- / -

Η πραγματική ταξινομική κατάσταση των πληθυσμών του γένους Ligidium, κυρίως αυτών που κατανέμονται στη νότια Ελλάδα, δεν είναι ξεκάθαρη. Αυτό συμβαίνει γιατί η απόληξη του δεύτερου ενδοποδίτη του πλεοποδίου των αρσενικών, που αποτελεί σημαντικό διαγνωστικό χαρακτήρα, ποικίλλει και η εύθραυστη δομή της μπορεί εύκολα να καταστραφεί και κατ’ επέκταση να οδηγήσει σε μια μη ακριβή περιγραφή της κατάστασης αυτού του χαρακτήρα. Οι παλαιότερες μελέτες των φυλογενετικών σχέσεων των ισοπόδων του γένους Ligidium, με χρήση μοριακών δεικτών είναι ολιγάριθμες. Πιο συγκεκριμένα, για τη μελέτη πληθυσμών του γένους Ligidium από τον ελλαδικό χώρο έχει γίνει μόνο μια μελέτη στην οποία χρησιμοποιήθηκε η τεχνική της αλληλούχισης του DNA. Η παρούσα μεταπτυχιακή εργασία αποτελεί την πιο εκτεταμένη φυλογενετική ανάλυση μέσα στο γένος Ligidium. H έρευνα επιλέχθηκε να γίνει σε επίπεδο ατόμων συλλέγοντας πολλούς πληθυσμούς από διαφορετικές περιοχές, οι οποίοι ανήκουν είτε στο ίδιο είτε σε διαφορετικά ποτάμια συστήματα. Συγκεκριμένα χρησιμοποιήθηκαν μοριακοί δείκτες από 26 πληθυσμούς ισοπόδων, οι οποίοι καλύπτουν σχεδόν όλο το φάσμα των ειδών, που ανήκουν στo γένος Ligidium και διαβιούν στον ελλαδικό χώρο. Η πειραματική προσέγγιση περιελάμβανε τον πολλαπλασιασμό αλληλουχιών με τη μέθοδο της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR), τον προσδιορισμό της αλληλουχίας τους, και τη στατιστική και φυλογενετική ανάλυσή τους. Οι αλληλουχίες που χρησιμοποιήθηκαν προέρχονται από τους πυρηνικούς γονιδιακούς τόπους ITS1, 5.8s, ITS2 οι οποίοι είναι από τους πιο ευρέως διαδεδομένους μοριακούς δείκτες για μελέτες σε επίπεδο πληθυσμών και ειδών και δεν έχουν προηγουμένως μελετηθεί για άλλα χερσαία ισόποδα. Οι αλληλουχίες επεξεργάστηκαν με τρεις μεθόδους φυλογενετικής ανάλυσης οι οποίες είναι η μέθοδος σύνδεσης γειτόνων (Neighbor-Joining), η Μέθοδος Μέγιστης Φειδωλότητας (Maximum Parsimony) και η Μπεϊεσιανή Συμπερασματολογία (Bayesian Inference). To τελικό σύνολο των στοιχισμένων αλληλουχιών, μετά την αφαίρεση τμημάτων από την αρχή και το τέλος τους, είχε μήκος 614 βάσεων. Σε γενικές γραμμές τα αποτελέσματα που προέκυψαν από τη χρήση των εν λόγω πυρηνικών δεικτών και των τριών φυλογενετικών μεθόδων (BI, MP, NJ), τόσο ως προς τα δέντρα όσο και ως προς τις γενετικές αποστάσεις, δεν θεωρούνται ασφαλή για την εξαγωγή ικανοποιητικών συμπερασμάτων. Επίσης πραγματοποιήθηκε σύγκριση αποτελεσμάτων προηγούμενων μελετών με αυτά που προκύπτουν από τη δική μας έρευνα, καθώς και αξιολόγηση της αξιοπιστίας των μοριακών δεικτών που χρησιμοποιήθηκαν. / Terrestrial isopods (suborder Oniscidea) form a monophyletic group within the crustacean order Isopoda that has conquered almost all terrestrial environments. The family Ligiidae, forming the sister group to all the other Oniscidea (with the possible exception of Tylidae) consists of five genera. The genus Ligidium is the most species-rich genus within Ligiidae and consists of 47 species distributed throughout the northern hemisphere, from western Europe to Japan and North America. The taxonomy of the genus has hitherto been based on a few morphological characters most of which exhibit high intrapopulation variation. As a consequence, the current taxonomy of Ligidium is problematic and the validity of described species cannot be taken for granted. Molecular data for only a few species have been used in broader phylogenetic analyses within terrestrial isopods In the present study we perform the most extensive phylogenetic analysis within the genus Ligidium. We attempt to clarify the taxonomic status of the various populations and try to identify geographical patterns in genealogical affinities that might help us reconstruct the evolutionary history of the respective species. We used three nuclear ribosomal gene segments (ITS1, 5.8s, ITS2) for the phylogenetic analysis of Ligidium populations, which were collected from several locations in Greece, representing almost all species reported from this region. For comparative reasons, we have also included one population from each of the two widespread European species, L. hypnorum, Cuvier, 1792 and L. germanicum, Verhoeff, 1901. Since the taxonomy within the genus is still ambiguous, and because most morphological characters are not dependable for species identification, we chose to perform the analysis at the individual level, sampling several populations from different locations that belong either to the same or to different river systems. Fragments of the three rDNA genes (ITS1, 5.8s, ITS2) were amplified using the polymerase chain reaction (PCR) technique and then individual sequences were determined via automated sequencing. We compare the results which occurred from our study with those of previous ones and we evaluate the plylogenetic utility of the molecular markers that we used. In general the results that came out by the analyses of three following phylogenetic methods Neighbor joining (NJ), Maximum parsimony (MP) and Bayesian Inference (BI), are not considered to be safe for making generalized conclusions.

Οι έντονες εναλλαγές σχετικά ακραίων συνθηκών και η συνεξέλιξη των μεσογειακών οικοσυστημάτων με τη φωτιά αποτελούν τα βασικά στοιχεία που προσδίδουν τη μεγάλη ετερογένεια που χαρακτηρίζει τα οικοσυστήματα αυτά. Τα δάση χαλεπίου πεύκης έχουν αναπτύξει προσαρμογές για σύντομη αποκατάσταση έπειτα από πυρκαγιά. Η συνήθης διαδοχή περιλαμβάνει την εμφάνιση αρχικά ποώδους βλάστησης (που σε περίπτωση έντονης υποβάθμισης μπορεί να γίνεται φρύγανα), κατόπιν θαμνώδους (μακκίας) βλάστησης σε διάφορα στάδια ανάπτυξης, και εντέλει νέου πευκοδάσους. Το μωσαϊκό πρότυπο στη βλάστηση, το οποίο δημιουργείται από τη δράση παραγόντων όχλησης, είναι δυνατό να έχει σημαντικές συνέπειες στη δυναμική των πληθυσμών των ζώων. Με τη χρήση παγίδων παρεμβολής, μελετήθηκαν οι βιοκοινότητες των εδαφικών αρθροπόδων σε μια τέτοια σύγχρονη εμφάνιση των σταδίων διαδοχής στις παρυφές της Πάρνηθας. Τα χερσόβια Ισόποδα μελετήθηκαν σε επίπεδο είδους, ενώ οι λοιπές ζωικές ομάδες μακροαρθροπόδων, με την εξαίρεση των Αραχνών και των Κολεοπτέρων, μελετήθηκαν σε επίπεδο τάξης. Συμπερασματικά, τα αρθρόποδα σε επίπεδο τάξης και τα Ισόποδα σε επίπεδο είδους, μπορούν να εμφανίζουν το μέγιστο της δραστηριότητάς τους είτε το καλοκαίρι είτε την άνοιξη ή/και το φθινόπωρο. Επιπλέον, η παρατηρούμενη διαφοροποίηση στη σύνθεση της κοινότητας των εδαφικών αρθροπόδων (τόσο σε επίπεδο τάξης όσο και σε επίπεδο είδους για τα Ισόποδα) είναι σύμφωνη με τα στάδια διαδοχής της βλάστησης (CA, PCA). Η βιοκοινότητα των φρυγάνων εμφανίζει σαφή διαφοροποίηση και μεγαλύτερη ποικιλότητα από τις υπόλοιπες βιοκοινότητες, ενώ τα Ισόποδα εμφανίζονται ιδιαίτερα άφθονα στα φρύγανα. Μεταξύ των κοινοτήτων εδαφικών αρθροπόδων στους έξι βιοτόπους (στάδια διαδοχής), παρατηρούνται αλλαγές στη σχετική αφθονία των τάξεων των αρθροπόδων και των ειδών Ισοπόδων, ενώ παρατηρούνται ακόμη και αλλαγές κυριαρχίας μεταξύ τάξεων αρθροπόδων και ειδών Ισοπόδων. Το πρότυπο αυτό, ενδεχομένως οφείλεται στην προσαρμογή των εδαφικών αρθροπόδων στις οχλήσεις, οι οποίες είναι χαρακτηριστικές των μεσογειακών οικοσυστημάτων. / Climatic extremes and coevolution with fire make the Mediterranean-Type Ecosystems to appear highly heterogeneous. Aleppo pine forests have developed adaptations for rapid restoration after fire. A typical successional sequence includes herbaceous formations (turned into phrygana in case of severe deterioration) followed by sclerophyllous shrubland (maquis) in various stages of progressive succession to forest. Mosaic patterns in vegetation generated by disturbance are likely to have a profound effect on the population dynamics of animals. The communities of soil arthropods in a mosaic of sites in different succesional stages on the slopes of mountain Parnitha, were studied using pitfall traps. Terrestrial isopods were analysed at species level, whereas the rest of the macroarthropods, with the exception of Araneae and Coleoptera, were analysed at ordinal level. In conclusion, macroathropods at ordinal level and Isopoda at species level have activity peaks either in summer or in spring and/or autumn. In addition, the observed differences between edaphic macroarthropod communities (even at ordinal level as well as species level for Isopoda) are consistent with the successional stages (CA, PCA). The macroarthropod community in phrygana shows marked differentiation and highest diversity in comparison with the communities in the rest successional stages. The abundance of Isopoda is remarkably high in phrygana. Differences in relative abundance and distribution of dominance among the orders of macroarthropods and species of Isopoda were found between communities of different successional stages. It is likely that the observed pattern is a result of the adaptation of soil arthropods over evolutionary time to the characteristic disturbance regimes of the Mediterranean-Type Ecosystems.

Τα ισόποδα αποτελούν τη μοναδική τάξη οργανισμών ανάμεσα σε όλα τα Καρκινοειδή που πέτυχε να εποικήσει όλους τους τύπους ενδιαιτημάτων, από τα βάθη των ωκεανών μέχρι τα βουνά, τις έρημους και τις τροπικές περιοχές. Παρόλα αυτά, οι φυλογενετικές σχέσεις εντός της τάξης των ισοπόδων παραμένουν σε πολλά σημεία ασαφείς. Η οικογένεια Tylidae, που περιλαμβάνει 27 αμφίβια είδη, ανήκει σύμφωνα με τη σημερινή συστηματική κατάταξη στην υπόταξη Oniscidea, τη μοναδική που περιλαμβάνει αντιπροσώπους με χερσαίο ή ημι-χερσαίο τύπο διαβίωσης. Αν και υπάρχουν αμφιβολίες ως προς τη μονοφυλετική προέλευση αρκετών από τις 9 υποτάξεις που περιλαμβάνουν θαλάσσιους αντιπροσώπους, η προέλευση των Oniscidea θεωρείται αδιαμφισβήτητα μονοφυλετική. Εντούτοις, δεν υπάρχει ακόμη συμφωνία ως προς την ακριβή τοποθέτηση του κλάδου των Tylidae στο φυλογενετικό δέντρο των Oniscidea. Ο βασικός στόχος της παρούσας εργασίας ήταν ο προσδιορισμός των φυλογενετικών σχέσεων των αμφιβίων ισοπόδων της οικογένειας Tylidae με τα υπόλοιπα ισόποδα, με έμφαση στις σχέσεις με τα υπόλοιπα Oniscidea. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιήθηκαν μοριακοί δείκτες από 14 γένη ισοπόδων, τα οποία αντιπροσωπεύουν όλους τους τύπους διαβίωσης, από τον αποκλειστικά θαλάσσιο έως τον αποκλειστικά χερσαίο. Η πειραματική προσέγγιση περιλάμβανε τον πολλαπλασιασμό αλληλουχιών του πυρηνικού γονίδιου 18s rDNA και των μιτοχονδριακών 16s rDNA και COI με τη μέθοδο της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμέρασης (PCR), τον προσδιορισμό της αλληλουχίας τους και τη φυλογενετική ανάλυσή τους με μεθόδους μέγιστης φειδωλότητας, μέγιστης πιθανοφάνειας και μπεϊεσιανής συμπερασματολογίας. Οι μιτοχονδριακές αλληλουχίες εμφανίζουν πολύ υψηλά ποσοστά νουκλεοτιδικών υποκαταστάσεων, και σε συνδυασμό με τη χαμηλή αξιοπιστία των δέντρων που παράγονται φαίνεται πως έχουν απωλέσει εντελώς το φυλογενετικό τους σήμα. Η αλληλουχία του 18s rDNA έχει μήκος 2400-3400 bp και αποτελείται από 4 συντηρημένες περιοχές και 3 υπερ-μεταβλητές. Για τις φυλογενετικές αναλύσεις χρησιμοποιήθηκαν μόνο οι συντηρημένες περιοχές, που συνιστούν ένα σύνολο 1597 διακριτών χαρακτήρων. Στα αποτελέσματα από όλες τις υπολογιστικές μεθόδους η οικογένεια Tylidae τοποθετείται στο τελικό δέντρο σε αδελφό κλάδο του τάξου Crinochaeta της υπόταξης Oniscidea. Εντούτοις, παρατηρήθηκε πως η οικογένεια Ligiidae τοποθετείται σε κλάδο μη-συγγενικό προς τα υπόλοιπα χερσαία ισόποδα, υπονοώντας πως η υπόταξη Oniscidea δεν είναι μονοφυλετική. Για να ελέγξουμε αυτήν την υπόθεση, χωρίσαμε τα δεδομένα μας σε αλληλουχίες από θαλάσσιους και σε αλληλουχίες από χερσαίους αντιπροσώπους, πραγματοποιώντας ένα σύνολο από πρόσθετες αναλύσεις. Από τα αποτελέσματα φαίνεται πως η υπόταξη Oniscidea είναι μονοφυλετική και η αντίθετη αρχική υπόθεση οφείλεται σε ‘θόρυβο’ στο φυλογενετικό σήμα των συντηρητικών περιοχών του 18s rDNA. Τέλος, από τις πρόσθετες αναλύσεις προκύπτουν, με ισχυρή στατιστική στήριξη, φυλογενετικά δέντρα που υποστηρίζουν τη συστηματική κατάταξη που είχε προτείνει ο Erhard από τις μορφολογικές του μελέτες, τοποθετώντας τα Tylidae εντός του τάξου ‘Holoverticata’. / Isopods comprise a unique order among the Crustaceans that has settled effectively all possible habitats on the planet. The phylogenetic relationships, though, between the 10 suborders remain unresolved, as many of them might prove to be non-monophyletic taxa. The family Tylidae consists of 27 amphibian species and is traditionally classified in the suborder Oniscidea, which includes all the terrestrial and semi-terrestrial isopods and that is thought to be unambiguously monophyletic. However, the previous phylogenetic studies have proposed many hypotheses concerning the relations between the Tylidae and the other Oniscidea, lacking any plausible consensus. In order to resolve those phylogenetic relations, we used two mitochondrial sequences (16s, COI) and one nuclear (18s) from 14 genera of isopods. Our experimental approach included PCR amplification, sequencing and computational phylogenetic analyses by means of maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference. The mitochondrial sequences present extreme values of nucleotide substitutions and evident saturation, a fact that prohibits their use in further analyses. The 18s sequences vary significantly in size (2400-3400 bp) and consist of 4 conserved and 3 hyper-variable regions. Only the conserved regions were used for analysis, resulting to a dataset of 1597 discrete nucleotide characters. Regardless of the method used, the family Tylidae appeared as a sister-clade of the taxon Crinochaeta (suborder Oniscidea) in the cladograms. We noticed, though, that the taxon Diplochaeta (Oniscidea: Ligiidae) appeared (with low bootstrap values) in a distant clade of all the other Oniscidea, a result that does not support the monophyletic origin of the Oniscidea. In order to test the validity of this result, we splitted our dataset and conducted additional, separate analyses for the sequences of the marine isopods and those of the terrestrial isopods. Our results indicate that the suborder Oniscidea is monophyletic, so the initial opposite hypothesis was due to weak phylogenetic signal. Finally, our cladograms support, with significant confidence, the systematic classification that Erhard (1998) had proposed through his studies on morphological characters of the Oniscidea, placing together the family Tylidae and the taxon Crinochaeta under the name ‘Holoverticata’.

Το γένος Trachelipus περιλαμβάνει οργανισμούς σχετικά στενόοικους οι οποίοι ζουν είτε στην παρόχθια βλάστηση ρεμάτων και ποταμών είτε σε υγρά δάση. Στη χώρα μας έχουν καταγραφεί 8 από τα 50 είδη του γένους, 4 από τα οποία είναι ενδημικά της Ελλάδας. Το ένα από αυτά εξαπλώνεται από την Κρήτη μέχρι την Ήπειρο, ένα στα νησιά του κεντρικού Αιγαίου, ένα στην Κρήτη και ένα στο νότιο Ευβοϊκό. Η κατανομή κάθε είδους είναι ασυνεχής, είτε λόγω γεωγραφικών (νησιωτικοί πληθυσμοί κλπ) είτε λόγω ενδιαιτηματικών παραγόντων. Η διάκριση μεταξύ των ειδών έχει γίνει βάσει περιορισμένου αριθμού μορφολογικών χαρακτήρων και δεν είναι βέβαιο ότι αντανακλά τις πραγματικές φυλογενετικές σχέσεις τους. Από τα αποτελέσματα προηγούμενης μελέτης διαπιστώθηκε έντονη απόκλιση μεταξύ των προτύπων της γενετικής ποικιλότητας και εκείνης της τρέχουσας ταξινόμησης σε ορισμένες ομάδες πληθυσμών του γένους αυτού. Επιπλέον, φάνηκε σημαντικός βαθμός γενετικής απομόνωσης μεταξύ των πληθυσμών ενός είδους, ενισχύοντας την άποψη περί ισχυρής μεταπληθυσμιακής συγκρότησής τους. Στην παρούσα μελέτη, συλλέχθηκαν 47 πληθυσμοί στην ηπειρωτική Ελλάδα, οι οποίοι στη μεγάλη τους πλειοψηφία ανήκαν στο είδος Trachelipus kytherensis (σύμφωνα με την ισχύουσα ταξινόμηση). Σε αυτούς προστέθηκαν και τα δεδομένα των Parmakelis et al 2008 (16 πληθυσμοί) έτσι ώστε να είναι πιο ολοκληρωμένη η μελέτη και η εξαγωγή συμπερασμάτων για το γένος Trachelipus. Συνολικά μελετήθηκαν γενετικά 63 πληθυσμοί του γένους, χρησιμοποιώντας ως μοριακούς δείκτες τα μιτοχονδριακά γονίδια 16S rRNA και COI. Έπειτα από απομόνωση του DNA και τον πολλαπλασιασμό των συγκεκριμένων τμημάτων με PCR προσδιορίστηκε η αλληλουχία των βάσεων, και υπολογίστηκε η γενετική διαφοροποίηση εντός και μεταξύ των πληθυσμών. Για την ανάλυση των φυλογενετικών σχέσεων μεταξύ των πληθυσμών ή/και των ειδών χρησιμοποιήθηκαν οι μέθοδοι της Σύνδεσης Γειτόνων (Neighbor Joining-NJ), της Μέγιστης Φειδωλότητας (Maximum Parsimony-MP) και της Μπεϊεσιανής Συμπερασματολογίας (Bayesian Inference-BI). Το τελικό μήκος των αλληλουχιών μετά την επεξεργασία ήταν 386 θέσεις για το γενετικό τόπο 16S rRNA και 512 θέσεις για το γενετικό τόπο COI. Με τα δεδομένα αυτά δεδομένα πραγματοποιήθηκε τόσο ανεξάρτητη όσο και συνδυασμένη ανάλυση. Από τα αποτελέσματα φαίνονται πληθυσμοί οι οποίοι παρα το ότι είναι πολύ κοντινοί γεωγραφικά, και μέχρι σήμερα θεωρείται πως ανήκουν στο ίδιο είδος (Trachelipus kytherensis), εμφανίζουν μεγάλες γενετικές αποστάσεις μεταξύ τους και ομαδοποιούνται σε διαφορετικούς και αρκετά απομακρυσμένους κλάδους των δένδρων σε όλες τις αναλύσεις (NJ, MP, BI). Η τοπολογία των κλάδων, καθώς και η απουσία σαφούς γεωγραφικού προτύπου στην ομαδοποίηση των πληθυσμών του T. kytherensis, καταδεικνύει ότι πιθανότατα δεν έχουμε να κάνουμε με ένα μόνο είδος, αλλά με περισσότερα που είναι δύσκολο να διακριθούν μορφολογικά, τουλάχιστον με τους μέχρι σήμερα χρησιμοποιούμενους ταξινομικούς διαγνωστικούς χαρακτήρες. Αυτό ενισχύεται και από τις γενετικές αποστάσεις που καταγράφηκαν στην παρούσα μελέτη και εμφανίζονται ιδιαίτερα αυξημένες (μέγιστες παρατηρηθείσες γενετικές απόστασεις: 27,3% COI, 17,6% 16S rRNA) ακόμα και σε σχέση με αυτές που έχουν αναφερθεί σε άλλες έρευνες για τη διάκριση ειδών ισοπόδων. Επισημαίνεται η ιδιαίτερα μεγάλη γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των αντιπροσώπων του γένους. Επιπλέον καταδεικνύεται πως η Πελοπόννησος φιλοξενεί τα είδη Trachelipus ‘kytherensis’ και T. aegaeus (τουλάχιστον στη χερσόνησο της Αργολίδας) αλλά και πιθανόν μια τρίτη μορφή στα βόρεια (νέο είδος;) η οποία εμφανίζεται ευρύτερα στην ηπειρωτική Ελλάδα. Θα είχε ιδιαίτερο ενδιαφέρον λοιπόν να μελετηθούν αυτές οι πιθανές «ζώνες επαφής» ως προς τη γονιδιακή τους ροή, ώστε να εκτιμηθεί το ποσοστό απομόνωσης των πληθυσμών και, κατ’ επέκταση, του κάθε είδους. / The phylogenetic relationships among terrestrial isopod species are still largely unknown because robust analyses have started to appear only relatively recently. Species-level taxonomy has been based mainly on a few secondary sexual characters of males, although recent analyses based on molecular markers have indicated that species definitions based on morphology may underestimate the true levels of divergence among populations. Furthermore, within several genera or species groups, morphological characters do not provide clear-cut taxonomic resolution, so that many changes in the interpretation of nominal species have appeared in the literature. The genus Trachelipus comprises of relatively stenoecious animals living in habitats generally threatened by human activities, such as humid forest sites and riparian habitats. It includes some 50 species distributed around the Palaearctic, with 8 species recorded from Greece, 4 endemic to the country. The distribution of species is discontinuous due to the increasing fragmentation of its habitats and the expansion of agricultural land and dry woodland. Projected climatic change will restrict further gene flow between Trachelipus populations, as dry habitats are expected to expand in Greece. Species–level taxonomy has been based on a few morphological characters, mainly the secondary sexual characters of males, exhibiting significant variation, and is controversial. Very high intraspecific genetic divergence among several populations has been documented. In this study we attempt a phylogeographic analysis among the Greek endemic species of the genus. We sampled 47 populations from several sites in mainland Greece. In our analyses we incorporated data from previous work (16 populations) in order to better estimate possible geographic structure in the patterns of divergence among populations, and to throw new light in the systematics of the species. Overall, 63 populations were considered. After total DNA extraction, we sequenced the two PCR amplified mtDNA gene fragments, namely 16S rRNA and cytochrome oxidase subunit I (COI), and calculated the genetic divergence within and among the populations studied, as well as their phylogenetic relationships. The methods for phylogenetic reconstruction used were Neighbor Joining (NJ), Maximum Parsimony (MP) and Bayesian Inference (BI) for each mtDNA sequence data and the concatenated dataset. The phylogenetic trees obtained from the molecular data – from all three phylogenetic methods (NJ, MP, BI) - produced trees with quite congruent topologies. Some populations that are considered conspecific exhibit large genetic distances and cluster in different clades. The highly-structured phylogenetic tree and the lack of an overall geographic pattern in the clustering of Trachelipus populations indicates that very probably we are not dealing with a single species, but rather with a number of cryptic species, hardly distinguished by means of currently used morphological characters. This is further corroborated by the genetic distances separating the clades hosting nominal T. kytherensis populations (max_dCOI=27.3% and max_d16S rRNA=17.6%). In general, it can be argued that the genetic distances recorded in the present study are quite large compared with those reported for different species and even genera in other studies of terrestrial isopods. Furthermore, it is evident than there are two species present in the Peloponnese, i.e. Trachelipus ‘kytherensis’ and T. aegaeus (in Argolis peninsula). In northern Peloponnese, a third form is also present (new species?) that occurs throughout the central and northern part of mainland Greece. These ‘contact zones’ should be further investigated in terms of genetic flow and isolation of the populations and/or species. Both the phylogeny presented here and the genetic distances separating populations appear to justify the necessity of further investigation into the phylogeny of the Greek Trachelipus species using a population by population approach. It is likely that morphology inadequately describes real variation inside and among species; hence, diagnoses based on the morphological characters used so far for the delineation of Trachelipus species should be reconsidered under the light of more extensive molecular phylogenetic analyses.