A introdução da nutroterapia parenteral (NTP) contribuiu para redução da morbimortalidade de pacientes com contraindicação de uso do trato gastrointestinal. Porém, está relacionada a complicações clínicas, destacando-se a infecção associada ao uso de cateteres venosos centrais (CVCs) e a formação de biofilmes, que podem contribuir para piora clínica daqueles que necessita da NTP. O objetivo deste estudo foi avaliar a presença de biofilmes, a infecção sanguínea secundária ao uso de CVC utilizados em nutroterapia e os fatores de riscos associados ao processo infeccioso. Por meio de estudo clínico prospectivo, durante janeiro a junho de 2008, avaliou-se clinicamente por meio de registros médicos e de enfermagem todos pacientes em uso de parenteral internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, assim como os cateteres utilizados pelos mesmos, por meio de técnicas de cultura semiquantitativas e de hemoculturas. Aleatoriamente, algumas amostras dos CVCs utilizados foram enviadas para microscopia eletrônica de varredura e de alguns pacientes e de alguns profissionais da saúde foram coletados amostras se swab de pele. Foram avaliados 145 pacientes com idade média de 53±16 anos, destes 46% cursaram com infecção associada ao uso de CVC, ocorrendo óbito em 43% dos casos. A mortalidade foi associada ao maior risco de infecção (0.007),a complicações metabólicas como hiperglicemia (p <0.001) e distúrbio hidroeletrolítico (p=0.036) e à desnutrição (p=0.03). Com relação ao CVC, foram analisados um total de 179 CVCs, desses 49% estavam colonizados por micro-organismos e 34% foram relacionados à infecção sanguínea, não foram observadas diferenças clínicas quanto ao risco de colonização ou infecção sistêmica relacionada aos CVCs. Observou-se o risco de infecção cruzada em 21% do swabs auriculares coletados da equipe de saúde que assitia ao paciente. O risco da migração de micro-organismo da própria pele do paciente foi observado em 45% dos swabs coletados da mão e da região auricular do paciente. Quanto ao biofilme, foi observado a formação em 62% das amostras analisadas, sendo cocos mais comuns e Staphylococcus spp (39%) e Candida spp (19%) os micro-organismos mais frequentes. Conclui-se que a presença de biofilmes e infecção associada ao CVC utilizado para NTP é frequente e está relacionada ao aumento da mortalidade dos pacientes que necessitam desta nutroterapia / The introduction of parenteral nutrition therapy (PNT) has helped to reduce morbidity and mortality of patients with contraindications for use of the gastrointestinal tract. However, is related to clinical complications, especially infection associated with the use of central venous catheters (CVCs) and the formation of biofilms, which may contribute to clinical worsening of those who need the PNT. The aim of this study was to evaluate the presence of biofilms, the risk of infection related to the use of CVC used in parenteral nutrition, as well as risk factors associated with infection. Through a prospective study during January to June 2008 were evaluated clinically by means of medical records and nursing all patients who needed parenteral nutrition support at Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, as well as catheters used by them, by means of semiquantitative culture techniques and blood cultures. Randomly, some samples of CVCs used were sent for scanning electron microscopy. Also, some samples of skin´s swabs were collected from, some patients and some health professionals. We evaluated 145 patients with mean age 53 ± 16 years, 46% of those presenting with infection associated with the use of CVC, death occurring in 43% of cases. Mortality was associated with increased risk of infection (0.007), hyperglycemia (p <0.001), electrolyte disturbance (p = 0.036) and malnutrition (p = 0.03). Regarding the CVC were analyzed a total of 179 CVCs, 49% of these were colonized by micro-organisms and 34% were related to bloodstream infection, there were no clinical differences between the risk of colonization or bloodstream infection related to CVCs. It was noted the risk of cross infection in 21% of ear swabs collected from the health team whom attended to the patient. The risk of migration of micro-organism of the patient\'s own skin was observed in 45% of the swabs collected from the hand and around patient´s ear. Biofilm formation was observed in 62% of samples, being more common cocci. Staphylococcus spp (39%) and Candida spp (19%) were the most frequent micro-organisms. The presence of biofilms and infection related to CVC used for NTP is frequent and is associated with increased mortality of patients who need this nutritional support.

A introdução da nutroterapia parenteral (NTP) contribuiu para redução da morbimortalidade de pacientes com contraindicação de uso do trato gastrointestinal. Porém, está relacionada a complicações clínicas, destacando-se a infecção associada ao uso de cateteres venosos centrais (CVCs) e a formação de biofilmes, que podem contribuir para piora clínica daqueles que necessita da NTP. O objetivo deste estudo foi avaliar a presença de biofilmes, a infecção sanguínea secundária ao uso de CVC utilizados em nutroterapia e os fatores de riscos associados ao processo infeccioso. Por meio de estudo clínico prospectivo, durante janeiro a junho de 2008, avaliou-se clinicamente por meio de registros médicos e de enfermagem todos pacientes em uso de parenteral internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, assim como os cateteres utilizados pelos mesmos, por meio de técnicas de cultura semiquantitativas e de hemoculturas. Aleatoriamente, algumas amostras dos CVCs utilizados foram enviadas para microscopia eletrônica de varredura e de alguns pacientes e de alguns profissionais da saúde foram coletados amostras se swab de pele. Foram avaliados 145 pacientes com idade média de 53±16 anos, destes 46% cursaram com infecção associada ao uso de CVC, ocorrendo óbito em 43% dos casos. A mortalidade foi associada ao maior risco de infecção (0.007),a complicações metabólicas como hiperglicemia (p <0.001) e distúrbio hidroeletrolítico (p=0.036) e à desnutrição (p=0.03). Com relação ao CVC, foram analisados um total de 179 CVCs, desses 49% estavam colonizados por micro-organismos e 34% foram relacionados à infecção sanguínea, não foram observadas diferenças clínicas quanto ao risco de colonização ou infecção sistêmica relacionada aos CVCs. Observou-se o risco de infecção cruzada em 21% do swabs auriculares coletados da equipe de saúde que assitia ao paciente. O risco da migração de micro-organismo da própria pele do paciente foi observado em 45% dos swabs coletados da mão e da região auricular do paciente. Quanto ao biofilme, foi observado a formação em 62% das amostras analisadas, sendo cocos mais comuns e Staphylococcus spp (39%) e Candida spp (19%) os micro-organismos mais frequentes. Conclui-se que a presença de biofilmes e infecção associada ao CVC utilizado para NTP é frequente e está relacionada ao aumento da mortalidade dos pacientes que necessitam desta nutroterapia / The introduction of parenteral nutrition therapy (PNT) has helped to reduce morbidity and mortality of patients with contraindications for use of the gastrointestinal tract. However, is related to clinical complications, especially infection associated with the use of central venous catheters (CVCs) and the formation of biofilms, which may contribute to clinical worsening of those who need the PNT. The aim of this study was to evaluate the presence of biofilms, the risk of infection related to the use of CVC used in parenteral nutrition, as well as risk factors associated with infection. Through a prospective study during January to June 2008 were evaluated clinically by means of medical records and nursing all patients who needed parenteral nutrition support at Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, as well as catheters used by them, by means of semiquantitative culture techniques and blood cultures. Randomly, some samples of CVCs used were sent for scanning electron microscopy. Also, some samples of skin´s swabs were collected from, some patients and some health professionals. We evaluated 145 patients with mean age 53 ± 16 years, 46% of those presenting with infection associated with the use of CVC, death occurring in 43% of cases. Mortality was associated with increased risk of infection (0.007), hyperglycemia (p <0.001), electrolyte disturbance (p = 0.036) and malnutrition (p = 0.03). Regarding the CVC were analyzed a total of 179 CVCs, 49% of these were colonized by micro-organisms and 34% were related to bloodstream infection, there were no clinical differences between the risk of colonization or bloodstream infection related to CVCs. It was noted the risk of cross infection in 21% of ear swabs collected from the health team whom attended to the patient. The risk of migration of micro-organism of the patient\'s own skin was observed in 45% of the swabs collected from the hand and around patient´s ear. Biofilm formation was observed in 62% of samples, being more common cocci. Staphylococcus spp (39%) and Candida spp (19%) were the most frequent micro-organisms. The presence of biofilms and infection related to CVC used for NTP is frequent and is associated with increased mortality of patients who need this nutritional support.

Parmi les agents qui modulent la dynamique des populations, le parasitisme est important mais souvent négligé. Il est urgent non seulement d’inventorier les différentes espèces de parasites, mais aussi de comprendre la sensibilité des hôtes à l’infection (notamment des bivalves) et étudier les interactions entre les parasites et les autres facteurs environnementaux. Par conséquent, cette thèse avait comme objectif principal de caractériser et de quantifier les communautés de trématodes (les plus abondants et répandus des macroparasites de bivalves dans les eaux côtières) qui infectent Cerastoderma edule (coque) et Donax trunculus (telline), deux des bivalves les plus importants au Portugal et en France d’un point de vue écologique et économique.Dans un premier temps, la dynamique des populations de bivalves a été étudiée en tenant compte de la relation entre la température et la période de recrutement et des effets en retour du recrutement sur la biomasse adulte. Pour cela, une base de données a été analysée couvrant 17 ans d’observations mensuelles d’une population de coques dans une réserve nationale (Banc d’Arguin, Arcachon, France). Ces observations à long terme ont montré que la durabilité d’une population de coques dépend du succès du recrutement. Pour les coques, le succès du recrutement a été montré comme étant en partie, mais pas totalement, dépendant de la température. Ainsi, la durée de vie d’une cohorte pourrait être estimée plus tôt, grâce à des indices se produisant en amont du recrutement. Suite à ces résultats, le rôle du parasitisme dans la dynamique des populations de bivalves a été étudié.Premièrement, en raison de leur forte pathogénicité pour les bivalves, une attention particulière a été accordée aux parasites Bucephalus minimus et Bacciger bacciger qui utilisent C. edule et D. trunculus, respectivement, comme premier hôte intermédiaire (où se développe le stade parasitaire sporocyste). [...]Deuxièmement, cette étude s’est concentrée sur l’infection des bivalves par les métacercaires, c’est-à-dire lorsqu’ils servent de second hôte intermédiaire dans le cycle de vie du parasite. […]Enfin, la sensibilité des bivalves à l’infection parasitaire a été évaluée expérimentalement lorsqu’ils sont confrontés à des facteurs liés au changement climatique (salinité, température et pH) et à la contamination (arsenic). Les résultats ont montré que l’exposition de l’hôte à des conditions de stress liées à des scénarios de changement global peut modifier le succès de l’infection parasitaire et altérer les réponse biochimiques de l’hôte.Les résultats présentés dans cette thèse ont amélioré la connaissance des effets de différentes variables sur les bivalves, soulignant le rôle crucial du parasitisme. S’ils sont appliqués, ces nouveaux concepts peuvent promouvoir la gestion durable des bivalves, une ressource marine importante, en augmentant son potentiel de production et donc son potentiel économique. / Among population dynamics drivers, parasitism is significant but often neglected. Beyond inventory of the various parasites, it is urgent to understand the susceptibility of hosts, namely bivalves, to infection, and to investigate the interaction among parasites and other environmental conditions.In this way, the present study aimed to characterize and quantify the trematode macroparasites, the most abundant and prevalent in coastal waters, infecting Cerastoderma edule and Donax trunculus, which are among the most ecologically important and economically explored bivalve species in Portugal and France.The first step was to study bivalve population dynamics, evaluating the relationship between temperature and recruitment timing and the reciprocal effects of recruitment on adult biomass. For this, a large database spanning 17 years of monthly observations of a cockle population inhabiting a national protected area (Banc d’Arguin, Arcachon, France) was analysed. Long-term observations showed that the sustainability of a cockle population is recruitment-success dependent. In cockles, recruitment success showed to be partly, but not only, dependent on temperature. Hence, the sustainability of a cohort could be set earlier, i.e. by processes happening before recruitment. Following this clue, the role of parasitism on the bivalve host population dynamics was explored.Firstly, due to high pathogenicity for bivalves, special attention was given to the parasites Bucephalus minimus and Bacciger bacciger which use C. edule and D. trunculus, respectively, as first intermediate hosts (where their sporocysts parasitic stage develops). […]Then, the study focused on metacercariae infection in its bivalve second intermediate host, a relationship that is usually reported as less deleterious. […]Lastly, the susceptibility of bivalves to parasites infection when challenged by climate change related factors (salinity, temperature and pH) and contamination (Arsenic) was experimentally assessed. Main results showed that hosts exposure to stressful conditions related to global change scenarios can modify the parasite infection success and induced host biochemical response alterations.The findings presented in this thesis improved the knowledge on the effects of different constraints on bivalves, highlighting the crucial role of parasitism. If applied, these new insights can promote the sustainable management of bivalves, such an important marine resource, with greater production and economic potential. / Entre os agentes que modulam a dinâmica populacional, o parasitismo é significativo masmuitas vezes negligenciado. É urgente não só inventariar as várias espécies de parasitas, bem comocompreender a suscetibilidade dos hospedeiros à infeção (nomeadamente os bivalves) e investigar ainteração entre os parasitas e outras condições ambientais. Pelo que, esta tese teve como objetivoprincipal caracterizar e quantificar os macroparasitas trematodes (os mais abundantes e prevalentesem águas costeiras) que infetam Cerastoderma edule (berbigão) e Donax trunculus (conquilha), doisdos bivalves mais importantes em Portugal e França tanto do ponto de vista ecológico comoeconómico.Primeiramente, a dinâmica populacional dos bivalves foi estudada, tendo em conta a relaçãoentre a temperatura e o período de recrutamento e os efeitos recíprocos do recrutamento nabiomassa de adultos. Para isso, foi analisada uma base de dados abrangendo 17 anos deobservações mensais de uma população de berbigões que habitam uma área nacional protegida(Banc d’Arguin, Arcachon, França). Estas observações de longa duração mostraram que asustentabilidade de uma população de berbigão é dependente do sucesso do recrutamento. Emberbigões, o sucesso do recrutamento mostrou ser em parte, mas não totalmente, dependente datemperatura. Por esta razão, a sustentabilidade de uma coorte pode estar a ser estabelecida maiscedo, isto é, por processos que acontecem antes do recrutamento. Seguindo esta pista, o verdadeiropapel do parasitismo na dinâmica populacional dos bivalves foi mais explorado.De seguida e devido à elevada patogenicidade para os bivalves, foi dada especial atençãoaos parasitas Bucephalus minimus e Bacciger bacciger que usam C. edule e D. trunculus,respetivamente, como primeiros hospedeiros intermediários (onde o estádio parasítico esporocisto sedesenvolve). […].Depois, este estudo focou-se na infeção dos bivalves por metacercariae, ou seja, quandoservem de segundos hospedeiros intermediários no ciclo de vida do parasita. […]Por fim, foi experimentalmente avaliada a suscetibilidade dos bivalves à infeção por parasitasquando desafiados por fatores relacionados com as alterações climáticas (salinidade, temperatura epH) e contaminação (Arsénio). Os resultados mostraram que a exposição dos hospedeiros acondições de stress relacionadas com cenários de alterações globais podem modificar o sucesso dainfeção parasitária e induzir alterações na resposta bioquímica do hospedeiro.As descobertas apresentadas nesta tese melhoraram o conhecimento dos efeitos dediferentes variáveis nos bivalves, salientando o papel crucial do parasitismo. Se aplicados, estesnovos pontos de vista podem promover a gestão sustentável dos bivalves, um recurso marinho tãoimportante, aumentando o seu potencial de produção e económico.