Body weight is considered an important trait for the selection of replacement animals in both wool and mutton sheep. Knowledge of the genetic variance of each trait and covariances among traits is essential for effective genetic evaluation and improvement programs. It is important that estimated breeding values for performance traits should be estimated as accurately as possible. This could be achieved by fitting the most appropriate statistical model, which accounts for all known non-genetic effects, as well as correctly partitioning the genetic variance into its various sources. The aim of this study was to identify the most appropriate models for estimation of breeding values for body weights recorded at different ages in Merino sheep. Various statistical procedures, including uni- and multivariate linear models employing restricted maximum likelihood methods, random regression and repeatability models were evaluated. The dataset used in this study comprises body weight data recorded at different ages in the Grootfontein Merino stud from 1968 to 2012. The total number of males and females for which birth weight was recorded, were 7794 and 8317 respectively. The univariate direct heritability of body weight increased with an increase in age. Direct heritability estimates were 0.20 ± 0.03 for birth weight, 0.16 ± 0.02 for weaning weight, 0.51 ± 0.04 for 15-month body weight and 0.40 ± 0.05 for 3-year adult body weight. Maternal heritability estimates were 0.11 ± 0.02 for birth weight, 0.04 ± 0.01 for weaning weight and 0.08 ± 0.02 for 15-month body weight. The genetic correlation between direct and maternal effects was negative for all weights where it was included and ranged from -0.95 ± 0.14 for 6-month body weight to -0.28 ± 0.09 for birth weight. The repeatability model including direct and maternal genetic effects, without splines, was the most appropriate repeatability model for estimation of genetic parameters for body weight. The accuracy of the estimated breeding values were determined using Spearman rank correlations and number and proportion of common animals in the Top 10% and Top 1% lists. The comparison of estimated breeding values for body weights obtained with univariate, multivariate and repeatability models revealed that the multivariate model was the most efficient method due to the high accuracies obtained with this procedure. These results will be implemented when estimating breeding values for body weights for the animals in the Merino reference population during the development phase of a suitable SNP key to be used in genomic selection for body weight in South African Merino sheep. / Dissertation (MSc (Agric))--University of Pretoria, 2017. / Animal and Wildlife Sciences / MSc (Agric) / Unrestricted

Objective of the research - to evaluate, using up-to-date statistical–genetic methods, the reproductive characteristics of pig breeds bred in Lithuania, to determine correlation of the characteristics with productivity traits, and to develop an optimised system of pigs genetic evaluation by BLUP method. Tasks of the research was: to determine influence of genetic and non-genetic factors in pigs reproductive characteristics, to evaluate the additive-genetic heritability parameters, and co-response of reproduction traits; to evaluate influence of reproductive characteristics on productivity traits, phenotype and genetic co-response; to develop an optimised pigs genetic evaluation system employing BLUP method, estimating pigs reproductive and productive characteristics, using the integrated multivariate model; to evaluate tendencies of pigs genetic improvement. Novelty of the research: using the method of unifactor and multifactor dispersion analysis, leverage of genetic and non-genetic factors on reproductive characteristics of pigs, breed in Lithuania, was determined; heritability parameters of reproductive characteristics were determined, using modern software; genetic and phenotype co-response of the reproductive characteristics was estimated; genetic correlation between reproductive characteristics and productivity traits was evaluated, using statistical-genetic methods, for the first time in Lithuania; optimised multivariate model for determination of reproductive and... [to full text]

A host can adopt two strategies when facing infection: resistance, where host immune responses prevent or reduce pathogen replication; or tolerance, which refers to all mechanisms that reduce the impact of the infection on host health or performance. Both strategies may be under host genetic control, and could thus be targeted for genetic improvement. Although there is ample evidence of genetic variation in resistance to infection, there is limited evidence to suggest that individuals also differ genetically in tolerance. Furthermore, although resistance and tolerance are typically considered as alternative host defense mechanisms, relatively little is known about the genetic relationship between them and how they change together over time and jointly determine infection outcome. In this thesis, two datasets from experimental challenge infection experiments were considered for investigating tolerance genetics: Porcine Reproductive & Respiratory Syndrome (PRRS), an endemic viral disease which causes loss of growth and mortality in growing pigs; and Listeria monoctyogenes (Lm), a bacterium which causes food-borne infections in mammals. The two datasets differed substantially in size and genetic structure; the PRRS dataset consists of thousands of records from outbred commercial pig populations, whereas the Listeria dataset comprises much fewer records from genetically diverse highly inbred strains of a mice as a model species. The aims of this thesis were to: 1) Identify if genetic variation in host tolerance to infection exists, with case studies in PRRS and listeria, using conventional reaction-norm methodology; 2) Identify if host tolerance, along with resistance, changes longitudinally as infection progresses; 3) Identify whether the WUR genotype is associated with tolerance slope; 4) Analyse the dynamic relationship between host performance and pathogen load over the time-course of infection by examining the relationship at different stages of infection using GWAS; 5) Develop novel trajectory methodology to offer insight into health-infection dynamics, and identify whether there is genetic variation in trajectories; 6) Develop novel trajectory-derived phenotypes that analyse changes in host performance with respect to changes in pathogen load, as an alternative to tolerance, and identify whether genetic variation exists. This study found that conventional reaction-norm methodology is limited to capture genetic variation in tolerance in outbred populations without measures of performance in the absence of infection. However, by utilising repeated longitudinal data on the same dataset, stages of infection (early, mid and late) were defined for each individual, based on host pathogen load. Using these stages of infection, genetic variation in tolerance was identified over all stages of infection and at mid to late stage of infection. Genetic correlation between resistance and tolerance was strong and positive over all stages of infection, and evidence suggested that resistance and tolerance may be under pleiotropic control. Furthermore, this research found that genetic correlations between resistance and growth changed considerably over time, and that individuals who expressed high genetic resistance early in infection tended to grow slower during that time-period, but were more likely to clear the virus by late stage, and thus recover in growth. However, at mid-late stage of infection, those with high virus load also had high growth, indicating potential epidemiological problems with genetic selection of host resilience to infection. Furthermore, genome wide association studies for pathogen load and growth associated with different stages of infection did not identify novel genetic loci associated with these traits than those previously reported for the whole infection period. By adopting conventional methodology, this study found genetic variation in tolerance of genetically diverse mouse strains to Lm and pigs to PRRS, despite statistical problems. The relationship between resistance and tolerance indicated that both traits should be considered in genetic selection programs. By adopting novel trajectory analysis, this study demonstrated that level of expression of resistance and tolerance changed throughout the experimental infection period and, furthermore, that expression of resistance, followed by tolerance, determined survival of infection. Survivors and non-survivors followed different infection trajectories, which were partially determined by genetics. By deriving novel phenotypes from trajectories that explained changes in growth in relation to change in pathogen load at specific time points, and applying these to the PRRS data, this study did not identify genetic variation in these phenotypes. The genetic signal in these phenotypes may have been masked by the fact that individuals were likely at different stages of infection. In summary, this study has shown that genetic improvement of tolerance, in addition to resistance may be desirable, but could be difficult to achieve in practice due to shortcomings in obtaining accurate and unbiased tolerance estimates based on conventional reaction-norms. Infection trajectories have proven to be a promising tool for achieving an optimally timed balance between resistance and tolerance, but further work is needed to incorporate them in genetic improvement programs.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A cultura do feijÃo-caupi (Vigna unguiculata L. Walp) possui grande importÃncia socioeconÃmica em funÃÃo dos seus teores elevados de proteÃna, de sua resistÃncia a seca e boa produtividade. Sendo cultivado nas regiÃes tropicais e subtropicais da Ãfrica, Brasil e Ãsia, o feijÃo-caupi à cultivado, predominantemente, por pequenos agricultores os quais utilizam poucos recursos tecnolÃgicos. Nos Ãltimos anos, o feijÃo-caupi tem chamado a atenÃÃo de mÃdios e grandes produtores, os quais necessitam de cultivares adaptadas a mecanizaÃÃo, precoces e responsivas as melhorias do ambiente. Para iniciar um programa de melhoramento genÃtico que atenda as necessidades desses novos produtores de feijÃo-caupi tornam-se necessÃrios o conhecimento do germoplasma disponÃvel, assim como o das relaÃÃes entre as variÃveis relacionadas com a produtividade e tÃcnicas de seleÃÃo apropriadas ao feijÃo-caupi. Nesse contexto, objetivou-se com esse trabalho avaliar a divergÃncia genÃtica por caracteres fenotÃpicos e moleculares, estudar as inter-relaÃÃes entre caracteres relacionados com a produtividade e Ãndices de seleÃÃo adequados a genÃtipos de porte ereto e ciclo precoce. Para a avaliaÃÃo da divergÃncia genÃtica por marcadores moleculares, realizaram-se extraÃÃes de DNA de 46 genÃtipos provenientes do Banco de Germoplasma da Universidade Federal do Cearà e da Embrapa Meio Norte e posteriormente foram realizadas PCR com oito iniciadores ISSR no LaboratÃrio de Biologia Molecular da Embrapa AgroindÃstria Tropical. Para a anÃlise da divergÃncia genÃtica por marcadores fenotÃpicos, estudo de correlaÃÃes canÃnicas, anÃlise de trilha e aplicaÃÃo de Ãndices de seleÃÃo realizou-se um experimento em blocos ao acaso com quatro repetiÃÃes e 28 genÃtipos na Fazenda Lavoura Seca, pertencente ao Centro de CiÃncias AgrÃrias da Universidade Federal do Cearà (CCA/UFC), localizada no municÃpio de QuixadÃ, CearÃ. A partir dos resultados obtidos pelos marcadores moleculares verificou-se que estes foram eficientes na identificaÃÃo do polimorfismo em genÃtipos de feijÃo-caupi de porte ereto e ciclo precoce e que hà uma tendÃncia de agrupamento desses genÃtipos em funÃÃo da origem. Avaliando a divergÃncia genÃtica atravÃs de marcadores fenotÃpicos observou-se que o genÃtipo CE-46 à o mais divergente entre os 28 genÃtipos avaliados. Os cruzamentos entre os grupos VIII e XI e grupos VII e VIII podem resultar em combinaÃÃes gÃnicas favorÃveis e as variÃveis respostas floraÃÃo inicial e ciclo da cultura contribuem em maior magnitude para a quantificaÃÃo da divergÃncia genÃtica entre os genÃtipos avaliados. A partir dos estudos realizados utilizando correlaÃÃes canÃnicas e anÃlise de trilha conclui-se que a seleÃÃo direta com base no nÃmero de sementes por vagem e peso de 100 sementes favorece o aumento em produtividade de feijÃo-caupi; a seleÃÃo direta com base no nÃmero de vagens por planta tende a diminuir o ciclo cultural em feijÃo-caupi; o decrÃscimo no comprimento da vagem e o aumento no nÃmero de sementes por vagem contribuem para o aumento na produtividade em feijÃo-caupi de porte ereto e ciclo precoce. Constatou-se que os Ãndices base e multiplicativo sÃo mais eficientes na seleÃÃo de genÃtipos de feijÃo-caupi precoces e de porte ereto e que os genÃtipos CE-113 e CE-748 reÃnem, simultaneamente, vÃrios caracteres morfolÃgicos e agronÃmicos favorÃveis alÃm da produtividade elevada. / Cowpea has great socioeconomic importance in relation to their high contents of protein, drought resistance and good yield. Being cultivated in tropical and subtropical regions of Africa, Brazil and Asia, cowpea is cultivated predominantly by small farmers who use few technological resources. In recent years, cowpea has drawn the attention of medium and large farmers, which require cultivars suited to mechanization, early and responsive to environmental improvements. To start a breeding program that meets the needs of these new cowpea cultivars become necessary the knowledge of the germplasm available, and the relationship between variables related to yield and techniques appropriate to the selection of cowpea. In this context, this study aimed to evaluate the genetic divergence of erect and early cowpea genotypes through phenotypic and molecular characters, besides to study the interrelations among traits related to yield and the selection index appropriate to indentify the best erect and early cowpea genotypes. For the assessment of genetic diversity by molecular markers, there were extractions of DNA from 46 genotypes from the Germplasm Bank of the Universidade Federal do Cearà and Embrapa Meio Norte and then PCR was performed with eight ISSR primers in the Laboratory of Molecular Biology of Embrapa AgroindÃstria Tropical. For the analysis of genetic divergence of phenotypic markers, study of canonical correlation, analysis and application to track the index of selection was carried out an experiment in randomized blocks with four replicates and 28 genotypes in Fazenda Lavoura Seca, which belongs to the Centro de CiÃncias AgrÃrias Universidade Federal do Cearà (CCA / UFC), located in QuixadÃ, CearÃ. From the results obtained by molecular markers it was found that these were effective in identifying the polymorphism in erect and early cowpea genotypes. There is a tendency for grouping of genotypes according to the origin. Assessing the genetic divergence in phenotypic markers showed that CE-46 genotype is the most divergent among the 28 genotypes. Crossings between the groups VIII and XI and groups VII and VIII may result in favorable gene combinations and response variables initial flowering of the crop cycle and contribute to greater magnitude to the quantification of genetic divergence among the genotypes. From studies using canonical correlation and path analysis it is concluded that direct selection based on the seed number per pod and one hundred seed weight favors the increase in yield cowpea. A direct selection based on the number of pods per plant tends to decrease the cycle in cowpea, the decrease in the pod length and the increase in the seed number per pod contribute to the increase in cowpea yield. The base and multiplicative selection indices are more efficient in the erect and early cowpea genotypes selection . The CE-113 and CE-748 genotypes combine, simultaneously, several favorable morphological and agronomic characters besides the high yield.

Resumo: A seleção baseada em características reprodutivas tem sido muito empregada em programas de melhoramento genético de suíno. Assim, objetivaram-se avaliar os efeitos ambientais e genéticos que influenciam o intervalo desmame-cio (IDC) e verificar sua influência no número de nascidos total (TL), nascidos vivos (NV) e mortos (NM) em fêmeas suínas. Para análise dos efeitos ambientais, utilizaram-se 8.104 dados da 1ª a 6ª ordem de parição, e, para as estimativas dos parâmetros genéticos, apenas as informações do 1º ao 3º IDC, o que resultou em 6.548 observações, que foram analisadas pelo método REML, utilizando-se modelos uni e multicaracterística. Para este último, considerou-se cada IDC (1º, 2º e 3º) como uma característica distinta. Avaliaram-se, também, as correlações genéticas entre o IDC, TL, NM e idade ao primeiro parto (IPP). Para os fatores ambientais, o modelo incluiu como efeitos fixos rebanho, linhagem, ano (AP) e estação (EP) de parto, e as covariáveis idade da porca ao parto (IDPP), TL e duração da lactação (DL). A DL, na forma linear, e a IDPP, na forma quadrática, influenciaram o IDC. Rebanho, AP e EP foram fontes de variação significativas, enquanto TL e linhagem não o foram. Não foi observada influência do IDC sobre TL, NV, nem sobre NM. A herdabilidade estimada para o IDC pelo modelo de repetibilidade foi baixa. As correlações genéticas entre os IDC (1º, 2º e 3º) foram de moderada a baixa magnitude, evidenciando que o modelo multicaracterística é mais indicado para as estimativas de parâmetro genético nessa população. As correlações genéticas entre IDC, TL e NM, assim como IDC e IPP foram favoráveis à seleção. / Abstract: Selection for reproductive traits has been largely used in swine breeding programs. The aims of this study were to evaluate environmental and genetic effects that affect the weaning-to-estrus interval (WEI) in sows and to assess their influence on litter size (LS), number of live born (LP) and dead born piglets (DP). Data consisting of 8,104 WEI from the 1st to 6th farrowing recorded in two herds were used for environmental analysis, but for estimating the genetic parameters only data from the 1st to 3rd farrowing were used, totalling 6,548 records. Genetic analysis was performed using the REML method with single and multitrait models, where each WEI was considered as a different trait. Genetic correlations among WEI, LS, DP and age at first farrowing (AFF) were also estimated using a multitrait model. For the environmental analysis, the model included as fixed effects the herd, line, and year (YF) and season (SF) of farrowing, and as covariates the sow's age at farrowing (SAF), LS, and lactation length (LL). The effects were linear for LL and quadratic for SAF. The herd, YF and SF were important sources of variation, whereas LS and line were not significant. There were no effects of WEI on the litter traits (LS, LP and DP). The heritability estimated for WEI was low, and genetic correlations among its different intervals were of moderate to low magnitude, evidencing that a multitrait model was more indicated for estimating the genetic parameters for this trait in this population. The genetic correlations between WEI and LS, DP and AFF would be favourable in a selection. / Orientador: Jeffrey Frederico Lui / Coorientadora: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Mestre

O presente trabalho teve como objetivo estimar os parâmetros genéticos e fenotípicos das características de qualidade de carne e de características de desempenho, carcaça e composição corporal em uma linhagem macho de frangos fornecida pela Agroceres Ross Melhoramento Genético de Aves S. A. As aves faziam parte do programa denominado sib test, ou teste de irmãos, aonde são coletadas informações de carcaça dos irmãos dos indivíduos a serem selecionados na referida linhagem, estes chamados de rebanho elite. As características de desempenho analisadas foram peso à seleção (PS), peso ao abate (PA) e medidas de ultra-sonografia de músculo peitoral (US). As características de carcaça analisadas foram o peso de peito (PPEI), o peso eviscerado (PE) e o peso de pernas (PPER) e as características de composição corporal analisadas foram o peso da gordura abdominal (GOR), o peso do fígado (FIG) e o peso do coração (COR). As características de qualidade de carne analisadas foram: medida de pH inicial (pHi), medida de pH em 6 horas após o abate (pH6), medida de pH final (pHf), amplitude inicial de queda de pH (AMi), amplitude final de queda de pH (AMf), teor de luminosidade (L*), teor de vermelho (a*), teor de amarelo (b*), perdas de água por exsudação (EXSU), perdas de água por descongelamento (CONG), perdas de água por cozimento (COZ) e força de cisalhamento (FC). Os componentes de (co) variância foram estimados por verossimilhança restrita, utilizando-se o programa MTDFREML. A matriz de parentesco foi composta por 107.154 animais. Para as características pH6, pHf e L* foram estimados coeficientes de herdabilidade moderados; para as demais características estes coeficientes foram baixos. As estimativas de correlações genéticas obtidas não foram indicativas de associações importantes entre as características de qualidade de carne e as características de desempenho, carcaça e composição corporal, exceto pela seleção a favor de PS, que pode reduzir as perdas de água da carne. As estimativas de correlações genéticas encontradas entre as características de qualidade de carne puderam contribuir para o entendimento dos mecanismos relacionados à qualidade da carne na linhagem analisada, de modo que CONG, FC e L* foram características capazes de trazer respostas correlacionadas favoráveis às demais e em maior ou menor grau apresentarem capacidade de resposta à seleção, recomendando-se sua utilização como critério de seleção quando na existência de necessidade de melhoria na qualidade da carne na linhagem estudada. Contudo, esta necessidade não foi aparente, uma vez que as tendências genéticas das características de qualidade de carne, além de terem sido de pequena magnitude, foram em sua maioria favoráveis à qualidade da carne da linhagem analisada. / This research was conducted to estimate genetic and phenotypic parameters of meat quality, performance, carcass and body composition traits in a male broiler line provided by Agroceres Ross Melhoramento Genético de Aves S. A. Broilers measured belonged to a sib test program, in which data from sibs of the individuals to be selected in this line, called elite flock, are collected. Performance traits analyzed were body weight at selection (PS), body weight at slaughter (PA) and ultrasound records of pectoral muscle (US). Carcass traits analyzed were meat breast weight (PPEI), eviscerated body weight (PE) and leg weight (PPER) and the body composition traits analyzed were abdominal fat weight (GOR), liver weight (FIG) and heart weight (COR). Meat quality traits analyzed were: initial pH measure (pHi), pH measure at 6 hours after slaughter (pH6), final pH measure (pHf), initial range of pH fall (AMi), final range of pH fall (AMf), lightness (L*), redness (a*), yellowness (b*), weep losses (EXSU), drip losses (CONG), shrink losses (COZ) and shear force (FC). (Co) variance components were estimated by restricted maximum likelihood method, using the software MTDFREML. The numerator relationship matrix was composed by 107.154 individuals. For pH6, pHf and L*, moderate heritability coefficients were estimated; for the other traits these coefficients were low. Genetic correlation estimates obtained indicated a small association among meat quality traits and performance, carcass and body composition traits, except for the selection to PS, which seemed to be able to reduce water losses of meat. Genetic correlations estimates among meat quality traits could orientated the understanding of the mechanisms related to meat quality in the analyzed line; CONG, FC and L* seemed to be able to bring favorable correlationed responses, so it was recommended its use as selection criterion if existing the necessity of improving the meat quality in the analyzed line. However, this necessity was not apparent, since the genetic trends of meat quality traits were small and favorable to meat quality in the analyzed broiler line.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-06Bitstream added on 2014-06-13T20:04:01Z : No. of bitstreams: 1 montanarijunior_i_dr_botfca.pdf: 1131496 bytes, checksum: 0a7962bc58e62cb2a1d6049912fcf8d6 (MD5) / Este trabalho avaliou agronômica e quimicamente 37 progênies de meios irmãos de Cordia verbenacea DC., espécie nativa de importância medicinal por causa de sua ação antiinflamatória. O objetivo desta pesquisa foi o de identificar progênies e indivíduos de C. verbenacea com boas características agrícolas e químicas, iniciando assim o processo de domesticação da espécie, visando promover seu cultivo, de modo a oferecer uma nova opção agrícola aos produtores rurais, contribuindo para a preservação da espécie e para utilização dos seus benefícios terapêuticos. Através de um ensaio agrícola em blocos casualizados, com 4 repetições, foram avaliadas o comportamento de progênies de meios irmãos em três colheitas. As características analisadas foram: a produção de biomassa verde, de folhas secas, o índice de colheita, a produção de óleo essencial e a produção de alfa humuleno. A partir dos dados obtidos foi estimada a variabilidade disponível para o melhoramento, a herdabilidade das características analisadas, o progresso esperado com a seleção, a eficiência do método de seleção empregado e as correlações genéticas, ambientais e fenotípicas entre as características analisadas. Concluiu-se que as progênies possuíam ampla variação genética e que esta variação poderia ser explorada para fins de melhoramento. As herdabilidades calculadas para massa de folhas secas, porcentagem de óleo essencial e massa de óleo essencial foram de 0,52, 0,69 e 0,78 respectivamente, considerando-se as três colheitas. Calculando-se os ganhos por seleção, concluiu-se que podem ser esperados ganhos expressivos selecionando-se as melhores plantas dentro das melhores progênies. O método de seleção entre e dentro de progênies de meios irmãos empregado neste trabalho mostrou-se significantemente mais eficiente que os métodos de seleção entre progênies... / This dissertation evaluated agronomically and chemically 37 progenies of half-sib families of Cordia verbenacea DC., a native medicinal species important for its anti-inflammatory action. The objective of this research was to identify C. verbenacea individuals with good agricultural and chemical characteristics to start a domestication process, aiming at promoting cultivation and offering a new agricultural option to rural producers, thus contributing to preserve the species and to the use of its therapeutic properties. An agricultural experimental design of randomized blocks with four repetitions evaluated the behavior of half-sib families in three harvests. The characteristics analyzed were: fresh biomass and dry leaves production, harvest index, essential oil production, and alpha humulene production. The available variability for breeding, the heritability of the analyzed characteristics, the progress expected from selection, the efficiency of the chosen selection method, and the genetic, environmental, and phenotypic correlations between the characteristics analyzed were estimated from the collected data. It was concluded that the progenies had a broad genetic variability that could be explored for breeding. The heritabilities calculated for dried leaf biomass, essential oil percentage, mass of essential oil were, respectively, 52%, 0,69% and 0,78%, considering the three harvests. On estimating the gain from selection, the conclusion was that significant gain can be expected from the selection of the best plants between and within the best progenies. The selection method between and within half-sib families employed in this research proved to be considerably more efficient than methods such as selection between progenies, and mass and stratified mass selection. The correlations study shows that oil and alpha humulene production is closely related to biomass production, demonstrating... (Complete abstract click electronic access below)

O presente trabalho teve como objetivo estimar os parâmetros genéticos e fenotípicos das características de qualidade de carne e de características de desempenho, carcaça e composição corporal em uma linhagem macho de frangos fornecida pela Agroceres Ross Melhoramento Genético de Aves S. A. As aves faziam parte do programa denominado sib test, ou teste de irmãos, aonde são coletadas informações de carcaça dos irmãos dos indivíduos a serem selecionados na referida linhagem, estes chamados de rebanho elite. As características de desempenho analisadas foram peso à seleção (PS), peso ao abate (PA) e medidas de ultra-sonografia de músculo peitoral (US). As características de carcaça analisadas foram o peso de peito (PPEI), o peso eviscerado (PE) e o peso de pernas (PPER) e as características de composição corporal analisadas foram o peso da gordura abdominal (GOR), o peso do fígado (FIG) e o peso do coração (COR). As características de qualidade de carne analisadas foram: medida de pH inicial (pHi), medida de pH em 6 horas após o abate (pH6), medida de pH final (pHf), amplitude inicial de queda de pH (AMi), amplitude final de queda de pH (AMf), teor de luminosidade (L*), teor de vermelho (a*), teor de amarelo (b*), perdas de água por exsudação (EXSU), perdas de água por descongelamento (CONG), perdas de água por cozimento (COZ) e força de cisalhamento (FC). Os componentes de (co) variância foram estimados por verossimilhança restrita, utilizando-se o programa MTDFREML. A matriz de parentesco foi composta por 107.154 animais. Para as características pH6, pHf e L* foram estimados coeficientes de herdabilidade moderados; para as demais características estes coeficientes foram baixos. As estimativas de correlações genéticas obtidas não foram indicativas de associações importantes entre as características de qualidade de carne e as características de desempenho, carcaça e composição corporal, exceto pela seleção a favor de PS, que pode reduzir as perdas de água da carne. As estimativas de correlações genéticas encontradas entre as características de qualidade de carne puderam contribuir para o entendimento dos mecanismos relacionados à qualidade da carne na linhagem analisada, de modo que CONG, FC e L* foram características capazes de trazer respostas correlacionadas favoráveis às demais e em maior ou menor grau apresentarem capacidade de resposta à seleção, recomendando-se sua utilização como critério de seleção quando na existência de necessidade de melhoria na qualidade da carne na linhagem estudada. Contudo, esta necessidade não foi aparente, uma vez que as tendências genéticas das características de qualidade de carne, além de terem sido de pequena magnitude, foram em sua maioria favoráveis à qualidade da carne da linhagem analisada. / This research was conducted to estimate genetic and phenotypic parameters of meat quality, performance, carcass and body composition traits in a male broiler line provided by Agroceres Ross Melhoramento Genético de Aves S. A. Broilers measured belonged to a sib test program, in which data from sibs of the individuals to be selected in this line, called elite flock, are collected. Performance traits analyzed were body weight at selection (PS), body weight at slaughter (PA) and ultrasound records of pectoral muscle (US). Carcass traits analyzed were meat breast weight (PPEI), eviscerated body weight (PE) and leg weight (PPER) and the body composition traits analyzed were abdominal fat weight (GOR), liver weight (FIG) and heart weight (COR). Meat quality traits analyzed were: initial pH measure (pHi), pH measure at 6 hours after slaughter (pH6), final pH measure (pHf), initial range of pH fall (AMi), final range of pH fall (AMf), lightness (L*), redness (a*), yellowness (b*), weep losses (EXSU), drip losses (CONG), shrink losses (COZ) and shear force (FC). (Co) variance components were estimated by restricted maximum likelihood method, using the software MTDFREML. The numerator relationship matrix was composed by 107.154 individuals. For pH6, pHf and L*, moderate heritability coefficients were estimated; for the other traits these coefficients were low. Genetic correlation estimates obtained indicated a small association among meat quality traits and performance, carcass and body composition traits, except for the selection to PS, which seemed to be able to reduce water losses of meat. Genetic correlations estimates among meat quality traits could orientated the understanding of the mechanisms related to meat quality in the analyzed line; CONG, FC and L* seemed to be able to bring favorable correlationed responses, so it was recommended its use as selection criterion if existing the necessity of improving the meat quality in the analyzed line. However, this necessity was not apparent, since the genetic trends of meat quality traits were small and favorable to meat quality in the analyzed broiler line.

Os objetivos deste trabalho foram estimar as associações genéticas entre características de crescimento e produção de leite, utilizando análises bicaracterísticas, e entre características de crescimento, perímetro escrotal e idade ao primeiro parto utilizando modelos de regressão aleatória, de animais da raça Guzerá. Para as análises bicaracterísticas foram utilizadas 252.257 informações de pesos de machos e fêmeas aos 120 dias (P120), ao desmame (PD), ao ano (P365), ao sobreano (PSOBRE) aos 24 meses de idade (P24) e 6.493 lactações encerradas (P305), pertencentes a 4.723 vacas, e os modelos incluíram como os efeitos aleatórios o genético aditivo direto, de ambiente permanente materno e residual, e como efeitos fixos os grupos de contemporâneos e a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático). Para as análises com os modelos de regressão aleatória foram utilizadas 159.366 observações de pesos e 23.780 de perímetro escrotal, realizadas entre 335 e 724 dias de idade dos animais e agrupadas em classes com intervalo de 10 dias, e 63.596 observações de idade ao primeiro parto. Os efeitos aleatórios considerados foram o genético aditivo direto, de ambiente permanente e residual e como efeitos fixos os grupos de contemporâneos, a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático) e a curva fixa para modelar a tendência média da população (quadrática) sobre as classes de idade. Foram testados quatro possíveis graus de polinômios de Legendre (zero, linear, quadrático e cúbico), sendo o quadrático mais adequado para descrever as variâncias das características analisadas. Para verificar a existência de diferentes padrões de crescimento e agrupar os touros com base nos seus valores genéticos para produção de carne, leite e duplo propósito, foram realizadas análises de componentes principais e de agrupamento. As herdabilidades estimadas foram 0,23; 0,14; 0,16; 0,17; 021 e 0,22 para P305, P120, PD, P365, PSOBRE e P24, respectivamente, sugerindo que para as características de pesos, as herdabilidades aumentam com o aumento da idade dos animais. Mesma tendência foi observada pelas análises de regressão aleatória, cujas herdabilidades variaram de 0,17 a 0,31. As correlações genéticas entre os pesos em diferentes idades e a produção de leite foram positivas e de magnitude moderada a baixa, variando de 0,27 a 0,38 sugerindo que a seleção para peso e P305 possa ser realizada de forma simultânea nos mesmos animais. As análises de componentes principais indicaram a mesma tendência observada pelas correlações genéticas. As análises de agrupamento mostraram que a raça Guzerá possui touros com diferentes perfis genéticos, sendo possível realizar a seleção para corte, leite ou duplo propósito. As correlações genéticas entre os pesos e perímetro escrotal foram positivas e favoráveis, variando de 0,31 a 0,47, indicando que a seleção para aumento do peso poderá resultar em animais com maior perímetro escrotal. As correlações entre peso e idade ao primeiro parto variaram de -0,56 a -0,38 e perímetro escrotal e idade ao primeiro parto variaram de -0,55 a 0,08, sugerindo que a redução da idade ao primeiro parto poderá ocorrer, a longo prazo, quando peso e perímetro escrotal forem objetivos de seleção. A eficiência relativa de seleção indicou maior resposta pela seleção indireta para idade ao primeiro parto, quando realizada a seleção para perímetro escrotal a partir dos 615 dias de idade, quando comparada com o ganho genético direto para idade ao primeiro parto. / The objectives of this study were to estimate the genetic associations between growth and milk production traits in Guzerat cattle using two-trait analysis and between growth traits, scrotal circumference and age at first calving using random regression models. For two-trait analysis, 252,257 weight records of males and females obtained at 120 days of age (W120), weaning (WW), yearling (YW), post-weaning (PWW) and 24 months of age (W24), as well as 6,493 complete lactation records (W305) of 4,723 cows, were used. The models included direct additive genetic, maternal permanent environmental and residual effects as random effects, and the contemporary groups and age of cow at calving (linear and quadratic effect) as fixed effects. For the random regression models, 159,366 observations of weight and 23,780 observations of scrotal circumference, obtained at 335 and 724 days of age of the animals and divided into classes at 10-day intervals, as well as 63,596 observations of age at first calving, were used. Random direct additive genetic, permanent environmental and residual effects and the fixed effects of contemporary group and age of cow at calving (linear and quadratic effect) were considered. A fixed curve was used to model the average trend of the population (quadratic) on the age classes. Four possible degrees of Legendre polynomials (zero, linear, quadratic and cubic) were tested and the quadratic polynomial was the most appropriate to describe the variances in the traits analyzed. Principal component and cluster analyses were performed to determine the existence of different growth patterns and to group bulls based on their breeding values for meat, milk and dual-purpose production. The estimated heritabilities were 0.23, 0.14, 0.16, 0.17, 0.21 and 0.22 for W305, W120, WW, YW, PWW and W24, respectively, suggesting that, for the growth traits, heritabilities increased with increasing age of the animals. The same trend was observed when random regression analysis was performed, with heritabilities ranging from 0.17 to 0.31. The genetic correlations between weights at different ages and milk yield were positive and of moderate to low magnitude, ranging from 0.27 to 0.38. These estimates suggest that selection for weight and W305 can be performed simultaneously in the same animals. Principal component analysis indicated the same trend as observed by the genetic correlations. Cluster analysis showed the presence of bulls with different genetic profiles in the Guzerat breed, thus permitting selection for meat, milk or dual purpose. The genetic correlations between weights and scrotal circumference were positive and favorable (0.31 to 0.47), indicating that selection for increased weight will result in animals with greater scrotal circumference. The correlations between weights and age at first calving ranged from -0.56 to -0.38 and between scrotal circumference and age at first calving from -0.55 to 0.08, suggesting that the use of weight and scrotal circumference as selection objectives will result in the long-term reduction of age at first calving. The relative efficiency of selection indicated a greater response to indirect selection for age at first calving when selecting for scrotal circumference after 615 days of age, compared to the genetic gain obtained by direct selection for age at first calving.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA116.pdf: 1391947 bytes, checksum: 452ae8e6b14145386d67ad7b97589c53 (MD5) Previous issue date: 2011-12-06 / The genetic improvement programs for dairy cattle give more focus in production traits, with negative consequences in the genetics for functional traits like fertility, longevity and health. Selection for conformation can minimize the negative effects for some characteristics, like the mammary health, with gains on longevity. Farmers and technicians have used selection for conformation, especially rump, aiming improve fertility, although without scientific evidence of its efficacy. In this way, this work aimed to study the influence of some linear type traits on calving interval in Holstein cows in South of Brazil. The Holstein Cattle Breeder´s Association of Paraná State (APCBRH) supplied the data for this study. Linear type traits with possible influence on fertility (width and rump angle, chest width, body depth, rear leg side view, foot angle and angularity) were studied using a scale from 1 to 9 points. Calving interval (CI) was used as fertility trait. After editing the data comprised linear classification of 23,014 cows, from 248 herds, classified from 2000 to 2010, daughters of 797 sires. Variance components for heritability and genetic correlation were estimated with Restricted Maximum Likelihood method (REML), using MIXED procedure of statistics package SAS. Heritability for type traits and CI were estimated, as well as genetic correlations among type traits and these with CI. For heritability evaluation for CI and genetic correlation of type traits with CI, information about 51,237 calving intervals of 24,740 cows, of 294 herds, calved between 2000 and 2010, daughters of 1,003 sires were utilized. To evaluate the effect of the conformation of the cows in the CI, the cows were divided in three scores for each trait type, with low score (linear classification 1 to 3), middle score (linear classification 4 to 6) and high score (linear classification 7 to 9). Heritability estimates ranged from 0,09 to 0,24, with the lower values for traits of the category legs and feets. Heritability estimation for CI too was of low magnitude (0,05). Genetic correlation estimations among type traits were also, in general, of low magnitude, with the higher value between chest width and body depth (0,52). Rump width and rump angle showed negative genetic correlation (-0,33), with selection for rump width can lead to an increasing in cows with high pins. Genetic correlation estimations between type traits and CI were, mostly, low. The ones with higher genetic correlation with CI were: foot angle (0,41), rear leg side view (-0,36), rump width (-0,33) and angularity (0,32). Rump angle did not show genetic correlation with CI, however, cows with high pins (score 1 to 3) showed phenotypically longer CI, although with discrete differences in relation to cows with intermediate rumps or low pins (2,5 and 4,7 days, respectively). Rump width did not affect the phenotypic value of CI. Selection for this character may lead to few gains for fertility, although with negative effects to rump angle and rear leg side view, due to negative genetic correlations (-0,33 and -0,35, respectively). For angularity, unfavorable genetic correlation with CI was observed and substantially longer CI were related to more angular cows too, particularly in older cows. We concluded that the estimated genetic correlations of some type traits with calving interval provided information for the practice of selection for type , with the purpose of providing improvements in in the reproductive efficiency of dairy herds. The selection order to avoid cows with inverted rump does not determine genetic gain for fertility. However, cows with high pins have reversed phenotypically calving interval slightly longer. Selection for increased width of rump may bring some increase in fertility, however, with negative consequences on the genetic merit of other type traits. Selection for high angularity should be prevent due the reduction of fertility / Os programas de melhoramento genético têm dado maior ênfase à seleção para as características produtivas, com consequências negativas sobre características funcionais, tais como fertilidade, longevidade e sanidade. A seleção para conformação tem conseguido minimizar parcialmente os efeitos negativos para algumas características, como, por exemplo, a sanidade da glândula mamária, com ganhos sobre longevidade. Produtores e técnicos tem utilizado a seleção para conformação, em especial da garupa, com o intuito de melhorar a fertilidade das vacas, faltando, entretanto, a devida comprovação científica de sua eficácia. Neste sentido, objetivou-se estudar a influência de algumas características lineares de tipo sobre o intervalo de partos em vacas da raça Holandesa no Sul do Brasil. Os dados utilizados foram fornecidos pela Associação Paranaense de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa (APCBRH). Estudaram-se características lineares de tipo, com possível influência sobre fertilidade (largura e inclinação de garupa, largura de peito, profundidade corporal, pernas vista lateral, ângulo de casco e angulosidade), sendo as mesmas avaliadas na escala de 1 a 9 pontos. O indicador de fertilidade avaliado foi o intervalo de partos (IP). O arquivo utilizado continha 23.014 vacas classificadas no período de 2000 a 2010, oriundas de 248 rebanhos, filhas de 797 touros. Os componentes de variância para a estimativa das herdabilidades e das correlações genéticas foram obtidas pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML), utilizando-se o procedimento MIXED do pacote estatístico SAS. Foram estimadas as herdabilidades para características de tipo e IP, assim como as correlações genéticas entre características de tipo e destas com IP. Para estimativa da herdabilidade do IP e das correlações genéticas das características de tipo com o IP foram utilizadas informações de 51.237 intervalos de parto de 24.740 vacas, paridas entre 2000 e 2010, filhas de 1003 touros, pertencentes a 294 rebanhos. Para avaliar o efeito da conformação das vacas, as mesmas foram divididas em três escores de pontuação para cada característica de tipo, sendo escore baixo (pontuação linear de 1 a 3), escore intermediário (pontuação linear de 4 a 6) e escore alto (pontuação linear de 7 a 9). As estimativas de herdabilidade variaram de 0,09 a 0,24, sendo os valores mais baixos para as características da categoria pernas e pés. A estimativa de herdabilidade para IP foi de baixa magnitude (0,05). As estimativas das correlações genéticas entre as características de tipo foram, em geral, de pequena magnitude, sendo o maior valor observado entre largura de peito e profundidade corporal (0,52). As características largura e inclinação de garupa apresentaram correlação genética negativa (- 0,33), sendo que, a seleção para garupa larga poderá levar a um aumento na frequência de vacas com garupa invertida. As estimativas de correlações genéticas entre as características de tipo e IP foram, em sua maioria, baixas. Dentre as características de tipo as que apresentaram maior correlação genética com IP foram: ângulo de casco (0,41), pernas vista lateral (-0,36), largura de garupa (-0,33) e angulosidade (0,32). A inclinação de garupa não apresentou correlação genética com IP, entretanto, vacas com garupa invertida (escore 1 a 3) apresentaram fenotipicamente IP significativamente mais longos, porém com diferenças discretas em relação às vacas com garupa intermediária ou escorrida (2,5 e 4,7 dias, respectivamente). A largura de garupa não afetou o valor fenotípico do IP (P > 0,05). A seleção para esta característica poderia trazer pequenos ganhos para fertilidade, porém com efeitos negativos sobre a inclinação de garupa e pernas vista lateral, devido a correlações genéticas negativas com estas características (-0,33 e -0,35, respectivamente). Para angulosidade, além da correlação genética desfavorável com intervalo de partos, também foram observados IP substancialmente mais longos em vacas mais angulosas, especialmente em vacas mais velhas. Conclui-se que as correlações genéticas estimadas de algumas características de tipo com intervalo de partos fornecem subsídios para a prática de seleção para tipo, com a finalidade de proporcionar melhorias na eficiência reprodutiva dos rebanhos leiteiros. A seleção visando evitar vacas com garupa invertida não determina ganhos genéticos para fertilidade. Entretanto, vacas com garupas invertidas apresentam fenotipicamente intervalos de partos discretamente mais longos. A seleção para aumento da largura de garupa poderá trazer algum incremento em fertilidade, porém, com consequências negativas sobre o mérito genético de outras características de tipo. A seleção para elevada angulosidade deve ser evitada devida à redução da fertilidade