Potato cyst nematodes (PCN), Globodera rostochiensis and G. pallida, are economically important pests of potato (Solanum tuberosum) crops in potato growing regions worldwide. Integrated management is under threat, with effective nematicides increasingly being withdrawn on environmental and health grounds. Alternative strategies are urgently needed and trap cropping could be one of them. The non-tuber-bearing Solanum sisymbriifolium is regarded as an effective trap crop for PCN with strong hatching ability and immunity to PCN infection and has been used in the UK and The Netherlands. However, its mode of action is unknown. In order to shed light on the mode of action so that a novel control strategy could be identified, the interactions between G. pallida and S. sisymbriifolium were investigated using in vitro bioassays. In choice assays, G. pallida J2s were equally attracted to the roots of S. sisymbriifolium and to those of S. tuberosum. However, potato root diffusate (PRD), which is routinely used to induce PCN hatch, failed to attract G. pallida J2s in chemotaxis bioassays, indicating hatching factors (HFs) and soluble compounds present in PRD are not involved in attraction of G. pallida J2s to potato roots. The J2s invaded the roots of S. sisymbriifolium in large numbers but failed to develop further. To facilitate continuous observation of nematode development, a novel in vitro method was devised with the use of Pluronic F-127, which requires no sterilisation, and the life cycle of G. pallida was successfully observed in S. tuberosum roots. Quantitative real-time polymerase chain reaction analyses of defence related genes of S. tuberosum and S. sisymbriifolium infected with G. pallida revealed up-regulation of the chitinase gene (ChtC 2.1) at 3 days post inoculation in S. sisymbriifolium but not in S. tuberosum. Electrospray ionisation-mass spectrometry analyses of root exudate extracts of the two Solanum species and subsequent bioassay-guided fractionation showed that the HF of S. sisymbriifolium differs from that of S. tuberosum. Previously, attention had been solely paid to the hatching ability of the root exudate of S. sisymbriifolium, but this study revealed for the first time that the aerial part extract possesses a significant hatching ability.

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No ano de 2003 formou-se na Amazônia peruana um sistema de Áreas Naturais Protegidas (ANP) constituído pelo Parque Nacional Otishi e as Reservas Comunais Indígenas Asháninka e Matsiguenga. A legalização desse sistema tem por finalidade tanto a conservação da diversidade de espécies de flora e fauna, quanto a conservação do patrimônio cultural presente no âmbito da Cordilheira de Vilcabamba. Selecionou-se para esse estudo a comunidade Camantavishi do grupo Asháninka pertencente à família etnolinguistica Arawak pré-andino, cuja terra localiza-se na parte baixa da Cordilheira, na área de amortecimento das ANP. Conseqüentemente as decisões tomadas nesta parte terão repercussão direta sobre as partes altas de Vilcabamba. Com a formação das ANP as Comunidades Indígenas encontram-se sobe a influência de inúmeros fatores que geram impactos que podem ser considerados positivos ou negativos. O primeiro capítulo descreve o nível de participação dos povos indígenas na gestão das ANP, verificando-se que existe o envolvimento por parte das autoridades representantes das comunidades. Como indicador dos impactos culturais que ocorrem no interior da unidade produtiva fez-se uso da caracterização das variações na produção artesanal decorrentes da inserção ao mercado. No segundo capítulo, aprofunda-se sobre as técnicas de aproveitamento e o manejo tradicional da espécie florestal Trichilia pallida e suas mudanças provenientes do contato com múltiplos fatores exógenos à cultura Asháninka. São apresentadas as principais características da espécie, obtidas através de dados secundários bem como de informações obtidas junto à Comunidade escolhida. Esse capítulo apresenta também resultados advindos do levantamento qualitativo com técnicas de observação participante e entrevistas parcialmente estruturadas realizadas junto a 30 mulheres e 11 homens que moram no núcleo de Camantavishi e 13 mulheres e 13 homens do centro Shima. / In the year 2003, a system of Protected Natural Areas was formed in the Peruvian Amazon (ANP) constituted by the National Park Otishi and the Indigenous Communal Reserves of two ethnic groups, Asháninka and Matsiguenga. The beginning of this system had the purpose of conserving the diversity of flora and fauna species, as well as the conservation of the living cultural patrimony in the area of Vilcabamba Mountain. The Asháninka group was selected for this study belonging to the Preandino Arawak etnolinguistic family. The land of this group is situated in the low region of the Mountain forming the buffer zone of ANP; consequently the exploitation of resources in these areas will have direct effect on the high lands of the Mountain. As a result of ANP formation, the Indigenous Communities have now the influence of a variety of factors that generate impacts that can be considered positive or negative. The first chapter describes the participation level of the Indigenous people in the ANP management, trying to check if there is an involvement of the representative authorities of the communities. As an indicator of cultural impacts that occur in the core of the productive unit, it was used the characterization of the variations in the handcrafts from the new processes that come from the contact with the market. In the second chapter describes deeply in the techniques of exploitation and the traditional handling of the forest species, Trichilia pallida and its changes preceding the contact with multiple exogenous factors from Asháninka culture. The main characteristics of the species are presented here, from secondary data as well as information from the Camantavishi Community. This chapter also presents results from the qualitative survey with techniques of participatory observation and partially structured interviews done with 30 women and 11 men who live in the nucleus of Camantavishi Community and 13 women and 13 men of the Shima center.

Les nématodes à kystes sont l'un des bioagresseurs causant le plus de dégâts sur les cultures de pommes de terre. La résistance trouvée chez l'accession spl88S.329.18, issue de l'espèce Solanum sparsipilum est caractérisée par un déterminisme oligogénique avec un QTL à localisé sur le chromosome V (GpaVspl) et un QTL mineur localisé sur le chromosome XI(GpaXIspl). Pour obtenir une résistance de haut niveau, l'effet du QTL GpaVspl, doit êtrecomplémenté par celui du QTL à effet faible GpaXIspl. Par génomique comparative, le locusGpaV a été localisé dans un intervalle compris entre 16 et 60 kb sur les génomes de la tomateet des espèces apparentées à la pomme de terre, Solanum demissum et Solanum phureja. Deuxgènes ont été annotés dans cet intervalle sur les génomes de la tomate et de S. demissum : lepremier appartient à la famille des TIR-NBS-LRR (TNL), famille de gènes de résistanceclassiques, et le second appartient à la famille des " mitochondrial, transcription terminationfactor " (mTERF), dont l'implication dans des mécanismes de résistance n'a jamais étédémontrée.Les objectifs de ma thèse étaient d'identifier le(s) gène(s) responsable(s) de la résistance àG. pallida, conférée par le locus GpaVspl, et d'étudier sa régulation. Suite à la publication de laséquence du génome de S. phureja, en 2011, nous avons mis en évidence que le locus GpaVétait dupliqué chez S. phureja et que cette duplication était également présente chezS. sparsipilum. Les quatre gènes annotés au locus GpaVspl ont été nommésSpl_mTERF18430, Spl_TNL18429, Spl_mTERF18453 et Spl_TNL18428.L'effet des deux gènes Spl_mTERF18430 et Spl_TNL18428 sur la résistance à G. pallida aété analysé via des expériences de transformation génétique suivies par des tests de résistancesur les plantes transformées. Un effet partiel du gène Spl_TNL18428 sur la résistance àG. pallida a été mis en évidence par complémentation de plantes sensibles. Aucun effetsignificatif n'a été détecté pour le gène Spl_mTERF18430. Des expériences d'extinctiongénique suggèrent que le deuxième gène TIR-NBS-LRR, Spl_TNL18429, qui est égalementexprimé dans les racines et qui présente un fort pourcentage d'identité de séquence avec legène Spl_TNL18428, pourrait également être impliqué dans la résistance à G. pallida.L'expression du gène rapporteur GFP, placé sous le contrôle du promoteur du gèneSpl_TNL18428, est fortement induite dans les cellules situées autour du syncytium. Cecirenforce l'hypothèse d'une implication du gène Spl_TNL18428 dans la résistance à G. pallida,car la localisation de l'expression de la GFP est similaire à celle de la nécrose, qui estcaractéristique de la réaction développée par les plantes résistantes autour du syncytium induitpar les nématodes.En tenant compte des données bibliographiques récentes, montrant que plusieurs gènes NBSLRRpeuvent être indispensables à l'expression d'une résistance, nos résultats suggèrent queles deux gènes Spl_TNL18428 et Spl_TNL18429 sont nécessaires à l'expression de larésistance à G. pallida

Submitted by YADIRA ANSOAR RODRIGUEZ null (yansoar@gmail.com) on 2016-09-13T01:47:22Z No. of bitstreams: 1 Tese com anexos.pdf: 2549765 bytes, checksum: 4ed9c23afef907cf3b9fa391cc0f7cb9 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica, Folha de rosto e folha de aprovação. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-09-14T20:21:24Z (GMT) / Submitted by YADIRA ANSOAR RODRIGUEZ null (yansoar@gmail.com) on 2016-09-14T21:01:11Z No. of bitstreams: 1 Tese VF.pdf: 2830119 bytes, checksum: 3b30a5eef5a71be48f3fcf3950b1dc44 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-15T19:20:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ansoarrodriguez_y_dr_rcla.pdf: 2830119 bytes, checksum: 3b30a5eef5a71be48f3fcf3950b1dc44 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T19:20:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ansoarrodriguez_y_dr_rcla.pdf: 2830119 bytes, checksum: 3b30a5eef5a71be48f3fcf3950b1dc44 (MD5) Previous issue date: 2016-07-26 / Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (AIUP) / A aplicação indiscriminada de agrotóxicos constitui uma das maiores preocupações na atualidade, sendo o Brasil um dos países que mais uso faz destes produtos. O imidacloprido (IMI) é um dos inseticidas mais utilizados no mundo, principalmente nas culturas de cana-de-açúcar, citros, algodão e café. Apesar de seus benefícios, pode apresentar potencial tóxico e genotóxico em organismos não alvo. O uso de bioindicadores permite o estudo dos possíveis riscos destas substâncias nos organismos. Entre estes, plantas superiores e organismos aquáticos são considerados excelentes para avaliar efeitos de agrotóxicos no ambiente. Neste estudo, foram avaliados os efeitos de IMI em organismos não alvos (Allium cepa, Tradescantia pallida e Oreochromis niloticus) expostos a diferentes concentrações, baseadas na aplicação deste inseticida na cultura de cana-de-açúcar, por meio de ensaios celulares e moleculares. Foram testadas concentrações equivalentes à dose do produto recomendada para esta cultura (400 g/ha), a metade (200 g/ha) para simulação da diluição natural e o dobro (800 g/ha) para simulação do uso indiscriminado. O teste de aberrações cromossômicas e de micronúcleos (MN) em A. cepa e T. pallida foram utilizados para avaliar a toxicidade e genotoxicidade. Ensaio do cometa e teste do MN em eritrócitos de O. niloticus, avaliaram danos em nível primário e cromossômico. Análise das alterações histopatológicas no fígado de O. niloticus e localização in situ das proteínas de choque térmico (HSP70) analisadas sob microscopia de luz e imuno-histoquímica, respectivamente, foram empregadas para verificar o potencial tóxico em nível celular. Os resultados no teste de A. cepa e T. pallida, demonstraram que o IMI induziu alterações cromossômicas e o aumento da frequência de MN. Também foi observado indução do dano primário em eritrócitos de O. niloticus nas concentrações testadas e dano em nível cromossômico na maior concentração. Alterações hepáticas também foram observadas em todas as concentrações testadas, entre elas: degeneração hidrópica, núcleos picnóticos e perda do limite celular. A concentração mais alta (250μg/L) induziu um aumento de lípidos ácidos e neutros e dos níveis de marcação da proteína HSP70. Diante dos resultados pode-se concluir que o IMI, nas concentrações testadas, foi genotóxico para os organismos, além de induzir alterações histopatológicas e ativar mecanismos citoprotetores mediados por proteína de choque térmico. Este inseticida apresentou potencial tóxico e genotóxico nos organismos testados, os quais não são alvos de ação deste agrotóxico, fato este que deve ser levado em consideração para sua aplicação. / The indiscriminate application of pesticides is a major concern nowadays, and Brazil is one of the countries which use these products heavily on agriculture. The imidacloprid (IMI) is an insecticide sold worldwide, being widely used on sugar cane, citrus, cotton and coffee crops. Despite its benefits, IMI may have potential for inducing genetic changes in non-target organisms. In this sense, the use of bioindicators like higher plants and fishes allow the assessment of possible effects and risks to the environment derived from the use of this insecticide in agriculture. In this study, we evaluated the effects of IMI on non-target organisms (Allium cepa, Tradescantia pallida and Oreochromis niloticus) exposed to different concentrations, based on the application of this insecticide in the sugarcane culture, through cellular and molecular assays. A concentration equivalent to the recommended dose of the product for this culture (400 g/ha), the half (200 g/ha) for simulation of natural dilution and double (800 g/ha) that simulates the indiscriminate use. Chromosomal aberrations and micronucleus test (MN) in A. cepa and T. pallida were analyzed for toxicity and genotoxicity study. Comet assay and MN test in O. niloticus erythrocytes assess damage to primary and chromosomal level. Analysis of histopathological changes in the O. niloticus liver and in situ localization of heat shock protein (HSP70) were analyzed by light microscopy and immunohistochemistry, respectively, were performed to measure the toxic potential at the cellular level. The results in A. cepa and T. pallida assay, demonstrated that the IMI induced chromosomal alterations and increased frequency of MN. It was also observed induction of primary damage in O. niloticus erythrocytes at all concentrations and damage to the chromosomal level in the highest concentration. Liver changes were also found in all tested concentrations, as: hydropic degeneration, pyknotic nuclei and loss of cell limits. The highest concentration (250μg/L) showed an increase of acid and neutral lipids and labelling levels of HSP70 protein. Given the results it is possible to concluded that the IMI in the tested concentrations was genotoxic in these organisms, besides inducing histopathologic changes and activated cytoprotective mechanisms mediated by heat shock protein. This insecticide has a toxic and genotoxic potential for these organisms, which are not the target of action of this pesticide; fact should be considered for its application.

No ano de 2003 formou-se na Amazônia peruana um sistema de Áreas Naturais Protegidas (ANP) constituído pelo Parque Nacional Otishi e as Reservas Comunais Indígenas Asháninka e Matsiguenga. A legalização desse sistema tem por finalidade tanto a conservação da diversidade de espécies de flora e fauna, quanto a conservação do patrimônio cultural presente no âmbito da Cordilheira de Vilcabamba. Selecionou-se para esse estudo a comunidade Camantavishi do grupo Asháninka pertencente à família etnolinguistica Arawak pré-andino, cuja terra localiza-se na parte baixa da Cordilheira, na área de amortecimento das ANP. Conseqüentemente as decisões tomadas nesta parte terão repercussão direta sobre as partes altas de Vilcabamba. Com a formação das ANP as Comunidades Indígenas encontram-se sobe a influência de inúmeros fatores que geram impactos que podem ser considerados positivos ou negativos. O primeiro capítulo descreve o nível de participação dos povos indígenas na gestão das ANP, verificando-se que existe o envolvimento por parte das autoridades representantes das comunidades. Como indicador dos impactos culturais que ocorrem no interior da unidade produtiva fez-se uso da caracterização das variações na produção artesanal decorrentes da inserção ao mercado. No segundo capítulo, aprofunda-se sobre as técnicas de aproveitamento e o manejo tradicional da espécie florestal Trichilia pallida e suas mudanças provenientes do contato com múltiplos fatores exógenos à cultura Asháninka. São apresentadas as principais características da espécie, obtidas através de dados secundários bem como de informações obtidas junto à Comunidade escolhida. Esse capítulo apresenta também resultados advindos do levantamento qualitativo com técnicas de observação participante e entrevistas parcialmente estruturadas realizadas junto a 30 mulheres e 11 homens que moram no núcleo de Camantavishi e 13 mulheres e 13 homens do centro Shima. / In the year 2003, a system of Protected Natural Areas was formed in the Peruvian Amazon (ANP) constituted by the National Park Otishi and the Indigenous Communal Reserves of two ethnic groups, Asháninka and Matsiguenga. The beginning of this system had the purpose of conserving the diversity of flora and fauna species, as well as the conservation of the living cultural patrimony in the area of Vilcabamba Mountain. The Asháninka group was selected for this study belonging to the Preandino Arawak etnolinguistic family. The land of this group is situated in the low region of the Mountain forming the buffer zone of ANP; consequently the exploitation of resources in these areas will have direct effect on the high lands of the Mountain. As a result of ANP formation, the Indigenous Communities have now the influence of a variety of factors that generate impacts that can be considered positive or negative. The first chapter describes the participation level of the Indigenous people in the ANP management, trying to check if there is an involvement of the representative authorities of the communities. As an indicator of cultural impacts that occur in the core of the productive unit, it was used the characterization of the variations in the handcrafts from the new processes that come from the contact with the market. In the second chapter describes deeply in the techniques of exploitation and the traditional handling of the forest species, Trichilia pallida and its changes preceding the contact with multiple exogenous factors from Asháninka culture. The main characteristics of the species are presented here, from secondary data as well as information from the Camantavishi Community. This chapter also presents results from the qualitative survey with techniques of participatory observation and partially structured interviews done with 30 women and 11 men who live in the nucleus of Camantavishi Community and 13 women and 13 men of the Shima center.

Coral reefs are one of the most diverse ecosystems on the planet due partially to the habitat structure provided by corals. Corals are long lived organisms that can live for hundreds of years and as a result growth of many species is very slow. As a result of this, recovery of corals from disease outbreaks is very slow and difficult and therefore the ecosystem is deteriorating rapidly. Due to this increase in disease and its detrimental effect on coral reefs, it has become imperative to study how corals respond to disease outbreaks. The response of the coral to pathogens is believed to be controlled by the innate immune system. However, the immune pathways and components of these pathways used by cnidarians to combat pathogens are still rudimentary. This work showed that C3 and heat shock protein 70 are components of the coral immune system that positively respond to disease occurrence. As disease out breaks become more frequent, the question has arisen as to whether cnidarians have homologs to of the adaptive immune system that allow them to respond more rapidly to subsequent encounters with the same bacterium. In the cnidarian model system Exaiptasia pallida, immune priming occurs up to one month after the initial sub lethal exposure to the pathogen. This transient form of priming could be the result of host energy allocation in place of establishing long term immune priming which could be too energetically costly. Cnidarians may only activate priming during summer months, when ocean temperatures and bacterial load are high. Specificity of immune priming in E. pallida requires further investigation with more bacterial pathogens. In this dissertation, one bacterial strain shows specificity while the other does not. Furthermore, the priming response involves many pathways which include pathogen recognition, inflammation, and activation of NF-κB. The discovery of immune priming in a sea anemone shows that this phenomenon evolved earlier in the tree of life than previously thought. Additionally, identification of priming in E. pallida is suggestive of its presence in corals which would allow for potential vaccinations of vulnerable corals.