Le rétrovirus Graffi induit des leucémies chez la souris et permet donc l'étude de phénomènes impliqués dans la leucémie ou plus généralement dans le cancer. Le but du présent projet a été de caractériser le rétrovirus murin Graffi et les leucémies induites afin d'apporter des éléments nouveaux aidant à la compréhension de la leucémie. La leucémie est une conséquence d'un dysfonctionnement de l'hématopoïèse. Les cellules leucémiques dérivent de progéniteurs hématopoïétiques qui ont subi des mutations et l'expression de plusieurs proto-oncogènes est dérégulée. Ainsi ces cellules anormales ne peuvent pas terminer le processus de différenciation, prolifèrent de façon anarchique, échappent à l'apoptose et envahissent l'organisme. Bien que ne formant pas de tumeurs solides, les cellules leucémiques ont beaucoup de caractéristiques en commun avec d'autres types de cellules cancéreuses. Le rétrovirus murin Graffi a été isolé en 1954 par Arnold Graffi, qui l'a caractérisé comme un rétrovirus induisant des leucémies myéloïdes. Son équipe et lui-même ont cependant été confrontés au phénomène qu'ils ont appelé 'diversification hématologique'. Récemment, 2 clones moléculaires ont été dérivés dans le laboratoire d'Eric Rassart à partir de l'extrait original du rétrovirus Graffi et qui correspondent à 2 génomes non défectifs, nommés GV-1.2 et GV-1.4. Les leucémies induites par ces 2 variants avaient été classifiées comme myéloïdes, ceci basé sur l'observation morphologique de frottis sanguins. Une nouvelle étude de caractérisation des leucémies induites par ces 2 variants dans 3 souches de souris a montré que le rétrovirus Graffi est capable d'induire des types de leucémies très variés: lymphoïdes (T et B) et non-lymphoïdes (myéloïdes, érythroïdes et mégacaryoblastiques). Beaucoup de ces leucémies sont très complexes (leucémies mixtes ou biphénotypiques). Les leucémies mégacaryoblastiques sont particulièrement intéressantes car ces leucémies humaines sont associées à un mauvais pronostic et sont peu étudiées. L'étude a également révélée que la région enhancer du virus joue un rôle clé dans la pathogenèse, ceci correspondant à un plus grand nombre de leucémies lymphoïdes (T) induit par GV-1.2 en comparaison avec GV-1.4. Une analyse phylogénétique détaillée a été effectuée grâce à l'obtention des séquences génomiques de GV-1.2 et GV-1.4. Cette étude a montré que le rétrovirus Graffi est très proche des virus SRS 19-6 et Moloney. L'étude phylogénique réalisée est très large, prenant en compte des membres de chaque classe de la famille des rétrovirus murins de la leucémies (écotropiques, amphotropiques, xénotropiques, polytropiques). Le rétrovirus Graffi, avec les virus SRS 19-6, Moloney, Rauscher et Friend sont plus proches des virus de type Casistas que des virus xénotropiques. En outre, l'analyse a également révélée que l'enveloppe de HEMV, un prototype d'un virus ancestral et celle de CasBrE sont proches d'un point de vue phylogénique. Finalement, afin d'utiliser les avantages du modèle 'Graffi', le profilage génique de chaque type de leucémies induites par ce rétrovirus a été effectuée grâce à la technologie des micropuces à haute densité (Affymetrix). De très nombreuses données sont issues de cette analyse et beaucoup de gènes non encore reliés à la leucémie ont été mis en évidence. Certains de ces gènes sont potentiellement des oncogènes et leurs fonctions méritent d'être analysées de façon plus approfondie. L'expression de certains gènes a été validée par RT-PCR. En conclusion, le rétrovirus Graffi représente un modèle complexe mais très intéressant pour étudier divers types de leucémies. L'expérience des micropuces a permis de faire ressortir des gènes dont il serait intéressant d'approfondir l'étude de la fonction. Globalement, l'utilisation des nombreuses données issues de l'analyse des micropuces permet une meilleure compréhension des cellules leucémiques et des lignées hématopoïétiques correspondantes. Le profilage génique des leucémies induites par le rétrovirus Graffi a permis d'ouvrir sur de nombreuses perspectives, certaines à caractères thérapeutiques. Ainsi, à plus long terme, cela pourrait permettre de fournir des éléments s'ajoutant aux outils de diagnostic, et d'identifier des gènes ou voies de signalisation pouvant être ciblés par des molécules inhibitrices. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Rétrovirus murin de la leucémie, Leucémie, Oncogène, Cancer, Hématopoïèse.

Le RadLV/VL₃ clone V-13 est un rétrovirus murin thymotrope, non défectif, fortement leucémogène et écotrope. Il induit des lymphomes des cellules T en s'intégrant dans le génome de l'hôte. Le virus peut causer une tumeur en modifiant le fonctionnement des gènes près desquels il s'est intégré. Ces intégrations, si retrouvées au même endroit dans plus d'une tumeur, définissent un site commun d'intégration. Ce projet a pour but de trouver un ou des nouveaux sites d'intégration du rétrovirus RadLV/VL₃ clone V-13. Pour ce faire, un oligonucléotide de séquence connue, nommé splinkerette, a été utilisé. L'ADN d'une souris tumorale est coupée puis une splinkerette y est ligasée. Ceci permet d'amplifier, par des réactions de PCR, les régions flanquantes aux intégrations rétrovirales. Une fois clonées, les produits des PCR sont séquencés, permettant de situer les intégrations dans le génome de la souris, qui est disponible dans les banques de données. Il est ainsi possible de repérer les gènes à proximité de l'intégration rétrovirale. Certains gènes d'intérêt ont déjà été retrouvés grâce à cette technique pour d'autres rétrovirus. Dans le cas du RadLV/VL₃, parmi une vingtaine de tumeurs et environ 70 bandes analysées, les gènes Notch l, Rasgrp1, Rorc, Lef1, Gfi1, Ncor2, Scarb1, Lfng, Mad, Myb, Ahi1, Supt4h, Bzrap1, Sept9, Fos, Jundm2, Myc, Pim1, Ccnd3, Bcl211 et Gpc3 ont été trouvés. Plusieurs de ces oncogènes n'ont jamais été associés au rétrovirus RadLV/VL₃. Deux régions potentiellement oncogéniques sur les chromosomes 7 et 11 ont été identifiées. La compréhension du fonctionnement des oncogènes permettra d'empêcher leur expression aberrante, ou d'utiliser des rétrovirus comme vecteurs dans la thérapie génique afin de corriger l'expression de gènes mutés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : ADN, Clonage, Leucémie, Oncogène, PCR, RadLV/VL₃, Rétrovirus, Séquençage, Site commun d'intégration, Sonde radioactive, Splinkerette, Tumeur.