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Molecular Characterization of Ductal Carcinoma In Situ: Pilot StudiesDesai, Neil Bipinchandra 28 September 2010 (has links)
Ductal carcinoma in situ (DCIS); is thought directly to precede invasive breast cancer (IBC). Screening mammography has driven the incidence of this key precursor lesion to >65,000 cases per year. However, little is known about the factors controlling the natural history or risk for recurrence following treatment of a particular patients DCIS. Though the heterogeneity of the disease is well established, no histologic or demographic criteria have been able to stratify DCIS for treatment. We hypothesize that at initial diagnosis there exist biologically distinct subsets of DCIS with associated prognoses that may be recognized by molecular markers. Molecular approaches have been limited by technical design issues related to the types of tissue available for analysis, namely degraded formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) specimens and small core biopsy samples. However, new technologies promise to overcome these issues. In the first phase of our investigation, we aimed a) to pilot feasibility studies on the use of FFPE DCIS for molecular analyses including gene expression microarray and b) to pilot feasibility study of selective, high throughput sequencing through the use of "exon capture" on small input material that simulated expected DCIS core biopsy amounts. The results of this work offer specific technical guidelines for the molecular study of DCIS. Moreover, they have enabled the initiation of the second phase of this study, which aims to assess molecular profiles of DCIS recurrence and progression.
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"Avaliação crítica do uso da reação em cadeia da polimerase e exames complementares no diagnóstico da tuberculose cutânea e micobacteriose atípica" / The role of polymerase chain reaction and panel exams in the diagnosis of cutaneous tuberculosis and atypical mycobacteria skin infection compared to clinical evaluationAbdalla, Cristina Martinez Zugaib 30 November 2005 (has links)
Realizou-se estudo comparando o uso da reação em cadeia da polimerase à evolução clínica e painel de exames tradicionais para diagnóstico em pacientes com suspeita clínica de tuberculose cutânea e micobacteriose atípica. Observou-se sensibilidade da reação em cadeia da polimerase de 88%, especificidade de 83%, valor preditivo positivo de 82%, valor preditivo negativo de 88% e acurácia de 85% com concordância pelo teste de McNemar (p= 0,655). Os exames do painel de maior acurácia, após a reação em cadeia da polimerase, foram o teste tuberculínico com acurácia de 79% e a presença de dermatite crônica granulomatosa com reação em cadeia da polimerase positiva com acurácia também de 79%, ambos com concordância pelo teste de McNemar (p= 0,179 e p= 0,655, respectivamente) / A study was performed comparing the polymerase chain reaction and the traditional panel of exams for the diagnosis in patients with a clinical suspicion of cutaneous tuberculosis and atypical mycobacteria infection to the clinical evaluation. It was observed that the sensitivity of the PCR was 88%, the specificity was 83%, the positive predictive value was 82%, the negative predictive value was 88% and the accuracy was 85% in agreement with the McNemar test (p=0.655). The panel exams of second highest accuracy, were the tuberculin test with an accuracy of 79% and the chronic granulomatous dermatitis with positive PCR, also with an accuracy of 79%, both in agreement with the McNemar test (p=0.179 and p=0.655, respectively)
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"Avaliação crítica do uso da reação em cadeia da polimerase e exames complementares no diagnóstico da tuberculose cutânea e micobacteriose atípica" / The role of polymerase chain reaction and panel exams in the diagnosis of cutaneous tuberculosis and atypical mycobacteria skin infection compared to clinical evaluationCristina Martinez Zugaib Abdalla 30 November 2005 (has links)
Realizou-se estudo comparando o uso da reação em cadeia da polimerase à evolução clínica e painel de exames tradicionais para diagnóstico em pacientes com suspeita clínica de tuberculose cutânea e micobacteriose atípica. Observou-se sensibilidade da reação em cadeia da polimerase de 88%, especificidade de 83%, valor preditivo positivo de 82%, valor preditivo negativo de 88% e acurácia de 85% com concordância pelo teste de McNemar (p= 0,655). Os exames do painel de maior acurácia, após a reação em cadeia da polimerase, foram o teste tuberculínico com acurácia de 79% e a presença de dermatite crônica granulomatosa com reação em cadeia da polimerase positiva com acurácia também de 79%, ambos com concordância pelo teste de McNemar (p= 0,179 e p= 0,655, respectivamente) / A study was performed comparing the polymerase chain reaction and the traditional panel of exams for the diagnosis in patients with a clinical suspicion of cutaneous tuberculosis and atypical mycobacteria infection to the clinical evaluation. It was observed that the sensitivity of the PCR was 88%, the specificity was 83%, the positive predictive value was 82%, the negative predictive value was 88% and the accuracy was 85% in agreement with the McNemar test (p=0.655). The panel exams of second highest accuracy, were the tuberculin test with an accuracy of 79% and the chronic granulomatous dermatitis with positive PCR, also with an accuracy of 79%, both in agreement with the McNemar test (p=0.179 and p=0.655, respectively)
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Estudo sequencial do perfil de expressão gênica em biópsias endomiocárdicas parafinadas: associação com rejeição humoral e vasculopatia do aloenxerto cardíaco / Sequential study of gene expression profiles in paraffin embedded endomyocardial biopsies: association with humoral rejection and cardiac allograft vasculopathyWang, Hui-Tzu Lin 19 August 2014 (has links)
O transplante cardíaco é a última opção terapêutica para pacientes portadores de insuficiência cardíaca grave. Apesar dos avanços na terapia imunossupressora, a rejeição continua sendo o principal obstáculo para o sucesso do transplante. No presente estudo, propõe-se avaliar o perfil de expressão gênica no tecido cardíaco. Com isso, espera-se contribuir para o melhor entendimento do processo de rejeição a nível molecular. Foram analisadas as amostras sequenciais (1, 3 e 6 meses, 1 e 2 anos pós-transplante) de biópsias endomiocárdicas em parafina de 63 indivíduos transplantados cardíacos. O diagnóstico de rejeição humoral foi realizado pela detecção de C3d e C4d do complemento na reação de imuno-histoquímica, e as expressões dos genes protetores (ADIPOR1, ADIPOR2, HMOXO-1, BCL2L1 e VEGF) e genes associados à inflamação (IL-6, TNF?, IFN?, TGF-?, AIF-1, NOS2, ICAM, VCAM e MCP-1); foram avaliadas pela reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real (qPCR). As frequências de indivíduos positivos para C4d (28,6%) e vasculite (20,0%) foram significantemente maiores em relação ao teste de reatividade de anticorpos realizado nos receptores antes do transplante (6,3%). Houve mudança no perfil de expressão gênica no tecido cardíaco após o transplante, com aumento da expressão dos genes inflamatórios (AIF-1, TNF?, IL-6, NOS2 e VCAM) e diminuição da expressão dos genes protetores (ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1 e VEGF). Além disso, as expressões dos genes ADIPOR1 e ADIPOR2 foram significantemente menores nos indivíduos positivos para C4d (p<0,001) e gene VEGF (p<0,001) no grupo com vasculite. Houve também uma correlação positiva entre a expressão do gene VEGF e ADIPOR1 (r=0,5688) e ADIPOR2 (r=0,5191). Por outro lado, a expressão aumentada do gene VCAM (p<0,001) foi detectada em todos os tipos de rejeição. Conclui-se que, depois do transplante, o sistema imune do receptor passou a reconhecer os antígenos do órgão transplantado. Com isso, ocorreu uma mudança no perfil de expressão gênica no enxerto cardíaco, caracterizada pela expressão aumentada dos genes inflamatórios e diminuição dos genes protetores. A expressão aumentada do gene VCAM associada à baixa expressão dos genes protetores: ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1 e VEGF resultaram em maior gravidade da rejeição celular, humoral e vasculopatia do aloenxerto cardíaco. / Heart transplantation is the ultimate treatment for patients with severe heart failure. Despite advances in immunosuppressive therapy, rejection still remains the main obstacle to successful transplant. The purpose of this study is to evaluate the gene expression profile in cardiac tissue. With this we hope to contribute to a better understanding of the rejection process at the molecular level. Sequential samples (1, 3, and 6 months, 1 to 2 years post-transplant) endomyocardial biopsies paraffin of 63 heart transplant subjects were analyzed. The diagnosis of humoral rejection was performed by detection of C3d and C4d complement in immunohistochemistry and the expression of protective genes (ADIPOR1, ADIPOR2, HMOXO-1, and VEGF BCL2L1) and genes associated with inflammation (IL-6,TNF?, IFN?, TGF-?, AIF-1, NOS2, ICAM, VCAM and MCP-1); were evaluated by quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR). The frequency of individuals positive for C4d (28.6%) and vasculitis (20.0%) were significantly higher compared to antibodies reactivity test conducted in the recipients before transplantation (6.3%). There was a change in the gene expression profile in cardiac tissue after transplantation, with increased expression of inflammatory genes (AIF-1,TNF?, IL-6, NOS2, and VCAM) and a decreased expression of protective genes (ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1, and VEGF). Furthermore, the expressions of ADIPOR1 and ADIPOR2 genes were significantly lower in C4d positive individuals (p<0,001), and VEGF (p<0,001) in the group with vasculitis. There was also a positive correlation between VEGF expression and ADIPOR1 (r=0.5688) and DIPOR2 (r=0.5191). Moreover, increased expression of VCAM (p<0,001) was detected in all types of rejection. We conclude that, after transplantation, the recipient\'s immune system began to recognize the antigens of the transplanted organ. Thus, a change in gene expression profile in cardiac graft is characterized by increased inflammatory genes and decreased expression of protective genes. Increased VCAM gene associated with lower expression of protective genes expression: ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1 and VEGF resulted in increased severity of cellular and humoral rejection and cardiac allograft vasculopathy.
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Punção ecoendoscópica de massas sólidas pancreáticas por técnica de pressão negativa versus capilaridade: estudo prospectivo e randomizado / Negative pressure versus capillarity for EUS-FNA of pancreatic solid mass: a prospective and randomized trialCheng, Spencer 02 August 2018 (has links)
INTRODUÇÃO: A punção aspirativa por agulha fina guiada por ecoendoscopia (PAAF-EE) é método consagrado para o diagnóstico de lesões sólidas de pâncreas. A aplicação de pressão negativa (PN) durante a PAAF-EE tem objetivo de manter o tecido junto à ponta cortante da agulha durante sua passagem através da lesão, resultando no desprendimento e retenção de células. A capilaridade (CP) é outra técnica que utiliza a retirada gradual do estilete durante a PAAF-EE e parece ser igualmente eficaz, além de evitar aspiração indesejada de hemácias e coágulos. OBJETIVO: Analisar o rendimento da ecopunção de lesões sólidas pancreáticas utilizando PN versus (vs) CP e os aspectos citológicos qualitativos e semiquantitativos da celularidade e contaminação por sangue dos grupos estudados. MÉTODO: No estudo, foram randomizados 50 pacientes com lesões sólidas de pâncreas para realização de PAAF-EE. Cada paciente foi submetido a quatro punções, intercalando as duas técnicas. A ordem das punções foi randomizada por computador. O grupo A (PN, CP, PN, CP) e o grupo B (CP, PN, CP, PN). RESULTADOS: As sensibilidade, especificidade e acurácia da PN vs CP foram 95,2% vs 92,3%; 100% vs 100%; 95,7% vs 93%, respectivamente. Quando foi considerada a associação das duas técnicas (PN+CP), os resultados da sensibilidade, especificidade e acurácia foram 95,6%, 100% e 96%. O valor preditivo positivo (VPP) foi alto para todas técnicas (100%) e os valores preditivos negativos (VPN) para PN, CP e associação dos métodos foram de 66,7% vs 57,1% vs 66,7%, respectivamente. Não houve diferença estatística no rendimento diagnóstico entre a PN e CP: 88% vs 80% (p=0,344), entretanto as técnicas somadas (PN+CP) foi superior à CP isolada: 94% vs 80% (p=0,016). A avaliação citológica qualitativa e semi-quantitativa de celularidade e contaminação por sangue no esfregaço e emblocado pelas técnicas de PN e CP não apresentou diferença estatística (p>0,05). CONCLUSÃO: O rendimento diagnóstico da PAAF-EE pela técnica de PN versus CP de massas sólidas de pâncreas não apresenta diferença estatística, entretanto a utilização das técnicas combinadas é superior, particularmente em relação à CP isolada. A celularidade e contaminação por sangue é semelhante independente da técnica utilizada (PN ou CP) ou do tipo de preparação citológica (esfregaço ou emblocado) / BACKGROUND: Endoscopic ultrasound fine needle aspiration (EUS-FNA) is an established diagnostic method for solid pancreatic masses. Application of negative pressure (NP) during EUS-FNA has the purpose of holding tissue against the cutting edge of the needle as it is moved through the lesion leading to cell detachment and drawing them up. Capillary (CP) sampling is another technique that removes the needle stylet gradually and continuously during the EUS-FNA and seems to have comparable results with less blood and clot aspiration. AIM: Analyze diagnostic yield of EUS-FNA of pancreatic solid mass using NP versus CP and evaluate cytological qualitative and semi-quantitative features of cellularity and blood contamination of each group. METHOD: A total of 50 patients were randomized for NP or CP EUSFNA with a standard 22G needle. Each patient had four passes using NP and CP in an alternate fashion. Computer randomization generated two groups. Group A (NP, CP, NP, CP) and group B (CP, NP, CP, NP). RESULTS: Diagnostic yield of NP versus CP had no statistical difference (p=0.344). Both techniques (NP+CP) was superior to CP alone (p=0.016), but not to NP alone (p=0.25). Sensitivity, specificity and accuracy of NP vs CP were 95.2% vs 92.3%; 100% vs 100%; 95.7% vs 93%, respectively. Results for sensitivity, specificity and accuracy of both NP+CP were 95.6%, 100% and 96%. Positive predictive value was high for all techniques (100%) and Negative predictive value for NP, CP and both techniques were 66.7%, 57.1% and 66.7%, respectively. NP and CP smears and cell blocks had no statistical differences in qualitative and semi-quantitative citological evaluation for cellularity and bloodiness (p > 0.05). CONCLUSIONS: NP versus CP in EUS-FNA of solid pancreatic mass yielded similar overall outcomes in terms of diagnostic performance, however the combination of both techniques is superior, particularly compared to CP alone. Cellularity and bloodiness are equivalent no matter which technique (NP or CP) or type of cytological preparation (smear or cell block) is used
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Estudo sequencial do perfil de expressão gênica em biópsias endomiocárdicas parafinadas: associação com rejeição humoral e vasculopatia do aloenxerto cardíaco / Sequential study of gene expression profiles in paraffin embedded endomyocardial biopsies: association with humoral rejection and cardiac allograft vasculopathyHui-Tzu Lin Wang 19 August 2014 (has links)
O transplante cardíaco é a última opção terapêutica para pacientes portadores de insuficiência cardíaca grave. Apesar dos avanços na terapia imunossupressora, a rejeição continua sendo o principal obstáculo para o sucesso do transplante. No presente estudo, propõe-se avaliar o perfil de expressão gênica no tecido cardíaco. Com isso, espera-se contribuir para o melhor entendimento do processo de rejeição a nível molecular. Foram analisadas as amostras sequenciais (1, 3 e 6 meses, 1 e 2 anos pós-transplante) de biópsias endomiocárdicas em parafina de 63 indivíduos transplantados cardíacos. O diagnóstico de rejeição humoral foi realizado pela detecção de C3d e C4d do complemento na reação de imuno-histoquímica, e as expressões dos genes protetores (ADIPOR1, ADIPOR2, HMOXO-1, BCL2L1 e VEGF) e genes associados à inflamação (IL-6, TNF?, IFN?, TGF-?, AIF-1, NOS2, ICAM, VCAM e MCP-1); foram avaliadas pela reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real (qPCR). As frequências de indivíduos positivos para C4d (28,6%) e vasculite (20,0%) foram significantemente maiores em relação ao teste de reatividade de anticorpos realizado nos receptores antes do transplante (6,3%). Houve mudança no perfil de expressão gênica no tecido cardíaco após o transplante, com aumento da expressão dos genes inflamatórios (AIF-1, TNF?, IL-6, NOS2 e VCAM) e diminuição da expressão dos genes protetores (ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1 e VEGF). Além disso, as expressões dos genes ADIPOR1 e ADIPOR2 foram significantemente menores nos indivíduos positivos para C4d (p<0,001) e gene VEGF (p<0,001) no grupo com vasculite. Houve também uma correlação positiva entre a expressão do gene VEGF e ADIPOR1 (r=0,5688) e ADIPOR2 (r=0,5191). Por outro lado, a expressão aumentada do gene VCAM (p<0,001) foi detectada em todos os tipos de rejeição. Conclui-se que, depois do transplante, o sistema imune do receptor passou a reconhecer os antígenos do órgão transplantado. Com isso, ocorreu uma mudança no perfil de expressão gênica no enxerto cardíaco, caracterizada pela expressão aumentada dos genes inflamatórios e diminuição dos genes protetores. A expressão aumentada do gene VCAM associada à baixa expressão dos genes protetores: ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1 e VEGF resultaram em maior gravidade da rejeição celular, humoral e vasculopatia do aloenxerto cardíaco. / Heart transplantation is the ultimate treatment for patients with severe heart failure. Despite advances in immunosuppressive therapy, rejection still remains the main obstacle to successful transplant. The purpose of this study is to evaluate the gene expression profile in cardiac tissue. With this we hope to contribute to a better understanding of the rejection process at the molecular level. Sequential samples (1, 3, and 6 months, 1 to 2 years post-transplant) endomyocardial biopsies paraffin of 63 heart transplant subjects were analyzed. The diagnosis of humoral rejection was performed by detection of C3d and C4d complement in immunohistochemistry and the expression of protective genes (ADIPOR1, ADIPOR2, HMOXO-1, and VEGF BCL2L1) and genes associated with inflammation (IL-6,TNF?, IFN?, TGF-?, AIF-1, NOS2, ICAM, VCAM and MCP-1); were evaluated by quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR). The frequency of individuals positive for C4d (28.6%) and vasculitis (20.0%) were significantly higher compared to antibodies reactivity test conducted in the recipients before transplantation (6.3%). There was a change in the gene expression profile in cardiac tissue after transplantation, with increased expression of inflammatory genes (AIF-1,TNF?, IL-6, NOS2, and VCAM) and a decreased expression of protective genes (ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1, and VEGF). Furthermore, the expressions of ADIPOR1 and ADIPOR2 genes were significantly lower in C4d positive individuals (p<0,001), and VEGF (p<0,001) in the group with vasculitis. There was also a positive correlation between VEGF expression and ADIPOR1 (r=0.5688) and DIPOR2 (r=0.5191). Moreover, increased expression of VCAM (p<0,001) was detected in all types of rejection. We conclude that, after transplantation, the recipient\'s immune system began to recognize the antigens of the transplanted organ. Thus, a change in gene expression profile in cardiac graft is characterized by increased inflammatory genes and decreased expression of protective genes. Increased VCAM gene associated with lower expression of protective genes expression: ADIPOR1, ADIPOR2, BCL2L1 and VEGF resulted in increased severity of cellular and humoral rejection and cardiac allograft vasculopathy.
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Punção ecoendoscópica de massas sólidas pancreáticas por técnica de pressão negativa versus capilaridade: estudo prospectivo e randomizado / Negative pressure versus capillarity for EUS-FNA of pancreatic solid mass: a prospective and randomized trialSpencer Cheng 02 August 2018 (has links)
INTRODUÇÃO: A punção aspirativa por agulha fina guiada por ecoendoscopia (PAAF-EE) é método consagrado para o diagnóstico de lesões sólidas de pâncreas. A aplicação de pressão negativa (PN) durante a PAAF-EE tem objetivo de manter o tecido junto à ponta cortante da agulha durante sua passagem através da lesão, resultando no desprendimento e retenção de células. A capilaridade (CP) é outra técnica que utiliza a retirada gradual do estilete durante a PAAF-EE e parece ser igualmente eficaz, além de evitar aspiração indesejada de hemácias e coágulos. OBJETIVO: Analisar o rendimento da ecopunção de lesões sólidas pancreáticas utilizando PN versus (vs) CP e os aspectos citológicos qualitativos e semiquantitativos da celularidade e contaminação por sangue dos grupos estudados. MÉTODO: No estudo, foram randomizados 50 pacientes com lesões sólidas de pâncreas para realização de PAAF-EE. Cada paciente foi submetido a quatro punções, intercalando as duas técnicas. A ordem das punções foi randomizada por computador. O grupo A (PN, CP, PN, CP) e o grupo B (CP, PN, CP, PN). RESULTADOS: As sensibilidade, especificidade e acurácia da PN vs CP foram 95,2% vs 92,3%; 100% vs 100%; 95,7% vs 93%, respectivamente. Quando foi considerada a associação das duas técnicas (PN+CP), os resultados da sensibilidade, especificidade e acurácia foram 95,6%, 100% e 96%. O valor preditivo positivo (VPP) foi alto para todas técnicas (100%) e os valores preditivos negativos (VPN) para PN, CP e associação dos métodos foram de 66,7% vs 57,1% vs 66,7%, respectivamente. Não houve diferença estatística no rendimento diagnóstico entre a PN e CP: 88% vs 80% (p=0,344), entretanto as técnicas somadas (PN+CP) foi superior à CP isolada: 94% vs 80% (p=0,016). A avaliação citológica qualitativa e semi-quantitativa de celularidade e contaminação por sangue no esfregaço e emblocado pelas técnicas de PN e CP não apresentou diferença estatística (p>0,05). CONCLUSÃO: O rendimento diagnóstico da PAAF-EE pela técnica de PN versus CP de massas sólidas de pâncreas não apresenta diferença estatística, entretanto a utilização das técnicas combinadas é superior, particularmente em relação à CP isolada. A celularidade e contaminação por sangue é semelhante independente da técnica utilizada (PN ou CP) ou do tipo de preparação citológica (esfregaço ou emblocado) / BACKGROUND: Endoscopic ultrasound fine needle aspiration (EUS-FNA) is an established diagnostic method for solid pancreatic masses. Application of negative pressure (NP) during EUS-FNA has the purpose of holding tissue against the cutting edge of the needle as it is moved through the lesion leading to cell detachment and drawing them up. Capillary (CP) sampling is another technique that removes the needle stylet gradually and continuously during the EUS-FNA and seems to have comparable results with less blood and clot aspiration. AIM: Analyze diagnostic yield of EUS-FNA of pancreatic solid mass using NP versus CP and evaluate cytological qualitative and semi-quantitative features of cellularity and blood contamination of each group. METHOD: A total of 50 patients were randomized for NP or CP EUSFNA with a standard 22G needle. Each patient had four passes using NP and CP in an alternate fashion. Computer randomization generated two groups. Group A (NP, CP, NP, CP) and group B (CP, NP, CP, NP). RESULTS: Diagnostic yield of NP versus CP had no statistical difference (p=0.344). Both techniques (NP+CP) was superior to CP alone (p=0.016), but not to NP alone (p=0.25). Sensitivity, specificity and accuracy of NP vs CP were 95.2% vs 92.3%; 100% vs 100%; 95.7% vs 93%, respectively. Results for sensitivity, specificity and accuracy of both NP+CP were 95.6%, 100% and 96%. Positive predictive value was high for all techniques (100%) and Negative predictive value for NP, CP and both techniques were 66.7%, 57.1% and 66.7%, respectively. NP and CP smears and cell blocks had no statistical differences in qualitative and semi-quantitative citological evaluation for cellularity and bloodiness (p > 0.05). CONCLUSIONS: NP versus CP in EUS-FNA of solid pancreatic mass yielded similar overall outcomes in terms of diagnostic performance, however the combination of both techniques is superior, particularly compared to CP alone. Cellularity and bloodiness are equivalent no matter which technique (NP or CP) or type of cytological preparation (smear or cell block) is used
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