Les salmonidés sont des poissons territoriaux en rivière, soumis à une compétition intense pour l'habitat et la ressource trophique dès les plus jeunes stades. Ces interactions exercent une influence sur la mortalité, la migration et la croissance, avec des intensités variables en fonction de l'ontogénie et des facteurs environnementaux. En Suisse, la truite Salmo trutta L. est l'espèce la plus prisée par les pêcheurs amateurs. La majeure partie des populations fait l'objet de rempoissonnements à partir de juvéniles " estivaux " relâchés au cours de leur premier été. L'élevage en pisciculture peut avoir des effets néfastes sur la diversité génétique et la fitness des poissons introduits dans le milieu naturel. En outre, ces individus sont susceptibles d'affecter la dynamique des populations sauvages. Certains comportements (agressivité, comportement anti-prédateur) ont été étudiés en milieu contrôlé, mais les conséquences ont rarement été mesurées en milieu naturel. Ce travail de thèse vise à évaluer l'intensité des mécanismes biotiques ou densité-dépendants entre des truites sauvages et introduites sur la base d'expérimentations en rivière. Les interactions biotiques ont d'abord été décrites au stade juvénile dans une population naturelle résidente. Puis, des expérimentations ont été menées en milieu contrôlé et in situ pour évaluer l'efficacité et les limites de deux méthodes de marquages utilisables sur des jeunes stades de truites : un marquage fluorescent à détection externe utilisant la calcéine et un marquage individuel par implantation de PIT tag. Ces techniques ont été employées pour évaluer les effets de la densité et de la taille des poissons introduits sur les juvéniles sauvages, à partir d'investigations conduites in situ dans trois rivières contrastées. Enfin, les résultats des différentes expériences de marquage-recaptures ont été utilisés pour modéliser la mortalité apparente des poissons introduits comparativement aux poissons sauvages, et rechercher les facteurs environnementaux susceptibles d'expliquer la variabilité observée. Les résultats montrent l'importance de la régulation densité-dépendante sur la survie apparente (ou taux de changement) et sur la taille des poissons sauvages, ainsi que les interactions entre la densité et les facteurs environnementaux, en particulier le débit. Dans les cours d'eau soumis à repeuplement, la survie des poissons sauvages est généralement bien supérieure à celle des poissons introduits, excepté dans le cours d'eau à faible pente. L'augmentation de la densité introduite n'influence pas directement la survie des poissons introduits ni celle des poissons sauvages, mais peut augmenter la dévalaison des individus des deux origines. En agglomérant les données de marquage-recaptures collectées dans sept rivières, les résultats indiquent une augmentation de la mortalité apparente initiale (dans les premiers jours suivant l'alevinage) des juvéniles introduits en fonction de la densité repeuplée et de la largeur du cours d'eau. Les caractéristiques morphologiques des cours d'eau influencent également la surmortalité apparente des poissons introduits sur le long terme. Ces résultats doivent être confirmés sur la base d'expérimentations de marquage-recaptures couplés à des relevés environnementaux détaillés.

Les salmonidés sont des poissons territoriaux en rivière, soumis à une compétition intense pour l'habitat et la ressource trophique dès les plus jeunes stades. Ces interactions exercent une influence sur la mortalité, la migration et la croissance, avec des intensités variables en fonction de l'ontogénie et des facteurs environnementaux. En Suisse, la truite Salmo trutta L. est l'espèce la plus prisée par les pêcheurs amateurs. La majeure partie des populations fait l'objet de rempoissonnements à partir de juvéniles « estivaux », relâchés au cours de leur premier été. L'élevage en pisciculture de ces individus issus de géniteurs captifs, peut avoir des effets néfastes sur la diversité génétique des populations ainsi que sur la fitness des poissons introduits et celle de leurs descendants. En outre, ces individus sont susceptibles d'affecter la dynamique des populations natives. Certains comportements (agressivité, comportement anti-prédateur ont déjà été analysés en milieu contrôlé, mais les conséquences ont rarement été mesurées précisément en milieu naturel.Ce travail de thèse consiste à évaluer l'intensité des mécanismes biotiques ou densité-dépendants entre poissons natifs et poissons introduits sur la base d'expérimentations en rivière. Les interactions biotiques ont d'abord été décrites au stade juvénile dans une population naturelle résidente. Puis, des expérimentations ont été menées en milieu contrôlé et in situ pour évaluer l'efficacité et les limites de deux méthodes de marquages utilisables sur des jeunes stades de truites : l'implantation de PIT tag et un marquage fluorescent à détection externe utilisant la calcéine. Ces techniques ont été employées pour évaluer les effets de la densité et de la taille des poissons introduits sur les juvéniles sauvages, à partir d'investigations conduites in situ dans trois rivières contrastées. Enfin, les résultats des différentes expériences de marquage-recaptures ont été utilisés pour modéliser la mortalité des poissons introduits, comparativement aux poissons natifs, et rechercher les facteurs environnementaux déterminant la survie.Les résultats montrent l'importance de la régulation densité-dépendante sur la survie apparente (ou taux de recapture) et la croissance des poissons natifs, et les interactions de ces mécanismes avec les facteurs environnementaux, en particulier le débit. Dans les cours d'eau soumis à repeuplement, la survie des poissons natifs est généralement bien supérieure à celle des poissons introduits, excepté dans le cours d'eau à faible pente. La densité introduite n'influence pas directement la survie des poissons introduits et des poissons natifs, mais peut augmenter la dévalaison des individus des deux origines. En agglomérant les données de survie apparente collectées dans les sept rivières de cette étude, les résultats indiquent une augmentation de la mortalité initiale des juvéniles introduits en fonction de la densité. Les caractéristiques morphologiques des cours d'eau influencent à la fois la mortalité initiale et la surmortalité des poissons introduits sur le long terme. Ces résultats doivent être confirmés sur la base d'expérimentations de marquages-recaptures couplés à des relevés environnementaux détaillés. / Stream-dwelling salmonids are territorial; from early-life stages they undergo intense competition for habitat and food. These interactions may affect mortality, migration and growth, at variable intensities in function of ontogeny and environmental factors. In Switzerland, brown trout Salmo trutta L. is the most favoured species by anglers. Most of the populations are subjected to stocking of juveniles, released during their first summer (“summerlings”). The rearing in hatcheries of these individuals, which are the progeny of captive broodstock, can have deleterious effects on the genetic diversity of the populations as well as on the fitness of the introduced fish and their offspring. In addition, these individuals are bound to affect the native population dynamics. Some behaviours (aggression and predator avoidance) have already been studied under controlled conditions, but the consequences have rarely been accurately measured in a natural environment.This thesis aimed to evaluate the intensity of the biotic, i.e. density-dependant, mechanisms between wild and stocked fish through a series of experiments in various rivers. The biotic interactions at the juvenile stage were first described in a natural resident population. Thereafter a series of experiments were carried out in controlled and natural environments to evaluate the efficiency and limitations of two marking techniques suitable for young trout: the implantation of a PIT tag and an externally detectable fluorescent marker using calcein. Both techniques were used to evaluate the effects of density and size of the stocked fish on the wild juveniles, through in situ investigations in three contrasted rivers. Finally the results of the various marking-recapture experiments were used to model the mortality of stocked versus wild fish, and to find the environmental factors that define survival.The results show the importance of the density-dependant regulation on the apparent survival, i.e. recapture rate, and the growth of wild fish, as well as the interactions of these mechanisms with environmental factors, especially water flow. In the rivers subjected to stocking, survival of the native fish is usually much greater than for introduced fish, except in the river with low slope. The stocked density does not influence directly the survival of both stocked and wild fish, but can increase the downstream movement of individuals of both origins. By combining apparent survival data collected from seven streams in this study, results show a density-dependent effect on the initial mortality of stocked juveniles. The morphological characteristics of the rivers influence both initial mortality and delayed over-mortality of the stocked fish. These results must be corroborated through supplementary marking-recapture experiments coupled with detailed environmental records.

Ce travail vise une meilleure compréhension de l'adaptation aux conditions d'élevage par une approche comportementale basée sur la comparaison de diverses populations de téléostéens pour trois espèces, l'une marine, le bar (Dicentrarchus labrax), les deux autres d'eau douce, l'omble chevalier (Salvelinus alpinus) et la truite commune (Salmo trutta). La thèse s'articule en deux parties qui ont permis : 1) de tester des facteurs biotiques et abiotiques sélectionnés en fonction de leur importance en élevage du bar et de l'omble chevalier. 2) de caractériser les effets de la domestication sur le comportement par le biais d'une comparaison entre des bars ou des truites sauvages et domestiqués à des âges différents et dans des contextes variables (challenges, labyrinthe). Dans la première partie, les travaux réalisés sur l'omble chevalier ont montré que la présence d'un refuge artificiel durant la phase de nutrition endogène induisait une forte diminution de la mobilité accompagnée de meilleures performances de croissance et d'une survie plus importante, que la taille de l'œuf et l'environnement social jouaient un rôle important sur le comportement alimentaire et la mobilité des juvéniles dans les semaines qui suivent la première nutrition exogène. Les travaux réalisés sur le bar ont montré qu'un aliment végétal ne modifiait pas les capacités d'apprentissage en condition d'auto-alimentation ni leurs capacités cognitives en situation de test en labyrinthe, mais qu'il semble réduire l'activité de nage et la libération à court terme du cortisol. Une autre expérience a montré que la pratique du tri et l'environnement social qui en résulte, en conditions d'auto-alimentation, a peu d'influence sur la demande, le rythme, le gaspillage alimentaires, la structure sociale, les performances de croissance et le statut physiologique. Une période de trois semaines de jeûne, enfin, ne modifie pas la structure sociale et les manipulateurs principaux sont les mêmes avant et après cette période, ce qui pourrait être lié à l'existence de traits de personnalité basés sur le pourcentage d'activation de la tige tactile du dispositif d'auto-alimentation. Dans la seconde partie de la thèse, l'expérience sur la truite a mis en évidence un effet de la domestication sur l'activité de nage avant et après application d'un stress lumineux, en utilisant un matériel biologique contrôlé par génotypage (vitesse angulaire plus élevée chez les individus sauvages, vitesse moyenne et distance parcourue plus importantes chez les individus domestiqués). Les expériences réalisées sur le bar ont comparé des populations sauvages capturées à l'état larvaire dans le milieu naturel à des populations standard industrielles. La première a montré l'influence combinée de l'âge et de mécanismes d'ordre ontogénique sur l'activité de nage et le taux de réponse de fuite (diminution chez les deux catégories de larve). L'impact de la domestication se traduit par des différences entre individus sauvages et domestiquées (vitesse angulaire et vigilance plus élevés chez les individus sauvages). En situation de labyrinthe, la domestication ne semble pas avoir d'influence sur le grégarisme et la cognition chez le bar, mais il existe une forte variabilité individuelle. La discrimination de la familiarité, enfin, n'a pu être mise en évidence que chez les individus domestiqués.L'approche comportementale a permis de révéler une plasticité en réponse à quelques facteurs abiotiques et abiotiques, qui constitue un véritable levier adaptatif pour les téléostéens en élevage. L'effet de la domestication sur le comportement a également été démontré ainsi que l'influence de l'âge et des mécanismes ontogéniques dont la nature reste à déterminer. Cette thèse s'inscrit dans la lignée des travaux qui vise à sélectionner les téléostéens sur leurs traits de personnalité dans l'optique d'une adaptation optimale en élevage ou dans la perspective de programmes de repeuplement.

Malgré leur rôle fonctionnel au sein des écosystèmes coralliens, les populations de bénitiers (Tridacninae) sont en déclin à travers le monde en raison de leur surexploitation. En Nouvelle-Calédonie, 1 à 9 tonnes sont prélevées par an. Dans ce contexte, cette thèse a pour principaux objectifs de fournir des indications quant aux connectivités démographiques et évolutives des populations de deux espèces de bénitiers en Nouvelle-Calédonie, Tridacna maxima et Hippopus hippopus afin d'estimer les échelles spatiales de dispersion larvaire, comprendre leur dynamique et proposer des mesures de conservation adaptées. La connectivité des populations a été estimée via l'analyse de marqueurs génétiques microsatellites spécifiquement développés pour ces deux espèces. L'échantillonnage a permis l'identification de deux nouvelles espèces en Nouvelle-Calédonie. A l'échelle d'un récif et de quelques kilomètres, les tests de parenté montrent des taux d'auto-recrutement variables, jusqu'à 8% pour T. maxima dans le lagon sud-ouest et 29% pour H. hippopus dans le lagon nord-est. Les échelles spatiales de dispersion larvaire varient selon les espèces, jusqu'à au moins 35km pour H. hippopus. A l'échelle du territoire, les populations de bénitiers sont peu structurées, indiquant une connectivité évolutive certaine. Néanmoins, des différences significatives ont été observées entre la Grande Terre et Chesterfield, les Iles Loyautés et les atolls d'Entrecasteaux pour H. hippopus et entre la côte ouest et les Îles Loyautés pour T. maxima. Ces résultats fournissent d'importants éléments de réponse relatifs aux échelles spatiales de dispersion des bénitiers en Nouvelle-Calédonie. / Despite their functional role in coral reef ecosystems, giant clams (Tridacninae) are in decline worldwide due to their overexploitation. In New Caledonia, 1 to 9 tons are harvested per year. In this context, the main objectives of this thesis are to provide information about the demographic and evolutionary population’s connectivity for two species of giant clams in New Caledonia, Tridacna maxima and Hippopus hippopus, in order to estimate the spatial scales of larval dispersal, understand their population dynamics and propose appropriate conservation measures. The connectivity of populations was estimated by analyzing microsatellite genetic markers specifically developed for these two species. Sampling allowed the identification of two new species in New Caledonia. At reef scale and up to a few kilometers, parentage analysis showed that giant clam populations have varying self-recruitment rates, up to 8% for T. maxima in southwest lagoon and 29% for H. hippopus in northeastern lagoon. The spatial scales of larval dispersal varied for the two species, up to at least 35km for H. hippopus. At the scale of the territory, giant clam populations showed a weak genetic structure, highlighting evolutionary connectivity among sampled sites. However, significant differences were observed between the Mainland and Chesterfield, Loyalty Islands and Entrecasteaux for H. hippopus and between the west coast and the Loyalty Islands for T. maxima. These results provide important answers related to the spatial scales of larval dispersal in giant clams in New Caledonia.

Ce travail vise une meilleure compréhension de l’adaptation aux conditions d’élevage par une approche comportementale basée sur la comparaison de diverses populations de téléostéens pour trois espèces, l’une marine, le bar (Dicentrarchus labrax), les deux autres d’eau douce, l’omble chevalier (Salvelinus alpinus) et la truite commune (Salmo trutta). La thèse s’articule en deux parties qui ont permis : 1) de tester des facteurs biotiques et abiotiques sélectionnés en fonction de leur importance en élevage du bar et de l’omble chevalier. 2) de caractériser les effets de la domestication sur le comportement par le biais d’une comparaison entre des bars ou des truites sauvages et domestiqués à des âges différents et dans des contextes variables (challenges, labyrinthe). Dans la première partie, les travaux réalisés sur l’omble chevalier ont montré que la présence d’un refuge artificiel durant la phase de nutrition endogène induisait une forte diminution de la mobilité accompagnée de meilleures performances de croissance et d’une survie plus importante, que la taille de l’œuf et l’environnement social jouaient un rôle important sur le comportement alimentaire et la mobilité des juvéniles dans les semaines qui suivent la première nutrition exogène. Les travaux réalisés sur le bar ont montré qu’un aliment végétal ne modifiait pas les capacités d’apprentissage en condition d’auto-alimentation ni leurs capacités cognitives en situation de test en labyrinthe, mais qu’il semble réduire l’activité de nage et la libération à court terme du cortisol. Une autre expérience a montré que la pratique du tri et l’environnement social qui en résulte, en conditions d’auto-alimentation, a peu d’influence sur la demande, le rythme, le gaspillage alimentaires, la structure sociale, les performances de croissance et le statut physiologique. Une période de trois semaines de jeûne, enfin, ne modifie pas la structure sociale et les manipulateurs principaux sont les mêmes avant et après cette période, ce qui pourrait être lié à l’existence de traits de personnalité basés sur le pourcentage d’activation de la tige tactile du dispositif d’auto-alimentation. Dans la seconde partie de la thèse, l’expérience sur la truite a mis en évidence un effet de la domestication sur l’activité de nage avant et après application d’un stress lumineux, en utilisant un matériel biologique contrôlé par génotypage (vitesse angulaire plus élevée chez les individus sauvages, vitesse moyenne et distance parcourue plus importantes chez les individus domestiqués). Les expériences réalisées sur le bar ont comparé des populations sauvages capturées à l’état larvaire dans le milieu naturel à des populations standard industrielles. La première a montré l’influence combinée de l’âge et de mécanismes d’ordre ontogénique sur l’activité de nage et le taux de réponse de fuite (diminution chez les deux catégories de larve). L’impact de la domestication se traduit par des différences entre individus sauvages et domestiquées (vitesse angulaire et vigilance plus élevés chez les individus sauvages). En situation de labyrinthe, la domestication ne semble pas avoir d’influence sur le grégarisme et la cognition chez le bar, mais il existe une forte variabilité individuelle. La discrimination de la familiarité, enfin, n’a pu être mise en évidence que chez les individus domestiqués.L’approche comportementale a permis de révéler une plasticité en réponse à quelques facteurs abiotiques et abiotiques, qui constitue un véritable levier adaptatif pour les téléostéens en élevage. L’effet de la domestication sur le comportement a également été démontré ainsi que l’influence de l’âge et des mécanismes ontogéniques dont la nature reste à déterminer. Cette thèse s’inscrit dans la lignée des travaux qui vise à sélectionner les téléostéens sur leurs traits de personnalité dans l’optique d’une adaptation optimale en élevage ou dans la perspective de programmes de repeuplement. / The present work aims at a better understanding of the adaptation to farming conditions through a behavioural approach based on the comparison between wild vs. domesticated populations of three species: a marine species, sea bass (Dicentrarchus labrax), two freshwater species, arctic charr (Salvelinus alpinus) and brown trout (Salmo trutta). The thesis is divided into two parts which objectives were : 1) to test the impact of biotic and abiotic factors selected based on their importance in aquaculture on sea bass and artic charr behavioural plasticity (behavioural modifications in response to environmental changes). 2) to characterize the domestication effect on behaviour through the comparison between wild vs. domesticated sea bass and brown trout at different ages and under different experimental conditions (challenges, maze).In the first part, experiments performed on arctic charr showed that an artificial shelter induced a lower mobility, better growth performances and a higher level of survival during the endogenous feeding period, that egg size and social environment play an important role on feeding behaviour and mobility during the weeks following the first exogenous feeding period. These results illustrated behavioural flexibility in response to abiotic and biotic factors. The findings could be used to improve culture performances and welfare of arctic charr. The experiments performed on sea bass showed that a plant-based diet do neither modify the learning abilities under self-feeding conditions nor the cognition under a test situation in a maze, but has an impact on swimming activity (the mean velocity decreased and the total distance travelled decreased) and on the short-term release of cortisol (plasmatic concentration lower than the control group). Another experiment showed that, under self-feeding conditions, size grading and the resulting social environment have no major influence on feed-demand, feeding rhythm, food wastage, social structure, growth performances and physiological status. At last, a three-week fasting period does not modify the social structure and high-triggering fish are exactly the same individuals before and after the fasting period. Individual’s triggering activity levels could therefore be considered as personality traits but further research is needed to verify this hypothesis.In the second part of the thesis, the experiment performed on brown trout showed an impact of domestication on swimming activity before and after a light-elicited stress, using a biological material controlled by genotyping. Angular velocity was higher in wild fish while mean velocity and total distance travelled were higher in domesticated fish. All the experiments carried out on sea bass compared wild-caught fish (from the larval stage) to domesticated fish (industrial standard). The first one showed the interplay of age and ontogeny on swimming activity and escape response rate. These variables decreased in fish from both origins. The impact of domestication was shown through differences between wild-caught and domesticated larvae (angular velocity and vigilance level higher in wild fish). They showed that domestication has no influence on gregarism, and cognition in sea bass but there was a high individual variability. The ability to discriminate familiarity was shown only in domesticated fish. The behavioural approach developed in this thesis was demonstrated to be relevant to reveal plasticity in response to a few abiotic and biotic factors among the numerous ones that remain to be investigated. Plasticity plays an important role in the adaptation of fish to culture conditions. Domestication impact on behaviour was also demonstrated as well as the interplay of age and ontogeny. This thesis followed the path and brings new insights for research programs targeting fish selection based upon personality traits in order to improve adaptation for aquaculture or restocking purposes.

La dispersion, caractérisée par les mouvements d’individus dans l’espace et dans le temps, conduit à la production d’un flux de gènes et permet la connectivité des populations. Comprendre les facteurs qui façonnent les flux de gènes et la structuration des populations est d’une importance capitale pour améliorer les pratiques de gestion et de conservation des espèces. Celles caractérisées par une anadromie facultative, telles que la truite commune (Salmo trutta L.), sont des modèles de choix pour étudier le rôle de la diversité écotypique et comportementale, sous l’effet des activités anthropiques, sur le fonctionnement des populations. En utilisant la génétique des populations cette thèse se propose donc d’analyser la structuration des populations de la truite commune dans le fond du Golfe de Gascogne mais également de déterminer l’influence combinée de la dispersion de la truite de mer, de son comportement reproducteur et des activités anthropiques (repeuplements, transport de reproducteur) sur leur fonctionnement. Cette thèse aborde également la contribution des populations de truites communes (via leur origine natale) au stock de truites de mer capturées par la pêche professionnelle, sur le même site d’étude, en couplant de la génétique des populations et de la microchimie des otolithes. Nos résultats montrent une structuration génétique forte des populations de truite commune avec la présence de sept populations distinctes dans le bassin de l’Adour. Ceci semble être en partie expliqué par un comportement marqué de fidélité au site de naissance des truites de mer, couplé à un mouvement directionnel de celles-ci du sud (Espagne) vers le nord qui ne semble pas résulter en une dispersion effective (i.e. mouvement suivi d’une reproduction). En outre, les repeuplements récents, semblent impacter faiblement la structuration génétique des populations sauvages. Certains flux de gènes détectés localement semblent être dus à d’autres activités anthropiques, telles que le transport de reproducteurs. Les truites de mer capturées par la pêche professionnelle proviennent majoritairement de la population du gave d’Oloron et peu des populations des Nives et du Gave de Pau. La raison pourrait se trouver en premier lieu dans le fait que le Gave de Pau est fortement impacté par la présence de barrières à la migration et en second lieu dans les différences phénotypiques (taille plus petite) présentées par les truites de mer des Nives, par rapport à celle des gaves. Ceci suggère donc une différenciation de cette population et peut expliquer que la pêche professionnelle les capture dans une moindre proportion. Cette thèse a d’autre part pu démontrer les difficultés dans l’assignation d’une origine natale via la génétique lorsque les signatures génétiques sont relativement proches. Elle confirme l’utilité d’un couplage génétique des populations - microchimie des otolithes pour assigner des individus à leur origine natale à une échelle plus fine que le bassin. Les résultats obtenus au cours des trois années de thèse ont permis la détermination de populations génétiquement distinctes dont l’une contribue très largement à l’activité de pêche professionnelle. Ces populations peuvent être considérées comme de potentielles unités de gestion qui pourront servir de base à l‘élaboration de plans de gestion et de conservation. La meilleure compréhension de la biologie et du fonctionnement de la truite commune, et de l’impact des activités anthropiques sur la structuration des populations, acquise lors de cette thèse, pourra également permettre d’améliorer la prise de décisions des gestionnaires locaux pour la conservation et la gestion des populations de truites communes. / Dispersal, characterized by the movements of individuals in space and time leading to gene flows, allows populations to connect. Understanding factors shaping gene flow and population structure is vital to improve management and conservation practices of species. Those characterized by a partial anadromy, such as brown trout (Salmo trutta L.), are models of choice to study the role of ecotypic and behavioral diversity, under anthropic activities on population functioning. By using population genetics, this theses proposes to analyse population structure of brown trout in the Bay of Biscay, but also to determine the combined influence of sea trout dispersal, its reproductive behavior, and anthropic activities (stocking, transport of spawners) on their functioning. This thesis also addresses the contribution of brown trout populations (natal origin) on sea trout stock captured by professional fisheries, on the same study site, by coupling population genetics and otolith microchemistry. Results show a strong hierarchical structure of Brown trout population with seven distinct population detected in Adour basin. This seems to be explained a high site fidelity movement of sea trout together with a directional movement of sea trout from South (Spain) to North. This directional movement did not result into effective dispersal (i.e. movement followed by reproduction). Furthermore, a limited contemporary impact of stocking on genetic structure of wild population is observed. A few cases of inter-population gene flow detected seems to be explained by wild population management, particularly transport of spawners. The majority of sea trout captured by professional fisheries come from Gave d’Oloron and few from Nives and Gave de Pau. The reason is that Gave de Pau is impacted by migration barriers. And also that sea trout from Nives have phenotypic differences (smaller length) from sea trout originated from gaves. This suggest a differentiation of this population and can explained that professional fisheries capture them in smaller proportion.On the other hand, this thesis have been shown the difficulties to assign natal origin by using genetics when population are closed genetically. This confirm the usefulness to coupling population genetics and otolith microchemistry together to assign individuals to their natal origin at a finer scale than basin.Results obtained during these three years of thesis have made it possible the determination of distinct populations one of which contribute in majority of professional fisheries activities. These populations can be considered like potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans. The better understanding of brown trout biology and functioning, and the impact of anthropic activities on population structure, obtained in this thesis, can also improve the decision-making of local managers for brown trout population conservation and management.