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Análisis morfológico y molecular de las especies del complejo Clathrina “clathrus” (porifera: calcarea)

Cóndor Luján, Báslavi Marisbel January 2016 (has links)
Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica los especímenes atribuidos al complejo Clathrina “clathrus” encontrados en el Perú y determina la afinidad molecular entre las especies peruanas y las demás especies de este complejo. Para ello, se realiza un análisis morfológico basado en la observación de la morfología externa y anatomía interna de los especímenes y un análisis molecular basado en la comparación de las secuencias de 18S parcial, ITS1; 5,8S; ITS2; 28S parcial del ADN ribosomal. / Tesis
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Detección de Escherichia coli diarreogénica en pinnípedos de Chile

González Burgos, Catherina Elisabeth January 2013 (has links)
Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Existen cepas de Escherichia coli patógenas productoras de enfermedades que pueden afectar a diversos hospederos terrestres y acuáticos. El objetivo de este trabajo fue la detección de cepas de E. coli diarreogénica, en heces de pinnípedos de diferentes regiones de Chile. De las 25 muestras analizadas mediante cultivo bacteriológico y PCR, se detectó solo una cepa de E. coli patógena correspondiente al subtipo STEC, en heces de un pinnípedo (Mirounga leonina) proveniente de Tierra del Fuego, confirmándose la presencia de este agente en mamíferos marinos en Chile / Financiamiento: Proyecto ISID 9102012
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Materia Orgánica sedimentaria reciente del Margen Continental Peruano (Tumbes 03º45.01'S -81º07.29'W – San Juan 15º04.75'S - 75º44.00'W): su orígen y su preservación

Igarza Tagle, Maria del Carmen January 2012 (has links)
Se han trabajado petrográfica y geoquímicamente 26 muestras de sedimento superficial provenientes de un perfil paralelo al Margen Continental Peruano (Tumbes – Punta San Juan) para determinar la variabilidad de la composición y estado de preservación de la materia orgánica sedimentaria, con respecto a su procedencia y a las condiciones de productividad y oxigenación. Se han identificado un total de 18 fracciones orgánicas que componen la materia orgánica sedimentaria, de las cuales la mayoría son de tipo amorfo, evidenciando así la alta productividad que caracteriza a la zona. El 98,5% de la materia orgánica es de origen marino, siendo sólo el 1,5% de origen terrestre y restringido a la zona norte (Tumbes y Piura) y centro (Callao); la distribución de las fuentes fluviales, el efecto antrópico y la distancia a la costa juegan un rol determinante en la variabilidad latitudinal del aporte terrestre. La preservación de la materia orgánica sedimentaria a lo largo del Margen Continental Peruano está relacionada directamente a la dinámica de la zona de mínimo oxígeno (ZMO), presentándose una materia orgánica más preservada donde las condiciones de oxigenación de fondo son mínimas. La productividad a lo largo del Margen Continental Peruano tiene un rol fundamental, porque es responsable del alto flujo de material orgánico que atraviesa la columna de agua, pero son las condiciones de oxigenación de fondo las que determinan la preservación, lo que es muy evidente en la zona frente a Callao y Huacho, donde la ZMO es más intensa. Palabras clave: materia orgánica sedimentaria, Margen Continental Peruano, petrografía orgánica, origen, estado de preservación. / --- Twentysix surficial sediment samples from a parallel profile to the Peruvian Continental Margin (Tumbes – San Juan) have been worked by petrographical and geochemical analysis to determine the variability of the composition and state of preservation of the sedimentary organic matter, with respect to its origin and to productivity and oxygenation conditions. Eighteen organic fracciones that compose the sedimentary organic matter have been identified, the mayority of these are from the amorphous type, which is evidence of the high productivity that characterize the zone. The 98.5% of the organic matter is from marine origin, only 1.5% is from terrestrial origin and is restricted to the north (Tumbes and Piura) and central (Callao) zones; the distribution of the fluvial sources (rivers), the anthropogenic effect and the distance to the coast play a fundamental role that determine the latitudinal variability of the terrestrial contribution. The preservation of sedimentary organic matter along the Peruvian Continental Margin is related directly to the dynamic of the oxygen minimun zone (OMZ), with a more preserve organic matter where oxygen bottom conditions are minimun. The productivity has also a fundamental role, it is responsable of the high flux of organic material that goes through the water column and reaches the sea floor, but the bottom oxygen conditions determine the preservation, which is very evident in the zone off Callao and Huacho, where the OMZ is more intense. Key words: sedimentary organic matter, Peruvian Continental Margin, organic petrography, origin, state of preservation.
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Caracterización fenotípica y genotípica de estirpes de Salmonella choleraesuis aisladas de ambientes marinos

Flores Aguilar, Lidia Escolástica January 2003 (has links)
Bacterias patógenas como Salmonella, habitantes naturales del tracto intestinal de diversos animales incluido el hombre, están comúnmente presentes en efluentes de desagües principalmente domésticos que desembocan al mar en forma directa o indirecta a través de ríos y acequias, llegando a constituir parte de la flora contaminante del litoral limeño y de los alimentos provenientes del mismo. La presencia de Salmonella está determinada por las condiciones biológicas y fisicoquímicas del ambiente acuático, que permiten su supervivencia, desarrollando mecanismos de adaptación como entrar a un estado de “viable no cultivable”, cambios metabólicos o alteraciones genómicas en respuesta a condiciones ambientales adversas. Debido a la importancia que tiene Salmonella en la incidencia de enfermedades gastrointestinales, se hace necesaria su vigilancia en el medio ambiente acuático para lo cual es preciso desarrollar estudios que faciliten el aislamiento, identificación y diferenciación de estirpes patogénicas en ambientes naturales. Muestras de agua de mar tomadas a lo largo del litoral limeño, durante los meses de marzo, abril y mayo del 2000, fueron procesadas para el aislamiento de Salmonella usando el método de filtración en membrana, pre-enriquecimiento en Agua Bufferada Peptonada; enriquecimiento selectivo en caldo Tetrationato, Selenito Cistina y Rappaport-Vassiliadis y posterior aislamiento selectivo en Agar XLD, Sufito de Bismuto, BPLS, SS, Hektoen y XLD. La identificación bioquímica se realizó mediante las pruebas de Oxidasa, Catalasa, Indol, Urea, TSI, LIA, Citrato y RM-VP. Para la identificación serológica se utilizaron sueros polivalentes agrupadores (A, B, C1, C2, D, E1 y E4), suero capsular Vi y flagelares de Salmonella choleraesuis. Se seleccionaron 203 estirpes oxidasa negativos, catalasa positivos, de las que 18 fueron identificadas como Salmonella choleraesuis, de las cuales 10 cepas fueron del serogrupo C1 y serotipo Salmonella Djugu y 8 del serogrupo D y serotipo Salmonella Enteritidis, una con bioquímica típica y 2 cepas atípicas incluidas en el serogrupo B de Salmonella choleraesuis, 3 cepas rugosas y 24 cepas con bioquímica típica que no aglutinaron con el suero polivalente empleado. Los perfiles de proteínas totales obtenidos mediante PAGE-SDS señalan diferencias de las cepas entre e intra serovar luego del análisis estadístico. El ADN cromosómico de los serotipos identificados fueron cortados con endonucleasas de restricción e hibridados con una sonda específica para el gen rDNA16S marcada por quimioluminiscencia. Se encontraron 4 ribotipos (RB, RC1, RC2 y RD), que correspondieron a cada serovar de Salmonella choleraesuis. / Pathogenic bacteria like Salmonella, natural inhabitants of the intestinal tract of diverse animals included the man, they are commonly present in effluents of mainly domestic drainages that discharge into the sea in direct form or through rivers and canals, ending up constituting part of the contaminate flora of the Lima´s coast and of the foods coming from the same one. Their presence is determined by the biological and physico chemical conditions of the aquatic environment that allow its survival, developing mechanisms of adaptation like to enter to state of “viable but no culturable”, metabolic and genomic changes in answer to adverse environmental conditions. Due to the importance that Salmonella has in the incidence of gastrointestinal illnesses, it becomes necessary their surveillance in the aquatic environment for that which is necessary to develop studies that facilitate the isolation, identification and differentiation of parthogenic strains in natural ecosystems. Seawater samples were taked along the Lima´s coast, during the months of march, april and may of 2000. For the isolation the membrane filtration method was used, pre-enrichment in Buffered Peptoned Water; selective enrichment in Tetrathionate, Selenite Cystine and Rappaport-Vassiliadis broths and selective isolation in XLD, Bismuth Sulfite, BPLS, SS, Hektoen, XLD agars. In the biochemical identification Oxidasa, Catalasa, Indole tests were used and it was cultivated in Urea, TSI, LIA, Citrato, RM-VP media. For the serologic identification grouping polyvalents (A, B, C1, C2, D, E1 and E4) and flagellars sera of Salmonella choleraesuis were used. 203 strains negative oxidase and positive catalase were selected, of which 18 were identified as Salmonella choleraesuis, inside those that 10 strains belonged to C1 serogroup and Salmonella Djugu serotype, and 8 to D serogroup and Salmonella Enteritidis serotype, one with typical biochemistry and 2 atypical strains typing inside the B serogroup of Salmonella choleraesuis, 3 rough strains and 24 with typical biochemistry that they didn't agglutinate with the polyvalent serum used. The profiles of total proteins obtained by means of SDS-PAGE point out differences of the strains inter and intra serovar after statistical analyses. The chromosomal DNA of the identified serotypes was cut with restriction endonucleases and hibridized with a specific probe for the gene rDNA16S marked by chemioluminiscens. They were 4 ribotypes (RB, RC1, RC2 y RD), that corresponded to each serovar of Salmonella choleraesuis.
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Diversidad y funcionamiento de la comunidad epífita eucariota de las hojas de Posidonia oceanica

Medina Pons, Francisco Javier 03 July 2012 (has links)
Variability in the structure of the macroeukaryotic epiphytic fraction of Posidonia oceanica leaves has been previously described under optical microscope or dissecting microscope (classical microscopy approach). We tested the sensitivity of two molecular techniques (Temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) and small ribosomal subunit (SSU) clone libraries), as an alternative to classical microscopy method, to detect variability in the structure of that epiphytic assemblage. We also investigated the relationship between diversity/composition of epiphytic macroalgae, the most diverse and abundant component of the assemblage, and Nitrate reductase (NR) activity (as a measure of nitrogen assimilation capacity from water column, which is an ecosystem key process). TGGE and SSU clone libraries were able to monitor changes in the structure of that assemblage and overcame some disadvantages of the classical microscopy approach, such as taxonomic impediment. In addition, the composition of the assemblage suggested playing a relevant role in determining nitrogen assimilation rates. / La variabilidad en la estructura de la fracción epífita macroeucariota de las hojas de Posidonia oceanica se ha estudiado previamente mediante microscopio óptico o lupa binocular (aproximación clasica). Por un lado, se estudió la sensibilidad de dos técnicas moleculares (electroforesis en geles de gradiente de temperatura (TGGE) y librerías de clones de los genes de la subunidad pequeña del ribosoma (SSU), como alternativa al método clásico, en la detección de variabilidad en la estructura de esa comunidad epífita. Por otro lado, se investigó la relación entre la diversidad/composición de las macroalgas epífitas, el componente más abundante y diverso de esta comunidad, y la actividad Nitrato reductasa (NR) (como una medidad de la capacidad de asimilación de nitrógeno de la columna de agua, un proceso clave en el ecosistema). El TGGE y las librerías de clones de los genes SSU eran capaces de monitorizar los cambios en la estructura de esa comunidad y permitían evitar algunos inconvenientes de la aproximacion clásica, tales como problemas a nivel de taxonomía. Además, los resultados obtenidos sugerían que la composición de la comunidad juega un papel relevante a la hora de determinar las tasas de asimilación de nitrógeno. / La variabilitat en l'estructura de la fracció epífita macroeucariota de les fulles de Posidonia oceanica s'ha estudiat prèviament mitjançant microscopi òptic o lupa binocular (aproximació clàssica). D'una banda, es va estudiar la sensibilitat de dues tècniques moleculars (electroforesi en gels de gradient de temperatura (TGGE) i llibreries de clons dels gens de la subunitat petita del ribosoma (SSU), com a alternativa al mètode clàssic, en la detecció de variabilitat en l'estructura d'aquesta comunitat epífita. D'altra banda, es va investigar la relació entre la diversitat/composició de les macroalgues epífites, el component més abundant i divers d'aquesta comunitat, i l'activitat Nitrat reductasa (NR) (com una mesura de la capacitat d' assimilació de nitrògen de la columna d'aigua, un proces clau en l'ecosistema). El TGGE i les llibreries de clons dels gens SSU varen permetre monitoritzar els canvis en l'estructura d'aquesta comunitat i evitaven alguns inconvenients de l'aproximacio clàssica, com ara problemes a nivell de taxonomia. A més a més, els resultats obtinguts suggerien que la composició de la comunitat juga un papel rellevant a l'hora de determinar les taxes d'assimilació de nitrògen.
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Evaluación de factibilidad estratégica, técnica y económica de un local de venta de pescados y mariscos

Pereira Farías, Alejandro Ernesto January 2013 (has links)
Magíster en Gestión y Dirección de Empresas / El objetivo de esta tesis es la evaluación de la factibilidad estratégica, técnica y económica de instalar un local de venta de pescados y mariscos. Este local se encontrará ubicado en la comuna de Peñalolén, específicamente en la unidad vecinal n° 29 conocida como Peñalolén Nuevo. Este sector presenta buenas perspectivas para instalación de este tipo de negocios debido a que existe un mercado potencial de $2,3 millones anuales, la oferta en el sector es escaza y no se ajusta a las necesidades de los clientes. Para llegar a estas conclusiones se realizó un estudio de la competencia del sector caracterizando la propuesta de cada una en términos de productos y servicios. Complementariamente se realizó una encuesta a los potenciales clientes que sirvió para identificar sus preferencias y necesidades no satisfechas. En concreto se identificaron oportunidades en la venta de productos frescos y de platos preparados, específicamente ceviches. Al comparar los actuales formatos de compra y los preferidos por los potenciales clientes se encontraron brechas de 12 y 25 puntos porcentuales para los pescados y maricos frescos respectivamente. En el caso de los ceviches el 75% de los encuestados los considera uno de sus platos preferidos lo que se contrapone a la oferta del sector casi completamente basada en platos japoneses para los cuales la misma encuesta arroja un 26% de las preferencias. El estudio de los clientes también nos indica que la calidad que los servicios que complementan la oferta es importante para los encuestados y que están dispuestos a pagar más por éstos. Basados lo anterior se ha propuesto una estrategia enfocada en productos frescos, con alto estándar de servicios y complementada con platos ceviches. Para la evaluación económica se han considerado tres escenarios con tasa inicial de captura de mercado objetivo de 5%, 7% y 10% respectivamente los que muestran resultados muy positivos con VAN entre los $144 y $432 millones, a pesar de que para sostener esta propuesta se requieren costos operacionales más altos que en el caso de los formatos tradicionales.
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Evaluación de la comunidad de macroinvertebrados de bancos vegetados en quebradas contaminadas por minería aurífera. Madre de Dios-Perú

Guevara Córdova, Carlos Humberto January 2013 (has links)
La llanura Amazónica es un área que alberga una alta diversidad de macroinvertebrados acuáticos con gran valor científico. La presente investigación tiene como objetivo evaluar la comunidad de macroinvertebrados en quebradas de la cuenca baja de Madre de Dios, especialmente en zonas donde se desarrolla actividad minera y zonas prístinas. Se analizó la composición y diversidad de seis quebradas en sustratos de bancos vegetados las cuales fueron evaluadas durante la estación seca (agosto 2011) y la estación húmeda (enero 2011). Las evaluaciones se realizaron en zonas reservadas, zona de amortiguamiento y zonas ubicadas fuera de estas dos últimas, correspondiendo a la subcuenca del Inambari y el Sector Intercuenca Medio de Madre de Dios. En cada quebrada se tomaron 3 submuestras, tomadas con una red tipo surber (30 x 30 cm, 250 μm) y fijadas en alcohol al 80%. Así mismo se midieron los principales parámetros fisicoquímicos así como niveles de nitratos y mercurio, para evaluar en forma puntual las diferencias de calidad del agua entre las quebradas estudiadas. Se identificaron un total de 20078 individuos agrupadas en 156 taxa (UTO´s) siendo predominante la clase Insecta. La prueba estadística de Wilcoxon-Mann-Whitney para la riqueza y estructura comunitaria de macroinvertebrados acuáticos así como el análisis de similitud (ANOSIM) y de agrupamiento no Paramétrico de Escalamiento Multidimensional (nMDS) no mostraron diferencias temporales; mientras que la prueba de Kruskall-Wallis evidenció diferencias significativas a nivel espacial. Los resultados de estas pruebas fueron asociados con la condición ecológica de las estaciones respecto a actividades mineras, identificadas principalmente mediante análisis de mercurio, turbidez (transparencia), medidas de integridad (RCE-RiparianChanel and EnvironmentalInventory) y otros parámetros como oxígeno disuelto, conductividad, solidos totales disueltos . Los parámetros de riqueza, diversidad y equidad se correlacionaron positivamente con el oxígeno, pero negativamente con los sólidos totales disueltos, el cual a su vez se correlacionó negativamente con la riqueza y la diversidad. Así mismo la riqueza se correlacionó negativamente con la conductividad. Las métricas de bioindicación como diversidad de Shannon-Wiener (H´), ASPT, EPT, EPC y ElPT permitieron discriminar diferentes grados de impacto, donde una de las estaciones de estudio (E3: La Pastora), mostró las peores condiciones, mientras que la estación en fundo INKATERRA (C2) fue la más conservada, colocando a las demás en condiciones intermedias. No se encontraron relaciones de la comunidad de macroinvertebrados con el mercurio en sedimento, sin embargo si fue con el oxígeno disuelto en agua, los sólidos totales disueltos, turbidez, nitratos y en general la integridad de bosque, los cuales son factores importantes para sostener una adecuada diversidad de macroinvertebrados acuáticos. Esto demuestra la capacidad de los macroinvertebrados para detectar cambios y/o alteraciones en el medio ambiente producto de los diversos elementos que participan en la actividad minera. Palabras clave: Llanura amazónica, bancos vegetados, macroinvertebrados, diversidad
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Caracterización fenotípica y genotípica de estirpes de Salmonella choleraesuis aisladas de ambientes marinos

Flores Aguilar, Lidia Escolástica January 2003 (has links)
Bacterias patógenas como Salmonella, habitantes naturales del tracto intestinal de diversos animales incluido el hombre, están comúnmente presentes en efluentes de desagües principalmente domésticos que desembocan al mar en forma directa o indirecta a través de ríos y acequias, llegando a constituir parte de la flora contaminante del litoral limeño y de los alimentos provenientes del mismo. La presencia de Salmonella está determinada por las condiciones biológicas y fisicoquímicas del ambiente acuático, que permiten su supervivencia, desarrollando mecanismos de adaptación como entrar a un estado de “viable no cultivable”, cambios metabólicos o alteraciones genómicas en respuesta a condiciones ambientales adversas. Debido a la importancia que tiene Salmonella en la incidencia de enfermedades gastrointestinales, se hace necesaria su vigilancia en el medio ambiente acuático para lo cual es preciso desarrollar estudios que faciliten el aislamiento, identificación y diferenciación de estirpes patogénicas en ambientes naturales. Muestras de agua de mar tomadas a lo largo del litoral limeño, durante los meses de marzo, abril y mayo del 2000, fueron procesadas para el aislamiento de Salmonella usando el método de filtración en membrana, pre-enriquecimiento en Agua Bufferada Peptonada; enriquecimiento selectivo en caldo Tetrationato, Selenito Cistina y Rappaport-Vassiliadis y posterior aislamiento selectivo en Agar XLD, Sufito de Bismuto, BPLS, SS, Hektoen y XLD. La identificación bioquímica se realizó mediante las pruebas de Oxidasa, Catalasa, Indol, Urea, TSI, LIA, Citrato y RM-VP. Para la identificación serológica se utilizaron sueros polivalentes agrupadores (A, B, C1, C2, D, E1 y E4), suero capsular Vi y flagelares de Salmonella choleraesuis. Se seleccionaron 203 estirpes oxidasa negativos, catalasa positivos, de las que 18 fueron identificadas como Salmonella choleraesuis, de las cuales 10 cepas fueron del serogrupo C1 y serotipo Salmonella Djugu y 8 del serogrupo D y serotipo Salmonella Enteritidis, una con bioquímica típica y 2 cepas atípicas incluidas en el serogrupo B de Salmonella choleraesuis, 3 cepas rugosas y 24 cepas con bioquímica típica que no aglutinaron con el suero polivalente empleado. Los perfiles de proteínas totales obtenidos mediante PAGE-SDS señalan diferencias de las cepas entre e intra serovar luego del análisis estadístico. El ADN cromosómico de los serotipos identificados fueron cortados con endonucleasas de restricción e hibridados con una sonda específica para el gen rDNA16S marcada por quimioluminiscencia. Se encontraron 4 ribotipos (RB, RC1, RC2 y RD), que correspondieron a cada serovar de Salmonella choleraesuis. / --- Pathogenic bacteria like Salmonella, natural inhabitants of the intestinal tract of diverse animals included the man, they are commonly present in effluents of mainly domestic drainages that discharge into the sea in direct form or through rivers and canals, ending up constituting part of the contaminate flora of the Lima´s coast and of the foods coming from the same one. Their presence is determined by the biological and physico chemical conditions of the aquatic environment that allow its survival, developing mechanisms of adaptation like to enter to state of “viable but no culturable”, metabolic and genomic changes in answer to adverse environmental conditions. Due to the importance that Salmonella has in the incidence of gastrointestinal illnesses, it becomes necessary their surveillance in the aquatic environment for that which is necessary to develop studies that facilitate the isolation, identification and differentiation of parthogenic strains in natural ecosystems. Seawater samples were taked along the Lima´s coast, during the months of march, april and may of 2000. For the isolation the membrane filtration method was used, pre-enrichment in Buffered Peptoned Water; selective enrichment in Tetrathionate, Selenite Cystine and Rappaport-Vassiliadis broths and selective isolation in XLD, Bismuth Sulfite, BPLS, SS, Hektoen, XLD agars. In the biochemical identification Oxidasa, Catalasa, Indole tests were used and it was cultivated in Urea, TSI, LIA, Citrato, RM-VP media. For the serologic identification grouping polyvalents (A, B, C1, C2, D, E1 and E4) and flagellars sera of Salmonella choleraesuis were used. 203 strains negative oxidase and positive catalase were selected, of which 18 were identified as Salmonella choleraesuis, inside those that 10 strains belonged to C1 serogroup and Salmonella Djugu serotype, and 8 to D serogroup and Salmonella Enteritidis serotype, one with typical biochemistry and 2 atypical strains typing inside the B serogroup of Salmonella choleraesuis, 3 rough strains and 24 with typical biochemistry that they didn't agglutinate with the polyvalent serum used. The profiles of total proteins obtained by means of SDS-PAGE point out differences of the strains inter and intra serovar after statistical analyses. The chromosomal DNA of the identified serotypes was cut with restriction endonucleases and hibridized with a specific probe for the gene rDNA16S marked by chemioluminiscens. They were 4 ribotypes (RB, RC1, RC2 y RD), that corresponded to each serovar of Salmonella choleraesuis.
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Búsqueda e identificación de relaxasas y genes mob en el ambiente marino

Stuardo Olivares, Camila José January 2019 (has links)
Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Ingeniera en Biotecnología Molecular. / El océano comprende el 71% de la superficie de la Tierra, participando en el control del clima, y proveyendo más del 50% del oxígeno disponible en la atmósfera. Las comunidades microbianas que habitan los ambientes marinos se caracterizan por ser determinantes en la producción primaria, además de ser diversas en sus funciones y distribución, siendo fundamentales en la mantención de los ciclos biogeoquímicos. Éstas poseen distintas estrategias para habitar estos ambientes, ya que en estos existen variaciones en los factores abióticos, tales como temperatura, disponibilidad de oxígeno o salinidad, que determinan cambios a nivel biótico. El dinamismo de los ambientes marinos favorece el intercambio de información genética mediado por la transferencia horizontal de genes (HGT). Está descrito que la conjugación es el mecanismo que posee una mayor tasa de ocurrencia en estos ambientes, por lo que estudiar los elementos genéticos móviles (EGM) conjugativos resulta necesario para comprender que genes son potencialmente transferidos. Este proceso se inicia cuando la enzima relaxasa, codificada por el EGM identifica el origen de transferencia (oriT) en el ADN del elemento a transferir, y realiza el corte con el que se inicia la movilización del elemento conjugativo a la célula receptora por medio del sistema de secreción de tipo IV (T4SS). Esta misma relaxasa es la que empalma el ADN transferido. Lo particular de esta enzima, es que es un elemento ubicuo para los elementos conjugativos, lo que la convierte junto a los genes que la codifican (genes mob) en marcadores de movilidad génica por conjugación, y por tanto en un sistema de clasificación de estos elementos. Se ha descrito que los genes transferidos en plásmidos movilizables o conjugativos son capaces de conferir capacidades adaptativas a determinados microorganismos, tales como resistencia a antibióticos o a metales pesados, mientras que a nivel comunitario su efecto aún requiere de mayor estudio. En este seminario de título se planteó la búsqueda e identificación de relaxasas y genes mob, tanto in sílico como in situ, en muestras marinas de la región de Valparaíso. In sílico, se identificaron 28 proteínas con dominios funcionales descritos para relaxasas mediante la utilización de modelos ocultos de Markov (HMM) en un metagenoma obtenido desde el proyecto “TARA Oceans”, correspondiente a una estación ubicada frente a las costas de la región central de Chile, realizando además una cuantificación de los genes mob correspondientes a las proteínas identificadas, obteniendo que más del 70% de las lecturas reclutadas respondían a sólo dos familias de relaxasas (MOBP y MOBH). Para el estudio in situ se analizaron muestras marinas colectadas de una zona intermareal en Montemar, región de Valparaíso, en los meses de enero, marzo y julio de 2018. Estas muestras se trataron utilizando distintos protocolos de extracción de ADN, diferenciando ADN total y ADN plasmidial. Se evaluó la presencia de genes codificantes para relaxasas en los distintos tratamientos de las muestras mediante DPMT (Degenerate Primer Mob Typing) donde se logró identificar la presencia de la familia MOBQu mediante esta técnica. Posteriormente se realizó una cuantificación del gen codificante para esta familia mediante q-PCR, obteniendo que la muestra extraída con un kit comercial para extracción de ADN plasmidial se encontraba enriquecida en estos genes. Con estos resultados podemos demostrar que estas estrategias permitieron la identificación de relaxasas y los genes que las codifican en sistema marino, y así inferir la presencia de elementos conjugativos en estos. / The ocean comprises 71% of the Earth's surface, participating in climate control, and providing more than 50% of the oxygen available in the atmosphere. The microbial communities that inhabit marine environments are characterized by being determinant in primary production, diverse in their functions and distribution, and fundamental in the maintenance of biogeochemical cycles. These communities have different strategies to inhabit these environments, since in these there are variations in the abiotic factors, such as temperature, availability of oxygen or salinity, which determine changes at the biotic level. The dynamism of marine environments favors the exchange of genetic information by horizontal gene transfer (HGT). It is reported that conjugation is the mechanism that has a higher rate of occurrence in these environments, so studying the conjugative mobile genetic elements (EGM) is necessary to understand which genes are potentially transferred. This process is initiated when the relaxase enzyme, encoded by the EGM, identifies the origin of transfer (oriT) in the DNA of the element to be transferred, and performs the cut with which the mobilization of the conjugative element to the recipient cell is initiated through the Type IV secretion system (T4SS). This same relaxase enzyme is the one that splices the transferred DNA. A particular issue about this enzyme is that it is a ubiquitous element for the conjugative elements, which converts it together with the genes that code it (mob genes) into markers of gene mobility by conjugation, and therefore in a classification system of these elements. It has been reported that genes transferred in mobilizable or conjugative plasmids are able to confer adaptive capacities to certain microorganisms, such as resistance to antibiotics or heavy metals, while at the community level their effect still requires further V-ix study. In this work we proposed the search and identification of relaxases and mob genes, both in silico and in situ, in marine samples from the Valparaíso region. In silico, 28 proteins with functional domains described for relaxases were identified by using hidden Markov models (HMM) in a metagenome obtained from the "TARA Oceans" project, corresponding to a station located off the coasts of the central region of Chile, also carrying out a quantification of the mob genes corresponding to the identified proteins, obtaining that more than 70% of the readings recruited responded to only two families of relaxases (MOBP and MOBH). For the in situ study, marine samples collected from an intertidal zone in Montemar, Valparaíso region, in the months of January, March and July 2018 were analyzed. These samples were subjected to different protocols for total DNA and plasmid DNA extraction, evaluating the presence of genes coding for relaxases in the different treatments of the samples by means of DPMT (Degenerate Primer Mob Typing) where it was possible to identify the presence of the MOBQu family. A quantification of the gene coding for this family was performed by q-PCR, obtaining that the sample extracted with a commercial kit for plasmid DNA extraction was enriched in these genes. With these results we can demonstrate that these strategies allowed the identification of relaxases and the genes that codify them in the marine system, and thus infer the presence of conjugative elements in them.
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Composición bioquímica y distribución de la materia orgánica sedimentaria y sus efectos sobre la estructura comunitaria de la meiofauna en la plataforma continental frente a Callao.

Pérez Segovia, Alexander January 2012 (has links)
Se estudió la composición y distribución de la materia orgánica sedimentaria en términos de Carbohidratos, Lípidos y Proteínas, así como sus repercusiones sobre la estructura comunitaria de la meiofauna metazoaria (abundancia, biomasa y diversidad a nivel de grandes grupos), además, se estima su rol en el flujo de energía del sub-sistema bentónico mediante el cálculo de la producción secundaria y respiración frente a las costas de Perú Central, Callao (12ºS). Las muestras se recolectaron en el mes de Abril del año 2010, en u n gradiente batimétrico e n cinco estaciones: Estación E1 (48m) y E2 (93m) correspondiente a la plataforma interna, estación E3 (117m) correspondiente a la plataforma intermedia y la estación E4 (143m) y E5 (148m) correspondiente a la plataforma externa. En cada estación se determinaron parámetros fisicoquímicos como oxígeno disuelto, salinidad y temperatura. Asimismo se determinó el contenido de pigmentos otosintéticos (clorofila- a y feopigmentos) en la columna de sedimento. El meiobentos resultó poco diverso a nivel de grandes grupos, presentando biomasas y abundancias moderadamente altas, en el rango de valores típicos reportados para el sublitoral areno fangoso. Los nematodos dominaron la meiofauna metazoaria, constituyendo más del 90% de las densidade s totale s, seguido por el grupo Nemertea, Gastrotrichia y Polychaet a. Las abundancias y biomasas aumentaron hacia las localidades cercanas a la costa, correspondientes a estaciones menos profundas. La distribución vertical de organismos fue significativamente superior en los primeros centímetros de la columna de sedimento. Con respecto a los principales indicadores de calidad de Materia orgánica (Carbohidratos, Lípidos y Proteínas), presentaron mayores concentraciones lábiles hacia las estaciones más someras. Verticalmente, estas concentraciones disminuyeron hacia los centímetros subsuperficiales de la columna de sedimento. La estructura de la comunidad de meiobentos metazoario, estuvo influenciada por la cantidad de materia orgánica biodisponible en términos de sus principales componentes, mientras que la diversidad estuvo determinada por las concentraciones de oxígeno disuelto de fondo, asociadas a la señal remanente del evento El Niño 2009-2010.

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