À travers l'analyse comparative des pratiques traditionnelles de culture du manioc (Manihot esculenta Crantz) au Gabon, cette thèse explore l'origine de la diversité du manioc en Afrique. Diversité est à comprendre ici au sens large : diversité nommée (à travers la variété, qui est l'unité de gestion de la diversité accessible aux agriculteurs), diversité morphologique (sélection des variétés basée sur la perception de leurs différences, à travers des systèmes de nomenclature et de taxonomie particulier à chaque population), diversité génétique (appréhendée à l'aide de marqueurs moléculaires neutres), et enfin, diversité culturelle. Cette thèse se propose d'étudier l'articulation de ces quatre niveaux, afin d'appréhender le rôle des sociétés comme ingénieures de la diversité du manioc en Afrique. En combinant approches historique, ethnobotanique et génétique, cette thèse montre que le contexte de l'introduction du manioc en Afrique a joué un rôle déterminant dans la construction des relations des agriculteurs à la plante. Sa perception au-delà de la bouture (le mode de propagation du manioc) et sa compréhension jusque dans ses mécanismes les plus intimes (la production de graines et leur utilisation pour augmenter la diversité génétique globale du manioc) ont été largement contraintes, géographiquement et historiquement, par la nature des rapports sociaux et économiques qui se sont construits entre populations européennes et africaines. En analysant les déterminants historiques et culturels de l'hétérogénéité des pratiques et des savoirs locaux associés à la culture du manioc, on montre que les bouleversements sociaux et économiques et la modification de la carte ethnique du Gabon, aux tout débuts de la colonisation, ont contribué à créer un large éventail de situations où la culture du manioc est perçue très différemment selon les populations. L'étude comparée des systèmes de culture, des modes et des rationalités de sélection sur les variétés, traduit très bien cette contrainte historique de l'introduction et des voies de diffusion du manioc en Afrique centrale, et les patrons de diversité génétique au Gabon ne se comprennent vraiment qu'à la lumière de l'analyse de l'histoire des populations étudiées, dans leurs rapports avec les commerçants européens du début du 17ème à la fin du 19ème siècle, et avec l'administration coloniale à partir du 20ème siècle.

L’agrobiodiversité est le résultat de la domestication, de l’amélioration des caractères génétiques, de la conservation et de l’échange des semences par les agriculteurs depuis la première révolution agricole, il y a près de 10 000 ans. Toutefois, cette diversification agricole s’amenuise, s’érode. Cette érosion touche désormais les espèces végétales majeures. Plusieurs variétés de plantes cultivées sont abandonnées au profit de variétés artificialisées et uniformisées. Suivant une logique plus économique, les ressources génétiques végétales ou phytogénétiques, d’abord qualifiées de patrimoine commun de l’humanité, deviennent rapidement des biens prisés par l’industrie biotechnologique confortant les pays riches en biodiversité, mais économiquement faibles, à subordonner cette richesse au principe de la souveraineté permanente sur les ressources naturelles. Ce principe à la base du droit international a permis aux États hôtes de contrôler l’accès aux ressources biologiques sur leur territoire, mettant ainsi fin au pillage de celles-ci, mais également au libre accès pour tous à la ressource. À l’évidence, la nature hybride des ressources phytogénétiques enclenche un processus complexe d’exclusivismes et de prérogatives. D’une part, ces ressources composent la base de notre alimentation et à ce titre elles intéressent l’humanité entière, d’autre part, elles sont la matière première utilisée par les oligopoles semenciers, une double vocation qui suscite un partage antagonique à plusieurs égards. Cette thèse analyse les perspectives offertes par le droit international public afin de réconcilier ces positions au bénéfice de la sécurité alimentaire mondiale durable, et s’interroge sur le meilleur cadre juridique que le droit international puisse attribuer aux ressources phytogénétiques afin d’améliorer la circulation et la disponibilité des denrées agricoles et alimentaires. À cet effet, l’entrée en vigueur du Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture va créer une sorte de système compromissoire conciliant dans un même souffle, l’intérêt général et l’appropriation privative au profit de la sécurité alimentaire mondiale durable : le Système multilatéral d’accès et de partage des avantages. Un dispositif ad hoc exceptionnel qui facilite l'accès à une partie négociée de ces ressources ainsi que le partage juste et équitable des avantages qui découlent de leur utilisation entre tous les usagers. Le Système multilatéral est la clé de voûte du Traité. Par le truchement de ce système, le Traité matérialise un ordre juridique raffiné et complexe qui opère une récursivité des ressources phytogénétiques vers le domaine public international, et par incidence, invite à considérer ces ressources comme des biens communs libres d’accès pour la recherche, l’amélioration et le réensemencement. Outre cette requalification, ce système ouvrira la voie à une nouvelle forme de gestion fiduciaire octroyant des droits et impliquant des responsabilités à l’égard d’un groupe d’usagers particuliers.