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Classification automatique de textes pour les revues de littérature mixtes en santé

Langlois, Alexis 12 1900 (has links)
Les revues de littérature sont couramment employées en sciences de la santé pour justifier et interpréter les résultats d’un ensemble d’études. Elles permettent également aux chercheurs, praticiens et décideurs de demeurer à jour sur les connaissances. Les revues dites systématiques mixtes produisent un bilan des meilleures études portant sur un même sujet tout en considérant l’ensemble des méthodes de recherche quantitatives et qualitatives. Leur production est ralentie par la prolifération des publications dans les bases de données bibliographiques et la présence accentuée de travaux non scientifiques comme les éditoriaux et les textes d’opinion. Notamment, l’étape d’identification des études pertinentes pour l’élaboration de telles revues s’avère laborieuse et requiert un temps considérable. Traditionnellement, le triage s’effectue en utilisant un ensemble de règles établies manuellement. Dans cette étude, nous explorons la possibilité d’utiliser la classification automatique pour exécuter cette tâche. La famille d’algorithmes ayant été considérée dans le comparatif de ce travail regroupe les arbres de décision, la classification naïve bayésienne, la méthode des k plus proches voisins, les machines à vecteurs de support ainsi que les approches par votes. Différentes méthodes de combinaison de caractéristiques exploitant les termes numériques, les symboles ainsi que les synonymes ont été comparés. La pertinence des concepts issus d’un méta-thésaurus a également été mesurée. En exploitant les résumés et les titres d’approximativement 10 000 références, les forêts d’arbres de décision admettent le plus haut taux de succès (88.76%), suivies par les machines à vecteurs de support (86.94%). L’efficacité de ces approches devance la performance des filtres booléens conçus pour les bases de données bibliographiques. Toutefois, une sélection judicieuse des entrées de la collection d’entraînement est cruciale pour pallier l’instabilité du modèle final et la disparité des méthodologies quantitatives et qualitatives des études scientifiques existantes. / The interest of health researchers and policy-makers in literature reviews has continued to increase over the years. Mixed studies reviews are highly valued since they combine results from the best available studies on various topics while considering quantitative, qualitative and mixed research methods. These reviews can be used for several purposes such as justifying, designing and interpreting results of primary studies. Due to the proliferation of published papers and the growing number of nonempirical works such as editorials and opinion letters, screening records for mixed studies reviews is time consuming. Traditionally, reviewers are required to manually identify potential relevant studies. In order to facilitate this process, a comparison of different automated text classification methods was conducted in order to determine the most effective and robust approach to facilitate systematic mixed studies reviews. The group of algorithms considered in this study combined decision trees, naive Bayes classifiers, k-nearest neighbours, support vector machines and voting approaches. Statistical techniques were applied to assess the relevancy of multiple features according to a predefined dataset. The benefits of feature combination for numerical terms, synonyms and mathematical symbols were also measured. Furthermore, concepts extracted from a metathesaurus were used as additional features in order to improve the training process. Using the titles and abstracts of approximately 10,000 entries, decision trees perform the best with an accuracy of 88.76%, followed by support vector machine (86.94%). The final model based on decision trees relies on linear interpolation and a group of concepts extracted from a metathesaurus. This approach outperforms the mixed filters commonly used with bibliographic databases like MEDLINE. However, references chosen for training must be selected judiciously in order to address the model instability and the disparity of quantitative and qualitative study designs.
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Méthodes hybrides parallèles pour la résolution de problèmes d'optimisation combinatoire : application au clustering sous contraintes / Parallel hybrid methods for solving combinatorial optimization problems : application to clustering under constraints

Ouali, Abdelkader 03 July 2017 (has links)
Les problèmes d’optimisation combinatoire sont devenus la cible de nombreuses recherches scientifiques pour leur importance dans la résolution de problèmes académiques et de problèmes réels rencontrés dans le domaine de l’ingénierie et dans l’industrie. La résolution de ces problèmes par des méthodes exactes ne peut être envisagée à cause des délais de traitement souvent exorbitants que nécessiteraient ces méthodes pour atteindre la (les) solution(s) optimale(s). Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés au contexte algorithmique de résolution des problèmes combinatoires, et au contexte de modélisation de ces problèmes. Au niveau algorithmique, nous avons appréhendé les méthodes hybrides qui excellent par leur capacité à faire coopérer les méthodes exactes et les méthodes approchées afin de produire rapidement des solutions. Au niveau modélisation, nous avons travaillé sur la spécification et la résolution exacte des problématiques complexes de fouille des ensembles de motifs en étudiant tout particulièrement le passage à l’échelle sur des bases de données de grande taille. D'une part, nous avons proposé une première parallélisation de l'algorithme DGVNS, appelée CPDGVNS, qui explore en parallèle les différents clusters fournis par la décomposition arborescente en partageant la meilleure solution trouvée sur un modèle maître-travailleur. Deux autres stratégies, appelées RADGVNS et RSDGVNS, ont été proposées qui améliorent la fréquence d'échange des solutions intermédiaires entre les différents processus. Les expérimentations effectuées sur des problèmes combinatoires difficiles montrent l'adéquation et l'efficacité de nos méthodes parallèles. D'autre part, nous avons proposé une approche hybride combinant à la fois les techniques de programmation linéaire en nombres entiers (PLNE) et la fouille de motifs. Notre approche est complète et tire profit du cadre général de la PLNE (en procurant un haut niveau de flexibilité et d’expressivité) et des heuristiques spécialisées pour l’exploration et l’extraction de données (pour améliorer les temps de calcul). Outre le cadre général de l’extraction des ensembles de motifs, nous avons étudié plus particulièrement deux problèmes : le clustering conceptuel et le problème de tuilage (tiling). Les expérimentations menées ont montré l’apport de notre proposition par rapport aux approches à base de contraintes et aux heuristiques spécialisées. / Combinatorial optimization problems have become the target of many scientific researches for their importance in solving academic problems and real problems encountered in the field of engineering and industry. Solving these problems by exact methods is often intractable because of the exorbitant time processing that these methods would require to reach the optimal solution(s). In this thesis, we were interested in the algorithmic context of solving combinatorial problems, and the modeling context of these problems. At the algorithmic level, we have explored the hybrid methods which excel in their ability to cooperate exact methods and approximate methods in order to produce rapidly solutions of best quality. At the modeling level, we worked on the specification and the exact resolution of complex problems in pattern set mining, in particular, by studying scaling issues in large databases. On the one hand, we proposed a first parallelization of the DGVNS algorithm, called CPDGVNS, which explores in parallel the different clusters of the tree decomposition by sharing the best overall solution on a master-worker model. Two other strategies, called RADGVNS and RSDGVNS, have been proposed which improve the frequency of exchanging intermediate solutions between the different processes. Experiments carried out on difficult combinatorial problems show the effectiveness of our parallel methods. On the other hand, we proposed a hybrid approach combining techniques of both Integer Linear Programming (ILP) and pattern mining. Our approach is comprehensive and takes advantage of the general ILP framework (by providing a high level of flexibility and expressiveness) and specialized heuristics for data mining (to improve computing time). In addition to the general framework for the pattern set mining, two problems were studied: conceptual clustering and the tiling problem. The experiments carried out showed the contribution of our proposition in relation to constraint-based approaches and specialized heuristics.

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