Cette thèse traite du problème de la gestion des documents structurés multimédia dans un SGBD. Par gestion, nous entendons la modélisation, la manipulation, le stockage et l'accès aux documents. Nous présentons un modèle de Documents Structurés de Bureau (DSB) et une algèbre associée pour réaliser la spécification précise des aspects fonctionnels : opérateurs de construction et restructuration des objets manipulés et fonctions d'accès. Le stockage et l'accès sont implémentés au niveau fonctionnel sous forme d'opérations sur des documents en prenant en considération leurs structures logiques. Le couplage du modèle standard ODA au modéle DSB et l'intégration au niveau fonctionnel des opérations implémentées ont permis la mise en place d'un gestionnaire autonome de documents utilisable à partir d'un SGBD relationnel. Ce gestionnaire de documents pemiet la spécialisation des documents et l'utilisation de valeurs nulles. Une grande partie de ce travail a été réalisée dans le cadre du projet ESPRIT DOEOIS et un prototype expérimental a été développé sur ORACLE.

Cette thèse traite du problème de la gestion des documents structurés multimédia dans un SGBD. Par gestion, nous entendons la modélisation, la manipulation, le stockage et l'accès aux documents. Nous présentons un modèle de Documents Structurés de Bureau (DSB) et une algèbre associée pour réaliser la spécification précise des aspects fonctionnels : opérateurs de construction et restructuration des objets manipulés et fonctions d'accès. Le stockage et l'accès sont implémentés au niveau fonctionnel sous forme d'opérations sur des documents en prenant en considération leurs structures logiques. Le couplage du modèle standard ODA au modéle DSB et l'intégration au niveau fonctionnel des opérations implémentées ont permis la mise en place d'un gestionnaire autonome de documents utilisable à partir d'un SGBD relationnel. Ce gestionnaire de documents pemiet la spécialisation des documents et l'utilisation de valeurs nulles. Une grande partie de ce travail a été réalisée dans le cadre du projet ESPRIT DOEOIS et un prototype expérimental a été développé sur ORACLE.

Les systèmes d'information mobiles et ambiants liés à la localisation et à la navigation évoluent progressivement vers des environnements à petite échelle. La nouvelle frontière scientifique et technologique concerne les applications qui assistent les utilisateurs dans leurs déplacements et activités au sein d’espaces bâtis dits «indoor» (e.g., aéroports, musées, bâtiments). La recherche présentée par cette thèse développe une représentation de données spatiales d'un environnement «indoor» qui tient compte des dimensions contextuelles centrées sur l'utilisateur et aborde les enjeux de gestion de données mobiles. Un modèle de données «indoor» hiérarchique et sensible au contexte est proposé. Ce modèle intègre différentes dimensions du contexte en plus de la localisation des entités concernées, telles que le temps et les profils des utilisateurs. Ce modèle est basé sur une structure arborescente dans laquelle l'information spatiale est représentée à différents niveaux d'abstraction. Cette conception hiérarchique favorise un traitement adaptatif et efficace des Requêtes Dépendantes de la Localisation (RDL) qui sont considérées comme des éléments clés pour le développement des différentes catégories de services de géolocalisation sensibles au contexte. Un langage de requêtes continues est développé et illustré par des exemples de requêtes RDL. Ce langage exploite le concept des granules spatiales, et permet de représenter les requêtes continues et dépendantes de la localisation en prenant compte des préférences de l'utilisateur au moment de l'exécution.Cette approche de modélisation est complétée par le développement d'une architecture générique pour le traitement continu des requêtes RDL et par la conception et la mise en oeuvre de plusieurs algorithmes qui permettent un traitement efficace des requêtes dépendantes de la localisation sur des objets mobiles en «indoor». Plusieurs algorithmes de traitement continu des requêtes de recherche de chemin hiérarchique et des requêtes de zone appliquées à des objets statiques et/ou en mouvement sont présentés. Ces algorithmes utilisent une approche hiérarchique et incrémentale afin d'exécuter efficacement les requêtes RDL continues. Un prototype encapsulant le modèle de données hiérarchique, les opérateurs et les contraintes introduits dans le langage de requête ainsi que les différents algorithmes et méthodes pour la manipulation de requêtes RDL a été développé comme une extension du SGBD Open Source PostgreSQL. Une étude expérimentale des solutions développées a été menée pour étudier la performance et le passage à l'échelle à l'égard des propriétés intrinsèques des solutions proposées. / The range of applications in ambient information systems progressively evolves from large to small scale environments. This is particularly the case for applications that assist humans in navigation-related activities in indoor spaces (e.g., airports, museums, office buildings). The research presented by this Ph.D. dissertation develops a data and knowledge representation of an indoor environment that takes into account user-centred contextual dimensions and mobile data management issues. We introduce a hierarchical, context-dependent, and feature-based indoor spatial data model. This model takes into account additional contextual dimensions such as time, user profiles, and real-time events. The model is based on a tree structure in which location information is represented at different levels of abstraction. The hierarchical design favours performance and scalability of location-dependent query processing. A query grammar is developed and implemented on top of that model. This query language supports continuous location-dependent queries and takes into account user preferences at execution time. The concept of location granules is introduced at the query execution and presentation levels.This modelling approach is complemented by the development of a generic architecture for continuous query processing. Several algorithms for location dependent query processing over indoor moving objects have been designed and implemented. These algorithms include path searches and range queries applied to both static and moving objects. They are based on an incremental approach in order to execute continuous location-dependent queries.The operators and constraints introduced in the query language and the algorithms for location-dependent query processing have been implemented as a database extension of the open source DBMS PostgreSQL, and where the hierarchical network-based indoor data model has been developed at the logical level. Several experiments have been conducted to evaluate the scalability and performance of the whole framework.

RDF et SPARQL se sont imposés comme modèle de données et langage de requêtes standard pour décrire et interroger les données sur la Toile. D’importantes quantités de données RDF sont désormais disponibles, sous forme de jeux de données ou de méta-données pour des documents semi-structurés, en particulier XML. La coexistence et l’interdépendance grandissantes entre RDF et XML rendent de plus en plus pressant le besoin de représenter et interroger ces données conjointement. Bien que de nombreux travaux couvrent la production et la publication, manuelles ou automatiques, d’annotations pour données semi-structurées, peu de recherches ont été consacrées à l’exploitation de telles données. Cette thèse pose les bases de la gestion de données hybrides XML-RDF. Nous présentons XR, un modèle de données accommodant l’aspect structurel d’XML et la sémantique de RDF. Le modèle est suffisamment général pour représenter des données indépendantes ou interconnectées, pour lesquelles chaque nœud XML est potentiellement une ressource RDF. Nous introduisons le langage XRQ, qui combine les principales caractéristiques des langages XQuery et SPARQL. Le langage permet d’interroger la structure des documents ainsi que la sémantique de leurs annotations, mais aussi de produire des données semi-structurées annotées. Nous introduisons le problème de composition de requêtes dans le langage XRQ et étudions de manière exhaustive les techniques d’évaluation de requêtes possibles. Nous avons développé la plateforme XRP, implantant les algorithmes d’évaluation de requêtes dont nous comparons les performances expérimentalement. Nous présentons une application reposant sur cette plateforme pour l’annotation automatique et manuelle de pages trouvées sur la Toile. Enfin, nous présentons une technique pour l’inférence RDFS dans les systèmes de gestion de données RDF (et par extension XR). / Since the beginning of the Semantic Web, RDF and SPARQL have become the standard data model and query language to describe resources on the Web. Large amounts of RDF data are now available either as stand-alone datasets or as metadata over semi-structured documents, typically XML. The ability to apply RDF annotations over XML data emphasizes the need to represent and query data and metadata simultaneously. While significant efforts have been invested into producing and publishing annotations manually or automatically, little attention has been devoted to exploiting such data. This thesis aims at setting database foundations for the management of hybrid XML-RDF data. We present a data model capturing the structural aspects of XML data and the semantics of RDF. Our model is general enough to describe pure XML or RDF datasets, as well as RDF-annotated XML data, where any XML node can act as a resource. We also introduce the XRQ query language that combines features of both XQuery and SPARQL. XRQ not only allows querying the structure of documents and the semantics of their annotations, but also producing annotated semi-structured data on-the-fly. We introduce the problem of query composition in XRQ, and exhaustively study query evaluation techniques for XR data to demonstrate the feasibility of this data management setting. We have developed an XR platform on top of well-known data management systems for XML and RDF. The platform features several query processing algorithms, whose performance is experimentally compared. We present an application built on top of the XR platform. The application provides manual and automatic annotation tools, and an interface to query annotated Web page and publicly available XML and RDF datasets concurrently. As a generalization of RDF and SPARQL, XR and XRQ enables RDFS-type of query answering. In this respect, we present a technique to support RDFS-entailments in RDF (and by extension XR) data management systems.

Les systèmes d'information mobiles et ambiants liés à la localisation et à la navigation évoluent progressivement vers des environnements à petite échelle. La nouvelle frontière scientifique et technologique concernent les applications qui assistent les utilisateurs dans leurs déplacements et activités au sein d'espaces bâtis dits "indoor" (e.g., aéroports, musées, bâtiments). La recherche présentée par cette thèse développe une représentation de données spatiales d'un environnement "indoor" qui tient compte des dimensions contextuelles centrées sur l'utilisateur et aborde les enjeux de gestion de données mobiles. Un modèle de données "indoor" hiérarchique et sensible au contexte est proposé. Ce modèle intègre différentes dimensions du contexte en plus de la localisation des entités concernées, telles que le temps et les profils des utilisateurs. Ce modèle est basé sur une structure arborescente dans laquelle l'information spatiale est représentée à différents niveaux d'abstraction. Cette conception hiérarchique favorise un traitement adaptatif et efficace des Requêtes Dépendantes de la Localisation (RDL) qui sont considérées comme des éléments clés pour le développement des différentes catégories de services de géolocalisation sensibles au contexte. Un langage de requêtes continues est développé et illustré par des exemples de requêtes RDL. Ce langage exploite le concept des granules spatiaux, et permet de représenter les requêtes continues et dépendantes de la localisation en prenant compte des préférences de l'utilisateur au moment de l'exécution. Cette approche de modélisation est complétée par le développement d'une architecture générique pour le traitement continu des requêtes RDL et par la conception et la mise en œuvre de plusieurs algorithmes qui permettent un traitement efficace des requêtes dépendantes de la localisation sur des objets mobiles en "indoor". Plusieurs algorithmes de traitement continu des requêtes de recherche de chemin hiérarchique et des requêtes de zone appliquées à des objets statiques et/ou en mouvement sont présentés. Ces algorithmes utilisent une approche hiérarchique et incrémentale afin d'exécuter efficacement les requêtes RDL continues. Un prototype encapsulant le modèle de données hiérarchique, les opérateurs et les contraintes introduits dans le langage de requête ainsi que les différents algorithmes et méthodes pour la manipulation de requêtes RDL a été développé comme une extension du SGBD Open Source PostgreSQL. Une étude expérimentale des solutions développées a été menée pour étudier la performance et le passage à l'échelle à l'égard des propriétés intrinsèques des solutions proposées.

Il existe une grande variabilité dans la réponse aux chimiothérapies anticancéreuses. Ses sources sont diverses: génétiques, physiologiques, comorbidités, médicaments associés, etc. La marge thérapeutique de ces médicaments étant généralement étroite, une telle variabilité peut avoir de graves conséquences: toxicités graves ou absence d'effet thérapeutique. Plusieurs approches pour adapter individuellement les posologies ont été proposées: a priori (basées sur l'information génétique, la taille corporelle, les fonctions d'élimination, etc.) et a posteriori (sur les informations de mesures d'exposition au médicament et/ou effets). La modélisation à effets-mixtes de la pharmacocinétique et de la pharmacodynamie (PK-PD), combinée avec une estimation bayésienne des effets individuels, est la meilleure méthode pour individualiser des schémas posologiques a posteriori. Dans cette thèse, une nouvelle approche pour ajuster les doses sur la base des prédictions données par un modèle pour les observations catégorielles de toxicité a été développée et explorée par simulation. Les aspects plus techniques concernant l'estimation des paramètres individuels ont été analysés pour déterminer les facteurs de bonne performance de la méthode. Ces travaux étaient basés sur l'exemple du syndrome mains-pieds induit par la capécitabine dans le traitement du cancer colorectal. Une revue des modèles pharmacodynamiques de données discrètes (catégorielles, de comptage, de survie) a été effectuée. Enfin, des analyses PK-PD de l'hydroxyurée dans le traitement de la drépanocytose ont été réalisées pour comparer des différentes posologies et déterminer les modalités optimales de suivi du traitement / There is high variability in response to cancer chemotherapies among patients. Its sources are diverse: genetic, physiologic, comorbidities, concomitant medications, environment, compliance, etc. As the therapeutic window of anticancer drugs is usually narrow, such variability may have serious consequences: severe (even life-threatening) toxicities or lack of therapeutic effect. Therefore, various approaches to individually tailor treatments and dosing regimens have been developed: a priori (based on genetic information, body size, drug elimination functions, etc.) and a posteriori (that is using information of measurements of drug exposure and/or effects). Mixed-effects modelling of pharmacokinetics and pharmacodynamics (PK-PD), combined with Bayesian maximum a posteriori probability estimation of individual effects, is the method of choice for a posteriori adjustments of dosing regimens. In this thesis, a novel approach to adjust the doses on the basis of predictions, given by a model for ordered categorical observations of toxicity, was developed and investigated by computer simulations. More technical aspects concerning the estimation of individual parameters were analysed to determine the factors of good performance of the method. These works were based on the example of capecitabine-induced hand-and-foot syndrome in the treatment of colorectal cancer. Moreover, a review of pharmacodynamic models for discrete data (categorical, count, time-to-event) was performed. Finally, PK-PD analyses of hydroxyurea in the treatment of sickle cell anemia were performed and used to compare different dosing regimens and determine the optimal measures for monitoring the treatment