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Universalização da internet banda larga no Brasil : o plano nacional de banda larga sob a perspectiva da Análise Jurídica da Política Econômica - AJPEFontes, Daniele Kleiner 29 April 2014 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Direito, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-10-23T19:21:34Z
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2014_DanieleKleinerFontes.pdf: 1476409 bytes, checksum: 6d4b3a254573bd58bf37686d0652a98a (MD5) / O Brasil busca superar seu quadro de exclusão digital por meio de uma política pública ampla para massificação do acesso ao serviço de banda larga: o Plano Nacional de Banda Larga (PNBL). Embora o PNBL seja um passo importante, ele não tem refletido as expectativas da sociedade civil, isto é, o que a sociedade compreende como adequado ou mesmo “justo” em termos de fruição de um serviço de banda larga de qualidade. Diante disso, esta dissertação procura mapear as críticas formuladas em relação ao PNBL nos diversos discursos da sociedade civil, seja por entidades da sociedade civil, seja por órgãos técnicos e governamentais, a fim de verificar possíveis falhas na política pública em questão. Utilizando-se da metodologia proposta pela Análise Jurídica da Política Econômica (AJPE) e de seu ferramental analítico, o trabalho apresenta uma avaliação do PNBL, de maneira a incorporar expectativas da sociedade civil brasileira, por meio da fixação de um padrão de validação jurídica –PVJ. A avaliação incorpora, também, elementos obtidos em uma comparação internacional entre Planos Nacionais de Banda Larga de países selecionados e o PNBL,propiciadora da construção de um índice de fruição empírica - IFE. Por fim, esta dissertação busca apontar caminhos possíveis para solucionar as falhas encontradas na política pública em análise. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / In an attempt to overcome digital exclusion, Brazil recently adopted a policy aimed atthe massification of local access to broadband service: the National Broadband Plan(PNBL). Whereas the introduction of this new policy is an important step towardsmassification of broadband use in Brazil, it has not reflected civil society's expectations- that is: what society perceives as “adequate” or even "fair" in terms of access tobroadband service. This dissertation proposes to map out the criticisms formulatedagainst the PNBL – including those criticisms formulated by civil society, by technicalbodies and governmental agencies - in order to gauge possible failures in the publicpolicy under analysis. By employing the methodology developed by the Legal Analysisof Economic Policy (LAEP) and its analytical framework, we offer an evaluation of thePNBL, in a way that comprehends civil society’s concerns as represented in a proposed“right fruition benchmark” (RFB). The evaluation also takes into account elementsobtained from international comparison of selected National Broadband plans, yieldingthe elaboration of an “index” of empirical effectiveness (IEE). Finally, we point topossible reforms that may be considered in order to overcome flaws identified in thepublic policy under analysis.
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A competição no mercado de banda larga no Brasil : uma análise de possíveis determinantes da penetração do serviço de acesso à Internet em banda larga em municípios brasileiros / Competition in Brazilian Broadband Market : an analysis of possible determinants of service penetration for broadband access in Brazilian municipalitiesHenriksen, Alexandre Lauri 28 August 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Economia, Administração, Contabilidade e Ciência da Informação e Documentação, Departamento de Economia, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-11-16T14:13:44Z
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2012_AlexndreLauriHenriksen.pdf: 845351 bytes, checksum: 9f877fd74b9c48518d34b8d9d7ca4736 (MD5) / Este estudo analisa a relação entre competição e a demanda pelo serviço de acesso à Internet em banda larga no Brasil. Para tanto, procurou-se estimar o impacto da competição, por meio da variação do índice de concentração de Herfindahl-Hirschman (HHI) e de outras variáveis de interesse, na penetração do referido serviço nos domicílios
brasileiros. Este trabalho insere-se na discussão realizada por Macedo e Carvalho (2010c), os quais reportam que maior concentração de mercado, mensurada pelo o Índice HHI, estaria positivamente correlacionada com níveis mais elevados de consumo de banda larga. O estudo empírico evidenciou que a relação entre o Índice HHI e a penetração do serviço pode não ser linear, apresentando um ponto de máximo quando este índice encontra-se entre
0,3 e 0,5. Níveis extremos de desconcentração e de concentração de mercado, que ocorrem quando o índice aproxima-se, respectivamente, de 0 e 1, estão menos correlacionados a
níveis elevados de penetração da banda larga. Isto evidencia que ganhos de escalas podem ser importantes para esta indústria, bem como que a falta de competição pode ser prejudicial. O ponto de mínimo nesta relação parece ocorrer quando o índice HHI atinge 0,8, que é justamente o índice médio de concentração encontrado na amostra de municípios
brasileiros estudada. Variáveis que mensuram a participação de mercado da incumbente ou
de competidores estão negativamente correlacionadas a níveis de consumo mais elevados, enquanto outras, desenvolvidas especialmente para a realização deste estudo, tais como a existência de entradas bem sucedidas, mensurada pela capacidade dos competidores de
ganharem participação significativa de mercado após a entrada, estão positivamente correlacionadas. O estudo ainda mostrou que a introdução das tecnologias relacionadas ao
desenvolvimento de redes fixas – tais como a tecnologia XDSL implantada pela empresa incumbente – também está muito relacionada a níveis mais elevados de consumo do serviço, o que indica que medidas de massificação tais como o PGMU da Anatel e compromissos firmados pelas empresas concessionárias de telecomunicações provavelmente apresentam retorno positivo em termos de aumento de bem-estar à sociedade. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This study examines the relationship between competition and demand for
broadband Internet in Brazil. We estimate the impact of competition, measured by variation of the Herfindahl-Hirschman concentration index (HHI) and other variables, in the penetration of such service in Brazilian households. This work is linked to the discussion
held by Macedo and Carvalho (2010c), who reported that greater market concentration, as measured by HHI, was positively correlated with higher levels of broadband consumption. The empirical study showed that the relationship between HHI and service penetration may not be linear, reaching a maximum when this index is between 0.3 and 0.5. Extreme levels of market deconcentration as well as concentration, which occur when the index approaches
0 and 1 respectively, are less correlated with high levels of broadband penetration. This
shows that gains of scale may be important to the industry, as well as that lack of competition may be harmful. The minimum in this relation appears when HHI reaches 0.8, which is the average concentration found in the sample of municipalities studied herein.
Variables that measure the incumbent’s market share as well as of its competitors are negatively correlated with higher levels of broadband consumption, while other variables
developed especially for this study, such as the existence of successful entries, measured by the ability of competitors to gain and hold relevant market share after entry, are positively correlated. The study also showed that the introduction of technologies related to the development of fixed networks - such as XDSL technology deployed by the incumbent - is also very much correlated with higher levels of consumption of the service, indicating that universal service measures such as the universal service program (PGMU) issued by Anatel and commitments undertaken by telecom companies in Brazil probably have positive
welfare impact to society.
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Análise de regressão sobre indicadores da economia e da difusão do serviço de acesso à internet em banda larga no BrasilMacedo, Hildebrando Rodrigues 18 March 2011 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Economia, 2011. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-09-14T20:34:59Z
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2011_HildebrandoRodriguesMacedo.pdf: 5107215 bytes, checksum: 1fc46cc82be03f9ba71ec07e2d6c1958 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-10-04T11:40:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1
2011_HildebrandoRodriguesMacedo.pdf: 5107215 bytes, checksum: 1fc46cc82be03f9ba71ec07e2d6c1958 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-04T11:40:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2011_HildebrandoRodriguesMacedo.pdf: 5107215 bytes, checksum: 1fc46cc82be03f9ba71ec07e2d6c1958 (MD5) / Neste trabalho o foco principal foi o de analisar a possível relação entre o aumento da densidade de acessos de Banda Larga no Brasil e o crescimento econômico do país. Para isso, utilizaram-se dados da Agência Nacional de Telecomunicações – Anatel, de 2000 a 2008, referentes ao número de acessos de Banda Larga no país. Sobre estes dados, aplicaram-se modelos de econometria, com análises de regressão de dados em painel e de equações simultâneas de oferta e demanda com variáveis endógenas, relacionando dados da evolução da penetração de Banda Larga e indicadores de desenvolvimento econômico, em particular o crescimento do PIB e do PIB per capita. Também foram estudados, por meio de análise cross-section alguns dos possíveis determinantes da penetração do serviço de Banda Larga ao nível dos municípios brasileiros, sobre dados de 2007 do número de acessos de Banda Larga e alguns indicadores de desenvolvimento humano. Em outra parte foram obtidos os parâmetros de um modelo de difusão de tecnologia aplicado sobre os dados de evolução de número de acessos de Banda Larga no País. Os resultados gerais indicam um impacto econômico positivo do aumento da densidade de acessos de Banda Larga no Brasil sobre o crescimento do PIB e do PIB per capita. Dentre os principais resultados obtidos está a indicação de que cada um ponto percentual de aumento da densidade de acessos de Banda Larga por 1000 habitantes estaria relacionado com o crescimento do PIB entre 0,038 e 0,18 ponto percentual e com o crescimento do PIB per capita entre 0,196 e 0,362 ponto percentual. Os resultados também indicam que quanto maior a parcela do PIB de cada município é proveniente dos setores industrial e de serviços, em detrimento ao setor agropecuário, maior o favorecimento ao aumento da penetração de Banda Larga ao nível local. Também a partir dos dados da Anatel de 2007 verificou-se a existência de grande concentração de mercado na prestação do serviço de acesso à internet em Banda Larga em cada um dos municípios do país. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work the main objective was to study the possible relationship between the increase of the Broadband internet access in Brazil and its economic development. For this purpose, data from Anatel, the Brazilian tecommunications regulation agency, from 2000 to 2008 were used on some econometric models such as panel data and simultaneous equations with endogenous variables. The analysis were carried on data regarding the increase of Broadband internet access and on data reflecting the economic development, in particular GDP and GDP per capita growth, in Brazil. In other part, some possible determinants of Broadband Internet access penetration were studied at the level of Brazilian municipalities, applying cross section regression analysis on 2007 data including some human development indicators. In order to estimate de rate of diffusion of broadband access in Brazil, it was applied a technology diffusion model, and obtained its parameters, over the data showing the evolution of the number of broadband accesses in Brazil. The general results show a positive relationship between the increase of Broadband penetration and GDP per capita and GDP growth. Some of the main results obtained show that each 1 p.p. growth in the Broadband density is related to a GDP increase from 0,038 to 0,180 p.p and GDP per capita increase from 0,196 to 0,362 p.p. At the local level, the results leads to the evidence showing that the more the GDP of each municipality come from industrial and services sector, instead of agricultural sector, the more the increase in the Broadband penetration. Also the analysis on data coming from Anatel, regarding 2007, depicts a scenario of complete lack of competition in the Broadband market for each municipality in Brazil.
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Uso dos dados de contabilização do Radius para faturamento e para geração de informações gerenciais e operacionais de serviços em banda largaSilva, Dante Jesus Richesky da 09 July 2010 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2010. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-04-27T13:04:55Z
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2010_DanteJesusRicheskySilva.pdf: 3488708 bytes, checksum: c668d75041bfc94de91e6aebbac55889 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2011-05-19T12:10:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1
2010_DanteJesusRicheskySilva.pdf: 3488708 bytes, checksum: c668d75041bfc94de91e6aebbac55889 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-19T12:10:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2010_DanteJesusRicheskySilva.pdf: 3488708 bytes, checksum: c668d75041bfc94de91e6aebbac55889 (MD5) / É notório e incontestável o crescimento da abrangência e o aumento da importância da Internet e do seu acesso em banda larga, que atualmente estão dentro dos objetivos de crescimento de vários países ao redor do mundo. Este crescimento gerou a necessidade de acessos remotos mais confiáveis em termos de disponibilidade, integridade e rastreabilidade, para que sua utilização comercial ou legal passasse a ser incontestável. Esta necessidade levou ao desenvolvimento de mecanismos de autenticação confiáveis, que disponibilizam dados importantes sobre os acessos realizados. Este trabalho trata da utilização dos dados gerados pelos sistemas de autenticação para a finalidade de cobrança proporcional dos serviços. A utilização destes dados, especificamente para cobrança dos serviços prestados por uma operadora aos Provedores de Acesso à Internet, mostrou que esta utilização está longe de ser simples, apresentando resultados inconsistentes que permitiram cobrança apenas parcial dos serviços.
Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia para tratar estes dados, partindo da análise de amostras preliminares e do estudo de características técnicas e comportamentais dos três atores principais: cliente final, ISP e operadora, para tornar os dados mais confiáveis e permitir a cobrança correta dos serviços, inclusive na utilização simultânea de chaves de autenticação. O mecanismo desenvolvido para bloqueio de acessos indevidos por tentativas repetitivas também agregou uma interessante solução ao relacionamento com o usuário final, que auxilia a identificar o motivo da falha de acesso e facilita sua correção, reduzindo a necessidade de contato com a operadora ou com o ISP. Conclui-se que as soluções desenvolvidas tornaram os dados mais confiáveis e permitiram a cobrança mais correta e abrangente dos serviços dos ISPs. Como resultados agregados, reduziu-se o volume de contatos dos usuários com a operadora, que em parte eram devidos à rejeição no processo de autenticação, e foram geradas informações significativas sobre o comportamento dos usuários para utilizações futuras. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / It is clear and undeniable the growth in scope and importance of the Internet and the broadband solutions, that currently are the growth purpose in several countries around the world. The Internet widespread use creates the need for reliable remote access in terms of availability, integrity and traceability for its commercial use and greater relevance to become incontestable. This need has forced to the development of reliable authentication mechanisms, which provide important data about the accesses performed. This work deals with the use of data generated by authentication systems for the purpose of proportional billing services. Using that data, specifically to billing services provided by a carrier to Internet Service Providers (ISPs), has showed that this use isn´t so easy, with several inconsistent results, that allowed only partial billing of services. In this work is developed a methodology to process the data, starting in the analysis of preliminary results and the study of behavioral and technical characteristics of the three main actors, the end user, the ISP and the carrier, to turn the data more reliable and allow proper billing of the services, even when there is simultaneous use of access keys. The developed solutions have brought significant results for identification of users and to better control the use of the authentication and access keys. The mechanism designed to block unauthorized access also added an interesting solution to the relationship with the end user, because it helps to identify the reason for the failure of access and facilitate their correction, reducing the need to contact to the carrier or the ISP Call Centers. The work development allows concluding that developed solutions have turned the data more reliable and have allowed the correct billing of services from ISPs as more accurately and comprehensively. As an aggregated results, reached also a reduction in the volume of users' contacts with the carrier’s call center, which in part were due to rejection in the authentication process, and were generated significant information about the behavior of users for future uses.
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Leitura e prova Brasil: leitura e avaliaçãoSilva, Fátima Soares da 30 April 2013 (has links)
Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-17T14:43:31Z
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Previous issue date: 2013-04-30 / O objetivo dessa pesquisa foi refletir sobre os resultados de cinco turmas de escolas públicas do quinto ano na Prova Brasil, investigando algumas possíveis razões para o sucesso ou não dos estudantes na referida prova. Na primeira fase da pesquisa foi realizada análise documental da Proposta Pedagógica da Prefeitura da Cidade do Recife e do documento de referência da Prova Brasil. Foi possível verificar que os dois documentos partem de pressupostos conceituais similares: têm uma visão sociointeracionista de linguagem e apresentam a ideia de leitura como interação. As competências apresentadas na Proposta Pedagógica da PCR têm correspondências com a maioria das habilidades vistas na matriz da Prova Brasil. Na segunda fase da pesquisa, foi realizado um estudo de campo. Quanto aos resultados da avaliação dos estudantes na Prova Brasil, foram identificadas inconsistências na progressão de habilidades proposta na escala de proficiência do INEP e na articulação entre a interpretação dos resultados e alguns princípios acerca do processo de leitura expostos na apresentação da concepção de leitura explicitada. Foram também aplicados dois testes com os alunos. A comparação entre os resultados na Prova Brasil e nos testes aplicados evidenciou que dos 15 descritores apresentados na matriz da Prova Brasil, em 12 os alunos obtiveram melhor desempenho nos testes elaborados no âmbito desta pesquisa. Os resultados apontaram, portanto, problemas em relação à confiabilidade nos testes principalmente pela impossibilidade de acesso aos itens dos testes. Por fim, foram analisadas aulas de leitura nas escolas selecionadas, buscando investigar as condições de ensino nas quais os alunos estavam inseridos, principalmente quanto às atividades de interpretação escrita de textos, com o objetivo de investigar se as crianças tinham familiaridade com os tipos de itens do exame. Três, dentre as cinco turmas, tiveram maior diversidade de atividades no ensino da leitura. As crianças tiveram experiências em sala de aula que poderiam favorecer a familiaridade com os tipos de questões propostas na Prova Brasil, mas em nenhuma dessas turmas, havia um trabalho sistemático mais aprofundado para o desenvolvimento de tais habilidades e nem diversificação dos tipos de atividades de leitura, considerando-se as diferentes finalidades de leitura presentes na sociedade. Tal ausência pode, portanto, ser uma das causas para as dificuldades de compreensão de textos de muitas crianças evidenciadas nos resultados dos avaliações realizadas. Para concluir, os dados sinalizam para a necessidade de revisão dessa avaliação em larga escala e para a implantação de políticas públicas voltadas para a formação do professor quanto ao eixo da leitura.
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Mineração em terras indigenas : caso terra indigena Roosevelt / Mining in native people landsCuri, Melissa Volpato 11 November 2005 (has links)
Orientador: Hildebrando Herrmann / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias / Made available in DSpace on 2018-08-05T12:31:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2005 / Resumo: O objetivo principal desse trabalho é fazer uma análise jurídica sobre a mineração em terras indígenas para que se possa colaborar com a implementação legal sustentável sobre a matéria. Nesse sentido, sob a ótica do desenvolvimento sustentável, serão levados em consideração os fatores sociais, ambientais e econômicos relacionados com a atividade minerária em terras indígenas para que se obtenham subsídios fundamentados para a proposta de regulamentação do assunto. A mineração em terras indígenas possui um tratamento diferenciado por nosso ordenamento jurídico, pois para que esta ocorra, como prevê o artigo 231, § 3°, da Constituição Federal, haverá a necessidade de autorização do Congresso Nacional, ouvidas as comunidades afetadas e ficando garantida a estas uma participação nos resultados da lavra. Apesar dos longos anos de discussão, ainda hoje não houve uma manifestação definitiva do Congresso Nacional devido, principalmente, ao conflito de interesses que a matéria suscita. O objeto de estudo é a Terra Indígena Roosevelt dos povos Cinta Larga, que compõe uma das quatro aldeias do Parque Indígena Aripuanã, situado entre os Estados de Rondônia e Mato Grosso. Nos últimos anos, a área tem sido palco de muitos conflitos entre garimpeiros e indígenas pela disputa de diamantes na região. O conflito na TI Roosevelt, caracterizado pela entrada ilegal de não índios nas terras dos povos Cinta Larga para a espoliação dos recursos minerais existentes, é um fato atual decorrente de uma continuidade histórica, que denuncia a realidade de diversas outras terras indígenas no país. A ausência de políticas públicas eficazes, aliada ao preconceito e discriminação da sociedade em geral, faz com que o a problemática se perpetue e denuncie a crise de valores e percepção de nossa sociedade ocidental, que não respeita a diversidade cultural e o meio ambiente físico, colocando em risco a existência de vida no planeta / Abstract: The main objective of this work is to perform a legal analysis of mining in native people lands in order to collaborate with the sustainable legal implementation of the matter. In this sense, under the view of sustainable development, it will be taken in consideration the social, environmental and economical factors related to mining activities in native people lands, in order to obtain fundamented subsidies for the regulation proposal of the subject. The Mining in native people lands has a differentiated treatment by our legal system, therefore so that this occur, as is predicted by the article 231, § 3º, of the Federal Constitution, it will be necessary the National Congress' s authorization and hearings from the affected communities, being guaranteed to them a participation in the results of the exploration. Despite many years of discussions, nowadays a definite manifestation from the National Congress has not happened yet, mainly due to conflicts of interests that the subject excites. The object of study is the Native People Land Roosevelt of the Cinta Larga people, which composes one of the four areas of the Native People Park Aripuanã, situated between the States of Rondônia and Mato Grosso. In the past years, the area has been a place of many conflicts between miners and native people in the quarrel for diamonds in the region. The conflict in the Native People Land Roosevelt, characterized by the illegal entrance of non-natives in the lands of the Cinta Larga people for the spoliation of the existing mineral resources, is a decurrent current fact of a historical continuity, that denounces the reality of many other native lands in the country. The absence of effective publics politics, allied to the prejudice and discrimination of the society in general, allow the perpetuation of the problem and expose the value and perception crisis of our western society, that don't respect cultural diversity and the physical environment, putting in risk the existence of life in the planet / Mestrado / Administração e Politica de Recursos Minerais / Mestre em Geociências
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Estrategias evolutivas para a rede optica a partir de aneis WDMNaves, Jose Renato de Paula 01 August 2018 (has links)
Orientador : Helio Waldman / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-01T16:09:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2002 / Mestrado
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Estudo de algoritmos de alocação de rota e comprimento de onda em redes opticasTamashiro, Silvio Mauro 09 May 2003 (has links)
Orientador: Eleri Cardozo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:03:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2003 / Resumo: Neste trabalho estudamos algoritmos de alocação de rota e comprimento de onda em redes ópticas com multiplexação por divisão de comprimento de onda usando simulação orientada a eventos discretos e modelamento analítico. Algoritmos de roteamento fixo, adaptativo e de caminhos alternativos foram implementados. Foi considerado o efeito da quantidade de comprimentos de onda por fibra óptica, a quantidade de fibras ópticas e o uso de conversores de comprimento de onda no desempenho da rede. A simulação foi escrita na linguagem de programação C++, para fins de eficiência e portabilidade, utilizando orientação a objeto. O modelamento analítico utilizou uma aproximação por redução de carga, supondo que o tráfego oferecido tem distribuição de probabilidade de Poisson e duração exponencial. Os resultados analíticos foram comparados com os resultados de simulação, para roteamento fixo e de caminhos alternativos / Abstract: In this work we studied Routing and Wavelength Assignment (RW A) algorithms on Wavelength Division Multiplexing Optical Networks, using discrete event simulation and analytical modeling. Fixed routing, alternate routing and adaptive routing algorithms were implemented. The effect of the number of wavelengths per optical fiber, number of optical fibers and use of wavelength conversion on the performance of the network was considered. The simulation software was written in C++ programming language, using object oriented methodology, in order to achieve efficiency and portability. The analytical modeling used a reduced load approximation with Poisson probability distribution call arrivals and exponential holding times. The analytical results were compared with the results from simulation, for fixed and alternate routing / Mestrado / Engenharia de Computação / Mestre em Engenharia Elétrica
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Dadivas e dividas na Amazonia : parentesco, economia e ritual nos Cinta-LargaDal Poz Neto, João 03 August 2018 (has links)
Orientador: Marcio Ferreira da Silva / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Filosofia e Ciencias Humanas / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:32:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2004 / Doutorado
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Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos / Sifter-T: A scalable framework for phylogenomic probabilistic protein domain functional annotationDanillo Cunha de Almeida e Silva 25 October 2013 (has links)
É conhecido que muitos softwares deixam de ser utilizados por sua complexa usabilidade. Mesmo ferramentas conhecidas por sua qualidade na execução de uma tarefa são abandonadas em favor de ferramentas mais simples de usar, de instalar ou mais rápidas. Na área da anotação funcional a ferramenta Sifter (v2.0) é considerada uma das com melhor qualidade de anotação. Recentemente ela foi considerada uma das melhores ferramentas de anotação funcional segundo o Critical Assessment of protein Function Annotation (CAFA) experiment. Apesar disso, ela ainda não é amplamente utilizada, provavelmente por questões de usabilidade e adequação do framework à larga escala. O workflow SIFTER original consiste em duas etapas principais: A recuperação das anotações para uma lista de genes e a geração de uma árvore de genes reconciliada para a mesma lista. Em seguida, a partir da árvore de genes o Sifter constrói uma rede bayesiana de mesma estrutura nas quais as folhas representam os genes. As anotações funcionais dos genes conhecidos são associadas a estas folhas e em seguida as anotações são propagadas probabilisticamente ao longo da rede bayesiana até as folhas sem informação a priori. Ao fim do processo é gerada para cada gene de função desconhecida uma lista de funções putativas do tipo Gene Ontology e suas probabilidades de ocorrência. O principal objetivo deste trabalho é aperfeiçoar o código-fonte original para melhor desempenho, potencialmente permitindo que seja usado em escala genômica. Durante o estudo do workflow de pré-processamento dos dados encontramos oportunidades para aperfeiçoamento e visualizamos estratégias para abordá-las. Dentre as estratégias implementadas temos: O uso de threads paralelas; balanceamento de carga de processamento; algoritmos revisados para melhor aproveitamento de disco, memória e tempo de execução; adequação do código fonte ao uso de bancos de dados biológicos em formato utilizado atualmente; aumento da acessibilidade do usuário; expansão dos tipos de entrada aceitos; automatização do processo de reconciliação entre árvores de genes e espécies; processos de filtragem de seqüências para redução da dimensão da análise; e outras implementações menores. Com isto conquistamos aumento de performance de até 87 vezes para a recuperação de anotações e 73,3% para a reconstrução da árvore de genes em máquinas quad-core, e redução significante de consumo de memória na fase de realinhamento. O resultado desta implementação é apresentado como Sifter-T (Sifter otimizado para Throughput), uma ferramenta open source de melhor usabilidade, velocidade e qualidade de anotação em relação à implementação original do workflow de Sifter. Sifter-T foi escrito de forma modular em linguagem de programação Python; foi elaborado para simplificar a tarefa de anotação de genomas e proteomas completos; e os resultados são apresentados de forma a facilitar o trabalho do pesquisador. / It is known that many software are no longer used due to their complex usability. Even tools known for their task execution quality are abandoned in favour of faster tools, simpler to use or install. In the functional annotation field, Sifter (v2.0) is regarded as one of the best when it comes to annotation quality. Recently it has been considered one of the best tools for functional annotation according to the \"Critical Assessment of Protein Function Annotation (CAFA) experiment. Nevertheless, it is still not widely used, probably due to issues with usability and suitability of the framework to a high throughput scale. The original workflow SIFTER consists of two main steps: The annotation recovery for a list of genes and the reconciled gene tree generation for the same list. Next, based on the gene tree, Sifter builds a Bayesian network structure in which its leaves represent genes. The known functional annotations are associated to the aforementioned leaves, and then the annotations are probabilistically propagated along the Bayesian network to the leaves without a priori information. At the end of the process, a list of Gene Ontology functions and their occurrence probabilities is generated for each unknown function gene. This work main goal is to optimize the original source code for better performance, potentially allowing it to be used in a genome-wide scale. Studying the pre-processing workflow we found opportunities for improvement and envisioned strategies to address them. Among the implemented strategies we have: The use of parallel threads; CPU load balancing, revised algorithms for best utilization of disk access, memory usage and runtime; source code adaptation to currently used biological databases; improved user accessibility; input types increase; automatic gene and species tree reconciliation process; sequence filtering to reduce analysis dimension, and other minor implementations. With these implementations we achieved great performance speed-ups. For example, we obtained 87-fold performance increase in the annotation recovering module and 72.3% speed increase in the gene tree generation module using quad-core machines. Additionally, significant memory usage decrease during the realignment phase was obtained. This implementation is presented as Sifter-T (Sifter Throughput-optimized), an open source tool with better usability, performance and annotation quality when compared to the Sifter\'s original workflow implementation. Sifter-T was written in a modular fashion using Python programming language; it is designed to simplify complete genomes and proteomes annotation tasks and the outputs are presented in order to make the researcher\'s work easier.
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