Orientadores: Marco Aurelio Pinheiro Lima, Antonio Jose Roque da Silva / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-07-28T18:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Azevedo_DavidLima_D.pdf: 1918072 bytes, checksum: 90127d84a326b3821db2d39052a20003 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: Apresentamos um novo e mais e .ciente modo de tratar efeitos de polarização no espalhamento de elétrons de baixa energia por moléculas utilizando o método multicanal de Schwinger (smc ). Nós propomos expandir a função de onda de espalhamneto num conjunto de funções de N +1 elétrons que descrevem o espalhamento de uma forma eficiente, que permiti-nos usar um pequeno número de funções para descrever efeitos de polarização. Como primeiro teste, nós aplicamos o novo método ao espalhamento de elétrons pela molécula de H2. Nós calculamos a seção de choque integral e diferencial,e obtemos resultados excelentes com uma redução de até 98%no número de con .gurações quando comparado ao método tradicional usado no SMC . Isto é uma redução substancial no tamanho de todas as matrizes envolvidas no método SMC e, como conseqüência, representa uma técnica promissora para tratar sistemas moleculares mais complexos / Abstract: We present a new and more efficient way of treating polarization effects in the scattering of low-energy electrons by molecules within the Schwinger multichannel method (SMC).We propose to expand the scattering wave function in a set of functions of N +1 electrons that describe the scattering in an e .ective way,which allows the use of a small number of functions to describe the polarization effects. As a first test, we apply the new method to the scattering of electrons by the H2 molecule.We calculate elastic integral and differential cross-sections,and we obtain excellent results with a reduction in the number of con .gurations of up to 98% when compared to the traditional method used in the SMC. This a substantial size reduction of all matrices involved in SMC Method and,as a consequence, it represents a promising technique for treating more complex molecular systems / Doutorado / Física / Doutor em Ciências

Orientadores: Marco Aurelio Pinheiro Lima, Luiz Guimarães Ferreira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-07-23T02:30:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Azevedo_DavidLima_M.pdf: 1188187 bytes, checksum: 0a2cad4d3239f75bd421c04ee6c279af (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Pseudopotencial de Norma Conservada de Bachelet, Hamann, e Schluter (1982) foi introduzido em programa de colisão de elétron-molécula por Bettega, Ferreira e Lima (1993). Transferibilidade de pseudopotenciais não pode ser provada em geral, deve ser mostrada caso a caso. Nesta tese nós testamos o uso de pseudopotencial numa situação onde o processo apresenta uma forma ressonante. Nós específicamente estudamos a sensibilidade quanto a posição e largura da ressonância de forma 2Pg em espalhamento e - N2 utilizando o Método Multicanal de Schwinger (SMC) com e sem pseudopotencial / Abstract: Norm Conserving pseudopotentials of Bachlet, Hamann and Schliiter (1982) have been introduced in electron-molecule collision computer code by Bettega, Ferreira and Uma (1993). Transferability of pseudopotentials cannot be proven in general, it must be shown case by case. In this thesis we test the use of pseudopotential in a situation where the process presents a shape resonant. We specifically study the sensibility of the position and width of the 2Pg shape resonance in e - N2 scattering using the Schwinger Multichanel Method (SMC) with and without pseudopotential / Mestrado / Física / Mestre em Física

Orientadores: Luiz Guimarães Ferreira, Marco Aurelio Pinheiro Lima / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-07-18T07:29:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bettega_MarcioHenriqueFranco_D.pdf: 3049869 bytes, checksum: bf3f725bfc266522d6decf7ee079a441 (MD5) Previous issue date: 1993 / Resumo: Não informado / Abstract: Not informed. / Doutorado / Física / Doutor em Ciências

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Introdução: A hanseníase é uma doença infecciosa sistêmica de evolução crônica, de caráter endêmico no Brasil, apresentando em 2005 coeficiente de prevalência de 1,48 casos por 10.000 habitantes e, de 30 a 50.000 casos novos diagnosticados por ano, constituindo um problema de saúde pública por causar incapacidade física permanente. A doença caracteriza-se por processo inflamatório de resposta complexa e dano tissular envolvendo várias células do sistema imune e mediadores inflamatórios diretamente relacionados ao endotélio vascular. Objetivos: Este estudo se propõe a determinar os níveis séricos do marcador de ativação endotelial ICAM-1 solúvel nas formas clínicas polares da hanseníase, comparando-a com grupo controle. Casuística e Métodos: Foi realizado estudo prospectivo e transversal no ambulatório de dermatologia do Hospital Escola Dr. José Carneiro – UNCISAL no período de agosto de 2005 a agosto de 2006. Foram incluídos 28 pacientes e classificados em tuberculóides (MHT) 12 pacientes e, lepromatosos (MHL) 16 pacientes de acordo com os critérios da Organização Mundial de Saúde e exame histopatológico conforme os critérios de Ridley-Jopling. O grupo controle foi constituído por doadores voluntários saudáveis. Na avaliação laboratorial foi utilizado kit sICAM-1 R&D Systems, Inc. utilizando a técnica de ELISA. Na análise estatística foram utilizados os testes de Análise de Variância (ANOVA), Qui-quadrado, teste de Kolmogorov-Smirnov, teste de homogeneidade de variâncias e comparações múltiplas de Tukey. Resultados: A idade dos pacientes foi de 45,9 17,3 anos e dos indivíduos do grupo controle foi de 48,3 9,3 anos. O gênero foi de 16 (57,17%) feminino e 12 (42,85%) masculino e nos indivíduos do grupo controle foi de 21 (87,5%) feminino e 03 (12,5%) masculino. A concentração de ICAM-1, segundo o modelo ANOVA, foi diferente nos três grupos de pacientes (p<0,001) Através do procedimento de comparações múltiplas de Tukey, concluiu-se que a média no grupo MHL é maior do que nos outros dois grupos (p<0,05), entretanto, não foi detectada diferença entre as médias dos grupos controle e MHT (p>0,05). Conclusões: Os níveis de ICAM-1 foram comparativamente mais elevados no grupo MHL que no grupo MHT ou controle. Não houve diferença significativa entre o grupo controle e o grupo MHT. / Introduction: Hansen’s disease is a systemic infectious disease with chronic evolution, endemic to Brazil. In 2005, there was a coefficient of prevalence of 1,48 cases per 10,000 inhabitants. Between 30 and 50,000 new cases are diagnosed per year, representing a problem for public health because of the permanent physical incapacitation. The disease presents an inflammatory process of complex response and tissue damage involving several cells of the immune system and the inflammatory mediators directly related to the vascular endothelium. Objectives: The objective of the present study is to determine the seric levels of the endothelial activation soluble marker ICAM-1 in the polar clinical forms of Hansen’s disease, in comparison to a control group. Methods: A prospective and transversal study was performed at the dermatology out-patient clinic at the Hospital Escola Dr. José Carneiro – UNICISAL, in the period between August of 2005 and August of 2006. 28 patients were included and classified under tuberculoid (MHT) and lepromatous (MHL) according to the criteria of the World Health Organization and exams based on Ridley-Jopling’s criteria. The control group was formed by healthy voluntary donors. An sICAM-1 R&D Systems, Inc. set was used in the laboratory tests, with the ELISA technique. Variance Analysis (ANOVA), Qui-square, Kolmogorov-Smirnov tests, variance homogeneity and Tukey multiple comparisons tests were used the statistical analysis. Results: The age of the patients was 45,9 ± 17,3 and for the individuals in the control group it was 48,3 ± 9,3. There were 16 women (57.17%) and 12 men (42.85%) and in the individuals in the control group 21 were women (87.5%) and 03 were men (12.5%). The concentration of ICAM-1, according to the ANOVA model, was different in the three groups of patients (p<0.001). Through the multiple comparisons Tukey procedure, we concluded that the average in the MHL group was higher than in the other two groups (p<0.05); however, no difference was detected among the averages in the control group and the MHT (p>0.05). Conclusion: The ICAM-1 levels were comparatively higher in the MHL group than in the MHT or in the control group. There was no significant difference between the control and the MHT groups. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2014-12-09T15:49:52Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_OtimizaçãoPeriodicidadesFracas.pdf: 2409585 bytes, checksum: f6c5582e68fe17edc6d95f5b2a5c8edc (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2014-12-09T20:19:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_OtimizaçãoPeriodicidadesFracas.pdf: 2409585 bytes, checksum: f6c5582e68fe17edc6d95f5b2a5c8edc (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-09T20:19:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_OtimizaçãoPeriodicidadesFracas.pdf: 2409585 bytes, checksum: f6c5582e68fe17edc6d95f5b2a5c8edc (MD5) Previous issue date: 2013 / Transformadas de Fourier discretas e os seus espectros de potˆencia associados são utilizados em biologia molecular e na bioinformática para a detecção de periodicidades e regiões codificastes no DNA. Tipicamente, o genoma primeiramente é mapeado para uma série numérica, então é feita sua transformada de Fourier, que será monitorada em busca de periodicidades biologicamente relevantes. A detecção de uma determinada periodicidade é criticamente dependente da forma como o genoma foi convertido numa sequência numérica. Uma vez que existem inúmeras maneiras de se mapear uma sequência de DNA, periodicidades biologicamente importantes podem passar despercebidas. Aqui apresentamos um método que utiliza um algoritmo genético para otimizar o mapeamento numérico que maximizará um pico em dada frequência do espectro de potências de Fourier. Nós mostramos que o método tem a capacidade de detectar periodicidades fracas que são normalmente perdidas com esquemas de mapeamento tradicionais, e dessa forma, aumenta em muito a sensibilidade de técnicas baseadas na transformada de Fourier discreta. Para exemplificar o uso deste novo método, nós o aplicamos para encontrar as periodicidades de 3 e 10 nucleotídeos em trechos dos genomas do Plasmodium falciparum e Drosophila melanogaster, além de aplicá-lo também em sequências promotoras de Homo sapiens, que foram recentemente analisadas para a detecção do período de 10 nucleotídeos. Trabalhos anteriores publicaram afirmações conflitantes sobre a presença desta periodicidade em torno dos sítios de iniciação de transcrição (TSS) de promotores humanos. Nós mostramos que esta periodicidade está realmente presente nessas sequências e também que o nosso método é robusto e eficiente para descobrir periodicidades fracas em genomas. ______________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: Discrete Fourier transforms and their associated power spectra are used in molecular biology and bioinformatics for detecting periodicities and protein-coding genes. Typically, the genome is mapped into a numerical series which is Fourier-transformed and monitored for biologically relevant periodicities. The detection of a given periodicity is critically dependent on how the genome was converted into a numerical sequence. Since there are numerous ways of mapping the sequence, biologically important periodicities may go undetected. Here we present a method which employs a genetic algorithm to detect periodicities by optimising a given frequency peak of the Fourier power spectrum. We show that the method has the capability of detecting weak periodicities which are ordinarily missed with traditional mapping schemes, therefore greatly enhancing the sensitivity of discrete-Fourier-transform based techniques. To exemplify the use of this new method we apply it to find periodicities of 3 and 10 nucleotides on the Plasmodium falciparum and Drosophila melanogaster genomes and Homo sapiens promoter sequences, which were recently analysed for the detection of period 10. Previous works made confliting assertions about the presence of this periodicity around human TSS. We show that this periodicity is indeed present in these sequences and show that our method is robust and efficient to uncover weak periodicities in genomes.

Orientadores: Luiz Guimarães Ferreira, Marco Aurelio P. Lima / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-07-23T04:09:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_AntonioJoseSilva_D.pdf: 1462038 bytes, checksum: e3666449c8fa499835f1ba948e598cb8 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Pseudopotenciais tem sido recentemente usados no cálculo de seção de choque no espalhamento de elétrons por molécula. As vantagens do pseudopotencial são dupla: eles substituem os elétrons do caroço e as funções de ondas são suaves. Então, não só eles simplificam os cálculos, reduzindo o número de elétrons, mas também permitem expansões menores às funcões de ondas. Para moléculas feitas com átomos pesados, os pseudopotenciais permitem cálculos que não são possivéis através de métodos de todos os elétrons. Uma outra vantagem no uso de pseudopotenciais é que eles incluem efeitos de correlação eletrônica caroço-valência e também podem incluir correções relativisticas. Entre os pseudopotenciais, reconhecemos que a classe norm-conserving é a melhor, porque eles são gerados de maneira que as pseudofunções de onda se igualam a função real. Desta forma, assegura a igualdade da derivada em relação a energia da derivada em relação a r do logaritmo da função de onda. Há muitas propostas para geração de pseudopotenciais norm-conserving. Em Física do Estado Sólido, nós usualmente usamos bases em ondas planas, assim nós estamos interessados em pseudopotenciais cuja transformada de Fourier caia rapidamente com o número de onda( pseudopotenciais ultrasoft ). Em cálculos moleculares as bases Gaussianas são preferidas e o tamanho das expansões em funções de onda praticamente não depende da suavidade do pseudopotencial, contanto que seja de norma conservada. Neste caso nós só nos preocupamos com a precisão dos cálculos. Nós calculamos seções de choque diferencial e total usando o método de multical de Schwinger com pseudopotenciais para as molécula de HBr (com resultados igual ao do método de Kohn), Si2H6, PbH4, CH4, SiH4, and SnH4 testando os pseudopotenciais da referência [2], [6] a [8]. O pseudopotencial [2] foi gerado a partir de cálculos moleculares, enquanto os outros foram gerados dentro da Fisica do Estado Sólido. O pseudopotencial da referência [7] é considerado soft. Então nossos calculos mediram uma grande amostra de pseudopotenciais de norma conservada. Nossos códigos de computador requerem que os pseudopotenciais sejam finitos no núcleo. No caso do pseudopotencial da referência [2] tivemos que cortar sua divergência. Nenhum pseudopotencial pode ser considerado claramente como o melhor . Em algumas energias de impacto é possivel notar diferença, especialmente na região de alto ângulo. Nesta região, o elétron penetra mais profundamente na molécula, percebendo a diferença entre os pseudopotenciais / Abstract: Pseudopotentials have been recently used with the calculation of electron-molecule cross sections by different methods. The advantages of the pseudopotentials are double: they avoid the core electrons and render the wavefunctions much slowly varying. Therefore, not only they simplify the calculations by reducing the number of electrons but they also allow much shorter expansions for the wavefunctions. For molecules made of heavier atoms, the pseudopotentials allow calculations that are not possible by all-electron methods. There are other side benefits in the pseudopotentials: to a large extent they include the effects of core-valence electronic correlation and may also include relativistic corrections. Among the pseudopotentials, we now recognize that the class of norm-conserving em pseudopotentials is the best because they are generated in such a way that the norms of the pseudo wavefunctions equal those of the true wavefunctions. Of course, this equality assures the equality of the energy derivatives of the logarithm derivatives. There are many proposals for generation of norm-conserving pseudopotentials. In Solid State Physics, we usually use bases of plane waves so we are interested in pseudopotentials whose Fourier transforms decay fast with wavenumber ( ultrasoft pseudopotentials ). In molecular calculations the Gaussian bases are preferred and the size of the wavefunction expansions practically has no dependence on the "softness" of the pseudopotential, as long as it is norm-conserving. In this case we are concerned only with the precision of the calculation. We calculated cross sections of electron-molecule scattering using the pseudopotential Schwinger Multichannel Method for the molecules HBr ( with results equal to those of a complex Kohn calculation40 ), Si2H6, PbH4, CH4, SiH4, and SnH4 testing the pseudopotentials of refs. [2], [6] to [8]. The pseudopotential of ref. [2] was generated aiming at molecular calculations, while the other were generated within Solid State Physics. The pseudopotential of ref. [7] may be considered ultrasoft. Therefore our calculations span a large sample of norm-conservíng pseudopotentials. Our computer code requires that the pseudo-potential remains finite at the nucleus. In the case of the pseudopotential of ref. [2] we had to cut its divergence. No pseudopotential can be clearly pointed out as the best. For some special impact energies it is possible to notice differences, specially in the back scattering region. In the back scattering regime, the electron penetrates more deeply into the atoms where it enhances the differences between the many pseudopotentials / Doutorado / Física / Doutor em Ciências

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Programa de Pós-Graduação em Física / Made available in DSpace on 2012-10-24T00:19:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 262278.pdf: 1601559 bytes, checksum: 6756701693c42336e1665c7bb35dd010 (MD5) / Neste trabalho, apresentamos estudos teóricos das seções de choque por impacto eletrônico para a excitação eletrônica do estado X2? para o estado A2S em moléculas com camada aberta para energias baixas e intermediárias. Mais especificamente calculamos as seções de choques diferencial e integral na faixa de energia de 15 a 50 eV para o radical NO. Para o radical SH, as seções de choques integrais são apresentadas na faixa de energia de 4,5 a 50 eV. As funções de onda para o alvo são tratadas à nível Hartree-Fock restrito para camada aberta (ROHF). A dinâmica de interação elétron-molécula é descrita por um potencial com contribuições de estático, de troca e polarização para longo alcance. O método iterativo variacional de Schwinger (SVIM) combinado com a aproximação em ondas distorcidas (DWA) é aplicado para calcular as amplitudes de espalhamento em núcleo fixo. Comparações entre os nossos resultados teóricos com outros dados experimentais e teóricos disponíveis na literatura para as seções de choques mostram, que para energias acima de 10 eV há boa concordância qualitativa para ambas moléculas.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas, Programa de Pós-Graduação em Física, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-07-16T21:13:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / O escopo deste trabalho é o aperfeiçoamento de um pacote computacional baseado no Método de Frações Continuadas (MCF), através da inclusão do cálculo do potencial de absorção. Adota-se, para o cálculo desse potencial, o modelo quasifree semiempírico para moléculas, de Jain e Baluja. Assim modificado, o conjunto de códigos computacionais é aplicado ao estudo do espalhamento de elétrons pelas moléculas H2, H2O e HCOOH, para várias energias de incidência. Para a descrição da interação elétron-molécula, adota-se um potencial óptico, cuja parte real é aproximada pela soma dos potenciais estático e de troca ou, alternativamente, por esses potenciais, acrescidos de um termo de correlação-polarização. A parte imaginária desse potencial é constituída pelo potencial de absorção. As seções de choque diferenciais (DCS) são calculadas a partir das matrizes de espalhamento (K). A matriz de espalhamento referente à parte real do potencial óptico é calculada pelo MCF, e a matriz de espalhamento referente ao potencial de absorção é calculada na aproximação de ondas distorcidas (dwa). Nesse procedimento, é necessário calcular a onda espalhada pela parte real do potencial óptico, o que constituiu um passo do presente trabalho. O modelo adotado para o potencial de absorção inclui a parte real do potencial óptico. Testes com várias aproximações para esse potencial foram realizados. Os resultados são mostrados e discutidos. Os resultados obtidos com o código modificado são comparados a resultados constantes da literatura, e mostram-se satisfatórios. São indicados alguns pontos críticos dos cálculos realizados no pacote computacional utilizado.<br> / Abstract : The scope of this work is the improvement of a computational pack based on the method of continued fractions (MCF), by the inclusion of the calculation of the absorption potencial. The quasifree semiempirical model from Jain and Baluja is adopted for this potential. The modified computational pack is applied to the electron scattering by the molecules H2, H2O and HCOOH, for several incident energies. The electronmolecule interaction is described via an optical potential, for which the real part is approximated by the static-exchange potential or, alternatively, further adding of correlation-polarization. The imaginary part of the optical potential is the absorption potential. The differential cross sections (DCS) are calculated from the scattering matrices (K). The K matrix related to the real part of the optical potential is calculated by the MCF, while the K matrix related to the absorption potential is calculated in distorted wave approximation. For this approximation, the scattering wave function related to the real part of the problem is calculated. The model employed for the absorption potential includes the real part of the optical potential. Several approximations for this are calculated. The results are shown and discussed. The results obtained with the modified code are compared with theoretical and experimental data, showing reasonable agreement with these. Some critical points of the computational procedures are indicated.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Programa de Pós-Graduação em Física / Made available in DSpace on 2012-10-21T01:26:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 241326.pdf: 2160902 bytes, checksum: 611b00990315d1bf650d4d6ae74e2589 (MD5) / No presente trabalho, aplicamos o método da onda distorcida (DWA) combinado com o método variacional iterativo da Schwinger (SVIM), para calcular as seções de choque diferenciais (DCS) e integrais (ICS) inelásticas, a partir da excitação de elétrons presos a camadas internas da molécula C2N2. Mais especificamente, mediante impacto eletrônico, realizamos a excitação de elétrons da camada interna 2sg e 2su da molécula de C2N2 para a primeira camada excitada 2pu {X¹Sg? ? ¹,³Pg (carbono1s2su ? 2pu)} 2pu{X¹Sg? ? ¹,³Pu (carbono1s2sg ? 2pu)}, na faixa de energias de 300-900 eV para o elétron incidente, distinguindo se a transição é para um estado singleto ou tripleto. Em seguida calculamos a razão entre as seções de choque integradas, RI(3:1), para o estado final tripleto e o singleto. Verificamos que a razão RI(3:1) segue o mesmo padrão obtido anteriormente para outros alvos moleculares, apresentando picos de ressonâncias localizados imediatamente acima do primeiro limiar de excitação. Porém, para energias do elétron incidente um pouco acima do primeiro limiar de excitação, a razão RI(3:1) decai de maneira uniforme e bastante suave.

Made available in DSpace on 2018-08-01T21:59:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11854_Dissertação Final Daniel Vitor B. Coura - PPGFis.pdf: 1279828 bytes, checksum: 3fc2081f8caf4a6f36fb23b02e664244 (MD5) Previous issue date: 2018-02-08 / Neste trabalho foram feitos cálculos ab initio de alto nível usando determinantes CASSCF para uma função MRCI e uma base ACV5Z-DK, juntamente com um ajuste preliminar de uma função de energia potencial a esses pontos. Até a data da defesa dessa dissertação foi possível realizar um estudo do mínimo global da superfície de energia potencial do HCO, mínimos locais e alguns estados de transição. O objetivo final do trabalho aqui iniciado é a construção de uma superfície de energia potencial global para o estado fundamental da molécula HCO.