Identifier la géométrie des écoulements souterrains est un objectif majeur de l'hydrologie. L'objectif de ce travail de thèse est de montrer que la méthode du Potentiel Spontané (PS) peut fournir des informations spatialisées sur la géométrie des circulations hydriques et sur les propriétés hydrauliques du sous-sol. La méthode PS est basée sur la mesure du champ électrique naturellement présent dans le sous-sol. Des expériences de terrain ont été menées pour mesurer la signature électrique d'un écoulement hydrique lors d'expériences de pompage et d'infiltration. Pour une meilleure compréhension du problème physique sous-jacent, des simulations de pompage et d'infiltration ont été réalisées dans une cuve en Plexiglas. Les résultats obtenus sur le terrain et en laboratoire démontrent la capacité de la méthode PS pour suivre la progression d'un écoulement et confirment l'intérêt de celle-ci comme outil adapté à la détermination du niveau piézométrique et des propriétés hydrauliques du sous-sol.

Les lymphomes sont des cancers parmi les plus fréquents chez l’Homme et le chien. Ils présentent de fortes homologies du point de vue clinique, histologique et de la réponse aux traitements. Dans le contexte actuel, les méthodes de séquençage de nouvelles générations (NGS) permettent l’identification de nombreuses altérations génétiques nécessaires pour le diagnostic, le pronostic et le développement de thérapies ciblées. Pourtant, le développement de nouvelles molécules rencontre une forte proportion d’échec lors des études cliniques. Ce constat est en partie dû à l’utilisation de modèles non représentatifs de la maladie telle qu’elle se présente chez l’Homme. Chez le chien, la sélection artificielle imposée par l’homme fait qu’aujourd’hui, de nombreuses races présentent des prédispositions aux lymphomes et même à certains sous-types. Cette caractéristique fait du chien un modèle spontané pertinent aussi bien pour l’étude des bases génétiques des lymphomes que pour le développement de nouvelles molécules pour l’Homme via des essais cliniques vétérinaires. Mon travail de thèse a consisté à caractériser génétiquement les lymphomes canins pour proposer des modèles prédictifs des lymphomes homologues humains. Suite à une étape de collecte d’un grand nombre de prélèvements de chiens atteints de lymphomes, j’ai travaillé sur l’amélioration d’un test de diagnostic des sous-types B ou T de lymphomes basé sur la technique d’amplification appelé PARR. J’ai également montré une transmission familiale de lymphomes chez le Bouvier bernois, ce qui m’a permis d’effectuer une étude d’association génétique (GWAS) comportant 63 chiens atteints et 167 indemnes. J’ai pu ainsi identifier plusieurs loci sur les chromosomes 9, 15 et 23, ce dernier incluant le gène MYD88 connu pour être impliqué dans les lymphomes humains. J’ai également découvert par différentes approches NGS (RNA-Seq et Capture ciblée) des altérations génétiques récurrentes partagées entre l’Homme et le chien. Parmi celles-ci, j’ai identifié des fusions de gènes entre des immunoglobulines et les cyclines D : 3 cas pour CCND3 et 1 cas pour CCND1. J’ai également retrouvé la forte récurrence d’altérations impliquant les oncogènes KDR, MYC ou UBR5 ainsi que les gènes suppresseurs de tumeur POT1, PTEN ou TP53. Ces évènements étant associés chez l’Homme à des lymphomes agressifs ou résistants aux traitements, les lymphomes canins présentent donc un intérêt majeur en tant que modèle spontané. Enfin, j’ai mis en place des essais de molécules in vitro, réalisables à partir de la lignée CLBL-1 ou de cultures primaires caractérisées par NGS. Cette étape préliminaire permet d’envisager des essais cliniques vétérinaires avec des chiens de propriétaire, atteints de lymphomes. Cette démarche s’intègre dans le concept « One health » dont l’objectif est de faire bénéficier ces recherches à la médecine humaine et vétérinaire. / Lymphomas are among the most common cancers in humans and dogs. They show strong clinical, histological and response homologies to treatments. In the current context, new generation sequencing (NGS) methods allow identification of many genetic alterations needed for the diagnosis, prognosis and development of targeted therapies. However, the development of new molecules encounters a high proportion of failure in clinical studies. This finding is due in part to the use of models that are not reflect all aspects of the disease occurring in humans. In dogs, artificial selection done by humans means that today, many breeds have predispositions to lymphomas and even to certain subtypes. This characteristic makes the dog a relevant spontaneous model both for the study of the genetic basis of lymphomas and for the development of new molecules for humans with veterinary clinical trials. My thesis work consisted in the genetic characterization of canine lymphomas to propose predictive models of human homologous lymphomas. Following a collection step of a large number of lymphomas cases, I worked on the improvement of a diagnostic test to subtype B or T lymphomas based on amplification called PARR. I also showed a familial transmission of lymphomas in the Bernese Mountain Dog, which allows me to perform a genome-wide association study (GWAS) comprising 63 affected dogs and 167 healthy dogs. I identified several loci on chromosomes 9, 15 and 23, the last one including the MYD88 gene known to be involved in human lymphomas. I have also discovered by different NGS approaches (RNA-Seq and Capture targeted) recurrent genetic alterations shared between the Man and the dog. Among these, I have identified gene fusions between immunoglobulins and cyclins D: 3 cases for CCND3 and 1 case for CCND1. I also found strong recurrences of alterations involving the oncogenes KDR, MYC or UBR5 as well as the tumor suppressor genes POT1, PTEN or TP53. Since these events are associated with aggressive or resistant lymphomas in humans, canine lymphomas are thus of major interest as a spontaneous model. Finally, I have carried out in vitro tests of molecules, which can be carried out from the CLBL-1 cell line or from primary cell cultures characterized by NGS. This preliminary step allows us to consider veterinary clinical trials with owners dogs with lymphomas. This approach is part of the "One Health" concept, which aims to bring this research to human and veterinary medicine.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le pneumothorax spontané (PS) est une pathologie le plus souvent bégnine quand elle survient chez un sujet sain. Le principal risque est la récidive dans environ 30 % des cas. L'évolution des connaissances concernant sa physiopathologie, associée aux résultats des études cliniques évaluant sa prise en charge en ambulatoire, font reconsidérer les stratégies de traitement initial et de prévention des récidives. Nos travaux de recherche sur le PS ont plusieurs axes relatifs aux aspects épidémiologiques, diagnostiques et thérapeutiques de sa prise en charge initiale, en particulier dans les services d'urgence. Cette thèse s'articule autour de 3 volets. Le premier volet correspond à l'identification de facteurs associés à la récurrence du PS. Si le tabac, le sexe ou l'intoxication au cannabis sont des facteurs de risque reconnu d'occurence, leur impact sur la récidive n'est pas consensuel. C'est pourquoi nous avons mené une étude rétrospective multicentrique dans des services d'urgence français. Sur cette série de 1491 PSP, dont respectivement 62 et 38% correspondaient à un premier épisode et à une récidive, aucun facteur de risque clinique n'était lié à la récidive. Malgré des limites méthodologiques liées notamment à son caractère rétrospectif, cette série représente la plus importante quantitativement jamais publiée. Un deuxième axe concerne l'étude de la prise en charge thérapeutique initiale du PS aux urgences. Bien que des études préliminaires aient montré des taux de succès de plus de 70% en cas de prise en charge ambulatoire, en l'absence de consensus au niveau international ni de recommandations françaises, le choix du traitement initial revient au praticien prenant en charge le patient. Très peu de données existent sur cette prise en charge initiale dans la vraie vie, qu'il s'agisse de la décision thérapeutique, du matériel employé ou du spécialiste impliqué. Ainsi, nous avons mené une étude rétrospective à propos de 1849 PS pris en charge dans 14 services d'urgence en France afin de documenter la filière de prise en charge. Cette étude a montré que la prise en charge était pluridisciplinaire, que l'abstention était la stratégie thérapeutique de première intention pour la moitié des patients. et qu'en cas de geste le drainage était choisi dans près de 80% des cas. La stratégie ambulatoire ne concernait que 239 patients, dont 230 PS primitifs et 9 PS secondaires (4%), très majoritairement en cas d'abstention thérapeutique. Le troisième volet concerne l'évaluation médico-économique de deux stratégies de traitement d'un premier PS primitif: drainage thoracique standard versus une stratégie combinée avec exsufflation en première intention (étude EXPRED). L'étude a porté sur une série de 379 patients, randomisés en deux bras. Les résultats de cette étude multicentrique ont montré que les deux stratégies étaient équivalentes en ce qui concerne le succès immédiat, évalué sur le recollement pleural, et le taux de récidive à un an. L'évaluation médico économique, conduite avec une approche de minimisation des coûts et avec l'hypothèse d'une équivalence des deux stratégies, dans la perspective du payeur, a montré que l'exsufflation était une stratégie plus coût efficace que le drainage. Au final, les résultats de ces travaux montrent qu'en pratique, actuellement, dans les services d'urgences en France, l'abstention thérapeutique et le drainage thoracique sont préférentiellement choisis lors de la prise en charge du PS, à l'inverse des stratégies ambulatoires. Les connaissances apportées par l'étude EXPRED et celles sur les facteurs de risque de récidive sont de nature à influencer les recommandations françaises à venir. De futurs travaux de recherche devront s'attacher à identifier les freins à l'implantation de ces recommandations, ainsi que ceux relatifs à l'adhésion à une stratégie ambulatoire de prise en charge / Spontaneous pneumothorax (SP) is usually a benign pathology, when it occurs at a healthy subject. Recurrence is the main risk, in approximately 30% of the cases. Current knowledge concerning physiopathology, associated with the results of clinical trials estimating ambulatory treatment, make reconsider the strategies of initial treatment and prevention of recurrence. Our research on SP have several topics related to epidemiological, diagnostic and therapeutic aspects of initial management in the Emergency Department (ED). This work treats three axis. The first axis corresponds to identification of factors associated with recurrence of primary spontaneous pneumothorax (PSP). If tobacco, gender or use of cannabis are identified as a risk factor of occurrence, their impact on recurrence are not consensual. Then, we conducted a retrospective multicenter study in 14 french ED. In this population of 1491 PSP, among whom respectively 62 and 38% corresponded to a first episod and to a recurrence, no clinical risk factor of recurrence was highl ighted. In spite of methodological limits, in particular in line with its retrospective design, this series represents the most larger never published. The second axis concerns the study of initial treatrnent of PS in 14 ED. Although preliminary studies showed rates of success of more than 70% in case of ambulatory management, in the absence of international consensus and French recommandations, the choice of initial treatment depends on physicians decision. Few data exist on this initial management in real life condition, concerning therapeutic action, material devices used, or speciality of physicians implied. Again, we conducted a second retrospective study with 1849 PS in 14 french ED in France to precise healthcare pathways. The study showed that the management was multidisciplinary, abstention was the frst therapeutic strategy for half of patients and in case of intervention, chest tube was chosen in about 80% of cases. Ambulatory strategy concerned only 239 patients (14%), among whom 230 PSP and 9 secondary PS, mostly in case of abstention. The third axis concerns medical economic evaluation of two treatments strategies of first primary PS : chest tube drainage versus aspiration as first therapeutic action (EXPRED study).The study concerned a serie of 379 patients, randomized in Iwo arms. The results of this multicenter study showed that both strategies are equivalent concerning immediat success estimated on pneumothorax resolution and the rate of recurrence at one year. The medicoeconomic evaluation as a minimization of the costs and with the hypothesis of an equivalence of both strategies with the prospect of the payer, showed that aspiration was a strategy more cost effective than chest tube. Finally, results of these works showed that actually in practice, abstention and chest tube drainage are preferentially chosen for the management of PS in ED in France, compare to ambulatory strategy. Results of EXPRED study and knowledge about risk factors of recurrence can influence future french recommandations. Future research are necessary to identify barriers to implementation of these recommandations, as well asthose relative to adhesion of ambulatory management.

La méthode de polarisation spontanée (PS) consiste en la mesure du potentiel électrique naturellement présent dans le sol. Elle est la seule méthode sensible aux écoulements d'eau souterrains. Les principaux objectifs de cette thèse ont été de (1) déterminer l'influence de la conductivité de surface et du régime d'écoulement sur le coefficient de couplage électrocinétique (paramètre crucial pour l'interprétation des signaux de PS), (2) de montrer l'efficacité de la PS dans la mise en évidence des phénomènes hydromécaniques et (3) de caractériser les écoulements de fluides en contexte volcanique. Nous avons développé un modèle corrigeant le coefficient de couplage électrocinétique à la<br />fois des effets de la conductivité de surface et du nombre de Reynolds. La validité de ce modèle a été confirmée grâce à des expériences réalisées sur billes de verre. Lors d'expériences en cuve, la méthode du potentiel spontané associée à un appareillage de haute sensibilité nous a permis de caractériser la signature électrique liée à des phénomènes<br />hydromécaniques. Utilisées à partir des enregistrements de PS réalisés à la surface de la cuve les méthodes d'analyse en ondelettes et d'intercorrelation ont montré la nature dipolaire de la source électrique liée à de telles perturbations et ont permis sa localisation. Sur le Stromboli en Italie, nous avons utilisé une approximation au premier ordre de la relation entre l'épaisseur de la zone vadose et l'anomalie de PS afin de déterminer la profondeur d'un aquifère situé sur le flanc est du volcan.

La méthode du potentiel spontané est l'une des seules méthodes géophysiques (avec les mesures de température) à être directement sensible aux écoulements en milieu poreux. En effet, un écoulement de fluide en milieu poreux génère un champ électrique qu'il est possible de mesurer en surface (on parle de phénomène électrocinétique). L'objectif de ce travail de thèse est de montrer l'intérêt et l'utilité de cette méthode dans la détection des fuites ainsi que dans l'estimation des débits de fuite au sein des ouvrages hydrauliques que constituent les digues et les barrages. La simplicité de mise en oeuvre de cette méthode permet une investigation rapide des ouvrages hydrauliques et un diagnostic direct de la présence de fuites. Le travail présenté ici met en application cette méthode de potentiel spontané, aussi bien sur des ouvrages longs (les digues) que sur des ouvrages plus petits en termes d'extension horizontale (les barrages). Dans le cadre de ce travail, différentes investigations ont été réalisées, et de nouvelles techniques ont été développées, basées sur le principe de la mesure de potentiel électrique issu du phénomène électrocinétique, ont été développées dans le but de faciliter la détection, la quantification de zones de fuites éventuelles, ainsi que le rendement des mesures. Nous avons pu, par ailleurs, estimer le débit de fuite d'une digue en terre par méthode inverse à l'aide d'un couplage entre informations sur le potentiel spontané (cartographie) et sur la résistivité électrique (coupe). Le développement de la méthode inverse pour les digues s'est finalisé par l'élaboration d'un système d'inversion automatisé des signaux de potentiel spontané. Les résultats obtenus au cours de cette thèse permettent de valider l'intérêt de la méthode de potentiel spontané pour la localisation et de la détection des zones d'écoulements préférentiels dans les digues et les barrages.

Ce travail qui se consacre à la prosodie du bàsàa, une langue bantoue à tons parlée au Cameroun, souscrit à une longue tradition d'analyse prosodique développée depuis plusieurs années au Laboratoire Parole et Langage : Prosodie, formes et fonctions.<br />Les phénomènes prosodiques envisagés au premier plan sont l'intonation et le mélisme. Cette dernière notion, d'inspiration musicale et adaptée en linguistique par Caelen-Haumont et Bel (2000), renvoie à une vaste excursion de la courbe mélodique au cours de l'articulation d'un mot ou d'un groupe de mots. Cette notion se manifeste sur le plan prosodique par une proéminence lexicale dont les auteurs attribuent l'origine à l'expression de la subjectivité des locuteurs. Après une application du concept de mélisme au français et à l'anglais, l'adaptation du concept en bàsàa nous montre une juxtaposition du mélisme sur les autres phénomènes prosodiques de la langue, dont le ton et l'intonation.<br />A partir d'un corpus d'interviews radiophoniques de 6 locuteurs (une femme et 5 hommes), nous avons appliqué le modèle MOMEL-MELISM, un script sous Praat (Boersma et Weenick). Cet outil qui permet la segmentation de la voix humaine en neuf niveaux : aigu, supérieur, haut, élevé, moyen, bas, inférieur et grave) détermine la proéminence lexicale car les mélismes sont concernés par les trois premières catégories, les plus hautes.<br />Après une description linguistique et prosodique de la langue bàsàa, nous avons procédé à une double analyse des mélismes issus de notre corpus : une analyse phonologique et une interprétation linguistique et pragmatique. La description phonologique se consacre à la réalisation tonale, une syllabe tonale étant entendue ici comme une séquence de deux cibles tonales déterminées automatiquement par le modèle. De même, cette description s'est focalisée sur la pente mélodique, sur les types de structures et le constat ici est que les mélismes ne sont pas liés par des contraintes linguistiques.<br />Cette thèse ensuite s'est intéressée à l'interprétation de la proéminence prosodique, sur quatre dimensions : la subjectivité linguistique, la structure du discours, la structure informationnelle et l'analyse sémantique et pragmatique des réseaux lexicaux autour des mélismes lexicaux.<br />En somme, quelle que soit la dimension d'étude du mélisme (subjectivité lexicale, focus, deixis-anaphore, etc.), le mélisme n'a pas de zone d'apparition prédéterminée dans l'énoncé. Il apparaît au gré de l'expression de l'affectivité par le locuteur.

Ces dernières années le déploiement de réseaux sans fil a changé le paysage des réseaux informatiques. Grâce à l'évolution de la technologie informatique un utilisateur peut étendre son environnement de travail habituel en bénéficiant de la connectivité réseau accrue. La gestion souple de la mobilité lui permet d'accéder à différents environnements de collaboration. Cette thèse considère le problème de partage de l'affichage d'applications dans les conditions de la diversification des contextes de collaboration. Étant donné le déploiement du système de fenêtrage X et du système d'affichage à distance VNC, nous les avons choisi comme base pour notre travail. D'une part, nous avons conçu un système de partage d'applications X qui gagne en flexibilité par son interface du contrôle d'évènements d'entrée. Le système repose sur un multiplexeur de flots X conçu comme un service actif qui peut être chargé dynamiquement sur une plate-forme générique. D'autre part, nous avons transformé le système VNC en un système coopératif flexible. Le nouveau système est construit autour d'un proxy dynamiquement contrôlé à distance. Le proxy peut être programmé pour gérer différentes sessions de collaboration. Chaque session de collaboration peut utiliser des flots de données de VNC multiples. L'ouverture du système vers des politiques de contrôle d'évènements entrée permet l'adaptation au contexte de coopération. Finalement nous présentons des nouvelles perspectives concernant les possibilités de collaboration assistée par la technologie informatique dans un réseau informatique quelconque.

Ce travail cherche à dégager certains phénomènes relatifs à la structure de l'anglais conversationnel. Il s'intéresse en particulier à l'organisation de segments de taille et de nature diverses par la syntaxe et la prosodie, et décrit une hiérarchisation des constituants discursifs sur les plans thématique, intersubjectif et interactionnel.<br /><br />L'étude de la subordination causale révèle l'apparition de formes nouvelles et d'usages propres à l'oral spontané. Distribution et valeur intersubjective distinguent ainsi cos de because. Plus généralement, la dépendance syntaxique entre propositions liées s'assouplit, les marqueurs de subordination contribuant essentiellement à l'organisation thématique.<br /><br />Hauteur mélodique, intensité et pauses participent à l'édifice conversationnel à tous les plans qui nous intéressent. Nous montrons dans quelle mesure l'intonation contribue à la construction du consensus sur lequel se fonde l'échange, ainsi qu'à son organisation thématique et interactionnelle.

Une étude aérodynamique, fibroscopique, acoustique et perceptive a été menée sur les voyelles nasales du français. Les résultats aérodynamiques montrent que la propagation du débit d'air nasal est plutôt progressive que régressive, cette tendance s'amenuise en parole "spontanée". Les résultats fibroscopiques confirment que les mouvements vélaires commencent avant le début de la voyelle. Ils peuvent se terminer avant la voyelle nasale, notamment en parole "spontanée". Les données aérodynamiques couplées aux données fibroscopiques suggèrent qu'il n'existe pas une ouverture vélaire précise pour laquelle l'air va passer dans le conduit nasal. Les données acoustiques montrent qu'il existe une corrélation entre le débit d'air nasal et le signal acoustique pour les voyelles [2A] et [2E], la corrélation entre le signal acoustique et les mouvements vélaires n'existe pas. Les résultats des tests de perception suggèrent que le débit d'air nasal n'est pas l'indice principal pour discriminer la voyelle nasale.