Titre de l'écran-titre (visionné le 31 octobre 2023) / Selon divers organismes de santé publique, la résistance aux antibiotiques représente un enjeu majeur de santé du XXIème siècle. Pour lutter contre ce phénomène, plusieurs acteurs mettent en place des procédures relatives à une utilisation stricte et adéquate des antibiotiques, que ce soit dans un cadre clinique ou dans la vie quotidienne. De plus, les méthodes diagnostiques actuelles des infections bactériennes présentent des limites de temps d'analyse, de spécificité et de coût pouvant entraîner des conséquences dans la mise en place d'un traitement efficace. Une autre solution pour lutter contre l'antibiorésistance consiste à développer des méthodes rapides et efficaces permettant le diagnostic des infections bactériennes. C'est dans cette optique que le laboratoire du Pr. Droit a mis en place en 2019 une stratégie combinant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (acquisitions à haute résolution) avec des algorithmes d'intelligence artificielle permettant l'identification de bactéries dans 10 millilitres d'urine dans le cas des infections urinaires. Le premier objectif de cette maîtrise était de transférer cette stratégie sur un instrument en spectrométrie de masse permettant des acquisitions à basse résolution pour son utilisation en routine dans les hôpitaux. Pour cela, nous avons simplifier le protocole de préparations d'échantillons en diminuant le volume d'urine utilisé (10mL à 1mL) dans le cas de l'identification de bactéries dans l'urine. Le deuxième objectif a consisté à adapter cette stratégie pour l'identification de bactérie dans le lait dans le cas de la mammite bovine. Ces travaux ont permis la mise en place d'une méthodologie expérimentale rapide (<5h) permettant : i) l'élimination de la matière grasse et des caséines dans le lait cru pouvant altérer le signal en spectrométrie de masse, ii) l'identification d'un grand nombre de peptides bactériens (500-1000) dans un temps d'analyse court (14 min) dans le lait permettant l'extraction d'une signature peptidique spécifique

Les norovirus sont les principaux agents responsables des gastroentérites aiguës d'origine virale à travers le monde, pouvant être transmis par des aliments contaminées. La quantité de particules virales retrouvée dans les aliments dépasse rarement la dose minimale infectieuse. Une étape de concentration s'avère nécessaire pour la détection de ces virus dans les aliments. L'objectif de ce projet était de développer et de valider une méthode de concentration immuno-magnétique combinée à l'amplification en temps réel pour une détection spécifique et sensible des norovirus. Une séquence peptidique caractéristique de la capside virale a été sélectionnée pour la production d'anti-norovirus spécifiques du génogroupe II. Les anticorps couplés à des billes magnétiques ont été utilisés pour concentrer les norovirus à partir d'aliments artificiellement contaminés. Les norovirus capturés ont été lysés et l'ARN viral libéré a été détecté par RT-PCR en temps réel. Les norovirus ont été détectés à une concentration de 20 unités RT-PCR.

La façon dont un organisme se déplace dans un paysage est déterminée par l’interaction entre son comportement de déplacement et la structure du paysage. Les modèles qui prédisent la répartition des ressources dans l’espace supposent initialement que la capacité à se déplacer est indépendante de la structure du paysage. C’est la préférence qu’ont les animaux pour certains types de ressources qui fait que la structure du paysage a un effet sur les habitudes de déplacement. Notre objectif dans ce mémoire est d’étudier les méthodes d’échantillonnage et d’analyse statistique permettant de modéliser l’effet des préférences qu’ont les animaux pour certains types d’habitats sur leur comportement de déplacement. À l’aide d’une étude par simulation, nous tentons de déterminer quels modes d’échantillonnage des données sur les déplacements des animaux permettent d’obtenir des inférences valides sur la sélection d’habitat lorsque les paramètres des modèles sont estimés par régression logistique conditionnelle. Mots-clés. bison ; étude cas-témoins ; fonction de sélection des ressources ; fonction de sélection des pas ; mouvements d’animaux ; noyau de relocalisation ; parc Prince- Albert ; régression logistique conditionnelle ; télémétrie.

Le but de la thèse est de comprendre l'origine et le fonctionnement des couples philosophiques tels que présentés par Chaim Perelman et Lucie OlbrechtsTyteca dans la théorie de l'argumentation. Notre recherche sur cette intuition originale d'une structuration du discours philosophique par des couples de notions de base nous a conduit à regarder du côté de la sémiotique pour en comprendre le fonctionnement et nous a obligé à questionner la pertinence de la préoccupation de la philosophie traditionnelle envers l'origine

Les ingrédients fromagers peuvent représenter jusqu'à 50% de la production de fromage. Parmi eux, ceux en poudre ont des avantages dus à leur convenance d'usage dans les aliments fabriqués ainsi qu'une durée de vie prolongée. Les méthodes de séchage par atomisation ou à l'air chaud, opérant en présence d'oxygène à des conditions drastiques de température, restent encore celles utilisées en industrie pour la production des poudres de fromage malgré les risques associés à la détérioration de la qualité du produit. L'effet de la méthode de séchage et des conditions d'opération sur la cinétique de déshydratation et la qualité finale de la poudre de Gouda a été étudié à partir du fromage râpé ou en emulsion. Une emulsion a été produite en mélangeant du fromage Gouda (40%) avec de l'eau distillée (57.5%) et des sels émulsifiants (2.5%). D'autre part, le fromage a été râpé à une épaisseur de 2 mm. Le fromage en emulsion ou râpé a été séché par atomisation, à l'air chaud et par lyophilisation. Le séchage par atomisation a été réalisé selon les conditions opératoires suivantes : températures d'entrée et de sortie de l'air de 180-200°C et 80-110°C, respectivement, des débits du produit entre 1.4 et 2.3 kg/h. Pour le séchage par air chaud, celui-ci a été réalisé selon les conditions suivantes : température de l'air de 50-70°C avec une vitesse de flux d'air de lm/s. Le séchage par lyophilisation a été réalisé comme suit : les échantillons ont été congelés à -40°C et déshydratés à une température de 25 et 50°C sous vide. La qualité des poudres obtenues à partir des différentes méthodes de séchage a été caractérisée selon plusieurs paramètres tels que la teneur en acide linoléique conjuguée (ALC), l'indice de peroxyde, la mouillabilité, la couleur, l'indice d'insolubilité, la masse volumique en vrac et tassée, leur granulométrie, l'écoulement, la température de transition vitreuse (Tg) et les isothermes de sorption. Les résultats obtenus ont montré que la meilleure qualité nutritionnelle et physico-chimique de la poudre du fromage Gouda a été obtenue par lyophilisation de 1'emulsion à 25 °C. En effet, son indice de peroxyde n'était que de 0.145 ± 0.023 ml O₂/kg de lipides, un temps de mouillabilité de 2.17 ± 0.055 min et un indice d'insolubilité de 0.6 ±0.18 ml. Cette poudre a une bonne aptitude au tassement et un excellent comportement d'écoulement. Ces résultats suggèrent que la lyophilisation constitue un procédé prometteur pour la production de poudre de fromage.

Le développement de bioprocédés pour la culture des cellules animales est d'une grande importance pour la biotechnologie, dû aux nombreuses applications biomédicales de ces cellules. Dans ce travail, la mise au point d'un système de contrôle ainsi que la conception, la caractérisation et l'utilisation de minibioréacteurs à échelle réduite (30-100 mL), entièrement équipés et automatisés pour la culture cellulaire, sont présentées. Les paramètres des contrôleurs ont de plus été optimisés pour des bioréacteurs de différentes tailles (500 mL et 15 L) avec différents volumes de travail (0,3, 0,5, 5, 10 et 15 L). Les temps de réponse de chaque sonde ainsi que le kLa dans les bioréacteurs ont aussi été évalués. Un système de contrôle en langage LABVIEW National Instruments, incluant une interface-usager numérique a été finalisé. Ce programme est capable de saisir, contrôler et surveiller les paramètres d'opération (pH, DO, pCO2, T) de huit bioréacteurs de façon simultanée et indépendante par le biais des modules de conversion Numériques/Analogues Field Point National Instruments. Finalement, le système a été testé par trois cultures de cellules HEK 293S dans les minibioréacteurs (100 et 300 mL). Les résultats ont été comparés à une culture statique dans un T-Flask de 25 cm2 . On a ainsi démontré que le système développé est robuste, précis et efficace.

Depuis plusieurs décennies, de nombreuses recherches ont porté leur attention sur les bioactivités des constituants du soya, depuis les isoflavones jusqu'aux protéines, en passant par les peptides. L'objectif principal de ce travail de thèse était de démontrer qu'à partir de l'hydrolyse enzymatique de protéines de soya par la pepsine et la pancreatine, il était possible d'isoler et de concentrer des peptides bioactifs plus efficacement par la technique d'électrodialyse avec membranes d'ultrafiltration (ÉDUF) que par l'emploi des méthodes traditionnelles d'UF. Au cours de ces travaux, les premiers résultats ont démontré que l'utilisation de l'UF (seuil de coupure de 10 kDa, facteur de concentration 2X, pression trans-membranaire de 173 kPa) permettait de concentrer les peptides bioactifs, soit dans le perméat soit dans le rétentat, dépendamment de la bioactivité recherchée. En parallèle, cette étude a également permis de mettre en évidence que la configuration membranaire des diverses membranes disponibles commercialement, jouait un rôle important sur la séparation des peptides (comparaison des configurations de membrane spiralée et de membrane à fibres creuses). Ainsi, l'étude de la capacité des fractions collectées à moduler la captation du glucose a montré que seul le rétentat de la membrane spiralée (SWR) donne des résultats significativement améliorés. Selon l'analyse de la composition en acides aminés des différentes fractions, cette bioactivité serait due à une plus forte concentration en lysine. Par la suite, l'étude en ÉDUF des effets du pH sur les paramètres électrodialytiques (conductivité, taux de migration, résistance membranaire, etc.) ainsi que sur les bioactivités des fractions collectées (traitement de 4 h à 5 V avec des membranes d'un seuil de coupure de 10 kDa, pH 3, 6 et 9) a démontré l'impact du colmatage potentiel des membranes plus ou moins conséquent selon le pH sur la migration des peptides anioniques. Cependant, aucune des fractions collectées n'a démontré de capacités à stimuler la captation du glucose in vitro. Par la suite, il a pu être démontré qu'un traitement de 6 h à 50 V avec des membranes présentant un seuil de coupure de 100 kDa à pH 6 permettait l'isolement et la concentration de peptides dont la capacité à moduler la captation du glucose était de 22% supérieure à celle de l'hydrolysat complet et de 33% par rapport à celle induite par la fraction SWR. L'ensemble de ces travaux nous a donc permis de démontrer que l'hydrolyse enzymatique utilisée permettait de libérer des peptides bioactifs à partir des protéines du soya, mais également, que par l'optimisation des paramètres d'ÉDUF, il est possible d'isoler ces peptides bioactifs de manière plus sélective que par l'utilisation des techniques traditionnelles.

Québec Université Laval, Bibliothèque 2015

L’étude de la sélection des ressources en fonction du déplacement des animaux est un sujet qui intéresse plusieurs chercheurs en écologie, qui cherchent à prédire comment les ressources disponibles influencent le déplacement des animaux dans un environnement hétérogène. Pour ce faire, une stratégie souvent utilisée consiste à comparer les caractéristiques des lieux visités à celles des lieux disponibles mais non visités à différents instants. Comme l’étendue du territoire des lieux disponibles est généralement imposant, un échantillonnage aléatoire des lieux non-visités devient pratiquement inévitable. Toutefois, une méthode d’échantillonnage non adéquate peut induire un biais dans les inférences. L’échantillonnage des lieux non-visités peut se faire selon une étude longitudinale cas-témoins appariée dont la variable réponse prend la valeur 1 dans le cas d’une ressource sélectionnée et la valeur 0 dans le cas contraire. Un modèle de régression logistique peut donc être ajusté aux données. L’objectif de ce mémoire est d’étudier les avantages et les limites de divers modèles de régression logistique, tout particulièrement le modèle à effets mixtes, dans le cadre d’études cas-témoins appariées. Une étude de simulation ainsi que l’analyse de données réelles nous a permis de comparer les inférences obtenues par le modèle mixte à ceux d’un modèle à effets fixes. Les conclusions observables indiquent que les modèles mixtes sont plus performants que les modèles fixes lorsque le type d’environnement est "homogène" et "très homogène" avec une faible force de sélection, mais rarement dans d’autres situations.

Les personnes non voyantes font face à des défis quotidiens au cours de leurs activités de navigation. Afin d’offrir des solutions technologiques pour les aider à surmonter ces défis, il est nécessaire d’élaborer une méthodologie de recherche appropriée qui prend en considération leurs besoins spécifiques. Cette méthodologie nécessite des connaissances multidisciplinaires et une capacité de travailler avec des équipes provenant de différents domaines. Nous entamons cette thèse par un aperçu sur les différentes approches de conception adoptées en ingénierie et en réadaptation. Nous exposerons les principes de l’approche classique d’ingénierie, puis du design participatif, ensuite du design universel et enfin notre nouvelle approche de conception que nous nommons ‘le design cognitif’. Nous mettons en évidence le potentiel de cette nouvelle approche pour fournir des solutions qui répondent aux attentes et aux besoins des personnes non voyantes. Cette approche sert à améliorer la conscience situationnelle chez ces individus pendant leurs activités de navigation dans des zones urbaines. Dans un premier temps, nous avons étudié la nature de la représentation mentale de l’espace chez les personnes non voyantes. Après cela, nous avons modélisé la configuration de cette représentation mentale en nous basant sur les schémas d’image. Ces schémas permettent de capturer de manière claire et significative les différentes relations qui existent entre les éléments de la représentation mentale. Ensuite, nous avons élaboré un modèle conceptuel sémantique de données spatiales utiles pour aider les individus non voyants dans leurs différentes tâches de navigation et de wayfinding. Ces données doivent être structurées de façon hiérarchique afin de garantir une meilleure communication entre l’outil d’assistance et l’utilisateur non voyant. Enfin, nous avons intégré ce modèle sémantique avec la norme ISO 19133:2005 développée pour soutenir les services de suivi et de navigation des clients mobiles. Nous avons aussi utilisé un scénario type de navigation qui illustre l’apport et la contribution du design cognitif pour concevoir des outils d’assistance pour les personnes non voyantes. / Blind people encounter many challenges during their daily activities of navigation. In order to develop technological solutions to assist them, it is necessary to elaborate an appropriate research methodology that take into account the specific needs of people suffering from such a disability. This methodology requires multidisciplinary knowledge and the ability to work with teams with widely different backgrounds. First of all, we propose an overview of different approaches of design adopted in rehabilitation and engineering, beginning with the classical engineering approach, then progressing to participatory design, universal design and a novel approach of design that we call ‘cognitive design’. Then, we highlight the potential of this latter approach in providing solutions that meet the expectations and the needs of disabled people. This approach helps to provide blind people with heightened situation awareness during their navigational activities within urban areas. At the beginning, we investigated the nature of the mental representation of space used by blind persons. We then represented this information using image schemata as these capture in a meaningful way the different features that make up the spatial configuration. Next, we elaborated a semantic model of useful geospatial data which will serve to assist the visually impaired in various tasks of navigation and wayfinding. These data must be hierarchically structured in order to guarantee a better communication between the device and blind users. After that, we integrated this semantic model with basic geographic information useful for tracking and navigation activities, using the ISO 19133:2005 data standard developed for Location-based Services. A typical scenario is used to show the contribution and value of adopting the cognitive design approach to develop an assistive tool for blind pedestrians.