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Identificação in silico de proteínas ancoradas por glicosilfosfatidilinositol nas espécies do complexo Cryptococcus neoformans

Oliveira, Eder Silva de January 2010 (has links)
O Complexo Cryptococcus neoformans compreende as espécies C. neoformans e C. gattii. Estas leveduras basidiomicéticas causam criptococose em indivíduos imunocomprometidos e imunocompetentes, respectivamente. Particularmente em fungos, proteínas ancoradas por Glicosilfosfatidilinositol (GPI-Ps) estão envolvidas em muitos aspectos da interação patógeno-hospedeiro, como adesão e invasão das células hospedeiras, modulação e evasão da resposta imune do hospedeiro e patogênese. Este trabalho tem por objetivo identificar proteínas ancoradas por GPI nas espécies do Complexo C. neoformans por análise in silico de suas sequências genômicas. Para isso, foi utilizado um conjunto de algorítimos para predição de GPI-Ps nas linhagens C. neoformans var. grubii (H99) e C. gattii (R265) através da análise de 6967 e 6210 seqüências de ORFs traduzidas, respectivamente. A classificação de uma proteína como sendo uma GPI-P seguiu o seguinte critério: a seqüência de aminoácidos apresentou (i) um peptídio sinal de secreção N-terminal; (ii) uma sequência sinal de ancoramento por GPI na extremidade C-terminal; (iii) ausência de domínios transmembrana internos. As seqüências foram obtidas no banco de dados genômicos do Broad Institute (http://www.broadinstitute.org/science/data). Neste estudo, 63 proteínas foram identificadas como GPI-Ps em C. neoformans var. grubii (H99) e 47 em C. gattii (R265). Fosfolipase B1, Endo-1,3 -glucanases, Quitina desacetilases e Glioxaloxidases foram encontradas em ambas as espécies. Estas proteínas já foram previamente descritas como GPI-Ps, demonstrando que a metodologia empregada no estudo mostrou-se eficiente. As proteínas identificadas puderam ser, de maneira geral categorizadas funcionalmente, destacando-se aquelas envolvidas na biogênese e remodelamento da parede celular. Aproximadamente 70% das proteínas identificadas em ambas espécies não têm função conhecida, algumas tendo homólogas com outras proteínas fúngicas e outras sendo únicas da espécie. A identificação dessas proteínas será de extrema importância na elucidação de aspectos relacionados à patogênese e servirá de modelo para outras doenças causadas por fungos. / The Cryptococcus neoformans species Complex includes the Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii yeasts. These basidiomycete yeasts can cause disease in immunocompromised and immunocompetent patients, respectively. Notably in fungus, glicosylphosphatidilinositol-anchored proteins (GPI-Ps) are involved in different aspects of host-pathogen interaction, such as host cells adhesion and invasion, host immune response modulation and evasion and pathogenesis. In this work, we performed a systematic, genome-wide in silico identification of C. neoformans complex species GPI-Ps. A set of prediction tools was apllied for the screening of 6967 and 6210 predicted protein sequences from C. neoformans var. grubii (H99 strain) an C. gattii (R265 strain), respectively. The sequences were retrieved from the Broad Institute genome database (http://www.broadinstitute.org/science/data). The identification of putative GPI-Ps was based on the following criteria: i) the presence of an N-terminal signal peptide for secretion; ii) the presence of a C-terminal GPI-attachment site and iii) absence of internal transmembrane domains. A total of 63 putative GPI-Ps were identified in C. neoformans var. grubii and 47 proteins were identified as GPI-P in C. gattii. Proteins previously described as GPI-anchored, such as Phospholipase B1, Endo-1,3--glucanases, Chitin deacetylases and Glyoxaloxidases were identified in both species C. neoformans var grubii and C. gattii. The proteins identified could be classified in several functional categories, especially those involved in cell wall biogenesis and remodeling. About 70% of the GPI-Ps identified have unknown functions. Many of the putative GPI-Ps do not display conserved domains, but some possess have fungal orthologs homólogs while others are currently unique to specie. The GPI-P identification in Cryptococcus neoformans species complex is of extreme importance for elucidating aspects related to the pathogenesis and will serve as a model for others fungal diseases.
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Identificação in silico de proteínas ancoradas por glicosilfosfatidilinositol nas espécies do complexo Cryptococcus neoformans

Oliveira, Eder Silva de January 2010 (has links)
O Complexo Cryptococcus neoformans compreende as espécies C. neoformans e C. gattii. Estas leveduras basidiomicéticas causam criptococose em indivíduos imunocomprometidos e imunocompetentes, respectivamente. Particularmente em fungos, proteínas ancoradas por Glicosilfosfatidilinositol (GPI-Ps) estão envolvidas em muitos aspectos da interação patógeno-hospedeiro, como adesão e invasão das células hospedeiras, modulação e evasão da resposta imune do hospedeiro e patogênese. Este trabalho tem por objetivo identificar proteínas ancoradas por GPI nas espécies do Complexo C. neoformans por análise in silico de suas sequências genômicas. Para isso, foi utilizado um conjunto de algorítimos para predição de GPI-Ps nas linhagens C. neoformans var. grubii (H99) e C. gattii (R265) através da análise de 6967 e 6210 seqüências de ORFs traduzidas, respectivamente. A classificação de uma proteína como sendo uma GPI-P seguiu o seguinte critério: a seqüência de aminoácidos apresentou (i) um peptídio sinal de secreção N-terminal; (ii) uma sequência sinal de ancoramento por GPI na extremidade C-terminal; (iii) ausência de domínios transmembrana internos. As seqüências foram obtidas no banco de dados genômicos do Broad Institute (http://www.broadinstitute.org/science/data). Neste estudo, 63 proteínas foram identificadas como GPI-Ps em C. neoformans var. grubii (H99) e 47 em C. gattii (R265). Fosfolipase B1, Endo-1,3 -glucanases, Quitina desacetilases e Glioxaloxidases foram encontradas em ambas as espécies. Estas proteínas já foram previamente descritas como GPI-Ps, demonstrando que a metodologia empregada no estudo mostrou-se eficiente. As proteínas identificadas puderam ser, de maneira geral categorizadas funcionalmente, destacando-se aquelas envolvidas na biogênese e remodelamento da parede celular. Aproximadamente 70% das proteínas identificadas em ambas espécies não têm função conhecida, algumas tendo homólogas com outras proteínas fúngicas e outras sendo únicas da espécie. A identificação dessas proteínas será de extrema importância na elucidação de aspectos relacionados à patogênese e servirá de modelo para outras doenças causadas por fungos. / The Cryptococcus neoformans species Complex includes the Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii yeasts. These basidiomycete yeasts can cause disease in immunocompromised and immunocompetent patients, respectively. Notably in fungus, glicosylphosphatidilinositol-anchored proteins (GPI-Ps) are involved in different aspects of host-pathogen interaction, such as host cells adhesion and invasion, host immune response modulation and evasion and pathogenesis. In this work, we performed a systematic, genome-wide in silico identification of C. neoformans complex species GPI-Ps. A set of prediction tools was apllied for the screening of 6967 and 6210 predicted protein sequences from C. neoformans var. grubii (H99 strain) an C. gattii (R265 strain), respectively. The sequences were retrieved from the Broad Institute genome database (http://www.broadinstitute.org/science/data). The identification of putative GPI-Ps was based on the following criteria: i) the presence of an N-terminal signal peptide for secretion; ii) the presence of a C-terminal GPI-attachment site and iii) absence of internal transmembrane domains. A total of 63 putative GPI-Ps were identified in C. neoformans var. grubii and 47 proteins were identified as GPI-P in C. gattii. Proteins previously described as GPI-anchored, such as Phospholipase B1, Endo-1,3--glucanases, Chitin deacetylases and Glyoxaloxidases were identified in both species C. neoformans var grubii and C. gattii. The proteins identified could be classified in several functional categories, especially those involved in cell wall biogenesis and remodeling. About 70% of the GPI-Ps identified have unknown functions. Many of the putative GPI-Ps do not display conserved domains, but some possess have fungal orthologs homólogs while others are currently unique to specie. The GPI-P identification in Cryptococcus neoformans species complex is of extreme importance for elucidating aspects related to the pathogenesis and will serve as a model for others fungal diseases.
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Identificação in silico de proteínas ancoradas por glicosilfosfatidilinositol nas espécies do complexo Cryptococcus neoformans

Oliveira, Eder Silva de January 2010 (has links)
O Complexo Cryptococcus neoformans compreende as espécies C. neoformans e C. gattii. Estas leveduras basidiomicéticas causam criptococose em indivíduos imunocomprometidos e imunocompetentes, respectivamente. Particularmente em fungos, proteínas ancoradas por Glicosilfosfatidilinositol (GPI-Ps) estão envolvidas em muitos aspectos da interação patógeno-hospedeiro, como adesão e invasão das células hospedeiras, modulação e evasão da resposta imune do hospedeiro e patogênese. Este trabalho tem por objetivo identificar proteínas ancoradas por GPI nas espécies do Complexo C. neoformans por análise in silico de suas sequências genômicas. Para isso, foi utilizado um conjunto de algorítimos para predição de GPI-Ps nas linhagens C. neoformans var. grubii (H99) e C. gattii (R265) através da análise de 6967 e 6210 seqüências de ORFs traduzidas, respectivamente. A classificação de uma proteína como sendo uma GPI-P seguiu o seguinte critério: a seqüência de aminoácidos apresentou (i) um peptídio sinal de secreção N-terminal; (ii) uma sequência sinal de ancoramento por GPI na extremidade C-terminal; (iii) ausência de domínios transmembrana internos. As seqüências foram obtidas no banco de dados genômicos do Broad Institute (http://www.broadinstitute.org/science/data). Neste estudo, 63 proteínas foram identificadas como GPI-Ps em C. neoformans var. grubii (H99) e 47 em C. gattii (R265). Fosfolipase B1, Endo-1,3 -glucanases, Quitina desacetilases e Glioxaloxidases foram encontradas em ambas as espécies. Estas proteínas já foram previamente descritas como GPI-Ps, demonstrando que a metodologia empregada no estudo mostrou-se eficiente. As proteínas identificadas puderam ser, de maneira geral categorizadas funcionalmente, destacando-se aquelas envolvidas na biogênese e remodelamento da parede celular. Aproximadamente 70% das proteínas identificadas em ambas espécies não têm função conhecida, algumas tendo homólogas com outras proteínas fúngicas e outras sendo únicas da espécie. A identificação dessas proteínas será de extrema importância na elucidação de aspectos relacionados à patogênese e servirá de modelo para outras doenças causadas por fungos. / The Cryptococcus neoformans species Complex includes the Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii yeasts. These basidiomycete yeasts can cause disease in immunocompromised and immunocompetent patients, respectively. Notably in fungus, glicosylphosphatidilinositol-anchored proteins (GPI-Ps) are involved in different aspects of host-pathogen interaction, such as host cells adhesion and invasion, host immune response modulation and evasion and pathogenesis. In this work, we performed a systematic, genome-wide in silico identification of C. neoformans complex species GPI-Ps. A set of prediction tools was apllied for the screening of 6967 and 6210 predicted protein sequences from C. neoformans var. grubii (H99 strain) an C. gattii (R265 strain), respectively. The sequences were retrieved from the Broad Institute genome database (http://www.broadinstitute.org/science/data). The identification of putative GPI-Ps was based on the following criteria: i) the presence of an N-terminal signal peptide for secretion; ii) the presence of a C-terminal GPI-attachment site and iii) absence of internal transmembrane domains. A total of 63 putative GPI-Ps were identified in C. neoformans var. grubii and 47 proteins were identified as GPI-P in C. gattii. Proteins previously described as GPI-anchored, such as Phospholipase B1, Endo-1,3--glucanases, Chitin deacetylases and Glyoxaloxidases were identified in both species C. neoformans var grubii and C. gattii. The proteins identified could be classified in several functional categories, especially those involved in cell wall biogenesis and remodeling. About 70% of the GPI-Ps identified have unknown functions. Many of the putative GPI-Ps do not display conserved domains, but some possess have fungal orthologs homólogs while others are currently unique to specie. The GPI-P identification in Cryptococcus neoformans species complex is of extreme importance for elucidating aspects related to the pathogenesis and will serve as a model for others fungal diseases.
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Análise da expressão de proteínas ancoradas ao glicosilfosfatidilinositol (GPI) e ativação neutrofílica em doadores de plaquetaférese de repetição

Garcia, Lais Oliveira January 2016 (has links)
A coleta de hemocomponentes por equipamentos de aférese tem aumentado muito nos últimos anos, sendo considerado um avanço na medicina transfusional, pois possibilita a retirada de um ou mais componentes de um doador único resultando em um hemocomponente padronizado e de alta qualidade. No entanto, os intervalos entre as doações de plaquetaférese em geral são curtos, podendo haver perda de células a cada doação e potencial desregulação do sistema hematopoiético. Pode ocorrer ainda um possível efeito patogênico após passagem das células pelo equipamento de aférese e ativação neutrofílica. Diante disso, há a preocupação se isso acarretaria riscos à saúde do doador em longo prazo. Objetivo: O objetivo deste estudo foi avaliar a perda da expressão de proteínas ancoradas ao glicosilfosfatidilinositol (GPI), presença de clone HPN (hemoglobinúria paroxística noturna) e ativação de neutrófilos em doadores de plaquetaférese de repetição. Métodos: Estudo de caso controle, sendo 44 amostras de doadores de plaquetaférese de repetição e 44 doadores de sangue total controle. Foram coletadas amostras de sangue periférico, marcadas com os anticorpos monoclonais CD157, CD45, CD64, CD10 e FLAER (do inglês, Fluorescent Aerolysin, aerolisina fluorescente) e analisadas por citometria de fluxo. Para análise de ativação de neutrófilos, foram analisadas 17 amostras de doadores de plaquetaférese de repetição e 17 amostras de doadores de sangue total marcadas com CD64. Conclusão: Não foram encontradas alterações significativas na expressão das proteínas ancoradas ao GPI e na expressão de CD64 entre os doadores de plaquetaférese de repetição e os controles. Sugere-se que a doação de plaquetaférese de repetição não altera a expressão de proteínas ancoradas ao GPI, não gera clone HPN tampouco altera a expressão de CD64. Palavras-chave: plaquetaférese, GPI, HPN, ativação de neutrófilos. / The collection of hemocomponents through apheresis equipment has increased much in recent years, which is considered an advance in transfusion medicine because it enables the withdrawal of one or more components from a single donor, resulting in a standardized and high-quality hemocomponent. Nonetheless, the intervals between the plateletpheresis donations are generally short, which can cause loss of cells in each donation and potential dysregulation of the hematopoietic system. What can also happen is a possible pathogenic effect after the transit of the cells through the apheresis equipment and neutrophilic activation. In light of this situation, there is the concern about whether that brings risks to the donor’s health, in the long term. Objective: the objective of this study was to evaluate the loss in the expression of some glycosylphosphatidylinositol-anchored (GPI-anchored) proteins, the presence of PNH clone and neutrophils activation in repeated plateletpheresis donors. Methods: Case-control study using 44 samples of donors of repeated plateletpheresis and 44 samples of donors of whole-blood donors as controls. Peripheral blood samples were collected into tubes containing EDTA, marked with CD157, CD45, CD64, CD10 and FLAER monoclonal antibodies, and analyzed by flow cytometry. For the analysis of neutrophil activation, 17 samples of repeated plateletpheresis donors and 17 samples of whole-blood donors, both marked with CD64 were analyzed. Conclusion: No alteration in the expression of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins and in the CD64 expression was found. It is suggested that repeated plateletpheresis donation does not alter the expression of GPI-anchored proteins, does not generate PNH clone and neither alters the expression of CD64.
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Análise da expressão de proteínas ancoradas ao glicosilfosfatidilinositol (GPI) e ativação neutrofílica em doadores de plaquetaférese de repetição

Garcia, Lais Oliveira January 2016 (has links)
A coleta de hemocomponentes por equipamentos de aférese tem aumentado muito nos últimos anos, sendo considerado um avanço na medicina transfusional, pois possibilita a retirada de um ou mais componentes de um doador único resultando em um hemocomponente padronizado e de alta qualidade. No entanto, os intervalos entre as doações de plaquetaférese em geral são curtos, podendo haver perda de células a cada doação e potencial desregulação do sistema hematopoiético. Pode ocorrer ainda um possível efeito patogênico após passagem das células pelo equipamento de aférese e ativação neutrofílica. Diante disso, há a preocupação se isso acarretaria riscos à saúde do doador em longo prazo. Objetivo: O objetivo deste estudo foi avaliar a perda da expressão de proteínas ancoradas ao glicosilfosfatidilinositol (GPI), presença de clone HPN (hemoglobinúria paroxística noturna) e ativação de neutrófilos em doadores de plaquetaférese de repetição. Métodos: Estudo de caso controle, sendo 44 amostras de doadores de plaquetaférese de repetição e 44 doadores de sangue total controle. Foram coletadas amostras de sangue periférico, marcadas com os anticorpos monoclonais CD157, CD45, CD64, CD10 e FLAER (do inglês, Fluorescent Aerolysin, aerolisina fluorescente) e analisadas por citometria de fluxo. Para análise de ativação de neutrófilos, foram analisadas 17 amostras de doadores de plaquetaférese de repetição e 17 amostras de doadores de sangue total marcadas com CD64. Conclusão: Não foram encontradas alterações significativas na expressão das proteínas ancoradas ao GPI e na expressão de CD64 entre os doadores de plaquetaférese de repetição e os controles. Sugere-se que a doação de plaquetaférese de repetição não altera a expressão de proteínas ancoradas ao GPI, não gera clone HPN tampouco altera a expressão de CD64. Palavras-chave: plaquetaférese, GPI, HPN, ativação de neutrófilos. / The collection of hemocomponents through apheresis equipment has increased much in recent years, which is considered an advance in transfusion medicine because it enables the withdrawal of one or more components from a single donor, resulting in a standardized and high-quality hemocomponent. Nonetheless, the intervals between the plateletpheresis donations are generally short, which can cause loss of cells in each donation and potential dysregulation of the hematopoietic system. What can also happen is a possible pathogenic effect after the transit of the cells through the apheresis equipment and neutrophilic activation. In light of this situation, there is the concern about whether that brings risks to the donor’s health, in the long term. Objective: the objective of this study was to evaluate the loss in the expression of some glycosylphosphatidylinositol-anchored (GPI-anchored) proteins, the presence of PNH clone and neutrophils activation in repeated plateletpheresis donors. Methods: Case-control study using 44 samples of donors of repeated plateletpheresis and 44 samples of donors of whole-blood donors as controls. Peripheral blood samples were collected into tubes containing EDTA, marked with CD157, CD45, CD64, CD10 and FLAER monoclonal antibodies, and analyzed by flow cytometry. For the analysis of neutrophil activation, 17 samples of repeated plateletpheresis donors and 17 samples of whole-blood donors, both marked with CD64 were analyzed. Conclusion: No alteration in the expression of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins and in the CD64 expression was found. It is suggested that repeated plateletpheresis donation does not alter the expression of GPI-anchored proteins, does not generate PNH clone and neither alters the expression of CD64.
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Análise da expressão de proteínas ancoradas ao glicosilfosfatidilinositol (GPI) e ativação neutrofílica em doadores de plaquetaférese de repetição

Garcia, Lais Oliveira January 2016 (has links)
A coleta de hemocomponentes por equipamentos de aférese tem aumentado muito nos últimos anos, sendo considerado um avanço na medicina transfusional, pois possibilita a retirada de um ou mais componentes de um doador único resultando em um hemocomponente padronizado e de alta qualidade. No entanto, os intervalos entre as doações de plaquetaférese em geral são curtos, podendo haver perda de células a cada doação e potencial desregulação do sistema hematopoiético. Pode ocorrer ainda um possível efeito patogênico após passagem das células pelo equipamento de aférese e ativação neutrofílica. Diante disso, há a preocupação se isso acarretaria riscos à saúde do doador em longo prazo. Objetivo: O objetivo deste estudo foi avaliar a perda da expressão de proteínas ancoradas ao glicosilfosfatidilinositol (GPI), presença de clone HPN (hemoglobinúria paroxística noturna) e ativação de neutrófilos em doadores de plaquetaférese de repetição. Métodos: Estudo de caso controle, sendo 44 amostras de doadores de plaquetaférese de repetição e 44 doadores de sangue total controle. Foram coletadas amostras de sangue periférico, marcadas com os anticorpos monoclonais CD157, CD45, CD64, CD10 e FLAER (do inglês, Fluorescent Aerolysin, aerolisina fluorescente) e analisadas por citometria de fluxo. Para análise de ativação de neutrófilos, foram analisadas 17 amostras de doadores de plaquetaférese de repetição e 17 amostras de doadores de sangue total marcadas com CD64. Conclusão: Não foram encontradas alterações significativas na expressão das proteínas ancoradas ao GPI e na expressão de CD64 entre os doadores de plaquetaférese de repetição e os controles. Sugere-se que a doação de plaquetaférese de repetição não altera a expressão de proteínas ancoradas ao GPI, não gera clone HPN tampouco altera a expressão de CD64. Palavras-chave: plaquetaférese, GPI, HPN, ativação de neutrófilos. / The collection of hemocomponents through apheresis equipment has increased much in recent years, which is considered an advance in transfusion medicine because it enables the withdrawal of one or more components from a single donor, resulting in a standardized and high-quality hemocomponent. Nonetheless, the intervals between the plateletpheresis donations are generally short, which can cause loss of cells in each donation and potential dysregulation of the hematopoietic system. What can also happen is a possible pathogenic effect after the transit of the cells through the apheresis equipment and neutrophilic activation. In light of this situation, there is the concern about whether that brings risks to the donor’s health, in the long term. Objective: the objective of this study was to evaluate the loss in the expression of some glycosylphosphatidylinositol-anchored (GPI-anchored) proteins, the presence of PNH clone and neutrophils activation in repeated plateletpheresis donors. Methods: Case-control study using 44 samples of donors of repeated plateletpheresis and 44 samples of donors of whole-blood donors as controls. Peripheral blood samples were collected into tubes containing EDTA, marked with CD157, CD45, CD64, CD10 and FLAER monoclonal antibodies, and analyzed by flow cytometry. For the analysis of neutrophil activation, 17 samples of repeated plateletpheresis donors and 17 samples of whole-blood donors, both marked with CD64 were analyzed. Conclusion: No alteration in the expression of glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins and in the CD64 expression was found. It is suggested that repeated plateletpheresis donation does not alter the expression of GPI-anchored proteins, does not generate PNH clone and neither alters the expression of CD64.

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