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Avaliação da relação entre haplogrupo mitocondrial e ancestralidade genômica no desenvolvimento de insuficiência cardíaca em amostra brasileira / Assessment of the relationship between mitochondrial haplogroup and genomic ancestry in the development of heart failure in Brazilian sample

Cardena, Mari Maki Síria Godoy 15 August 2013 (has links)
As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Estudos epidemiológicos e de genética têm demonstrado associações entre a origem étnica dos indivíduos e o desenvolvimento de diversas doenças cardiovasculares. O presente estudo teve como objetivo avaliar a relação entre haplogrupos mitocondriais e ancestralidade genômica no desenvolvimento da IC. Foram avaliados 503 pacientes com IC e 188 controles saudáveis. Os haplogrupos mitocondriais foram obtidos pela análise da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e o estudo de ancestralidade genômica foi realizado pela análise de 48 marcadores autossômicos informativos de ancestralidade (AIMs) tipo INDEL. As análises estatísticas foram realizadas com o uso de regressão logística, construção de curvas de Kaplan-Meier e utilizando o método estatístico de log-rank (Mantel-Cox). Os resultados dos AIMs evidenciaram contribuições semelhantes de ancestralidade genômica entre os grupos de pacientes e controles, evidenciando a não estratificação populacional da amostra. A comparação dos haplogrupos mitocondriais entre os dois grupos revelou uma associação dos haplogrupos africanos com risco aumentado (p=0,015; OR 1,56) para o desenvolvimento da IC, enquanto que os haplogrupos ameríndios foi associado a um menor risco (p=0,043; OR 0,71). As análises realizadas apenas dentro do grupo de pacientes revelaram que 74,6% dos indivíduos se autodeclararam como brancos. As etiologias encontradas com maior frequência na nossa amostra foram a hipertensiva (28,6%) e a isquêmica (28,4%). A análise de mtDNA evidenciou que pacientes pertencentes aos haplogrupos africano apresentaram risco aumentado para o desenvolvimento da IC nas etiologias chagásica (p=0,012; OR 2,32) e hipertensiva (p=0,003; OR 2,05). Evidenciou também que pacientes dos haplogrupos africanos, principalmente da etiologia isquêmica, desenvolveram IC mais cedo que os demais, e que os pacientes com esses haplogrupos da etiologia valvar apresentaram maior sobrevida no período avaliado. A análise dos AIMs demonstrou que, na etiologia hipertensiva, a maior contribuição da ancestralidade genômica africana conferiu risco aumentado (p=0,002; OR 6,07), enquanto que a maior contribuição de ancestralidade genômica europeia conferiu risco diminuído (p=0,001; OR 0,16) para o desenvolvimento da IC; os pacientes com maior contribuição de ancestralidade genômica ameríndia apresentaram maior sobrevida no período de 4 anos. O uso de marcadores autossômicos e do DNA mitocondrial fornece estimativas mais precisas da ancestralidade de um indivíduo e/ou população, enquanto que a autodeclaração de cor de pele fornece indiretamente informações importantes sobre aspectos socioeconômicos e culturais. Assim, seria interessante a utilização, especialmente em populações miscigenadas, de uma construção tridimensional de análise, que poderia fornecer dados mais informativos e complementares em estudos de associação entre etnia e fenótipos e/ou doenças complexas / Cardiovascular diseases are the leading cause of death in many countries, including Brazil, being the heart failure (HF) one of the most common diseases. Epidemiological and genetic studies have shown associations between the ethnic origin of individuals and the development of various cardiovascular diseases. The aim of this study was to evaluate the relationship between mitochondrial haplogroups and genomic ancestry in the development of HF. We evaluated 503 patients with HF and 188 healthy controls. The mitochondrial haplogroups were obtained by analysing the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) and the study of genomic ancestry was conducted by the analysis of 48 autosomal ancestry informative markers (AIMs) INDEL type. Statistical analyzes were performed using logistic regression, construction of the Kaplan-Meier and using the log-rank test (Mantel-Cox). The results of AIMs showed similar contributions of genomic ancestry among the patients and controls groups, indicating no population stratification of the sample. Comparing mitochondrial haplogroups between the groups, we observed that african haplogroups show increased risk (p=0.015, OR 1.56) of development of the HF, while ameridian haplogroup was associated with a reduced risk (p=0.043, OR 0.71). The analysis carried out only within the group of patients showed that 74.6% of individuals self-declared as white. The etiologies found with greater frequency in our sample were hypertension (28.6%) and ischemic (28.4%). Analysis of mtDNA showed that patients belonging to african haplogroup have increased risk of the development of HF in chagasic (p=0.012, OR 2.32) and hypertensive etiologies (p=0.003, OR 2.05). It also showed that patients of african haplogroups, specially of ischemic etiology, developed HF earlier than others, and the patients with this haplogroup of valvular etiology had better survival in the study period. AIMs analysis showed that in hypertensive etiology, the major contribution of african genomic ancestry conferred increased risk (p=0.002, OR 6.07), while the major contribution of european genomic ancestry conferred decreased risk (p=0.001, OR 0 16) to the development of HF; patients with higher contribution of amerindian genomic ancestry had better survival within 4 years. The use of autosomal markers and mtDNA provides more accurate estimates of ancestry of an individual and/or population, while the self-declared ethnicity, indirectly provides important information about socioeconomic and cultural aspects. Thus, it would be interesting to use, especially in admixed populations, the construction of a three-dimensional analysis, which could provide more informative and complementary data in studies of association between ethnicity and phenotypes and/or complex diseases
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Biomarcadores genéticos na hemorragia subaracnoidea aneurismática em pacientes da Amazônia / Genetic biomarkers in patients with aneurysmal subarachnoid hemorrhage in the Amazon patients

Paschoal, Eric Homero Albuquerque 24 August 2017 (has links)
Hemorragia subaracnoidea aneurismática (HSAa) é considerada causa importante de morte e de sequelas neurológicas. A taxa de mortalidade desta doença pode alcançar 50% nos primeiros dois meses após sangramento de aneurisma encefálico. Apesar dos avanços científicos da modernidade, o resultado do tratamento da HSAa não mudou nos últimos anos. O presente estudo avaliou o papel de 14 biomarcadores genéticos, incluindo o polimorfismo (SNP) do gene eNOS, em pacientes da Amazônia com HSAa, para verificar as alterações alélicas associadas ao risco de vasoespasmo encefálico e déficit neurológico tardio. Avaliou-se a ancestralidade desta amostra de pacientes em que se utilizou 48 marcadores para identificar possível etnia associada à predisposição ao VE. Investigou-se 14 biomarcadores genéticos no tocante à resposta inflamatória encefálica na HSAa. Foram avaliados 265 doentes que foram divididos em dois grupos: grupo I (pacientes com vasoespasmo encefálico) e grupo 2 (pacientes sem vasoespasmo). A média das idades foi 51 anos, havia 224 mulheres (84%) e 124 pacientes (46,79%) apresentaram vasoespasmo encefálico (VE). A maior incidência de VE ocorreu na idade entre 50 e 59 anos. Tabagismo e hipertensão arterial sistêmica foram os fatores de risco mais associados à VE. Aneurismas encefálicos de tamanho pequeno e médio predominaram nesta casuística. As escalas amarela e vermelha do VASOGRADE associaram-se ao risco de VE (p < 0,001). Não houve variação na distribuição ancestral entre os grupos estudados e o que ocorre na população brasileira saudável na região Amazônica. O gene da eNOS com seus respectivos polimorfismos T-786C e 27VNTR4 correlacionaram-se com VE. Outros marcadores observados foram TP53, CASP8, ACE2, IL4 e XRCC1. O gene TP53 (modelo recessivo alelo 1) mostrou-se ser um fator protetor de VE, enquanto que genes com mutações INDEL CASP8 (modelo recessivo alelo 2) e o XRCC1 (modelo recessivo alelo 1) mostraram tendência ao desenvolvimento de VE com risco 2 vezes maior e 1,4 vezes maior que o grupo II (p < 0,001). Conclui-se que SNPs da eNOS se correlacionam com desenvolvimento de VE sintomático pós-HSAa. Este estudo também mostrou o papel dos marcadores inflamatórios na HSAa, o que auxiliaria na condução da terapia clínica. / Aneurysmal subarachnoid hemorrhage (aSAH) is a leading cause of premature death and neurological disability. It is considered as a devastating condition that accounts to 50% of mortality during the first two months after a hemorrhagic event. Despite foremost advances in the clinical management of post-aSAH patients, the rates of mortality and morbidity have not changed in recent years. This study appraised the role of 14 genetic biomarkers, including the eNOS polymorphism (SNP) between Amazon\'s patients with aSAH, as means to document how variant alleles are related to a higher disposition to cerebral vasospasm (CV) and delayed cerebral ischemia (DCI). 265 patients were evaluated and then divided into two clusters: Group I (with symptomatic CV) and group II (presenting no symptomatic CV). The median ages of patients were 51.61 years of age, 224 (84.52%) were women and 124 patients (46.97%) had symptoms of cerebral vasospasm (CV). Tobacco smoking and systemic arterial hypertension are the risk factors most associated to CV. In the course of this research, most aneurysms found were small and medium-sized. The score VASOGRADE yellow and VASOGRADE red presented a high risk of CV (p < 0.001). We established a panel of 48 ancestry informative markers for estimating which ethnicity could present a predisposition to CV. There was no variation in the ancestral distribution between study groups and healthy brazilian folk over the Amazon region. The eNOS gene with its polymorphisms T-786C and 27 VNTR4 were correlated to CV. Other markers were accomplished: TP53, CASP8, ACE2, IL4, and XRCC1. The TP53 gene (recessive genetic model allele 1) supporting evidence of the protective role to CV. Whilst other genes with INDEL mutation like as CASP8 (recessive model allele 2) and the XRCC1 (recessive model allele 1) indicated a propensity to spread out CV with odds 2-fold higher, and 1.414 times greater than group II (p < 0.001). It follows that eNOS SNPs correlate to a positive association with a syntomatic CV post-aSAH. Also, this study showed up the role of inflammatory markers at aSAH to a further educated therapeutic choice for a better clinical response
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Avaliação da relação entre haplogrupo mitocondrial e ancestralidade genômica no desenvolvimento de insuficiência cardíaca em amostra brasileira / Assessment of the relationship between mitochondrial haplogroup and genomic ancestry in the development of heart failure in Brazilian sample

Mari Maki Síria Godoy Cardena 15 August 2013 (has links)
As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Estudos epidemiológicos e de genética têm demonstrado associações entre a origem étnica dos indivíduos e o desenvolvimento de diversas doenças cardiovasculares. O presente estudo teve como objetivo avaliar a relação entre haplogrupos mitocondriais e ancestralidade genômica no desenvolvimento da IC. Foram avaliados 503 pacientes com IC e 188 controles saudáveis. Os haplogrupos mitocondriais foram obtidos pela análise da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e o estudo de ancestralidade genômica foi realizado pela análise de 48 marcadores autossômicos informativos de ancestralidade (AIMs) tipo INDEL. As análises estatísticas foram realizadas com o uso de regressão logística, construção de curvas de Kaplan-Meier e utilizando o método estatístico de log-rank (Mantel-Cox). Os resultados dos AIMs evidenciaram contribuições semelhantes de ancestralidade genômica entre os grupos de pacientes e controles, evidenciando a não estratificação populacional da amostra. A comparação dos haplogrupos mitocondriais entre os dois grupos revelou uma associação dos haplogrupos africanos com risco aumentado (p=0,015; OR 1,56) para o desenvolvimento da IC, enquanto que os haplogrupos ameríndios foi associado a um menor risco (p=0,043; OR 0,71). As análises realizadas apenas dentro do grupo de pacientes revelaram que 74,6% dos indivíduos se autodeclararam como brancos. As etiologias encontradas com maior frequência na nossa amostra foram a hipertensiva (28,6%) e a isquêmica (28,4%). A análise de mtDNA evidenciou que pacientes pertencentes aos haplogrupos africano apresentaram risco aumentado para o desenvolvimento da IC nas etiologias chagásica (p=0,012; OR 2,32) e hipertensiva (p=0,003; OR 2,05). Evidenciou também que pacientes dos haplogrupos africanos, principalmente da etiologia isquêmica, desenvolveram IC mais cedo que os demais, e que os pacientes com esses haplogrupos da etiologia valvar apresentaram maior sobrevida no período avaliado. A análise dos AIMs demonstrou que, na etiologia hipertensiva, a maior contribuição da ancestralidade genômica africana conferiu risco aumentado (p=0,002; OR 6,07), enquanto que a maior contribuição de ancestralidade genômica europeia conferiu risco diminuído (p=0,001; OR 0,16) para o desenvolvimento da IC; os pacientes com maior contribuição de ancestralidade genômica ameríndia apresentaram maior sobrevida no período de 4 anos. O uso de marcadores autossômicos e do DNA mitocondrial fornece estimativas mais precisas da ancestralidade de um indivíduo e/ou população, enquanto que a autodeclaração de cor de pele fornece indiretamente informações importantes sobre aspectos socioeconômicos e culturais. Assim, seria interessante a utilização, especialmente em populações miscigenadas, de uma construção tridimensional de análise, que poderia fornecer dados mais informativos e complementares em estudos de associação entre etnia e fenótipos e/ou doenças complexas / Cardiovascular diseases are the leading cause of death in many countries, including Brazil, being the heart failure (HF) one of the most common diseases. Epidemiological and genetic studies have shown associations between the ethnic origin of individuals and the development of various cardiovascular diseases. The aim of this study was to evaluate the relationship between mitochondrial haplogroups and genomic ancestry in the development of HF. We evaluated 503 patients with HF and 188 healthy controls. The mitochondrial haplogroups were obtained by analysing the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) and the study of genomic ancestry was conducted by the analysis of 48 autosomal ancestry informative markers (AIMs) INDEL type. Statistical analyzes were performed using logistic regression, construction of the Kaplan-Meier and using the log-rank test (Mantel-Cox). The results of AIMs showed similar contributions of genomic ancestry among the patients and controls groups, indicating no population stratification of the sample. Comparing mitochondrial haplogroups between the groups, we observed that african haplogroups show increased risk (p=0.015, OR 1.56) of development of the HF, while ameridian haplogroup was associated with a reduced risk (p=0.043, OR 0.71). The analysis carried out only within the group of patients showed that 74.6% of individuals self-declared as white. The etiologies found with greater frequency in our sample were hypertension (28.6%) and ischemic (28.4%). Analysis of mtDNA showed that patients belonging to african haplogroup have increased risk of the development of HF in chagasic (p=0.012, OR 2.32) and hypertensive etiologies (p=0.003, OR 2.05). It also showed that patients of african haplogroups, specially of ischemic etiology, developed HF earlier than others, and the patients with this haplogroup of valvular etiology had better survival in the study period. AIMs analysis showed that in hypertensive etiology, the major contribution of african genomic ancestry conferred increased risk (p=0.002, OR 6.07), while the major contribution of european genomic ancestry conferred decreased risk (p=0.001, OR 0 16) to the development of HF; patients with higher contribution of amerindian genomic ancestry had better survival within 4 years. The use of autosomal markers and mtDNA provides more accurate estimates of ancestry of an individual and/or population, while the self-declared ethnicity, indirectly provides important information about socioeconomic and cultural aspects. Thus, it would be interesting to use, especially in admixed populations, the construction of a three-dimensional analysis, which could provide more informative and complementary data in studies of association between ethnicity and phenotypes and/or complex diseases
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Biomarcadores genéticos na hemorragia subaracnoidea aneurismática em pacientes da Amazônia / Genetic biomarkers in patients with aneurysmal subarachnoid hemorrhage in the Amazon patients

Eric Homero Albuquerque Paschoal 24 August 2017 (has links)
Hemorragia subaracnoidea aneurismática (HSAa) é considerada causa importante de morte e de sequelas neurológicas. A taxa de mortalidade desta doença pode alcançar 50% nos primeiros dois meses após sangramento de aneurisma encefálico. Apesar dos avanços científicos da modernidade, o resultado do tratamento da HSAa não mudou nos últimos anos. O presente estudo avaliou o papel de 14 biomarcadores genéticos, incluindo o polimorfismo (SNP) do gene eNOS, em pacientes da Amazônia com HSAa, para verificar as alterações alélicas associadas ao risco de vasoespasmo encefálico e déficit neurológico tardio. Avaliou-se a ancestralidade desta amostra de pacientes em que se utilizou 48 marcadores para identificar possível etnia associada à predisposição ao VE. Investigou-se 14 biomarcadores genéticos no tocante à resposta inflamatória encefálica na HSAa. Foram avaliados 265 doentes que foram divididos em dois grupos: grupo I (pacientes com vasoespasmo encefálico) e grupo 2 (pacientes sem vasoespasmo). A média das idades foi 51 anos, havia 224 mulheres (84%) e 124 pacientes (46,79%) apresentaram vasoespasmo encefálico (VE). A maior incidência de VE ocorreu na idade entre 50 e 59 anos. Tabagismo e hipertensão arterial sistêmica foram os fatores de risco mais associados à VE. Aneurismas encefálicos de tamanho pequeno e médio predominaram nesta casuística. As escalas amarela e vermelha do VASOGRADE associaram-se ao risco de VE (p < 0,001). Não houve variação na distribuição ancestral entre os grupos estudados e o que ocorre na população brasileira saudável na região Amazônica. O gene da eNOS com seus respectivos polimorfismos T-786C e 27VNTR4 correlacionaram-se com VE. Outros marcadores observados foram TP53, CASP8, ACE2, IL4 e XRCC1. O gene TP53 (modelo recessivo alelo 1) mostrou-se ser um fator protetor de VE, enquanto que genes com mutações INDEL CASP8 (modelo recessivo alelo 2) e o XRCC1 (modelo recessivo alelo 1) mostraram tendência ao desenvolvimento de VE com risco 2 vezes maior e 1,4 vezes maior que o grupo II (p < 0,001). Conclui-se que SNPs da eNOS se correlacionam com desenvolvimento de VE sintomático pós-HSAa. Este estudo também mostrou o papel dos marcadores inflamatórios na HSAa, o que auxiliaria na condução da terapia clínica. / Aneurysmal subarachnoid hemorrhage (aSAH) is a leading cause of premature death and neurological disability. It is considered as a devastating condition that accounts to 50% of mortality during the first two months after a hemorrhagic event. Despite foremost advances in the clinical management of post-aSAH patients, the rates of mortality and morbidity have not changed in recent years. This study appraised the role of 14 genetic biomarkers, including the eNOS polymorphism (SNP) between Amazon\'s patients with aSAH, as means to document how variant alleles are related to a higher disposition to cerebral vasospasm (CV) and delayed cerebral ischemia (DCI). 265 patients were evaluated and then divided into two clusters: Group I (with symptomatic CV) and group II (presenting no symptomatic CV). The median ages of patients were 51.61 years of age, 224 (84.52%) were women and 124 patients (46.97%) had symptoms of cerebral vasospasm (CV). Tobacco smoking and systemic arterial hypertension are the risk factors most associated to CV. In the course of this research, most aneurysms found were small and medium-sized. The score VASOGRADE yellow and VASOGRADE red presented a high risk of CV (p < 0.001). We established a panel of 48 ancestry informative markers for estimating which ethnicity could present a predisposition to CV. There was no variation in the ancestral distribution between study groups and healthy brazilian folk over the Amazon region. The eNOS gene with its polymorphisms T-786C and 27 VNTR4 were correlated to CV. Other markers were accomplished: TP53, CASP8, ACE2, IL4, and XRCC1. The TP53 gene (recessive genetic model allele 1) supporting evidence of the protective role to CV. Whilst other genes with INDEL mutation like as CASP8 (recessive model allele 2) and the XRCC1 (recessive model allele 1) indicated a propensity to spread out CV with odds 2-fold higher, and 1.414 times greater than group II (p < 0.001). It follows that eNOS SNPs correlate to a positive association with a syntomatic CV post-aSAH. Also, this study showed up the role of inflammatory markers at aSAH to a further educated therapeutic choice for a better clinical response

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