Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

In Nature, antibodies are capable of recognizing a huge variety of different molecular structures on the surface of antigens. The primary factor that defines the structural diversity of the antibody antigen combining site is the length variation of the complementarity determining region (CDR) loops. Following antigen stimulation, further diversification through the process called somatic hypermutation (SHM) leads to antibodies with improved affinity and specificity. Sequence diversification by SHM is mainly achieved by introduction of point substitutions and a small percentage of insertions/deletions (indels). Although the percentage of indels in affinity matured antibodies is low, probably due to the low rate incorporation of in-frame indels throughout the course of the SHM diversification process, it is likely that the antibody fold can accommodate higher diversity of affinity-enhancing indels. By in vitro evolution, other researchers have sampled either only restricted diversity of indels or extended diversity of insertions only in specific positions chosen based on structural information and natural length variation. The aim of this thesis was to study the impact of random and high diversity indels on antibody affinity by in vitro evolution. New approaches for construction of libraries with in-frame amino acid indels were applied to enable sampling of indels of different lengths across the entire antibody variable domains. I followed two different approaches for construction of indel libraries. Firstly, a recently developed random approach allowed the construction of libraries with random insertions and deletions. Secondly, a semi-random approach was developed to build libraries with different lengths of insertions that could be widely applied in future in vitro antibody affinity maturation campaigns. Libraries constructed by either of these approaches yielded variants with insertions with improved affinity. Overall, this thesis demonstrates that insertions besides offering alternative routes to affinity maturation can also be combined with point substitutions to take advantage of additive effects on function.

Understanding how changes in functional requirements of the cell select for changes in protein sequence and structure is a fundamental challenge in molecular evolution. This dissertation delineates some of the underlying evolutionary forces using as a model system, the Haloalkanoate Dehalogenase Superfamily (HADSF). HADSF members have unique cap-core architecture with the Rossmann-fold core domain accessorized by variable cap domain insertions (delineated by length, topology, and point of insertion). To identify the boundaries of variable domain insertions in protein sequences, I have developed a comprehensive computational strategy (CapPredictor or CP) using a novel sequence alignment algorithm in conjunction with a structure-guided sequence profile. Analysis of more than 40,000 HADSF sequences led to the following observations: (i) cap-type classes exhibit similar distributions across different phyla, indicating existence of all cap-types in the last universal common ancestor, and (ii) comparative analysis of the predicted cap-type and functional diversity indicated that cap-type does not dictate the divergence of substrate recognition and chemical pathway, and hence biological function. By analyzing a unique dataset of core- and cap-domain-only protein structures, I investigated the consequences of the accessory cap domain on the sequence-structure relationship of the core domain. The relationship between sequence and structure divergence in the core fold was shown to be monotonic and independent of the corresponding cap type. However, core domains with the same cap type bore a greater similarity than the core domains with different cap types, suggesting coevolution of the cap and core domains. Remarkably, a few degrees of freedom are needed to describe the structural diversity in the Rossmann fold accounting for the majority of the observed structural variance. Finally, I examined the location and role of conserved residue positions and co-evolving residue pairs in the core domain in the context of the cap domain. Positions critical for function were conserved while non-conserved positions mapped to highly mobile regions. Notably, we found exponential dependence of co-variance on inter-residue distance. Collectively, these novel algorithms and analyses contribute to an improved understanding of enzyme evolution, especially in the context of the use of domain insertions to expand substrate specificity and chemical mechanism.

La sphère de la publicité intègre fréquemment celle du cinéma. Des produits et des marques figurent dans les longs-métrages français. Notre recherche interroge ce phénomène incontestable qui, parfois, dérange par la coexistence de ces deux entités. Présentes dans les films depuis la création du cinéma en 1895, les insertions publicitaires filmiques forment un impensé théorique du cinéma. Depuis plus d'un siècle, les réalisateurs mettent en scène des produits et des marques dans leurs films et prouvent ainsi l'intérêt de cette pratique. Au-delà des aspects marketing, commerciaux et économiques de cette technique, nous examinons la place et l'efficience des insertions publicitaires filmiques dans la création cinématographique. À partir de l'analyse d'entretiens menés avec des réalisateurs français et de l'étude de leurs longs-métrages, nous démontrons que les cinéastes pensent et maîtrisent le procédé d'insertions publicitaires filmiques. Signifiants incontestables, les produits et les marques participent à la construction d'un univers diégétique, de personnages filmiques et du récit cinématographique. Nous fondons une typologie des fonctions diégétiques des insertions publicitaires filmiques et nous établissons alors qu'elles sont un trait fondamentalement cinématographique. In fine, nous élaborons une définition originale des insertions de produits et de marques au cinéma. / The world of advertising is often enmeshed with that of the cinema. Products and brands are totally part of French movies basically known as product placement or brand placement. Our thesis examines this phenomenon that cannot be denied, precisely because those two entities are built into each other. Advertisements have been present in films since the creation of motion pictures in 1895 and thus have accidentally merged into shaping the cinema as it is. For more than a century, movie directors have been staging products and brands within their films. They have thus legitimized the practice and its interest. Beyond the marketing, selling and economical aspects of such technique, we examine the role and efficiency of the insertion of advertising into the process of film making. Starting from the analysis of interviews with French directors and a close study of their movies, we demonstrate that movie directors do have this advertising technique in mind and are fully aware of the process they master. One cannot deny that products and brands have a decisive significance; they play a definite part in the construction of the diegetic universe of fiction characters and film narrative. We have established a typology of the diegetic function of in-film advertisings ; it allows us to establish that they are a fundamental cinematographic characteristic. As a conclusion to this study, we have worked out an original definition of what the insertion of products and brands actually means to filmic art.

The objective of this study was to establish and define the theological alterations made to the Masoretic Text of the biblical book of Esther (MTE) by the translators of the Septuagint (LXX) and the Josephus (J) texts, focusing on the explicit references made to God in these texts. This objective was reached by means of three working objectives: a. Comparing key passages from the MTE with the LXX and J texts; b. Indicating differences and similarities between the various accounts; and<p c. Making some inferences about the theological implications of these insertions. The comparison of the texts was introduced by an excursion into the reconstruction of the Esther text. The texts that were compared were divided into two groups, namely canonical insertions (2.20; 4.8, 14; 6.1, 13; and 7.10), and non-canonical additions (add. A, C, D and E). From this comparison, differences and similarities became apparent, and especially those that were theologically explicit were investigated. The conclusion was reached that the LXX and J texts’ theological alterations limit the theological creativeness and open-endedness of the MTE. The depth and strength of the MTE’s theological silence about the activity of God have been removed in these translations to make space for a more ‘traditional’ theology. The investigation serves to caution modern translators of the book of Esther to refrain from translating the book in a way that is theologically more explicit than the source document, since this would damage the communicative potential of the book. / Dissertation (MA (Ancient Languages and Culture))--University of Pretoria, 2007. / Ancient Languages / MA / unrestricted

Le récent développement des méthodes de séquençage permet aujourd’hui d’identifier des variations structurales chez de nombreuses espèces. Chez le maïs, des milliers de grandes insertions et délétions (InDel) de quelques pb à plusieurs centaines de Kbp ont été découvertes entre le génome de référence B73 et de nombreux autres génomes reséquencés. Ces InDel peuvent changer la composition des gènes entre les individus et donc être impliquées dans la variation du phénotype, mais cet effet sur le phénotype reste mal connu. L’objectif de cette thèse était d'étudier la contribution des InDel à l'adaptation, aux variations phénotypiques et aux performances hybrides chez le maïs. Nous avons développé une puce de génotypage des InDel Affymetrix® Axiom® capable de génotyper 105 927 InDel de 35bp à 129,7Kbp. 79 969 de ces InDel ont leur séquences absentes du génome de référence B73 et ont été identifiées par l’assemblage 3 génomes (F2, C103, and PH207). Nous avons sélectionné 61 492 InDel polymorphiques pour génotyper 362 lignées de maïs représentant une large gamme de diversité pour étudier la contribution des InDel à la diversité génétique, l’adaptation et la variation des caractères. Nous avons également génotypé 1 million de SNP à partir de deux puces de génotypage et du génotypage par séquençage pour étudier la complémentarité entre les InDel et les SNP. Qu’ils soient calculés avec les InDel ou les SNP la structuration génétique et les valeurs d’apparentement entre les lignées sont très similaires, ce qui suggère que la plupart des InDel ont suivi la même trajectoire évolutive que les SNP. 51% des InDel ne sont pas en déséquilibre de liaison élevé (>0.8) avec aucun SNP proche donc l’effet de ces InDel n’est donc a priori pas capturé pas des SNP à cette densité. Parmi les 294 régions génomiques associées au phénotype (QTL), 13 nouveaux QTL ont été détectés grâce aux InDel par rapport aux SNP par une approche de génétique d’association (GA). Nous avons détecté un enrichissement en InDel sous sélection entre les lignées tropicales, cornées et dentées par rapport aux SNP, avec 56 sur 188 régions sous sélection détectées avec les InDel. Ces régions contiennent des gènes impliqués dans l’adaptation et/ou la tolérance aux stress. De plus, le plus grand nombre d’associations a été découvert pour la floraison, caractère adaptatif chez le maïs. Ces résultats suggèrent que les InDel sont plus souvent impliquées dans l’adaptation et la tolérance aux stress. Nous avons enfin testé l’effet des InDel sur les performances hybride en analysant un panel de 287 hybrides issus du croisement de 210 lignées tempérées du panel précédent. Nous avons décomposé la variance des performances hybrides en distinguant les effets de dominance et d’additivité pour la floraison femelle (FF), la hauteur (PH) et le rendement (GY). La plus forte part de dominance et d’interaction génotype-environnement a été observée pour le GY et la plus faible pour la FF. L’effet additif et de dominance de 51,844 InDel et 469 267 SNP a été testé pour 4 combinaisons d’environnements par une approche de GA. 78 et 133 QTL avec un effet additif et dominant respectivement ont été identifiés, dont 6 et 11 avec des InDel. 83% de ces QTL ont été identifiés dans une seule combinaison d’environnements. Un des QTL de rendement identifié avec des InDel est situé dans un large cluster d’InDel sur le chromosome 6 et colocalise avec un QTL déjà identifié avec des SNP avec un effet fort dans l’augmentation du rendement sous des températures élevées. L’ajout de l’effet de dominance en plus de l’effet additif permet d’augmenter la précision des prédictions génomiques jusqu’à 5,6% pour le rendement. Cependant, l’ajout du génotypage des InDel en plus de celui des SNP n’a pas permis d’améliorer les prédictions des phénotypes hybrides. / In the last decades, the rapid development of genome sequencing allowed to identify structural variations in many species. In maize, thousands of large insertions and deletions (InDels) from few bp to hundreds of Kbp were discovered by comparing the reference genome B73 and many other resequenced genomes. These InDel sequences can carry genes and therefore be involved in phenotypic variation by changing the gene composition between individuals, but their effect on phenotype was not well studied. The aim of this thesis was to study the contribution of InDels to adaptation, phenotypic variations and hybrid performances in maize. We developed an Affymetrix® Axiom® genotyping array that allowed to genotype 105,947 InDels sequences ranging from 35bp to 129,7Kbp of size. 79,969 out 105,947 sequences of these InDels were not present in B73 reference genome and have been discovered by assembling three genomes (F2, C103, and PH207). We selected 61,492 polymorphic InDels to genotype a 362 maize inbred lines panel representing a broad range of diversity to study the contribution of InDels to genetic diversity, adaptation and trait variation. We also assembled one million of SNPs from two genotyping arrays and genotyping by sequencing to study the complementarity between InDels and SNPs. Genetic structuration and relatedness between inbred lines displayed by SNPs or by InDels were highly similar suggesting that almost all indels and SNPs followed a similar evolutionary trajectory. 51% of InDels were not in high linkage disequilibrium (LD>0.8) with any nearby SNP suggesting that the effect of these InDels was not be well captured using this density of SNP. Thanks to InDels, we detected 13 new quantitative trait loci (QTLs) among 294 QTLs identified for 23 traits by a genome wide association studies (GWAS). Similarly, 56 out 188 regions under selection between tropical, dent and flint maize lines were identified by InDels leading to an enrichment of genomic regions under selection detected by InDels compared to SNPs. These InDels include genes involved in tolerance to biotic and abiotic stress and/or adaptive traits as flowering time. Accordingly, the highest number of associated InDels was found for flowering time. These results suggest that InDels were often involved in adaptation and stress tolerance. In order to study the effect of InDels on hybrid performances, we analyzed a panel of 287 hybrids derived from the crossing of 210 maize temperate inbred lines from the previous panel. We decomposed the variance of female flowering (FF), plant height (PH) and grain yield (GY) by distinguishing the additive and dominant genetic effects. We observed the highest dominance and genotype by environment effects for GY and the lowest for FF. We performed GWAS on this panel by testing additive and dominance effects of 51,844 InDels and 469,267 SNPs on these three traits in 4 different environment combinations. We identified 78 and 133 QTLs with an additive and dominance effect, respectively including 6 and 11 QTLs discovered only by InDels. 83% of all QTLs were found with only one environment combination. One QTL for GY detected with InDels was located in a large cluster of InDels on chromosome 6, previously identified to have a strong effect on GY in heat conditions. We finally used InDels and/or SNPs genotyping to predict hybrid performances. Whereas including a dominance effect in genomic prediction models increased by 1.5 to 5.6% predictive abilities (PA) for GY, including InDels genotyping did not increased PA.

Le Roman de la Violette de Gerbert de Montreuil est un récit du début du XIIIe siècle appartenant au cycle de la gageure et de la femme injustement accusée, voué à la glorification des vertus féminines et dédié à Marie, comtesse de Ponthieu. L'auteur, qui pratique la technique de l'enchâssement d'insertions lyriques dans la narration, inscrit ce conte d'origine populaire, qui relate les mésaventures d'un couple de héros, dans le cadre d'une errance typiquement arthurienne, une charpente solide permettant de développer des thématiques particulières. D'une part, le déploiement de différentes aventures, qui se fonde sur le canevas narratif de la quête, permet à l'auteur d'interroger de manière réitérée le monde de la cour et ses habitants. D'autre part, les fragments lyriques qu'il emprunte aux poètes, troubadours et trouvères de première et de deuxième génération, donnent voix à la parole amoureuse des personnages et traversent le récit tout en produisant des effets variés. L'auteur, qui interroge en parallèle le système de valeurs arthurien et la rhétorique courtoise traditionnelle, met en place un jeu subtil et complice avec son public, fondé sur le renouvellement d'un horizon d'attente constamment déjoué, avec une distance consciente et amusée par rapport à ses modèles. Ainsi, tout en manifestant son opposition à l'usurpation de toute terre, dont Marie de Ponhtieu avait été victime après la bataille de Bouvines, et glorifiant ainsi son mécène, Gerbert exprime avec ce roman une position originale et inattendue sur la littérature de son temps : à plusieurs reprises, derrière la mise à mal de certains codes et traditions, l'on entrevoit son sourire ironique. / Gerbert de Montreuil's Roman de la Violette is a XIIIth century text dedicated to Marie, countess of Ponthieu, and belongs to the wager cycle, in which women are falsely accused. The author aims so to glorify women's virtues and is. Using the enchâssement technique of lyric insertions into a narrative, and relating the misadventures of a young couple of heroes, the author inscribes this novel of popular origin in a typical arthurian errance scheme, a solid structure that can support any thematic development. On one hand, the different adventures based on the quête scheme, allow the author to repeatedly question the courtly world and its inhabitants. On the other, lyric insertions chosen in the repertoires of the first and second generation of troubadours and trouvères, voice the characters’ love discourse, creating different effects throughout the text. Gerbert questions both the Arthurian values and traditional courtly rhetoric, and plays with his public by challenging and frustrating their aesthetic expectations, showing a conscious and playful distance from his models. By glorifying his patron and manifesting a strong opposition against any usurpation of the rights on a land!Marie of Ponthieu was a victim of such crime after Bouvines battle!Gerbert stands out in Medieval literature : behind the mis à mal of certain codes and traditions, one can see his ironic smile.

Les rétrotransposons L1 (Long INterspersed Element-1) sont des éléments génétiques mobiles dont l'activité contribue à la dynamique du génome humain par mutagenèse insertionnelle. Les conséquences génétiques et épigénétiques d'une nouvelle insertion, et la capacité d'un L1 à être remobilisé, sont directement liées au site d’intégration dans le génome. Aussi, l’analyse des sites d’intégration des L1s est capitale pour comprendre leur impact fonctionnel - voire pathogène -, en particulier lors de la tumorigenèse ou au cours du vieillissement, et l’évolution de notre génome. Dans ce but, nous avons induit de façon expérimentale la rétrotransposition d'un élément L1 actif plasmidique dans des cellules en culture. Puis, nous avons cartographié les insertions obtenues de novo dans le génome humain grâce à une méthode de séquençage à haut-débit, appelée ATLAS-seq. Finalement, les sites pré-intégratifs identifiés par cette approche ont été analysés en relation avec un grand jeu de données publiques regroupant les caractéristiques structurales, génétiques ou épigénétiques de ces loci. Ces expériences ont révélé que les éléments L1 s’intègrent préférentiellement dans des régions de la chromatine faiblement exprimées et renfermant des activateurs faibles. Nous avons aussi trouvé plusieurs positions chromosomiques qui constituent des points chauds d'intégrations récurrentes. Nos résultats indiquent que la distribution des insertions de L1 de novo n’est pas aléatoire, que ce soit à l’échelle chromosomique ou à plus petite échelle, et ouvrent la porte à l'identification des déterminants moléculaires qui contrôlent la distribution chromosomique des L1s dans notre génome / Retrotransposons are mobile genetic elements that employ an RNA intermediate and a reverse transcription step for their replication. Long INterspersed Elements-1 (LINE-1 or L1) form the only autonomously active retrotransposon family in humans. Although most copies are defective due to the accumulation of mutations, each individual genome contains an average of 100 retrotransposition-competent L1 copies, which contribute to the dynamics of contemporary human genomes. L1 integration sites in the host genome directly determine the genetic consequences of the integration and the fate of the integrated copy. Thus, where L1 integrates in the genome, and whether this process is random, is critical to our understanding of human genome evolution, somatic genome plasticity in cancer and aging, and host-parasite interactions. To characterize L1 insertion sites, rather than studying endogenous L1 which have been subjected to evolutionary selective pressure, we induced de novo L1 retrotransposition by transfecting a plasmid-borne active L1 element into HeLa S3 cells. Then, we mapped de novo insertions in the human genome at nucleotide resolution by a dedicated deep-sequencing approach, named ATLAS-seq. Finally, de novo insertions were examined for their proximity towards a large number of genomic features. We found that L1 preferentially integrates in the lowly-expressed and weak enhancer chromatin segments. We also detected several hotspots of recurrent L1 integration. Our results indicate that the distribution of de novo L1 insertions is non-random both at local and regional scales, and pave the way to identify potential cellular factors involved in the targeting of L1 insertions

Dans l’histoire de la musique occidentale, de nombreuses formes orchestrales se sont imposées de l’orchestre symphonique aux ensembles de musique de chambre. L’intérêt pour ces formes s’est rarement porté sur les ensembles d’instruments à vent particulièrement adaptés à la musique de plein air. Le choix de la longue durée historique laisse entendre tous les possibles d’une histoire politique, culturelle et sociale de 1700 à 1914. Les conditions dans lesquelles sont nés et se sont développés ces ensembles en France, permet d’en voir leur usage, leur répertoire, leur sociabilité et leur impact sur la vie musicale.L’histoire de l’ensemble à vent est complexe. Musique ostentatoire ou militaire il est pendant longtemps l’objet sonore du pouvoir. L’étude des conditions de la création musicale spécifique pour ces ensembles fait apparaître des usages musicaux particuliers et permet d’établir un premier recensement d’oeuvres originales et de compositeurs, tout en montrant les relations entre création musicale savante et usage utilitaire ou populaire.La pratique instrumentale évolue avec les innovations de la facture tout comme l’art de l’orchestration. Le statut des musiciens évolue du professionnalisme à l’amateurisme orphéonique. La modélisation de la musique d’harmonie ou de fanfare et son instrumentalisation par le pouvoir lui confère une fonction représentative officielle. Le modèle « français » se répand sur tous les continents. Parallèlement, d’un usage ostentatoire et privé, l’ensemble à vent devient musique du peuple et sa pratique se diffuse sur l’ensemble du territoire national imposant un mode original de transmission musicale en marge des enseignements officiels et en quête de reconnaissance.Entre unité et diversité cette étude invite à redécouvrir la part patrimoniale des ensembles d’instruments à vent dans les champs historiques, sociologiques et musicologiques, à l’heure où, pour de multiples raisons, ces ensembles sont menacés. / In the history of western music, a lot of different shapes of bands grew on, from the symphony orchestra to the chamber music ensembles. But among these bands, the wind bands hardly attracted interest to perform outdoor music. With the choice of a historically long time period we are able to imagine all that their political, cultural and social history could be, from 1700 to 1914. The conditions of birth and development of these ensembles allow us to observe what their uses, repertoire and sociability were and what was their impact on musical life.The history of the wind band is complicated. For a long time period, being either conspicuous music or military music, it was used by the political power as an object of expression. Studying the conditions of musical creation of these ensembles reveals specific musical uses. It enables to establish a first inventory of original works and composers, while linking scholar musical creation and practical or popular use.The instrumental practice changes according to the innovations in the making process, as the orchestration art. The musicians' status evolves from professionalism to band amateurism. The establishment of a model of concert band music or brass band music and its exploitation by the political power leads to an official representative function. France becomes all over the world a country to look up to in this matter. At the same time the wind ensemble, for a conspicuous and private use, happens to become the music of the people. Its practice spreads throughout France, setting a specific way to pass music on, detached from the official teachings and in search for recognition.Between unity and diversity, this study is an invitation to discover again the cultural heritage of the wind bands in the history, sociology and musicology fields, when today these bands are threatened.

The population genetic study was carried out on 188 unrelated individuals from 5 populations of the Sahel. Relationships of nomadic Fulani to sedentary populations of different linguistic backgrounds and geographic origins were inferred from 16 polymorphic Alu insertions. Bayesian clustering approaches could be applied due to biallelic multilocus nature of the data. Fulani were shown to be divergent from neighbouring sedentary populations (Kassena and Mossi) and similar to Somali of East Africa. In context of already published genetic data, these results could be interpreted as Saharan origin of Fulani diaspora that was caused by Sahara drying out around 6 000 BP. After this initial migration of nomads to West Africa, a primarily female gene flow (integration of females) must have influenced the Fulani population. In contrast to Fulani, Songhai have shown a signal of recent admixture in concordance with historical and linguistic assumptions. KEY WORDS Alu insertions, Fulani, population genetics, Sahel