Este trabalho descreve o isolamento e purificação de uma sequência genômica de Phanerochaete chrysosporium. Esta sequência mostrou alta homologia a um fragmento de 860 pb do gene de β-glucosidase de Trichoderma reesei que foi amplificado através da técnica de reação de polimerização em cadeia (PCR). Os ensaios de hibridização contra o DNA genômico de P. chrysosporium digerido com enzimas de restrição (HindIII, SalI, PstI, EcoRI e BamHI) mostraram várias bandas. Uma única banda de, aproximadamente, 6Kb foi verificada na digestão com EcoRI. Essa banda foi isolada e clonada no sítio de EcoRI do bacteriófago λgt11. Desta forma, foi feito um banco genômico enriquecido. Através da triagem deste banco foi possível isolar e purificar clones com alta homologia a sonda molecular. / This work describes the isolation and purification of a genomic sequence from Phanerochaete chrysosporium. This sequence has shown a high homology to an 860 bp β-glucosidase gene fragment from Trichoderma reesei which was amplified through polymerase chain reaction technique and employed as probe. The hybridization assays against Phanerochaete chrysosporium genomic DNA digested with restriction enzymes (Hind 111, SalI, PstI, EcoRI, BamHI) showed several bands. A unique band, about 6 Kb, was verified within the digestion with EcoRI. This band was isolated and cloned into λgt11 bacteriophage EcoRI cloning site, so, this way, an enhanced genomic library was made. Throughout the screening of this library was possible to isolate and purify clones with high homology to the probe.

Orientadora : Profª. Drª. Cyntia Maria Telles Fadel-Picheth / Coorientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães Cruz / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas. Defesa: Curitiba, 03/07/2017 / Inclui referências : f. 85-108 / Resumo: Aeromonas sao bacilos gram-negativos, encontrados em ambientes aquaticos, capazes de causar diversas infeccoes em humanos destacando-se a diarreia. Os objetivos deste trabalho foram sequenciar o genoma da estirpe A. caviae 8LM, isolada a partir de fezes diarreicas, e realizar analises de genomica comparativa. O sequenciamento foi realizado empregando os sistemas 454 GS Junior, Illumina MiSeq e PacBio. Nas analises de genomica comparativa foram empregadas diversas ferramentas de bioinformatica para analise estrutural e do conteudo genico de estirpes de Aeromonas. O genoma de A. caviae 8LM apresenta 4,6Mb, conteudo GC de 61,7%, dispondo de 4.101 CDS e 10 operons de rRNA distribuidos proximos da origem de replicacao. Foram identificados diversos genes relacionados com virulencia incluindo motilidade e adesao, toxinas, sistemas de secrecao tipo II e VI, entre outros. As analises de genomica comparativa mostram a similaridade do genoma de A. caviae 8LM com outras estirpes da especie. As analises realizadas indicaram divergencias na identificacao de algumas Aeromonas e outras, identificadas apenas ao nivel de genero puderam ser identificadas ao nivel de especie. O pan-genoma de Aeromonas e formado por 9.785 genes e o core genoma 701 genes. Foram detectadas regioes do genoma que podem conter possiveis marcadores moleculares para a especie A. caviae. Os resultados deste trabalho trazem informacoes sobre o genoma e virulencia de A. caviae 8LM, e sugerem a presenca de possiveis marcadores moleculares com potencial para o desenvolvimento de testes diagnosticos. Palavras-chave: Aeromonas. Genoma completo. Genomica comparativa. / Abstract: Aeromonas are gram-negative bacilli, found in aquatic environments, are capable of causing several human infections, highlighting diarrhea. The proposes of this work were to sequence the genome of strain A. caviae 8LM, isolated from diarrheal feces, and carry out comparative genomics analyzes. Sequencing was performed applying the 454 GS Junior, Illumina MiSeq and PacBio systems. In comparative genomics analyzes, several bioinformatics tools were applied for structural and gene content analysis of Aeromonas strains. The genome of A. caviae 8LM presents 4.6Mb, GC content of 61.7%, 4,101 CDS and 10 distributed rRNA operons close to the origin of replication. Several genes related to virulence including motility and adhesion, toxins, type II and VI secretion systems, among others were identified. Comparative genomics analyzes exhibited the similarity of the genome of A. caviae 8LM with other strains of the species. The analyzes indicated differences in identification of some Aeromonas and others that were only identified at genus level could be identified at species level. The pan-genome of Aeromonas consists of 9,785 genes and the core genome 701 genes. Genomic regions containing possible molecular markers for A. caviae species were detected. The results of this work provide information about the genome and virulence of A. caviae 8LM, and suggest the presence of possible molecular markers with potential for the development of diagnostic tests. Key-words: Aeromonas. Complete genome. Comparative genomics.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6317_1.pdf: 1657185 bytes, checksum: 1e4d19c170160bb2e15946903b588d56 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A Leishmania chagasi, um parasita protozoário, é o agente etiológico da Leishmaniose visceral nas Américas. Foi realizado um estudo do transcriptoma desse organismo utilizando-se 17.921 etiquetas de genes expressos (ESTs) gerados a partir de uma biblioteca de cDNA de promastigota. A montagem de todas as seqüências utilizando o CAP3 resultou em 1.449 clusters (utilizando 49% dos ESTs). Aproximadamente 35% dos clusters apresentaram similaridade com alguma seqüência depositada em bancos públicos. As categorias funcionais mais representadas no transcriptoma foram as dos clusters que tiveram anotação para genes que codificam proteínas ribossomais e de transporte, assim como os que tiveram similaridade com genes envolvidos em processos de modificação pós-traducional e renovação de proteínas. De uma amostra de 86 clusters anotados para funções conhecidas ou hipotéticas, foram identificados 79 domínios utilizando os bancos disponíveis no CDD e no Interpro. A maioria desses domínios está previamente descrita tanto em proteínas de eucariotos quanto nas de procariotos. Os domínios nunca descritos para outros Kinetoplastida estão representados entre diferentes classes nos 5 reinos. Adicionalmente, uma interface web com os resultados e a metodologia adotada no presente trabalho foi construída e disponibilizada. Os resultados contribuíram para uma melhor compreensão dos mecanismos de controle de expressão, da interação parasita-hospedeiro, da resistência à drogas e da suscetibilidade e de outros importantes questionamentos biológicos sobre a leishmaniose e doenças parasitárias correlatas

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo892_1.pdf: 4743586 bytes, checksum: eae92dbe2a7cf093e03b863301aadbbc (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os papilomavírus formam um grupo de vírus altamente diverso e específico que infectam mamíferos, aves e répteis. O conhecimento acerca da sua diversidade genética e evolução ainda é pobre, não existindo um cenário compreensivo que elucide as relações filogenéticas desses vírus. Assim, um estudo que visa ao entendimento da variabilidade genética entre os papilomavírus é fundamental para o aumento do conhecimento de sua complexa história evolutiva. Esse trabalho consistiu na análise de 53 sequências genômicas completas de papilomavírus, representando toda sua diversidade conhecida. Estudos de genômica comparativa foram realizados analisando o tamanho dos genomas; conteúdo gênico; variabilidade genética; estatística de códons; pressão seletiva; e recombinação. Regiões de baixa entropia foram utilizadas para a construção de ávores filogenéticas baseadas em quatro métodos diferentes. A metodologia empregada permitiu a identificação de regiões que são conservadas entre os papilomavírus que infectam hospedeiros diferentes, ajudando a entender suas relações evolutivas. Isto é muito importante porque, apesar da grande variação existente entre os genomas dos papilomavírus, fomos capazes de encontrar regiões que são claramente compartilhadas, apresentando baixos níveis de complexidade de informação, com o objetivo de fazer predições. Topologias coerentes foram obtidas com altos valores de confiança, apesar de não haver consistência em alguns nós internos. Esses resultados indicaram que tais regiões são bons marcadores para realização de inferências filogenéticas com menor custo computacional, resultando em um incremento na compreensão da diversificação dos papilomavírus

Orientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães Cruz / Co-orientador : Prof. Dr. Roberto Tadeu Raittz / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências : Bioquímica. Defesa: Curitiba, 28/03/2014 / Inclui referências / Resumo: O Herbaspirillum lusitanum P6-12 foi isolado de nódulos de raiz da planta Phaseolus vulgaris (feijão) em Portugal. O genoma foi obtido através do programa CLCWorkbench utilizando a combinação de leituras de sequências SOLiD e Illumina. Utilizando o programa RAST e posterior revisão manual, a anotação do genoma obteve 4488 genes, cobrindo 87% do genoma, 51 tRNA e um operon ribosomal na ordem 16S rRNA-23S rRNA-5S rRNA. O H. lusitanum P6-12 possui as vias metabólicas Entner-Doudoroff, pentoses fosfato, ácidos tricarboxílicos Embden Meyerhof-Parnas, com exceção da enzima 6-fosfofrutoquinase (EC 2.7.1.11). Não foram encontrados os genes responsáveis pela fixação de nitrogênio, mas foi encontrado o gene que codifica a 1-aminociclopropano-1-carboxilato (ACC) deaminase, relacionada ao desenvolvimento da planta sob condições de estresse. Também foi encontrada a sequência parcial do gene que codifica para a proteína Ribulose-1,5-bisfosfato carboxilase/oxigenase (RuBisCO), ligada a fixação do carbono, embora os outros genes desta via não tenham sido identificados. Análises na diferença de cobertura global em relação à cobertura na região do operon, sinalizaram a presença de mais um operon ribosomal. Foram desenvolvidos métodos de tratamento das regiões de gap que permitiram a finalização do draft em 30 supercontigs, totalizando 4.919.496 pb. A análise do gene 16S rRNA confirmou que a espécie de Herbaspirillum sequenciada foi a de H. lusitanum estirpe P6-12. Foram utilizadas duas metodologias de agrupamento para as proteínas, a ligação simples e a ligação completa. Os grupos de genes ortólogos foram determinados como a intersecção entre os três métodos empregados nas análises OrthoMCL, INPARANOID e BBH, identificando 5218 grupos de genes ortólogos entre as 12 espécies estudas: Herbaspirillum sp. JC206, CF444, GW103, YR522, H. seropedicae SmR1, Os45, Os34, AU14040, H. rubrisubalbicans M1, H. frisingense GSF30 e H. huttiense subsp putei 7-2. Dentro dos 5218 grupos de ortólogos, 768 estiveram presentes em todos os genomas e foram definidos como core genoma. As análises filogenéticas baseadas nos grupos ortólogos sinalizaram uma possível classificação das estirpes Herbaspirillum sp. CF444 como Herbaspirillum lusitanum CF444 e Herbaspirillum sp. GW103 como H. huttiense subsp. putei GW103. Palavras-chave: Herbaspirillum lusitanum P6-12, anotação, grupos ortólogos, bioinformática, genômica. / Abstract: The Herbaspirillum lusitanum P6 -12 was isolated from root nodules of the Phaseolus vulgaris plant (beans) in Portugal. The genome was assembled in CLCWorkbench program using the combination of SOLiD and Illumina reads. Using the RAST program and subsequent manual review, the genome annotation obtained 4.488 genes, covering 87 % of the genome, 51 tRNA and one ribosomal operon 16S rRNA-23S rRNA-5S rRNA. H. lusitanum P6-12 has the Entner- Doudoroff, pentose phosphate, citric acid and Embden Meyerhof-Parnas metabolic pathways, with the exception of the enzyme 6-phosphofructokinase (EC 2.7.1.11). The presence of genes responsible for nitrogen fixation have not been found, but the gene encoding 1- aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase was present. This gene is related with plant development under stress conditions. Another finding was the partial sequence from the carbon fixation protein, Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco). Analysis of the difference in overall genome coverage compared to the operon coverage, showed the presence of another ribosomal operon. Methods of treating regions of gap were developed and allowed the completion of the draft in 30 super-contigs and 4.919.496 bp. The analysis confirmed that the 16S rRNA gene of the species Herbaspirillum lusitanum was sequenced strain P6-12. Orthologous analysis showed the difference in prediction between three methods evaluated, OrthoMCL, INPARANOID and BBH. Two methods of clustering, simple and complet link were used. Groups of orthologous genes were determined as the intersection between the three methods identifying 5218 clusters of orthologous genes among the 12 species studied: Herbaspirillum sp. JC206, CF444, GW103, YR522, H. seropedicae SMR1, Os45, Os34, AU14040, H. rubrisubalbicans M1, H. frisingense GSF30 and H. huttiense subsp. putei 7-2. Within the groups of orthologous, 768 were present in all genomes being defined as core genome. Phylogenetic analysis based on orthologous groups showed a possible classification of Herbaspirillum CF444 as Herbaspirillum lusitanum CF444 and Herbaspirillum GW103 as H. huttiense subsp. putei GW103. Keywords: Herbaspirillum lusitanum P6-12, annotation, orthologous clustering, bioinformatics, genomics.

A pesquisa foi realizada para verificar a influência da trealose endógena e o uso da trealose como crioprotetor na manutenção da viabilidade celular de leveduras submetidas à liofilização. Foi utilizada a levedura Saccharomyces Cerevisiae (TA, IZ-1904 E 5A), as quais, após tratamento térmico para o acúmulo da trealose endógena (45 graus C por 2 horas), foram suspensas em três soluções crioprotetoras (leite desnatado, 10% sacarose, 10% e trealose 10%), as culturas de levedura foram liofilizadas e aos 10, 40 e 90 dias após a liofilização foram determinadas as suas viabilidades. Com o tratamento térmico, o teor de trealose endógena da levedura TA passou de 0,84 para 6,33%, da levedura IZ-1904 de 0,64 para 5,15% e da levedura SA de 0,82 para 6,24%. Dentre os crioprotetores, a solução de leite desnatado foi o que proporcionou melhor crioproteção às células de levedura. As culturas de levedura que passaram pelo tratamento de acúmulo da trealose endógena apresentaram maior manutenção da viabilidade após a liofilização, a qual, para o crioprotetor leite desnatado e aos 10 dias após a liofilização, passou de 31,04 para 58,92% para a levedura TA, de 28,29 para 53,38% para a levedura IZ-1904 e de 32,80 para 59, 62% para a levedura SA, com o acúcar endógeno da trealose. Após a liofilização, a viabilidade das leveduras se manteve constante / not available

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-07-21T13:03:54Z No. of bitstreams: 2 Tese_Lucas_Barros.pdf: 1850198 bytes, checksum: 62400eaf2f3b58b6f7a4e408a60f7e0d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-21T13:03:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Lucas_Barros.pdf: 1850198 bytes, checksum: 62400eaf2f3b58b6f7a4e408a60f7e0d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Anostomidae are a fish family composed about 145 species distributed in 13 genera. The family is known in the North of Brazil as aracus and in other regions as piaus. In the present work 90 specimens of this family were analyzed, representing the species Megaleporinus trifasciatus (former Leporinus trifasciatus), Leporinus fasciatus, L. friderici, L. agassizi, Laemolyta taeniata, Anostomoides laticeps, Rhytiodus microlepis and Shizodon fasciatus. The samples were collected in five different locations in the Amazon region with the objective of identifying how chromosomal / genomic modifications can be related to different environmental conditions, such as the different types of water found in this region. For this, classical (Giemsa, Ag-RON, Bandeamento C) and molecular (fluorescence in situ hybridization - FISH, cross-FISH and microdissection of the W chromosome of M. trifasciatus) cytogenetics techniques were used. Overall, the results did not reveal patterns associated with the different biotopes, both in intraspecific and interspecific analysis. Regarding the karyotype structure, all species are conservative in relation to several conventional chromosome markers, however, significant differences were found in the distribution of the heterochromatin and the carrier pair of the nucleolus organizer region. 18S rDNA showed multiple sites, evidenced in several chromosome pairs in some species, whereas 5S rDNA was located in a single chromosome pair in all species. Cross-hybridization with M. trifasciatus (WMt), M. elongatus (WMe) and M. macrocephalus (WMm) probes (species already analyzed) revealed that the genomes of M. trifasciatus, M. macrocephalus (With ZZ / ZW system) and M. elongatus (species with system Z1Z1Z2Z2 / Z1W1Z2W2) present a high degree of similarity both in the structure and in the location of the hybridization sites. However, crosshybridization of this probe in the genome of species of the genus Leporinus, which do not present a differentiated sex chromosome system, showed low similarity. This information is of great importance, since the accumulation of repetitive sequences in the gene rich regions may reflect the differentiation between proto-sexual, in contrast with the heteromorphic pair ZW. The results obtained in this study show that the repetitive sequences actually play an active role in the anostomide carioevolution, especially in the evolution of the sex chromosome system in M. trifasciatus, M. elongatus and M. macrocephalus and in the origin of the multiple sites of 18S ribosomal DNA in Rhytiodus microlepis, Laemolyta taeniata, Schizodon fasciatus and Megaleporinus trifasciatus. / Anostomidae abriga cerca de 145 espécies, distribuidas em 13 gêneros, conhecidas, na região Norte, como aracus e nas demais regiões do Brasil, como piaus. No presente trabalho foram analisados 90 espécimes desta família, representando as espécies Megaleporinus trifasciatus (antigo Leporinus trifasciatus), Leporinus fasciatus, L. friderici, L. agassizi, Laemolyta taeniata, Anostomoides laticeps, Rhytiodus microlepis e Shizodon fasciatus, coletadas em cinco locais na Amazônia, com o objetivo de identificar como as modificações cromossômicas/genômicas podem estar relacionadas com diferentes condições ambientais, como os diferentes tipos de água que são encontrados nesta região. Para isso foram utilizadas técnicas da citogenética clássica (Giemsa, Ag-RON, Bandeamento C), citogenética molecular (Hibridização in situ fluorescente - FISH, cross-FISH e microdissecção do cromossomo W de M. trifasciatus). No geral, os resultados não revelaram padrões associados aos diferentes biótopos, tanto na análise intra-específica quanto interespecífica. Com relação à estrutura cariotípica, todas as espécies são conservativas em relação a vários marcadores cromossômicos convencionais, porém, diferenças significativas foram encontradas na distribuição da heterocromatina e do par portador da região organizadora de nucléolo. O DNAr 18S apresentou sítios múltiplos, evidenciados em vários pares cromossômicos em algumas espécies, enquanto o DNAr 5S foi localizado em um único par cromossômico em todas as espécies. A hibridização cruzada (crossFISH) com sondas de M. trifasciatus (WMt), M. elongatus (WMe) e M. macrocephalus (WMm)(espécies já analisadas) revelou que os genomas de M. trifasciatus, M. macrocephalus (espécies com sistema ZZ/ZW) e M. elongatus (espécie com sistema Z1Z1Z2Z2/Z1W1Z2W2) apresentam alto grau de similaridade, tanto na estrutura quanto na localização dos sítios de hibridização. Entretanto, a hibridização cruzada desta sonda, no genoma de espécies do gênero Leporinus, que não apresentam sistema de cromossomo sexual diferenciado, mostrou baixa similaridade. Esta informação é de grande importância, uma vez que o acúmulo de sequências repetitivas nas regiões ricas em genes pode refletir a diferenciação entre proto-sexuais, em diferenciação para o par heteromórfico ZW. Os resultados obtidos neste estudo mostram que as sequências repetitivas realmente possuem papel atuante na carioevolução dos anostomídeos, principalmente na evolução do sistema de cromossomos sexuais em M. trifasciatus, M. elongatus e M. macrocephalus e na origem dos múltiplos sítios de DNA ribossomal 18S em Rhytiodus microlepis, Laemolyta taeniata, Schizodon fasciatus e Megaleporinus trifasciatus.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-05-03T12:50:05Z No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Em todo o mundo, as florestas são responsáveis por ocupar cerca de 4 bilhões de hectares. O Brasil apresenta a segunda maior floresta do mundo, com cerca de 54,4% do seu território nacional sendo constituído por florestas naturais e plantadas, distribuídas em seis biomas. As espécies florestais/arbóreas são de grande importância econômica para o país, pois a partir dos produtos obtidos direta ou indiretamente podem favorecer o sustento da população. Além disso, espécies arbóreas podem servir de habitat para diversos microorganismos, entre eles os vírus. Os estudos de vírus infectando espécies arbóreas no Brasil ainda são escassos, devido a algumas dificuldades para detecção e caracterização desse grupo de patógenos devido às suas características peculiares. Com isso o principal objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar espécies virais em espécies arbóreas nativas de diversos biomas encontrados no Brasil. Recentemente novas ferramentas como a metagenômica e plataformas de sequenciamento em alta escala têm propiciado ampliar o conhecimento da diversidade de organismos em diferentes ambientes. Nesse contexto, 60 mudas sintomáticas de espécies arbóreas distribuídas em 27 espécies botânicas e classificadas em 14 famílias, foram coletadas em ambiente de viveiro II da Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP). As amostras analisadas, em pool, tiveram o RNA extraído (protocolo Trizol) após procedimento de semi-purificação visando enriquecimento de partículas virais. Após este procedimento uma amostra composta foi formada e enviada para sequenciamento na Universidade Católica de Brasília (UCB) por meio da tecnologia NGS (Next Generation Sequencing), com o uso da plataforma Illumina Miseq. Os resultados obtidos a partir da análise genômica produziram 2.162 contigs que foram comparados com resultados do banco de dados no programa BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool). A partir do sequenciamento foi obtido um genoma com 9.529 nucleotídeos (nt). Após várias análises verificou-se que o espécime em estudo relaciona-se filogeneticamente com membros da ordem Picornavirales, ao qual denominamos aqui de Hovenia dulcis associated virus (HDAV) Primers específicos para este genoma foram sintetizados e por meio de RT-PCR foi possível realizar a detecção viral em uma amostra de uva do Pará (Hovenia dulcis). Ainda com base no resultado de NGS, sequências de outras seis espécies virais foram obtidas e encontram-se listadas a seguir: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (gênero Carlavirus e família Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus e Strawberry vein banding virus - SVBV (gênero Caulimovirus e família Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (gênero Comovirus e família Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV e Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (gênero Fabavirus família Secoviridae). __________________________________________________________________________ ABSTRACT / Worldwide, forests are responsible for occupying about 4 billion hectares. Brazil shows the second largest forest in the world, with about 54, 4% of its territory consisting of natural and planted forests, distributed in six biomes. The forest species are of great economic importance to the country, producing many products, directly or indirectly, that can help the sustenance of the population. Furthermore, tree species can harbor some microorganisms such as viruses. Studies about infecting-tree-specie viruses in Brazil are still scarce due to some difficulties for detection and characterization of this pathogen group because it shows peculiar characteristics. Thus, the main objective of this study was to identify and characterize viral species ocurrying in native tree species from six biomes found in Brazil. Recently new tools such as metagenomics and large-scale sequencing platforms have led to increase knowledge about the diversity of organisms in different environments. In this context, 60 symptomatic seedlings of tree species, distributed in 27 botanical species and classified into 14 families, were collected in Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP) nursery environment. The samples were analyzed in pool and had their RNA extracted by a Trizol protocol after semi-purification procedure in order to enrich viral particles. After this procedure, a compose sample was formed and sent for sequencing at Universidade Católica de Brasília (UCB) by NGS (Next Generation Sequencing) technology using the Illumina platform Miseq. The results from the genomic analysis produced 2,162 contigs, which were compared with database results BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool) program. From the sequencing was obtained with a genome 9529 nucleotides (nt) was initially identified as Hovenia dulcis associated virus (HDAV). Specific primers were designed and synthesized for viral detection in plants used in this study. By RT-PCR it was possible to viral detection in a sample of grape Para (Hovenia dulcis). Due to the low percentage of identity of viral species with species Dicistroviridae genus and the difference in host of the virus, it is proposed a new member of Picornavirales order to house this species detected. Phylogenetic analysis of the fields (PRO) and dependent RNA polymerase RNA polymerase (POL) put this virus on a branch near the Picornaviridae family). Also based on the result of NGS sequences of other viral species were obtained and are listed below: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (genus Carlavirus and family Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Strawberry vein banding virus - SVBV (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (genus Comovirus and family Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV (genus Fabavirus and family Secoviridae) and Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (genus Fabavirus and family Secoviridae).

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-24T22:52:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A massiva utilização de combustíveis fósseis contribui para o aumento da emissão de CO2 e consequente aumento do efeito estufa. Assim, o emprego de combustíveis renováveis, como o bioetanol, mostra-se como uma alternativa para a redução da emissão de gases aceleradores deste efeito. A hidrólise de substratos celulósicos pode ser realizada enzimaticamente, com o emprego das celulases (endoglicanases, xoglicanases e ß # glicosidases), um grupo de enzimas que atuam de modo sinérgico. O presente trabalho objetivou a avaliação de estratégias para construção de uma biblioteca genômica de Clostridium sp. e a avaliação da degradação de substratos celulósicos através da utilização de celulases recombinantes. Diferentes microrganismos celulolíticos foram avaliados quanto a capacidade de degradação de substrato específico para a enzima em questão. Tentou-se realizar a clonagem por meio de uma biblioteca genômica da bactéria Clostridium sp., onde foram testadas diferentes técnicas de fragmentação do DNA genômico deste microrganismo. Como não foi possível a clonagem, os ensaios enzimáticos utilizaram apenas endoglicanases (EglA, CelB e CelE) e ß # glicosidases (BglA). Os ensaios foram realizados sobre o substrato a # celulose, avaliando-se, durante 24 horas, diferentes combinações das temperaturas 60ºC e 85ºC. Os resultados da degradação foram visualizados por meio da técnica de Somogyi e Nelson, que quantifica os açúcares redutores gerados na hidrólise. Ainda foi realizado um acompanhamento da atividade enzimática por meio da degradação do substrato CMC-RBB. Nesse ensaio, foi possível observar que a maior parte dos açúcares redutores gerados vem em decorrência da atividade das endoglicanases, sendo a ß # glicosidase mais útil apenas depois de 18 horas de tratamento. / The massive use of fossil fuels contributes to the increases of the emission of CO2 and consequent increases in greenhouse effect. Thus, the use of fuels sources, such as ethanol, is shown as an alternative the emission of gases that accelerate this effect. The hydrolysis of cellulosic substrates can be performed enzymatically with the use of cellulases (endoglucanase, exoglicanases and ß - glucosidases), a group of enzymes that act in a synergistic way. This study aimed the evaluation of strategies for the construction of a genomic library of Clostridium sp. and the evaluation of the degradation of cellulosic substrates by the use of recombinants cellulases. Different cellulolytic microorganisms were evaluated for ability of degradation of specific substrate for the enzyme in question. The cloning was tried by the use of a genomic DNA library of the bacterium Clostridium sp. Different techniques were tested for the fragmentation of the microorganism#s genomic DNA. As the cloning was not successful, enzyme assays used only endoglucanases and ß # glicosidases. The tests were performed on the substrate a # cellulose, in assays of 24 hours, under different combinations of temperatures 60ºC and 85ºC. The results of degradation were visualized by the technique of Somogyi and Nelson, which quantifies the reducing sugars generated in hydrolysis. The enzyme activity was monitored by the degradation of the substrate CMC-RBB. In this assay, we observed that most of the sugars is generated due to the activity of endoglucanases, and the ß - glucosidase is more useful only after 18 hours of treatment.

O crescente corpo de informações gerado pelo desenvolvimento de técnicas de altodesempenho, como sequenciamento de DNA em larga escala, técnicas de microarranjo de DNA, hibridização de proteínas, etc., tem evidenciado uma intrincada relação entre os diversos personagens que compõe os sistemas biológicos. Alguns dos sistemas bioquímicos presentes em organismos modernos surgiram há bilhões de anos e estavam presentes em organismos primitivos, ao passo que determinados sistemas são mais recentes e específicos de alguns grupos taxonômicos. O entendimento das relações entre os diferentes personagens dos sistemas biológicos apresenta-se como fundamental para a compreensão da vida e a avaliação dos aspectos evolutivos que permearam a constituição dos sistemas bioquímicos e suas intrincadas inter-relações pode auxiliar sobremaneira no estudo da biologia. Diversas teorias encontram-se bem estabelecidas no estudo evolutivo em nível de espécies e populações. Da mesma maneira, há um extenso acervo bibliográfico acerca da evolução de genes individuais. Entretanto, o surgimento, estabelecimento e evolução dos sistemas bioquímicos permanecem escassamente estudados. Na presente tese, partimos da análise de dois sistemas bioquímicos, o sistema de apoptose e o sistema de estabilidade genômica, os quais são bastante associados em mamíferos. Apesar da íntima relação entre esses sistemas, eles foram originados em momentos diferentes da evolução. Buscamos reconstruir o cenário evolutivo que uniu os sistemas de apoptose e estabilidade genômica, onde encontramos uma relação direta entre ancestralidade, essencialidade e clusterização. Os resultados também sugerem uma relação inversa entre essas três características e plasticidade. A análise de plasticidade efetuada na rede de apoptose e estabilidade genômica foi ampliada para 4850 famílias de proteínas em 55 eucariotos, apresentando basicamente os mesmos resultados, indicando um mecanismo geral de evolução do genoma. Subsequentemente, propusemos um modelo matemático de crescimento do genoma onde a novidade genética surge por duplicação de genes muito conectados e pouco clusterizados. A rede artificial obtida mimetiza diversos aspectos topológicos das redes biológicas conhecidas. Os resultados analisados em conjunto sugerem um mecanismo geral de evolução do genoma, onde a novidade genética surge na porção mais plástica do genoma, basicamente por duplicação gênica. Essa duplicação ocorre prioritariamente nos hubs intermodulares. / The increasing body of information generated by high-throughput techniques, such as DNA sequencing, genome-wide microarray, and two-hybrid system, has unveiled an intricate relationship among different components of biological systems. Some of the biological systems found in modern organisms have their origins billion years ago and were present in primitive organisms. On the other hand, some biological systems are more recent and specifically related to some taxa. The characterization of the relationships involving the different components of biological systems is crucial to the understanding of life. Additionally, the evaluation of evolutionary aspects which work in biochemical systems construction, modeling their intricate relationship, could help improve biological research field. Several theories are well-established in evolutionary research of species and population. Likewise, there is plenty of bibliography concerning individual gene evolution. However, there is paucity of data concerning the origin, establishment, and evolution of entire biological systems. In the present thesis, we start by analyzing two biochemistry systems: apoptosis and genome stability. These systems are considerably associated in mammals. Despite its entangled functioning, each system has emerged in different points of evolution. We reconstructed the evolutionary scenario which entangled both systems. We found a direct relationship among ancestrality, essentiality, and clustering. Our results also suggest an inverse relationship of these three proprieties with plasticity. The same plasticity analysis used in apoptosis and genome stability systems was amplified to 4850 gene families in 55 eukaryotes, showing basically the same results. It suggests a general mechanism of genome evolution. We then propose a genome growth model where genetic novelty arrives through gene duplication of highly connected but not so clustered genes. The resulting artificial network reproduces several known topological aspects of biological networks. The results, when simultaneously analyzed, suggest general genome evolution mechanisms, where the genetic novelty arrives in more plastic area of the genome, basically by gene duplication. That duplication occurs mainly in intermodular hubs.