From January 2012 to December 2012 I collected adult oysters from two intertidal populations on a monthly basis in the Coos Bay estuary, Oregon for histological analysis of their gonads. Gametogenesis and spawning occur seasonally from May through September, when water temperatures exceed 14.5&deg C, with brooding oysters found from July through September. Oocyte diameters increased significantly from May to June, and from June to July within oyster populations at Haynes Inlet and Coalbank Slough, respectively. Male gametogenesis initiated in May at Haynes Inlet and in June at Coalbank Slough. Dry meat condition values increased significantly during periods of reproduction and decreased following the reproductive season's end. Condition index values for Coalbank Slough were consistently lower than those at Haynes Inlet, suggesting poor nutrition or physiological stress. Salinities below recorded physiological thresholds are believed to be the primary environmental factor influencing the discrepancy in reproductive activity at Coalbank Slough.

Meteorological data from two observation sites in Uppsala, the Observatory Park (Op) andthe Geocentre (Gc), during the period January 1998 to September 2000, have been used tocheck the differences in the temperature climate at the two places. Since Op is situatedcloser to the city centre than Gc the site is thought to be more affected by the so calledurban heat island effect. Dependence on different meteorological parameters, time of theday and time of the year, has been investigated and different methods to correct thetemperature for the inhomogeneity that was introduced when the observation site wasmoved from the Observatory Park to the Geocentre. From the different methods investigated it is shown that to correct the temperaturesmeasured at the Geocentre to make them represent the conditions at the Observatory Parka division according to wind speed, wind direction, cloudiness and time of the year wasshown to be the most reliable method. But if it had been possible to divide the material alsointo hours of the day, this would probably have increased the reliability of the correction.For practical purposes a correction simply based on the monthly mean differences betweenthe two sites is probably accurate enough, as the most important factor is the annual cycle inthe temperature difference between the two urban sites. / Väderdata från två observationsplatser i Uppsala, Observatorieparken (Op) och Geocentrum(Gc), under perioden januari 1998 till september 2000, har använts för att undersökaskillnader i temperaturklimatet vid de två platserna. Eftersom Op ligger närmare stadenscentrum än Gc, anses platsen vara mer påverkad av den så kallade värmeöeffekten. Beroendeav olika meteorologiska parametrar, tid på dygnet och tid på året, har undersökts, samt olikametoder att korrigera för inhomogeniteten i temperaturen som introducerades dåobservationsplatsen flyttades från Observatorieparken till Geocentrum. Bland de olika metoder som undersökts för att korrigera de vid Geocentrum uppmättatemperaturerna så att de ska representera förhållandena vid Observatorieparken, visas enuppdelning med avseende på vindhastighet, vindriktning, molnighet och tid på året vara denmest pålitliga metoden, men hade det varit möjligt att dela in materialet även i tid på dygnet,skulle detta troligtvis ha ökat pålitligheten av korrektionen. För praktisk användning är enkorrektion baserad endast på de månatliga medelskillnaderna mellan de två platsernaantagligen tillräcklig, eftersom den viktigaste faktorn är den årliga cykeln itemperaturskillnaden mellan de två platserna.

Abstract Most proteins carry out their functions through interactions with other molecules. Thus, proteins taking part in similar interactions are likely to carry out related functions. One way to determine whether two proteins do take part in similar interactions is by quantifying the likeness of their structures. This work focuses on the development of methods for the comparison of protein-protein and protein-ligand interactions, as well as their application to structure-based classification schemes. A method based on the MultiMer-align (or MM-align) program was developed and used to compare all known dimeric protein complexes. The results of the comparison demonstrates that the method improves over MM-align in a significant number of cases. The data was employed to classify the complexes, resulting in 1,761 different protein-protein interaction types. Through a statistical model, the number of existing protein-protein interaction types in nature was estimated at around 4,000. The model allowed the establishment of a relationship between the number of quaternary families (sequence-based groups of protein-protein complexes) and quaternary folds (structure-based groups). The interactions between proteins and small organic ligands were studied using sequence-independent methodologies. A new method was introduced to test three similarity metrics. The best of these metrics was subsequently employed, together with five other existing methodologies, to conduct an all-to-all comparison of all the known protein-FAD (Flavin-Adenine Dinucleotide) complexes. The results demonstrates that the new methodology captures the best the similarities between complexes in terms of protein-ligand contacts. Based on the all-to-all comparison, the protein-FAD complexes were subsequently separated into 237 groups. In the majority of cases, the classification divided the complexes according to their annotated function. Using a graph-based description of the FAD-binding sites, each group could be further characterized and uniquely described. The study demonstrates that the newly developed methods are superior to the existing ones. The results indicate that both the known protein-protein and the protein-FAD interactions can be classified into a reduced number of types and that in general terms these classifications are consistent with the proteins' functions. / Tiivistelmä Suurin osa proteiinien toiminnasta tapahtuu vuorovaikutuksessa muiden molekyylien kanssa. Proteiinit, jotka osallistuvat samanlaisiin vuorovaikutuksiin todennäköisesti toimivat samalla tavalla. Kahden proteiinin todennäköisyys esiintyä samanlaisissa vuorovaikutustilanteissa voidaan määrittää tutkimalla niiden rakenteellista samankaltaisuutta. Tämä väitöskirjatyö käsittelee proteiini-proteiini- ja proteiini-ligandi -vuorovaikutusten vertailuun käytettyjen menetelmien kehitystä, ja niiden soveltamista rakenteeseen perustuvissa luokittelujärjestelmissä. Tunnettuja dimeerisiä proteiinikomplekseja tutkittiin uudella MultiMer-align-ohjelmaan (MM-align) perustuvalla menetelmällä. Vertailun tulokset osoittavat, että uusi menetelmä suoriutui MM-alignia paremmin merkittävässä osassa tapauksista. Tuloksia käytettiin myös kompleksien luokitteluun, jonka tuloksena oli 1761 erilaista proteiinien välistä vuorovaikutustyyppiä. Luonnossa esiintyvien proteiinien välisten vuorovaikutusten määrän arvioitiin tilastollisen mallin avulla olevan noin 4000. Tilastollisen mallin avulla saatiin vertailtua sekä sekvenssin (”quaternary families”) sekä rakenteen (”quaternary folds”) mukaan ryhmiteltyjen proteiinikompleksien määriä. Proteiinien ja pienien orgaanisten ligandien välisiä vuorovaikutuksia tutkittiin sekvenssistä riippumattomilla menetelmillä. Uudella menetelmällä testattiin kolmea eri samankaltaisuutta mittaavaa metriikkaa. Näistä parasta käytettiin viiden muun tunnetun menetelmän kanssa vertailemaan kaikkia tunnettuja proteiini-FAD (Flavin-Adenine-Dinucleotide, flaviiniadeniinidinukleotidi) -komplekseja. Proteiini-ligandikontaktien osalta uusi menetelmä kuvasi kompleksien samankaltaisuutta muita menetelmiä paremmin. Vertailun tuloksia hyödyntäen proteiini-FAD-kompleksit luokiteltiin edelleen 237 ryhmään. Suurimmassa osassa tapauksista luokittelujärjestelmä oli onnistunut jakamaan kompleksit ryhmiin niiden toiminnallisuuden mukaisesti. Ryhmät voitiin määritellä yksikäsitteisesti kuvaamalla FAD:n sitoutumispaikka graafisesti. Väitöskirjatyö osoittaa, että siinä kehitetyt menetelmät ovat parempia kuin aikaisemmin käytetyt menetelmät. Tulokset osoittavat, että sekä proteiinien väliset että proteiini-FAD -vuorovaikutukset voidaan luokitella rajattuun määrään vuorovaikutustyyppejä ja yleisesti luokittelu on yhtenevä proteiinien toiminnan suhteen.

This diploma thesis deals with the construction project of the outbound base of the emergency medical service in Zabreh na Morave. More specifically, this thesis deals with the study of the development of the building, the technological regulation for the flat roof, and the subsequent chapters - design and assessment of the lifting mechanism, optimal design of the building site, timetable, itemized budget, control and test plan, etc. An interesting point is the simulation of the construction, where a 3D model and a video are created. The thesis is based on a borrowed documentation of the project.