Triatomíneos (Hemiptera: Reduviidae) conhecidos no Brasil como “barbeiros” são os vetores do flagelado Trypanosoma cruzi, o parasita causador da doença de Chagas, uma das mais importantes doenças parasitárias no continente americano. O estudo da microbiota intestinal dos triatomíneos tem ganhado relevância nos últimos anos dado seu papel potencial em modular a competência vetorial, além do uso de bactérias modificadas geneticamente para inibir o desenvolvimento do inseto ou do parasita. Porém, para um uso prospectivo em estratégias de controle, se requer um bom conhecimento da interação vetor-microbiota-parasita, incluindo a composição da microbiota, rotas de transmissão e a resposta a infecção com T. cruzi. Para responder estas perguntas, neste trabalho foi amostrada a microbiota intestinal de insetos criados em colônias de laboratório de seis espécies representativas dos gêneros Triatoma, Rhodnius e Panstrongylus, usando sequenciamento em larga escala de um fragmento do gene ribossomal 16S. Nosso estudo compara insetos desafiados experimentalmente contra T. cruzi e controles não desafiados, bem como amostras obtidas de intestino e gônadas. Nossos resultados demostram que a microbiota intestinal de triatomíneos tem uma baixa diversidade dentro de indivíduos, pode ser transmitida horizontal ou tanto vertical como horizontalmente, e é altamente variável na sua composição taxonômica dentro de uma mesma espécie de hospedeiro. No entanto, as espécies bacterianas da microbiota padrão são principalmente restritas a Enterobacteriales e Corynebacteriales. Nossos resultados sugerem que desafio com T. cruzi influencia a composição da microbiota de acordo com a susceptibilidade do vetor: nas espécies com infecção não detectável, ela é variável entre os grupo desafiado e o controle, mas nas espécies com infecção detectável, ela permanece em sua maioria sem mudanças. Nossas observações são discutidas à luz do nosso conhecimento sobre a resposta imune do inseto e sobre a capacidade do parasita de modulá-la. Nós consideramos que, embora a diversidade da microbiota ser altamente variável entre espécies e indivíduos, grupos taxonômicos-chave definem a microbiota padrão intestinal dos triatomíneos, permitindo-nos explorar o papel dos simbiontes na nutrição e defesa do hospedeiro. Finalmente, nós sugerimos caminhos através dos quais novas pesquisas sobre a regulação fisiológica dos triatomíneos pela microbiota intestinal podem ser realizados a fim de avaliar a sua resposta posterior contra T. cruzi e ser usada como indicador de susceptibilidade dos insetos à infecção pelo o parasita. / Triatomine bugs (Hemiptera: Reduviidae) known in Brazil as “barbeiros” are the vectors of flagellate Trypanosoma cruzi, the causative agent of the Chagas disease, one of the most important parasitic diseases in the American continent. The study of triatomine gut microbiota has gained relevance in the last years given its potential role to modulate vector competence, besides the use of genetically modified bacteria to inhibit the development of either insects or parasites. However, for a prospective use in control strategies, a good understanding of the vector-microbiota-parasite interactions is required, including microbiota composition, its transmission routes, and its responses to T. cruzi infection. To answer these questions, we sampled the gut microbiota of colony-reared insects of six representative species of the genera Triatoma, Rhodnius and Panstrongylus, using high throughput sequencing of a fragment of the ribosomal gene 16S. Our study compares experimental T. cruzi-challenged and non-challenged control individuals, as well as samples obtained from guts and gonads. Our results demonstrate that the triatomine gut microbiota has a low intra-individual diversity, is either horizontally or both horizontally and vertically transmissible, and is highly variable in its taxonomic composition within the same host species. Nevertheless, bacterial species of the core microbiota are mostly restricted to Enterobacteriales and Corynebacteriales. T. cruzi-challenge seems to influence microbiota composition according to vector susceptibility: in species with non-detectable infection, it is variable between experimentally challenged and non-challenged vectors, while in species with detectable infection, the microbiota remains mostly undisturbed. This latter observation is discussed in the light of insect immune responses and the parasite capacity of modulating it. We consider that, although the microbiota diversity is highly variable between species and individuals, key taxonomic groups define the core triatomine gut microbiota, allowing us to explore their symbiotic role in host nutrition and defense. Finally, we suggest avenues through which new research on triatomine physiological regulation of gut microbiota could be conducted in order to evaluate its subsequent response to T. cruzi and be used as indicator of infection susceptibility to the parasite.

Submitted by DAIANA CAVALLI null (daiana.cavalli@gmail.com) on 2017-02-17T11:12:38Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINALIZADA + FICHA CATALOGRÁFICA DAIANA CAVALLI.pdf: 2334414 bytes, checksum: fb47eeb7d11ed5a1b0e89770fef8b691 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-21T20:10:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cavalli_d_me_sjc.pdf: 2334414 bytes, checksum: fb47eeb7d11ed5a1b0e89770fef8b691 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T20:10:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cavalli_d_me_sjc.pdf: 2334414 bytes, checksum: fb47eeb7d11ed5a1b0e89770fef8b691 (MD5) Previous issue date: 2016-12-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os objetivos deste trabalho são: 1) Quantificar por checkerboard a carga microbiana e pelo método de LAL endotoxinas (EU/mL) nas infecções endodônticas primárias; 2) Realizar o monitoramento dos níveis de endotoxinas (EU/mL) e de carga microbiana antes do tratamento, após o preparo biomecânico com sistemas de instrumentação rotatória, reciprocante e híbrida e após o uso da medicação intracanal; 3) Relacionar sinais e sintomas clínicos com níveis de endotoxinas, micro-orgnismos e com complexos bacterianos; 4) Relacionar volumetria dos canais radiculares por meio de TCFC com níveis de endotoxina, micro-organismos e complexos bacterianos. Trinta dentes com infecção endodôntica primária e presença de lesão periapical foram submetidos a TCFC antes do tratamento e avaliados quanto a presença de sinais e sintomas clínicos. Após abertura coronária, foi realizada a coleta inicial nos canais radiculares, e em seguida, procedeu-se com o tratamento endodôntico, sendo os dentes divididos em diferentes grupos experimentais de acordo com o sistema de instrumentação utilizado (n=10): rotatório Mtwo (MTWO), reciprocante Reciproc (REC), e híbrido Genius (GEN). Durante o preparo biomecânico, os canais foram irrigados com 24 mL de NaOCl 2,5%. Foram realizadas coletas do conteúdo dos canais radiculares: logo após a abertura coronária (1 col), após a instrumentação (2 col), e após a MIC por 14 dias, realizada com pasta de hidróxido de cálcio associada a solução salina fisiológica (3 col). A detecção de micro-organimos foi realizada pelo teste checkerboard DNA-DNA hybridization. A quantificação de endotoxinas foi realizada pelo teste cinético cromogênio do lisado de amebócito de Limulus. As volumetrias dos canais radiculares foram realizadas com auxílio do software Nemotec®. Todos os dados foram analisados estatisticamente. Os resultados mostraram a detecção de micro-organismos e endotoxinas em 100% das amostras iniciais, sendo as bactérias C. ochracea e F. nucleatum as mais prevalentes (53%). Após o PBM, os micro-organismos mais encontrados foram F. nucleatum e L. buccalis (50%); e após a MIC C. gracilis (53,3%). Não houve diferença estatística entre os grupos quanto à redução da carga microbiana. Quanto as endotoxinas, logo após o PBM, o grupo que mais reduziu foi o MTWO, seguido por GEN e REC; após a MIC, o grupo que mais reduziu foi o GEN, seguido pelo MTWO e REC, porém todos os grupos se comportaram de maneira semelhante. Dor espontânea foi relacionada com P. nigrescens; dor a percussão com P. gingivalis, V. parvula, S. sputigena, P. nigrescens e E. saburreum; presença de fístula foi relacionada com o complexo laranja, Gram-positivas e anaeróbios facultativos, e micro-organismos E. corrodens, P. micra, C. showae e E. saburreum. O maior volume do canal radicular foi correlacionado fortemente com anaeróbios estritos, com o complexo laranja e o micro-organismo P. micra. O PBM foi efetivo na redução de bactérias e endotoxinas do canal radicular, mas sem diferença estatística entre os três sistemas utilizados. Conclui-se que o PBM com NaOCl 2,5% é eficaz na redução de endotoxinas e na remoção de micro-organimos do canal radicular; sinais e sintomas são relacionados com micro-organismos, assim como a volumetria do canal radicular. / The aims of this study are: 1) Quantify by checkerboard test the microbial load and endotoxins through LAL method (EU/ml) in primary endodontic infections; 2) To monitore levels of endotoxin (EU/ml) and microbial load before treatment, after biomechanical preparation with rotatory, reciprocating and hybrid instrumentation systems, and after use of intracanal medication; 3) To associate clinical signs and symptoms with endotoxin levels, microorganism and bacterial complexes; 4) To relate volumes of root canals through cone beam computed tomography (CBCT), with endotoxin levels, microorganisms and bacterial complexes. Thirty teeth with primary endodontic infection and periapical lesion were submitted to endodontic treatment after CBCT and evaluated the presence of clinical signs and symptoms. After coronary opening, the initial samples were collected to verify the presence of infection in root canals. Then, teeth were divided into different experimental groups according to the instrumentation system used (n=10): rotatory Mtwo (MTWO), reciprocating Reciproc (REC), and hybrid Genius (GEN). During biomechanical preparation, the canals were irrigated with 24 mL of 2.5% NaOCl. Samples were collected: after coronary opening (S1), after the instrumentation (S2) and after intracanal medication for 14 days with calcium hydroxide paste and physiological saline solution (S3). The detection of microorganisms was performed by checkerboard DNA-DNA hybridization technique. The endotoxin quantification was performed by chromogenic kinetic test of the Limulus amoebocyte lysate. The root canal volumetries were performed by Nemotec® software. All data were analyzed statistically. The results showed the detection of microorganisms and endotoxins in 100% of the S1, with the most prevalent bacteria being C. ochracea and F. nucleatum (53%). After biomechanical preparation, the most found microorganisms were F. nucleatum and L. buccalis (50%); And after intracanal medication C. gracilis (53.3%). There was no statistical difference between the groups regarding the reduction of the microbial load. In relation to endotoxins, after biomechanical preparation, the group with greatest reduction was MTWO, followed by GEN and REC; after intracanal medication, the group with greatest reduction was GEN, followed by MTWO and REC, but there was no statistical difference between them. Spontaneous pain was associated to P. nigrescens; tenderness to percussion with P. gingivalis, V. parvula, S. sputigena, P. nigrescens and E. saburreum; sinus tract was related to the orange complex, Gram-positive and facultative anaerobes, and microorganisms E. corrodens, P. micra, C. showae and E. saburreum. The root canal volume was strongly correlated with strict anaerobes, with the orange complex and the P. micra microorganism. Biomechanical preparation was effective in decreasing bacteria and endotoxin, but with no statistical difference were found between the three systems. Microorganisms are related to signs and symptoms and to root canal volume. In conclusion, biomechanical preparation with 2.5% NaOCl was effective on reducing endotoxins and decreasing microorganisms from root canals; signs and symptoms are related to microorganisms as well as root canal volumetry.

Kunskapen och undersökningarna kring tarmfloran och dess koppling till flera sjukdomar ökar i snabb takt samtidigt som underliggande faktorer för utveckling av metabola syndromet blir allt vanligare. Den västerländska livsstilen med minskad fysisk aktivitet och ökad kroppsvikt leder till allt fler hjärt- och kärlsjukdomar. Studier tyder på att personer med övervikt, diabetes och andra sjukdomar har annorlunda sammansättning av tarmfloran jämfört med friska personer, men orsaken till variationerna är inte helt klarlagd. Genom analys av sju vetenskapliga artiklar undersöktes tarmflorans betydelse för faktorer inkluderade i metabola syndromet, samt om pro- eller prebiotikas effekter är av betydelse. Denna litteraturstudie gav varierande resultat beroende på vilken typ av pro- eller prebiotika som intogs, och sammantaget krävs fler studier för att kartlägga tarmflorans koppling till bland annat blodtryck, body mass index (BMI) och glukostolerans.

Antibiotics have been included in poultry feeds to improve growth performance. However, it is a concern that pathogens have become increasingly resistant to antibiotics. Lysozyme is a potential replacement for antibiotics. A trial with or without heat stress was conducted to investigate different inclusion levels (0, 50, 100 and 200ppm) of lysozyme on broiler chickens. Another two trials were conducted using clean or used litter to determine the effect of 100 ppm lysozyme on broiler chickens in each period of the growth cycle. Birds fed the 50 ppm treatment had heavier weight than birds fed the 200 ppm treatment on day 35 (P<0.05). When used litter was provided, feeding lysozyme to birds from days 5-14 and throughout the trial reduced the number of E. coli in the ileum compared with feeding antibiotic to birds (P<0.05). Dietary lysozyme positively influences bacterial numbers in the gastrointestinal tract of broiler chickens.

Intestinal dwelling parasites live in close association with the complex microbiota that inhabit our intestinal tracts. The intestinal helminth, Trichuris muris, depends on these bacteria for egg hatching and successful establishment of infection within the epithelium of the caecum and colon. Infection causes significant alterations to the host intestinal microbiota, including a decrease in bacterial diversity and shifts in proportions of certain bacterial groups. This is accompanied by a decrease in Foxp3+ regulatory T cells and changes to the metabolic potential of the host microbiota, consequently impacting host health. However, the factor(s) driving these changes and the existence and role of its own intestinal microbiota is unknown. Infection of C57BL/6 and immunodeficient SCID mice with a high dose (~ 200 embryonated eggs) and a low dose (~ 20 embryonated eggs) of T. muris was used to determine the impact of worm burden and the adaptive immune system on the host intestinal microbiota, in comparison to naïve controls. Microbiota analysis was performed by 16S rRNA gene denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and Illumina sequencing. This revealed that infection-induced microbiota changes were dose dependent and high level infection caused an increase in the Bacteroidaceae and Enterobacteriaceae families, independently of the host adaptive immune system. Development of a surface sterilisation protocol enabled the internal T. muris microbiota to be analysed by 16S rRNA gene DGGE and fluorescence in situ hybridisation (FISH). The resulting data indicated that T. muris requires its own diverse intestinal microbiota that is derived from, but distinct to, that of its host. A core microbiota is selected and maintained by the parasite regardless of the surrounding host microbiota. The parasite microbiota is important for its fitness, shown in vitro using an antibiotic motility assay and in vivo using germ free (GF) mice. Furthermore, infection with T. muris causes a significant reduction in caecal butyrate concentrations and consequently a decrease in the expression of butyrate transporters in caecal tissue. Interestingly, the T. muris microbiota is able to produce the short-chain fatty acid (SCFA) butyrate, which the parasite is unable to make itself yet secretes into its local environment. Together these strategies promote the long term survival of T. muris within the intestinal niche, adding a new level of complexity to the interaction between the pathogen, the host and their respective microbiotas that underpins successful chronic nematode infection.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-07-20T16:40:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 281346 bytes, checksum: 04fa932d4242f545d20fc6aded1c4ff4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-20T16:40:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 281346 bytes, checksum: 04fa932d4242f545d20fc6aded1c4ff4 (MD5) Previous issue date: 2002-02-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Com o objetivo de reduzir a contaminação microbiológica de carcaças de aves resfriadas, avaliou-se o efeito de diferentes concentrações de extrato de alho no controle da microbiota mesofílica aeróbia estrita e facultativa, coliformes totais e fecais e Salmonella. Verificou-se com 0 dias de estocagem que, mesmo para as maiores concentrações de extrato de alho usadas, a redução no número de células viáveis dessa microbiota foi de 0,04; 0,31 e 0,51 ciclos logarítmicos para as concentrações de 5, 10 e 15%, respectivamente, quando comparada com 0% de extrato de alho. Decorridos 3 dias de estocagem, à temperatura de refrigeração, observou-se que não houve alteração nessa microbiota. Entretanto, com 6 dias de estocagem, observou-se que ocorreu uma retomada do crescimento da microbiota em carcaças submetidas a todos os tratamentos, sendo esse crescimento menos intenso à medida que se aumentava a concentração do extrato de alho. Apesar da microbiota atingir 10 6 UFC/mL, não se observou odor pútrido nem presença de viscosidade na superfície da carcaça tratada com 5, 10 e 15% de extrato de alho. Com 9 dias de estocagem, não houve diferença evidente entre os tratamentos com 10% e 15% de xextrato de alho. O efeito do extrato de alho sobre a microbiota de coliformes totais e fecais mostrou que logo após o abate (dia 0) o uso de extrato de alho na água do resfriamento levou a uma redução média de cerca de 0,5 ciclos logarítmicos na contagem de coliformes totais para cada incremento de 5% na concentração de extrato de alho. Essas reduções foram menores nas contagens de coliformes fecais. Após 3 dias de estocagem sob refrigeração, as contagens de coliformes totais e fecais no tratamento com 0% de extrato de alho permaneceram basicamente inalteradas e diminuíram cerca de 1 ciclo logarítmico nos tratamentos que usaram extrato de alho. Aos 6 e 9 dias de estocagem, as carcaças não tratadas com extrato de alho e tratadas com 5% de extrato de alho, respectivamente, já evidenciavam deterioração, a adição de extrato de alho à água de resfriamento mantinha as contagens de coliformes totais e fecais basicamente inalteradas em relação ao 3° dia de estocagem. Na avaliação in vitro do desenvolvimento de S. anatum observou-se, ao longo do período de estocagem, que as diferentes concentrações de extrato de alho não foram capazes de inibir o crescimento do patógeno. Há indicação da presença de salmonela nas carcaças analisadas no período de 0 e 3 dias. Somente nas carcaças tratadas com 15% de extrato de alho após 3 dias de estocagem não foi possível identificar esse patógeno. Após 6 e 9 dias de estocagem, não foi detectada a presença de Salmonella em nenhum dos tratamentos. Observou-se que as carcaças que não foram tratadas com extrato de alho (0%) se apresentavam mais pigmentadas, enquanto que nas carcaças tratadas com 5, 10 e 15% de extrato de alho ocorreu uma descoloração da cor da pele quando comparada com aquela não tratada com extrato de alho (0%). Os resultados obtidos indicam a possibilidade de uso do extrato de alho na água do tanque de resfriamento como alternativa para controlar a contaminação bacteriana. / The effect of different concentration of garlic aqueous extract was evaluated as a mean to control Salmonella and mesophilic aerobic estrict and facultative, fecal and total coliform counts in refrigerated poultry carcasses. It was verificaed that after 0 days of storage, even with the highest concentration of the garlic extract in the chilling water, the reduction viable mesophilic aerobic cells was 0,04; 0,31 and 0,51 log cycles for 5, 10 and 15% concentration respectively. After 3 days of refrigerated storage, it was observed that there was no change on these cells counts. However, after 6 days of storage, it was observed that these cells reinitiated their growth in every treatment applied. However, this growth was less intensive when higher the concentration of the garlic extract was used. Even though the microbiota reached 10 6 UFC/ml, nor rotten smell, nor surface of viscosity was observed on the surface of those carcass treated with 5, 10 and 15% of garlic extract. After 9 days of storage there was no difference between 10 and 15% garlic extract treatments. The effect of the garlic extract over the microbiota of fecal and total coliform revealed that immediately after slaughter (day 0) the use of garlic aqueous extract in the carcass chilling water lead to an average reduction of 0,5 cycles on the total coliform counts for each increment (0,5%) on the garlic aqueous extract concentration. The reductions were lower on the fecal coliform counts. After 3 days of refrigerated xiistorage the total and fecal coliform counts remaining basically at the same level in the 0% garlic aqueous extract and decreased by about 1 log cycle in the treatments containing garlic aqueous extract. After 6 and 9 days of storage while the carcasses from 0% garlic aqueous extract treatment and of that of the 5% garlic aqueous extract treatment, respectively, already showed sigres of deterioration, the addition of garlic extract to the chilling water kept both the total and fecal coliform counts basically unaltered in relation to the third day of storage. In the in vitro evaluation of the development of S. anatum it was observed, along the storage períod, that the different concentrations of garlic aqueous extract were not capable to ihibit the pathogen growth. The presence of Salmonella in the carcass, which were treated, with different concentration of garlic extract, was observed in the period from 0 to 3 days of storage. Only on the carcass treated with 15% of garlic extract, it wasn’t possible to isolate this pathogen. For period from 6 to 9 days, this microorganism wasn’t found in any of the treatments. It was observed that carcasses, of the 0% garlic aqueous extract treatment presented a reddish skin, whereas those treated with 5, 10 and 15% of the garlic aqueous extract, had a whiter skin color. The results indicate that the use of garlic extract in the poultry meat chilling water might be a viable alternative to control bacteria contamination.

CARVALHO, V. L. Fungos isolados de sirênios e cetáceos no brasil: uma abordagem fenotípica, genotípica, diagnóstica e de virulência. 2015. 129 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-10-03T15:49:36Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_vlcarvalho.pdf: 1968760 bytes, checksum: ae1c1743825089a0b61ba0c31e597c62 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-10-03T15:50:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_vlcarvalho.pdf: 1968760 bytes, checksum: ae1c1743825089a0b61ba0c31e597c62 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-03T15:50:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_vlcarvalho.pdf: 1968760 bytes, checksum: ae1c1743825089a0b61ba0c31e597c62 (MD5) Previous issue date: 2015-07-30 / The aim of this study was to isolate Sirenia fungi and cetaceans in Brazil to investigate phenotypic aspects, genotypic, diagnostics and virulence. Thus, it was collected with sterile swabs, oral cavity material, nostril / blowhole, genital opening and / or rectum of 104 animals, including 50-manatees of-Amazon (inunguis Trichechus), 33 manatees Navy ( T. manatus), 13 porpoises-red (Inia geoffrensis), three dwarf sperm whales (Kogia sima), two dolphins head-to-melon (Peponocephala electra) a pygmy sperm whale (K. breviceps), a sperm whale (Physeter macrocephalus) and a humpback whale (Megaptera novaeangliae). Among these animals, one Amazonian manatee eight manatees navy had suspected ringworm skin lesions, performed skin scrapings. The swabs were plated onto Sabouraud agar plates containing chloramphenicol, maintained at 37 ° C for five days, while skin scales were seeded in tubes containing Sabouraud agar with chloramphenicol at 25 ° C for ten days. The yeasts were identified by biochemical tests, micromorphology, automated system Vitek, PCR, RFLP and / or sequencing as filamentous fungi were identified by the macro and micromorphology. The strains of Candida spp. (N = 114) obtained were subjected to the broth microdilution test for evaluation of the sensitivity profile to antifungals itraconazole, fluconazole and amphotericin B and the test production of virulence factors (phospholipases, proteases and biofilm). Yeast C. albicans species were submitted to molecular typing by MLST. Two cases of skin surface mycoses in sirenians been diagnosed, a mixed levedurose by C. tropicalis and Trichosporon asahii and a case phaeohyphomycosis by Bipolaris hawaiiensis, and an outbreak of Fusarium (Fusarium sp.). 155 strains were isolated, and 112 inunguis T. (40 Candida albicans, 14 C. parapsilosis strictly speaking, 3 C. metapsilosis, 4 C. orthopsilosis, 9 C. guilliermondii, C. pelliculosa 3, 2 C. tropicalis, 2 C . glabrata, C. famata, 1, 1 C. krusei, C. norvegensis 1, C 1 Ciferri, 22 Trichosporon sp., 6 T.asahii, 2 Rhodotorula sp., Cryptococcus laurentii 1) T. manatus 29 (12 C. albicans, C. tropicalis,4 4 C. famata, C. guilliermondii 3, 1 C. krusei, 1 Rhodotorula sp., 2 R. mucilaginosa, R 1 minute, 1 Trichosporon sp.) and 14 cetaceans (6 C. tropicalis, C. parapsilosis 2, 2 C. famata, 1 Candida sp., 3 Cryptococcus sp.). The minimum inhibitory concentrations (MICs) to amphotericin B ranged from 0.03 to 1μg / ml, resistant strains were observed. The MICs of itraconazole and fluconazole ranged from 0.03 to 16 g / ml and 0.125 to 64 mg / ml, respectively, and found resistance to at least one drug in 34.2% of the isolates, especially C. albicans and C. tropicalis. As for the virulence factors tested, 50% phospholipases produced with high frequency in C. albicans; 50% produced proteases, with a higher prevalence in C. albicans and C. tropicalis; and 35% produced biofilm in varying scales, with higher prevalence in C. tropicalis, and C. orthopsilosis. Molecular typing was performed with 45 strains of C. albicans, yielding genotypes from six clades among the 18 species existing for varying according to the host and geographic location. Based on the above, this study represents a systematic, multidisciplinary contribution about mycology aquatic mammals. / O objetivo desse trabalho foi isolar fungos de sirênios e cetáceos no Brasil, visando investigar aspectos fenotípicos, genotípicos, diagnósticos e de virulência. Para tanto, foi coletado‚ com swabs estéreis‚ material da cavidade oral‚ narina/espiráculo‚ abertura genital e/ou reto de 104 animais, incluindo 50 peixes-bois-da-Amazônia (Trichechus inunguis), 33 peixes-bois-marinho (T. manatus), 13 botos-vermelhos (Inia geoffrensis), três cachalotes-anão (Kogia sima), dois golfinhos-cabeça-de-melão (Peponocephala electra)‚ um cachalote-pigmeu (K. breviceps)‚ um cachalote (Physeter macrocephalus) e uma baleia-jubarte (Megaptera novaeangliae). Dentre estes animais, um peixe-boi-da-Amazônia e oito peixes-boi-marinho apresentaram lesões suspeitas de micose cutânea, sendo realizados raspados de pele. Os swabs foram semeados em placas contendo ágar Sabouraud com cloranfenicol‚ mantidas a 37ºC por cinco dias, enquanto as escamas de pele foram semeadas em tubos contendo ágar Sabouraud com cloranfenicol a 25ºC por dez dias. As leveduras isoladas foram identificadas através de provas bioquímicas, micromorfologia, sistema automatizado Vitek, PCR, RFLP e/ou sequenciamento, enquanto os fungos filamentosos foram identificados pela macro e micromorfologia. As cepas de Candida spp. (n=114) obtidas foram submetidas ao teste de microdiluição em caldo para avaliação do perfil de sensibilidade aos antifúngicos itraconazol‚ fluconazol e anfotericina B e aos testes de produção de fatores de virulência (fosfolipases, proteases e biofilme). Leveduras da espécie C. albicans foram submetidas à tipagem molecular por MLST. Foram diagnosticados dois casos de micoses superficiais cutâneas em sirênios, sendo uma levedurose mista por C. tropicalis e Trichosporon asahii e um caso de feohifomicose por Bipolaris hawaiiensis, bem como um surto de fusariose (Fusarium sp.). Foram isoladas 155 cepas‚ sendo 112 de T. inunguis (40 Candida albicans‚ 14 C. parapsilosis sensu stricto‚ 3 C. metapsilosis, 4 C. orthopsilosis, 9 C. guilliermondii‚ 3 C. pelliculosa‚ 2 C. tropicalis‚ 2 C. glabrata‚ 1 C. famata‚ 1 C. krusei‚ 1 C. norvegensis‚ 1 C. ciferri‚ 22 Trichosporon sp.‚ 6 T.asahii, 2 Rhodotorula sp., 1 Cryptococcus laurentii), 29 de T. manatus (12 C. albicans‚ 4 C. tropicalis‚4 C. famata‚ 3 C. guilliermondii‚ 1 C. krusei‚ 1 Rhodotorula sp.‚ 2 R. mucilaginosa, 1 R. minuta, 1 Trichosporon sp.) e 14 de cetáceos (6 C. tropicalis, 2 C. parapsilosis, 2 C. famata, 1 Candida sp., 3 Cryptococcus sp.). As concentrações inibitórias mínimas (CIMs) para anfotericina B variaram de 0‚03 a 1µg/mL‚ não sendo observadas cepas resistentes. As CIMs de itraconazol e fluconazol variaram de 0‚03 a 16 µg/ml e de 0‚125 a 64 µg/ml‚ respectivamente‚ sendo constatada resistência a pelo menos uma droga em 34‚2% dos isolados, com destaque para C. albicans e C. tropicalis. Quanto aos fatores de virulência testados, 50% produziram fosfolipases, com elevada frequência em C. albicans; 50% produziram proteases, com maior prevalência em C. albicans e C. tropicalis; e 35% produziram biofilme em escalas variáveis, com maior prevalência em C. tropicalis e C. orthopsilosis. A tipagem molecular foi realizada com 45 cepas de C. albicans, obtendo-se genótipos pertencentes a seis clados dentre os 18 existentes para a espécie, variando de acordo com o hospedeiro e localização geográfica. Baseado no exposto, esse estudo representa uma contribuição sistemática e multidisciplinar acerca da micologia de mamíferos aquáticos.

Para melhor compreender o papel dos micro-organismos nas doenças da cavidade bucal, é necessário inicialmente avaliar a diversidade microbiana naturalmente existente em indivíduos saudáveis, além de sua distribuição espacial na cavidade bucal. Muitos estudos são conduzidos elucidando o papel do biofilme e das bactérias na saúde bucal, porém poucas pesquisas focaram na atuação das leveduras. Neste sentido, o objetivo do presente trabalho foi avaliar a diversidade e distribuição de leveduras do gênero Candida na microbiota bucal de indivíduos saudáveis. Foram coletadas amostras da boca pacientes adultos saudáveis. Foram obtidas amostras de 9 diferentes habitats da boca: bochechas direita e esquerda, assoalho da boca, palato, língua dorsal, língua ventral, dente molar, vestíbulo labial e saliva. Foram avaliados 100 pacientes com uma média de 28 dentes. Quarenta e nove indivíduos apresentaram leveduras na sua microbiota bucal. Candida albicans foi o micro-organismo mais prevalente (49%), seguido de Candida krusei, Candida parapsilosis, Meyerozyma guilliermondii (C. guilliermondii), Candida glabrata, Candida tropicalis e Candida dubliniensis. A associação das leveduras encontradas e os habitats bucais sugeriu que comunidades leveduriformes podem distinguir-se entre os diferentes tecidos da cavidade bucal. A língua (dorsal e ventral) apresentou colonização específica, caracterizada pelas espécies C. tropicalis e C. dubliniensis. De forma semelhante, a microbiota dos habitats revestidos por mucosa foi análoga. A microbiota da língua e dos tecidos duros assemelhou-se entre si em menor intensidade. Estes resultados introduzem a dimensão espacial desta diversidade microbiana que vem sendo estudada, complementando as informações obtidas nos estudos do microbioma humano. / To better understand the role of microorganisms in the diseases of the oral cavity, first it is necessary to evaluate the natural microbial diversity in healthy individuals, as well as their spatial distribution in the oral cavity. Many studies are conducted elucidating the role of biofilms and bacteria in oral health, but few research has focused on the yeast’s performance. In this sense, the objective of this study was to evaluate the diversity and distribution of Candida species in the oral microbiota of healthy individuals. Samples were colleted from the mouth of healthy adults. Samples of 9 different mouth habitats were obtained: right and left cheeks, floor of the mouth, palate, dorsal tongue, ventral tongue, molar tooth, labial vestibule and saliva. We evaluated 100 patients with an average of 28 teeth. Forty-nine subjects had yeasts in their oral microbiota. Candida albicans was the most prevalent microorganism (49%), followed by Candida krusei, Candida parapsilosis, Meyerozyma guilliermondii (C. guilliermondii), Candida glabrata, Candida tropicalis and Candida dubliniensis. The association found between the yeasts and oral habitats suggested that communities can be distinguished by the different tissues of the oral cavity. The tongue (dorsal and ventral) presented specific colonization, characterized by the species C. tropicalis, and C. dubliniensis. Similarly, the microbiota of the mucous habitats was similar. The microbiota of the tongue and hard tissue resembled each other in a lesser degree. These results introduce the spatial dimension of the microbial diversity that has been studied, complementing the information obtained in the human microbiome research.

Triatomíneos (Hemiptera: Reduviidae) conhecidos no Brasil como “barbeiros” são os vetores do flagelado Trypanosoma cruzi, o parasita causador da doença de Chagas, uma das mais importantes doenças parasitárias no continente americano. O estudo da microbiota intestinal dos triatomíneos tem ganhado relevância nos últimos anos dado seu papel potencial em modular a competência vetorial, além do uso de bactérias modificadas geneticamente para inibir o desenvolvimento do inseto ou do parasita. Porém, para um uso prospectivo em estratégias de controle, se requer um bom conhecimento da interação vetor-microbiota-parasita, incluindo a composição da microbiota, rotas de transmissão e a resposta a infecção com T. cruzi. Para responder estas perguntas, neste trabalho foi amostrada a microbiota intestinal de insetos criados em colônias de laboratório de seis espécies representativas dos gêneros Triatoma, Rhodnius e Panstrongylus, usando sequenciamento em larga escala de um fragmento do gene ribossomal 16S. Nosso estudo compara insetos desafiados experimentalmente contra T. cruzi e controles não desafiados, bem como amostras obtidas de intestino e gônadas. Nossos resultados demostram que a microbiota intestinal de triatomíneos tem uma baixa diversidade dentro de indivíduos, pode ser transmitida horizontal ou tanto vertical como horizontalmente, e é altamente variável na sua composição taxonômica dentro de uma mesma espécie de hospedeiro. No entanto, as espécies bacterianas da microbiota padrão são principalmente restritas a Enterobacteriales e Corynebacteriales. Nossos resultados sugerem que desafio com T. cruzi influencia a composição da microbiota de acordo com a susceptibilidade do vetor: nas espécies com infecção não detectável, ela é variável entre os grupo desafiado e o controle, mas nas espécies com infecção detectável, ela permanece em sua maioria sem mudanças. Nossas observações são discutidas à luz do nosso conhecimento sobre a resposta imune do inseto e sobre a capacidade do parasita de modulá-la. Nós consideramos que, embora a diversidade da microbiota ser altamente variável entre espécies e indivíduos, grupos taxonômicos-chave definem a microbiota padrão intestinal dos triatomíneos, permitindo-nos explorar o papel dos simbiontes na nutrição e defesa do hospedeiro. Finalmente, nós sugerimos caminhos através dos quais novas pesquisas sobre a regulação fisiológica dos triatomíneos pela microbiota intestinal podem ser realizados a fim de avaliar a sua resposta posterior contra T. cruzi e ser usada como indicador de susceptibilidade dos insetos à infecção pelo o parasita. / Triatomine bugs (Hemiptera: Reduviidae) known in Brazil as “barbeiros” are the vectors of flagellate Trypanosoma cruzi, the causative agent of the Chagas disease, one of the most important parasitic diseases in the American continent. The study of triatomine gut microbiota has gained relevance in the last years given its potential role to modulate vector competence, besides the use of genetically modified bacteria to inhibit the development of either insects or parasites. However, for a prospective use in control strategies, a good understanding of the vector-microbiota-parasite interactions is required, including microbiota composition, its transmission routes, and its responses to T. cruzi infection. To answer these questions, we sampled the gut microbiota of colony-reared insects of six representative species of the genera Triatoma, Rhodnius and Panstrongylus, using high throughput sequencing of a fragment of the ribosomal gene 16S. Our study compares experimental T. cruzi-challenged and non-challenged control individuals, as well as samples obtained from guts and gonads. Our results demonstrate that the triatomine gut microbiota has a low intra-individual diversity, is either horizontally or both horizontally and vertically transmissible, and is highly variable in its taxonomic composition within the same host species. Nevertheless, bacterial species of the core microbiota are mostly restricted to Enterobacteriales and Corynebacteriales. T. cruzi-challenge seems to influence microbiota composition according to vector susceptibility: in species with non-detectable infection, it is variable between experimentally challenged and non-challenged vectors, while in species with detectable infection, the microbiota remains mostly undisturbed. This latter observation is discussed in the light of insect immune responses and the parasite capacity of modulating it. We consider that, although the microbiota diversity is highly variable between species and individuals, key taxonomic groups define the core triatomine gut microbiota, allowing us to explore their symbiotic role in host nutrition and defense. Finally, we suggest avenues through which new research on triatomine physiological regulation of gut microbiota could be conducted in order to evaluate its subsequent response to T. cruzi and be used as indicator of infection susceptibility to the parasite.

Orientador: Marcia Carneiro Valera Garakis / Coorientador: Flávia Goulart da Rosa Cardoso / Banca: Claudio Talge Carvalho / Banca: Flaviana Bombarda de Andrade / Resumo: Os objetivos deste trabalho são: 1) Quantificar por checkerboard a carga microbiana e pelo método de LAL endotoxinas (EU/mL) nas infecções endodônticas primárias; 2) Realizar o monitoramento dos níveis de endotoxinas (EU/mL) e de carga microbiana antes do tratamento, após o preparo biomecânico com sistemas de instrumentação rotatória, reciprocante e híbrida e após o uso da medicação intracanal; 3) Relacionar sinais e sintomas clínicos com níveis de endotoxinas, micro-orgnismos e com complexos bacterianos; 4) Relacionar volumetria dos canais radiculares por meio de TCFC com níveis de endotoxina, micro-organismos e complexos bacterianos. Trinta dentes com infecção endodôntica primária e presença de lesão periapical foram submetidos a TCFC antes do tratamento e avaliados quanto a presença de sinais e sintomas clínicos. Após abertura coronária, foi realizada a coleta inicial nos canais radiculares, e em seguida, procedeu-se com o tratamento endodôntico, sendo os dentes divididos em diferentes grupos experimentais de acordo com o sistema de instrumentação utilizado (n=10): rotatório Mtwo (MTWO), reciprocante Reciproc (REC), e híbrido Genius (GEN). Durante o preparo biomecânico, os canais foram irrigados com 24 mL de NaOCl 2,5%. Foram realizadas coletas do conteúdo dos canais radiculares: logo após a abertura coronária (1 col), após a instrumentação (2 col), e após a MIC por 14 dias, realizada com pasta de hidróxido de cálcio associada a solução salina fisiológica (3 col). A detecç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aims of this study are: 1) Quantify by checkerboard test the microbial load and endotoxins through LAL method (EU/ml) in primary endodontic infections; 2) To monitore levels of endotoxin (EU/ml) and microbial load before treatment, after biomechanical preparation with rotatory, reciprocating and hybrid instrumentation systems, and after use of intracanal medication; 3) To associate clinical signs and symptoms with endotoxin levels, microorganism and bacterial complexes; 4) To relate volumes of root canals through cone beam computed tomography (CBCT), with endotoxin levels, microorganisms and bacterial complexes. Thirty teeth with primary endodontic infection and periapical lesion were submitted to endodontic treatment after CBCT and evaluated the presence of clinical signs and symptoms. After coronary opening, the initial samples were collected to verify the presence of infection in root canals. Then, teeth were divided into different experimental groups according to the instrumentation system used (n=10): rotatory Mtwo (MTWO), reciprocating Reciproc (REC), and hybrid Genius (GEN). During biomechanical preparation, the canals were irrigated with 24 mL of 2.5% NaOCl. Samples were collected: after coronary opening (S1), after the instrumentation (S2) and after intracanal medication for 14 days with calcium hydroxide paste and physiological saline solution (S3). The detection of microorganisms was performed by checkerboard DNA-DNA hybridization technique. The endotoxin quantification was performed by chromogenic kinetic test of the Limulus amoebocyte lysate. The root canal volumetries were performed by Nemotec® software. All data were analyzed statistically. The results showed the detection of microorganisms and endotoxins in 100% of the S1, with the most prevalent bacteria being C. ochracea and F. nucleatum (53%). After biomechanical preparation, the most found microorganisms were F. nucleatum.. (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo / Mestre