Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4539_1.pdf: 2994862 bytes, checksum: 47749e2ac452270d83ec4a6ac83056aa (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A antracnose causada pelo fungo Colletotrichum gloeosporioides é uma das doenças mais graves da mangueira, sendo um fator limitante à produção de frutos sadios e comercializáveis. O presente trabalho objetivou analisar a variabilidade de isolados de C. gloeosporioides, quanto à patogenicidade a frutos de mangueira, marcadores RAPD e região ITS do rDNA. Foram utilizados cinco isolados obtidos de cebola e 10 de mangueiras de diferentes regiões do estado de Pernambuco. O teste de patogenicidade foi realizado em frutos das variedades Rosa e Espada. Para a análise de RAPD foram utilizados os iniciadores OPX-15, OPX-02, OPX-06, OPA-11 e OPA-02 e para a amplificação do locus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA, os iniciadores ITS1 e ITS4. Os isolados oriundos de mangueiras com sintomas de antracnose foram mais agressivos para as duas variedades estudadas do que os isolados de cebola. Do dendrograma gerado pela análise do RAPD, dois grupos foram delineados, separando todos os isolados de mangueiras dos isolados de cebola. Não houve polimorfismo entre os isolados de C. gloeosporioides pela análise dos produtos de amplificação da região ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA, porém, a digestão do produto com a enzima Msp I evidenciou diferença para o isolado URM 4596 (Mangifera indica L./Ilha de Itamaracá-PE)

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Laryssa da Silva Melo.pdf: 834446 bytes, checksum: 1dbffe1130e351818bfc66f05b6077ae (MD5) Previous issue date: 2009-10-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Trichoderma are anamorphic fungi belonging to the class of Hifomicetos, also called imperfect fungi, or asexual conidial and whose gender Hypocrea teleomorph. They are free-living fungi, distributed throughout the world and found in different soil temperatures, especially those containing organic matter. Usually are not considered important human pathogens, but there are some reports indicating occasional pathogenicity of some species. Its easy handling and in vitro, stability and viability of colonies preserved this kind are a big target for biotechnology research. Because of these characteristics were isolated Trichoderma from plant Victoria amazonica, Rollinia sp. Murraya paniculata and Strychnos cogens; wood Scleronema micranthum, known as cardeiro; jatoba (Hymenaea courbaril), land of cubiu culture (Solanum sessiliflorum) and Indian black earth, in order to identify the molecular biology, the species level, such isolates and to assess their ability to produce cellulolytic enzymes. Of the 30 lines obtained were cultured spore, which were preserved in mineral oil, Castellani and method in 10% glycerol. From the suspension in glycerol, each sample was inoculated in 20ml of 10μL BD and cultivated 26oC, 100 rpm for 40:00 h. Next was extracted genomic DNA, performed PCR of specific regions of the ITS-1 and ITS-2 ribosomal DNA sequencing and subsequently. For the production of enzymes, the isolates were first grown in induction medium. Were inoculated 10μL of spore solution (glycerol 10%) in 50 mL of solution Manachini where the substratum was used to carboxymethylcellulose. The fungi were incubated at 27 ° C, 120 rpm for 120 hours. The dosage of CMCase was performed using the method of acid Dinitrosalicílico. For the determination of β-glucosidase was used p-nitrophenyl-β-D-glucopyranoside (PNPG) as substrate for the enzyme. The total protein concentration was determined by the Bradford method, using the reagent concentrate commercial Bio-RadTM and bovine serum albumin (ASB) as standard. The result of molecular identification of the first 13 samples revealed the species: T. harzianum, T. koningii, T. asperellum, T. viride, T. ovaslisporum, T. hamatum, T. piluliferum and T. koningiopsis, with a percentage between 96 and 99% identity and 100% reliability. The results indicated CMCase enzyme to low values, less than 0.100 U / mL with the exception of T. koningii (MPCE 10 3.2), T. harzianum (MPCE 2 2.2a), both isolates of M. paniculata, and isolate 1437 identified as Trichoderma sp., from Indian black earth, which showed slightly higher levels of 0.112 and 0.103 and 0.105 U / mL, respectively. For β-glucosidase, the results showed high activity in the vast majority of isolates with emphasis on T. harzianum MPCE 3 3.1 (10.45 U / mL) and T. piluliferum Vrc 2 3.2 (9.71 U / mL). All isolates produced protein in culture medium containing carboxymethylcellulose as substrate inducer / Trichoderma são fungos anamórficos pertencentes à classe dos hifomicetos, também chamados fungos imperfeitos, assexuais ou conidiais e que têm como teleomorfo o gênero Hypocrea. São fungos de vida livre, distribuídos em todo o mundo e encontrados em solos de diversas temperaturas, especialmente naqueles que contém matéria orgânica. Geralmente não são considerados importantes patógenos humanos, mas existem alguns relatos indicando patogenicidade ocasional em algumas espécies. Sua fácil manipulação e cultivo in vitro, estabilidade e viabilidade das colônias preservadas, fazem desse gênero um grande alvo para as pesquisas biotecnológicas. Por tais características, foram isolados Trichoderma das plantas Victoria amazonica, Rollinia sp., Murraya paniculata e Strychnos cogens; da madeira Scleronema micranthum, conhecida como cardeiro; de jatobá (Hymenaea courbaril), do solo de cultura de cubiu (Solanum sessiliflorum) e de terra preta de índio, com o objetivo de identificar, pela biologia molecular, em nível de espécie, tais isolados, bem como avaliar sua capacidade de produção de enzimas celulolíticas. Das 30 linhagens obtidas foram realizadas culturas monospóricas, as quais foram preservadas em óleo mineral, método Castellani e em glicerol 10%. A partir da suspensão em glicerol, de cada amostra foi inoculado 10μL em 20mL de BD e cultivado a 26oC, a 100 rpm por 40:00h. Em seguida foi extraído o DNA genômico, deste realizada a PCR específica para as regiões ITS-1 e ITS-2 do DNA ribossômico e posteriormente o sequenciamento. Para a produção de enzimas, os isolados foram previamente cultivados em meio indutor. Foram inoculados 10μL da solução de esporos (Glicerol 10%) em 50mL de solução de Manachini onde o substrato indutor utilizado foi a carboximetilcelulose. Os fungos foram incubados a 27°C, 120 rpm durante 120 horas. A dosagem de CMCase foi efetuada com base no método do Ácido Dinitrosalicílico. Para a dosagem de β-glucosidase foi utilizado o pnitrofenil- β-D-Glucopiranosídeo (pNPG) como substrato para a enzima. A concentração de proteínas totais foi determinada pelo método de Bradford, utilizando-se o reagente concentrado comercial da Bio-RadTM e albumina de soro bovino (ASB), como padrão. O resultado da identificação molecular das primeiras 13 amostras nos revelaram as espécies: T. harzianum, T. koningii, T. asperellum, T. viride, T. ovaslisporum, T. hamatum, T. piluliferum e T. koningiopsis, com um percentual entre 96 e 99% de identidade e 100% de confiabilidade. Os resultados enzimáticos para CMCase indicaram valores baixos, inferiores a 0,100 U/mL com exceção de T. koningii (MPCe 10 3.2), T. harzianum (MPCe 2 2.2a), ambos isolados de M. paniculata, e o isolado 1437 identificado como Trichoderma sp., proveniente de terra preta de índio, que apresentaram valores um pouco mais altos de 0,112 e 0,103 e 0,105 U/mL, respectivamente. Para β-glucosidase, os resultados apresentados mostraram alta atividade na grande maioria dos isolados com destaque para T. harzianum MPCe 3 3.1(10,45U/mL) e T. piluliferum Vrc 2 3.2 (9,71 U/mL). Todos os isolados produziram proteínas em meio de cultura contendo carboximetilcelulose como substrato indutor

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4602_1.pdf: 941507 bytes, checksum: c0ae7f823963e2cbd711e367c4dd1d23 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foram analisadas as linhagens Metahizium anisopliae var. acridum e Metarhizium anisopliae var. anisopliae quanto à patogênicidade sobre Zaprinus indianus, utilizando as concentrações 104, 105, 106, 107, 108 conídios/mL considerando o percentual de emergência de adultos. De acordo com a metodologia empregada verificou-se que as duas linhagens apresentaram ação contra Z. indianus. Os marcadores moleculares ITS (Internal Trancride Spacer) do rDNA, Intron Splice Site Primer e Microssatélite (SSR- Simple Sequence Repeats), foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens antes e após a passagem pela mosca. A análise de agrupamento usando o método de UPGMA baseada nas distâncias genéticas dos marcadores moleculares confirmou a diversidade genética reconhecida no gênero Metarhizium. O microssatélite (GTG)5 e o intron do grupo mRNA nuclear tiveram a mesma sensibilidade em detectar a variabilidade genética entre as linhagens de Metarhizium . Os produtos de amplificação dos loci ITS1-5.8-ITS2 do rDNA com os iniciadores ITS4 e ITS5 foram eficientes em demonstrar que as linhagens estudadas pertence à espécie Metarhizium anisopliae, apesar da diversidade genética demonstrada pelos marcadores (GTG)5 e EI1. Os perfis de amplificações da região microssatélite, intron e ITS após a passagem por Z. indianus comprovaram que as linhagens reisoladas foram às mesmas que foram utilizadas para infectar

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4555_1.pdf: 1910369 bytes, checksum: 5a0109c9538c737e8440a1c2af5b2757 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Foram analisadas 15 linhagens de Metarhizium isoladas de diferentes regiões e hospedeiros quanto às características genéticas e 7 linhagens quanto a patogenicidade sobre Diatraea saccharalis. Os marcadores moleculares ITS (Internal Transcrided Spacer) do rDNA, Intron splice site primer, RAPD e Microssatélites (SSR-Simple Sequence Repeats) foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens. A análise de agrupamento usando o método UPGMA baseada nas distâncias genéticas dos quatro marcadores moleculares confirmou a diversidade genética reconhecida no gênero Metarhizium. As enzimas de restrição, HaeIII e MspI, evidenciaram a diversidade genética entre as linhagens ao digerirem os produtos de amplificação do locus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com os iniciadores ITS4 e ITS5, a enzima DraI não apresentou sítios de restrição. Os introns do grupo mRNA nuclear discriminaram as linhagens de Metarhizium apenas com a utilização do iniciador EI1. As técnicas de RAPD e regiões de Microssatélite foram eficientes em demonstrar a diversidade entre as linhagens. Porém o microssatélite (GACA)4 foi mais sensível em detectar a variabilidade intra e interespecífica entre as diferentes linhagens de Metarhizium. Não houve correlação entre grupos e regiões geográficas. As linhagens 4415, 4400 e 4897 causaram maior percentual de mortalidade das larvas de Diatraea saccharalis. Também não houve correlação entre os agrupamentos gerados pelas técnicas moleculares e percentual de mortalidade de larvas de D. saccharalis

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4458_1.pdf: 786506 bytes, checksum: 30ccb6ed2c83e0fa52dedbb745159fb1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Foram analisadas 20 linhagens de C. gloeosporioides quanto às características genéticas e citomorfológicas. Os marcadores moleculares, RAPD, microssatélites, Intron Spice Site Primer e região ITS do DNA ribossomal, foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens. A análise de agrupamento através do método UPGMA confirmou a diversidade genética intraespecífica reconhecida em C. gloeosporioides. Com a técnica de RAPD foi detectada uma maior similaridade genética entre as linhagens. As regiões de microssatélites investigadas, demonstraram alto polimorfismo genético e os introns discriminaram todos as linhagens apenas com o primer (EI-1), e revelaram maior diversidade genética em relação aos outros marcadores moleculares utilizados. As três enzimas de restrição testadas, HaeIII, DraI e MspI evidenciaram a diversidade genética entre as linhagens nos produtos de amplificação dos loci ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com os primers ITS1 e ITS4. Todos os marcadores empregados, foram eficientes em demonstrar o alto grau de polimorfismo genético, constatado pela formação de grupos altamente diversificados, sem apresentar correlação entre os hospedeiros. Os aspectos macroscópicos exibiram uma variação na coloração, textura e segregação de setores nas colônias, e as observações microscópicas demonstraram a formação de estruturas vegetativas e reprodutivas peculiares da espécie. A condição nuclear investigada através da técnica de HCl-Giemsa, evidenciou conídios 100% uninucleados

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genus Scleroderma Pers.: Fr. belongs to Order Boletales, Phylum Basidiomycota, and involves a group of fungi whose spore production occurs in an enclosed hymenium with passive basidiospores release. The main morphological characteristic of this genus are the size and ornamentation of the spores and mycorrhizal association with various tree species. The aim of this study is to identify Scleroderma species of Pampa biome region by using techniques of morphological analysis and molecular biology following specific methodologies. For an accurate analysis of the basidiospore ornamentation, scanning electron microscopy (SEM) was used. The specimens collected were deposited in the Herbarium SMDB of the Department of Biology, Federal University of Santa Maria - UFSM. For the analysis of phylogenetic relationships of selected species of Scleroderma was sequenced the rDNA (ITS1-5.8S-ITS2) region of some specimens collected or obtained from other herbaria for comparison with sequences deposited in GenBank. Two species were identified: S. albidum; S. citrinum and a specimen to genus level (Scleroderma sp.). We have generate 20 new ITS sequences, clustering most of them, in S. albidum clade, contrasting, however, with basidiome morphological variation initially observed; they represent the first records of this species for the ITS region in GenBank database. Sequences in clade S. albidum showed high similarity with some other nominated as S. bovista, S. aurantium and Sceroderma sp. from GenBank so, the latter sequences are considered as conspecific in the clade. S. citrinum clustered together with homonymous sequences from China, United States and Germany being conspedifics, and its basidiomes were the most identifable in study area by their morphological characteristics. The specimen ICN:154625, from Rio Grande do Sul, State nominated as S. verrucosum, showed high similarity with sequences of S. areolatum and were identified under the latter name. The phylogenetic analysis confirms the literature trend on formation of two major infrageneric clades combining, respectively, echinulate spores plus simple-septate hyphae and reticulate spores plus fibulae. Scleroderma sp. appeared phylogenetically isolated from these two main clusters suggesting a probable formation of a new clade combining echinulate spores and fibulae. / O gênero Scleroderma Pers.: Fr. pertence à Ordem Boletales, Filo Basidiomycota, e envolve um grupo de fungos cuja produção dos esporos ocorre em um himênio fechado, com liberação passiva dos basidiósporos. As principais características morfológicas deste gênero são o tamanho e ornamentação dos esporos e a associação micorrízica com várias espécies arbóreas. Este trabalho tem por objetivo buscar a identificação das espécies do gênero Scleroderma de ocorrência no bioma Pampa, utilizando, para esta finalidade, técnicas morfológicas e de moleculares, segundo metodologias específicas para o estudo do grupo. Para a análise inequívoca da ornamentação dos basidiósporos, foi utilizada a Microscopia Eletrônica de Varredura MEV. Os espécimes coletados foram depositados no Herbário SMDB do Departamento de Biologia da Universidade Federal de Santa Maria - UFSM. Para a análise das relações filogenéticas das espécies selecionadas de Scleroderma, foram sequenciadas as regiões ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA de alguns espécimes coletados ou obtidos de outros herbários para comparação com sequências depositadas no GenBank. Duas espécies foram identificadas: S. albidum; S. citrinum e um espécime a nível somente de gênero (Scleroderma sp.). Foram obtidas 20 novas sequencias de ITS, a maioria delas agrupando-se no clado para S. albidum contrapondo a variação morfológica inicialmente verificada nos basidiomas e representando os primeiros registros desta espécie para a região ITS no banco de dados do GenBank; as sequências deste clado também apresentaram alta similaridade com outras do GenBank nominadas como S. bovista, S. aurantium e Scleroderma sp. (da Estônia e Montenegro), permitindo, assim, a retificação nas suas identidades para S. albidum, S. citrinum alinhou com sequências homônimas da China, Estados Unidos e Alemanha mostrando-se conspecíficas, e seus basidiomas podem ser considerados os de mais fácil identificação da área de estudo pelas suas características morfológicas. O espécime ICN:154625, nominado como S. verrucosum, anteriormente citado para o Rio Grande do Sul, mostrou alta similaridade com sequências de S. areolatum do GenBank, formando um clado S. areolatum. A análise filogenética confirma a tendência na literatura para a formação de dois grandes clados infragenéricos combinando, respectivamente, esporos reticulados e hifas fíbuladas ou esporos equinulados e septos simples. Scleroderma sp. isolou-se filogeneticamente dos dois grupos anteriores sugerindo a provável formação de um novo clado combinando com esporos equinulados e hifas fíbuladas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1135397 bytes, checksum: ae470991496aa9e9f575bf2c2ec32c0b (MD5) Previous issue date: 2010-07-27 / Soybean is one of the most important crops used in human and animals food. Fungal endophytes are microorganisms that live inside the plant tissue at some stage of their life cycle without causing apparent disease to the host. Many studies have shown the use of fungal endophytes as agents of biological control of pests and plants diseases, and to improve the plant growth and induce systemic resistance of plants. The goal of this work was to isolate and identify the endophytic fungi from leaves of soybean cultivars Monsoy and Conquista using two method of isolation (tissue fragmentation and extinction cultivation). Furthermore, was determining the species richness and the diversity of fungi and compared between cultivars. 188 morphologically distinct isolates were obtained representing 52 taxa identified by sequencing the ITS region of rDNA. The phylum Ascomycota was the dominant represented by 99 and 96 % of the isolates to Monsoy and Conquista cultivars respectively. Species richness of cultivars Monsoy (31 species) and Conquista (37 species) was greater when both isolation method were used. Diversity of endophytic fungi was similar for both cultivars using the same isolation methods. The nucleotide sequences of the ITS region was used for phylogenetic analysis and allowed the grouping of fungal isolates according to their respective Order (when present), Class and Phylum. This is one of the first studies using the extinction culturing method for endophytic fungal isolation in soybean. / A soja é uma das mais importantes culturas agrícolas mundiais, sendo utilizada principalmente na alimentação humana e de animais. Os fungos endofíticos são micro-organismos que habitam o interior do tecido vegetal durante alguma fase do seu ciclo de vida, mas sem causar doença aparente ao hospedeiro. Muitos trabalhos têm mostrado o potencial do uso de fungos endofíticos como agentes no controle biológico de doenças e pragas em plantas, na indução de resistência sistêmica e na promoção de crescimento vegetal. O objetivo deste estudo foi isolar e identificar os fungos endofíticos de folhas de soja das cultivares Conquista e Monsoy, utilizando duas técnicas de isolamento, a fragmentação do tecido e a técnica de cultivo por extinção, para determinar a riqueza de espécies e comparar a diversidade de fungos encontrados entre as cultivares. Um total de 188 morfotipos foram obtidos representando 52 taxa identificados pela região ITS do rDNA. O filo Ascomycota foi o dominante, representado por 99 e 96 % dos isolados para as cultivares Monsoy e Conquista, respectivamente, enquanto o filo Basidiomycota foi representado por 1 e 4 % dos isolados, para as mesmas cultivares. A riqueza de espécies para a cultivar Monsoy (31 espécies) e para a cultivar Conquista (37 espécies) foi maior quando ambas as técnicas de isolamento foram utilizadas. A diversidade de fungos endofíticos foi semelhante para ambas as cultivares, utilizando a mesma técnica de isolamento. A utilização das sequências da região ITS para a análise filogenética permitiu o agrupamento dos isolados fúngicos de acordo com a sua respectiva Ordem (quando definida), Classe e Filo. Esse é o primeiro trabalho que utiliza a técnica de cultivo por extinção para o isolamento de fungos endofíticos da soja.