Les objectifs de cette étude comparative de deux bassins versants en France et en Ukraine sont de trois ordres. i) déterminer l'occurrence des micropolluants émergents (métaux traces et molécules pharmaceutiques) dans les eaux de surface, ii) permettre leur évaluation qualitative et quantitative et enfin iii) estimer leur distribution en fonction du contexte socio-économique. Cette recherche porte sur l'analyse de l'origine, sur les propriétés physico-chimiques et sur le comportement des micropolluants (métaux traces et molécules pharmaceutiques) dans les eaux des rivières Jalle (Bordeaux, France) et Udy & Lopan (Kharkiv, Ukraine). Un suivi des métaux traces et des produits pharmaceutiques dans les eaux naturelles de surface dans différents contextes et conditions climatiques a été réalisé. La description et l'analyse des facteurs environnementaux et socio-économiques influençant l'hydrochimie locale en vue de conclure sur l'opportunité et l'intérêt des micropolluants émergents comme indicateurs anthropogéniques du contexte socio-économique et environnemental d'un bassin versant ont été mis en oeuvre. L'étude a combiné des techniques de prélèvements d'échantillons d'eau classiques et par capteurs passifs in situ. L'analyse semi quantitative des micropolluants émergents a porté sur les métaux traces (sondes DGT) et les produits pharmaceutiques (POCIS). L'usage de ces capteurs a permis d'évaluer les différentes formes d'éléments, les sources, les variations saisonnières et spatiales, l'accumulation et les risques environnementaux. A partir des données environnementales collectées, acquises, actualisées et validées il a été possible de modéliser la consommation régionale de médicaments dans le cas de (1) la région de Kharkiv, en Ukraine, sur les rivières Lopan et Udy du bassin Seversky Donets et (2) la région de Bordeaux, en France, sur la rivière Jalle, du bassin de la Garonne. Les sites ont été sélectionnés pour représenter une diversité tant du point de vue de l'état de pollution des eaux (nature et flux) que de celui du paysage socio-économique (contexte urbain, social et indicateurs économiques). Les résultats majeurs de cette étude sont : (i) méthodologique pour le développement et la validation de protocoles d'échantillonnage classique et passif (intérêt, limites, recommandations), ii) analytique quant à la mesure des éléments traces des eaux de surface naturelles dans des conditions extrêmes, iii) scientifique par l'obtention d'un jeu de données sur l'hydrochimie des éléments traces ( présence, accumulation, origine et variabilité spatiale et temporelle et iv) prospectif quant à l'usage des métaux traces et de produits pharmaceutiques comme traceurs anthropiques de l'état des eaux naturelles de surfaces et reflet du contexte socio économique. La modélisation socio-économique (statistique) et environnementale (balance de masse) aide à comprendre l'évolution de la qualité des eaux de surface dans leur contexte régional et permet d'identifier certains contaminants comme des indicateurs des activités anthropiques d'un bassin versant et permet de définir une typologie. L'ensemble des résultats de la thèse ont présentés sous la forme d'articles publiés ou soumis dans des revues scientifiques internationales.