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Biologische Referenzstrukturen und Protokolloptimierung in der hochauflösenden Fluoreszenzmikroskopie mit dSTORM / Biological model structures and optimization of protocols in super-resolution fluorescence microscopy with dSTORM

Löschberger, Anna January 2014 (has links) (PDF)
Die Lokalisationsmikroskopie ist eine neue, vielversprechende Methode der hochauflösenden Fluoreszenzmikroskopie. Sie ermöglicht detaillierte Einblicke in die Organisation und den strukturellen Aufbau von Zellen. Da die Vorbereitung der Proben und das Aufnehmen der Bilder im Vergleich zu herkömmlichen Methoden höhere Anforderungen stellt, mussten ihr Potential und ihre Zuverlässigkeit erst noch überzeugend gezeigt werden. Bis vor kurzem wurde das Auflösungsvermögen vor allem an Mikrotubuli gezeigt, deren filamentöse Struktur allerdings schon in konfokalen Bildern zu erkennen ist. Deswegen wurde in dieser Dissertation der Kernporenkomplex (NPC), dessen Struktur in der konventionellen Fluoreszenzmikroskopie nicht auflösbar ist, als Modellstruktur für die hochauflösende Fluoreszenzmikroskopie eingeführt. Dazu wurden Kernporenkomplexe aus Kernhüllen von Xenopus laevis Oocyten mit dSTORM (direct stochastic optical reconstruction microscopy), einer Methode der Lokalisationsmikroskopie, hochaufgelöst. Damit konnte nun erstmals die Achtfachsymmetrie dieses Proteinkomplexes lichtmikroskopisch dargestellt werden. Desweiteren konnte der Zentralkanal mit einem Durchmesser von ca. 40 nm aufgelöst werden. Die Daten eigneten sich außerdem für eine automatisierte Bildanalyse nach dem sogenannten "particle averaging" - einer aus der Elektronenmikroskopie bekannten Methode, um eine Durchschnittsstruktur zu ermitteln. Darüber hinaus wurden Zweifach-Färbungen von NPCs benutzt, um verschiedene Ansätze für Zweifarben-Aufnahmen mit dSTORM zu testen. Neben dem mittlerweile standardmäßig benutzten, sequentiellen Ansatz mit zwei spektral getrennten Farbstoffen, wurde auch ein simultaner Ansatz mit zwei spektral überlappenden Farbstoffen erfolgreich angewandt. Auch für 3D-Messungen mit den Ansätzen Biplane und Astigmatismus eignete sich die Markierung der Kernhülle. Hier wurden jedoch A6-Zellen benutzt und die Krümmung des Zellkerns über die gefärbten Kernporen dargestellt. dSTORM-Messungen können nicht nur an fixierten, sondern auch in lebenden Zellen durchgeführt werden. Hierzu eignen sich vor allem sehr immobile Proteine, wie H2B oder Lamin C. Anhand von SNAP-Tag- und Halo-Tag-Konstrukten konnte gezeigt werden, dass sich kommerziell erhältliche, organische Farbstoffe auch in endogener zellulärer Umgebung schalten lassen, wodurch Lebendzell-Aufnahmen mit dSTORM möglich sind. Ein weiterer Teil dieser Arbeit befasst sich mit korrelativen Aufnahmen aus dSTORM und Rasterelektronenmikroskopie (SEM). Hierzu wurden Xenopus laevis Kernhüllen zuerst mit dSTORM hochaufgelöst und danach für die EM präpariert. Anschließend wurden zugehörige Bereiche am Rasterelektronenmikroskop aufgenommen. Mit den erhaltenen korrelativen Bildern konnte gezeigt werden, dass sich dSTORM und SEM bei geeigneten Proben durchaus kombinieren lassen. Proteine können somit spezifisch markiert und im Rahmen ihrer strukturellen Umgebung mit nahezu molekularer Auflösung dargestellt werden. Da hochwertige Aufnahmen eine ausgereifte Probenpräparation voraussetzen, darf deren Etablierung nicht zu kurz kommen. Unter dieser Prämisse wurde ein optimiertes Markierungsprotokoll mit dem Namen ClickOx entwickelt. Mit ClickOx bleibt bei der kupferkatalysierten Azid-Alkin-Cycloaddition die Feinstruktur von Aktinfilamenten, sowie die Fluoreszenz fluoreszierender Proteine, deutlich sichtbar erhalten. Während bei den klassischen Click-Protokollen auf Grund der Entstehung von reaktiven Sauerstoff-Spezies (ROS) feine zelluläre Strukturen, wie Aktinfilamente, angegriffen oder zerstört werden, schützt das neue Protokoll mit enzymatischem Sauerstoffentzug Proteine und somit Strukturen vor Reaktionen mit ROS. Das unterstreicht, wie wichtig es ist auch sogenannte "etablierte" Protokolle weiterzuentwickeln, denn bestimmte Nebeneffekte in Präparationen werden unter Umständen erstmals in der Hochauflösung sichtbar. Ein weiterer Aspekt war die Untersuchung des Einflusses von D1 auf die Chromatinorganisation. Mit verschiedenen mikroskopischen Methoden konnten Hinweise auf eine mögliche DNA-Cross-Linking-Fähigkeit dieses Proteins gesammelt werden. Hier wurde die Einzelmolekülinformation der dSTORM-Filme genutzt, um unterschiedliche Grade von DNA- bzw. Chromatin-Akkumulation zu vergleichen. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass wildtypisches D1 DNA vernetzen kann. Dies erfolgt über die sogenannten AT-Haken-Motive. Sobald diese alle durch Mutation funktionsunfähig gemacht werden - wie bei der verwendeten R10xG-Mutante - lässt sich keine Akkumulation der DNA mehr beobachten. Neben der Chromatinaggregation durch D1-Expression konnte in FRAP-Experimenten gezeigt werden, dass nur die "echten" AT-Haken eine hohe Affinität zum Chromatin aufweisen, die sogenannten "potentiellen" hingegen nicht. / Localization microscopy is a new and promising imaging technique, which provides detailed insights into cellular organization and structural composition of cells with high spatial resolution. Due to the challenging preparation of samples and demanding imaging procedure, its potential and reliability had to be proven. Until recently the resolution has been shown mainly on microtubules, whose structure is already visible in confocal images. This thesis introduced the nuclear pore complex (NPC) as a more demanding model structure for super-resolution fluorescence microscopy as the structure of NPCs can not be resolved with conventional fluorescence microscopy. For this purpose nuclear envelopes of Xenopus laevis oocytes were highly resolved with dSTORM (direct stochastic optical reconstruction microscopy). With this localization microscopy method it was further possible to resolve the eightfold symmetry of nuclear pore complexes with light microscopy for the first time. In addition the central channel could be resolved with a diameter of about 40 nm. Furthermore, the localizations were used for single particle averaging, a well known image analysis method from electron microscopy, to calculate an average structure. Double staining of NPCs was used to check the potential of two-color imaging with dSTORM. Beside the common way of sequential imaging with two clearly spectrally separated dyes, a spectral demixing approach with spectrally overlapping dyes was applied. Labeling the nuclear envelope was also suitable for 3D measurements using two different approaches, i.e. biplane and astigmatism. In this case, labeled NPCs of Xenopus laevis A6-cells were used to illustrate the bending of the nucleus. dSTORM can be applied not only in fixed but also in living cells. Immobile proteins such as H2B or lamin C are especially suitable for this approach. Using fusion proteins with SNAP-Tag or Halo-Tag, it was shown that photoswitching of commercially available organic dyes is possible in an endogenous cellular environment and thus enabeling dSTORM in living cells. Another aspect of this work covers correlative microscopy using dSTORM and scanning electron microscopy (SEM). Therefor nuclear envelopes of Xenopus laevis were first imaged with dSTORM and then prepared for SEM. After that, corresponding areas were imaged with SEM. The resulting correlative images showed clearly that - assuming one has appropriate samples - dSTORM and SEM can be fairly combined. This way specifically labeled proteins can be imaged with nearly molecular resolution in the context of their structural environment. Since the quality of localization microscopy strongly depends on sample preparation, ongoing developments of labeling protocols are required. On this premise an optimized labeling protocol called ClickOx was developed. ClickOx clearly preserves the fine structure of actin filaments and the fluorescence of fluorescent proteins when using copper-catalyzed azide-alkine-cycloaddition. Whereas fine cellular structures such as actin filaments are affected by reactive oxygen species (ROS) under standard clicking procedures, the new protocol, which contains an enzymatic oxygen scavenger, protects proteins and thus cellular structures from reactions with ROS. This demonstrates the importance of further developing even so called "well established" protocols, because some side effects may appear only in super-resolution. Another aspect adressed the influence of D1 on chromatin organization. Hints for a possible DNA cross-linking ability of D1 were collected using different microscopic approaches. The single-molecule information of dSTORM measurements was used to analyse chromatin aggregation induced by D1 expression. The results indicate that wildtype D1 can cross-link DNA with its AT-hooks. Consequently the loss-of-function mutant R10xG is unable to aggregate chromatin. Furthermore FRAP experiments were performed to demonstrate that only "true" AT-hooks in D1 have a strong affinity to chromatin, but not the so called "potential" AT-hooks.
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Untersuchungen zur Dynamik des Glukosestoffwechsels in Wistar- und Zucker-diabetic-fatty-Ratten In-vivo-, Ex-vivo-Studien zur Regulation des Pyruvatdehydrogenase-Komplexes

Schummer, Christoph Matthias January 2006 (has links) (PDF)
Zugl.: Giessen, Univ., Diss., 2006
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Selbstorganisation von semisynthetischen Zinkchlorinen zu biomimetischen Lichtsammelsystemen und definierten Nanostrukturen

Huber, Valerie. Unknown Date (has links) (PDF)
Würzburg, Universiẗat, Diss., 2007.
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Untersuchungen an einzelnen Pigmenten und Pigment-Protein-Komplexen

Tietz, Carsten. January 2000 (has links)
Stuttgart, Univ., Diss., 2001.
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Über Homotopietypen von vierdimensionalen Polyedern /

Hennes, Matthias. January 1991 (has links)
Thesis (doctoral)--Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, 1991. / Includes bibliographical references (p. 96-98).
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On-chip manipulation and positioning of biomolecules with magnetic beads

Panhorst, Michael. Unknown Date (has links) (PDF)
University, Diss., 2005--Bielefeld.
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Diverzita drobných zemní savců v NPR Voděradské bučiny / Diversity of small terrestrial mammals in the National Nature Reserve Voděradské bučiny

Šímová, Drahomíra January 2017 (has links)
This thesis describes and evaluates the biodiversity of small terrestrial mammals in the forest complex National Nature Reserve Voděrady beech woods (hereafter the reserve) and continues in the bachelor´s thesis from 2013. The goal of the research was to find and compare the diversity of small terrestrial mammals inside the reserve and outside the reserve and to evaluate its microhabitat. During the vegetative season 2013 and 2014, a total of five field catches of these animals were realized. Individuals were captured by the standard method of capture recapture methods (CMR) in to the live traps. The traps were spread by a quadrate method in three pair plots inside the reserve and outside the reserve. The localities had the same terrain conditions, but different tree species composition. During the research of small terrestrial mammals, the gender, age and weight of each individual was determined and the vegetation of particular localities were recorded by using the phytosocilogical relevés. Total 85 individuals of two species of small terrestrial mammals were captured in the studied area. The most abundant species was the yellow-necked mouse (Apodemus flavicollis) and the bank vole (Myodes glareolus) occurred sporadically in all plots. The results obtained numbers of small terrestrial mammals were evaluated by Mann Whitney U Test in the mathematical software Statistic 13.2. The analysis of the microhabitat was accomplished by using PCA analysis (Principal components analysis) in program Canoco 5. By comparing two types of individuals of small terrestrial mammals in localities in the reservation and outside the reservation in years 2013 and 2014 by Mann Whitney was found out that the number of the first captured individuals and the number of individuals differentiated from the gender and the age did not differ in localities in the reservation and outside the reservation. Based on the analysis of PCA results was found that in the localities inside the reserve (beech forest regeneration and beech forest without regeneration) occurred mostly adult males in the microhabitats with the occurrence of the Fagus sylvaticus, Larix decidua and Luzula luzuloides seedlings and in the localities outside the reserve (spruce forest regeneration and spruce forest without regeneration) was found out more juvenile females in the microhabitats with the occurrence of Oxalis acetosella. The thesis s results could serve as one of the basis of decision document for Administration of the Protected Landscape Area Blaník for decisions regarding realization of possible management in these localities because the research of small terrestrial mammals has not been done yet here.
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Na motivy mýtu, na motivy snu / ON MOTIVE OF A MYTH, ON MOTIVE OF A DREAM

Černá, Tereza January 2017 (has links)
This diploma thematically follows on my bachelor thesis The Choices for stagemanaging native tribes' mythic narrativesfrom the point of view of the stage designer. In my Bachelor Thesis I focused mainly on the research that preceded the production of my bachelor show Drink coffee, ride reindeer, as well as the mapping of the work itself, including the reflection. Now I extend my field of interest. I deal with myths, fairy tales and dreams, both in my own and in foreign works. I try to point out the points of contact between these three phenomena and to find their manifestations in the theater as well as in the visual arts. At the same time, I devote myself to describing how I build my own production, what is important to me in creation, and where I notice similar trends in other contemporary art.
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Funkce chromatin-remodelujícího komplexu SWI/SNF v onkogenézi a progresi melanomových buněk / Function of SWI/SNF chromatin-remodeling complex in tumor initiation and progression of melanoma cells

Ondrušová, Ľubica January 2013 (has links)
There is an increasing evidence that alterations in chromatin remodeling play an important role in tumorigenesis. The SWI/SNF chromatin remodeling complexes contribute to the regulation of gene expression by altering the local chromatin structure. Depending on the context, they can act as either transcriptional activators or repressors. All SWI/SNF subcomplexes contain one of two ATPase subunits, Brm (Brahma) or Brg1 (Brahma related gene 1), which provide the energy for remodeling. Malignant melanoma is an aggressive cancer and is known for its notorious resistance to conventional anticancer therapies. MITF (microphthalmia-associated transcription factor) plays an essential role in melanoma biology and is placed on the central crossroad in the regulation of melanocyte development, differentation, maintenance of lineage identity, and survival of both normal and malignant melanocytes. Our results show that the active SWI/SNF complex is strictly required for the expression of MITF. This complex is also required for expression of some transcriptional MITF targets. The survival of melanoma cells is absolutely dependent on functional SWI/SNF complex and all subunits of this complex are expressed at high levels in melanoma cell lines. Primarily, Brg1-containing subcomplexes are more important for MITF...
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Sjuksköterskans erfarenheter av palliativ vård i hemmet : En litteraturstudie

Dahlström, Lisa, Larsson, Angelica January 2021 (has links)
Fler patienter vill vara nära deras anhöriga i livets slut och väljer därför att vårdas i hemmet. Dagens hemsjukvård kräver att sjuksköterskan har bred kunskap då svårt sjuka patienter vårdas. Palliativ vård är komplext och sjuksköterskan bör vara trygg i sig själv och i sin roll för att kunna ge en god vård i livets slut. För att god vård ska kunna ges till patienter i livets slut i det egna hemmet bör mer tid vara avsatt för sjuksköterskan, då arbetet med palliativa patienter är mer tidskrävande. Resultatet visar att den erfarna sjuksköterskan känner sig trygga i vårdandet av palliativa patienter i hemsjukvården. De önskar regelbunden utbildning för att uppdatera sin kunskap. Nyutbildade sjuksköterskor kan känna sig utelämnade i det självständiga arbetet och önskar mer stöd av ledningen. Sjuksköterskan beskriver betydelsen av att ha kollegor nära som stöd. Sjuksköterskan beskriver vikten av att ha en god relation till patient och anhöriga i palliativ hemsjukvård. När hemmet blir en vårdplats är det viktigt att kommunicera väl för att inte åsidosätta patientens integritet. Resultatet bygger på kvalitativa artiklar som först granskades med hjälp av Karlstads Universitets mall och som sedan analyserades med hjälp av Fribergs analysmodell. Analysen resulterade i 3 huvudteman och 5 underteman. Huvudfynden belyser betydelsen av att ha goda relationer till patienten och anhöriga. Att sjuksköterskan är i ständigt behov av utbildning då palliativ vård är ett kompetenskrävande område. Sjuksköterskan är i stort behov av stöd från kollegor och ledningen, men anser att stödet från ledningen är bristfällig. Det sista huvudfyndet var utmaningarna som finns i arbetet med palliativa patienter i hemmet.

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