Orientador: Patrícia Pintor dos Reis / Resumo: Introdução: o Edema de Reinke (ER) é uma lesão laríngea considerada benigna relacionada ao tabagismo. Dados em literatura relatam associações entre o ER e a detecção de diferentes graus de displasia e carcinoma in situ, bem como alterações na imunoexpressão de proteínas tumorais como a p53. Alguns autores classificam o ER entre as lesões pré-malignas, com risco de transformação e progressão para carcinoma de laringe. Não havendo consenso na literatura, torna-se necessária a realização de estudos moleculares. Objetivos: caracterizar o perfil genômico global de alterações no número de cópias do DNA em amostras de pacientes com ER. Métodos: oito amostras removidas por microcirurgia foram submetidas à extração do DNA. Os perfis de alteração no número de cópias genômicas e os genes candidatos associados foram analisados pela metodologia da hibridação genômica comparativa (CGH array), utilizando-se a plataforma de 4x180K (Agilent Technologies). Os dados de microarranjos foram analisados utilizando o programa CytoGenomics v4.0.2.21 (Agilent Technologies). As alterações no número de cópias (CNAs) obtidas foram comparadas com o banco de dados Database of Genomic Variants (DGV). A classificação dos genes selecionados para análise foi realizada baseada em dados descritos no National Center for Biotechnology Information (NCBI). Resultados: Foram encontrados perdas, ganhos ou deleções em 54 genes, um RNA não codificador longo intergênico (lincRNA), seis sequências hipotéticas e 10 microRN... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

OLIVINDO, C. S. Detecção de microorganismos utilizando a técnica de pcr em sequências palindrômicas extragênicas repetidas (REP-PCR) no monitoramento da qualidade do leite de cabra em sala de ordenha. 2007. 63 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2014-12-01T20:55:18Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_csolivindo.pdf: 1226844 bytes, checksum: e9136531eeb4caff7322857cb9148fec (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2016-01-20T23:42:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_csolivindo.pdf: 1226844 bytes, checksum: e9136531eeb4caff7322857cb9148fec (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-20T23:42:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_csolivindo.pdf: 1226844 bytes, checksum: e9136531eeb4caff7322857cb9148fec (MD5) Previous issue date: 2008 / The present study was carried out, with the objective of applying the PCR technique in repetitive extragenic palindromic (REP-PCR) sequences in the monitoring of the quality of goat milk, through the detection of Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Streptococcus spp., in samples of milking handlers, goats teats, milk, milk machine and water, for the future establishment and implantation of the system of Hazard Analysis Critical Control Points (HACCP). Several fingerprints was verified of all the isolates collected of the different studied sources (milking handlers, goats teats, milk, milk machine and water). It was observed very similar behaviors of the bands indicating that the isolates can be related as epidemic clones. The water without treatment, used for the wash milking handlers, it was characterized as a critical point of control (PCC), because stands out as starter contamination in the Streptococcus spp., Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa samples. Another PCC would be the hands of the milking handlers, because in the Staphylococcus aureus samples, it is also appears as initial point of contamination. The technique demonstrated to be efficient for the similarity analysis among individuals of the same species, in case, of the Staphylococcus aureus, Streptococcus spp., Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa, being, therefore, an useful tool for investigation of fails on management and consequently, in the search of more efficient control to avoid or to minimize the spread of pathogenic microorganisms that cause serious illnesses in humans and animals, and can be transmitted through products as the milk and your products. / O presente estudo foi realizado, com o objetivo de aplicar a técnica de PCR em seqüências palindrômicas extragênicas repetidas (REP-PCR) no monitoramento da qualidade do leite de cabra, através da detecção de Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa e Streptococcus spp., em amostras de mãos de ordenhadores, tetos das cabras, leite, ordenhadeira e água, para o futuro estabelecimento e implantação do sistema de Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle (APPCC). Verificou-se vários fingerprints de todos os isolados coletados das diferentes fontes estudadas (mãos de ordenhadores, tetos das cabras, leite, ordenhadeira e água). Observou-se comportamentos muito similares das bandas indicando que os isolados podem ser relatados como clones epidemiológicos. A água sem tratamento, utilizada para a lavagem das mãos dos ordenhadores, caracterizou-se como um ponto crítico de controle (PCC), pois se destaca como iniciador de contaminação nas amostras Streptococcus spp., Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa,. Outro PCC seria as mãos do ordenhador, pois nas amostras de Staphylococcus aureus, aparece também como indicador de contaminação. A técnica demonstrou ser eficiente para a análise da similaridade entre indivíduos da mesma espécie, no caso, do Staphylococcus aureus, Streptococcus spp., Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa, sendo, portanto, uma ferramenta útil para investigação de falhas no manejo e consequentemente, na busca de um controle mais eficiente para evitar ou minimizar a disseminação de microrganismos patogênicos causadores de sérias enfermidades em humanos e animais, que muitas vezes podem ser transmitidas através de produtos como o leite e seus derivados.

A enorme quantidade de dados que vem sendo gerada por tecnologias modernas de biologia representam um grande desafio para áreas como a bioinformática. Há uma série de programas disponíveis para a análise destes dados, mas que nem sempre são compreendidos o suficiente para serem corretamente aplicados, ou ainda, há problemas que requerem o desenvolvimento de novas soluções. Neste trabalho, nós apresentamos a análise de dados de duas das principais fontes de dados em larga escala: microarrays e sequenciamento. Na primeira, avaliamos se a estatística do método Rank Products (RP) é adequada para a identificação de genes diferencialmente expressos em estudos de doenças complexas, cujo uma das características é a heterogeneidade genética entre indivíduos com o mesmo fenótipo. Na segunda, desenvolvemos uma ferramenta chamada hunT para buscar por genes alvos do fator de transcrição T - um importante marcador de mesoderma com papel chave no desenvolvimento de vertebrados -, através da identificação de sítios de ligação para o T em suas sequências reguladoras. O desempenho do RP foi testado usando dados simulados e dados reais de um estudo de fissura lábio-palatina não-sindrômica, de autismo e também de um estudo que avalia o efeito da privação do sono em humanos. Nossos resultados mostraram que o RP é uma solução eficiente para detectar genes consistentemente desregulados em somente um subgrupo de pacientes, que esta habilidade é mantida com poucas amostras, mas que o seu desempenho é prejudicado quando são analisados poucos genes. Obtivemos fortes evidências biológicas da eficiência do método nos estudos com dados reais através da identificação de genes e vias previamente associados às doenças e da validação de novos genes candidatos através da técnica de PCR quantitativo em tempo real. Já o programa hunT identificou 4.602 genes de camundongo com o sítio de ligação para o domínio do T, sendo alguns deles já demonstrados experimentalmente. Identificamos 32 destes genes com expressão alterada em um estudo onde avaliamos o transcriptoma da diferenciação in vitro de células tronco embrionárias de camundongo para mesoderma, sugerindo a participação destes genes neste processo sendo regulados pelo T / The large amount of data generated by modern technologies of biology provides a big challenge for areas such as bioinformatics. In order to analyze these data there are several computer programs available; however these are not always well understood enough to be correctly applied. Moreover, there are problems that require the development of new solutions. In this work, we present the data analysis of two main high-throughput data sources: microarrays and sequencing. Firstly, we evaluated whether the statistic of Rank Products method (RP) is suitable for the identification of differentially expressed genes in studies of complex diseases, which are characterized by the vast genetic heterogeneity among the individuals affected. Secondly, we developed a tool named hunT to search for target genes of T transcription factor - an important mesodermal marker that plays a key role in the vertebrate development -, by identifying binding sites for T in their regulatory sequences. The RP performance was tested using both simulated and real data from three different studies: non-syndromic cleft lip and palate, autism and sleep deprivation effect in Humans. Our results have shown that RP is an effective solution for the identification of consistently deregulated genes in a subgroup of patients, this ability is maintained even with few samples, however its performance is impaired when only few genes are analyzed. We have obtained strong biological of effectiveness of the method in the studies with real data by not only identifying genes and pathways previously associated with diseases but also corroborating the behavior of novel candidate genes with the real-time PCR technique. The hunT program has identified 4,602 mouse genes containing the binding site for the T domain, some of which have already been demonstrated experimentally. We identified 32 of these genes with altered expression in a study which evaluated the transcriptome of in vitro differentiation of mouse embryonic stem cells to mesoderm, suggesting the involvement of these genes in this process regulated by T

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Damiana Mirian da Cruz e Cunha.pdf: 2264368 bytes, checksum: 62f85b5e1f20e0397e3b33bbbe7b4f00 (MD5) Previous issue date: 2015-03-16 / Genetically determined conditions affect millions of families worldwide. More than 40% of cases of severe Intellectual Disability (ID) are caused by monogenic diseases or chromosomal abnormalities. In Brazil, a country with 185 million people, some disability is expected to affect about 25 million (14%) people, and of these, approximately 17 million (68%) would have ID. Downs Syndrome (DS) was recognized and first described by John Langdon Down in 1866. DS is the most common autosomal genetic abnormality, contributing with approximately 18% of all cases of DI. The average prevalence rate is 1:650 live births, which increases with advancing maternal age. DS aetiology is related to the excess of genetic material from an extra chromosome 21. DS could also results from chromosomal translocation resulting in trisomy 21 and post-zygotic mosaicism. The phenotype associated with DS varies in signs and intensity. However, ID is a highly conserved feature on those who are affected by the trisomy 21 and has a major impact on public health and individual quality of life. Despite the phenotypic pathognomonic characteristics of DS, there is still a challenge in the clinical diagnosis. The current study reported the laboratory investigation of 6 probands with complex phenotypes, which had features in common with the SD. However, while the physical examination generated the clinical hypothesis, the cytogenetic laboratory tests were not useful for diagnostic resolution. In this context, Chromosomal Microarray Analysis (CMA) was used to support the laboratory diagnosis of cases with clinical indication of SD whose karyotypes showed up without apparent numerical or structural chromosome changes. In our study, laboratory diagnosis using CMA was not possible for 83.3% (5-6) of the cases. For those, higher-resolution methods such as exon sequencing or new generation sequencing must be used to assist elucidating the underlying genomic alteration behind the observed the rare variant phenotypes. As discussed by Howell et al (2013), despite major advances in diagnosis using neuroimaging, molecular, and metabolic strategies a significant proportion of children with global developmental delay, with or without dysmorphic signs will remain without a conclusive diagnosis of the underlying cause clinically recognized phenotype. In our study, although there were no genomic changes suggestive of DS, the analyzed cases showed a gain and losses of genomic material identified by the CMA that have potential to explain the phenotype of probands and guide decision-making on the part of families and the health care providers. The results presented and discussed in this dissertation showed a detection rate of ~17%. However, no patient had DS, as suggested by the clinical hypothesis, as there was no involvement of the critical region of Down Syndrome on chromosome 21 in any case. The laboratory diagnosis rate for the DS was 78.5% in line with expectations and trends in the diagnosis of this syndrome worldwide. The CMA allowed establishing the genotype-phenotype correlation for one case, for which it was observed a proximal deletion of SHANK3 gene whose haploinsufficiency is responsible for Phelan- McDermid Syndrome. In this study we identified four genes that could be contribute to the phenotypes of probands, namely: AGL12, MAGEA8, IL1RAPL1, and CNTNAP2, located in 22p13, Xq28, Xp21 and 7q35, respectively. This set of genes should be highlighted in structural and functional genomic studies to pinpoint candidate genes correlated to rare phenotypes. / Condições geneticamente determinadas acometem milhões de famílias no mundo. Mais de 40% dos casos de Deficiência Intelectual (DI) grave são causados por doenças monogênicas ou anomalias cromossômicas. Com relação à DI, no Brasil, com 185 milhões de habitantes, cerca de 25 milhões (14%) apresentam alguma deficiência. Desses, aproximadamente 17 milhões (68%) apresentam DI. A Síndrome de Down (SD) foi reconhecida e descrita pela primeira vez por John Langdon Down em 1866, sendo a mais frequente anomalia genética autossômica, contribuindo por aproximadamente 18% de todos os casos de DI. A incidência média é de 1 em cada 650 nascimentos, que aumenta com avanço da idade materna. Sua etiologia está relacionada ao excesso de material genético proveniente do cromossomo 21. Em geral, há ainda possibilidade de ocorrer trissomia 21 por translocação cromossômica e casos de mosaicismo pós-zigóticos. O fenótipo associado à SD seja variável em sinais e em intensidade. Porém, a DI é a característica altamente conservada ente os afetados e tem um grande impacto na saúde pública e na qualidade de vida individual. Apesar das características fenotípicas da SD ser patognomónicas, ainda persiste na comunidade médica o desafio do diagnóstico clínico. O presente estudo relatou a experiência da avaliação de 6 probandos com fenótipos complexos, que apresentavam características em comum com a SD. No entanto, embora o exame físico tenha gerado a hipótese clínica, os testes laboratoriais de citogenéticas não foram úteis para a resolução diagnóstica. Neste contexto, foi aplicada a Análise Cromossômica por Microarranjos (CMA) para a elucidação diagnóstica dos casos com indicação clínica para SD cujos cariótipos apresentaram-se sem alterações cromossômicas numéricas ou estruturais aparentes. Para cerca de 83,3% (5-6) dos casos apresentados no presente estudo, ainda se faz necessário o uso de metodologias de maior resolução como o sequenciamento de exomas ou o sequenciamento e nova geração para tentar elucidar a alteração genômica subjacente aos achados fenótipos dos pacientes, que devem ser, subsequentemente, confirmados com estudos funcionais e epidemiológicos para estes fenótipos variantes raros. Conforme discutido por Howell e colaboradores (2013), apesar dos grandes avanços no diagnóstico usando estratégias de neuroimagem, moleculares e metabólicas, uma proporção significante de crianças com atraso global do desenvolvimento, com ou sem sinais dismórficos, permanecerão sem um diagnóstico conclusivo da causa subjacente ao fenótipo clinicamente reconhecido. No presente estudo, mesmo não apresentando alterações sugestivas para SD, os casos analisados apresentaram diversas alterações identificadas pelo CMA que em conjunto possuem potencial para explicar os fenótipos dos probandos e orientar as tomadas de decisões por parte famílias e dos profissionais de saúde que as assistem. Os resultados apresentados e discutidos nesta dissertação permitiram concluir que a taxa de detecção de alterações genômicas para o diagnóstico dos casos apresentados foi de ~17%. No entanto, nenhum paciente apresentou a SD, conforme sugerido pela indicação clínica, pois em nenhum caso houve o envolvimento da região crítica da Síndrome de Down no cromossomo 21. A taxa de diagnóstico laboratorial para a SD foi de 78,5%, em consonância com o esperado para as tendências de diagnóstico desta síndrome no mundo. A CMA permitiu estabelecer a correlação genótipo-fenótipo para um caso, para o qual foi observado deleção proximal do gene SHANK3, cuja haploinsuficiência é responsável pela Síndrome de Phelan-McDermid. No presente estudo foram identificados 4 genes que poderiam estar contribuindo com os fenótipos dos probandos, a saber: AGL12, MAGEA8, IL1RAPL1 e CNTNAP2, localizados em 22p13, Xq28, Xp21 e 7q35, respectivamente. Este conjunto de genes merecem destaque em estudos detalhados de genômica estrutural e funcional para apontar genes candidatos corelacionados aos fenótipos raros.

A enorme quantidade de dados que vem sendo gerada por tecnologias modernas de biologia representam um grande desafio para áreas como a bioinformática. Há uma série de programas disponíveis para a análise destes dados, mas que nem sempre são compreendidos o suficiente para serem corretamente aplicados, ou ainda, há problemas que requerem o desenvolvimento de novas soluções. Neste trabalho, nós apresentamos a análise de dados de duas das principais fontes de dados em larga escala: microarrays e sequenciamento. Na primeira, avaliamos se a estatística do método Rank Products (RP) é adequada para a identificação de genes diferencialmente expressos em estudos de doenças complexas, cujo uma das características é a heterogeneidade genética entre indivíduos com o mesmo fenótipo. Na segunda, desenvolvemos uma ferramenta chamada hunT para buscar por genes alvos do fator de transcrição T - um importante marcador de mesoderma com papel chave no desenvolvimento de vertebrados -, através da identificação de sítios de ligação para o T em suas sequências reguladoras. O desempenho do RP foi testado usando dados simulados e dados reais de um estudo de fissura lábio-palatina não-sindrômica, de autismo e também de um estudo que avalia o efeito da privação do sono em humanos. Nossos resultados mostraram que o RP é uma solução eficiente para detectar genes consistentemente desregulados em somente um subgrupo de pacientes, que esta habilidade é mantida com poucas amostras, mas que o seu desempenho é prejudicado quando são analisados poucos genes. Obtivemos fortes evidências biológicas da eficiência do método nos estudos com dados reais através da identificação de genes e vias previamente associados às doenças e da validação de novos genes candidatos através da técnica de PCR quantitativo em tempo real. Já o programa hunT identificou 4.602 genes de camundongo com o sítio de ligação para o domínio do T, sendo alguns deles já demonstrados experimentalmente. Identificamos 32 destes genes com expressão alterada em um estudo onde avaliamos o transcriptoma da diferenciação in vitro de células tronco embrionárias de camundongo para mesoderma, sugerindo a participação destes genes neste processo sendo regulados pelo T / The large amount of data generated by modern technologies of biology provides a big challenge for areas such as bioinformatics. In order to analyze these data there are several computer programs available; however these are not always well understood enough to be correctly applied. Moreover, there are problems that require the development of new solutions. In this work, we present the data analysis of two main high-throughput data sources: microarrays and sequencing. Firstly, we evaluated whether the statistic of Rank Products method (RP) is suitable for the identification of differentially expressed genes in studies of complex diseases, which are characterized by the vast genetic heterogeneity among the individuals affected. Secondly, we developed a tool named hunT to search for target genes of T transcription factor - an important mesodermal marker that plays a key role in the vertebrate development -, by identifying binding sites for T in their regulatory sequences. The RP performance was tested using both simulated and real data from three different studies: non-syndromic cleft lip and palate, autism and sleep deprivation effect in Humans. Our results have shown that RP is an effective solution for the identification of consistently deregulated genes in a subgroup of patients, this ability is maintained even with few samples, however its performance is impaired when only few genes are analyzed. We have obtained strong biological of effectiveness of the method in the studies with real data by not only identifying genes and pathways previously associated with diseases but also corroborating the behavior of novel candidate genes with the real-time PCR technique. The hunT program has identified 4,602 mouse genes containing the binding site for the T domain, some of which have already been demonstrated experimentally. We identified 32 of these genes with altered expression in a study which evaluated the transcriptome of in vitro differentiation of mouse embryonic stem cells to mesoderm, suggesting the involvement of these genes in this process regulated by T

A Fibrose cística (FC) é uma condição genética que predispõe os portadores a infecções crônicas repetidas do trato respiratório. O complexo Burkholderia cepacia (CBC), formado por espécies (variantes genômicas) intimamente relacionadas, são microorganismos comumente associados a essas infecções. A variante genômica do CBC envolvida na colonização de um determinado paciente influencia diretamente na progressão da sua doença e sobrevida. A identificação fenotípica do CBC é difícil por se tratar de um bacilo Gram-negativo não fermentador e a identificação de suas espécies é ainda mais complexa devido à similaridade fenotípica que existe entre elas. Os principais objetivos do estudo foram a padronização de uma técnica molecular de PCR-RFLP ("polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism") para identificação do CBC e de suas espécies e o estabelecimento da prevalência dessas espécies entre os pacientes com FC atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de fevereiro a dezembro de 2006. Na análise por PCR foram utilizados iniciadores específicos para o gene recA (BCR1 e BCR2). Para o RFLP foram utilizadas as enzimas de restrição HaeIII e Mnll (New England Biolabs Inc., Hitchin, England). No período do estudo foram submetidas ao laboratório amostras de 244 pacientes com FC, sendo que em amostras de 26 pacientes foram identificadas bactérias pertencentes ao CBC. Nesse período, 10.6% (26/244) dos pacientes com fibrose cística que entraram no critério de inclusão estavam colonizados pelo CBC. A análise molecular do gene recA mostrou que B. cenocepacia foi isolada de 53.8% (14) dos pacientes, B. multivorans; 15.4% (4); B. vietnaminsis 7.7% (2) e B. ambifaria 7.7% (2). Dois pacientes 7.7% (2) estiveram colonizados por B. cenocepacia IIIA and IIIB em diferentes momentos. Em dois pacientes não foi possível realizar a identificação em nível de espécie. As técnicas moleculares, como PCR-RFLP são mais eficientes para a identificação do CBC e as únicas capazes de identificar suas variantes genômicas, o que é imprescindível para o acompanhamento clínico dos pacientes portadores de fibrose cística.

A Fibrose cística (FC) é uma condição genética que predispõe os portadores a infecções crônicas repetidas do trato respiratório. O complexo Burkholderia cepacia (CBC), formado por espécies (variantes genômicas) intimamente relacionadas, são microorganismos comumente associados a essas infecções. A variante genômica do CBC envolvida na colonização de um determinado paciente influencia diretamente na progressão da sua doença e sobrevida. A identificação fenotípica do CBC é difícil por se tratar de um bacilo Gram-negativo não fermentador e a identificação de suas espécies é ainda mais complexa devido à similaridade fenotípica que existe entre elas. Os principais objetivos do estudo foram a padronização de uma técnica molecular de PCR-RFLP ("polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism") para identificação do CBC e de suas espécies e o estabelecimento da prevalência dessas espécies entre os pacientes com FC atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de fevereiro a dezembro de 2006. Na análise por PCR foram utilizados iniciadores específicos para o gene recA (BCR1 e BCR2). Para o RFLP foram utilizadas as enzimas de restrição HaeIII e Mnll (New England Biolabs Inc., Hitchin, England). No período do estudo foram submetidas ao laboratório amostras de 244 pacientes com FC, sendo que em amostras de 26 pacientes foram identificadas bactérias pertencentes ao CBC. Nesse período, 10.6% (26/244) dos pacientes com fibrose cística que entraram no critério de inclusão estavam colonizados pelo CBC. A análise molecular do gene recA mostrou que B. cenocepacia foi isolada de 53.8% (14) dos pacientes, B. multivorans; 15.4% (4); B. vietnaminsis 7.7% (2) e B. ambifaria 7.7% (2). Dois pacientes 7.7% (2) estiveram colonizados por B. cenocepacia IIIA and IIIB em diferentes momentos. Em dois pacientes não foi possível realizar a identificação em nível de espécie. As técnicas moleculares, como PCR-RFLP são mais eficientes para a identificação do CBC e as únicas capazes de identificar suas variantes genômicas, o que é imprescindível para o acompanhamento clínico dos pacientes portadores de fibrose cística.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-07-03T13:42:30Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2175297 bytes, checksum: 0d32244b68ce823204f52f4f1ca022de (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-03T13:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2175297 bytes, checksum: 0d32244b68ce823204f52f4f1ca022de (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Genomic islands (GIs) are regions of the bacterial and archaeal genomes that were acquired through the phenomenon of horizontal transfer. Usually, these regions provide important adaptations to these organisms, such as antibiotic resistance and pathogenicity, whose effects can be harmful to other species. For these reasons, many computational methodologies have been proposed for their prediction, however, none of them are capable to precisely identify the whole repertoire of islands present in a given genomic sequence. Therefore, the development of new approaches that explore different aspects of these regions is timely, allowing the identification of those not known. In this paper, it is proposed a novel method for the identification of GIs, built based on mean shift clustering algorithm, with the automatic bandwidth calculation, necessary to its operation. Test results with genomic island inserted in bacterial genomes show that the method is capable of identifying these regions, with sensitivity rates above 99%. Tests performed with bacterial genomes with known GIs revealed the potential of the method for their identification and for the discovery of new island. The detailed study of the new islands content pointed the presence of typical GIs elements, confirming its effectiveness in the prediction of these regions. / Ilhas genômicas (IGs) são regiões do genoma de bactérias e arqueas adquiridas por meio do fenômeno da transferência horizontal. Frequentemente, essas regiões proporcionam importantes adaptações a esses organismos, como resistência a antibióticos e patogenicidade, cujos efeitos podem ser danosos a outras espécies. Por essa razão, diversas metodologias computacionais foram propostas para a sua predição, porém nenhuma capaz de identificar o repertório completo de ilhas presentes em uma determinada sequência genômica. Portanto, torna-se oportuno o desenvolvimento de novas abordagens que explorem diferentes aspectos dessas regiões, permitindo a identificação daquelas não conhecidas. Nesse trabalho, propõe-se um novo método para a identificação de IGs, construído com base no algoritmo de agrupamento mean shift, com o cálculo automático da largura de banda, indispensável para o seu funcionamento. Resultados dos testes com ilhas genômicas inseridas em genomas de bactérias mostram que o método é capaz de identificar essas regiões com taxas de acerto acima de 99%. Testes realizados com genomas de bactérias com IGs conhecidas revelaram o potencial do método para a sua identificação e para a descoberta de novas ilhas. O estudo detalhado do conteúdo das novas ilhas apontou a presença de elementos típicos de IGs, confirmando a eficácia do método na predição dessas regiões.

A Fibrose cística (FC) é uma condição genética que predispõe os portadores a infecções crônicas repetidas do trato respiratório. O complexo Burkholderia cepacia (CBC), formado por espécies (variantes genômicas) intimamente relacionadas, são microorganismos comumente associados a essas infecções. A variante genômica do CBC envolvida na colonização de um determinado paciente influencia diretamente na progressão da sua doença e sobrevida. A identificação fenotípica do CBC é difícil por se tratar de um bacilo Gram-negativo não fermentador e a identificação de suas espécies é ainda mais complexa devido à similaridade fenotípica que existe entre elas. Os principais objetivos do estudo foram a padronização de uma técnica molecular de PCR-RFLP ("polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism") para identificação do CBC e de suas espécies e o estabelecimento da prevalência dessas espécies entre os pacientes com FC atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de fevereiro a dezembro de 2006. Na análise por PCR foram utilizados iniciadores específicos para o gene recA (BCR1 e BCR2). Para o RFLP foram utilizadas as enzimas de restrição HaeIII e Mnll (New England Biolabs Inc., Hitchin, England). No período do estudo foram submetidas ao laboratório amostras de 244 pacientes com FC, sendo que em amostras de 26 pacientes foram identificadas bactérias pertencentes ao CBC. Nesse período, 10.6% (26/244) dos pacientes com fibrose cística que entraram no critério de inclusão estavam colonizados pelo CBC. A análise molecular do gene recA mostrou que B. cenocepacia foi isolada de 53.8% (14) dos pacientes, B. multivorans; 15.4% (4); B. vietnaminsis 7.7% (2) e B. ambifaria 7.7% (2). Dois pacientes 7.7% (2) estiveram colonizados por B. cenocepacia IIIA and IIIB em diferentes momentos. Em dois pacientes não foi possível realizar a identificação em nível de espécie. As técnicas moleculares, como PCR-RFLP são mais eficientes para a identificação do CBC e as únicas capazes de identificar suas variantes genômicas, o que é imprescindível para o acompanhamento clínico dos pacientes portadores de fibrose cística.

O hormônio tireotrófico (TSH) é o principal regulador da síntese e da secreção dos hormônios tireoidianos (HTs), os quais exercem um mecanismo de feedback negativo na hipófise reduzindo a síntese das cadeias <font face=\"Symbol\">&#946 e <font face=\"Symbol\">&#945 (CGA - Glycoprotein hormones Alpha Chain) por meio de mecanismos que envolvem modificações na transcrição de genes que codificam essas proteínas (ações genômicas). Na última década tem aumentado o número de evidências de que, em paralelo as ações genômicas clássicas, algumas ações dos HTs são desencadeadas na presença de inibidores da transcrição gênica e em curto espaço de tempo (segundos a minutos), caracterizando-se assim as ações não genômicas dos HTs. Este trabalho tem como foco avaliar a possibilidade de que os HTs regulem a expressão desses genes não genomicamente. Para tal avaliamos as alterações decorrentes do hipotiroidismo, seguido ou não do tratamento agudo com T3 em dose fisiológica ou saturante, sobre o grau de poliadenilação e a expressão do mRNA das subunidades alfa (CGA) e <font face=\"Symbol\">&#946TSH, bem como sua repercussão sobre a síntese e secreção de <font face=\"Symbol\">&#946TSH. Através da metodologia de PCR em Tempo Real observamos nos animais tireoidectomizados tratados com salina (Tx) um aumento de 10 e 4 vezes no conteúdo de mRNA do <font face=\"Symbol\">&#946TSH e CGA, respectivamente, e na razão <font face=\"Symbol\">&#946TSH/CGA quando comparado ao animal eutireoideo. A administração da dose saturante de T3 em 30 min não alterou o conteúdo do mRNA de <font face=\"Symbol\">&#946TSH e CGA, enquanto a dose fisiológica reduziu 52 e 34%, respectivamente, sem alterar a razão <font face=\"Symbol\">&#946TSH/CGA, comparando com o grupo Tx. Com o ensaio RACE-PAT, observou-se que o grupo Tx apresentou um aumento no comprimento da cauda poli-A do mRNA de <font face=\"Symbol\">&#946TSH, não havendo alterações semelhantes para o mRNA de CGA. A administração aguda de T3, apenas na dose saturante, provocou uma redução de 17% no comprimento da cauda poli-A do mRNA do <font face=\"Symbol\">&#946TSH nos animais hipotiroideos comparados com o grupo Tx. Nenhuma alteração foi observada no comprimento da cauda poli-A do mRNA de CGA, indicando um possível efeito específico do T3 sobre a poliadenilação da subunidade <font face=\"Symbol\">&#946. Através dos ensaios Western Blot / ECL, Imunohistoquímica e Histoquímica foi observado que as duas doses de T3 utilizadas promoveram um aumento de 30% no conteúdo protéico de TSH, uma redução na marcação de <font face=\"Symbol\">&#946TSH na periferia dos tireotrofos e aumento na polimerização de actina na hipófise dos animais hipotiroideos tratados, possivelmente por inibir a secreção deste hormônio. Como estes resultados foram observados em 30 min, e parte deles envolveu alterações em etapas pós-transcricionais da regulação da expressão de genes (poliadenilação), podemos inferir que o T3 esteja agindo por uma via não genômica regulando a síntese e secreção do TSH. / The thyroid-stimulating hormone (TSH) is the main regulator of the synthesis and secretion of thyroid hormones (TH), which exert a negative feedback mechanism in the pituitary by reducing the synthesis of <font face=\"Symbol\">&#946 and <font face=\"Symbol\">&#945 (CGA - Glycoprotein hormones alpha chain) chains through mechanisms that involve changes in the transcription of genes that encode these proteins (known as genomic action). However, in the last decade, an increasing body of evidence has shown that, in parallel with the classical genomic mechanisms, some TH actions might be elicited in a short period time (seconds to minutes), and in the presence of gene transcription inhibitors, which indicates that TH can also act nongenomically. In the present study we evaluate if TH could regulate some steps of the expression of <font face=\"Symbol\">&#946 TSH and CGA in a short period of time, which might provide evidence that they could act by non genomic mechanisms. For this, the expression and polyadenylation of alpha (CGA) and <font face=\"Symbol\">&#946 subunits of TSH mRNA, and TSH content, were evaluated by real time PCR and western blot, respectively, in thyroidectomized (hypothyroid) rats, 30 min after they were subjected or not to physiological or saturating doses of T3. It was observed that hyroidectomyzed animals treated with saline (Tx) presented an increase of 10 and 4 times in the content of <font face=\"Symbol\">&#946TSH and CGA mRNA, respectively, and in the <font face=\"Symbol\">&#946TSH / CGA ratio compared with control group. The saturating dose of T3 did not alter the <font face=\"Symbol\">&#946TSH and CGA mRNAs content, but the physiological dose reduced them at 52 and 34% respectively, without changing the <font face=\"Symbol\">&#946TSH / CGA ratio, compared with Tx group. The RACE-PAT assay showed that the Tx rats presented an increase in the mRNA <font face=\"Symbol\">&#946TSH poly-A tail length, whereas no change was observed to the mRNA of CGA. The acute and saturating dose of T3 caused a 17% reduction in the length of mRNA <font face=\"Symbol\">&#946TSH poly-A tail in hypothyroid animals compared with hypothyroid group. No changes were observed in the length of the poly-A tail of mRNA CGA, suggesting a specific effect of T3 on the <font face=\"Symbol\">&#946 subunit polyadenylation. Through the Western blot/ECL, histochemistry and immunohistochemistry methods we could observe that T3 (in both doses used) promoted a 30% increase in TSH protein content, a decrease in <font face=\"Symbol\">&#946TSH labeling near thyrotrophs plasma membrane and increased the actin polymerization in the pituitary of hypothyroid animals, possibly by inhibiting the secretion of this hormone. Considering that these results were observed in 30 min, and some of them involve changes in post-transcriptional regulation of gene expression (polyadenylation), we can infer that in parallel to its genomic action, T3 acts by non genomic pathways in the regulation of the TSH synthesis and secretion.