Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Coorientador: Juliana Duarte Messana / Banca: Izabelle Auxiliadora Molina de Almeida Teixeira / Banca: Roberta Carrilho Canesin / Resumo: O rúmen é um ecossistema aberto, no qual o alimento consumido pelos ruminantes é fermentado a ácidos graxos de cadeia curta e proteína microbiana, os quais servem respectivamente como fonte de energia e de proteína para o animal. Espécies de micro-organismos têm desenvolvido no rúmen uma série de interações complexas, o qual é um dos melhores exemplos de simbiose entre micro-organismos na natureza. Os métodos convencionais para a taxonomia baseada em técnicas de cultivo vêm sendo substituídas por técnicas moleculares, que são rápidas e mais precisas. O fundamento das técnicas moleculares está na sequência do 16S rRNA que fornece a classificação filogenética usadas na identificação e quantificação da comunidade bacteriana. Para avaliar a diversidade bacteriana ruminal neste estudo, foram utilizados 3 bovinos da raça Nelore, canulados no rúmen. As frações líquida e sólida do conteúdo ruminal foram processadas para extração de DNA metagenômico, após a extração foi verificado a quantidade e integridade das amostras. Em seguida, foi feita a PCR baseada nas regiões hipervariáveis V1 e V2 do 16S rRNA, e em sequência procedeu-se a construção da biblioteca e sequenciamento utilizando a plataforma Illumina. Os dados foram analisados pelos softwares MG-RAST e MOTHUR para filiações bacterianas. Aproximadamente 11.407.000 reads foram geradas com qualidade e 812 e 752 UTOs foram encontrados no nível de espécie e gênero respectivamente. Foram identificados 27 filos no conteúdo ruminal de bovinos Nelore através do sequenciamento do gene 16S rRNA pela plataforma Illumina. Os conhecimentos gerados a partir do presente estudo são informações primárias e primordiais para o entendimento da composição bacteriana ruminal. Assim, nos proporciona vislumbrar futuro promissor no desenvolvimento de novos métodos e tecnologias aplicáveis na nutrição animal / Abstract: The rumen is an open ecosystem in which the food consumed by ruminant is fermented to yield short-chain fatty acids and microbial protein, that in turn serve as a source of energy and protein for the animal, respectively. Species of microorganisms into rumen have developed a series of complex interactions that become one of the best examples of symbiosis between microorganisms in nature. Conventional methods for microbial taxonomy based on culture techniques have been replaced by molecular techniques which are quickly and more accurate. The majority of phylogenetic molecular tools for bacteria classification are based on ribosomal 16S rRNA gene that provides resources for identification and also quantification of bacterial communities. In order to evaluate the ruminal bacterial diversity present in three Nelore cannulated cattle, the rumen content was fractionated in liquid and solid samples after its collect. Both parts were processed for metagenomic DNA extraction which in turn was evaluated according quantity and integrity parameters. Next stage consisted in PCR technique based on V1 and V2 hypervariable 16S rRNA regions to generate amplicons used for DNA sequencing performed at Illumina platform. Data were processed by MG-RAST and MOTHUR softwares to deduce bacterial affiliations. Approximately 11,407,000 reads were generated showing quality for indication of 812 and 752 OTUs at the level of species and genus, respectively. Twenty-seven phyla were successfully identified in Nellore ruminal contents by 16S rRNA sequencing in the powerful Illumina platform. The knowledge generated from this study are primary and essential for the wide understanding of rumen bacterial composition information. Thus, it provides us resources to be explored in a promising future focusing the development of new methods and technologies applied to animal nutrition / Mestre

Orientador: Izabelle Auxiliadora Molina de Almeida Teixeira / Coorientador: Rafael Fernandes Leite / Coorientador: Normand R. St-Pierre / Banca: José Gilson Louzada Regadas Filho / Banca: Carla Joice Härter / Resumo: A taxa de passagem (kp) está associada a uma série de fatores interligados como por exemplo a ingestão, digestão e aproveitamento do alimento. O rúmen e o retículo são os principais segmentos do trato gastrintestinal para a digestão da fibra. Levando em consideração a importância da kp na nutrição de ruminantes, alguns estudos vêm concentrando seus esforços em equacioná-la. Na literatura existem diversos modelos para predição da kp em ruminantes, mas poucos modelos geram predições para caprinos. Nesse sentido o presente estudo visa avaliar modelos para estimativa da kp ruminal de caprinos. O banco de dados utilizado para avaliar os modelos da literatura provem de dois estudos com caprinos em crescimento entre 15 e 45 kg de peso corporal, totalizando 102 animais com consumo à vontade. Foi utilizada a metodologia de evacuação ruminal em animais abatidos e os marcadores considerados para as medidas de kp foram o itérbio (marcador externo de fase sólida) e a FDN indigestível (marcador interno da fase sólida). Foram avaliados cinco modelos que predizem a kp, sendo estes provenientes de publicações em revistas de grande impacto científico. A avaliação destes modelos foi conduzida utilizando o conceito da regressão do resíduo (observado menos predito) pelo predito centralizado. Considerando a kp obtida a partir do itérbio, nenhum modelo da literatura se adequou aos dados observados no presente estudo. Por outro lado, quando a kp foi obtida com dados de FDN indigestível (FDNi), o modelo desenvolvido por Krizsan et al. (2010) foi acurado (viés médio, P = 0,82) e não apresentou erro sistemático no intervalo de variação das predições (viés linear, P = 0,45). Foi realizado teste de covariância para identificar variáveis que poderiam melhorar a adequação dos modelos. O modelo teórico proposto por Vieira et al. (2008) após a incorporação da ingestão de FDNi no modelo, apresentou viés médio... / Abstract: The passage rate (kp) is related to several factors, such as intake, digestion and nutrient absorption. Fiber digestion is greater in the reticulorumen segment. Considering the importance of kp in ruminant nutrition, some studies have been developing models to predict kp. In the literature, there are many models to predict kp in ruminants, but few models consider exclusively goats. Thus, this study aimed to evaluate most widely used models to determine kp in growing goats. The database used to evaluate the literature models derived from two studies with Saanen goats of different growth stages between 15 and 45 kg of body weight. A total of 102 goats fed ad libitum were used. The studies used the ruminal evacuation technique in slaughtered animals. The markers used were Ytterbium (external marker of solid phase) and indigestible NDF (internal marker of solid phase). Five kp models published between 1960 and 2013 were evaluated. The evaluation of the literature models was conducted using the regression of residual (observed minus predicted) on centered predicted values. Considering the model evaluation for Ytterbium in the observed data, none of the models tested fit well in this database. On the other hand, when the models were evaluated using the indigestible NDF database, the model developed by Krizsan et al. (2010) was accurate (mean bias, P = 0.82) and did not present systematic error in the prediction variance (linear bias, P = 0.45). A covariance analysis were performed for identifying variables to improve the adequacy of the models. The theoretical model developed by Vieira et al (2008) after integrating iNDF intake, showed mean bias (P = 0.42) and linear bias (P = 0.75). In conclusion, in ruminal evacuation technique studies using iNDF as marker, the models developed by Vieira et al. (2008) adjusted by iNDF intake and Krizsan et al. (2010) could provide a reliable prediction of kp for growing goats / Mestre

Orientador: Danilo Domingues Millen / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito da restrição alimentar prévia ou exposição anterior a ingredientes concentrados sobre o tempo para adaptação à dietas de alto concentrado, sob os parâmetros da fermentação ruminal e o perfil de microrganismos ruminais de bovinos Nelore canulados confinados. Foram utilizados 6 bovinos da raça Nelore, castrados, com peso vivo inicial aproximado de 236 ± 23 kg, 15 meses de idade e canulados no rúmen, os quais foram divididos em dois quadrados latinos 3 x 3. Os tratamentos diferiram somente sobre o tipo de alimentação estabelecida previamente ao período de adaptação: Controle (forragem ad libitum + suplemento mineral); Restrição (forragem restrita a 1,4% do peso vivo + suplemento mineral) e Concentrado (forragem ad libitum + 0,5% do peso vivo de ingredientes concentrados e suplemento mineral). A duração deste estudo foi de 119 dias, sendo compostos por 3 períodos experimentais (33 dias cada período) e dois intervalos de washout (10 dias) entre os períodos 1 e 2, e 2 e 3. Os períodos foram divididos em: 14 dias de pré- adaptação, 6 dias de adaptação 1 (72% de concentrado), 6 dias de adaptação 2 (79% de concentrado) e 7 dias de dieta de terminação (86% de concentrado). O pH ruminal foi monitorado por meio da utilização de data loggers a cada 10 minutos. Foram avaliados a concentração de ácidos graxos de cadeia curta e amônia ruminal; a quantificação relativa das bactérias celulolíticas e utilizadoras de lactato por meio da técnica de PCR... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-07T14:24:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1069443 bytes, checksum: c686cbc03e51bc1d4591f84feedb3d75 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-07T14:24:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1069443 bytes, checksum: c686cbc03e51bc1d4591f84feedb3d75 (MD5) Previous issue date: 2016-07-22 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O objetivo deste estudo foi investigar o efeito de diferentes doses de bacteriocinas e antibióticos sobre a fermentação ruminal, digestibilidade de fibra e produção de metano in vitro utilizando líquido ruminal de vacas leiteiras alimentadas com dieta à base de silagem de milho (SM) ou silagem de milho/sorgo adicionado com 6 Kg de concentrado proteico (SMC). Amostras foram coletas em diferentes tempos de incubação e foram realizadas análises da concentração de amônia e ácidos orgânicos voláteis, produção de metano e gases totais, digestibilidade in vitro (DIVFDN) e do pH ruminal. Três doses de cada antimicrobiano foram avaliadas: Bovicina HC5 e nisina (Doses A = 360 AU mL -1 ; B = 180 AU mL -1 ; C = controle); Monensina (Doses A = 5 mmol L -1 ; B = 1 mmol L -1 ; C = controle); Virginiamicina (Doses A = 10 mmol L -1 ; B = 5 mmol L -1 ; C = controle). Na dieta à base de silagem de milho, houve efeito significativo da interação (P<0,05) entre dose e inibidor para todas as variáveis testadas, exceto para ácidos orgânicos voláteis. A dose A de bovicina HC5 reduziu (P<0,05) a digestibilidade. Quando se adicionou monensina ao meio, houve redução (P<0,05) na digestibilidade, em relação ao controle. As concentrações de amônia não foram influenciadas (P>0,05) pelas doses de bovicina HC5 e virginiamicina. No entanto, a adição de nisina aumentou as concentrações de amônia (P<0,05), enquanto a monensina reduziu essas concentrações (P<0,05). As concentrações de metano com base na matéria seca degradada (CH 4 MSd) foram (30%) menores quando se adicionou (Dose A) bovicina HC5 (P<0,05). Além disso, a média da dose A de bovicina HC5, foi equivalente à média da dose A de virginiamicina, a qual reduziu CH 4 MSd em 20%. A monensina, não influenciou as concentrações de metano (P>0,05). A adição de bovicina HC5 reduziu (P<0,05) as concentrações de metano com base na matéria seca incubada (CH 4 MSi) em até 24%. No entanto, a média das doses de nisina e monensina não apresentaram diferença significativa (P>0,05) em relação ao controle para essa variável (CH 4 MSi). O pH final do líquido ruminal da vaca alimentada à base de silagem de milho/sorgo adicionado de 6 Kg de concentrado proteico (SMC), foi menor que 6,0. Houve efeito significativo da interação (P<0,05) entre dose e inibidor para todas as variáveis, exceto para pH, metano (CH 4 MSd) e digestibilidade na dieta SMC. As maiores concentrações de amônia na dieta SMC foram observadas quando se adicionou bovicina HC5. Contudo, não houve (P>0,05) diferença de efeito das doses (A e B) de nisina, monensina e virginiamicina na concentração de amônia em relação aos respectivos controles. Independente da dose do inibidor, as maiores concentrações de metano (CH 4 MSd) na dieta SMC foram observadas quando se adicionou monensina. Além disso, independente do inibidor adicionado, o uso de doses altas reduziu as concentrações de metano (CH 4 MSd). Os resultados indicaram que as bacteriocinas testadas apresentaram alguns efeitos positivos sobre a fermentação ruminal, digestibilidade de fibra e produção de metano in vitro na dieta SM. Bovicina HC5 apresentou efeitos similares a virginiamicina na dieta SM, reduzindo a relação acetato:propionato e concentração de CH 4 MSd. A adição de concentrado à dieta diminuiu o pH ruminal e reduziu a influência das bacteriocinas e antibióticos na fermentação in vitro. / The aim of this study was to investigate the effect of different doses of bacteriocins and antibiotics on ruminal fermentation, fiber digestibility and methane production in vitro using rumen fluid of dairy cows fed diets based on corn silage (CS) or silage corn/sorghum added with 6 kg of protein concentrate (CSC). Samples were collected at different incubation times and were carried out analysis of the concentration of ammonia and organic acids, methane production and total gases, in vitro digestibility (IVNDF) and ruminal pH. Three doses of each antimicrobial were evaluated: bovicin HC5 and nisin (Doses = 360 AU ml -1 ; B = 180 AU ml -1 , C = control); Monensin (Doses = 5 mmol l -1 ; B = 1 mmol l -1 , C = control); Virginiamycin (Doses A = 10 mmol l -1 , B = 5 mmol l -1 , C = control). In the diet based on corn silage, there was significant interaction (P <0.05) between dose and inhibitor for all variables tested, except for organic acids. The dose A of bovicin HC5 reduced (P<0.05) digestibility, similar to the doses (A and B) of monensin and virginiamycin. When monensin was added to the medium digestibility decreased (P<0.05) compared to the control. Ammonia concentrations were not affected (P>0.05) by doses of bovicin HC5 and virginiamycin. However, the addition of nisin increased concentrations (P<0.05), while monensin reduced ammonia during in vitro incubation (P<0.05). The methane concentration based on degraded dry matter (CH4MSd) were 30% lower when bovicin HC5 (Dose A) was added (P<0.05). Furthermore, the average dose of bovicin HC5 was equivalent to the mean dose of the virginiamycin, which reduced CH4MSd by 20%. The monensin did not affect methane concentrations (P>0.05). The addition of bovicin HC5 reduced (P<0.05) methane concentrations based on dry matter incubated (CH4MSi) up to 24%. However, the average doses of nisin and monensin showed no significant difference (P>0.05) in this variable compared to the control (CH4MSi). The final pH of the rumen fluid from cows fed silage based corn/sorghum added 6 kg of protein concentrate (SMC) was less than 6.0. There was a significant interaction (P<0.05) between dose and inhibitor for all variables, except for pH, methane (CH 4 MSd) and digestibility in the diet SMC. The highest ammonia concentrations in the diet SMC were observed when bovicin HC5 was added. However, no dose (A and B) of nisin, virginiamycin and monensin affected ammonia concentrations (P>0.05) compared to their respective controls. Regardless of the inhibitor dose, higher concentrations of methane (CH 4 MSd) in SMC diet were observed when monensin was added. Furthermore, independent of the inhibitor added, higher doses always decreased the concentrations of methane (CH 4 MSd). However, only nisin (Doses A and B) decreased the acetate:propionate ratio (P<0.05) in diet SMC,and no significant differences (P>0.05) were observed between doses of other antimicrobials and control and, among the tested inhibitors. Nevertheless, the relative values (A:P) were higher when monensin was added. These results indicated that the tested bacteriocins showed some positive effects on ruminal fermentation, fiber digestibility and methane production in vitro in CS diet. Bovicin HC5 showed similar effects to virginiamycin in the CS diet, reducing the acetate:propionate ratio and concentration of CH 4 MSd. The addition of concentrate to the diet decreased ruminal pH and reduced influence of bacteriocins and antibiotics on the in vitro fermentation.

Orientador: Danilo Domingues Millen / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da duração do período de adaptação à dieta de alto teor de concentrado sobre o desempenho, comportamento ingestivo, características de carcaça, saúde do rúmen e digestibilidade do amido, FDN e MS em bovinos Nelore e ½ Angus/Nelore terminados em confinamento. Setenta e dois bovinos machos (com 313,5 kg ± 24,5 em média), não castrados, 36 da raça Nelore e 36 ½ Angus/Nelore, provenientes de sistema de recria em pasto, foram aleatorizados e mantidos em 24 baias (3 animais por baia) de chão batido (24 m² e 2,0 m de cocho por animal), de acordo com os tratamentos: bovinos Nelore adaptados por 9 dias, bovinos Nelore adaptados por 14 dias, bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 9 dias, e bovinos ½ Angus/Nelore adaptados por 14 dias, constituindo-se assim delineamento experimental em blocos casualizados em arranjo fatorial 2 × 2 (2 grupos genéticos e 2 durações do período de adaptação) com medidas repetidas no tempo, as quais foram tomadas de acordo com a variável analisada. Cada tratamento foi composto por 6 baias, as quais foram consideradas as unidades experimentais neste estudo. Após 9 ou 14 dias de adaptação, os animais receberam a ração final com 86% de concentrado. No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados. A IMS foi medida todos os dias, para então calcular-se ganho de peso diário e conversão alimentar. Da mesma forma, os animais foram submetidos a avaliações de ultrassonografia no início e no... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to evaluate the length of adaptation period to high concentrate diets on performance, feeding behavior, carcass traits, rumen health and starch, NDF and DM digestibility of Nellore and ½ Angus/Nellore cattle finished in feedlot. Seventy-two yearling bulls (313.5 kg ± 24.5 on the average), 36 Nellore and 36 ½ Angus/Nellore, backgrounded on pasture were randomly allocated and kept in 24 pens (3 animals/pen) with concrete floor (24 m² and 2,0 m bunk per animal) according to the treatments: Nellore adapted for 9 days, Nellore adapted for 14 days, ½ Angus/Nellore adapted for 9 days, and ½ Angus/Nellore adapted for 14 days, characterizing a randomized block design with a 2 x 2 factorial arrangement of treatments (2 genotypes and 2 lengths of adaptation period) with repeated measures over time according to the dependent variable measured. Each treatment was composed by 6 pens which was considered the experimental unit to this study. After 9 or 14 days of adaptation, yearling bulls received the finishing diet containing 86% concentrate. At the beginning of experimental period and every 28 days, yearling bulls were weighted. Dry matter intake was measure every day, and average daily gain and feed efficiency were calculate. Likewise, the deposition of muscle and fat were evaluate by ultrasound at the beginning and at the end of the study where the yearling bulls were slaughter in a commercial abattoir after 89 days of feed reaching average live body weig... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Mario de Beni Arrigoni / Coorientador: Cyntia Ludovico Martins / Coorientador: Danilo Domingues Millen / Resumo: Objetivou-se com esse trabalho avaliar o efeito de leveduras vivas e monensina sódica, em associação ou não, no desempenho produtivo, características de carcaça, perfil sanguíneo, comportamento ingestivo, seletividade da partícula e saúde ruminal em bovinos Nelore terminados em confinamento. Foram utilizados 77 animais machos não castrados, com peso vivo médio inicial de 353,23 ± 34,89 kg e provenientes de recria em sistema de pastejo contínuo. O delineamento experimental foi em blocos casualizados em arranjo fatorial 2x2, sendo os fatores a inclusão de monensina ou leveduras vivas, e todos os tratamentos receberam a mesma dieta diferenciando apenas na inclusão dos aditivos. Cada tratamento foi composto por 6 baias (3 a 4 animais/baia), sendo estas consideradas as unidades experimentais para este estudo. O período experimental foi de 90 dias com adaptação em step up, aumentando o nível de concentrado da dieta de 67 até 87% na dieta de terminação. Os resultados foram avaliados por meio do procedimento MIXED do SAS, sendo considerado significativo P<0,05. Houve efeito significativo na ingestão de massa seca para os animais do tratamento monensina (P<0,01), assim como na conversão e eficiência alimentar (P=0,03 e P=0,02, respectivamente) quando comparados aos tratamentos sem monensina. A levedura por sua vez não proporcionou diferença nos parâmetros de desempenho produtivo e não houve interação entre os aditivos. Os animais que receberam monensina apresentaram menor flutuação de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to evaluate the effect of live yeasts and monensina sodium, in association or not, on the productive performance, carcass characteristics, blood profile, ingestivo behavior, particle selectivity and ruminal health in Nellore cattle terminated in feedlot. A total of 77 uncastrated male animals were used, with initial average live weight of 353.23±34.89 kg and from rearing in a continuous grazing system. The experimental design was a randomized complete block design in a 2x2 factorial arrangemen, with the inclusion of monensin or living yeasts, all treatments received te same diet differing only in the inclusion of the additives. Each treatment consisted of 6 pen (3 to 4 animals/pen), these being considered the experimental units for this study. The experimental period was 90 days with step up adaptation, increasing the level of diet concentrate from 67 to 87% in the finishing diet. The results were evaluated through the SAS MIXED procedure, being considered significant P<0.05. There was a significant effect on dry matter intake for monensin (P<0.03 and P=0.02, respectively) when compared to treatments without monensin. The yeast did not provide any difference in the parameters of productive performance and there was no interaction between the additives. The animals receiving monensin showed lower consumption flutuation (P<0.01) and higher net gain energy (P<0.01). The blood profile of animals treated with monensin differed significantly from the... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Juliana Duarte Messana / Banca: Eduardo Henrique Bevitori Kling de Moraes / Banca: Otavio Rodrigues Machado Neto / Banca: Paulo Henrique Moura Dian / Banca: Yury Tatiana Granja Salcedo / Resumo: Exp. 1 e 2: Foi avaliado o efeito de dois planos nutricionais (PN) sobre o consumo, digestibilidade, desempenho e emissão de metano (CH4), parâmetros fermentativos, eficiência de síntese microbiana e bactérias ruminais de três grupos genéticos (GG), na fase de recria, em pastagem. Cento e sessenta e dois tourinhos Nelore, cruzados ½Senepol e cruzados ½Angus, foram utilizados em um delineamento em blocos casualizados, arranjo fatorial 2 × 3, com idade média de 10 ± 2 meses e peso corporal inicial de 262 ± 31 kg, no experimento de desempenho. Doze tourinhos, sendo quatro de cada GG (Nelore, Senepol e cruzados ½Angus), canulados no rúmen, com idade média de 16 ± 2 meses e peso corporal inicial de 411 ± 34 kg, no experimento de metabolismo. Ambos foram alocados em doze piquetes de Urochloa brizantha (A. Rich.) Stapf. cv. Xaraés, submetidos a dois PN: suplementação com mineral (SM) 30 g / 100 kg peso corporal (PC) ou concentrado (SC) 300 g / 100 kg de PC. No experimento de desempenho o PN com SC proporcionou maior consumo de nutrientes e digestibilidade de PB e EE e maior AOL e EG (P < 0,05). Cruzados ½Senepol apresentaram maior digestibilidade de MS, MO e PB que Nelore e ½Angus (P < 0,05). Porém, Nelore e ½Senepol SC apresentaram maior GMD, GMDc e GPH que os ½Angus (P < 0,05), e Nelore apresentaram maior AOL que cruzados ½Angus e ½Senepol (P < 0,05) e maior EG que cruzados ½Senepol (P < 0,05). Cruzados ½Senepol e Nelore que receberam SC apresentaram menor emissão de CH4 por kg GM... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Exp. 1 and 2: The objective of this study was evaluated effect of nutritional plans on the performance, intake, digestibility, enteric methane emissions, ruminal fermentation, microbial efficiency synthesis and rumen microbial bacteria of young bulls of different genetic group during the growth phase on pasture. One hundred and sixty-two Nellore young bulls, crossbred ½Senepol and crossbred ½Angus, were used in a randomized complete block design, 2 × 3 factorial arrangement, average age of 10 ± 2 months and initial body weight of 262 ± 31 kg, in the experiment performance. Twelve bulls, four of each GG (Nellore, Senepol and crossbred ½Angus), cannulas in the rumen, with a mean age of 16 ± 2 months and initial body weight of 411 ± 34 kg, in the metabolism experimente. Both animals were allocated in twelve paddocks of Urochloa brizantha (A. Rich.) Stapf. cv. Xaraés, and were submitted to two plans nutrition: supplement with mineral (SM) salt 30 g / 100 kg body weight (PC) or concentrate (CS) 300 g / 100 kg of BW. In the performance experiment the PN with CS provided higher nutrient consumption and digestibility of CP and EE and higher LM area and FD (P <0.05). Crossbred ½Senepol showed higher digestibility of DM, OM and CP than Nellore and ½Angus (P < 0.05). However, Nellore and ½Senepol SC presented higher ADG, ADGc and GWH than ½Angus (P < 0.05), and Nellore had higher LM area than crossbred ½Angus and ½Senepol (P < 0.05) and higher FD than crossbred ½Senepol (P < 0.05). Howe... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Amanda Azarias Guimarães / Resumo: Desde a expansão da indústria, a partir da revolução industrial, a população mundial tem crescido de forma exponencial. Este aumento populacional aliado aos avanços tecnológicos constantes alavancou o consumo mundial de energia. Este cenário tem incentivado países do mundo todo a buscar alternativas para aumentar a produção de energia. Uma das alternativas adotadas são os biocombustíveis, onde o etanol tem lugar de destaque. Para tanto, a degradação de biomassa vegetal, para a liberação dos açúcares estruturais da fibra vegetal para fermentação, tem se intensificado. O etanol é o principal biocombustível brasileiro e o uso de biomassa vegetal é uma alternativa para o aumento de sua produção. No entanto, a ação enzimática ineficiente na degradação de polissacarídeos estruturais impede a produção industrial. Uma solução é a prospecção de enzimas degradantes de biomassa e um ambiente para esta busca pode ser o rúmen. O qual é um ambiente rico em micro-organismos que degradam a lignocelulose. Considerando que cerca de 99% dos micro-organismos não são passíveis ao cultivo tradicional, a fim de romper com estas limitações foi usada a abordagem metagenômica neste estudo para caracterização de genes com potencial para degradar biomassa e também para avaliação da diversidade taxonômica do ambiente ruminal bovino. Foram coletadas amostras de rúmen de um gado Nelore para a obtenção de DNA, que posteriormente foi sequenciado pelo sequenciador HiScan SQ (Illumina). Foram obtidas 65 milhões de sequências, cada uma com 100 pb, que foram analisadas no servidor MG-RAST. Para montar o perfil taxonômico deste metagenoma foram usados três bancos de dados na análise das sequências: Ribossomal database Project (RDP), que encontrou 18 filos na amostra; Greengenes, que encontrou 16 filos; e SILVA Small SubUnit (SSU) onde foram encontrados 22 filos. Dentre todos os filos encontrados o Firmicutes foi o... / Abstract: Since the expansion of industry through the Industrial Revolution, the world population has increased unprecedented. This rise together the constant technological advances leveraged the world's energy consumption. This scenario has encouraged countries around the world to seek alternatives to higher energy production, being the biofuels one of the adopted alternatives, which ethanol has excelled. Therefore, the plant biomass degradation for the release of structural sugars from plant fiber fermentation has intensified. Ethanol is the main Brazilian biofuel and the use of plant biomass is an alternative for increasing its production. However, inefficient enzymatic action in the degradation of structural polysaccharides prevents industrial production. One solution is the prospect of biomass degrading enzymes and an environment for this search may be the rumen, which is an environment rich in microorganisms that degrade lignocellulose. Whereas about 99% of the microorganisms are not amenable to traditional growth, in order to break these limitations was used a metagenomics approach in this study to characterize genes with potential to degrade biomass and to evaluate the taxonomic diversity of bovine rumen environment. Rumen samples were collected from Nelore cattle for obtaining total DNA, which was subsequently sequenced by SQ HiScan (Illumina) sequencer. Sixtyfive million sequences were obtained, each with a 100 bp, which were analyzed by MG-RAST server. In order to mount the taxonomic profile of this metagenomic we used three databases on the analysis of sequences: Ribosomal Database Project (RDP), which found 18 phyla in the sample; GreenGenes, which found 16 phyla; and SILVA Small subunit (SSU) which found 22 phyla. Among all the phyla, Firmicutes was the most abundant, followed by Bacteroidetes and Proteobacteria by the three databases. For the functional analysis were used five databases for prospecting glycoside Hydrolases ... / Mestre

Orientador: Mário De Beni Arrigoni / Resumo: O estudo foi conduzido no confinamento da Universidade Estadual Paulista, Campus de Dracena, com o objetivo de avaliar o efeito da restrição nutricional ou consumo de ingredientes concentrados antes do período de adaptação sobre o tempo de adaptação, desempenho produtivo, comportamento ingestivo, características de carcaça, morfometria ruminal e cecal em bovinos Nelore confinados. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com 8 repetições (4 animais/baia), em que 96 bovinos machos, não castrados, da raça Nelore, com peso vivo (PV) médio inicial de 365,52 ± 39,19 kg, foram alimentados em 24 baias de acordo com os tratamentos: Restrição (feno de Tifton restrito a 1,4% do PV + mineral); Controle (feno de Tifton ad libitum + mineral) e Concentrado (feno de Tifton ad libitum + 0,5% do PV de ingredientes concentrados + mineral). A duração do experimento foi de 144 dias, divididos em 2 fases: 32 dias de pré-adaptação, em que os tratamentos foram aplicados e 112 dias de alimentação de alta energia (confinamento), onde os animais foram alimentados com a mesma dieta. Ao final da fase de pré-adaptação, um animal por baia foi abatido (n = 24) para avaliações de carcaça, rúmen e ceco, os 72 animais restantes foram abatidos após 112 dias. Não foi observado (P > 0,10) efeito dos tratamentos para período de adaptação, o qual foi em 14 dias. Animais submetidos ao consumo de concentrado apresentaram maior (P < 0,10) PV final, ganho de peso diário (GPD), consumo de matéria seca (C... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-12T17:27:26Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 435818 bytes, checksum: 11ac8d55485121ae9e428811aa3efe1c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T17:27:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 435818 bytes, checksum: 11ac8d55485121ae9e428811aa3efe1c (MD5) Previous issue date: 2015-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A microbiota do rúmen bovino é complexa, incluindo organismos dos três domínios da vida, potencial hospedeiros de vários vírus. A população viral do rúmen desempenha um papel importante na manutenção do equilíbrio da população bacteriana e na transferência horizontal de genes. Além disso, bacteriófagos pode ser usada como uma possível estratégia para a mitigação de metano. Isso requer a identificação de espécies de bacteriófagos que infectam a principal Archaea produtora de metano no rúmen. O objetivo deste estudo foi caracterizar o viroma do rúmen de bovinos leiteiros da Universidade Federal de Viçosa usando uma abordagem metagenômica. Para acessa a diversidade viral,nós sequenciamos (Illumina HiSeq2000) partículas vírus-like do líquido de rúmen de dois bovinos leiteiros (amostras 08 e 11). Cada bibliotaca continha cerca de 49 milhões de sequências em pares. De novo assembly gerou 294.757 contigs para a amostra 08 e 193.262 para a amostra 11. Apenas 2% das sequências a partir de cada uma das duas amostras pode ser identificado através da comparação dos contigs com o banco de dados viral RefSeq, do NCBI. As famílias virais mais abundantes foram Siphoviridae, Myoviridae e Podoviridae. Para determinar se o alto número de contigs sem identificação eram possíveis sequências virais, alguns contigs das duas amostras que não mostraram nenhuma identidade com sequências depositadas no banco de dados foram escolhidos aleatoriamente e as ORF’s presentes nesses contigs foram identificadas usando a ferramenta ORFinder. Similaridade com proteínas virais conhecidas, foram detectadas em todas os contigs, sugerindo que a diversidade viral no rúmen é em grande parte desconhecida. Mesmo com o recente avanço nas tecnologias modernas de sequenciamento pouco se avançou no sentido de elucidar a verdadeira importância dos bacteriófagos no funcionamento do ecossistema ruminal, com muitas sequências permanecendo desconhecidas. Palavras-chaves: Metagenômica, rúmen, bacteriófagos / The microbiota of bovine rumen is complex, including organisms of the three domains of life, potential hosts of numerous viruses. The viral population of the rumen plays an important role in maintaining the balance of the bacterial population and in horizontal gene transfer. In addition, bacteriophages can be used as a possible strategy for methane mitigation. This requires the identification of bacteriophage species that infect the dominant methane-producing Archaea in the rumen. The purpose of this study was to characterize the rumen virome in dairy cattle from the University Federal of Viçosa using a metagenomic approach. To access the viral diversity we sequenced (Illumina HiSeq2000) virus-like particles from the rumen fluid of two dairy cattle (samples 08 and 11). Each library contained about 49 million pair-ended sequences. De novo assembly generated 294.757 contigs for sample 08 and 193.262 for sample 11. Only 2% of the sequences from each of the two samples could be identified by comparing the contigs with the viral RefSeq database of the NCBI. The most abundant viral families were Siphoviridae, Myoviridae and Podoviridae. To determine if the high number of contigs without a positive identification were possible viral sequences, some contigs that showed no identity from each of the two samples were randomly selected and the ORFs present in these contigs were identified using the ORFinder tool. Similarity to known viral proteins were detected in all contigs, suggesting that viral diversity in the rumen is largely unknown. Even with the recent advances in modern sequencing technology, little progress has been achived towards elucidating the true importance of bacteriophages in the functioning of the rumen ecosystem, with many sequences remaining unknown. Key words: Metagenomics, rumen, dairy cattle, phage.