Les glycosaminoglycannes (GAGs) sont des molécules polysaccharidiques polysulfatées intervenant dans des processus aussi variés que la prolifération, différenciation ou migration cellulaire, la coagulation sanguine ou l‟infection virale. Il est généralement admis qu‟une séquence particulière de GAG doit être associée à une fonction biologique spécifique. Les structures chimiques globales des GAGs sont connues. Cependant, contrairement au séquençage des gènes ou des protéines, la détermination de la séquence saccharidique exacte impliquée dans une fonction biologique particulière n‟est encore pas possible. Le séquençage « glycomique » constitue donc un enjeu majeur. L‟une des technologies les plus novatrices pour aborder ce problème de séquençage des GAGs semble être l‟impression moléculaire. En effet, elle permet d‟obtenir des polymères (MIPs pour Molecular Imprinted Polymer) spécifiquement imprimés par la forme structurale d‟une molécule cible.En nous appuyant sur des travaux antérieurs réalisés avec des modèles saccharidiques sulfatés simples, nous avons appliqué cette technologie à la reconnaissance de glycannes sulfatés complexes d‟intérêt biologique tels qu‟une héparine de bas poids moléculaire ou un mimétique ayant une activité anticoagulante. Il a été démontré une reconnaissance spécifique et sélective selon la molécule étudiée à l‟aide de MIPs spécialement conçus pour chaque GAG. De plus, nous avons obtenu des MIPs qui, en immobilisant temporairement un sucre, permettraient leur substitution de façon stéréospécifique. La détermination des conditions optimales de synthèse des MIPs s‟est avéré une étape nécessaire à l‟obtention d‟une bonne reconnaissance. Ces travaux ouvrent des perspectives d‟application de la technique d‟impression moléculaire à l‟analyse des séquences de GAGs d‟intérêt biologique / Glycosaminoglycans (GAGs) are polysulfated polysaccharide molecules involved in many biological processes such as cellular proliferation, differentiation or migration, blood clotting or viral infection. It is generally admitted that a particular GAG sequence is connected to a specific biological function. Depending on their composition in disaccharides, GAGs are classified into subfamilies whose overall chemical structures are known. Unlike gene or protein sequencing, determination of the exact saccharidic sequence involved in a particular biological function is not yet possible with the available technological tools. "Glycomics" is a real challenge nowadays. One of the most innovative technologies to achieve this goal seems to be the molecular imprinting. Indeed, it provides polymers (MIPs for Molecular Imprinted Polymer) imprinted by the structural form of a target molecule.Based on previous studies performed with simple sulfated saccharides, this technology has been applied to the recognition of complex sulfated glycans. MIPs were achieved demonstrating specific and selective recognition for a Low Molecular Weight Heparin or a synthetic anticoagulant mimetic. Other MIPs were able to temporally immobilize sugars which make them available for stereo-specific modifications. Screening of optimal synthesis conditions of MIPs appeared a necessary step to obtain a specific and selective recognition. These studies open further possibilities to analyze GAG sequences carrying biological functions by the molecular imprinting technology

La régulation transcriptionelle fine assurée par les Eléments Cis Régulateurs (ECR, eg. promoteurs et «enhancers») et les facteurs protéiques associés, est à la base de la mise en place et le maintien de l'identité tissulaire. Les modifications de la chromatine corrèlent avec l’activité d’ECRs et constituent l’épigénome de la cellule. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée aux transitions des modifications des histones (H3K4me1/me2/me3, H3K36me3, H3K27me3 and H3K9me2) accompagnant le développement précoce de la cellule T. Pour cela, j’ai utilisé un modèle murin reproduisant une étape cruciale de la thymopoïèse - la sélection β - et la technique d’Immunoprecipitation de la chromatine couplée à des puces à ADN (ChIP-chip). Au sein des enhancer connus, nos analyses ont mis en évidence une nouvelle signature épigénétique liée à leur activité. De plus, nous montrons que l'étendue d'enrichissement d’H3K4me2 au sein des régions géniques des gènes exprimés, constitue une signature épigénétique des gènes tissus spécifiques. Tout ceci a permis de mieux comprendre le rôle de l’épigénétique dans l'établissement et le maintien de l'identité cellulaire.Le traitement anti-cancer moderne est basé sur les analyses de différents marqueurs d'agressivité (MA) et par la suite, de l’établissement de la thérapie personnalisée. Durant la dernière partie de ma thèse, j’ai participé à un projet collaboratif avec le laboratoire de Thérapie Cellulaire de l’Institut Paoli Calmettes à Marseille, qui visait l’isolation des MA des Leucémies Aiguës Myéloïdes à caryotype normal (LMAcn) grâce aux études de profilage épigénétique (H3K27me3) des blastes des patients atteints de LMAcn. / Precise transcriptional regulation underlies the establishment and maintenance of cell type specific identity and is governed by dedicated DNA sequences (i.e., cis regulatory elements (CREs): eg.: promoters, enhancers) and transcription factors. Chromatin modifications (eg.: histone modifications, DNA methylation) impinge on CREs activity and constitute the epigenome of the cell.During my PhD, I was interested in the transitions of a set of histone modifications (H3K4me1/me2/me3, H3K36me3, H3K27me3 and H3K9me2), during one of the major checkpoints of thymopoiesis - the β-selection. I used a dedicated mouse model and Chromatin Immunoprecipitation coupled with microarrays (ChIP-chip) technique. Our data evidenced a previously unappreciated epigenetic signature linked to enhancer activity. In parallel, computational analyses of the patterns of gene body enrichment of H3K4me2 highlighted an epigenetic signature linked to the regulation of the tissue specific gene expression. Altogether, this enabled to deepen the relationship between chromatin states and regulation of cell type specific identity.Modern anticancer treatment is based on the analyses of a number of cancer aggressiveness markers (CAM) and results in a highly personalized therapy. Epigenetic profiling can constitute a powerful tool for CAM’s isolation. In the second part of the presented work, I participate in a collaborative project (with Cellular Therapy Centre at the Paoli Calmettes Institut, Marseille) aiming to isolate new CAM for Acute Myeloid Leukemia with normal karyotype (AMLnc) patients. For this purpose I performed epigenetic (H3K27me3) profiling of blasts of AMLnc.

La lutte microbiologique connaît un regain d'intérêt suite aux problématiques soulevée spar les pesticides chimiques en agriculture. L'objectif de ces travaux de thèse est d'étudier le potentiel d'une ressource virale alternative, les Densovirus pathogènes de Lépidoptères,appartenant à la sous famille des Densovirinae, strictement inféodée aux Arthropodes. Nos travaux ont été axés sur trois points (i) décrire le spectre d'hôtes de deux Densovirus candidats et identifier des déterminants de spécificité pour comprendre l'évolution du spectre d'hôtes ; (ii) caractériser des mécanismes de transmission horizontale pour analyser la dynamique de l'infection et (iii) valider des outils de détection des Densovirinae afin d'étudier la diversité génétique virale dans la nature. Le premier axe nous a permis d'identifier (i) un Densovirus candidat qui ne semble être virulent que pour des Lépidoptères ravageurs de culture, et (ii) des déterminants de spécificité à la surface de la capside impliqués le franchissement de la barrière intestinale. Concernant la transmission, nos résultats montrent qu'un Densovirus se propage rapidement dans une population hôte en induisant un comportement cannibale probablement développé par les individus non infectés. Nous avons également caractérisé deux mécanismes de transmission horizontale,par morsures et par un vecteur endoparasitoïde. Enfin, pour étudier la prévalence virale,nous avons mis au point un protocole basé sur le principe d'une PCR nichée que nous avons testé sur des insectes collectés dans la nature. Ceci nous a permis de dresser un inventaire de la diversité d'insectes, sans toutefois révéler à ce jour la présence de Densovirinae. Ces résultats constituent les premières connaissances pour l'élaboration d'un modèle épidémiologique qui nous permettra d'évaluer l'impact sur l'environnement d'utiliser un Densovirus en tant qu'agent de lutte microbiologique. / Microbial control has a renewed interest due to issues raised by chemical pesticides inagriculture. The aim of this work is to propose a new viral resource, Densoviruses pathogenicfor Lepidoptera belonging to Densovirinae sub‐family restricted to arthropods. We focus onthree axes, (i) we described the host range of two Densovirus candidates, and identified hostspecificity determinants to understand host range evolution; (ii) we characterized themechanisms driving the horizontal transmission of Densovirus to model the dynamic of theinfection; and (iii) we validated tools to detect Densovirinae to study the viral geneticdiversity in natura. The first point lead us to identify (i) a Densovirus potentially pathogeniconly for lepidopteran pests, and (ii) few determinants of specificity localized at the surface ofthe capsid that are essential for the midgut recognition, although this barrier of specificity isnot the only one. Concerning horizontal transmission, our results show that a Densovirus canspread rapidly within a host population, inducing a cannibalistic behavior probablydeveloped by non infected individuals. We also characterize two mechanisms involved intransmission, by biting and by an endoparasitoïd vector. To study the densoviral prevalence,we develop a nested PCR and test it on insect sampling. This allowed us to describe theinsect diversity. No Densovirinae have been detected so far. These results are the first steptoward building an epidemiology model that may allow to evaluate the impact of using aDensovirus as a biological control tool.