Les effets positifs de la prévention des difficultés d’apprentissage chez les enfants n'ont plus à être démontrés. Il demeure cependant primordial de prévenir ces difficultés avant l’entrée à l’école. Les habiletés en lecture sont des mesures représentatives et reconnues des apprentissages scolaires. Cependant, peu de recherches existent sur la contribution de variables générales comme les aptitudes intellectuelles et de variables plus spécifiques comme la vitesse des opérations mentales (VOM) et la mémoire de travail(MT) à la prédiction des habiletés en lecture des jeunes d ’âge préscolaire, aussi jeunes que de 3 à 5 ans et d ’âge scolaire de 5 à 8 ans. Dans un premier temps, cette thèse vise à documenter les liens entre la VOM, la MT et les aptitudes intellectuelles chez 68enfants d’âge préscolaire de 3 à 5 ans et 163 enfants d ’âge scolaire de 5 à 8 ans. Elle vise ensuite à prédire, par ces mesures de VOM, de MT et d ’aptitudes intellectuelles prises au temps un, les habiletés en lecture 18 mois plus tard chez ces mêmes groupes. En regard au premier objectif, les résultats suggèrent que les variables d’aptitudes intellectuelles, de VOM et de MT sont significativement reliées entre elles, et ce, dès 3ans. Lorsque la variable de l’âge est contrôlée, la MT chez le groupe préscolaire ainsi que la MT et la VOM chez le groupe scolaire contribuent à la prédiction des aptitudes intellectuelles mesurées par un test psychométrique. La VOM est la variable ayant la plus forte contribution unique à un concept général d’intelligence chez les deux groupes. En regard au deuxième objectif, lorsqu’on contrôle la variable de l’âge, les résultats suggèrent que la MT chez le groupe préscolaire ainsi que la VOM, la MT et les aptitudes intellectuelles prédisent significativement les habiletés en lecture. Pour le groupe scolaire, la VOM en tâches de temps de réaction est cependant la variable la plus indépendante de l’âge et des aptitudes intellectuelles offrant une contribution unique aux habiletés en lecture.

L'autisme est un trouble neurodéveloppemental qui affecte environ 1% de la population mondiale. Les manifestations de ce trouble touchent particulièrement les sphères sociales et langagières. Plusieurs méthodes d’intervention ont été développées pour pallier les défis rencontrés par ces personnes. Des méthodes artistiques, comme la musique, ont également été considérées. Différentes interventions et programmes musicaux ont été implantés auprès des populations autistes afin d’en observer les effets sur leur développement social. Cependant, parmi ces interventions, les activités de chant en groupe ont été peu exploitées. L’objectif de ce mémoire était de comprendre en quoi une activité parascolaire de chant choral peut contribuer au développement des habiletés sociales d’enfants autistes. La méthodologie de l’étude de cas qualitative a été privilégiée afin de répondre à ce questionnement. Trois enfants ayant un TSA âgés de 6 à 12 ans ont été recrutés. Ces derniers participaient à une activité parascolaire de chant choral au sein de leur école spécialisée. Des observations ont été faites lors des séances de chorale à l’hiver 2020. La pandémie mondiale de la Covid-19 a cependant forcé la fermeture des écoles. C’est pourquoi seulement quatre séances d’observation ont été menées. Selon l’analyse des résultats, la chorale semble être un contexte où les enfants peuvent satisfaire leur curiosité sociale. C’est également un endroit où les comportements stéréotypés s’expriment dans une moindre mesure et où les enfants peuvent se familiariser aux changements dans un contexte sécurisant. Des pistes de recherche sont également formulées à la fin de ce mémoire. / Autism is a neurodevelopmental disorder that affects 1% of the world's population. The manifestations of this disorder particularly affect the social and language spheres. Several intervention methods have been developed to alleviate the challenges encountered by these individuals. Artistic methods, such as music, have also been considered. Various interventions and musical programs have been presented to autistic populations in order to observe their effects on their social development. However, among these interventions, a group singing activity was little exploited. The objective of this dissertation was to understand how an extracurricular choral activity can contribute to the development of social skills in children with autism. The methodology of the qualitative case study was favoured in order to answer this question. Three children with ASD aged 6 to 12 years were recruited. These children participated in an extracurricular choir activity at their special school. Observations were made during choir sessions in the winter of 2020. However, the global Covid-19 pandemic has forced the closure of schools. Therefore, only four observation sessions were conducted. According to the analysis of the results, the choir seems to be a context where children can satisfy their social curiosity. It is also a place where stereotypical behaviours are expressed to a lesser extent and where children can become familiar with changes in a safe context. Research avenues are also formulated at the end of this paper.

Cette thèse a pour sujet le développement d’un détecteur à fibre scintillante plastique pour la dosimétrie des faisceaux de photons de basses énergies. L’objectif principal du projet consiste à concevoir et caractériser cet instrument en vue de mesurer la dose de radiation reçue au cours des examens d’imagerie diagnostique et interventionnelle. La première section est consacrée à la conception de six différents systèmes et à l’évaluation de leur performance lorsqu’ils sont exposés à des rayonnements de hautes et basses énergies. Tous les systèmes évalués présentaient un écart type relatif (RSD) de moins de 5 % lorsqu’ils étaient exposés à des débits de dose de plus de 3 mGy/s. Cette approche systématique a permis de déterminer que le tube photomultiplicateur répondait le mieux aux conditions d’exposition propres à la radiologie. Ce dernier présentait une RSD de moins de 1 % lorsque le débit de dose était inférieur à 0.10 mGy/s. L’étude des résultats permis également de suggérer quelques recommandations dans le choix d’un système en fonction de l’application recherchée. La seconde partie concerne l’application de ce détecteur à la radiologie interventionnelle en procédant à des mesures de dose à la surface d’un fantôme anthropomorphique. Ainsi, plusieurs situations cliniques ont été reproduites afin d’observer la précision et la fiabilité du détecteur. Ce dernier conserva une RSD inférieure à 2 % lorsque le débit de dose était supérieur à 3 mGy/min et d’environ 10 % au débit le plus faible (0.25 mGy/min). Les mesures sur fantôme montrèrent une différence de moins de 4 % entre les mesures du détecteur et celles d’une chambre d’ionisation lors du déplacement de la table ou du bras de l’appareil de fluoroscopie. Par ailleurs, cette différence est demeurée sous les 2 % lors des mesures de débit de dose en profondeur. Le dernier sujet de cette thèse porta sur les fondements physiques de la scintillation dans les scintillateurs plastiques. Les différents facteurs influençant l’émission lumineuse ont été analysés afin d’identifier leur contribution respective. Ainsi, la réponse du détecteur augmente de près d’un facteur 4 entre un faisceau de 20 kVp et 250 kVp. De ce signal, la contribution de la fluorescence produite dans la fibre claire était inférieure à 0.5 % lorsque les fibres étaient exposées sur 10 cm par des faisceaux de 20 à 250 kVp. Le phénomène d’extinction de la fluorescence par ionisation a également été étudié. Ainsi, l’atténuation du signal variait en fonction de l’énergie du faisceau et atteignit environ 20 % pour un faisceau de 20 kVp. En conclusion, cette étude suggère que les détecteurs à fibres scintillantes peuvent mesurer avec précision la dose de radiation reçue en imagerie diagnostique et interventionnelle, mais une calibration rigoureuse s’avère essentielle. / This thesis deals with the development of a plastic scintillation detector for low energy photon eams. The main goal of the project consists in the design and characterization of this tool in the aim of measuring the radiation dose involved during diagnostic and interventional radiology examinations. The first section is devoted to the design of six different systems and to their performance evaluation when they are exposed to high and low energy radiation. For all photodetectors, the relative standard deviation (RSD) was less than 5% for dose rates higher than 3 mGy/s. This systematic approach identified the photomultiplier tube as the most appropriate photodetector for radiology specific beam qualities. Indeed, its RSD was less than 1% when the dose rate was below 0.10 mGy/s. The result analysis allowed the suggestion of some guidelines for the selection of an appropriate detector for a specific application. The second part was about this detector application to interventional radiology procedures by performing dose measurements at an anthropomorphic phantom surface. Several clinically relevant setups were reproduced to observe the detector’s accuracy and reliability. The RSD remained under 2% when the dose rate was more than 3 mGy/min and about 10% at the lowest dose rate (0.25 mGy/min). Phantom measurements showed a dose rate difference between the detector and the ion chamber of less than 4% when moving the table’s height or rotating the fluoroscope gantry. Moreover, this difference was below 2% for depth dose rate measurements. The last subject of this thesis was about the fundamental physics of scintillation within the plastic scintillators. The factors affecting the light emission were analyzed in order to identify their respective contribution. The detector’s response increased by a factor of about 4 when the tube potential varied between 20 kVp and 250 kVp. The clear optical response was below 0.5%of the scintillator’s light when the fibers were exposed on 10 cm-long by these beam qualities. he ionization quenching phenomenon was also investigated. The signal attenuation varied with the beam energy and reached about 20% for a 20 kVp beam quality. In conclusion, this study suggests that the plastic scintillation detectors can accurately measure the radiation dose involved in diagnostic and interventional radiology, but a rigorous calibration is essential.

Québec Université Laval, Bibliothèque 2015

Les larves de mouches soldats noires représentent un ingrédient alternatif prometteur pour le bétail, mais les étapes de transformation peuvent affecter leur qualité. Les périodes de vidange gastrique utilisées pour évacuer les excréments du tractus digestif afin de réduire sa charge microbienne, et les méthodes d’abattage sont variables et peu documentées. Ce projet vise à optimiser la vidange gastrique et l’abattage des larves pour en maximiser la qualité. En effet, un jeûne prolongé et une méthode d’abattage inadéquate pourraient altérer la composition et la microbiologie du produit. Le temps d’évacuation du tractus digestif des larves alimentées de Gainesville a été déterminé en suivant l’excrétion des fèces aux douze heures. Puis, l’impact du temps de jeûne sur la composition et la contamination ont été mesurés quotidiennement pendant quatre jours. Également, les effets de dix méthodes d’abattage sur la composition, la microbiologie et la coloration ont été comparés : ébouillantage (40 s), dessiccation (60 °C, 30 min), congélation (-20 °C et -40 °C, 1 h; azote liquide, 40 s), hautes pressions hydrostatiques (3 min, 600 MPa), broyage (2 min) et asphyxie (CO2 et conditionnement sous vide, 120 h; N2, 144 h). Bien que le temps d’évacuation du tractus digestif médian fût de 72 h, un jeûne de 96 h n’a pas permis de réduire la contamination. Certaines méthodes d’abattage ont affecté le pH, la stabilité de la couleur ainsi que la charge microbienne. De plus, ébouillantage, asphyxie et dessiccation ont affecté la composition proximale et l’oxydation des lipides. Malgré l’incapacité de la vidange gastrique à réduire la contamination des larves, l’ébouillantage apparait comme la méthode la plus appropriée en réduisant la charge microbienne et l’humidité tout en minimisant l’oxydation des lipides. Nous proposons donc un protocole pour abattre les larves répondant aux exigences réglementaires canadiennes en matière de transformation des insectes. / Black soldier fly (BSF) larvae represents a promising alternative ingredient for animal feed, but post-production processing can affect their quality. Feed withdrawal periods (FWP) used to evacuate fecal matter from the gastrointestinal tract, reducing the microbial load (ML), and killing methods are variable and poorly documented. This project aims to optimize the FWP and killing methods of BSF larvae to maximize product quality. Indeed, a prolonged FWP and an inappropriate killing method could alter larvae composition and ML. The gastrointestinal evacuation time (GET) of BSF larvae fed on coloured Gainesville diet was determined by following frass excretion every 12 h for 108 h. Then, FWP impact on the proximate composition and ML was measured daily over four days. Finally, the effects on the chemical composition, ML and colour of 10 killing methods were compared, i.e., blanching (B = 40 s), desiccation (D = 60 °C, 30 min), freezing (F20 = − 20 °C, 1 h; F40 = − 40 °C, 1 h; N = liquid nitrogen, 40 s), high hydrostatic pressure (HHP = 3 min, 600 MPa), grinding (G = 2 min) and asphyxiation (CO2 = 120 h; N2 = 144 h ; vacuum conditioning, V = 120 h). Although, the median GET was 72 h, a 96 h FWP did not reduce larvae ML. Certain killing methods affected the pH (B, asphyxiation), total moisture (B, asphyxiation and D), ash (B), lipid content (asphyxiation) and lipid oxidation (B, asphyxiation and D), as well as the colour stability during freeze-drying. FWP were ineffective in reducing the ML. Blanching appeared as the most appropriate method since it minimizes lipid oxidation, reduces ML and total moisture (78.1 ± 1.0%). Our studies propose a standardize protocol to kill BSF that meet the Canadian regulatory requirements of the insect production and processing industry.

Les différentes campagnes pour le 15$/h aux États-Unis remportent des victoires économiques importantes et participent à mobiliser des secteurs de la classe ouvrière négligés par l'action syndicale traditionnelle. L'objectif de ce mémoire est de décrire et d'expliquer cette situation contradictoire : en pleine crise du pouvoir syndical, après des décennies de syndicalisme d'affaire bureaucratisé, naissent des perspectives de lutte ouvrière prenant l'apparence de mouvements sociaux. Spécifiquement, ce travail tente d'évaluer dans quelle mesure les campagnes pour le 15$/h aux États-Unis favorisent la revitalisation syndicale, c'est-à-dire favorisent l'accumulation de pouvoir par les organisations syndicales et le déploiement de stratégies inspirées du syndicalisme de mouvement social. Ce mémoire présente d'abord le contexte de l'adoption de la revendication d'un salaire minimum et d'un salaire décent par les organisations syndicales américaines au début du 20e siècle puis l'historique de l'évolution du salaire minimum fédéral jusqu'à nos jours. Concernant les campagnes pour le 15$/h, ce mémoire dresse un aperçu chronologique du développement des campagnes sur le plan national de 2012 à 2020. Sont aussi analysés le contexte d'émergence des campagnes, les balbutiements des campagnes de Chicago et New York et des mobilisations qui prennent une ampleur nationale dès la première moitié de l'année 2013. La campagne de SeaTac, première ville américaine à adopter le 15$/h, est analysée plus en profondeur. Il semble que ces campagnes, qui prennent souvent la forme d'authentiques mouvements sociaux, participent effectivement à la revitalisation syndicale. Cependant, malgré les victoires économiques importantes, les organisationsions syndicales américaines ont eu peu de succès à transcrire ces mouvements en pouvoir institutionnel durable capable de renverser la tendance lourde au déclin syndical qui persiste depuis la décennie 1980.

L'évaluation du risque d'accident relié à la consommation de drogues se heurte à des difficultés en termes d'échantillonnage et d'acquisition de données. D'autres problèmes sont attribuables à l'identification précise des drogues consommées par un individu et comment on évalue les effets. Les méthodes d'analyse de responsabilité ont été développées afin de contourner ces problèmes, mais il semble que le risque d'accident n'est pas estimé correctement par ces méthodes. La présente étude, réalisée sur un échantillon de conducteurs décédés entre 1999 et 2002, conclut que les rapports de cotes estimés correspondent au risque d'être responsable de l'accident plutôt que le risque d'accident lui-même. L'alcool est la drogue la plus fréquemment détectée, mais on retrouve également du cannabis, des benzodiazépines et de la cocaïne chez les conducteurs décédés. Le poly-usage de drogues semble très fréquent dans la population étudiée. Les résultats selon les échantillons d'urine ou de sang sont comparables.

L'objectif principal de ce mémoire était de mesurer l'association entre la survie des patientes avec un cancer du sein ayant participé à un essai clinique (EC) par rapport à celles qui n'y avaient pas participé. MÉTHODES : L'étude est basée sur une cohorte de 6 794 femmes issues d'un centre spécialisé dans les maladies du sein, diagnostiquées d'un cancer du sein infiltrant non métastatique entre 1982 et 2008. Des courbes de Kaplan-Meier ont été représentées graphiquement et le modèle de Cox, ajusté pour différents facteurs pronostiques, a été utilisé. RÉSULTATS : Au total, 1 137 (16,7%) femmes diagnostiquées d'un cancer du sein ont participé à au moins un EC. Ces patientes étaient significativement plus jeunes et présentaient des facteurs pronostiques plus défavorables. Le rapport de hasard brut pour la survie de toutes causes était de 0,84 (IC 95% [0,73-0,97]; p = 0,02) et ajusté de 0,96 (IC 95% [0,81-1,14]; p = 0,61) en faveur des patientes sous EC. CONCLUSION : La participation à un EC n'améliore pas la survie des patientes atteintes d'un cancer du sein.

Riches en protéines et énergie, les larves de mouches soldats noires (MSN, Hermetia illucens) démontrent un fort potentiel comme aliments alternatifs pour l'industrie aquacole. Toutefois, la présence de facteurs antinutritionnels (ex. anti-protéases) pourrait limiter l'inclusion des farines de larves de MSN chez les salmonidés, notamment, la truite arc-en-ciel (Oncorynchus mykiss), une espèce importante pour l’industrie aquacole québécoise. Des traitements thermiques généralement utilisés pour réduire la charge bactérienne et permettre l’entreposage prolongés sont proposés pour désactiver les facteurs anti-protéolytiques et augmenter la digestibilité des nutriments présent dans la farine de MSN. Ainsi, cette étude propose la comparaison de différents traitements thermiques (séchées au four à 60°C pendant 12h (LB); ébouillantées (100°C) et séchées au four à 60°C pendant 6h (LE); séchées au four à 130°C pendant 2 h (LS) sur 1) la réduction de l'activité anti-protéolytique in vitro des farines de larves de 5, 10, 15 jours post-éclosion traités avec des extraits d’enzymes digestives de truites arc-en-ciel juvéniles et 2) la digestibilité des nutriments in vivo des farines de larves de 10 jours (stade de récolte commercial). Lors des essais in vitro, nous avons observé que l'activité anti-protéolytique des farines de MSN varie entre les différents stades larvaires (p<0,001) et est maximale chez les farines de larves de 10 jours post-éclosion (inhibition = 22,4 ± 3,7%). Lors des essais de digestibilité, les diètes ont été formulées en remplaçant 30% d’un régime de référence pour les salmonidés avec l’ajout de 1% d’un marqueur indigeste (SipernatTM50). Deux méthodes analytiques (cendres insolubles à l’acide (AIA) et fluorescence X à dispersion d’énergie (EDXFR) ont été utilisées et comparées pour doser le marqueur indigeste et déterminer les coefficients de digestibilité apparente (CDA). De plus, des traitements thermiques ≥ 100°C (LE et LS) permettent d’inhiber complètement l’activité anti-protéolytique. Une plus grande variabilité dans l’estimation des CDA des différents nutriments ainsi que la mise en évidence de valeur CDA inférieurs ont été obtenues par la méthode AIA que par la méthode EDXFR. Quel que soit le procédé de transformation (LB. LE et LS) aucune différence significative n’a été observée avec les protéines réelles, lipides bruts, matière sèche. Les larves stérilisées (LS) ont obtenu des CDA inférieurs aux deux autres traitements (LB et LE) pour l’acide gras C16 :1 et l’acide aspartique, et la lysine. De plus l’acide glutamique s’est montré plus digeste avec les larves ébouillantées (LE) que les deux autres traitements (LB et LS). Les acides gras C12, C17 :0 des farines brutes se sont avérés moins digestes que ceux des farines ébouillantées (LE) et stérilisées (LS). Les minéraux tels que : le phosphore, le calcium se n’ont pas été digérés quel que soit le procédé de transformation, alors que le fer n’a pas été digéré pour les traitements LB et LS. Et le zinc s’est montré plus digeste avec les traitements LB et LS. Malgré les traitements la chitine reste une composante qui n’a pas été digéré chez la truite arc-en-ciel. Compte tenu de l’absence d’études de digestibilité dans la littérature, les résultats obtenus par fluorescence X à dispersion d’énergie (EDXRF) n’ont pas pu être été discutés. Toutefois, c’est une méthode qui a montré moins de variabilités entre les données plus rapide et potentiellement plus précise qui permet de déterminer le silicium, mais aussi d’autres minéraux dans les échantillons tels que le phosphore, calcium, zinc et fer. Et les digestibilités obtenues avec les différents traitements proposés se sont montrés plus efficaces que la méthode standard (AIA). / Rich in protein and energy, black soldier fly larvae (BSF, Hermetia illucens) have a great potential as alternative feed ingredients for the aquaculture industry. However, the presence of antinutritional factors (e.g. antiproteases) could limit the inclusion of insect larvae meals for salmonids, including those for rainbow trout, an important species for the Quebec aquaculture industry. Heat treatments usually used to reduce the bacterial load to allow prolonged storage, could also deactivate antiproteases and increase the protein digestibility. The objective of this study was to compare different heat treatments (oven-dried at 60 °C for 12h (LB); scalded (4 minutes in 100°C water) and oven-dried at 60 °C for 6h (LE); ovendried at 130 °C for 2h (LS) on: 1) the inhibition of the anti-proteolytic activity in vitro of meal from larvae grown to 5, 10, 15 days post-hatching using digestive enzymes extracts of juvenile rainbow trout and 2) the digestibility of nutrients in vivo from 10-day larvae meal (standard commercial harvest age). In in vitro evaluations, we observed that the anti-proteolytic activity of BSF meals varies between the different larval stages (p <0.001) and is maximal in meals from 10-day posthatching BSF (inhibition = 22,4 ± 3.7%). In digestibility tests, the diets were formulated by replacing 30% of a reference diet for salmonids with the addition of 1% of an indigestible marker (Sipernat50™). Two analytical methods (acid-insoluble ash (AIA) and energy dispersive X-ray fluorescence (EDXFR)) were used and compared quantification of the indigestible marker and determine the coefficients of apparent digestibility (CDA). In addition, heat treatments ≥ 100 ° C (LE and LS) completely inhibited the antiprotease activity. Greater variability in the estimation of CDA of the various nutrients as well as the demonstration of lower CDA values were obtained by the AIA method than by the EDXFR method. Irrespective of processing method (LB, LE and LS) no significant difference was observed for proteins, crude lipids, dry matter. The sterilized larvae (LS treatment) demonstrated lower CDAs than the other processing treatments (LB and LE) for C16: 1 fatty acid, aspartic acid, and lysine. In addition, glutamic acid was more digestible with scalded larvae (LE) versus the other two treatments (LB and LS). Also, the fatty acids C12, C17: 0 of raw insect meals were less digestible than those of scalded and sterilized meals. Minerals including phosphorus and calcium were indigestible irrespective of the processing treatment; Iron was indigestible for LB and LS treatments, whereas zinc was more digestible with LB and LS treatments. Under all processing methods, chitin remained indigestible. Despite the absence of digestibility studies in the literature, employing EDXRF to measure external digestibility markers, this approach is a chemical free, faster and potentially more accurate method for determining silicon, but also other minerals in samples such as phosphorus, calcium, zinc and iron. The digestibilities obtained with the different treatments were higher using the EDXRF method versus the standard method measuring AIA. Ultimately, this work should enable insect producers and aquafeed manufacturers meet the specific nutritional of aquaculture species.

L’étude des champignons endophytes, ainsi que celle des autres composants du microbiote des plantes, a fortement bénéficié du développement des techniques de séquençage à haut débit à la fin des années 2000. Ces progrès technologiques ont notamment permis la popularisation du métabarcoding, une approche servant à identifier les composants de la biodiversité et d’étudier leur distribution au sein d’échantillons environnementaux grâce à leur contenu en ADN. L’abondance des données produites, ainsi que la standardisation de la préparation des échantillons permises par ces techniques de séquençage ont modifié en profondeur la perception de l’ampleur de la diversité fongique. Cependant, les préceptes de l’endophytologie fongique restent majoritairement dictés par les études basées sur les mises en culture bien qu’elles ne parviennent, comme l’ont démontré les études moléculaires, qu’à récolter une partie de la diversité fongique. Les techniques de séquençage à haut débit ne sont pas sans biais elles aussi puisqu’elles tendent à majorer les estimations de la biodiversité même avec les analyses les plus poussées. Les objectifs principaux de cette thèse étaient tout d’abord de développer une approche analytique rigoureuse afin d’estimer de façon conservatrice la biodiversité associée aux données issues du pyroséquençage 454; puis, de développer une meilleure compréhension de la structure de l’endomycobiote des arbres en milieu forestier tout en remettant en question les conclusions des études basées sur les mises en culture. La surestimation de la biodiversité est essentiellement liée à la conservation de séquences erronées qui participent à la formation du nombre important de singletons et doubletons généralement observés avec les techniques de séquençage à haut débit. Trois sources d’erreurs prédominent: la formation de chimères, la substitution de nucléotides lors de l’amplification et les erreurs de séquençage. Nous avons posé l’hypothèse que la sélection d’un sous fragment du code-barres moléculaire fongique, basée sur des propriétés particulières, pourrait si ce n’est identifier formellement ces séquences comme erronées, du moins limiter leur effet sur l’estimation de la biodiversité. Le fragment que nous avons considéré se compose du résidu de la petite sous-unité ribosomique (pSSU) situé à la suite de l’amorce ITS1F, et de l’espaceur transcrit interne 1 (ITS1). Nous avons montré qu’utiliser ce fragment pour analyser les données permet d’améliorer la sensibilité de la détection des chimères. La substitution de nucléotides ainsi que les erreurs de séquençage sont des phénomènes rares, et les séquences erronées sont donc faiblement représentées et relativement similaires à des séquences réelles et abondantes. Nous avons donc posé l’hypothèse qu’inclure le pSSU, dont la variabilité est plus faible que celle de l’ITS1, puisse étouffer l’impact de ces erreurs. Les séquences potentiellement erronées ont été regroupées avec les séquences réelles et abondantes dont elles déviaient, permettant ainsi de réduire la formation des singletons et des doubletons. Suite à cela, nous avons donc développé une méthode afin d’extraire directement le fragment pSSU-ITS1 des amplicons du code-barres fongique. À partir de l’endomycobiote d’un unique sapin baumier que nous avons analysé afin d’évaluer notre traitement de données dans notre premier chapitre, nous avons observé qu’utiliser le fragment pSSU-ITS1 en lieu et place de seulement l’ITS1 n’affecte pas les conclusions sur la structure de la communauté des champignons endophytes. Bien qu’il faille le considérer dans le cadre d’un échantillonnage limité, nous avons évalué, semble-t-il pour la première fois, l’ampleur de la diversité des champignons endophytes recueillis dans un arbre à un moment donné et extrapolé cette richesse à 2 536 ± 73 mOTUs. Nous avons confirmé dans notre second chapitre que les champignons endophytes présentent une certaine spécificité de tissu puisque l’endomycobiote des branches de sapins baumiers se divise selon le type de tissu considéré plutôt que de former une entité ubiquitaire uniformément répartie dans l’ensemble des branches. Enfin, dans notre dernier chapitre, nous avons montré que les mécanismes impliqués dans la colonisation de la plante hôte par les champignons endophytes se révèlent d’une complexité et d’une dynamique plus importantes que le processus d’accumulation passive suggéré par les études basées sur les mises en culture: les quatre dernières cohortes d’aiguilles de sapins baumiers que nous avons étudiées présentaient une diversité relativement conservée, mais des communautés différentes. / As for the studies of other members of the plant microbiota, fungal endophytology has vastly benefited from the development of High Throughput Sequencing techniques in the late 2000s. This technological progress has notably allowed for the popularization of metabarcoding, i.e. a DNA-based approach to identify biodiversity components from environmental samples and study the community composition and distribution. The massive production of data, and the standardization in the sample preparations associated with such methods, have deeply modified the perception of the extent of the fungal biodiversity. Yet fungal endophytology precepts remain largely inherited from culture-dependent methods which have been shown to yield a more fractioned portion of the biodiversity than the molecular-based approach, as many fungi are not amenable to standard culturing. HTS techniques are not without drawbacks either as they tend to inflate the biodiversity estimates even with state of the art analysis. The main goals of this thesis were first to develop a more rigorous approach to analyse data obtained from 454 pyrosequencing, one of the original HTS techniques, in order to estimate conservatively the biodiversity; and then to develop a better understanding of the structure of forest trees endomycobiota and challenge earlier conclusions based on culture-dependent methods. Inflation of the biodiversity is mostly due to remaining undetected erroneous sequences partially forming the large number of singletons and doubletons generally observed with HTS based studies. Three sources of error are significant: PCR chimeras, PCR single base substitutions, and sequencing error. Here we hypothesized that the selection of a sub-region of the fungal barcode displaying particular characteristics might, if not formally assess erroneous sequences as such, at least limit their impact on the estimation of the diversity. We thus considered a fragment composed of the partial ribosomal small sub-unit immediately following the ITS1F primer in addition of the ITS1 sub-locus (pSSU-ITS1). We showed that basing the analysis on the pSSU-ITS1 fragment enhances the sensitivity of chimera detection. As PCR single base substitutions and sequencing errors remain rare events, spurious sequences are rare too and somewhat similar to true abundant sequences. We hypothesized that the presence of the pSSU, whose variability is lower than that of the ITS1 sub-locus, might buffer these errors. Putative rare spurious sequences were grouped with the true abundant sequences they deviated from, thus reducing the proportion of singletons and doubletons. We then developed an approach to readily extract this pSSU-ITS1 fragment from fungal ITS amplicons. We observed from the endomycobiota of a single balsam fir that we produced to test our data treatment in the first chapter that considering the pSSU-ITS1 fragment did not alter the conclusions on the structure of the fungal endophytic community from ITS1 analysis. While it has to be considered with appropriate reservations due to the limited sampling, we also estimated, for the first time to the best of our knowledge, the extent of the fungal endophyte biodiversity harboured by a single tree at a precise time with an extrapolation of 2 536 ± 73 mOTUs. In the second chapter on the endomycobiota present in the different tissue types of balsam fir branches, we confirm that some tissue specificity is exhibited by fungal endophytes as our results suggest that the aerial endomycobiota of balsam fir trees might be fractioned in distinct communities depending on the tissue types. Finally, in the third chapter, we reveal that the mechanisms of colonization of the host plant by fungal endophytes might be more complex and dynamic that the suggested passive accumulation hinted by culture-dependent methods. The last four cohorts of needles from balsam fir sampled displayed relatively similar diversities, but harboured distinct communities.