Abstract¡G Athyrioid ferns¡]Athyrioideae, Dryopteridaceae¡^consist of about 700 species with a distribution range from tropical to temperate zone in the world. In Taiwan, the subfamily includes 50 species commonly found from lowland to around 3000 meters in elevation. Phylogenetic relationships and the generic circumscription of athyrioid genera are confused and controversial. In this study, trnL-trnF spacer, which is a nucleotide sequence between genes in the chloroplast, was used to analyze and infer the phylogenetic relationships and evolutionary status of 35 species. Phylogenetic trees produced by neighbor-joining and maximum-parsimony methods are similar in topology. Athyrium and Cornopteris form a clade, and this indicates Cornopteris is more closely related to Athyrium than to Diplazium. Anisogonium nests within Diplazium clade, and it implies these two genera congeneric. Anisocampium is distinct from Athyrium sensu stricto and forms a clade with Athyrium nipponicum. Deparia clade includes Athyriopsis, Lunathyrium, Dryoathyrium, Dictyodroma, Diplazium subsinuatum and Matteuccia. These four clades may be seen as the core part of athyrioid ferns. Woodsia and Thelypteridaceae cluster next to these four clades. Cystopteris and Gymnocarpium occupy a position between Thelypteridaceae and Dryopteridaceae. Rhachidosorus is neither closely related to Athyrium nor Diplazium. Hypodematium is distantly related to athyrioid ferns and forms a clade with Dryopteridaceae. Therefore, Hypodematium may be isolated from athyrioid ferns. Based on the evidences mentioned above, athyrioid ferns are suggested to be closely related to Thelypteriaceae, and are probably members of Woodsiaceae¡]including Thelypteridaceae¡^instead of Dryopteridaceae. In addition, Cystopteris and Gymnocarpium are the most basal lineage of Woodsiaceae sensu lato. The core group of athyrioid ferns probably better treated as a monophyletic tribe or subfamily of Woodsiaceae at current stage.

A unifying goal of plant systematics is in pursuit of a natural system that means phylpgenetic relationships. We can construct it by means of various characters. There are many arguments about generic circumscription of Pteridophyta. It¡¦s worth while to reexamine some characters, such as trichome. Trichomes have long been considered one of the most important characters by pteridologists. However, The study of trichomes in Taiwan is very rare. In the present study, trichome morphology is used to assess phylogenetic relationships among genera of Dryopteridaceae (sensu Kramer et al.) . The observation of trichomes focus on hairs on the lamina and scales on the base of stipes. Lamina surface hairs are classified into unicellular hairs, club-like unicellular glands, uniseriate hairs, spine-like hairs, appressed glandular hairs, uniseriate hairs with a glandular head and verruca. Stipe base scale margins are classified into entire, serrate, unicellular branch, uniseriate branch, multicellular branch with a glandular head, and dorsi-ventral branch. Color distribution and branch dimension of scales were also good differentiation characters. The main taxonomic conclusions are as follows: (1)Trichome characters support the distinctness of Nothoperanema, Peranema, Polystichm, Dryopsis, Ctenitis, Tectaria, Athyrium, Cystopteris, Acystopteris, and Woodsia; (2) Diplazium and Dryopteris are hererogenous and show little correaltion to exist system. The latter two genera need further research.

Os loricariíneos são Siluriformes altamente derivados e contabilizam cerca de 210 espécies, apresentando uma irradiação adaptativa bem sucedida, tendo representantes na Costa Rica, no Panamá e em toda a América do Sul, e ocorrendo também em ambos os lados dos Andes. Discussões taxonômicas conflituosas são encontradas sobre esta subfamília, envolvendo muitos de seus gêneros, principalmente os mais numerosos, como é o caso de Rineloricaria. O elevado número de espécies (64), a ampla distribuição geográfica e a presença de características diagnósticas válidas para todos os gêneros da subfamília, levam à discussão a proposta de uma subdivisão no gênero Rineloricaria, além de indicar as dificuldades de identificação apresentadas pelo gênero. Em relação às características citogenéticas, Loricariinae apresenta-se como uma subfamília heterogênea e diversificada, com o número diplóide variando de 2n=36 cromossomos a 2n=74 cromossomos. O gênero Rineloricaria contribui intensamente para essa variação, com números cromossômicos variando de 2n=36 a 2n=70 cromossomos. A participação de rearranjos Robertsonianos na evolução cariotípica de Rineloricaria é algo claro, mas evidências que confirmem a ordenação desses eventos não existem. No presente trabalho, técnicas citogenéticas e moleculares foram utilizadas com a finalidade de estabelecer relações evolutivas entre os integrantes da subfamília Loricariinae, em especial do gênero Rineloricaria, entender a evolução cariotípica dessa subfamília e identificar marcadores citogenéticos e moleculares úteis na identificação e descrição de espécies de Rineloricaria. Foram analisados os cromossomos de doze espécies de Loricariinae, pertencentes aos gêneros Harttia, Loricariia, Loricariichthys e Rineloricaria, coletadas na Bacia do Alto Paraná e nas drenagens do Leste brasileiro. Três regiões do genoma mitocondrial (ATPase 6 e 8, Citocromo b e Citocromo c Oxidase I) foram investigadas nessas espécies no presente trabalho. As análises filogenéticas recuperaram o gênero Rineloricaria como um grupo monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica em Loricariinae e no gênero Rineloricaria. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rineloricaria que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / Loricariinae are Siluriformes highly derivative and account for about 210 species, with a successful adaptive radiation and representatives can be seen in Costa Rica, Panama and throughout South America, and also occurring on both sides of the Andes. Conflicting taxonomic discussions are found on this subfamily, involving many of its genera, especially the most numerous, as Rineloricaria. The high number of species (64), the wide geographic distribution and the presence of valid diagnostic features for all genera of the subfamily, leads to a discussion of a proposed subdivision in the genus Rineloricaria, besides indicating the difficulties of identification presented by the genus. With respect to cytogenetic characteristics, Loricariinae is presented as a heterogeneous and diverse subfamily, varying diploid number of 2n = 36 chromosomes to 2n = 74 chromosomes. The genus Rineloricaria contributes strongly to this variation, with chromosome numbers ranging from 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. The involvement of Robertsonian rearrangements in the karyotype evolution of Rineloricaria is something unclear, but evidences that confirm the ordination of these events does not exist. In this study, cytogenetic and molecular techniques were used in order to establish evolutionary relationships among members of the subfamily Loricariinae, especially the genus Rineloricaria, and also to understand the karyotype evolution of this subfamily and to identify cytogenetic and molecular markers useful in identifying and describing species of Rineloricaria. We analyzed the chromosomes of twelve species of Loricariinae from genera Harttia, Loricariia, Loricariichthys Rineloricaria from the Upper Paraná Basin and the drainages of eastern Brazil. Three regions of the mitochondrial genome (ATPase 6 and 8, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I) were investigated in these species of this study. The phylogenetic analysis recovered the genus Rineloricaria as a monophyletic group. The cytogenetic data allowed us to establish trends in chromosomal evolution in Loricariinae and in the genus Rineloricaria. The present study underscores the importance of using different approaches in carrying out taxonomic and evolutionary studies, suggesting a further revision of the genus Rineloricaria that takes into account the genetic data obtained.

Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) é uma família de Characiformes com 14 espécies válidas divididas em duas subfamílias (Cynodontinae e Roestinae). As espécies de Cynodontinae sempre foram classificadas em um mesmo grupo, enquanto que Roestinae já foi classificada junto com Characidae. Com o objetivo de testar o monofiletismo de Cynodontidae, realizamos uma análise de máxima parcimônia com o algoritmo TBR em 42 táxons representando 12 famílias de Characiformes. A análise foi realizada com três regiões nuclearas e três genes mitocondriais; entretanto, o íntron da RPS7 foi retirado da análise final por questões de homologia do alinhamento. A árvore consenso obtida com 9842 passos (IC = 0,351 e IR = 0,358) evidencia o não monofiletismo de Cynodontidae, com Cynodontinae relacionada a um clado composto por Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae e Parodontidae, enquanto que Roestinae aparece dentro de Characidae relacionada à Heterocharacinae. Acestrorhynchidae foi recuperada na base do clado Roestinae/Heterocharacinae, o que condiz com outras filogenias moleculares e difere das filogenias morfológicas. As relações entre as espécies de Roestes e de Hydrolycus também foram recuperadas. As outras relações encontradas condizem com dados recentes da literatura, fortalecendo o conhecimento sobre a ictiofauna de água doce. A espécie Rhaphiodon vulpinus se destaca entre os Cynodontíneos por apresentar uma ampla distribuição geográfica, sendo encontrada em sistemas atualmente separados como as bacias do Paraná e do Amazonas. Por isso, uma análise da variabilidade e da estrutura populacional desta espécie foi realizada com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a influência do passado geológico na distribuição da ictiofauna Neotropical, além de fornecer áreas prioritárias de conservação. Inicialmente, o estudo foi realizado com sequencias do gene da ATPase do mtDNA, e os resultados evidenciaram a existência de três grupos genéticos que foram considerados UES distintas (Bacia do Paraná, oeste da Amazônia e leste da Amazônia). Entretanto, a hipótese de contato secundário com mistura de fauna entre a Bacia do Paraná e o Rio Madeira foi postulada para explicar os resultados. Para testar tal hipótese, foi desenvolvida a biblioteca de microssatélites de R. vulpinus, já que este marcador é mais sensível para a detecção de estruturas populacionais. Foram obtidos 11 locos polimórficos, sendo que sete funcionaram em outros gêneros de Cynodontinae. A análise com microssatélites confirmou a conexão entre o oeste da Amazônia e a Bacia do Paraná, provavelmente devido à captura de riachos para a sub bacia do Rio Madeira. Uma grande diferença entre as análise é a subdivisão UES do leste da Amazônia (rios Araguaia e Xingu) devido à grande diferenciação do alto Xingu. Além disso, esta localidade parece ter contribuído no pool gênico do Araguaia após a estruturação, o que pode indicar outro evento de captura de cabeceiras. Estes eventos, no entanto, seriam relativamente recentes na história evolutiva de R. vulpinus, assim como é a barreira estabelecida pela Cachoeira do Teotônio no Rio Madeira, já que a mesma não foi detectada como barreira na análise do mtDNA. A história demográfica de Rhaphiodon vulpinus parece estar intimamente relacionada a eventos geológicos, já que a estruturação encontrada reflete o conhecimento atual sobre a formação das bacias hidrográficas. Além disso, R. vulpinus parece ser uma espécie bastante antiga, especialmente pela estruturação encontrada dentro da Bacia Amazônica. Por isso, tanto a diminuição do tamanho populacional (detectada no leste da Amazônia pelos microssatélites) quanto a expansão populacional (detectada no oeste da Amazônia pela ATPase) podem ter acontecido nesta espécie. R. vulpinus parece ser uma espécie com grande capacidade migratória, já que apresenta isolamento pela distância e estruturação relacionada à barreiras históricas. Em relação aos padrões de diversidade, ambos os marcadores evidenciaram uma diversidade moderadamente alta na Amazônia (com os maiores valores no oeste) e uma baixa diversidade na Bacia do Paraná, provavelmente devido à colonização da bacia aliado às alterações ambientais ocorridas na região. O conjunto de dados obtidos contribuirá para o esclarecimento das relações filogenéticas em Characiformes e também para a compreensão de aspectos da história evolutiva e da dinâmica de populações de R. vulpinus, uma espécie que parece ser mais antiga do que a formação atual dos sistemas de drenagem. / Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) is a Characiform family with 14 valid species which are divided in two subfamilies (Cynodontinae and Roestinae). Cynodontinae species were always classified in the same group meanwhile Roestinae has already been classified together with Characidae. In order to test the monophylestism of Cynodontidae, we have conducted a Maximum Parsimony Analysis using the algorithm TBR in 42 taxa, which represent 12 Characiform families. The analysis was performed with three nuclear regions and three mitochondrial genes; the first intron of RPS7 was removed from the final analysis due to problems related to alignment homology. The consensus tree obtained with 9842 steps (IC = 0,351 and IR = 0,358) does not support the monophylestism of Cynodontidae, which appears in a clade composed by Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae, and Parodontidae; Roestinae appears within Characidae, close-related to Heterocharacinae. Acestrorhynchidae was recovered at the base of Roestinae/Heterocharacinae clade, which is in agreement with other molecular phylogenies and in disagreement with the morphological ones. The relationship between Roestes and Hydrolycus species was also recovered. Other relationships obtained are in agreement with recent data described elsewhere, which reinforces the knowledge on the freshwater fish fauna. The species Rhaphiodon vulpinus stands out from other Cynodontinae species due to its wide geographic distribution, occurring in basins that are currently separated as is the case of Paraná and Amazon. Within this context, population variability and structure analyses were conducted with the aim of expanding the knowledge related to the influence of geological history on the distribution of Neotropical fish fauna as well as to provide priority areas for conservation means. Initially, the study was carried out with ATPase gene sequences from mtDNA and the results evidenced the existence of three genetic groups which were considered as different ESUs (Evolutionary Significant Units; Paraná, Western Amazon, and Eastern Amazon). However, a secondary contact hypothesis with fauna mixture between Paraná and Madeira river basins was formulated in order to explain the results. In order to test such hypothesis, a microsatellite library was developed for R. vulpinus, once this marker is more sensitive for the detection of population structure. 11 polymorphic loci were obtained and among them, seven showed to be useful in other Cynodontinae genus. The microsatellite analysis confirmed the connection between the Western Amazon and the Paraná basin, which probably occurred as a result of headwaters capture by the Madeira river sub-basin. The major difference between the analyses comprises the ESU sub-division in Easter Amazon (Araguaia and Xingu rivers) due to the high differentiation of Upper Xingu. Moreover, this locality may have contributed on the Araguaia gene pool after its structuration process, which may be an indicative of another headwaters capture event. However, those events would be relatively recent in the R. vulpinus evolutive history, likewise the barrier formed by Teotônio Falls in Madeira river, once it was not detected as a barrier by mtDNA analysis. The demographic history of R. vulpinus seems to be tightly related to geologic events, once the structure obtained reflects the current knowledge on the formation of hydrographic basins. Furthermore, R. vulpinus seems to be a very old species, mainly due to the structure found within the Amazon basin. Thus, both the reduction of population size (detected in Eastern Amazon by microsatellite) and the population expansion (detected in Western Amazon by ATPase) may have occurred in this species. R. vulpinus seems to be a species with a high migration capacity, once it presents isolation by the distance and structuration related to historical barriers. Regarding the diversity patterns, both markers evidenced a slightly high diversity in the Amazon (high values on Western) and low diversity in the Paraná basin, possibly due to the occupation of the basin modulated by environmental changes that occurred in the region. Those data will contribute to resolve the phylogenetic relationships in Characiform and for the understanding of some aspects of the evolutive history and population dynamics of R. vulpinus, a species that seems to be older than the current drainage systems.

Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) é uma família de Characiformes com 14 espécies válidas divididas em duas subfamílias (Cynodontinae e Roestinae). As espécies de Cynodontinae sempre foram classificadas em um mesmo grupo, enquanto que Roestinae já foi classificada junto com Characidae. Com o objetivo de testar o monofiletismo de Cynodontidae, realizamos uma análise de máxima parcimônia com o algoritmo TBR em 42 táxons representando 12 famílias de Characiformes. A análise foi realizada com três regiões nuclearas e três genes mitocondriais; entretanto, o íntron da RPS7 foi retirado da análise final por questões de homologia do alinhamento. A árvore consenso obtida com 9842 passos (IC = 0,351 e IR = 0,358) evidencia o não monofiletismo de Cynodontidae, com Cynodontinae relacionada a um clado composto por Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae e Parodontidae, enquanto que Roestinae aparece dentro de Characidae relacionada à Heterocharacinae. Acestrorhynchidae foi recuperada na base do clado Roestinae/Heterocharacinae, o que condiz com outras filogenias moleculares e difere das filogenias morfológicas. As relações entre as espécies de Roestes e de Hydrolycus também foram recuperadas. As outras relações encontradas condizem com dados recentes da literatura, fortalecendo o conhecimento sobre a ictiofauna de água doce. A espécie Rhaphiodon vulpinus se destaca entre os Cynodontíneos por apresentar uma ampla distribuição geográfica, sendo encontrada em sistemas atualmente separados como as bacias do Paraná e do Amazonas. Por isso, uma análise da variabilidade e da estrutura populacional desta espécie foi realizada com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a influência do passado geológico na distribuição da ictiofauna Neotropical, além de fornecer áreas prioritárias de conservação. Inicialmente, o estudo foi realizado com sequencias do gene da ATPase do mtDNA, e os resultados evidenciaram a existência de três grupos genéticos que foram considerados UES distintas (Bacia do Paraná, oeste da Amazônia e leste da Amazônia). Entretanto, a hipótese de contato secundário com mistura de fauna entre a Bacia do Paraná e o Rio Madeira foi postulada para explicar os resultados. Para testar tal hipótese, foi desenvolvida a biblioteca de microssatélites de R. vulpinus, já que este marcador é mais sensível para a detecção de estruturas populacionais. Foram obtidos 11 locos polimórficos, sendo que sete funcionaram em outros gêneros de Cynodontinae. A análise com microssatélites confirmou a conexão entre o oeste da Amazônia e a Bacia do Paraná, provavelmente devido à captura de riachos para a sub bacia do Rio Madeira. Uma grande diferença entre as análise é a subdivisão UES do leste da Amazônia (rios Araguaia e Xingu) devido à grande diferenciação do alto Xingu. Além disso, esta localidade parece ter contribuído no pool gênico do Araguaia após a estruturação, o que pode indicar outro evento de captura de cabeceiras. Estes eventos, no entanto, seriam relativamente recentes na história evolutiva de R. vulpinus, assim como é a barreira estabelecida pela Cachoeira do Teotônio no Rio Madeira, já que a mesma não foi detectada como barreira na análise do mtDNA. A história demográfica de Rhaphiodon vulpinus parece estar intimamente relacionada a eventos geológicos, já que a estruturação encontrada reflete o conhecimento atual sobre a formação das bacias hidrográficas. Além disso, R. vulpinus parece ser uma espécie bastante antiga, especialmente pela estruturação encontrada dentro da Bacia Amazônica. Por isso, tanto a diminuição do tamanho populacional (detectada no leste da Amazônia pelos microssatélites) quanto a expansão populacional (detectada no oeste da Amazônia pela ATPase) podem ter acontecido nesta espécie. R. vulpinus parece ser uma espécie com grande capacidade migratória, já que apresenta isolamento pela distância e estruturação relacionada à barreiras históricas. Em relação aos padrões de diversidade, ambos os marcadores evidenciaram uma diversidade moderadamente alta na Amazônia (com os maiores valores no oeste) e uma baixa diversidade na Bacia do Paraná, provavelmente devido à colonização da bacia aliado às alterações ambientais ocorridas na região. O conjunto de dados obtidos contribuirá para o esclarecimento das relações filogenéticas em Characiformes e também para a compreensão de aspectos da história evolutiva e da dinâmica de populações de R. vulpinus, uma espécie que parece ser mais antiga do que a formação atual dos sistemas de drenagem. / Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) is a Characiform family with 14 valid species which are divided in two subfamilies (Cynodontinae and Roestinae). Cynodontinae species were always classified in the same group meanwhile Roestinae has already been classified together with Characidae. In order to test the monophylestism of Cynodontidae, we have conducted a Maximum Parsimony Analysis using the algorithm TBR in 42 taxa, which represent 12 Characiform families. The analysis was performed with three nuclear regions and three mitochondrial genes; the first intron of RPS7 was removed from the final analysis due to problems related to alignment homology. The consensus tree obtained with 9842 steps (IC = 0,351 and IR = 0,358) does not support the monophylestism of Cynodontidae, which appears in a clade composed by Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae, and Parodontidae; Roestinae appears within Characidae, close-related to Heterocharacinae. Acestrorhynchidae was recovered at the base of Roestinae/Heterocharacinae clade, which is in agreement with other molecular phylogenies and in disagreement with the morphological ones. The relationship between Roestes and Hydrolycus species was also recovered. Other relationships obtained are in agreement with recent data described elsewhere, which reinforces the knowledge on the freshwater fish fauna. The species Rhaphiodon vulpinus stands out from other Cynodontinae species due to its wide geographic distribution, occurring in basins that are currently separated as is the case of Paraná and Amazon. Within this context, population variability and structure analyses were conducted with the aim of expanding the knowledge related to the influence of geological history on the distribution of Neotropical fish fauna as well as to provide priority areas for conservation means. Initially, the study was carried out with ATPase gene sequences from mtDNA and the results evidenced the existence of three genetic groups which were considered as different ESUs (Evolutionary Significant Units; Paraná, Western Amazon, and Eastern Amazon). However, a secondary contact hypothesis with fauna mixture between Paraná and Madeira river basins was formulated in order to explain the results. In order to test such hypothesis, a microsatellite library was developed for R. vulpinus, once this marker is more sensitive for the detection of population structure. 11 polymorphic loci were obtained and among them, seven showed to be useful in other Cynodontinae genus. The microsatellite analysis confirmed the connection between the Western Amazon and the Paraná basin, which probably occurred as a result of headwaters capture by the Madeira river sub-basin. The major difference between the analyses comprises the ESU sub-division in Easter Amazon (Araguaia and Xingu rivers) due to the high differentiation of Upper Xingu. Moreover, this locality may have contributed on the Araguaia gene pool after its structuration process, which may be an indicative of another headwaters capture event. However, those events would be relatively recent in the R. vulpinus evolutive history, likewise the barrier formed by Teotônio Falls in Madeira river, once it was not detected as a barrier by mtDNA analysis. The demographic history of R. vulpinus seems to be tightly related to geologic events, once the structure obtained reflects the current knowledge on the formation of hydrographic basins. Furthermore, R. vulpinus seems to be a very old species, mainly due to the structure found within the Amazon basin. Thus, both the reduction of population size (detected in Eastern Amazon by microsatellite) and the population expansion (detected in Western Amazon by ATPase) may have occurred in this species. R. vulpinus seems to be a species with a high migration capacity, once it presents isolation by the distance and structuration related to historical barriers. Regarding the diversity patterns, both markers evidenced a slightly high diversity in the Amazon (high values on Western) and low diversity in the Paraná basin, possibly due to the occupation of the basin modulated by environmental changes that occurred in the region. Those data will contribute to resolve the phylogenetic relationships in Characiform and for the understanding of some aspects of the evolutive history and population dynamics of R. vulpinus, a species that seems to be older than the current drainage systems.

Os loricariíneos são Siluriformes altamente derivados e contabilizam cerca de 210 espécies, apresentando uma irradiação adaptativa bem sucedida, tendo representantes na Costa Rica, no Panamá e em toda a América do Sul, e ocorrendo também em ambos os lados dos Andes. Discussões taxonômicas conflituosas são encontradas sobre esta subfamília, envolvendo muitos de seus gêneros, principalmente os mais numerosos, como é o caso de Rineloricaria. O elevado número de espécies (64), a ampla distribuição geográfica e a presença de características diagnósticas válidas para todos os gêneros da subfamília, levam à discussão a proposta de uma subdivisão no gênero Rineloricaria, além de indicar as dificuldades de identificação apresentadas pelo gênero. Em relação às características citogenéticas, Loricariinae apresenta-se como uma subfamília heterogênea e diversificada, com o número diplóide variando de 2n=36 cromossomos a 2n=74 cromossomos. O gênero Rineloricaria contribui intensamente para essa variação, com números cromossômicos variando de 2n=36 a 2n=70 cromossomos. A participação de rearranjos Robertsonianos na evolução cariotípica de Rineloricaria é algo claro, mas evidências que confirmem a ordenação desses eventos não existem. No presente trabalho, técnicas citogenéticas e moleculares foram utilizadas com a finalidade de estabelecer relações evolutivas entre os integrantes da subfamília Loricariinae, em especial do gênero Rineloricaria, entender a evolução cariotípica dessa subfamília e identificar marcadores citogenéticos e moleculares úteis na identificação e descrição de espécies de Rineloricaria. Foram analisados os cromossomos de doze espécies de Loricariinae, pertencentes aos gêneros Harttia, Loricariia, Loricariichthys e Rineloricaria, coletadas na Bacia do Alto Paraná e nas drenagens do Leste brasileiro. Três regiões do genoma mitocondrial (ATPase 6 e 8, Citocromo b e Citocromo c Oxidase I) foram investigadas nessas espécies no presente trabalho. As análises filogenéticas recuperaram o gênero Rineloricaria como um grupo monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica em Loricariinae e no gênero Rineloricaria. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rineloricaria que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / Loricariinae are Siluriformes highly derivative and account for about 210 species, with a successful adaptive radiation and representatives can be seen in Costa Rica, Panama and throughout South America, and also occurring on both sides of the Andes. Conflicting taxonomic discussions are found on this subfamily, involving many of its genera, especially the most numerous, as Rineloricaria. The high number of species (64), the wide geographic distribution and the presence of valid diagnostic features for all genera of the subfamily, leads to a discussion of a proposed subdivision in the genus Rineloricaria, besides indicating the difficulties of identification presented by the genus. With respect to cytogenetic characteristics, Loricariinae is presented as a heterogeneous and diverse subfamily, varying diploid number of 2n = 36 chromosomes to 2n = 74 chromosomes. The genus Rineloricaria contributes strongly to this variation, with chromosome numbers ranging from 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. The involvement of Robertsonian rearrangements in the karyotype evolution of Rineloricaria is something unclear, but evidences that confirm the ordination of these events does not exist. In this study, cytogenetic and molecular techniques were used in order to establish evolutionary relationships among members of the subfamily Loricariinae, especially the genus Rineloricaria, and also to understand the karyotype evolution of this subfamily and to identify cytogenetic and molecular markers useful in identifying and describing species of Rineloricaria. We analyzed the chromosomes of twelve species of Loricariinae from genera Harttia, Loricariia, Loricariichthys Rineloricaria from the Upper Paraná Basin and the drainages of eastern Brazil. Three regions of the mitochondrial genome (ATPase 6 and 8, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I) were investigated in these species of this study. The phylogenetic analysis recovered the genus Rineloricaria as a monophyletic group. The cytogenetic data allowed us to establish trends in chromosomal evolution in Loricariinae and in the genus Rineloricaria. The present study underscores the importance of using different approaches in carrying out taxonomic and evolutionary studies, suggesting a further revision of the genus Rineloricaria that takes into account the genetic data obtained.

Στην παρούσα εργασία αξιολογήθηκε η χρήση των μικροδορυφορικών δεικτών για τη μελέτη της γενετικής δομής και των φυλογενετικών σχέσεων των φυσικών πληθυσμών της Atherina boyeri που προέρχονταν τόσο από θαλάσσιες όσο και λιμναίες/λιμνοθαλάσσιες περιοχές της Ελλάδας. Προηγούμενες μελέτες βασιζόμενες κυρίως σε μιτοχονδριακούς και RAPD δείκτες έχουν υποδείξει την πιθανή παρουσία τριών ομάδων πληθυσμών στην Atherina boyeri με τόσο υψηλές γενετικές αποστάσεις μεταξύ τους που θα μπορούσαν να τις καθιστούν ακόμα και διαφορετικά είδη. Οι ομάδες αυτές είναι: οι θαλάσσιοι πληθυσμοί τύπου Ι (μη εστιγμένοι),οι θαλάσσιοι πληθυσμοί τύπου ΙΙ (εστιγμένοι) και οι λιμναίοι/λιμνοθαλάσσιοι πληθυσμοί. Η ανάλυση στην παρούσα εργασία πραγματοποιήθηκε με χρήση 11 μικροδορυφορικών δεικτών που σχεδιάστηκαν από τους Milana et al. (2009). Οι μικροδορυφορικοί δείκτες θεωρούνται εξαιρετικό εργαλείο μελέτης των φυλογενετικών σχέσεων μεταξύ πρόσφατα διαχωρισμένων ειδών δεδομένου ότι είναι άφθονοι, πυρηνικοί, διάσπαρτοι στο γονιδίωμα, υψηλά πολυμορφικοί και ταχέως εξελισσόμενοι. Τα αποτελέσματα έδειξαν πολύ υψηλό βαθμό πολυμορφισμού στους υπό ανάλυση πληθυσμούς και μεγάλη γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των ελληνικών πληθυσμών του είδους όπως αυτή εκφράζεται από τις διαφορές στις συχνότητες των αλληλομόρφων των μικροδορυφορικών δεικτών. Φαίνεται επίσης να επιβεβαιώνεται η διάκριση μεταξύ των δυο θαλάσσιων τύπων της Atherina boyeri, ωστόσο οι λιμναίοι/λιμνοθαλάσσιοι πληθυσμοί παρουσιάζουν τόσο διαφορετικό γενετικό πρότυπο που θεωρείται εξαιρετικά δύσκολο να συνιστούν μια ενιαία ομάδα πληθυσμών. Οι δείκτες αυτοί δεν ήταν δυνατό να χρησιμοποιηθούν στην ανάλυση όλων των διαθέσιμων πληθυσμών, κυρίως λόγω της παρουσίας μη ενισχυόμενων (null) αλληλομόρφων, καθώς επίσης και πολλαπλών ή/και ασθενών ζωνών, γεγονός που επίσης υποδεικνύει την ύπαρξη μεγάλων γενετικών διαφοροποιήσεων, που πιθανώς ξεπερνούν τα όρια του είδους. Προκείμενου να ξεπεραστούν τα ανωτέρω προβλήματα απαιτείται η βελτιστοποίησή τους ανά ομάδα πληθυσμών, μέσω α) αλλαγών στις συνθήκες των PCR αντιδράσεων και β) κλωνοποίησης και αλληλούχισης των δεικτών αυτών από άτομα των πληθυσμών στα οποία ήταν λειτουργικοί, ώστε να επιτευχθεί ο σχεδιασμός νέων ζευγών εκκινητών, ειδικών για επιμέρους ομάδες πληθυσμών. / The present study aims at the measure of the genetic differentiation and the resolution of the phylogenetic relationships among A.boyeri populations originating from lakes/lagoons and marine sites of Greece. Previously studies based on RAPD and mitochondrial markers suggest the existence of three forms of populations of A.boyeri which could represent three different species. These three types are: marine type I, which includes almost all marine populations (non-punctuated), excluding specimens collected from Preveza, Evoia and Kos, which form the marine type II (punctuated) and the “lagoon” type which consists of all the lagoon/lake populations. In the present study, eleven microsatellite markers designed by Milana et al. (2009), were used. Microsatellite markers are supposed to be great tools in phylogenetic studies among recently separated species because they are abundant, nuclear, dispersed around the genome, highly polymorphic and rapidly evolving. Our results showed very high degree of polymorphism in the analyzed populations and extended genetic differentiation among Greek populations of the species as expressed by differences in allele frequencies of the microsatellite markers. They also seems to confirm the distinction between the two marine types of A.boyeri, but the lagoon/lake populations present different allele paterns, pointing to the possible existence of differentiated groups among them. Some of the markers could not be used in the analysis of all the available populations. This is mainly attributed to the presence of null alleles for some of the populations and to scoring difficulties raising from the presence of multiple and/or weak amplicons. This also indicates the existence of great genetic variations, which possibly exceed species limit. To overcome the above difficulties, optimization per marker is required, including a) optimization of PCR conditions and b) cloning and sequencing of these markers from individuals of the population that were functional to achieve the design of new prime pairs, specific for each group of populations .

Os dados obtidos neste trabalho contribuem para o conhecimento da família Gymnophthalmidae, acrescentando dados genéticos de três novos genes para a tribo Ecpleopodini e descrição de 11 novos cariótipos para a família, pertencentes às tribos Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini e Gymnophthalmini. As análises filogenéticas obtidas para a tribo Gymnophthalmini pretenderam investigar o posicionamento de Scriptosaura Catimbau, espécie descrita recentemente que apresenta 2n=48, que foi recuperada como grupo irmão de Nothobachia ablephara, relacionados ainda à Calyptommatus. Já em Ecpleopodini, as análises foram realizadas para a investigação das relações filogenéticas entre os gêneros da tribo e do posicionamento de Kaieteusosauros hindsi. Foi recuperado o monofiletismo da tribo e do clado composto pelos gêneros Anotosaura, Dryadosaura (2n=44, 20M+24m) e Colobosauroides (2n=44, 20M+24m), entretanto, as relação entre os demais gêneros, inclusive de Kaieteurosaurus, não puderam ser estabelecidas e, com base nos dados citogenéticos, nota-se o predomínio de cariótipos com divisão entre macro e microcromossomos. Apesar de a família Gymnophthalmidae apresentar uma elevada diversidade cariotípica, as tribos Heterodactylini e Iphisiini apresentaram um cariótipo altamente conservado, sendo que as oito espécies descritas apresentam cariótipos compostos por 42 cromossomos com divisão clara entre macro e microcromossomos (18M+24m) e Ag-RONs em um par de microcromossomos. Os motivos que contribuem para a manutenção deste número diplóide nessas tribos ainda deverão ser investigados, mas aparentemente, este pode ser o cariótipo ancestral para a subfamília Gymnophithalminae e teria originado a diversidade cariotípica da tribo Gymnophthalmini por ocorrência de eventos de fissão e fusão cêntrica. Novos estudos cariotípicos e moleculares devem ser conduzidos para estabelecimento de tendências cromossômicas e evolutivas na tribo Ecpleopodini, que parece apresentar uma divergência rápida e simultânea, e para um melhor conhecimento da família que apresenta uma diversidade cromossômica elevada e sistemática longe de estar bem estabelecida. / This study contributes to knowledge of the family Gymnophthalmidae, adding new genetic data of three genes for the tribe Ecpleopodini and description of 11 new karyotype for the family, belonging to the tribes Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini and Gymnophthalmini. Phylogenetic analysis for the tribe Gymnophthalmini aimed to investigate the position of Scriptosaura Catimbau, recently described species which has 2n = 48 and was recovered as sister group of Nothobachia ablephara, both related to Calyptommatus. In Ecpleopodini, the analysis was performed to investigate the phylogenetic relationships among genera of the tribe and the placement of the species Kaieteusosauros hindsi. It was recovered the monophyly of the tribe and a clade composed of the genera Anotosaura, Dryadosaura (2n = 44, 20M+24m) and Colobosauroides (2n = 44, 20M+24m), however, the relationship among other genera, including Kaieteurosaurus, could not be established and, based on cytogenetic data, it can be seen the predominance of karyotype with a division into macro and microchromosomes. Although the family gymnophthalmids exhibit a high karyotypic diversity, the tribes and Heterodactylini Iphisiini showed a conservative karyotype, and the eight described species present karyotypes composed of 42 chromosomes with a clear division between macro and microchromosomes (18M +24 m) and Ag-NORs in a pair of microchromosomes. The reasons that contributed to the maintenance of this diplod number in the two tribes are still to be investigated, but apparently, this may be the ancestral karyotype for the subfamily Gymnophithalminae and may have originated the karyotypic diversity in the Gymnophthalmini for a series of fission events centric. New karyotypic and molecular studies should be conducted to establish trends in chromosomal and evolution in the tribe Ecpleopodini, which seems to have a simultaneous and rapid divergence, and to a better understanding of the family that has a high diversity and systematic chromosome far from well established.

A família Barychelidae é composta por duas subfamílias, Barychelinae e Sasoninae, com 42 gêneros e 296 espécies. Sasoninae é representada atualmente por quatro gêneros: Sason Simon, 1887, Cosmopelma Simon, 1889, Neodiplothele Mello-Leitão, 1917, e Paracenobiopelma Feio, 1952. Pela primeira vez testamos com uma análise filogenética a relação de todos os gêneros de Sasoninae. A análise é baseada em uma matriz composta por 49 táxons terminais, que inclui no grupo interno 17 espécies de Sasoninae e no grupo externo representantes da subfamília Barychelinae e da família Theraphosidae, e 54 caracteres morfológicos. A análise de parcimônia foi realizada com dois parâmetros: caracteres com peso iguais e pesagem implícita (com diversos valores). A discussão está baseada nos resultados das análises com pesagem implícita de valor k=20, a qual obteve 3 árvores igualmente parcimoniosa, com 200 passos, IC=33, IR=74 e Fit=5.337. Nesta hipótese não foi recuperado o monofiletismo dos gêneros atualmente alocados em Sasoninae. Barychelidae é considerada parafilética uma vez que os gêneros estão divididos em três ramos distintos, sendo que Barychelus badius Simon, 1889, gênero-tipo aparece como sinônimo júnior de Theraphosidae. A análise mostrou que 21 gêneros incluídos atualmente em \"Barychelidae\" formam um grupo monofilético com os demais gêneros de Theraphosidae, sendo este grupo com status rebaixado para Barychelinae, agora em Theraphosidae. Barychelinae é dividida em duas tribos monofiléticas, Barychelini Simon, 1889 e Sasonini Simon, 1887. Os gêneros Ammonius Thorell, 1899, Cyrtogrammomma Pocock, 1895, e Thalerommata Ausserer, 1875, devem ser transferidos de \"Barychelidae\" para outras subfamílias de Theraphosidae. Os gêneros Cosmopelma, Neodiplothele, Paracenobiopelma, Gênero novo 1 e Gênero novo 2, formam um grupo monofilético suportado por duas sinapomorfias e uma homoplasia, e considerado como uma subfamília nova, Cosmopelmatinae subfam. Nov. Baseado na análise apresentada é proposto uma nova diagnose para Sason Simon, 1887. Paracenobiopelma gerecormophila Feio, 1952 é redescrita. Dois novos gêneros monotípicos são propostos para o Brasil / Barychelidae includes two subfamilies, Barychelinae and Sasoninae, 42 genera and 296 species. Sasoninae is currently comprised of four genera: Sason Simon, 1887, Cosmopelma Simon 1889, Neodiplothele Mello-Leitão, 1917 and Paracenobiopelma Feio, 1952. For the first time a phylogenetic analysis the interelationship of all genera of Sasoninae are tested. The analysis is based on the data set composed of 49 terminal taxa, which includes 17 species of Sasoninae in the ingroup and representatives of the subfamily Barychelinae and the family Theraphosidae as outgroup, scored for 54 morphological characters. Two parameters were used in the cladistics analysis: equal weighted characters and implied weighting. The discussion is based on the results of the analysis using the implied weighting of K-value 20, which obtained three most parsimonious trees with 200 steps each, CI=33, RI=74 and Fit=5.337. The results of the analysis show that the subfamily Sasoninae is not a monophyletic group. Barychelidae is considered paraphyletic since the genera are divided in to three distinct clades. Therefore \"Barychelidae\" is considered a junior synonym of Theraphosidae. Twenty-one genera analysed here, which is included in \"Barychelidae\", form a monophyletic group with the other genera of Theraphosidae, therefore here is proposed for this group the status of subfamily Barychelinae within Theraphosidae. Barychelinae is divided in two monophyletic tribes: Barychelini Simon, 1887 e Sasonini Simon, 1887. The genera Ammonius Thorell, 1899, Cyrtogrammomma Pocock, 1895, and Thalerommata Ausserer, 1875, should be transferred from \"Barychelidae\" to other subfamilies of Theraphosidae. The genera Cosmopelma, Neodiplothele, Paracenobiopelma, new genus 1 e new genus 2, form a monophyletic group supported by two synapomorphies and a homoplasy, and here is considered as a new subfamily, Cosmopelmatinae new subf. Based in this analysis is proposed a new diagnosis to Sason Simon, 1887. Paracenobiopelma gerecormophila Feio, 1952 is redescribed. Two monotypic new genera are described to Brazil

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The distribution of species can also be highly influenced by deterministics (based in the niche models, like as ecological interactions and environmental filtering) and stochastic processes (i.e.: ecological drift, dispersion limitations, random speciation and extinction). To answer which processes best determine the distribution of Arctiinae moths, this Thesis was composed by three chapters. In the first chapter I tested which model of metacommunity (related to environmental and spatial variables) best determine the distribution of groups of species: common, rare, habitat specialist, habitat generalist and species belonging to tribes Arctiini and Lithosiini. In the second chapter, I tested if the functional structure of Arctiini and of Lithosiini and if the phylogenetic structure of Arctiini are influenced in the same way by stochastic and deterministic processes. Arctiinae moths (both tribes) were influenced by environmental (also related to deterministic processes) and spatial (also related to stochastic processes) variables, but the environment was more important to the majority of the groups of taxonomic diversity (chapter 1) and to the functional and phylogenetic diversities (chapter 2). As the deterministic processes are very important to determine the distribution of Arctiinae on communities, in the third chapter I tested which deterministic process (specifically, antagonic interactions or environmental filtering) is more important in determine the functional structure of these moths along different physiognomies and in two marked weather seasons, characteristics of the study area. The results showed that Arctiinae moths are strongly influenced by environmental filters, and that antagonistic interactions (i.e. competition) are not so important in determine the functional structure of Arctiinae moths on communities. / Arctiinae, uma das subfamílias mais diversas e cosmopolitas de Lepidoptera, é dividida em quatro tribos: Lithosiini, Amerilini, Syntomini e Arctiini. Somente Arctiini e Lithosiini ocorrem nos Neotrópicos. Apesar de serem da mesma subfamília, mariposas destas duas tribos Neotropicais se diferenciam muito em tamanho, padrões de coloração, dieta, tipo de substância secundária que sequestram e uso de habitat. Todas as diferenças morfológicas, fisiológicas e comportamentais destas mariposas influenciam muito em suas distribuições ao longo de gradientes ambientais. A distribuição das espécies também pode ser fortemente influenciada por processos determinísticos (baseados em modelos de nicho, como por exemplo, interações ecológicas e filtragem ambiental) e por processos estocásticos (exemplos: deriva ecológica, limitação na dispersão, especiação e extinção aleatórias). Para responder quais processos melhor determinam a distribuição de mariposas Arctiinae, esta Tese foi composta por três capítulos. No primeiro capítulo testei qual modelo de metacomunidades (relacionados com variáveis ambientais e espaciais), melhor determinam a distribuição de espécies comuns, raras, especialistas de habitat, generalistas de habitat e de espécies pertencentes às tribos Arctiini e Lithosiini. No segundo capítulo testei se a estrutura funcional de Arctiini e de Lithosiini e se a estrutura filogenética de Arctiini são influenciadas da mesma forma por processos estocásticos e determinísticos. Mariposas Arctiinae foram influenciadas tanto por variáveis ambientais (relacionadas a processos determinísticos) quanto por espaciais (relacionadas a processos estocásticos), mas o ambiente foi mais importante tanto para a maioria dos grupos da diversidade taxonômica (capítulo 1) quanto para as diversidades funcional e filogenética (capítulo 2). Como os processos determinísticos são muito importantes em determinar a distribuição de Arctiinae ao longo das comunidades, no terceiro capítulo testei qual destes processos determinísticos (especificamente se interações antagônicas ou se filtragem ambiental) é mais importante em determinar a estrutura funcional de mariposas Arctiinae ao longo de diferentes fitofisionomias e de diferentes estações climáticas, marcantes da área de estudo. Os resultados mostraram que mariposas Arctiinae são fortemente influenciadas por filtros ambientais, e que interações antagônicas (ex.: exclusão competitiva) não são tão importantes em determinar a estrutura funcional de mariposas Arctiinae nas comunidades.