Dans le cadre professionnel, les maladies professionnelles telles que les troubles musculo-squelettiques et les maladies psychiques constituent la première cause d'entrée dans le régime d'invalidité en France. Leur singularisme se situe dans leur étiologie complexe qui échappe au système d'indemnisation. Ces maladies dont le travail est une cause mais ne peut être avec certitude la cause ne sont quasiment pas prises en charge.Leur réparation se fonde encore principalement sur une loi compromissoire entre patronat et salariés centenaire, sur laquelle se sont empilés des mécanismes réparatoires législatifs et jurisprudentiels, et leur prévention nécessiterait un bouleversement dans le rapport au travail. Dans la fonction publique, cette mauvaise prise en charge n'est pas sans créer des disparités entre agents, selon leur régime statutaire ou la reconnaissance effective de la maladie au service.Le système de réparation actuel qui laisse à la charge de la sécurité sociale des maladies pourtant liées au travail ne peut perdurer. Cependant de nouvelles modalités d'indemnisation ne sont possibles que si le coût est supportable. Or l'inexistence de chiffres permettant d'estimer le nombre de maladies reconnues ou sous-déclarées et de ce fait la part des maladies multifactorielles, rend l'estimation de ce coût impossible.La base de données (année 2008) qui a été constituée dans ce travail permet d'évaluer le nombre d'agents touchés par une maladie multifactorielle et laisse à penser que seule une réparation partielle assortie d'une prévention incitative est susceptible de prendre en charge de manière acceptable et pérenne les maladies multifactorielles dans la fonction publique. / In the working environment, multifactorial disorders such as musculoskeletal and mental disorders are the main cause of officially recognized disability in France. Their particularity lies in their complex etiology, which makes claims for compensation difficult. They can be caused in part by working conditions, but other factors are involved, with no single clearly identifiable cause. Their compensation mechanisms are mainly based on hundred-year-old employment arbitration law, to which other legislative and jurisprudential compensation mechanisms have been added. These disorders can only be prevented by a complex shift in attitudes to work and in the perception of proper working conditions. For civil servants, the current system causes disparities between agents, due to differences in their legal status and recognition of the disorder in each department.Under the current system of compensation, the cost of these work-related disorders is covered by social security, which is untenable, but any new form of compensation must be cost-efficient. However, as there are no figures available to estimate the number of recognised occupational disorders and hence the proportion of multifactorial diseases, it is not possible to estimate their cost. From the data collected in this study for the year 2008 it is possible to calculate the number of agents affected by multifactorial diseases. The results indicate that the only long-term and appropriate way to deal with this problem in the civil service is through partial compensation combined with incentives to prevent these disorders.