinadas adotando-se três modelos: aditivo, aditivo-dominante e epistático, atendendo duas situações de dominância: parcial e completa com caracteres quantitativos admitindo herdabilidades (hª) de 30 e 60%, controlados cada um por 100 locos, considerando dois alelos por loco, totalizando 12 cenários distintos. Para avaliar a capacidade de predição, o modelo RR-BLUP e RNA- RBF foram treinados utilizando 80% dos indivíduos da população e procedimento de validação cruzada com cinco repetições. Para tanto foram obtidos o quadrado da correlação entre o valor genômico predito (GEBV) e o valor genotípico/fenotípico para medir a acurácia seletiva (R2) e a raiz do erro do quadrado médio (REQM), para medir a acurácia preditiva. Os resultados obtidos pela validação genotípica no primeiro capitulo mostraram que o uso de redes neurais permite capturar as interações epistáticas levando a uma melhora na predição do valor genético e, principalmente, a grande redução da raiz do erro médio quadrado (REQM), o que indica maior confiabilidade da predição do valor genômico. No entanto, a partir dos resultados obtidos por validação fenotípica foi evidente que a acurácia de predição poderia ser melhorada ao introduzir a seleção de marcadores. Consequentemente, no segundo capítulo de trabalho, após aplicar os métodos de redução de dimensionalidade, sonda e Stepwise, acurácia de predição aumentou. Por exemplo, para a h2= 0.3 no cenário aditivo, o R2 de validação foi de 59.l% para rede neural (RNA-REF), 57% (RNA-MLP) e 57% para RR-BLUP e, no cenário epistático, os valores de R2 foram de 50%, 47 e 41%, respectivamente. Adicionalmente, ao analisarmos REQM, a diferença entre os desempenhos das técnicas é ainda maior. Para o cenário 1, as estimativas foram de 91 (RR-BLUP) e 5 para ambas as redes neurais e, no cenário mais crítico que incluía epistasia e dominância, de 427(RR-BLUP) e 20 para as redes neurais. Os resultados obtidos mostram que a utilização de redes neurais permite capturar as interações epistáticas levando a um aumento na acurácia da predição do valor genético e, principalmente, redução do erro quadrático médio, o que indica maior confiabilidade da predição do valor genômico. / The identification of elite individual is a critical component of most plant breeding programs. However, the ability to achieve this goal is limited by the high cost of phenotyping and conducting experiments. In this context the genomic selection was proposed to use all marks presents in the genome to estimate the genomic breeding value of individuals (GEBV) without the need to phenotyping. However, most applications of GS includes only the additive portion of the genetic value, and a more realistic representation of the genetic architecture of quantitative traits should have the inclusion of dominance and epistatics interaction. The role of epistasis in the genetic architecture of quantitative traits has been debated since first formulations of quantitative genetic theory, and different perspectives regarding the importance of epistasis arise. In populations, the total genetic variance is partitioned into components that are attributable to additive, dominance and epistatic variance, which depend on allele frequencies. If the allele frequency of the interacting locus varies among populations, the effect of the target locus can be significant in one population but not in another, or can even be of the opposite sign. In this context, Artificial Neural Networks (ANNs) has a great potential because they can capture non-linear relationships between markers from the data themselves, which most of the models commonly used in the GS can not. However, the inclusion of all markers in the prediction model increases the chances of a high correlation between the marks and represents a huge challenge that add less precision and a great computational demand for ANNs training that use a good part of their resources to represent irrelevant portions of the search space and compromising the learning process. Thus, a more realistic model should include only SNPs that are related to the traits of interest. Because of this, it was proposed to use dimensionality reduction methods, applied to the prediction of genetic values, for the purpose of selecting a subset of markers by means of specific procedures such as Sonda or Stepwise regressions. In this way, the objective of this work is to evaluate the efficiency of genome enabled prediction by using RR-BLUP (GS) and artificial neural networks as radial basis function neural network (RBFNN), and Multi-layer Perceptron (RNA-MLP) in the prediction of the genetic value in a natural population with linkage disequilibrium without (chapter 1) and with (chapter 2) the dimensionality reduction. For this, an Fl population from the hybridization of divergent parents with 500 individuals genotyped with l,000 SNP-type markers was simulated. The phenotypic traits were determined by adopting three different gene action models: additive, additive-dominance and epistasis, attending two dominance situations: partial and complete with quantitative traits admitting heritabilities (hz) ranging from 30 to 60%, each is controlled by 50 loci, considering two alleles per loco, totaling 12 different scenarios. To evaluate the predictive ability of RR-BLUP and the neural networks a cross- validation procedure with five replicates were trained using 80% of the individuals of the population. Two dimensionality reduction methods Stepwise and Sonda were used to calculated the square of the correlation between predicted genomic value (GEBV) and genotype/phenotype value was used to measure predictive reliability(R2) and the predictive mean-squared error root (MSER). In the chapter one of this work the results showed that the use of neural networks allows capturing the epistasic interactions leading to an improvement in the accuracy of the prediction of the genetic value and, mainly, a large reduction of the mean square error root (MSER) that indicates greater reliability of the prediction of the genomic value. But from the results using phenotypic validation it was clearly that is possible to make further improvements on the accuracy by introducing the variable selection. Consequently, in the second chapter, after applied the dimensionality reduction methods, the the accuracy increased. For example, for h2 = 0.3 in the additive scenario, the validation R2 was 59% for neural network (RBFNN), 57% (RNA-MLP) and 57% for RR-BLUP, and in the epistemic scenario R2 values were 50%, 47 and 41%, respectively. Additionally, when analyzing the mean-squared error root the difference in performance of the techniques is even greater. For additive scenario, the estimates were 9l (RR-BLUP) and 5 for both neural networks and, in the most critical scenario, 427 (RR-BLUP) and 20 for neural networks. The results show that the use of neural networks allows capturing the epistasis interactions leading to an improvement in the accuracy of the prediction of the genetic value and, mainly, a large reduction of the mean square error root that indicates greater reliability of the prediction of the genomic value. / A folha de aprovação está com o nome do curso errado.

Orientador : Antonio Celso N. de Magalhães / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-15T05:20:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mazzafera_Paulo_M.pdf: 10336057 bytes, checksum: 514fe2c3ed0f15e31cdb3eb6fbd15dd0 (MD5) Previous issue date: 1987 / Resumo: Para o complexo patógeno-hospedeiro coffea arábica L.Hemileia vastatrix Berk. Et Br. Foram testados dois métodos de indução de resistência. Em um deles, folhas de dois cultivares de café Catuai (SH5) e cii22-18 (SH2Sh%), foram expostas a diferentes períodos de irradiação com, luz na qualidade vermelha extremo, para em seguida serem retirados discos de folhas e estes inoculados com esporos de ferrugem, raça ll 9v5). No segundo método, discos de folhas dos mesmos cultivares de café foram inoculados com esporos de ferrugem inativados termicamente, em três concentrações (0,1 e 2 mg.ml-1 H2O). Em seguida, em diferentes dias após esta prévia inoculação, os discos foram inoculados com esporos viáveis da mesma raça de ferrugem, nas concentrações 0,25, 0,5 e 1 mg.ml-1H2o.Observou-se indução de resistência na planta suscetível apenas no segundo método. Tal fato foi melhor evidenciado na combinação 2 mg.ml-1 H2O/0,5 mg.ml-1 H2O no primeiro dia após a inoculação com esporos inativos de ferrugem.Também se determinou o teor de fenóis totais e dosou-se a atividade das enzimas felilalanina amônia-liase, polifenoloxidase e peroxidase. Não foram encontradas variações estatisticamente significativas em nenhum dos casos. Análises cromatográficas dos extratos etanólicos de fenóis revelaram o aparecimento de uma nova substância fenólica em Catuai, e uma outra em C1122-18, sendo identificadas como flavonol e isoflavona, respectivamente / Abstract: Two methods were tried to induce resitance in the hostpathogen system coffea arabica-Hemileia vastratrix. In the first method. Leaf discs of two cultivars (Catuai, SH5 and c1122-18, SH2SH5) were inoculated with uredospores of race ll (v5) after the leaves were exposed to far red irradiation with different durations. In the second method, discs of leaves of the same cultivars were inoculated with thermically inactivated uredospores of race ll at 0,1, and 2mg.ml-1 HO concentrations. The discs were inoculated with viable uredospores and on different days after the pre-treatment with inactivated uredospores.Induced resistence was obtained in the susceptible plant (Catuai) only by the second method. Most evidence of induced resistence was obtained in the combination of 2mg.ml-1 Ho of dead uredospore with 0,5 mg.ml-1 H2O of viable uredospores, applied one day after pre-treatment.Total phenol content., peroxidase, polyphenoloxidase and phenylalanine ammonia_liase activities were also assayed. However no significant differences were observed among treatments.Phenolic extracts were analysed by cellulose thin-layer chromatography and two new spots were detected, identified as a flavonol in the susceptible cultivar catuasi and an isoflavone in the resistant cultivar C1122-18. Flavonol might be associated with the induced resistance in leaf discs of Catuai by the treatment with inactivated uredospores, as suggested by its appearance on the days that induced resistance was most evident / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Ciências Biológicas