El aumento creciente de la incidencia de Bordetella pertussis en poblaciones con elevada cobertura de vacunación ha puesto de manifiesto que las vacunas en uso presentan falencias que han cobrado importancia con el tiempo. Con el fin diseñar vacunas con mayor capacidad protectora nuestra investigación se ha orientado al estudio del fenotipo infectante. Parte de los esfuerzos en este sentido se han centrado en la identificación de los cambios fenotípicos inducidos en B. pertussis en respuesta a la falta de hierro libre, por ser éste el stress nutricional mas importante durante infección. Para ello se ha elegido una estrategia de trabajo que es una combinación de proteómica bidimensional comparativa y análisis serológico del proteoma. La ventaja de emplear esta estrategia es que permitió identificar potenciales factores de virulencia y, a la vez, seleccionar inmunógenos que se expresan en condiciones fisiológicas y que, sin embargo, no están incluidos en ninguna de las formulaciones vacunales en uso. En este trabajo de tesis, por un lado se amplió la caracterización del proteoma de B. pertussis cultivada bajo limitación de hierro mediante una proteómica shotgun, una técnica que presenta alta sensibilidad. Además se describen dos nuevos inmunógenos capaces de mejorar la protección conferida por la vacuna acelular actualmente en uso.