Cette thèse en algorithmique du texte étudie la compression, l'indexation et les requêtes sur un texte annoté. Un texte annoté est un texte sur lequel nous ajoutons des informations. Ce peut être par exemple une recombinaison V(D)J, un marqueur de globules blancs, où le texte est une séquence ADN et les annotations sont des noms de gènes. Le système immunitaire d'une personne se représente par un ensemble de recombinaisons V(D)J. Avec le séquençage à haut débit, on peut avoir accès à des millions de recombinaisons V(D)J qui sont stockées et doivent pouvoir être retrouvées et comparées rapidement.La première contribution de ce manuscrit est une méthode de compression d'un texte annoté qui repose sur le principe du stockage par références. Le texte est découpé en facteurs pointant vers les séquences annotées déjà connues. La seconde contribution propose deux index pour un texte annoté. Ils utilisent une transformée de Burrows-Wheeler indexant le texte ainsi qu'un Wavelet Tree stockant les annotations. Ces index permettent des requêtes efficaces sur le texte, les annotations ou les deux. Nous souhaitons à terme utiliser l'un de ces index pour indexer des recombinaisons V(D)J obtenues dans des services d'hématologie lors du diagnostic et du suivi de patients atteints de leucémie. / This thesis in text algorithm studies the compression, indexation and querying on a labeled text. A labeled text is a text to which we add information. For example: a V(D)J recombination, a marker for lymphocytes, where the text is a DNA sequence and the labels are the genes' names. A person's immune system can be represented with a set of V(D)J recombinations. With high-throughput sequencing, we have access to millions of V(D)J recombinations which are stored and need to be recovered and compared quickly.The first contribution of this manuscript is a compression method for a labeled text which uses the concept of storage by references. The text is divided into sections which point to pre-established labeled sequences. The second contribution offers two indexes for a labeled text. Both use a Burrows-Wheeler transform to index the text and a Wavelet Tree to index the labels. These indexes allow efficient queries on text, labels or both. We would like to use one of these indexes on V(D)J recombinations which are obtained with hematology services from the diagnostic or follow-up of patients suffering from leukemia.

Cette thèse tisse des liens entre les domaines de l'indexation audio et de l'analyse de séquences d'images, à travers le problème de l'analyse de l'accompagnement rythmique des signaux de musique. Nous étudions d'abord le problème de la transcription de la piste de batterie d'enregistrements musicaux à partir de la modalité audio seule. Après avoir présenté des pré-traitements permettant d'accentuer cette piste, nous utilisons des techniques d'apprentissage statistique sur une large gamme d'attributs pour réaliser la transcription. Nous introduisons également des approches supervisées et non supervisées pour améliorer la reconnaissance en exploitant la régularité des motifs rythmiques. Nous incorporons ensuite à ce système de transcription l'information visuelle provenant de caméras filmant le batteur. Différentes approches sont présentées pour détecter la position des éléments de la batterie dans la scène et pour associer les régions extraites à des catégories sonores. Des descripteurs d'intensité de mouvement sont ensuite utilisés pour la détection des frappes. Les résultats démontrent la capacité d'une approche multimodale à résoudre certaines des ambiguïtés propres à la transcription audio. Nous étendons enfin nos travaux aux clips vidéos, en tentant de mesurer de quelle manière la musique peut être illustrée par des images. Après avoir présenté ou introduit de nouvelles méthodes de structuration automatique des flux audio et vidéo à différents niveaux, nous définissons des mesures de synchronie sur les structures obtenues. Ces mesures, qui s'avèrent dépendantes du type de document musical, permettent des applications de recherche de musique par l'image.

La multitude de documents multimédia déjà existants ou créés chaque jour nous confronte au problème de la recherche d' informations au sein de bases de données gigantesques qui rendent toute volonté d'indexation entièrement manuelle impossible. Dans ce contexte il est devenu nécessaire de concevoir et de construire des outils capables sinon d' extraire tout le contenu sémantique d'un document donné du moins d' en élaborer une première structuration de manière automatique. En se restreignant aux documents vidéo, cette thèse se propose donc de bâtir des outils automatiques réalisant une structuration en deux étapes. Tout d'abord linéaire, elle aboutit à un découpage d'un document vidéo en entités allant de la scène à l'image en passant par la prise de vue et le morceau de prise de vue. Puis relationnelle, elle consiste en l'extraction de relations par la mise en évidence de liens syntaxiques ou sémantiques de tout ordre entre deux entités de types quelconques. En plus de leur caractère général et automatique, l'ensemble des outils que nous présentons sont, en outre, conçus dans le respect d'une méthodologie précise. Cette dernière consiste à n'utiliser que des critères simples et de bas niveau de traitements d'images et tout particulièrement de morphologie mathématique qui combinés entre eux et avec des règles logiques de décision permettent déjà d'atteindre une structuration cohérente efficace et représentative d'un contenu informationnel de niveau sémantique élevé. Ce choix induit de plus une grande rapidité de nos outils puisque dans leur ensemble leur temps d'exécution est inférieur au temps réel. Leur validation est obtenue au travers de nombreux exemples et applications appartenant essentiellement à la classe des journaux télévisés.

Thèse de doctorat : sciences. Informatique : Ecully, Ecole centrale de Lyon : 2003. / 193 réf.

Thèse de doctorat : sciences. Informatique : Ecully, Ecole centrale de Lyon : 2003. / Titre provenant de l'écran-titre. 193 réf.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences de l'information et de la communication : Lyon 2 : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr.

Reproduction de : Thèse doctorat : Pharmacie. Biologie moléculaire et cellulaire : Reims : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p.161-195.

Thèse de doctorat : Informatique : INPL : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr.

Thèse doctorat : Informatique : Villeurbanne, INSA : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p. 131-140.

Mémoire d'étude diplôme de conservateur des bibliothèques : Bibliothéconomie : Villeurbanne, ENSSIB : 2003.