Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: Os objetivos do estudo foram analisar os resultados de corridas de velocidade de cavalos Quarto de Milha (QM) no Brasil, priorizando discussões do padrão das corridas, diversidade genética, principais ancestrais, parâmetros e tendências genéticas das características derivadas da rentabilidade monetária, tempo final e velocidade. Os dados continham 23.482 registros de corridas de velocidade, pertencentes a 5.861 animais (42,2% machos) e um pedigree total de 11.425 cavalos. Foram avaliadas cinco distâncias 275, 301, 320, 365 e 402 metros (m), apresentaram 1.072, 6.579, 2.726, 5.682 e 7.423 registros, respectivamente. As alterações da diversidade genética dos animais, foram avaliadas por meio de 3 subpopulações em três décadas completas, de 1980 (sP80), 1990 (sP90) e 2000 (sP00), avaliando 84,5% dos dados totais. As características rentabilidade monetária aos dois anos de idade hípica (RM2), melhor tempo final (best time) e classe de tempo nas distância 301 e 402 m, (BT301, BT402, CT301 e CT402), foram utilizadas nas estimativas dos parâmetros genéticos. O início da carreira esportiva dos 5.861 cavalos indicou que 29,4% e 27,9% dos animais realizarem a sua 1ª corrida nas distâncias de 301 m e 402 m, respectivamente e, 75,2 % dos animais, iniciaram aos 2 anos de idade hípica. Na principal distancia (402 m) os animais machos, não reprodutores, que iniciaram as corridas aos 4 anos foram os mais rápidos e os que mais contribuíram para a evolução fenotípica das características tempo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of the study was to analyze the results of Quarter Horse (QM) speed racing in Brazil, prioritizing discussions of race pattern, genetic diversity, main ancestors, parameters and genetic trends of the characteristics derived from earning, final time and velocity. The data contained 23,482 sprint records, belonging to 5,861 animals (42.2% males) and a total pedigree of 11,425 horses. Five distances 275, 301, 320, 365 and 402 meters (m) were evaluated, with 1,072, 6,579, 2,726, 5,682 and 7,423 records, respectively. Changes in animal genetic diversity were evaluated by 3 subpopulations in three complete decades, from 1980 (sP80), 1990 (sP90) and 2000 (sP00), evaluating 84.5% of the total data. The characteristics monetary profitability at the age of two horse age (RM2), best time and distance class 301 and 402 m (BT301, BT402, CT301 and CT402) were used to estimate genetic parameters. The beginning of the career of the 5,861 horses indicated that 29.4% and 27.9% of the animals performed their first race in the distances of 301 m and 402 m, respectively, and 75.2% of the animals started at 2 years of age. horse riding. At the main distance (402 m), the non-breeding male animals that started the races at 4 years were the fastest and the ones that contributed the most to the phenotypic evolution of the final time and speed characteristics. Inbreeding and kinship coefficients were low, ranging from 0.49% to 1.60% and from 1.12% to 2.56%, respectively. The effective populatio... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Population structure in five African beef cattle breeds in South Africa was investigated, to assess the effect of animal recording in management of genetic diversity and genetic improvement. Pedigree records of 247,173 Afrikaner, 57,561 Boran, 198,557 Drakensberger, 256,692 Nguni and 55,309 Tuli breed were analysed using the online POPREP software system. Pedigree completeness over six generations varied with the lowest completeness in the Boran and the highest in the Afrikaner.The average generation interval ranged between 6.0 to 6.4 years. The rates of inbreeding per year were 0.03%, 0.04%, 0.06%, 0.07% and 0.08% in Boran, Nguni, Afrikaner, Drakensberger and Tuli respectively. Effective population sizes were 89, 107, 122, 191 and 364 in Tuli, Afrikaner, Drakensberger, Nguni and Boran respectively. Inbreeding and effective population size for the Boran was not a true reflection due to poor pedigree recording. These results indicate that none of the breeds are in critical limits of endangerment. Breeding values were regressed on birth year of each breed for weight traits; Kleiber ratio and scrotal circumference from 1986 to 2012. Genetic trends were stable for birth weights except the Afrikaner and Tuli. Genetic progress has been made in weaning and post weaning weights for all the breeds except for limited progress in the Nguni. Kleiber ratio and scrotal circumference in all measured breeds have shown good progress. The results of this study confirmed that recording of pedigree and performance records are effective in maintenance of genetic diversity and genetic improvement through selection based on EBVs of recorded traits. / Dissertation (MScAgric)--University of Pretoria, 2014. / tm2015 / Animal and Wildlife Sciences / MScAgric / Unrestricted

SANTOS, Leonardo Hunaldo dos. Estrutura populacional e tendências genética e fenotípica da raça Guzerá criada no Nordeste do Brasil. 2008. 49 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Zootecnia, Fortaleza-CE, 2008 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-03T13:25:06Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_lhsantos.pdf: 449681 bytes, checksum: 04fd86ef2877ad7a750e0d4981a06c7d (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-03T13:27:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_lhsantos.pdf: 449681 bytes, checksum: 04fd86ef2877ad7a750e0d4981a06c7d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T13:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_lhsantos.pdf: 449681 bytes, checksum: 04fd86ef2877ad7a750e0d4981a06c7d (MD5) Previous issue date: 2008 / This research was carried out to assess genetically the breed Zebu Guzera beef cattle in Northeast of Brazil, borned between 1976 and 2007, through the estimation of genetic parameters for 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, behavior analysis of the trend lines of genetic, phenotypic and environmental and interrelationship of population structure with genetic progress. The components of (co)variance were obtained by the method of restricted maximum likelihood using the computer program MTDFREML. The model used for the W205 include random genetic effects, direct and maternal, and permanent environment, beyond the fixed effect of contemporary group. For W365 and W550, they were considered fixed effects, however, only the direct genetic effect as random effect. The trend estimate genetic, phenotypic and environmental characteristics were obtained for the linear regression weighted average of the dependent variable (genetic values, weights and solution of the observed GC on the year of birth. The ENDOG program was used for the analysis of pedigree and parameters estimation based on the probability of gene origin, effective size (Ne), generation interval and coefficient of inbreeding. Direct heritability were estimated equal to 0.11 ± 0.02 (W205), 0.18 ± 0.02 (W365) and 0.18 ± 0.02 (W550). The maternal heritability for W205 was to 0.01 ± 0.02. The genetic trend for direct W205, significant (p<0.01) and equal to 0.0094 kg/year, while the maternal genetic trend was significant (p <0.01) and equal to -0.0013 kg/year. W365 and W550 showed highly significant direct genetic trends (p <0.001) and equal to 0.0214 kg/year and 0.0255 kg/year, respectively. The phenotypic and environmental trends were highly significant (p <0.001) and respectively: 1.6584 and 1.6287 (W205), 2.0829 and 2.0175 (W365), 3.3364 and 3.2237 (W550) kg/year. The intervals of generations: 7.5±4.5 (Father-Son), 7.9±3.9 (Father-Son), 7.8±4.2 (Mother-Son), 7,9 ±4.8 (Mother-Daughter),with a mean interval of 7.9 ± 4.4 years. The effective size has increased between the periods 1976-78 to 1986-90 from 240% to reach 674. Then there was a reduction of 110% reaching 318 in 1994, from which there was another rise, reaching 532 in 2006. The inbreeding coefficient showed the greatest growth from the second to the seventh generation, when increased from 0.17% to 2.06%, however, the average inbreeding in inbred animals decreased from 15.66% to 6.75% during the same period. There is low possibility to select the animals for the W205 due to low heritability, however, W365 and W550 showed moderate heritability, presenting opportunity for gain. The significantly gains should be attributed to improvements in the environment. The effective size is great and the population has no risk of extinction. The ranges of generation were high, which caused losses genetic. The use of young bulls evaluated for a limited time can provide reduction in the intervals of generation and increases in genetic gains / A pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar geneticamente os zebuínos da raça Guzerá de corte do Nordeste brasileiro, nascidos entre 1976 e 2007, por meio do estudo da estrutura populacional, estimação dos parâmetros genéticos aos 205(P205), 365(P365) e 550(P550) dias de idade e análise do comportamento das linhas de tendência genética, fenotípica e de ambiente. O programa ENDOG foi utilizado para a análise do pedigree e a estimação dos parâmetros baseados na probabilidade de origem do gene, tamanho efetivo (Ne), intervalo de gerações e coeficiente de endogamia. Os componentes de (co)variância foram obtidos por meio da metodologia da Máxima Verossimilhança Restrita, utilizando o programa computacional MTDFREML. O modelo utilizado para P205 incluiu os efeitos aleatórios genéticos, direto e materno, e de ambiente permanente, além do efeito fixo de grupo de contemporâneo. Para P365 e P550, foram considerados os mesmos efeitos fixos, porém, apenas o efeito genético direto como efeito aleatório. A estimativa das tendências genética, fenotípica e de ambiente para as características foram obtidas pela regressão linear ponderada da média da variável dependente (valores genéticos, pesos observados e solução dos GC) sobre o ano de nascimento. Os intervalos de gerações por passagem gamética foram: 7,5±4,5 (Pai-Filho), 7,9±4,8 (Pai-Filha), 7,8±4,2 (Mãe-Filho), 7,9±3,9 anos (Mãe-Filha), com intervalo médio de 7,9 ± 4,4 anos. O tamanho efetivo sofreu um incremento entre os períodos 1976-78 a 1986-90 de 240% atingindo 674. Em seguida, houve uma redução de 110% atingindo 318 em 1994, a partir do qual houve nova ascensão, chegando a 532 em 2006. O coeficiente de endogamia apresentou o maior crescimento da segunda para a sétima geração, quando aumentou de 0,17% para 2,06%, contudo, a média de endogamia para animais endogâmicos diminuiu de 15,66% para 6,75% durante o mesmo período. As herdabilidades diretas foram iguais a 0,11±0,02(P205), 0,18±0,02(P365) e 0,18±0,02(P550). A herdabilidade materna para P205 foi igual a 0,01±0,02. A tendência genética direta para P205, significativa (p<0,01) e igual a 0,0094 kg por ano, enquanto a tendência genética materna foi significativa (p<0,01) e igual a -0,0013 kg/ano. P365 e P550 apresentaram tendências genéticas direta altamente significativas (p<0,001) e iguais a 0,0214 kg/ano e 0,0255 kg/ano, respectivamente. As tendências fenotípica e de ambiente foram altamente significativas (p<0,001) e respectivamente iguais a: 1,6584 e 1,6287(P205); 2,0829 e 2,0175 (P365); 3,3364 e 3,2237(P550) kg/ano. Existe baixa possibilidade de se selecionar os animais para o P205 devida a baixa herdabilidade, no entanto, P365 e P550 apresentaram herdabilidades moderadas, apresentando possibilidade de ganho. Os ganhos apesar de significativos devem ser atribuídos às melhorias no ambiente. O tamanho efetivo é ótimo e a população não apresenta riscos de extinção. Os intervalos de geração foram altos, o que ocasionou perdas genéticas, logo, a utilização de jovens touros avaliados por tempo limitado pode proporcionar redução nos intervalos de geração e consequentemente, aumento nos ganhos genéticos

Submitted by LETÍCIA BORGES JOAQUIM null (leticiajoaquim@gmail.com) on 2016-03-18T19:56:09Z No. of bitstreams: 1 DissertaçãoLeticia.pdf: 1246720 bytes, checksum: 72c61040420200f71667f56d8d424fec (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-22T12:39:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 joaquim_lb_me_jabo.pdf: 1246720 bytes, checksum: 72c61040420200f71667f56d8d424fec (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T12:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 joaquim_lb_me_jabo.pdf: 1246720 bytes, checksum: 72c61040420200f71667f56d8d424fec (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os painéis de marcadores de alta densidade têm demonstrado a sua funcionalidade nos estudos de estrutura da população e conservação genética. Esses painéis permitem avaliar similaridades no padrão do desequilíbrio de ligação em toda população, assim como informações sobre parentesco da população. Segmentos de homozigose são utilizados como indicativo da estrutura da população e fornecem informações sobre o histórico demográfico e eventos de endogamia da mesma. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de uma linhagem sintética base Landrace por meio de (i) análises de desequilíbrio de ligação; (ii) estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos e de pedigree; (iii) análise do número e tamanho de segmentos de homozigose e (iv) determinação da estratificação da população. Foram utilizados registros de 300 fêmeas e 25 machos de uma linhagem fêmea sintética base Landrace genotipados com o painel Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. A edição dos dados foi realizada no programa PLINK v.1.9 para remoção de marcadores SNPs (“Single Nucleotide Polymorphism”) que falharam em mais de 10% das amostras (“call rate”) e amostras que falharam em mais de 10% dos marcadores. A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r2. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose foram detectados para os cromossomos autossômicos com o programa computacional PLINK v.1.9, considerando pelo menos 50 SNPs homozigotos dentro de tamanho mínimo de 1.000 Kb por animal, permitindo um SNP heterozigoto e um SNP faltante/perdido dentro de uma janela de 50 SNPs. Os segmentos de homozigose detectados foram utilizados para cálculo do coeficiente de endogamia genômica e como indicativo do histórico da população. A estratificação da população foi avaliada utilizando análises de componentes principais e pelo modelo de ancestralidade por metodologia bayesiana aplicado no programa STRUCTURE. Na análise de ancestralidade foram testados valores de K (número de “clusters”) variando de um a oito usando período de burn-in de 1.000 iterações e Cadeia de Markov e Monte Carlo de 10.000 iterações. As análises foram repetidas dez vezes para cada K e a determinação do melhor número para K foi estimada utilizando a estatística Delta K. O valor médio de r² encontrado para todos os SNPs adjacentes que estão a uma distância menor que 100 Kb foi de 0,291 ± 0,312. Os coeficientes de endogamia médios obtidos a partir dos segmentos de homozigose e de registros de pedigree foram de 0,119 e 0,00011, respectivamente. A baixa correlação (r<0,04) encontrada entre os coeficientes de endogamia pode ser explicada pelo efeito de recombinação gênica sobre aqueles estimados a partir dos segmentos de homozigose que não é considerada nas estimativas obtidas à partir de registros de pedigree e devido aos erros de identificação dos animais no pedigree. A identificação de um grande número de longos segmentos de homozigose pode ser indicativa de endogamia recente na população estudada. O estudo da estratificação da amostra indicou que a mesma estaria dividida em duas populações (k=2), sendo que a separação pode ser explicada pelo cruzamento entre as raças ocidentais e orientais utilizadas na formação da linhagem. Os dados de genotipagem permitiram concluir que a população estudada possui endogamia recente, sugerindo-se que seja priorizado acasalamento entre indivíduos menos aparentados para assegurar a manutenção da diversidade genética. / High-density single nucleotide polymorphism (SNP) panels have been used in genomic studies, such as population structure and conservation genetic studies. These panels allow to assess similarities in the patterns of linkage disequilibrium across populations and to estimate relatedness between populations. Runs of homozygosity are used as indicative of population structure and it provides information about demographic history and recent inbreeding. The aim of this study was to describe the genomic structure of a synthetic Landrace line by (i) linkage disequilibrium (LD) analyses; (ii) inbreeding estimates through pedigree and genomic data; (iii) analysing the number and length of runs of homozygosity (ROH); and (iv) determination of population structure. A total of 300 females and 25 males from synthetic Landrace line were genotyped using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. Data editing was performed using PLINK v.1.9. The SNPs and samples with a call rate lower than 0.90 were excluded from the data set. Only the autosomal chromosomes were considered for LD an ROH analyses. The LD between all pairs of SNPs were measured by the means of the genotype correlation coefficient (r²) and it determined the decay of LD with physical distance. The coefficient of inbreeding was calculated using genomic and pedigree data. ROH were detected using PLINK v.1.9 considering the follow parameters: a minimum ROH of 50 SNPs with a minimum length of 1000 (Kb), one heterozygous SNP and one missing SNP were allowed within the sliding window of 50 SNPs. The individual genomic inbreeding and population history were identified from estimated ROH. The population structure was evaluated using principal component analysis and Bayesian admixture model. The number of clusters (K) was tested from two to eight considering a burning period of 1,000 followed by 10,000 Markov chain Monte Carlo repetitions and replicated ten times for each K. The best K was estimated using the Delta K statistic. For all SNPs adjacent less than 100 kilobase (kb) apart, the average r2 was 0.291 ± 0.312. The average inbreeding coefficient, calculated by ROH and pedigree analyses, were 0.119 and 0.00011, respectively. The low correlation between the inbreeding coefficients can be justified by the genetic recombination effect over those estimated from runs of homozygosity that were no considered on the estimates from the traditional pedigree. The high number of long ROH is an evidence of recent inbreeding in this population. The population structure analysis revealed K=2 was the best number of clusters and separation. This result can be explained by the crossbreeding between the Eastern and Western breeds used in the formation of the line. The genotyping data helped confirm that the inbreeding in the studied population is recent, which suggests that mating between individuals less related occurred to ensure the maintenance of genetic diversity.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Final_Leticia de Castro.pdf: 529055 bytes, checksum: b285c0565af0c730f3734a65427c2422 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / One of the features that detract Brazilian s beef quality is the lack of tenderness, and that happens because most of their meat comes from Bos indicus animals, known to be less tender than Bos taurus beef. This study was carried out to identify individuals which have higher probabilities to carry meat tenderness genes, as well as mating the progenitors to produce an experimental population to phenotype meat tenderness. The purpose of this study was to analyze the interrelationships among the variables and also to estimate the genetic correlations between meat tenderness feature (WBSF), and growth (PI, PF and GPD) and carcass (EG, P8 and AOL) features. The data were from Guaporé Agropecuária s OB Choice Program. Factor analysis and canonical correlations were used to analyze the phenotypic relationships. The covariance components and genetic parameters were estimated using Gibbs Sampling method. The heritability estimated for shear force trait was of a low magnitude (0.11). Thus, based on the principle of identical genes probability by ancestry to identify individuals which have higher probabilities to carry meat tenderness genes, two segregating populations were formed. A lack of phenotypical correlations between the WBSF trait and the other measured productive traits was also observed. The genetic correlations between WBSF and the other evaluated traits were of a low magnitude, with values of -0.15; -0.18; -0.13; 0.10; -0.12 and 0.18, between WBSF and PI, PF, GPD, EG, P8 and AOL, respectively. The results of this study support the conclusion that tenderness selection will not affect the selection of other economic traits and vice-versa. For a better knowledge of the genetic relationships between WBSF and other traits for Polled Nellore breed more studies are required. / O Brasil se apresenta como o maior exportador em volume de carne e não em valores financeiros, onde se destacam outros países, como EUA, Austrália e Argentina. Uma das características que depreciam a qualidade da carne bovina brasileira é a falta de maciez, isso porque a grande maioria dessa carne vem de animais com maior proporção genética zebuína, sabidamente menos macia do que as raças de corte taurinas. Objetivou-se com este estudo, identificar indivíduos que apresentem alta probabilidade de serem portadores de genes favoráveis à maciez, bem como acasalar os progenitores e produzir animais experimentais para fenotipagem de maciez da carne. Foi proposto também, analisar os inter-relacionamentos entre as variáveis, além de estimar as correlações genéticas entre as características de maciez (WBSF), crescimento (PI, PF e GPD) e carcaça (EG, P8 e AOL) dos animais avaliados. Foram utilizados dados do Programa OB Choice da Guaporé Agropecuária. Para análises de relacionamentos fenotípicos foram utilizadas análises de fatores e correlações canônicas. Os componentes de variância necessários à obtenção dos parâmetros genéticos foram estimados pelo método da Amostragem de Gibbs. A estimativa de herdabilidade para a característica de força de cisalhamento foi de baixa magnitude (0,11). Para identificar aqueles com alta probabilidade de carregar genes favoráveis à maciez, e, por meio de técnicas de acasalamento otimizado, formar as duas populações segregantes, baseou-se no princípio da probabilidade de genes idênticos por descendência. Observou-se ausência de correlações fenotípicas entre WBSF e as outras características produtivas avaliadas. As correlações genéticas entre WBSF e as outras características foram de baixa magnitude, com valores de -0,15; -0,18; -0,13; 0,10; -0,12 e 0,18, entre WBSF e PI, PF, GPD, EG, P8 e AOL, respectivamente. Os resultados desse estudo sugerem que, a seleção para a maciez não influenciará na seleção de outras características de interesse econômico e vice-versa. São necessários mais estudos para um melhor conhecimento sobre as relações genéticas de WBSF e outras características produtivas em bovinos da raça Nelore Mocho.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar geneticamente os zebuÃnos da raÃa Guzerà de corte do Nordeste brasileiro, nascidos entre 1976 e 2007, por meio do estudo da estrutura populacional, estimaÃÃo dos parÃmetros genÃticos aos 205(P205), 365(P365) e 550(P550) dias de idade e anÃlise do comportamento das linhas de tendÃncia genÃtica, fenotÃpica e de ambiente. O programa ENDOG foi utilizado para a anÃlise do pedigree e a estimaÃÃo dos parÃmetros baseados na probabilidade de origem do gene, tamanho efetivo (Ne), intervalo de geraÃÃes e coeficiente de endogamia. Os componentes de (co)variÃncia foram obtidos por meio da metodologia da MÃxima VerossimilhanÃa Restrita, utilizando o programa computacional MTDFREML. O modelo utilizado para P205 incluiu os efeitos aleatÃrios genÃticos, direto e materno, e de ambiente permanente, alÃm do efeito fixo de grupo de contemporÃneo. Para P365 e P550, foram considerados os mesmos efeitos fixos, porÃm, apenas o efeito genÃtico direto como efeito aleatÃrio. A estimativa das tendÃncias genÃtica, fenotÃpica e de ambiente para as caracterÃsticas foram obtidas pela regressÃo linear ponderada da mÃdia da variÃvel dependente (valores genÃticos, pesos observados e soluÃÃo dos GC) sobre o ano de nascimento. Os intervalos de geraÃÃes por passagem gamÃtica foram: 7,5Â4,5 (Pai-Filho), 7,9Â4,8 (Pai-Filha), 7,8Â4,2 (MÃe-Filho), 7,9Â3,9 anos (MÃe-Filha), com intervalo mÃdio de 7,9  4,4 anos. O tamanho efetivo sofreu um incremento entre os perÃodos 1976-78 a 1986-90 de 240% atingindo 674. Em seguida, houve uma reduÃÃo de 110% atingindo 318 em 1994, a partir do qual houve nova ascensÃo, chegando a 532 em 2006. O coeficiente de endogamia apresentou o maior crescimento da segunda para a sÃtima geraÃÃo, quando aumentou de 0,17% para 2,06%, contudo, a mÃdia de endogamia para animais endogÃmicos diminuiu de 15,66% para 6,75% durante o mesmo perÃodo. As herdabilidades diretas foram iguais a 0,11Â0,02(P205), 0,18Â0,02(P365) e 0,18Â0,02(P550). A herdabilidade materna para P205 foi igual a 0,01Â0,02. A tendÃncia genÃtica direta para P205, significativa (p<0,01) e igual a 0,0094 kg por ano, enquanto a tendÃncia genÃtica materna foi significativa (p<0,01) e igual a -0,0013 kg/ano. P365 e P550 apresentaram tendÃncias genÃticas direta altamente significativas (p<0,001) e iguais a 0,0214 kg/ano e 0,0255 kg/ano, respectivamente. As tendÃncias fenotÃpica e de ambiente foram altamente significativas (p<0,001) e respectivamente iguais a: 1,6584 e 1,6287(P205); 2,0829 e 2,0175 (P365); 3,3364 e 3,2237(P550) kg/ano. Existe baixa possibilidade de se selecionar os animais para o P205 devida a baixa herdabilidade, no entanto, P365 e P550 apresentaram herdabilidades moderadas, apresentando possibilidade de ganho. Os ganhos apesar de significativos devem ser atribuÃdos Ãs melhorias no ambiente. O tamanho efetivo à Ãtimo e a populaÃÃo nÃo apresenta riscos de extinÃÃo. Os intervalos de geraÃÃo foram altos, o que ocasionou perdas genÃticas, logo, a utilizaÃÃo de jovens touros avaliados por tempo limitado pode proporcionar reduÃÃo nos intervalos de geraÃÃo e consequentemente, aumento nos ganhos genÃticos / This research was carried out to assess genetically the breed Zebu Guzera beef cattle in Northeast of Brazil, borned between 1976 and 2007, through the estimation of genetic parameters for 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, behavior analysis of the trend lines of genetic, phenotypic and environmental and interrelationship of population structure with genetic progress. The components of (co)variance were obtained by the method of restricted maximum likelihood using the computer program MTDFREML. The model used for the W205 include random genetic effects, direct and maternal, and permanent environment, beyond the fixed effect of contemporary group. For W365 and W550, they were considered fixed effects, however, only the direct genetic effect as random effect. The trend estimate genetic, phenotypic and environmental characteristics were obtained for the linear regression weighted average of the dependent variable (genetic values, weights and solution of the observed GC on the year of birth. The ENDOG program was used for the analysis of pedigree and parameters estimation based on the probability of gene origin, effective size (Ne), generation interval and coefficient of inbreeding. Direct heritability were estimated equal to 0.11  0.02 (W205), 0.18  0.02 (W365) and 0.18  0.02 (W550). The maternal heritability for W205 was to 0.01  0.02. The genetic trend for direct W205, significant (p<0.01) and equal to 0.0094 kg/year, while the maternal genetic trend was significant (p <0.01) and equal to -0.0013 kg/year. W365 and W550 showed highly significant direct genetic trends (p <0.001) and equal to 0.0214 kg/year and 0.0255 kg/year, respectively. The phenotypic and environmental trends were highly significant (p <0.001) and respectively: 1.6584 and 1.6287 (W205), 2.0829 and 2.0175 (W365), 3.3364 and 3.2237 (W550) kg/year. The intervals of generations: 7.5Â4.5 (Father-Son), 7.9Â3.9 (Father-Son), 7.8Â4.2 (Mother-Son), 7,9 Â4.8 (Mother-Daughter),with a mean interval of 7.9  4.4 years. The effective size has increased between the periods 1976-78 to 1986-90 from 240% to reach 674. Then there was a reduction of 110% reaching 318 in 1994, from which there was another rise, reaching 532 in 2006. The inbreeding coefficient showed the greatest growth from the second to the seventh generation, when increased from 0.17% to 2.06%, however, the average inbreeding in inbred animals decreased from 15.66% to 6.75% during the same period. There is low possibility to select the animals for the W205 due to low heritability, however, W365 and W550 showed moderate heritability, presenting opportunity for gain. The significantly gains should be attributed to improvements in the environment. The effective size is great and the population has no risk of extinction. The ranges of generation were high, which caused losses genetic. The use of young bulls evaluated for a limited time can provide reduction in the intervals of generation and increases in genetic gains

Le pin maritime (Pinus pinaster Ait.) est l’une des principales espèces forestières en France, fournissant près d’un quart de la production nationale de bois. Un programme d’amélioration, mis en place dans les années 1960, propose des variétés génétiquement améliorées pour la croissance et la rectitude du tronc.Cette thèse explore la possibilité d’introduire les marqueurs moléculaires dans les stratégies d’amélioration génétique du pin maritime en Aquitaine. Les marqueurs sont utilisés afin de reconstituer a posteriori les pedigrees au sein d’un test de descendance « polycross », pour d’une part vérifier les hypothèses sur lesquelles repose la sélection backward, et d’autre part, pour proposer une stratégie de sélection innovante. Tout d’abord, la reconstitution du pedigree de 984 individus à l’aide de 63 marqueurs SNPs permet de valider les hypothèses de la sélection backward, et montre que les estimations des paramètres génétiques et des valeurs génétiques maternelles, basées sur l’information d’un pedigree partiel ou complet, diffèrent peu. Puis, les meilleurs descendants du test polycross sont présélectionnés et génotypés pour évaluer la faisabilité d’une stratégie de sélection forward. Enfin, des vergers à graines sont simulés selon différentes stratégies de sélection (backward, forward, mixte) afin de comparer les gains génétiques des variétés améliorées ainsi obtenues.Une stratégie de sélection forward chez le pin maritime permettrait d’accélérer les cycles de sélection et d’augmenter la fréquence des sorties variétales. De plus, le jeu de marqueurs SNPs développé dans cette étude est en cours de valorisation dans différentes étapes du programme d’amélioration. / Maritime pine (Pinus pinaster Ait.) is one of the main economical forest species in France, providing about twenty five percent of the national round wood production. A breeding program, implemented since the 60’s, offers genetically improved varieties for growth and stem straightness.This PhD explores the use of molecular markers in breeding strategies for maritime pine in Aquitaine. Molecular markers were used for pedigree recovery in a polycross progeny trial to test assumptions of backward selection on one hand, and to evaluate the feasibility of a new breeding strategy on the other hand. First, the pedigree of 984 progeny was recovered with 63 SNPs allowing to verify the assumptions of backward selection. We also showed that genetic parameters and maternal breeding value estimates were not much modified by inclusion of full pedigree information. Then, the best progenies in the polycross trial were preselected and genotyped to investigate the possibility of carrying out a forward selection strategy. Finally, establishment of clonal seed orchards were simulated from various breeding strategies (backward, forward, mixed) in order to compare genetic gains from the improved varieties obtained thereby.This study opens new perspectives towards an implementation of forward selection in the French maritime pine breeding program, to speed the selection cycles up and to increase the frequency of variety renewal. Moreover, the set of SNP markers developed is now used in different steps of the breeding program.

Genotype microarrays assay hundreds of thousands of genetic variants on an individual's genome. The availability of this high throughput genotyping capability has transformed the field of genetics over the past decade by enabling thousands of individuals to be rapidly assayed. This has lead to the discovery of hundreds of genetic variants that are associated with disease and other phenotypes in genome wide association studies (GWAS). These data have also brought with them a number of new statistical and computational challenges. This thesis deals with two primary analysis problems involving microarray data; genotype calling and haplotype inference. Genotype calling involves converting the noisy bivariate fluorescent signals generated by microarray data into genotype values for each genetic variant and individual. Poor quality genotype calling can lead to false positives and loss of power in GWAS so this is an important task. We introduce a new genotype calling method that is highly accurate and has the novel capability of fusing microarray data with next-generation sequencing data for greater accuracy and fewer missing values. Our new method compares favourably to other available genotype calling software. Haplotype inference (or phasing) involves deconvolving these genotypes into the two inherited parental chromosomes for an individual. The development of phasing methods has been a fertile field for statistical genetics research for well over ten years. Depending on the demography of a cohort, different phasing methods may be more appropriate than others. We review the popular offerings and introduce a new approach to try and unify two distinct problems; the phasing of extended pedigrees and the phasing of unrelated individuals. We conduct an extensive comparison of phasing methods on real and simulated data. Finally we demonstrate some preliminary results on extending methodology to sample sizes in the tens of thousands.

The genetic status of the critically endangered Mississippi sandhill crane (Grus canadensis pulla) was analyzed using 2009 studbook data from the U.S. Fish and Wildlife Service managed captive breeding and release program. Microsatellite DNA data provided information on shared founder genotypes, allowing for refined analysis of genetic variation in the population, and informed breeding recommendations. The genetic variation observed in the Mississippi sandhill crane was contrasted with variation observed in the Florida sandhill crane (Grus canadensis pratensis). Results show far less variation in the Mississippi population. Results also suggest that while gene flow no longer occurs between the two populations, the introduction of cranes from the Florida population would help to increase the observed genetic diversity of the Mississippi sandhill crane population.

Orientador: Marcílio Dias Silveira da Mota / Coorientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Evaldo Antonio Lencioni Titto / Resumo: O trabalho objetivou estimar a herdabilidade (h2) da característica rentabilidade monetária (RM) de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha, a fim de verificar a viabilidade de sua inclusão em programas de melhoramento genético da raça. Foram utilizados registros de 22.958 corridas de 5.233 cavalos, disponibilizados pelo Hipódromo de Sorocaba-SP, Brasil, no período de 1978-2009. Todos os ancestrais dos cavalos registrados foram incluídos no arquivo de pedigree até a quinta geração. A característica RM sofreu transformação logarítmica (L) e foi analisada para animais de 2, 3 e 4 anos de idade e para a carreira destes. As estimativas de h2 foram obtidas utilizando modelo multi-característica e amostragem de Gibbs usando os efeitos de sexo e ano da corrida, animal e resíduo para todas as análises. Foram realizadas cinco análises, uma na qual RM foi dividida pelo número de premiações (LRM/NP), outra na qual RM foi dividida pelo número de largadas (LRM/NL) e outras três, acrescentando o número de premiações (LRM_cNP), número de largadas (LRM_cNL) e ambas (LRM_cNPL) como covariáveis afetando a característica RM. As análises foram realizadas considerando a inclusão ou exclusão do efeito materno. As estimativas de h2 sugerem a inclusão desta característica em programas de seleção que visem melhorar o desempenho em corridas de cavalos Quarto de Milha / Abstract: The aim of the present study was to estimate the heritability (h2) of the trait Earnings (RM) in Quarter Horses racing in order to verify its viability in breeding programs of that breed. Data comprised records of 22.958 races and 5.233 horses provided by Jockey Club of Sorocaba, state of São Paulo, Brazil, on the period of 1978 - 2009. The ancestors of the recorded animals were included in the pedigree file until the fifth generation. The earnings (log transformed - L) were analyzed for 2, 3 and 4 years old horses and also for the animal career. The heritabilities were estimated by a multi-trait model based on Gibbs sampling algorithm considering the effects of animal, sex, year of the race and residual. It was considered five different analyses, first the RM was divided by the total of prizes of the animal on each studied age (LRM/NP), second the RM was divided by the total of starts of the animal (LRM/NL), and the other three adding number of prizes (LM_cNP), number of starts (LRM_cNL) and both (LRM_cNPL) as covariates affecting the trait RM. The analyses were made considering and not the maternal effect. The heritability estimates suggests the inclusion of this trait in breeding programs that aim to improve the performance of Quarter Horses races / Mestre