Diapause is often an adaptation for survival during periods of harsh environmental conditions. Some diapausing stages do not terminate the dormancy once the favourable conditions are restored. Such prolonged diapause may be enforced by environment if a diapausing stage cannot be reached by the cues inducing termination of dormancy. However, it may also be an advantageous bet-hedging strategy to allow only a fraction of dormant stages produced in any given season to hatch the next time conditions become favourable. I tested whether such strategy can be observed in hatching patterns of dormant eggs of Daphnia obtusa - a cladoceran occurring in small Central European temporary waters. I investigated the influence of intensity of illumination on hatching success, and effect of isolating the eggs encased in ephippia from the sediment. Fraction of eggs terminating diapause, fraction of embryos successfully leaving the egg membranes, and timing of the response were assessed at 15 ˚C under four intensities of illumination (100% = 35µmol.m2 .s-1 , 75%, 50%, 25%; photoperiod 12h light: 12h dark) and in complete darkness for 21 days. My results support previous suggestions that there is no genetically-fixed bet-hedging strategy in D. obtusa. I observed high proportion of eggs which terminated diapause in all...

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(農学) / 甲第19379号 / 農博第2149号 / 新制||農||1037(附属図書館) / 学位論文||H28||N4959(農学部図書室) / 32393 / 新制||農||1037 / 京都大学大学院農学研究科森林科学専攻 / (主査)教授 髙部 圭司, 教授 髙野 俊幸, 教授 杉山 淳司 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Agricultural Science / Kyoto University / DGAM

Une entité botanique peut être considérée comme une succession ordonnée d'entités botaniques d'un niveau d'organisation inférieur (ex : une unité de croissance peut se décrire comme une succession de métamères). Pour chaque entité botanique, il est possible de mesurer un certain nombre de variables qui traduisent ses caractéristiques (longueur de l'entre-nœud, type de production axillaire). La succession des valeurs prises par une ou plusieurs variables mesurées est alors appelée « séquence d'événements botaniques ». Des travaux récents menés chez des arbres fruitiers et forestiers ont permis de développer une approche statistique adaptée à l'analyse d'échantillons de séquences allant de l'analyse exploratoire à la construction de processus Markoviens. L'objectif de cette thèse est (i) d'évaluer la pertinence d'une approche couplant analyse architecturale et analyse de séquences extraites d'architectures mesurées, (ii) d'apporter une vision et une compréhension nouvelle des phénomènes de croissance, de ramification et de floraison par l'utilisation de modèles statistiques adaptés et (iii) d'analyser les applications possibles des comparaisons de séquences et de modèles dans l'étude de l'influence du milieu et la caractérisation de la plasticité architecturale. Cette problématique est illustrée par (i) l'étude des structures de ramification des différents types d'unités de croissance des pousses annuelles mono- ou polycycliques de chêne rouge d'Amérique (Quercus rubra), (ii) des synchronismes de ramification et de floraison chez Cecropia obtusa et (iii) par l'étude de l'évolution de la phyllotaxie et des modalités de ramification au cours de l'ontogénie sur plusieurs espèces de Cupressus. Les résultats montrent que la répartition des productions axillaires sur une entité porteuse n'est pas aléatoire mais qu'elle est le plus souvent organisée en une succession de zones homogènes ou montre des motifs répétés à un niveau plus local. Les mécanismes sous-jacents potentiellement responsables des organisations révélées à diverses échelles et l'apport de la prise en compte de l'information structurelle des arbres dans la mesure et l'analyse statistique des données sont discutés

農林水産研究情報センターで作成したPDFファイルを使用している。

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Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) appartiennent au phylum Glomeromycota. Ces champignons forment une association symbiotique (obligatoire pour les champignons) avec plus de 80 % des espèces de plantes vasculaires, incluant la plupart des plantes cultivées. Cette symbiose mycorhizienne arbusculaire, très répandue dans la nature, a été retrouvée dans presque tous les écosystèmes terrestres aussi bien dans des déserts chauds et froids que dans des forêts tropicales ou tempérées. L’emploi d’outils de biologie moléculaire et des fossiles ont permis d’estimer la date de l’origine de la symbiose mycorhizienne arbusculaire à environ 450 millions d’années avant notre ère. Cette date coïncide avec l’apparition des premières plantes terrestres primitives. Il existe plusieurs types de mycorhizes impliquant différents champignons et différentes plantes hôtes. Ces différents faits suggèrent que les plantes vasculaires et les champignons mycorhiziens à arbuscules ont co-évolué, et que les Glomeromycota ont influencé la capacité des plantes à coloniser le milieu terrestre. Plusieurs études ont montré que les contaminants organiques peuvent influer négativement cette relation mutuellement bénéfique qu'entretiennent la plante et le champignon conduisant à une diminution de la croissance du CMA mais aussi à une modification des interactions au sein de la communauté de CMA elle-même. Ainsi, mon projet de maîtrise vise à quantifier la diversité mycorhizienne arbusculaire de deux espèces de plante Eleocharis obtusa et Panicum capillare qui poussent dans un bassin hautement contaminé par des hydrocarbures pétroliers de façon très hétérogène et étudier les structures des communautés des CMA dans des échantillons de sol rhizosphérique et de racines de celles-ci. L'un des résultats important de mon étude est la découverte d’une très grande diversité des CMA associés à E. obtusa et P. capillare dans ce milieu contaminé. En effet, pas moins de 26 unités taxonomiques opérationnelles (OTU) de champignons mycorhiziens à arbuscules ont été recensés. La quasi-totalité des familles de Glomeroycota sont représentées à l'exception de Ambisporaceae, Geosiphonaceae et Pacisporaceae. Ainsi, le genre Diversispora domine la communauté des CMA par son abondance relative, cependant le genre Claroideoglomus est le plus abondant des genres des CMA. Ensuite, mon projet a déterminé l'influence de la plante hôte sur la composition de la communauté de CMA. D'après l'analyse de la diversité alpha, les plantes présentent une structure de diversité différente. Les valeurs de Local Contributions to beta Diveristy (LCBD) élevées étaient souvent liées à un site avec un grand nombre de taxons de CMA. En utilisant une analyse en composante principale (ACP), j’ai constaté que les échantillons récoltés en 2011 auraient sensiblement la même composition en OTU. J’ai pu observer également une variation de la communauté des OTU de CMA d'une année à l'autre pour les plantes. La rhizosphère des plantes récoltées la même année avait une communauté d'OTU similaire globalement, pourtant au niveau racinaire, j’ai observé une spécificité chez des certains OTU. Cette étude fournit une vue d’ensemble de la diversité des CMA associés à des végétaux localisés dans les sédiments très polluées. Elle suggère aussi que les CMA peuvent être des candidats microbiens potentiellement importants dans la restauration des sols contaminés par le pétrole. / The arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) belong to phylum Glomeromycota, a group of early divergent fungal lineage. These fungi form a mutualistic symbiotic association with more than 80% of vascular plant species, including most important crops. The arbuscular mycorrhizal symbiosis is widespread and has been found in almost all terestrial ecosystems on earth such as hot and cold deserts, as well as tropical and temperate forests. The use of molecular biology tools and fossil records dated back the origin of arbuscular mycorrhizal symbiosis to 460 million years ago, which coincides with the emergence of terrestrial plants. There are several types of mycorrhizas depending on fungal groups and host plants. It has been suggested that vascular plants and AMF have co-evolved and that Glomeromycota helped plant ancestors to colonize the land. It has been reported that organic contaminants can negatively impact this mutually beneficial symbiosis between plant and fungi reducing the growth of the AMF and changing the structure of AMF communities. The objective of my master project was to determine the diversity of arbuscular mycorrhizal fungi associated with two plant species, Eleocharis obtusa and Panicum capillare, which spontaneously growing a highly petroleum hydrocarbons contaminated basin with an heterogeneous pattern of contamination, and to describe the structures of their communities in their rhizosphere soils and roots. My results revealed an unexpected high diversity of AMF OTUs associated with two plant species. Indeed, we identified 26 OTUs of AMF. This diversity covered the most important families of Glomeroycota except Ambisporaceae, Geosiphonaceae and Pacisporaceae. Genus Diversispora dominated the AMF community by its relative abundance, however the genus Claroideoglomus was the most represented in the samples. My study determined the influence of the host plant on the composition of the AMF community. Based on the analysis of the α diversity, we found that the rhizospheric soil and root samples showed different community structures between the two plants species. β diversity analysis showed that high Local Contributions to β Diveristy (LCBD) values (high uniqueness of species composition) were often linked to the sample with a large number of AMF taxa. Using a principal component analysis (PCA), we found that the samples collected in 2011 have approximately the same composition of OTUs. It is likely that a turnover of AMF OTU and 4 plants may occur from one year to another. This study provides an overview of the diversity of AMF associated with plants located in heavily polluted sediments. It also suggests that AMF may be potentially important microbial candidates in the remediation of oil-contaminated soils.