Background: Although subclinical persistent infections with the human polyomaviruses are ubiquitous worldwide, they are known to vary in relation to geographical location, diseases present and may associate with different human tumours, especially in immunocompromised patients. The current study hypothesised that there may be co-operativity between HPV and polyomaviruses, particularly in HIV positive women, that could influence the rate of progression to invasive cervical carcinoma. Patients and Methods: Novel PCR methods were developed for the detection of SV40, MCV, JCV and BKV polyomavirus DNA. These were used to test DNAs extracted from 220 cervical smears and 77 invasive cervical carcinomas (ICCs) from HIV positive and negative Kenyan women of known HPV status. An expression plasmid was constructed containing JCV Large T (LT) antigen and this, in addition to empty vector control, used to stably transfect HPV16 E6/E7 immortalised human keratinocytes. Expression of LT was analysed in transfected cell lines by PCR, immunocytology and Western blotting. These cells were then used to test for changes in Cell contact growth inhibition; Growth rate and Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT). Screening of full transcriptome microarrays was carried out on vector and LT transfected cells and their sensitivity to the drug mefloquine tested by comparison of growth rates and live/dead cell assays. Results: PCR accurately detected ~18 copies of SV40, MCV, JCV and BKV DNA in addition to simultaneous detection of JCV and BKV. None of the clinical samples tested were positive for SV40, MCV, or BKV DNA. However, JCV DNA was detected in 24/297 (8%) of cervical specimens. Comparison of the incidence of JCV in cervical smears and ICCs showed a ~3-fold increase in samples from HIV positive women with ICC (P=0.025) whereas no significant difference was found between smears and ICCs from HIV negative women (P=0.553). Analysis of the consequences of ectopic expression of JCV LT in E6/E7 immortalised human keratinocytes showed no difference in either growth rates or contact inhibition and changes in the EMT marker vimentin were found to be related to cellular clonality. Microarray analysis showed LT related alterations in gene expression which could have bearing on its carcinogenic potential in addition to changes related to clonality. JCV LT expressing monoclonal cell were the most sensitive to mefloquine treatment. Conclusion: The simultaneous JCV/BKV detection method, described herein, is unique and has been evaluated by the WHO for this purpose. The results indicate the prevalence JCV and BKV with respect to the African geographical location and suggest that JCV may combine with high-risk HPV in a sub-set of HIV positive women to influence the rate of progression to invasive cervical carcinoma. In vitro JCV LT was found not to be an overt oncogene in the cell system used although cell cloning procedures clearly affected the assays. LT induced changes in total gene expression were consistent with neoplastic progression although a high proportion of genes with unknown function were dsyregulated with respect to clonality. The anti JCV drug mefloquine showed some selectivity for LT expressing cells and further investigation of this indication is warranted.

A presente tese apresenta como foco de investigação um tipo de produção textual: a narrativa escrita de pré-adolescentes. O estudo teve como objetivo geral compreender como as operações mentais do sujeito se expressam nas atividades que envolvem a escrita da narrativa-conto na escola. A questão levantada é: Como os sujeitos préadolescentes constroem a coerência em seus textos narrativos? O problema é analisado do ponto de vista da Epistemologia Genética de Jean Piaget, incluindo contribuições relevantes de estudos relacionados com a área investigada. Este trabalho tem como unidade central de análise a operatividade do pensamento de pré-adolescentes durante a construção da coerência em textos de narrativa-conto e utiliza o estudo de casos múltiplos (YIN, 2001) como delineamento de pesquisa e as contribuições do método clínico em conversações durante a observação sistemática dos sujeitos envolvidos. A coleta das evidências foi realizada no ano de 2008, em 19 encontros extraclasse com alunas da turma em que a pesquisadora atuava como professora. As alunas frequentavam o 5º ano de escolaridade em uma escola pública da Rede Municipal de Ensino, em Porto Alegre. As tarefas propostas nas situações de produção exigiram regulações ativas das quatro alunas que constituíram os casos analisados. Essas tarefas possibilitaram o acompanhamento das modificações cognitivas que aconteceram durante o processo de construção da coerência na escrita de textos narrativos. Estudos que correspondem ao quarto período da obra de Jean Piaget (1974a, 1974b, 1986) mostraram-se fundamentais para a análise das evidências, por abordarem conceitos explicativos do progresso cognitivo através dos processos da tomada de consciência e da lógica das significações. Os resultados empíricos dos quatro casos foram analisados a partir de três categorias: 1) Implicação Significante (situação problema e desfecho); 2) Estruturação do Real (níveis de coerência e recursos coesivos); 3) Descentração / Tomada de Consciência: regulações e construção de novos possíveis. Os resultados alcançados mostram que as relações entre processos gerais de desenvolvimento cognitivo, como as tomadas de consciência e as implicações significantes, e a construção da coerência em textos escritos em narrativas-conto como conhecimento específico, se evidenciam no uso dos elementos de coesão que expressam relações lógicas na articulação do desfecho com a introdução e meio da história, no uso do tempo dos verbos e no uso de nexos com valor temporal, bem como na distinção da fala do narrador da fala do personagem através da mudança de linha nos parágrafos e no uso do sinal de dois pontos e travessão. / This thesis focuses on a type of textual production: written narratives produced by preadolescents. The study aims at understanding how the subject’s mental operations are expressed in activities involving the writing of tales in school. The question is: how do preadolescents construct coherence in their narrative texts? The problem is analyzed according to Piaget’s Genetic Epistemology viewpoint. including relevant contributions from studies related to the investigated area. The central unit of analysis of the study is the operativity of preadolescent thought while constructing coherence in tales. It uses the multiple case study design (YIN, 2001) and the contributions of the clinical method while systematically observing the participants during their conversations. Data collection occurred in the 19 extra-class meetings with girls who were drawn from the class the researcher was teaching in the 2008 year. The students were 5th graders of a public school of the city of Porto Alegre, farthest south of Brazil. Tasks presented during the situations of text production required active regulations from the four students who compounded the analyzed cases. These tasks made it possible to follow the cognitive changes that occurred during the process of construction of coherence in the writing of the narrative texts. Studies corresponding to the fourth period of Piaget’s work (1974a, 1974b, 1986) have showed to be critical for analyzing the evidences, as they addressed explanations of the cognitive progress by processes of grasping of consciousness and logic of meanings. The empirical results of the four cases were analyzed according to three categories: 1) significant implication (problem situation and end); 2) Structuring of the real (coherence levels and cohesive resources); Decentralization/ grasp of consciousness: regulations and construction of new possibles. Results show that relationships between general processes of cognitive development, such as the grasping of consciousness and significant implications, and the construction of coherence in tale type written texts as specific knowledge, become evident in the utilization of cohesive elements expressing logic relationships in the articulation of the end with the introduction and the middle of the story, in the use of verbs tenses and connections with temporal value. It becomes evident as well in the distinction between the narrator’s and the character’s speech by changing to another line in paragraphs, and in the use of colon and dash.

A presente tese apresenta como foco de investigação um tipo de produção textual: a narrativa escrita de pré-adolescentes. O estudo teve como objetivo geral compreender como as operações mentais do sujeito se expressam nas atividades que envolvem a escrita da narrativa-conto na escola. A questão levantada é: Como os sujeitos préadolescentes constroem a coerência em seus textos narrativos? O problema é analisado do ponto de vista da Epistemologia Genética de Jean Piaget, incluindo contribuições relevantes de estudos relacionados com a área investigada. Este trabalho tem como unidade central de análise a operatividade do pensamento de pré-adolescentes durante a construção da coerência em textos de narrativa-conto e utiliza o estudo de casos múltiplos (YIN, 2001) como delineamento de pesquisa e as contribuições do método clínico em conversações durante a observação sistemática dos sujeitos envolvidos. A coleta das evidências foi realizada no ano de 2008, em 19 encontros extraclasse com alunas da turma em que a pesquisadora atuava como professora. As alunas frequentavam o 5º ano de escolaridade em uma escola pública da Rede Municipal de Ensino, em Porto Alegre. As tarefas propostas nas situações de produção exigiram regulações ativas das quatro alunas que constituíram os casos analisados. Essas tarefas possibilitaram o acompanhamento das modificações cognitivas que aconteceram durante o processo de construção da coerência na escrita de textos narrativos. Estudos que correspondem ao quarto período da obra de Jean Piaget (1974a, 1974b, 1986) mostraram-se fundamentais para a análise das evidências, por abordarem conceitos explicativos do progresso cognitivo através dos processos da tomada de consciência e da lógica das significações. Os resultados empíricos dos quatro casos foram analisados a partir de três categorias: 1) Implicação Significante (situação problema e desfecho); 2) Estruturação do Real (níveis de coerência e recursos coesivos); 3) Descentração / Tomada de Consciência: regulações e construção de novos possíveis. Os resultados alcançados mostram que as relações entre processos gerais de desenvolvimento cognitivo, como as tomadas de consciência e as implicações significantes, e a construção da coerência em textos escritos em narrativas-conto como conhecimento específico, se evidenciam no uso dos elementos de coesão que expressam relações lógicas na articulação do desfecho com a introdução e meio da história, no uso do tempo dos verbos e no uso de nexos com valor temporal, bem como na distinção da fala do narrador da fala do personagem através da mudança de linha nos parágrafos e no uso do sinal de dois pontos e travessão. / This thesis focuses on a type of textual production: written narratives produced by preadolescents. The study aims at understanding how the subject’s mental operations are expressed in activities involving the writing of tales in school. The question is: how do preadolescents construct coherence in their narrative texts? The problem is analyzed according to Piaget’s Genetic Epistemology viewpoint. including relevant contributions from studies related to the investigated area. The central unit of analysis of the study is the operativity of preadolescent thought while constructing coherence in tales. It uses the multiple case study design (YIN, 2001) and the contributions of the clinical method while systematically observing the participants during their conversations. Data collection occurred in the 19 extra-class meetings with girls who were drawn from the class the researcher was teaching in the 2008 year. The students were 5th graders of a public school of the city of Porto Alegre, farthest south of Brazil. Tasks presented during the situations of text production required active regulations from the four students who compounded the analyzed cases. These tasks made it possible to follow the cognitive changes that occurred during the process of construction of coherence in the writing of the narrative texts. Studies corresponding to the fourth period of Piaget’s work (1974a, 1974b, 1986) have showed to be critical for analyzing the evidences, as they addressed explanations of the cognitive progress by processes of grasping of consciousness and logic of meanings. The empirical results of the four cases were analyzed according to three categories: 1) significant implication (problem situation and end); 2) Structuring of the real (coherence levels and cohesive resources); Decentralization/ grasp of consciousness: regulations and construction of new possibles. Results show that relationships between general processes of cognitive development, such as the grasping of consciousness and significant implications, and the construction of coherence in tale type written texts as specific knowledge, become evident in the utilization of cohesive elements expressing logic relationships in the articulation of the end with the introduction and the middle of the story, in the use of verbs tenses and connections with temporal value. It becomes evident as well in the distinction between the narrator’s and the character’s speech by changing to another line in paragraphs, and in the use of colon and dash.

A presente tese apresenta como foco de investigação um tipo de produção textual: a narrativa escrita de pré-adolescentes. O estudo teve como objetivo geral compreender como as operações mentais do sujeito se expressam nas atividades que envolvem a escrita da narrativa-conto na escola. A questão levantada é: Como os sujeitos préadolescentes constroem a coerência em seus textos narrativos? O problema é analisado do ponto de vista da Epistemologia Genética de Jean Piaget, incluindo contribuições relevantes de estudos relacionados com a área investigada. Este trabalho tem como unidade central de análise a operatividade do pensamento de pré-adolescentes durante a construção da coerência em textos de narrativa-conto e utiliza o estudo de casos múltiplos (YIN, 2001) como delineamento de pesquisa e as contribuições do método clínico em conversações durante a observação sistemática dos sujeitos envolvidos. A coleta das evidências foi realizada no ano de 2008, em 19 encontros extraclasse com alunas da turma em que a pesquisadora atuava como professora. As alunas frequentavam o 5º ano de escolaridade em uma escola pública da Rede Municipal de Ensino, em Porto Alegre. As tarefas propostas nas situações de produção exigiram regulações ativas das quatro alunas que constituíram os casos analisados. Essas tarefas possibilitaram o acompanhamento das modificações cognitivas que aconteceram durante o processo de construção da coerência na escrita de textos narrativos. Estudos que correspondem ao quarto período da obra de Jean Piaget (1974a, 1974b, 1986) mostraram-se fundamentais para a análise das evidências, por abordarem conceitos explicativos do progresso cognitivo através dos processos da tomada de consciência e da lógica das significações. Os resultados empíricos dos quatro casos foram analisados a partir de três categorias: 1) Implicação Significante (situação problema e desfecho); 2) Estruturação do Real (níveis de coerência e recursos coesivos); 3) Descentração / Tomada de Consciência: regulações e construção de novos possíveis. Os resultados alcançados mostram que as relações entre processos gerais de desenvolvimento cognitivo, como as tomadas de consciência e as implicações significantes, e a construção da coerência em textos escritos em narrativas-conto como conhecimento específico, se evidenciam no uso dos elementos de coesão que expressam relações lógicas na articulação do desfecho com a introdução e meio da história, no uso do tempo dos verbos e no uso de nexos com valor temporal, bem como na distinção da fala do narrador da fala do personagem através da mudança de linha nos parágrafos e no uso do sinal de dois pontos e travessão. / This thesis focuses on a type of textual production: written narratives produced by preadolescents. The study aims at understanding how the subject’s mental operations are expressed in activities involving the writing of tales in school. The question is: how do preadolescents construct coherence in their narrative texts? The problem is analyzed according to Piaget’s Genetic Epistemology viewpoint. including relevant contributions from studies related to the investigated area. The central unit of analysis of the study is the operativity of preadolescent thought while constructing coherence in tales. It uses the multiple case study design (YIN, 2001) and the contributions of the clinical method while systematically observing the participants during their conversations. Data collection occurred in the 19 extra-class meetings with girls who were drawn from the class the researcher was teaching in the 2008 year. The students were 5th graders of a public school of the city of Porto Alegre, farthest south of Brazil. Tasks presented during the situations of text production required active regulations from the four students who compounded the analyzed cases. These tasks made it possible to follow the cognitive changes that occurred during the process of construction of coherence in the writing of the narrative texts. Studies corresponding to the fourth period of Piaget’s work (1974a, 1974b, 1986) have showed to be critical for analyzing the evidences, as they addressed explanations of the cognitive progress by processes of grasping of consciousness and logic of meanings. The empirical results of the four cases were analyzed according to three categories: 1) significant implication (problem situation and end); 2) Structuring of the real (coherence levels and cohesive resources); Decentralization/ grasp of consciousness: regulations and construction of new possibles. Results show that relationships between general processes of cognitive development, such as the grasping of consciousness and significant implications, and the construction of coherence in tale type written texts as specific knowledge, become evident in the utilization of cohesive elements expressing logic relationships in the articulation of the end with the introduction and the middle of the story, in the use of verbs tenses and connections with temporal value. It becomes evident as well in the distinction between the narrator’s and the character’s speech by changing to another line in paragraphs, and in the use of colon and dash.