Η πραγματική ταξινομική κατάσταση των πληθυσμών του γένους Ligidium, κυρίως αυτών που κατανέμονται στη νότια Ελλάδα, δεν είναι ξεκάθαρη. Αυτό συμβαίνει γιατί η απόληξη του δεύτερου ενδοποδίτη του πλεοποδίου των αρσενικών, που αποτελεί σημαντικό διαγνωστικό χαρακτήρα, ποικίλλει και η εύθραυστη δομή της μπορεί εύκολα να καταστραφεί και κατ’ επέκταση να οδηγήσει σε μια μη ακριβή περιγραφή της κατάστασης αυτού του χαρακτήρα. Οι παλαιότερες μελέτες των φυλογενετικών σχέσεων των ισοπόδων του γένους Ligidium, με χρήση μοριακών δεικτών είναι ολιγάριθμες. Πιο συγκεκριμένα, για τη μελέτη πληθυσμών του γένους Ligidium από τον ελλαδικό χώρο έχει γίνει μόνο μια μελέτη στην οποία χρησιμοποιήθηκε η τεχνική της αλληλούχισης του DNA. Η παρούσα μεταπτυχιακή εργασία αποτελεί την πιο εκτεταμένη φυλογενετική ανάλυση μέσα στο γένος Ligidium. H έρευνα επιλέχθηκε να γίνει σε επίπεδο ατόμων συλλέγοντας πολλούς πληθυσμούς από διαφορετικές περιοχές, οι οποίοι ανήκουν είτε στο ίδιο είτε σε διαφορετικά ποτάμια συστήματα. Συγκεκριμένα χρησιμοποιήθηκαν μοριακοί δείκτες από 26 πληθυσμούς ισοπόδων, οι οποίοι καλύπτουν σχεδόν όλο το φάσμα των ειδών, που ανήκουν στo γένος Ligidium και διαβιούν στον ελλαδικό χώρο. Η πειραματική προσέγγιση περιελάμβανε τον πολλαπλασιασμό αλληλουχιών με τη μέθοδο της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR), τον προσδιορισμό της αλληλουχίας τους, και τη στατιστική και φυλογενετική ανάλυσή τους. Οι αλληλουχίες που χρησιμοποιήθηκαν προέρχονται από τους πυρηνικούς γονιδιακούς τόπους ITS1, 5.8s, ITS2 οι οποίοι είναι από τους πιο ευρέως διαδεδομένους μοριακούς δείκτες για μελέτες σε επίπεδο πληθυσμών και ειδών και δεν έχουν προηγουμένως μελετηθεί για άλλα χερσαία ισόποδα. Οι αλληλουχίες επεξεργάστηκαν με τρεις μεθόδους φυλογενετικής ανάλυσης οι οποίες είναι η μέθοδος σύνδεσης γειτόνων (Neighbor-Joining), η Μέθοδος Μέγιστης Φειδωλότητας (Maximum Parsimony) και η Μπεϊεσιανή Συμπερασματολογία (Bayesian Inference). To τελικό σύνολο των στοιχισμένων αλληλουχιών, μετά την αφαίρεση τμημάτων από την αρχή και το τέλος τους, είχε μήκος 614 βάσεων. Σε γενικές γραμμές τα αποτελέσματα που προέκυψαν από τη χρήση των εν λόγω πυρηνικών δεικτών και των τριών φυλογενετικών μεθόδων (BI, MP, NJ), τόσο ως προς τα δέντρα όσο και ως προς τις γενετικές αποστάσεις, δεν θεωρούνται ασφαλή για την εξαγωγή ικανοποιητικών συμπερασμάτων. Επίσης πραγματοποιήθηκε σύγκριση αποτελεσμάτων προηγούμενων μελετών με αυτά που προκύπτουν από τη δική μας έρευνα, καθώς και αξιολόγηση της αξιοπιστίας των μοριακών δεικτών που χρησιμοποιήθηκαν. / Terrestrial isopods (suborder Oniscidea) form a monophyletic group within the crustacean order Isopoda that has conquered almost all terrestrial environments. The family Ligiidae, forming the sister group to all the other Oniscidea (with the possible exception of Tylidae) consists of five genera. The genus Ligidium is the most species-rich genus within Ligiidae and consists of 47 species distributed throughout the northern hemisphere, from western Europe to Japan and North America. The taxonomy of the genus has hitherto been based on a few morphological characters most of which exhibit high intrapopulation variation. As a consequence, the current taxonomy of Ligidium is problematic and the validity of described species cannot be taken for granted. Molecular data for only a few species have been used in broader phylogenetic analyses within terrestrial isopods In the present study we perform the most extensive phylogenetic analysis within the genus Ligidium. We attempt to clarify the taxonomic status of the various populations and try to identify geographical patterns in genealogical affinities that might help us reconstruct the evolutionary history of the respective species. We used three nuclear ribosomal gene segments (ITS1, 5.8s, ITS2) for the phylogenetic analysis of Ligidium populations, which were collected from several locations in Greece, representing almost all species reported from this region. For comparative reasons, we have also included one population from each of the two widespread European species, L. hypnorum, Cuvier, 1792 and L. germanicum, Verhoeff, 1901. Since the taxonomy within the genus is still ambiguous, and because most morphological characters are not dependable for species identification, we chose to perform the analysis at the individual level, sampling several populations from different locations that belong either to the same or to different river systems. Fragments of the three rDNA genes (ITS1, 5.8s, ITS2) were amplified using the polymerase chain reaction (PCR) technique and then individual sequences were determined via automated sequencing. We compare the results which occurred from our study with those of previous ones and we evaluate the plylogenetic utility of the molecular markers that we used. In general the results that came out by the analyses of three following phylogenetic methods Neighbor joining (NJ), Maximum parsimony (MP) and Bayesian Inference (BI), are not considered to be safe for making generalized conclusions.