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Návrh efektivní generické molekulární reprezentace / Návrh efektivní generické molekulární reprezentaceŠkoda, Petr January 2014 (has links)
The screening of chemical libraries is an important step in the drug discovery process. The existing chemical libraries contain up to millions of compounds. As the screening at such scale is expensive, the virtual screening is often utilized. There exist several variants of virtual screening and ligand- based virtual screening is one of them. It utilizes the similarity of screened chemical compounds to known compounds. Besides the employed similarity measure, another aspect greatly influencing the performance of ligand-based virtual screening is the chosen chemical compound representation. In this thesis, we introduce a fragment-based representation of chemical compounds. Our representation utilizes fragments to represent a compound. Each fragment is represented by its physicochemical descriptors. The representation is highly parameterizable, especially in the area of physicochemical descriptors selection and application. In order to test the performance of our method, we utilized an existing framework for virtual screening benchmarking. The results show that our method is comparable to the best existing approaches and on some datasets it outperforms them.
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Repräsentationswechsel zwischen Moleküldarstellungen / Eine querschnittliche Untersuchung von Einflussfaktoren auf die TranslationsfähigkeitGrottke, Tina 30 July 2024 (has links)
Externe Repräsentationen sind für das Verständnis und die Vermittlung chemischer Phänomene und Konzepte essenziell. Lernende werden mit einer Vielzahl an Darstellungen konfrontiert, mit denen sie geeignet umgehen müssen, um die darin transportierten Inhalte zu erfassen. Eine wichtige Voraussetzung für die flexible Verwendung mehrerer Repräsentationen im Lehr- und Lernprozess stellt die sogenannte Translationsfähigkeit dar, welche das Überführen verschiedener Darstellungsformen ineinander beschreibt. Empirische Studien weisen dahingehend auf Defizite bei Lernenden hin. Demzufolge untersucht die vorliegende Arbeit in einer quantitativen Querschnittstudie, inwiefern (a) Übersetzungswege und (b) zu übersetzende Stoffklassen die Übersetzungsschwierigkeit beeinflussen und (c) welche Zusammenhänge zwischen personenbezogenen Eigenschaften und der Translationsfähigkeit bei Lernenden bestehen. Die Stichprobe umfasst Lernende der 10. und 11. Jahrgangsstufe des Bundeslandes Berlin. Für die Erfassung der Translationsfähigkeit wurde ein Erhebungsinstrument konzipiert, dessen Aufgaben in einem Think-Aloud-Setting (N = 10) und in einer quantitativen Vorstudie (N = 225) pilotiert wurden. Die Auswertung der Daten erfolgte unter Anwendung von Item-Response-Theorie sowie Zusammenhangsanalysen. Die Ergebnisse (N = 629) zeigen, dass sich Übersetzungswege zwischen Moleküldarstellungen geringfügig in der Übersetzungsschwierigkeit unterscheiden und ähnlich hohe Anforderungen an die Translationsfähigkeit stellen (a). Zu übersetzende Stoffklassen zeigen Unterschiede in den Übersetzungsschwierigkeiten und damit in den Translationsanforderungen an Lernende (b). In einer multiplen Regression konnten personenbezogene Eigenschaften wie deklaratives Fachwissen und Mental Load als Prädiktoren der Translationsfähigkeit identifiziert werden (c). Die Befunde bieten damit Ansatzpunkte zum Umgang mit Lerngelegenheiten mit Translationsanforderungen und Möglichkeiten für Anschlussforschung. / External representations are important to understand and teach chemical phenomena and concepts. Students are faced with a multitude of representations, which they have to deal with appropriately to comprehend the content conveyed to them. An important prerequisite for the flexible use of several representations in teaching and learning processes is the so-called translation ability, which includes switching from one form of representation to another. However, empirical work reveals deficits among students. To shed light on these deficits, this work uses a quantitative cross-sectional study to investigate how the variables (a) translation path and (b) chemical class influence the translation difficulty, and (c) which correlations exist between students’ personal characteristics and their translation ability. The sample consists of 10th and 11th grade students from high schools in Berlin. To assess translation ability, a multiple-choice test was developed and validated in a think-aloud setting (N = 10) and a quantitative pre-study (N = 225). The data were analyzed using item response theory, as well as correlation and regression analyses. The results (N = 629) indicated that translation paths between molecular representations differ only slightly in terms of translation difficulty and have similarly high translation ability requirements (a). Regarding chemical classes, differences in translation difficulty and thus translation requirements for students could be identified (b). In a multiple regression, person-related variables such as declarative knowledge and mental load could be identified as predictors of translation ability (c). Thereby, these findings provide first principles for dealing with learning opportunities that have translation requirements and possibilities for follow-up research.
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