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Système de biopuce optique en temps réel: application au diagnostic génétique

Bassil, Nathalie 16 February 2005 (has links) (PDF)
Les puces à ADN, ont vu le jour à la fin du vingtième siècle. L'utilisation de l'Imagerie par Résonance des Plasmons de Surface dans de tels outils est très prometteuse. En effet, cette technique permet de suivre en temps réel et en parallèle, sans l'usage de marqueur, différentes interactions se déroulant sur une surface métallique. Elle nous a servi pour analyser les interactions ADN/ADN dans le but du diagnostic génétique. Pour cela nous avons fixé des molécules d'ADN biotinylées sur une surface d'or par l'intermédiaire d'une structure auto-assemblée composée successivement un acide thiolé, d'un polymère chargé positivement et de l'ExtrAvidine. L'analyse des interactions ADN/ADN montre que le système employé permet de distinguer la formation d'un double brin d'ADN totalement complémentaires de celle d'un double brin avec une mutation. Cette distinction est nette pour une délétion. Le cas plus subtil d'une substitution nous a poussé à examiner l'effet de la longueur des ADN sur la réponse optique du système. Cette étude a fait ressortir l'influence de la température de fusion des séquences sur le signal obtenu. La représentation des résultats en fonction de ce dernier paramètre a permis de les modéliser, d'expliquer la différence de comportement des diverses molécules utilisées et de prédire le résultat des hybridations entre oligonucléotides quelconques. Ainsi, pour valider notre modèle, nous avons conçu un ensemble de séquences capable de révéler six des plus fréquentes mutations de la mucoviscidose. Les résultats expérimentaux sont en bon accord avec les résultats théoriques. Les premiers essais de diagnostic génétique sont prometteurs.
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Caractéristiques Optiques et Dynamiques d'Interactions Biomoléculaires de Surface - Application aux biopuces à ADN

Hottin, Jérôme 06 July 2009 (has links) (PDF)
A l'heure où la médecine tend vers une généralisation des méthodes prédictives, les biocapteurs occupent le devant de la scène. Se basant sur des méthodes de détection et de transduction variées, différents types de biocapteurs sont développés dans le but d'observer des interactions biomoléculaires. Les domaines d'application sont vastes : détections de polluants ou d'OGM, amélioration de la spécificité d'un médicament (traitement anti-cancéreux) ou encore diagnostic génétique fiable. C'est autour de la problématique de la détection de la maladie génétique de la mucoviscidose que s'architecture mes travaux de recherche. Le biocapteur que nous avons utilisé se base sur un système optique utilisant l'imagerie SPR couplée à une biopuce à ADN. Les molécules sondes sont des simples brins d'ADN de synthèse dont la séquence a été calculée afin de pouvoir détecter dans les simples brins cibles issus de l'ADN de patient les modifications génétiques du gène de la CFTR responsable de la maladie. Ces biopuces sont constituées d'une couche métallique fonctionnalisée par une chimie de surface reposant sur la liaison thiol/or et se terminant par une couche de Streptavidin. Les sondes sont biotinylées et un micro-arrayer les dispose sous forme de matrice sur la surface. Grâce à l'implémentation d'un module de contrôle de température et de différentes études sur le TM des interactions ADN-ADN et grâce à une méthode de correction des données, nous avons réussi à établir le diagnostic génétique d'une SNP sans ambiguïté en moins d'une dizaine de minutes. Les dernières études de ce manuscrit ouvrent la porte à la cartographie expérimentale des structures secondaires des simples brins cibles.

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