Record keeping is not a static way to document history but rather a way for people in the present to engage with, and be affected by, the past. This is especially true in the case of online databases. Databases store information but their use also encourages the adoption of specific methodologies for apprehending reality because it is through those methodological agreements that the information in the database becomes relevant. In the summer of 2012 I spent four months observing and interviewing wheat researchers and database developers at a major agricultural research center in Mexico as part of my M.A. thesis project. This paper argues that people using the International Wheat Information System (IWIS) database at the International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT) are involved in a process that documents wheat pedigree information while also enacting a reality based on assumptions about the value of certain types of human pedigree.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning)--Linköping : Linköpings universitet, 2006. / Härtill 4 uppsatser.

Thesis--University of Oklahoma. / Includes bibliographical references.

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T17:39:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 314651 bytes, checksum: ae3da37c658a449808cf2f735e05c57c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T17:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 314651 bytes, checksum: ae3da37c658a449808cf2f735e05c57c (MD5) Previous issue date: 2004-01-26 / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária / O registro gene alógico confiável é fundamental para possibilitar a implantação de um programa de avaliação genética. Os marcadores de microssatélites constituem uma ferramenta amplamente utilizada atualmente para confirmação de paternidade. No Brasil, a caprinocultura possui um grande potencial para a pecuária, principalmente na agricultura familiar do semi-árido. As principais raças de caprinos especializadas para produção de leite no Brasil são a Alpina e a Saanen, ambas de origem européia. Na Região Nordeste, detentora do maior rebanho caprino do País, existem raças naturalizadas adaptadas às condições adversas do semi-árido, que possuem diversidade genética desconhecida. Estas raças têm sido cruzadas de forma indiscriminada com diversas raças importadas, pondo em risco o seu potencial genético. Os objetivos do trabalho foram estudar a utilização de um sistema de microssatélites para: 1) a verificação de paternidade, utilizando o método de exclusão e o método de inferência estatística da razão de verossimilhança, nos casos em que a mãe é ou não genotipada; e 2) o estudo de diversidade genética entre e dentro as raças/rebanhos estudados. Foram utilizados, em sistema de genotipagem semi- automático (ABI 310, Perkin Elmer), onze microssatélites anteriormente descritos em bovinos, ovinos ou caprinos. Foram genotipados 292 animais, pertencentes a três rebanhos, sendo que as raças leiteiras Alpina e Saanen foram amostradas em dois rebanhos (UFV e particular) e a raça naturalizada Moxotó foi proveniente do rebanho de conservação da Embrapa Caprinos, Ceará. As análises de frequências alélicas foram realizadas utilizando-se os programas SAS (1998) e CERVUS (Marshall et al ., 1998). O teste exato para equilíbrio de Hardy Weinberg, estatística-F e distância genética foram obtidos no programa TFPGA (Miller, 1997). Os loci estudados apresentaram herdabilidade e informatividade de moderada à alta. A heterozigosidade esperada média para todos os loci foi de 0,717. O conteúdo de informação polimórfica (PIC1 e PIC2) e a probabilidade de exclusão combinada (PE1 e PE2) foram de 0,676 e 0,5420; e 0,999591 e 0,988375, respectivamente, quando se conhecia ou não o genótipo materno. Considerando erros de registros aqueles com mais de três incompatibilidades de genótipo, foram encontrados 27 registros errôneos. Pelo teste de inferência estatística, foram solucionados corretamente 210 dos 276 casos de paternidade (76%). Se fosse adotado apenas o método de exclusão, apenas 160 paternidades seriam assinaladas com certeza (sem incompatibilidades pai alegado-progênie). Desta forma, o método de inferência pode ajudar as verificações de paternidade em larga escala, diminuindo o custo para solucionar os erros de laboratório e as perdas parciais de genotipagem. Quando há conhecimento do genótipo materno, a probabilidade de exclusão foi superior e o programa CERVUS resolveu 95% dos casos. No estudo de diversidade, a heterozigosidade (H E ) foi alta nos rebanhos leiteiros, sendo 0,6952 e 0,7043 para a raça Alpina e Saanen, respectivamente. No Moxotó a H E obtida foi moderada de 0,4984, provavelmente em decorrência do pequeno número amostrado. O número de alelos variou de cinco (INRA005) a onze (BM3205), com média de 7,0 alelos/locus nas raças importadas e 3,5 na Moxotó. A média F ST (diferenciação entre populações) foi maior entre rebanhos (F ST s = 0,0768) do que entre raças (F ST p = 0,0263), indicando haver uma similaridade entre raças, dentro do rebanho. Tal similaridade pode ser devido ao fato de haver algum cruzamento entre raças, dentro do rebanho. A distância genética de Nei (D A ) foi maior entre o rebanho Moxotó e os demais (D A > 0,50). Os resultados obtidos estão em coerência com o histórico das raças, demonstrando que este sistema poderá ser adotado em estudos futuros de diversidade em caprinos no Brasil. / The reliable genealogical registration is fundamental to make possible the implantation of a program of genetic evaluation. The microsatellites markers is a tool thoroughly used now for confirmation of paternity. In Brazil, the goats possesses a great potential, mainly in the family agriculture of the semi-arid. The main specialized goat breeds for milk production in Brazil are Alpine and Saanen, both from European origin. In the Northeast area, holder of the largest goat flock of the country, exist naturalized breeds adapted to adverse conditions of the semi-arid, that possess unknown genetic diversity. These breeds have been crossed in an indiscriminate way with several imported animmals, endandering their genetic potential. The objectives of the work were to study the use of a microsatellites system for: 1) verification of paternity being used the exclusion method and the method of statistical inference of the likelihood ratio, in the cases where the mother is genotyped or not; and 2) study of genetic diversity among and inside the studied breeds/flocks. Eleven microsatellites were used in genotyping system semiautomatic (ABI 310, Perkin Elmer), previously described in bovine, ovine or goats. The 292 animals were genotyped. The milk breeds Alpine and Saanen were sampled in two flocks (UFV and prived) and the naturalized breed Moxotó from conservation flock of National Goat Research Center of Embrapa, Ceará. The analyses of allelic frequencies were done in SAS (1998) and CERVUS (Marshall et al., 1998) computational programs. The exact test for Hardy Weinberg equilibrium, statistics-F and genetic distance was accomplished in program TFPGA (Miller, 1997). The studied loci presented heterozigosity and informativity from moderate to high. The overall heterozygosity was of .717. The polimorfic information content (PIC1 and PIC2) and the probability of combined exclusion (PE1 and PE2) were .676 and .5420; and .999591 and .988375, respectively when the maternal genotype is or not known. Considering mistakes of registrations those with more than three genotype incompatibilities, 27 erroneous registrations were found. For the test of statistical inference, 210 of the 276 cases of paternity was solved correctly (76%). If just the exclusion method was adopted, only 160 paternities would be marked for save (without incompatibilities alleged father-progeny). By this way, the inference method can help the verifications of paternity in large scale, decreasing the cost to solve the laboratory mistakes and partial losses of genotype. When there is knowledge of the maternal genotype, the exclusion probability was superior and CERVUS solved 95% of the cases. In the diversity study, expected heterozigosity (H E ) was high in the milk imported flocks, being .6952 and .7043 for the Alpine and Saanen, respectively. Moxotó obtained a moderate H E of .4984, probably due to the small sampled number. The number of alleles ranged of five (INRA005) to eleven (BM3205), with average of 7.0 alleles/locus in the imported breeds and 3.5 in Moxotó. The average F ST (differentiation among populations) was larger among origin flocks (F ST s= .0768) than among breeds (F ST p = .0263), indicating a similarity among breeds, inside the flock. Such similarity can due to the fact being some crossing among breeds, inside of the flock. Nei's genetic distance (D A ) was larger among the flock Moxotó and the others (DA > 0.50). The obtained results are in coherence with the report of the breeds, demonstrating that this system can be adopted in future studies of diversity in goats in Brazil.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-25Bitstream added on 2014-06-13T19:13:02Z : No. of bitstreams: 1 silva_apa_me_jabo.pdf: 256292 bytes, checksum: 5f82f47ef051ce42986f4cb47b346a8b (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O trabalho objetivou estimar a herdabilidade (h2) da característica rentabilidade monetária (RM) de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha, a fim de verificar a viabilidade de sua inclusão em programas de melhoramento genético da raça. Foram utilizados registros de 22.958 corridas de 5.233 cavalos, disponibilizados pelo Hipódromo de Sorocaba-SP, Brasil, no período de 1978-2009. Todos os ancestrais dos cavalos registrados foram incluídos no arquivo de pedigree até a quinta geração. A característica RM sofreu transformação logarítmica (L) e foi analisada para animais de 2, 3 e 4 anos de idade e para a carreira destes. As estimativas de h2 foram obtidas utilizando modelo multi-característica e amostragem de Gibbs usando os efeitos de sexo e ano da corrida, animal e resíduo para todas as análises. Foram realizadas cinco análises, uma na qual RM foi dividida pelo número de premiações (LRM/NP), outra na qual RM foi dividida pelo número de largadas (LRM/NL) e outras três, acrescentando o número de premiações (LRM_cNP), número de largadas (LRM_cNL) e ambas (LRM_cNPL) como covariáveis afetando a característica RM. As análises foram realizadas considerando a inclusão ou exclusão do efeito materno. As estimativas de h2 sugerem a inclusão desta característica em programas de seleção que visem melhorar o desempenho em corridas de cavalos Quarto de Milha / The aim of the present study was to estimate the heritability (h2) of the trait Earnings (RM) in Quarter Horses racing in order to verify its viability in breeding programs of that breed. Data comprised records of 22.958 races and 5.233 horses provided by Jockey Club of Sorocaba, state of São Paulo, Brazil, on the period of 1978 – 2009. The ancestors of the recorded animals were included in the pedigree file until the fifth generation. The earnings (log transformed - L) were analyzed for 2, 3 and 4 years old horses and also for the animal career. The heritabilities were estimated by a multi-trait model based on Gibbs sampling algorithm considering the effects of animal, sex, year of the race and residual. It was considered five different analyses, first the RM was divided by the total of prizes of the animal on each studied age (LRM/NP), second the RM was divided by the total of starts of the animal (LRM/NL), and the other three adding number of prizes (LM_cNP), number of starts (LRM_cNL) and both (LRM_cNPL) as covariates affecting the trait RM. The analyses were made considering and not the maternal effect. The heritability estimates suggests the inclusion of this trait in breeding programs that aim to improve the performance of Quarter Horses races

Nos programas de melhoramento de cana-de-açúcar todos os anos são instalados experimentos com o objetivo de avaliar genótipos que podem eventualmente ser recomendados para o plantio, ou mesmo como genitores. Este objetivo é atingido com o emprego de experimentos em diferentes locais, durante diferentes colheitas. Além disso, frequentemente há grande desbalanceamento, pois nem todos os genótipos são avaliados em todos os experimentos. O emprego de abordagens tradicionais como análise de variância conjunta (ANAVA) é inviável devido à condição de desbalanceamento e ao fato de as pressuposições não modelarem adequadamente o relacionamento entre as observações. O emprego de modelos misto utilizando a metodologia REML/BLUP é uma alternativa para análise desses experimentos em cana-deaçúcar, permitindo também incorporar a informação de parentesco entre os indivíduos. Nesse contexto, foram analisados 44 experimentos (locais) de cana-de-açúcar do programa de melhoramento da cana-de-açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC), com 74 genótipos (clones e variedades) e com até 5 colheitas. O delineamento foi o de blocos ao acaso com 2 a 6 repetições. O caráter analisado foi TPH (Tonelada de pol por hectare). Foram testados 40 modelos, os 20 primeiros foram avaliadas diferentes estrutura de VCOV para locais e colheitas, e os 20 seguintes, além das matrizes de VCOV, foi incorporada a matriz de parentesco genético, A. De acordo com AIC, verificou-se que o Modelo 11, o qual assume as matrizes FA1, AR1 e ID, para locais, colheitas e genótipos, respectivamente, foi o melhor, e portanto, o mais eficiente para seleção de genótipos superiores. Quando comparado ao modelo tradicional (médias dos experimentos), houve mudanças no ranqueamento dos genótipos. Há correlação entre o modelo tradicional e o Modelo 11 (_ = 0, 63, p-valor < 0, 001). A opção de utilizar modelo misto sem ajustar as matrizes de VCOV (Modelo 1) é relativamente melhor do que usar o Modelo Tradicional. Isto foi evidenciado pela correlação mais alta entre os modelos 1 e 11 (_ = 0, 87 com p-valor < 0, 001). Acredita-se que o emprego do Modelo 11 junto com experiência do melhorista poderá aumentar a eficiência de seleção em programas de melhoramento de cana-de-açúcar. / In breeding programs of sugarcane every year experiments are installed to evaluate the performance of genotypes, in order to select superior varieties and genitors. The use of ordinary approaches such as joint analysis of variance (ANOVA) is unfeasible due to unbalancing and assumptions that do not reflect the standard of relationship of the observations. The use of mixed models using the method REML/BLUP is an alternative. It also allows the incorporation of information from kinship between individuals. In this context, we analyzed 44 trials (locations) of sugarcane breeding program of sugarcane (Agronomic Institute Campinas, IAC), with 74 genotypes (varieties and clones), up to 5 harvests. The experimental design was randomized blocks with 2-6 replicates. The character was examined TPH (Tons of pol per hectare). We tested 40 models, the first 20 were evaluated different VCOV structure to locations and harvests, and 20 following addition of matrix VCOV was incorporated genetic relationship matrix, A. Under AIC, it was found that the model 11, which assumes matrices FA1, AR1 and ID for locations, harvests and genotypes, respectively, was the best. There is a moderate correlation between traditional model and model 11 (_ = 0.63, p-value < 0.001), when ranking the genotypes. The option of using mixed model without adjusting matrices VCOV (model 1) is better than using the traditional model. This was suggested by the higher correlation between models 1 and 11 (_ = 0.87 with p-value < 0.001). We believe that the usage of model 11 together with breeders experience can increase the efficiency of selection in sugarcane breeding programs.

Boran cattle provide livelihood to thousands of households in the arid and semi arid lands of Kenya. The Kenya Boran cattle breeders’ society (KBCBS) is actively involved in the improvement of the breed. Due to their superior adaptive and productive traits in comparison to other indigenous breeds of cattle, they have also become a popular choice for breeders in Eastern and Southern Africa. Their continued genetic improvement through progeny and performance testing is critical and accurate pedigree records are paramount. Pedigree records of four stud herds were evaluated for accuracy using 11 microsatellite markers on 178 samples. The microsatellite markers had a combined probability of exclusion (CPE) of 0.9997. The dam misidentification rate was 0 to 5% and that of the sires ranged from 4.3 to 80% between the four stud herds. 4,456 Boran pedigree records from Kenya stud book for the four participating stud herds were analysed for inbreeding. The average generation interval was 6.8 years and the estimated inbreeding coefficient was unexpectedly low (0.0023), probably due to incomplete records. The high rate of mispaternity will lead to low response to selection and increased inbreeding. The use of DNA markers for parentage assignment will improve the accuracy of the pedigree records. This will enhance the accuracy of selection, increase the rate of genetic gain and improve effective monitoring of inbreeding. / Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2011. / Animal and Wildlife Sciences / unrestricted

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