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Regressão quantílica: aplicações em seleção genômica ampla / Quantile regression: applications in genome-wide selection

Barroso, Laís Mayara Azevedo 02 February 2018 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-02-27T12:55:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1014245 bytes, checksum: bc632c2f8df9dc848814b664d9b50984 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-27T12:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1014245 bytes, checksum: bc632c2f8df9dc848814b664d9b50984 (MD5) Previous issue date: 2018-02-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A principal contribuição da genética molecular no melhoramento é a utilização direta das informações de DNA no processo de identificação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection – GWS), a qual consiste no uso de um grande número de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma para predizer o mérito genético de indivíduos. Diversas abordagens estatísticas foram propostas para a predição de valores genéticos permitindo estimar os efeitos dos marcadores com base apenas na média condicional da variável dependente. Uma metodologia ainda pouco explorada em GWS é a regressão quantilica (RQ). Diferentemente das outras metodologias, a RQ permite avaliar os fenótipos de interesse em diferentes níveis da distribuição. Desta forma, este trabalho tem como objetivo apresentar duas aplicações de GWS utilizando a RQ. Na primeira aplicação foi proposto e avaliado o uso da Regressão Quantílica Regularizada (RQR) para estimar os efeitos marcadores SNPs para curvas de crescimento em suínos. O modelo proposto permitiu a descoberta, em diferentes níveis de interesse (quantils), de marcadores relevantes para cada característica e suas respectivas posições cromossômicas. Além disso, RQR permitiu a construção de curvas de crescimento genômico, que identificaram indivíduos geneticamente superiores em relação à eficiência de crescimento. Na segunda aplicação utilizou-se a RQR para predizer valores genéticos de conjuntos de dados simulados com diferentes proporções de epistasia na variância genética e valores fenótipos com distribuições simétrica e assimétrica a direita. Neste trabalho verificou-se que a RQR teve, em geral, maiores acurácias do que as outras metodologias avaliadas quando a característica é de baixa herdabilidade. Além disso, quando tem-se 100% da variância genética como sendo epistática, a RQR foi, na maioria dos casos, melhor do que os métodos tradicionais. Desta forma, avaliando as duas aplicações apresentadas, tem-se que a RQR é uma alternativa interessante em estudos de GWS, uma vez que possibilita a descoberta do modelo que melhor representa a relação entre as variáveis dependentes (fenótipos) e independentes (efeitos dos marcadores) aumentando o desempenho preditivo do modelo. / The main contribution of molecular genetics in breeding is the direct use of DNA information in the process of identifying genetically superior individuals. Under this approach, Genome Wide Selection (GWS) was idealized and consists of the use of a large number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) widely distributed in the genome to predict the genetic merit of individuals. Several statistical approaches have been proposed for the prediction of genetic values, however they allow estimating the effects of the markers based only on the conditional mean of the dependent variable. A methodology not yet explored in GWS is quantile regression (QR). Differently from the other methodologies, the QR allows to evaluate the phenotypes of interest in different levels of the distribution. In this way, this work aims to present two applications of GWS using QR. In the first application, the Regulated Quantile Regression (RQR) was proposed and evaluated to estimate the marker effects SNPs for growth curves in pigs. The proposed model allowed the discovery, in different levels of interest (quantiles), of more relevant markers for each trait and their respective chromosomal positions. In addition, RQR allowed the construction of genomic growth curves, which identified genetically superior individuals in relation to growth efficiency. In the second application, the RQR was used to predict genetic values of simulated datasets with different proportions of epistasis in genetic variance and phenotype values with symmetric and positive asymmetric distributions. In this work it was verified that the RQR had, in general, greater accuracies than the other methodologies evaluated when the trait is low heritability. Furthermore, when 100% of the genetic variance is epistatic, RQR was, in most cases, better than traditional methods. Thus, RQR is an interesting alternative in GWS studies, since RQR allows the discovery of the model that best represents the relationship between the dependent (phenotype) and independent (markers effects) increasing the predictive performance of the model.
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Vulnerabilidade de reservatórios em rios de alta variabilidade em um cenário de mudanças climáticas / Vulnerability of resevoirs in rivers of high variability in a scene of climate change

Cysne, Andréa Pereira 27 July 2007 (has links)
CYSNE, A. P. Vulnerabilidade de reservatórios em rios de alta variabilidade em um cenário de mudanças climáticas. 2007. 93 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Civil: Recursos Hídricos) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by João silva (jpauloqxb@gmail.com) on 2016-04-19T19:40:57Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_apcysne.pdf: 713205 bytes, checksum: bcefc0688187046bb0193d7de19bf4bd (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-04-22T14:29:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_apcysne.pdf: 713205 bytes, checksum: bcefc0688187046bb0193d7de19bf4bd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T14:29:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_apcysne.pdf: 713205 bytes, checksum: bcefc0688187046bb0193d7de19bf4bd (MD5) Previous issue date: 2007-07-27 / It is much talked nowadays about the possible climatic changes as a result of the gas emission on the atmosphere. Although it is not a common agreement, a great part of the scientific community believe that an elevation of the measured global temperature will occur, which can provoke, for example, a medium increase on the ocean levels. Associated to this, there is also a consensus that significant transformations will happen on the pluvial and evaporation regimen around the world. However, the quantification of these changes, on specific locations, is still needed more studies, which can allow more conclusive evaluations about the theme. With that been said, this study tried to put some light on this theme, and considering some scenarios of alteration on the precipitation patterns and evaporation (considering liquid evaporation = E-P) it was evaluated the impact of these climatic changes in reservoirs yield at Northeast Semi-Arid of Brazil. whose rivers present high coefficient of variation of the annual emanations. It was observed that in rivers less variable – CV equal to 0,6 and 0,8 – it is necessary that the net evaporation EL increase 60% so that the reservoir can lose about 10% of its regularized outflow. But for rivers with high variability – CV equal to 1,4 and 1,6 – the net evaporation – would need a increase of just 30% so that the reservoir could be the object of the same reduction. It was concluded that, as most of the half-barren northeast’s reservoirs are located on rivers that present variation coefficients of the annual emanations in lathe of 1,2 to 1,6 , a greater attention should be given to these, since it showed sensible enough to the climatic variations. / Fala-se hoje muito sobre as possíveis mudanças climáticas como resultado das emissões de gases na atmosfera. Embora não seja de comum acordo, grande parte da comunidade científica acredita que acontecerá uma elevação na temperatura média global, o qual pode provocar, por exemplo, um aumento médio nos níveis dos oceanos. Associada a isto, há também um consenso de que haverá significativas transformações no regime pluvial e de evaporação em várias partes do planeta. Entretanto, a quantificação dessas mudanças, em locais específicos, ainda necessitam de mais estudos, os quais permitirão avaliações mais conclusivas a respeito do tema. Sendo assim, o presente trabalho procurou jogar um pouco de luz neste tema e, considerando alguns cenários de alteração nos padrões de precipitação e evaporação (considerando a evaporação líquida = E-P), avaliou os impactos destas mudanças climáticas na vazão regularizada de reservatórios no Nordeste semi-árido, cujos rios apresentam altos coeficiente de variação dos deflúvios anuais. Observou-se que em rios menos variáveis – CV iguais a 0,6 e 0,8 – é necessário que a lâmina líquida (EL) aumente 60% para que o reservatório perca cerca de 10% de sua vazão regularizada. Já para rios de maior variabilidade - CV iguais a 1,4 e 1,6 – a lâmina líquida precisaria de um aumento de apenas 30%, para que o reservatório fosse objeto desta mesma redução. Concluiu-se, portanto, que como a maioria dos reservatórios do Nordeste semi-árido localiza-se em rios que apresentam coeficientes de variação dos deflúvios anuais em torno de 1,2 a 1,6, uma atenção maior deverá ser dada aos mesmos, uma vez que se mostraram bastante sensíveis as variações climáticas.
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Processamento de dados sísmicos e estimativa de parâmetros em meios anisotrópicos com novas aproximações da velocidade de fase

Ortega, Franciso Gamboa 29 June 2018 (has links)
Submitted by Júlio Leão Brandão (jlbrandao@ufba.br) on 2018-08-21T16:58:01Z No. of bitstreams: 1 Tese Francisco Gamboa Ortega_Versão Final.pdf: 18212873 bytes, checksum: 68105099755dc5b12eaaa382f396aee6 (MD5) / Approved for entry into archive by NUBIA OLIVEIRA (nubia.marilia@ufba.br) on 2018-09-25T20:51:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Francisco Gamboa Ortega_Versão Final.pdf: 18212873 bytes, checksum: 68105099755dc5b12eaaa382f396aee6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-25T20:51:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Francisco Gamboa Ortega_Versão Final.pdf: 18212873 bytes, checksum: 68105099755dc5b12eaaa382f396aee6 (MD5) / O método da análise de velocidade convencional estima um parâmetro chamado de velocidade de Normal Moveout ou NMO que corresponde à combinação da velocidade vertical da onda P (vpz) e do parâmetro de Thomsen δ. A não consideração do efeito deste parâmetro separadamente causaria erros na conversão tempo profundidade. Os erros poderiam ser atenuados com a obtenção da velocidade vpz a partir da informação de poço, mas muitas vezes não é disponível. Nesta tese propomos uma estimativa conjunta da velocidade vpz e dos parâmetros de Thomsen. Para tanto, esses valores serão obtidos utilizando novas aproximações do tempo de reflexão em meios Transverse Isotropic através de uma inversão determinística com regularização. Os resultados destas inversões serão validados utilizando as distribuições bidimensionais estimadas na etapa da migração em profundidade, testados em modelos sintéticos de multicamadas homogêneas e heterogêneas. As expressões para o tempo de reflexão utilizadas na inversão são obtidas por meio de aproximações racionais da velocidade de fase. A principal vantagem das aproximações propostas é que algumas delas são expressões analíticas bastante simples, que as tornam fáceis de serem utilizadas, e ao mesmo tempo têm uma qualidade igual ou maior das expressões já estabelecidas na literatura. Além disso, permitem ser generalizadas de aproximações para o tempo de reflexão em meios acústicos com anisotropia Vertical Transverse Isotropic para aproximações do tempo de reflexão em meios quase-acústicos com anisotropias dos tipos Tilted Transverse Isotropic e ortorrômbico. Também, foi realizada uma comparação das estimativas de velocidade NMO de duas metodologias que não dependem dos parâmetros anisotrópicos e sim da heterogeneidade do meio, utilizando um dado 2-D da Bacia do Jequitinhonha que apresenta comportamento anisotrópico. Os resultados mostraram que incluir os efeitos da anisotropia no processamento de dados sísmicos produz resultados mais consistentes que a abordagem convencional, uma vez que esta última ignora a anisotropia do meio.
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Vulnerabilidade de ReservatÃrios em Rios de Alta Variabilidade em um CenÃrio de MudanÃas ClimÃticas / Vulnerability of Resevoirs in Rivers of High Variability in a Scene of Climate Change

Andrea Pereira Cysne 27 July 2007 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Fala-se hoje muito sobre as possÃveis mudanÃas climÃticas como resultado das emissÃes de gases na atmosfera. Embora nÃo seja de comum acordo, grande parte da comunidade cientÃfica acredita que acontecerà uma elevaÃÃo na temperatura mÃdia global, o qual pode provocar, por exemplo, um aumento mÃdio nos nÃveis dos oceanos. Associada a isto, hà tambÃm um consenso de que haverà significativas transformaÃÃes no regime pluvial e de evaporaÃÃo em vÃrias partes do planeta. Entretanto, a quantificaÃÃo dessas mudanÃas, em locais especÃficos, ainda necessitam de mais estudos, os quais permitirÃo avaliaÃÃes mais conclusivas a respeito do tema. Sendo assim, o presente trabalho procurou jogar um pouco de luz neste tema e, considerando alguns cenÃrios de alteraÃÃo nos padrÃes de precipitaÃÃo e evaporaÃÃo (considerando a evaporaÃÃo lÃquida = E-P), avaliou os impactos destas mudanÃas climÃticas na vazÃo regularizada de reservatÃrios no Nordeste semi-Ãrido, cujos rios apresentam altos coeficiente de variaÃÃo dos deflÃvios anuais. Observou-se que em rios menos variÃveis â CV iguais a 0,6 e 0,8 â à necessÃrio que a lÃmina lÃquida (EL) aumente 60% para que o reservatÃrio perca cerca de 10% de sua vazÃo regularizada. Jà para rios de maior variabilidade - CV iguais a 1,4 e 1,6 â a lÃmina lÃquida precisaria de um aumento de apenas 30%, para que o reservatÃrio fosse objeto desta mesma reduÃÃo. Concluiu-se, portanto, que como a maioria dos reservatÃrios do Nordeste semi-Ãrido localiza-se em rios que apresentam coeficientes de variaÃÃo dos deflÃvios anuais em torno de 1,2 a 1,6, uma atenÃÃo maior deverà ser dada aos mesmos, uma vez que se mostraram bastante sensÃveis as variaÃÃes climÃticas. / It is much talked nowadays about the possible climatic changes as a result of the gas emission on the atmosphere. Although it is not a common agreement, a great part of the scientific community believe that an elevation of the measured global temperature will occur, which can provoke, for example, a medium increase on the ocean levels. Associated to this, there is also a consensus that significant transformations will happen on the pluvial and evaporation regimen around the world. However, the quantification of these changes, on specific locations, is still needed more studies, which can allow more conclusive evaluations about the theme. With that been said, this study tried to put some light on this theme, and considering some scenarios of alteration on the precipitation patterns and evaporation (considering liquid evaporation = E-P) it was evaluated the impact of these climatic changes in reservoirs yield at Northeast Semi-Arid of Brazil. whose rivers present high coefficient of variation of the annual emanations. It was observed that in rivers less variable â CV equal to 0,6 and 0,8 â it is necessary that the net evaporation EL increase 60% so that the reservoir can lose about 10% of its regularized outflow. But for rivers with high variability â CV equal to 1,4 and 1,6 â the net evaporation â would need a increase of just 30% so that the reservoir could be the object of the same reduction. It was concluded that, as most of the half-barren northeastâs reservoirs are located on rivers that present variation coefficients of the annual emanations in lathe of 1,2 to 1,6 , a greater attention should be given to these, since it showed sensible enough to the climatic variations.
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Modelos Efetivos para o Elétron / Effective Models for the Electron

Santos, Roberto Baginski Batista 16 October 2003 (has links)
Apresentamos dois modelos para o elétron na eletrodinâmica clássica que incorporam alguns efeitos da eletrodinâmica quântica. No primeiro modelo, o elétron é tratado como uma partícula extensa como conseqüência das oscilações de alta-freqüência (Zitterbewegung) que sua carga elétrica realiza. Mostramos que este modelo prevê corretamente a magnitude do spin do elétron e lhe atribui o mesmo fator giromagnético previsto pela equação de Dirac sem correções radiativas. Neste modelo, a auto-energia do elétron diverge logaritmicamente como resultado da distribuição extensa de sua carga elétrica. No segundo modelo, a criação de pares virtuais em torno do elétron é levada em conta por uma generalização da lagrangeana do campo eletromagnético que respeita as simetrias da eletrodinâmica clássica. Esta generalização altera a interação entre o elétron e o campo eletromagnético em pequenas distâncias e permite que a auto-força de uma partícula puntiforme seja determinada de modo consistente. Mostramos que as soluções da equação de movimento resultante não apresentam auto-aceleração nem pré-aceleração, sendo consistentes com a causalidade. / We present two models for the electron in classical electrodynamics, which include some effects from quantum electrodynamics. In the first model, the electron is treated as an extended particle owing to the high-frequency oscillations (Zitterbewegung) of its electrical charge. We show that this model predicts correctly the magnitude of the electron spin and it gives the electron the same gyromagnetic factor as predicted by Dirac equation without radiative corrections. In this model, the electron self-energy has a logarithmic divergence due to the extended distribution of its electric charge. In the second model, virtual pair creation around the electron is taken into account by a generalization of the lagrangian for the electromagnetic field that preserves the symmetries of classical electrodynamics. This generalization changes the interaction of the electron with the electromagnetic field at small distances and allows us to evaluate the self-force of a point particle in a consistent way. We show that the solutions of the derived equation of motion do not exhibit self-acceleration nor pre-acceleration, being consistent with causality.
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Modelos Efetivos para o Elétron / Effective Models for the Electron

Roberto Baginski Batista Santos 16 October 2003 (has links)
Apresentamos dois modelos para o elétron na eletrodinâmica clássica que incorporam alguns efeitos da eletrodinâmica quântica. No primeiro modelo, o elétron é tratado como uma partícula extensa como conseqüência das oscilações de alta-freqüência (Zitterbewegung) que sua carga elétrica realiza. Mostramos que este modelo prevê corretamente a magnitude do spin do elétron e lhe atribui o mesmo fator giromagnético previsto pela equação de Dirac sem correções radiativas. Neste modelo, a auto-energia do elétron diverge logaritmicamente como resultado da distribuição extensa de sua carga elétrica. No segundo modelo, a criação de pares virtuais em torno do elétron é levada em conta por uma generalização da lagrangeana do campo eletromagnético que respeita as simetrias da eletrodinâmica clássica. Esta generalização altera a interação entre o elétron e o campo eletromagnético em pequenas distâncias e permite que a auto-força de uma partícula puntiforme seja determinada de modo consistente. Mostramos que as soluções da equação de movimento resultante não apresentam auto-aceleração nem pré-aceleração, sendo consistentes com a causalidade. / We present two models for the electron in classical electrodynamics, which include some effects from quantum electrodynamics. In the first model, the electron is treated as an extended particle owing to the high-frequency oscillations (Zitterbewegung) of its electrical charge. We show that this model predicts correctly the magnitude of the electron spin and it gives the electron the same gyromagnetic factor as predicted by Dirac equation without radiative corrections. In this model, the electron self-energy has a logarithmic divergence due to the extended distribution of its electric charge. In the second model, virtual pair creation around the electron is taken into account by a generalization of the lagrangian for the electromagnetic field that preserves the symmetries of classical electrodynamics. This generalization changes the interaction of the electron with the electromagnetic field at small distances and allows us to evaluate the self-force of a point particle in a consistent way. We show that the solutions of the derived equation of motion do not exhibit self-acceleration nor pre-acceleration, being consistent with causality.
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InfluÃncia da forma do assoreamento na vazÃo regularizada de reservatÃrios do Estado do Cearà / Influence of silting in the form regulated flow of the State of Cearà reservoirs

Jody Campos 26 February 2015 (has links)
Este trabalho apresenta uma avaliaÃÃo da influÃncia das diferentes formas de deposiÃÃo da massa assoreada em reservatÃrios do Estado do CearÃ, e os seus impactos na vazÃo regularizada. Foram investigadas trÃs formas distintas de assoreamento, denominadas neste trabalho de alfa 1 1), alfa 2 () e alfa 3 (3). ApÃs definiÃÃo dessas formas, foram construÃdas Curvas Cota x Ãrea x Volume (CAVs) dos reservatÃrios. Com o uso do programa Simres para simulaÃÃo hidrolÃgica de reservatÃrios foi possÃvel comparar as informaÃÃes de projeto com a situaÃÃo atual dos reservatÃrios, e avaliar quanto os mesmos perderam em oferta de vazÃo regularizada. Apresenta-se tambÃm uma avaliaÃÃo do assoreamento e de seus impactos para condiÃÃes futuras (50 e 100 anos), de forma a se promover um planejamento mais preciso na gestÃo dos recursos hÃdricos. Selecionou-se cinco reservatÃrios estratÃgicos do Estado do Cearà Ãros, BanabuiÃ, Cedro, Fogareiro e Pedras Brancas, destes, existe reservatÃrios com mais de cem anos de concluÃdo. Obteve-se para os modelos alfa 1 e alfa 2 resultados semelhantes, mostrando pouca diferenÃa entre estes dois modelos, porÃm para o modelo alfa 3 os resultados sÃo bastante diferentes dos outros dois, e com impactos significativos em termos de perda de vazÃo regularizada. Os resultados mostram a importÃncia de acompanhar os reservatÃrios e ver como os mesmos estÃo assoreando. / This paper presents an evaluation of the influence of different forms of deposition silted mass of Cearà reservoirs, and their impact on the regulated flow. We investigated three different forms of silting, called this work of alpha 1 1), alpha 2 () and alpha 3 (3). After defining these forms, curves were constructed Cota x Area x Volume (VACs) reservoirs. Using the Simres program for hydrological reservoir simulation was possible to compare project information with the current situation of the reservoirs, and assess how much they lost in supply of regulated flow. Furthermore, it presents an evaluation of silting and its impact on future conditions (50 to 100 years) in order to promote a more accurate planning in the management of water resources. Was selected five strategic reservoirs of Cearà State Ãros, BanabuiÃ, Cedar, Cooker and White Stones, of whom there Shells of more than a hundred years completed. Was obtained for alpha 1 and alpha 2 models similar results, showing little difference between these two models, but for the alpha 3 model the results are quite different from the other two and with significant impact in terms of loss of regulated flow. The results show the importance of monitoring the tanks and see how they are silting.

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