Dans un cadre de travail situe au carrefour des sciences économiques, des sciences de gestion et des sciences de l'ingénieur, cette thèse a pour objectif de contribuer à la construction de nouveaux modèles pour l'évaluation économique des organisations productives. La vision systémique habituelle de l'entreprise est en premier lieu traitée à travers l'approche économique néoclassique, le contrôle de gestion traditionnel, et le courant cybernétique. Mais nous montrons ensuite pourquoi le dosage des différents facteurs de production, l'analyse normative des couts, et le contrôle-commande qui prévalaient pour la description et l'évaluation d'une entreprise-facteurs, ne sont plus adaptés pour caractériser l'entreprise-compétences qui émerge du nouveau contexte industriel. Nous nous plaçons alors dans le cadre d'une théorie économique non standard caractérisée par une dimension organisationnelle forte en contexte de rationalité procédurale, dans le cadre d'une gestion par activités et par processus, et dans le cadre d'une approche plus cognitiviste du pilotage. Cette transition nous permet de développer des représentations de l'entreprise-compétences qui relient les performances aux connaissances, aux processus d'apprentissage, aux procédures de prises de décisions et aux chaines de rationalités individuelles et collectives associées a une interprétation méta-systémique de la hiérarchie. Ces modes de représentation sont ensuite formalises par un langage de modélisation et illustres par des expérimentations de simulation.