Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-24T22:52:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A massiva utilização de combustíveis fósseis contribui para o aumento da emissão de CO2 e consequente aumento do efeito estufa. Assim, o emprego de combustíveis renováveis, como o bioetanol, mostra-se como uma alternativa para a redução da emissão de gases aceleradores deste efeito. A hidrólise de substratos celulósicos pode ser realizada enzimaticamente, com o emprego das celulases (endoglicanases, xoglicanases e ß # glicosidases), um grupo de enzimas que atuam de modo sinérgico. O presente trabalho objetivou a avaliação de estratégias para construção de uma biblioteca genômica de Clostridium sp. e a avaliação da degradação de substratos celulósicos através da utilização de celulases recombinantes. Diferentes microrganismos celulolíticos foram avaliados quanto a capacidade de degradação de substrato específico para a enzima em questão. Tentou-se realizar a clonagem por meio de uma biblioteca genômica da bactéria Clostridium sp., onde foram testadas diferentes técnicas de fragmentação do DNA genômico deste microrganismo. Como não foi possível a clonagem, os ensaios enzimáticos utilizaram apenas endoglicanases (EglA, CelB e CelE) e ß # glicosidases (BglA). Os ensaios foram realizados sobre o substrato a # celulose, avaliando-se, durante 24 horas, diferentes combinações das temperaturas 60ºC e 85ºC. Os resultados da degradação foram visualizados por meio da técnica de Somogyi e Nelson, que quantifica os açúcares redutores gerados na hidrólise. Ainda foi realizado um acompanhamento da atividade enzimática por meio da degradação do substrato CMC-RBB. Nesse ensaio, foi possível observar que a maior parte dos açúcares redutores gerados vem em decorrência da atividade das endoglicanases, sendo a ß # glicosidase mais útil apenas depois de 18 horas de tratamento. / The massive use of fossil fuels contributes to the increases of the emission of CO2 and consequent increases in greenhouse effect. Thus, the use of fuels sources, such as ethanol, is shown as an alternative the emission of gases that accelerate this effect. The hydrolysis of cellulosic substrates can be performed enzymatically with the use of cellulases (endoglucanase, exoglicanases and ß - glucosidases), a group of enzymes that act in a synergistic way. This study aimed the evaluation of strategies for the construction of a genomic library of Clostridium sp. and the evaluation of the degradation of cellulosic substrates by the use of recombinants cellulases. Different cellulolytic microorganisms were evaluated for ability of degradation of specific substrate for the enzyme in question. The cloning was tried by the use of a genomic DNA library of the bacterium Clostridium sp. Different techniques were tested for the fragmentation of the microorganism#s genomic DNA. As the cloning was not successful, enzyme assays used only endoglucanases and ß # glicosidases. The tests were performed on the substrate a # cellulose, in assays of 24 hours, under different combinations of temperatures 60ºC and 85ºC. The results of degradation were visualized by the technique of Somogyi and Nelson, which quantifies the reducing sugars generated in hydrolysis. The enzyme activity was monitored by the degradation of the substrate CMC-RBB. In this assay, we observed that most of the sugars is generated due to the activity of endoglucanases, and the ß - glucosidase is more useful only after 18 hours of treatment.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2013-07-16T02:57:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Este trabalho apresenta os resultados do desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites para Araucaria angustifolia a partir de bibliotecas genômicas enriquecidas para seqüências microssatélites (SSR). O trabalho envolveu clonagem de segmentos genômicos, transformação bacteriana, sequenciamento de clones, desenho de iniciadores específicos e otimização de marcadores. A triagem dos iniciadores foi feita utilizando-se inicialmente quatro indivíduos em gel de agarose 2%. Para a otimização foram utilizados 16 indivíduos de 5 diferentes populações em gel de poliacrilamida 4%, com detecção em nitrato de prata. Foram obtidos 29 marcadores microssatélites inéditos para Araucaria angustifolia, com a possibilidade de utilização imediata. Os marcadores desenvolvidos revelaram elevada heterozigosidade esperada para os locos, com uma detecção média de 8,1 alelos por loco. Os marcadores microssatélites demonstraram elevado conteúdo informativo para os estudos de diversidade genética e discriminação genotípica de indivíduos. As sequências originais contendo regiões microssatélites foram depositadas no GenBank (NCBI - National Center for Biotechnology Information). Um estudo de diversidade genética e estrutura de duas populações naturais de Araucaria angustifolia foi desenvolvido utilizando-se locos microssatélites específicos desenvolvidos para a espécie. Para realizar a genotipagem das duas populações: Guamirim Gateado e Parque Ecológico de Lages, foram utilizados dois sistemas de detecção alélica colorimétrico baseado em nitrato de prata, aplicado a sete locos microssatélites e outro com detecção por fluorescência aplicado a nove locos microssatélites. Os resultados mostram que, grande parte da variabilidade genética observada nas duas populações encontra-se dentro das populações e não entre as populações. As análises feitas a partir de genotipagens em sistema com nitrato de prata, superestimaram os valores de heterozigosidade. O sistema de detecção fluorescente mostrou-se necessário quando os marcadores microssatélites são baseados em seqüências de di-nucleotídeo, pois facilitam a análise em sistema "multiplex" utilizados na mesma reação de amplificação e/ou analisados conjuntamente na mesma eletroforese, propiciando redução de gastos e maior confiabilidade nos resultados devido à leitura automática do sistema, baseado no marcador de tamanho de fragmento conhecido. As comparações das análises populacionais feitas nos distintos sistemas de detecção revelaram que o sistema de detecção com fluorescência, é significativamente mais preciso devido à presença de bandas fantasmas, formadas pela separação das duas fitas de DNA durante a eletroforese, detectadas nas análises com nitrato de prata. Diferenças estatisticamente significativas entre os valores de heterozigosidade das duas populações estudadas foram obtidas com marcadores isoenzimáticos, fato este que não foi confirmado com o uso de marcadores microssatélites (0,87 e 0,86 para He e de 0,59 e 0,58 para Ho, respectivamente). Marcadores isoenzimáticos revelaram diferença estatística na estrutura genética entre as duas populações. No estudo com marcadores microssatélites não foi detectada divergência significativa entre as duas populações estudadas (FST=0,023). (Instituição financiadora: FAO - Food and Agriculture Organization of the United Nations/Ministério do Meio Ambiente).

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-16T13:16:29Z No. of bitstreams: 1 Marcus Vinicius da Fonseca Nogueira.pdf: 638685 bytes, checksum: d13ddfd4141db61372cb422de3cd12cf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T13:16:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcus Vinicius da Fonseca Nogueira.pdf: 638685 bytes, checksum: d13ddfd4141db61372cb422de3cd12cf (MD5) Previous issue date: 2011-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The painted river prawn (Macrobrachium carcinus), occurs from Florida state (USA) to south Brazil. It is included in the red list of endangered species of the Brazilian Environmental Ministry. Restocking Programs have been used in the recovery of freshwater stocks. Such programs need to attend certain principles in order to assure that genetic diversity will be preserved. The knowledge on wild diversity and genetic structures is essential information to guide restocking activities. Microsatellite markers are frequently used to describe genetic structure because they are codominant, highly polymorphic and, selectively neutral. Total DNA was extracted, digested with RsaI enzyme, purified, dephosphorylated, and ligated to double-stranded linkers amplified via PCR. Hybridization used biotinylated probes for tetranucleotide (GACA)4 and (GATA)7 and trinucleotide mix (ATT)8, (CTT)8 and(GGT)8 motifs. DNA was linked into a cloning vector and transformed into competent cells Escherichia coli. A total of 358 clones were generated, being 237 positive clones, of which 161 were sequenced. Repetitive di (32), tri (7) and tetra (27) nucleotide were obtained and primers were designed using Primer3 software. Among optimized loci, six are monomorphic and 26 polymorphic. Most abundant repetitions are di (GA) n=14 and (TC) n=10, followed by tetra repetitions (GACA) n=8 and (TCGT) n=8, and (CTGT) n=7. A high number of tetranucleotides repeats are advantageous, since they can facilitate the process of allele discrimination, especially in poliacrylamide gel electrophoresis. / O camarão de água doce pitu (Macrobrachium carcinus ocorre desde o estado da Flórida (EUA) até a região Sul do Brasil. A espécie está inserida na lista vermelha de espécies ameaçadas de extinção do Ministério do Meio Ambiente. Programas de repovoamento constituem uma prática comum na recuperação de estoques, especialmente em águas continentais. Esses programas precisam atender a certos princípios, para assegurar que a diversidade genética seja preservada. O conhecimento da diversidade e estrutura genéticas de populações selvagens é uma informação essencial para subsidiar atividades de repovoamento. Marcadores moleculares de microssatélite são freqüentemente usados para descrever a estrutura genética por serem altamente polimórficos, codominantes e seletivamente neutros. DNA total do camarão pitu foi extraído, digerido com a enzima RsaI, purificado, desfosforilado, ligado a adaptadores e amplificados via reação em cadeia da polimerase (PCR). A hibridização foi feita com sondas biotiniladas para motivos tetranucleotídicos, tais como (GACA)4 e (GATA)7 e um mix de trinucleotídeos, (ATT)8, (CTT)8, (GGT)8. O DNA foi então ligado a um vetor de clonagem e transformado em células competentes de Escherichia coli. Um total de 358 clones foi gerado, dentre os quais 237 foram positivos, sendo 121 deles sequenciados. Repetições do tipo di(32), tri(7) e tetra(27) núcleotídicas foram obtidas, a partir dos quais primers foram construídos, usando o programa Primer3. Dentre os marcadores otimizados para amplificação, seis apresentaram-se monomórficos e 26 polimórficos. A maior parte das repetições foi do tipo (GA) n=14 e (TC) n=10, seguidas de motivos tetra, (GACA) n=8, (TCGT) n=8 e (CTGT) n=7. O alto número de repetições tetranucleotídicas é extremamente vantajoso por facilitar o processo de discriminação de alelos, especialmente em eletroforese de gel de poliacrilamida.

Cosmomicina é um antibiótico antitumoral produzido pela bactéria Streptomyces olindensis DAUFPE 5622. Estudos de expressão gênica demonstraram que genes cuja expressão esta relacionada a condições de estresse (dnaJ e 18hsp), assim como genes associados a via biossintética de cosmomicina, são expressos sob condições de produção do antibiótico. Genes que ainda tinham a função desconhecida foram selecionados (cosS e cosY) e foram realizados análises bioinformáticas destes atribuindo-lhes a função de regulador transcricional e ornitina ciclodesaminase, respectivamente. Um cassete para inativação desses genes foi construído visando a futura obtenção de mutantes nulos. Genes de glicosiltransferase (cosK e cosG) também apresentaram diferenças na expressão na presença do antibiótico. Neste trabalho, foi revelada a presença de uma hipotética glicosiltransferase que tem homologia com a B-daunosamine daunomy, glicosiltransferase envolvida na transferência de açúcares na biossíntese do antibiótico daunomicina. / Cosmomycin is an antitumoral antibiotic produced by the soil bacteria Streptomyces olindensis DAUFPE 5622. Gene expression studies established that stress condition genes like dnaJ and 18hsp, and cosmomycin biosynthetic pathways genes are expressed under antibiotic production. Also the genes cosS and cosY (unknowns function), were selected and analyzed by bioinformatics techniques attributing a transcriptional regulator and ornithine cyclodeaminase functions, respectively. A cassette was constructed in order to inactivate these two selected genes and generating void mutants. Another gene cosK, with glycosiltransferase function, also presented differences in its expression when the antibiotic is produced. We described in this work the presence of a hypothetical glycosiltransferase related with B-daunosamine daunomy, which transfers sugar molecules in the biosynthesis of daunomycin antibiotic.

A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que geralmente vive em harmonia com seu hospedeiro. É essencial para o desenvolvimento e funcionamento adequado do sistema imunológico da mucosa durante o início da vida, um processo que atualmente é conhecido por ser importante para a imunidade de adultos. A microbiota intestinal compreende aproximadamente 1000 espécies, das quais 80% não são cultiváveis. Tendo em vista a importância de se conhecer a microbiota humana e a utilização da ferramenta da construção da biblioteca genômica RNAr 16S ser relativamente recente, esse estudo tem como objetivo analisar diferentes protocolos para avaliar o uso desta ferramenta para o estudo da microbiota intestinal humana. Para a realização dos ensaios experimentais, o DNA extraído de fezes de seis crianças, em diferentes faixas etárias, foi utilizado para a criação de um pool, o qual foi utilizado nos ensaios de PCR. As bibliotecas RNAr 16S foram construídas utilizando 2 pares de iniciadores bactéria-específicos 27F-1492R e 63F-1387R, variando o tempo de desnaturação inicial de cada reação de amplificação do gene RNAr 16S entre 5 e 10 minutos, e 1 par de iniciadores 341F-518R. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em banco de dados do gene RNAr 16S. A diversidade da microbiota foi menor quando os iniciadores 63F-1387R foram utilizados, em comparação aos resultados dos iniciadores 27F-1492R, no entanto, apenas o par de iniciadores 63F-1387R identificou Bifidobacterium sp., gênero importante para o desenvolvimento da microbiota intestinal humana. Não houve diferenças significativas na diversidade quando o tempo de desnaturação inicial da reação de PCR foi estendido para 10 minutos. Com o uso do par de iniciadores 341F-518R mostrou uma diversidade satisfatória, uma maior riqueza, quando comparada com os outros pares de iniciadores e detectou a presença de Bifidobacterium sp. Os dados obtidos sugerem que mais de um par de iniciadores deve ser empregado para o estudo da microbiota fecal quando se utilizar a biblioteca de RNAr 16S como ferramenta. / The intestinal microbiota is a complex ecosystem that usually lives in harmony with its host. It is essential for the development and proper functioning of the mucosal immune system during beginning of the life, a process that is currently known to be important for overall immunity of adults. The intestinal microbiota comprises about 1000 species, 80% of which are not cultivable. Given the importance of understanding the human microbiota and that the use of the tool library construction genomic 16S rRNA is relatively recent, this study aims to analyze different protocols to evaluate the use of this tool to study of the human intestinal microbiota. To perform the experimental tests, the DNA extracted from feces of six children, in different age groups, was used for the creation of a pool, which was used in the PCR assays. The 16S rRNA libraries were constructed using 2 pairs of primers specific-bacterium 27F-1492R and 63F-1387R, varying the denaturation time of each initial amplification reaction between 5 and 10 minutes, and the pair of primers 341F - 518R.The clones were randomly selected, partially sequenced and analyzed based on database 16S rRNA gene. The diversity of the microbiota was lower when the primers 63F - 1387R were used when compared with the results of the primers 27F - 1492R. However, only the pair 63F - 1387R was able to identified Bifidobacterium spp., important genus for the development of the microbiota from human gut. No significant differences in diversity were observed when the time of initial denaturation of the PCR reaction was extended to 10 minutes. By using the pair of primers 341F - 518R a satisfactory diversity, with detection of Bifidobacterium spp., and greater richness were observed, compared with the other pairs of primer. The data suggests that more than one pair of primers should be used for the study of fecal microbiota when using the library of 16S rRNA as a tool.

A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que geralmente vive em harmonia com seu hospedeiro. É essencial para o desenvolvimento e funcionamento adequado do sistema imunológico da mucosa durante o início da vida, um processo que atualmente é conhecido por ser importante para a imunidade de adultos. A microbiota intestinal compreende aproximadamente 1000 espécies, das quais 80% não são cultiváveis. Tendo em vista a importância de se conhecer a microbiota humana e a utilização da ferramenta da construção da biblioteca genômica RNAr 16S ser relativamente recente, esse estudo tem como objetivo analisar diferentes protocolos para avaliar o uso desta ferramenta para o estudo da microbiota intestinal humana. Para a realização dos ensaios experimentais, o DNA extraído de fezes de seis crianças, em diferentes faixas etárias, foi utilizado para a criação de um pool, o qual foi utilizado nos ensaios de PCR. As bibliotecas RNAr 16S foram construídas utilizando 2 pares de iniciadores bactéria-específicos 27F-1492R e 63F-1387R, variando o tempo de desnaturação inicial de cada reação de amplificação do gene RNAr 16S entre 5 e 10 minutos, e 1 par de iniciadores 341F-518R. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em banco de dados do gene RNAr 16S. A diversidade da microbiota foi menor quando os iniciadores 63F-1387R foram utilizados, em comparação aos resultados dos iniciadores 27F-1492R, no entanto, apenas o par de iniciadores 63F-1387R identificou Bifidobacterium sp., gênero importante para o desenvolvimento da microbiota intestinal humana. Não houve diferenças significativas na diversidade quando o tempo de desnaturação inicial da reação de PCR foi estendido para 10 minutos. Com o uso do par de iniciadores 341F-518R mostrou uma diversidade satisfatória, uma maior riqueza, quando comparada com os outros pares de iniciadores e detectou a presença de Bifidobacterium sp. Os dados obtidos sugerem que mais de um par de iniciadores deve ser empregado para o estudo da microbiota fecal quando se utilizar a biblioteca de RNAr 16S como ferramenta. / The intestinal microbiota is a complex ecosystem that usually lives in harmony with its host. It is essential for the development and proper functioning of the mucosal immune system during beginning of the life, a process that is currently known to be important for overall immunity of adults. The intestinal microbiota comprises about 1000 species, 80% of which are not cultivable. Given the importance of understanding the human microbiota and that the use of the tool library construction genomic 16S rRNA is relatively recent, this study aims to analyze different protocols to evaluate the use of this tool to study of the human intestinal microbiota. To perform the experimental tests, the DNA extracted from feces of six children, in different age groups, was used for the creation of a pool, which was used in the PCR assays. The 16S rRNA libraries were constructed using 2 pairs of primers specific-bacterium 27F-1492R and 63F-1387R, varying the denaturation time of each initial amplification reaction between 5 and 10 minutes, and the pair of primers 341F - 518R.The clones were randomly selected, partially sequenced and analyzed based on database 16S rRNA gene. The diversity of the microbiota was lower when the primers 63F - 1387R were used when compared with the results of the primers 27F - 1492R. However, only the pair 63F - 1387R was able to identified Bifidobacterium spp., important genus for the development of the microbiota from human gut. No significant differences in diversity were observed when the time of initial denaturation of the PCR reaction was extended to 10 minutes. By using the pair of primers 341F - 518R a satisfactory diversity, with detection of Bifidobacterium spp., and greater richness were observed, compared with the other pairs of primer. The data suggests that more than one pair of primers should be used for the study of fecal microbiota when using the library of 16S rRNA as a tool.

Cosmomicina é um antibiótico antitumoral produzido pela bactéria Streptomyces olindensis DAUFPE 5622. Estudos de expressão gênica demonstraram que genes cuja expressão esta relacionada a condições de estresse (dnaJ e 18hsp), assim como genes associados a via biossintética de cosmomicina, são expressos sob condições de produção do antibiótico. Genes que ainda tinham a função desconhecida foram selecionados (cosS e cosY) e foram realizados análises bioinformáticas destes atribuindo-lhes a função de regulador transcricional e ornitina ciclodesaminase, respectivamente. Um cassete para inativação desses genes foi construído visando a futura obtenção de mutantes nulos. Genes de glicosiltransferase (cosK e cosG) também apresentaram diferenças na expressão na presença do antibiótico. Neste trabalho, foi revelada a presença de uma hipotética glicosiltransferase que tem homologia com a B-daunosamine daunomy, glicosiltransferase envolvida na transferência de açúcares na biossíntese do antibiótico daunomicina. / Cosmomycin is an antitumoral antibiotic produced by the soil bacteria Streptomyces olindensis DAUFPE 5622. Gene expression studies established that stress condition genes like dnaJ and 18hsp, and cosmomycin biosynthetic pathways genes are expressed under antibiotic production. Also the genes cosS and cosY (unknowns function), were selected and analyzed by bioinformatics techniques attributing a transcriptional regulator and ornithine cyclodeaminase functions, respectively. A cassette was constructed in order to inactivate these two selected genes and generating void mutants. Another gene cosK, with glycosiltransferase function, also presented differences in its expression when the antibiotic is produced. We described in this work the presence of a hypothetical glycosiltransferase related with B-daunosamine daunomy, which transfers sugar molecules in the biosynthesis of daunomycin antibiotic.

Passiflora edulis, popularly known in Brazil as sour passion fruit is the most widely cultivated species of the genus Passiflora, and is of economic importance in Brazil for industrial production of juice and fresh fruit for consumption. Despite its economic importance, little research has been conducted on this species, even on the most basic aspects. To fill in this gap, our group conducted various genetic studies, including estimating levels of molecular polymorphism, studying quantitative loci that control fruit yield and quality, and mapping genes conferring resistance to bacterial spot disease caused by Xanthomonas axonopodis. In addition, to enhance our knowledge of the P. edulis genome, a genomic library inserted into bacterial artificial chromosomes (BAC) has been constructed (82,944 clones, with coverage of 6× the species\' haploid genome). The library is kept at the French Plant Genomic Resources Center (CNRGV/INRA) in Toulouse. Initially, some 10,000 BES (BAC-end sequences) were sequenced, generating approximately 6.2 Mb of genomic information and providing an initial overview of P. edulis genome in terms of gene content and repeat sequences. With the aim of obtaining more comprehensive information, it was decided to select around 100 BAC inserts for complete sequencing. The aim of this study was to carry out genomic analysis in order to elucidate the structural and functional annotation of the genes, and identify and characterize transposable elements. The data generated by fully sequencing 10.4 Mb of P. edulis provide a rich source of information which has been taken full advantage of in this doctoral thesis. / Passiflora edulis, popularmente conhecido como maracujá azedo, é a espécie do gênero Passiflora mais cultivada, tendo importância econômica no Brasil tanto para a produção de suco industrializado quanto para o consumo da fruta fresca. Apesar da relevância da espécie, faltam pesquisas, principalmente nas áreas básicas. Para superar isso, nosso grupo tem realizado diversos estudos genéticos que incluem a estimativa dos níveis de polimorfismos moleculares, o estudo de locos quantitativos envolvidos no controle da produção e qualidade dos frutos e o mapeamento de genes de resistência à mancha bacteriana causada por Xanthomonas axonopodis. Além disso, para conhecer o genoma de P. edulis, foi construída uma biblioteca genômica inserida em BACs (82.944 clones, com cobertura de 6× do genoma haploide da espécie) que é mantida no CNRGV/INRA em Toulouse, França. Inicialmente, cerca de 10.000 BES (BAC-end sequences) foram sequenciadas, gerando aproximadamente 6,2 Mb de informação genômica, fornecendo a primeira visão do genoma de P. edulis sobre o conteúdo de genes e da porção repetitiva. Com o objetivo de obter informações mais completas, decidiu-se selecionar cerca de 100 insertos de BACs para o sequenciamento completo. A análise genômica realizada, especialmente a anotação estrutural e funcional dos genes e a identificação e caracterização dos elementos de transposição, constituíram os objetivos deste estudo. Os dados gerados pelo sequenciamento completo de 10.4 Mb de P. edulis representam uma fonte rica de informações que foram exploradas nesta tese de doutorado.

Objetivo: Retrovirus Endógeno Humano (HERV) compreende ao redor de 8% do genoma humano. Apesar do fato de que em sua maioria são genes não-funcionais devido a processos de mutação ou perda de material genético no processo de retrotransposição, existem evidências do aumento da expressão de HERVs em tecido de câncer de próstata. Nós estudamos e comparamos a imunogenicidade de peptídeos da família HERV em 2 coortes de pacientes com câncer de próstata. Posteriormente examinamos o estado de ativação e senescência linfocitária nestas coortes. Desenho Experimental: Células Mononucleares de Sangue Periférico (CMSP) de 65 pacientes com câncer localizado da próstata em situação de hormônio-sensibilidade e de 24 pacientes com câncer de próstata metastático e em situação de resistência à castração, comparados a um grupo controle de 12 indivíduos normais foram avaliados em relação ao seu estado de resposta imune pela técnica de ELISPOT contra um conjunto de peptídeos derivados dos exons gag e env do gene da família HERV-K HML-2. Como parte de nosso estudo, foi realizado de forma preliminar uma análise genômica in silico de 500 pacientes com câncer de próstata sequenciados e disponíveis para análise pública do banco de dados TCGA, com o objetivo de reforçar o racional de nossa interrogação científica. Além disso , como estudo de correlação, fizemos uma análise por citometria de fluxo da ativação celular de linfócitos T de nossas coortes para determinarmos a imunofenotipagem e ontogenia linfocitária em nossos indivíduos investigados, no momento de nossa pesquisa de sua resposta imune. Resultados: Nossa análise da resposta imune contra peptídeos de HERV-K HML-2 por ELISPOT-Interferon Gama não mostrou nenhum resultado significativo. Nenhum paciente apresentou dados significativos de resposta de acordo com nossos critérios, apesar de nossos dados preliminares de expressão gênica terem mostrado expressão gênica em torno de 17% em pacientes com doença localizada. Nossos dados de ativação linfocitária mostraram maior ativação e senescência nos pacientes com doença disseminada e resistente à castração. Conclusões: Este parece ser o primeiro estudo a interrogar a presença de resposta celular imune contra peptídeos de HERV-K em pacientes com câncer de próstata. Nosso achados não mostraram resposta imune relevante em doença localizada ou disseminada e em diferentes estados de ativação linfocitária ou status de integridade hormonal. Apesar destes resultados, pesquisa posterior poderia utilizar diferente metodologia, como por exemplo a utilização de citometria de fluxo bem como a busca de diferentes citoquinas envolvidas, tais como as relacionadas a resposta Th2, ao invés de Th1 / Purpose: Human Endogenous Retrovirus (HERV) comprises 8% of human genome. Despite the fact that most of it is non-functional due to mutations or loss of genetic material in the process of retrotransposition, there are some evidence of increased expression of HERV in prostate cancer tissue. We studied the cellular immunogenicity of peptides from HERV-K family in 2 cohorts of prostate cancer patients. Experimental Design: PBMCs from 65 patients with hormone-intact localized prostate cancer and 24 patients with castrate-metastatic disease, matched with 12 normal controls were evaluated for cellular immune response by ELLISPOT against a pool of gag and env peptides from HERV-K family of HML-2 type. As an independent supportive study we did in silico genomic analysis of 500 prostate cancer patients from TCGA database to give another evidence of the prevalence of HERV-K gene expression in prostate cancer genome, reinforcing the rational of our questions. Results: Our analysis of cellular immune response against HERV-K HML-2 peptides by Interferon-gama ELISPOT did not show any meaningful results. No patient showed any minimal criteria of response, despite the fact that in our preliminary genomic analysis we obtained HERV expression in about 17% of a cohort of 500 patients with localized prostate cancer. In regards to the flow cytometry data of the lymphocytes we showed stronger activation and senescence status in the cohort of patients with castration sensitive and resistant disseminated disease, compared to the localized disease cohort. Conclusions: To the authors\'s knowledge this is the first study to look for cellular immune response against peptides derived from coding HERV-K transcripts in prostate cancer patients. Our findings did not show relevant immune response in neither localized nor metastatic castrate prostate cancer patients. Despite those results, further research could continue using different methodology, like flow cytometry as well as looking for different cytokines involved, such as those related to a Th2 response, instead of Th1

Bactérias metanotróficas são capazes de utilizar metano como única fonte de carbono e energia, e sua importância no ambiente está relacionada à mitigação das emissões deste gás para a atmosfera. Os manguezais brasileiros são altamente produtivos, apresentam potencial para a produção de metano, e infere-se que a comunidade metanotrófica seja fundamental neste ecossistema. O escopo do projeto foi pesquisar a diversidade taxonômica e funcional de bactérias metanotróficas presentes em sedimento do manguezal de Bertioga (SP, Brasil), através de novas técnicas de cultivo e enriquecimento, incluindo a técnica de DNA-SIP com utilização do metano como substrato marcado, o que permite estudar o papel das bactérias não cultiváveis na oxidação do CH4. Consórcios que utilizam metano para o crescimento foram obtidos nos pontos estudados. Representando a microbiota ativa (DNA marcado), foram identificadas metanotróficas clássicas da família Methylococcaceae, além de grupos de micro-organismos cujo papel no ciclo do CH4 é incerto, como os da Família Methylophilaceae e do Filo TM7. / Methanotrophic bacteria are able to use methane as sole carbon and energy source, and its importance in the environment is related to the mitigation of methane emissions to the atmosphere. Brazilian mangroves are highly productive, have potential to methane production, and it is inferred that methanotrophic community is of great importance for this ecosystem. The scope of the project was to investigate the functional and taxonomic diversity of methanotrophic bacteria present in sediments from Bertioga´s mangrove (SP, Brazil), through new techniques of cultivation and enrichment, including the technique of DNA-SIP with the use of methane as a labeled substrate, which allows to study the role of non-culturable bacteria in the oxidation of CH4. Microbial consortia using methane for growth were obtained from studied samples. Representing the active microbiota (labeled DNA), were identified classic metanotrophs belonging to Family Methylococcaceae, and groups of micro-organisms whose role in methane cycle is uncertain, as the Family Methylophilaceae and the Phylum TM7.