Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2008. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Univ., 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2008. / Härtill 4 uppsatser.

Diatoms are photosynthetic protists that reside in aquatic environments. A unique feature of diatoms is their cell wall structure made of silica. Silicon is a limiting nutrient for diatoms. The bioavailable form of silicon in aquatic environments is silicic acid. Since the intracellular concentration of silicon is many times greater than the extracellular concentration in aquatic habitats, silicon transporters (SIT) are required that actively transports silicic acid into the cell. In the diatom Chaetoceros affinis two such transporters have been reported, SIT1 (CaSIT1) and SIT2 (CaSIT2). Gene expression of CaSIT1 is increased at low extracellular concentration of silicic acid (<30 µM), while at higher concentrations the transportation is dominated by diffusion. On the contrary, CaSIT2 does not seem to be affected by variations in environmental silicic acid concentrations, and its role in the transportation of silicic acid remains unclear. The aim of this study was to evaluate the relative gene expression of CaSIT1 and CaSIT2 in C. affinis, using realtime-PCR. The diatom was cultivated in two media: one with full nutrients (control) and one without added silicon (-Si). In addition, C. affinis was also cultivated with a second diatom, Cylindrotheca fusiformis, in respective media (mixed cultivation). Due to extensive primer-dimers, CaSIT2 was excluded from the proceeding analysis of the samples. Analysis showed that the relative gene expression of CaSIT1 was increased by silica limitation (ANOVA: p < 0,05), in accordance with previous studies. The effect of competition however resulted in a decrease of gene expression (ANOVA: p < 0,05). The combined effect, the interaction of competition and silica limitation, did not result in a significant change of the gene expression (ANOVA: p = 0,38). However, there was an increased variation among the mixed cultures, which could be a result of RNA degradation considering the poor RNA quality of the samples. The results from this study show that realtime-PCR is an effective method to measure gene expression of silica transporters, provided that the primers have been correctly evaluated. / Diatomer är vattenlevande, fotosyntetiska protister som kännetecknas av att dess cellväggsstruktur är uppbyggd av kiseldioxid. Kisel är ett begränsande näringsämne för diatomer. Den biotillgängliga formen av kisel i akvatisk miljö är kiselsyra. Eftersom den intracellulära koncentration av kisel är mångfaldigt högre än den extracellulära i de flesta akvatiska habitat, krävs kiseltransportörer (SIT) som aktivt pumpar in kiselsyran. Hos diatomen Chaetoceros affinis har två kiseltransportörer rapporterats, SIT1 (CaSIT1) och SIT2 (CaSIT2). Genuttrycket av CaSIT1 ökar vid låg koncentration av extracellulär kiselsyra (<30 µM), medan vid högre koncentrationer domineras transporten av diffusion. I motsats tycks CaSIT2 inte påverkas av variationer i tillgänglig kiselsyra, och dess roll vid transport av kiselsyra är oklar. Syftet med föreliggande arbete var att med realtids-PCR undersöka det relativa genuttrycket av CaSIT1 och CaSIT2 hos C. affinis. Diatomen odlades i två medium: en med komplett näringsinnehåll (kontroll) och en med samma näringsinnehåll förutom kisel (-Si). Därutöver odlades även C. affinis tillsammans med Cylindrotheca fusiformis, i respektive medium (mixad kultur). På grund av omfattande primer-dimers uteslöts CaSIT2 primers från analys av proverna. Det relativa genuttrycket av CaSIT1 ökade vid kiselbegränsning (ANOVA: p < 0,05), i enlighet med tidigare studier. Effekten av konkurrens resulterade däremot i en minskning av genuttryck (ANOVA: p < 0,05). Den kombinerade effekten (konkurrens och kiselbegränsning) resulterade inte i en signifikant förändring av genuttrycket (ANOVA: p = 0,38). Det var en ökad variation bland de mixade kulturerna, vilket eventuellt förklaras av degraderat RNA då RNA-kvalitén över lag var väldigt låg för de flesta prover. Resultaten i denna studie visar att realtids-PCR är en effektiv metod för att undersöka genuttryck av kiseltransportörgener, under förutsättning av primers utvärderats korrekt.

Alternative splicing is the process of producing a variety of transcripts from one and the same gene. This adds further possible variability to gene expression and can in theory mean that one protein coding gene can produce multiple proteins with potentially different functions. Therefore, to understand the function of a gene, alternative splicing must be accounted for. However, this is made more complex by the fact that the existence of different messenger RNA isoforms does not necessarily entail different protein isoforms, which in turn means that an analysis of both the transcripts and final protein is necessary. Far Upstream Element Binding Protein 1 Like 1 (FUBL-1, or C12D8.1) is an RNA binding protein in Caenorhabditis elegans which is believed to take part in gene regulation, and which seemingly interacts within an argonaut effector pathway called ERGO-1. The gene has five proposed isoforms for which there are varying amounts of RNA data but only the first isoform, FUBL-1a has proteomics data available. In other words, different messenger RNA isoforms exist but it is unclear which are translated into protein. In this study, I have looked at fubl-1 and its isoforms to gain further understanding of this protein. This entailed both analysing long read RNA sequencing data to identify messenger RNA isoforms as well as a laboratory analysis of the protein to look for protein isoforms. I found evidence for all isoforms existing as messenger RNAs, and fubl-1a was by far the most highly expressed. In my protein analysis, I found indications of different isoforms, but not conclusive evidence.

Venös tromboembolism (VTE) inkluderar både djup ventrombos (DVT) och lungemboli (PE) och är en vanlig och komplex kardiovaskulär sjukdom med allvarliga kortsiktiga och långsiktiga komplikationer. I dagens kliniska praxis skulle diagnoseringen av VTE gynnas av en plasmaproteinpanel som antingen kan utesluta fall av akut VTE på egen hand eller komplettera den nuvarande biomarkören D-dimer, som i sig är begränsad av låg specificitet. På grund av den höga återfallsfrekvensen och de allvarliga post-syndromen skulle en plasmaproteinpanel som kan bedöma risken för återkommande VTE underlätta för kliniker i efterbehandlingsbeslut. Mot denna bakgrund syftade denna studie till att föreslå två separata plasmaproteinpaneler, en för att utesluta akuta VTE-patienter och en annan för att bedöma risken för återkommande VTE. Med 1463 unika plasmaproteiner screenades plasmaproteomet hos 194 individer från två undergrupper av venös tromboembolism-biomarkörstudien (VEBIOS), närmare bestämt VEBIOS ER och VEBIOS Coag, med hjälp av proximity extension assay (PEA). Både genuttryck (DE) -analys och maskininlärning (ML) -algoritmer användes för att identifiera signifikanta respektive viktiga proteiner. För akut VTE identifierades 10 signifikanta proteiner genom DE, samt en panel bestående av fem proteiner tillsammans med D-dimer hade tillsammans en area under kurvan (AUC) på 0,97 genom ML. För återkommande VTE identifierades inga signifikanta proteiner och den bästa proteinpanelen hade en AUC på 0,62. Vissa av dessa proteiner har tidigare rapporterats vara associerade med VTE och vissa inte, vilket resulterar i ortogonal validering eller påvisande av en potentiell ny biomarkör. Sammanfattningsvis hittades flera intressanta plasmaproteiner som potentiellt skulle kunna användas för att utesluta fall av akut VTE. GP1BA och S100A12 var särskilt intressanta då de var återkommande som högt ansenliga enligt DE och ML. Resultaten från denna studie kommer förhoppningsvis bidra till forskningen gällande förbättrad diagnos av VTE-patienter genom användning av plasmaproteinmarkörer och argumentationen för ytterligare undersökningar för dessa identifierade plasmaproteiner. / Venous thromboembolism (VTE) is a common and complex cardiovascular disorder with serious short- and long-term complications, comprising both deep vein thrombosis (DVT) and pulmonary embolism (PE). In current clinical practice, diagnosis of acute VTE would greatly benefit from a plasma protein panel that can exclude cases of VTE on its own or complement the current biomarker, D-dimer, which is limited by low specificity. Because of the high recurrence rate and serious post-syndromes, a protein panel that can assess the risk of VTE recurrence would help clinicians in post-treatment decision-making. Hence, this study sought out to propose two separate plasma biomarker panels, one to exclude acute VTE patients and another to risk-assess VTE recurrence.  To accomplish this, 1463 unique plasma proteins were used to investigate the plasma proteome of 194 individuals from two subgroups of the venous thromboembolism biomarker study (VEBIOS), specifically VEBIOS ER and VEBIOS Coag, using proximity extension assay (PEA). Both differential expression (DE) analysis and machine learning (ML) algorithms were used to find significant and important proteins respectively. For acute VTE, 10 significant proteins were identified through DE, and a panel of five proteins together with D-dimer had together an area under the curve (AUC) of 0.97 through ML. For VTE recurrency, no significant proteins were identified, and the best protein panel had an AUC of 0.62. Some of these proteins have previously been reported as associated to VTE and some not, resulting in some orthogonal validation or novelty. In summary, several interesting plasma proteins were found that could potentially be used to exclude cases of VTE in an acute setting. GP1BA and S100A12 were particularly interesting as they performed well in both DE and ML. The results in this study will hopefully aid the research of improving diagnosis of VTE patients using plasma biomarkers, strengthening the claim and further investigations for these identified plasma proteins.