Caenorhabditis elegans est un organisme modèle bien adapté à l'analyse du fonctionnement de son réseau de neurones, de l'intégration des informations sensorielles qu'il reçoit à l'élaboration d'une réponse comportementale. Au cours de cette thèse, je me suis intéressée à l'étude de quelques paramètres cellulaires, moléculaires et environnementaux de la stratégie locomotrice de ce nématode. J'ai développé une méthode originale d'analyse quantitative de l'alternance des phases d'activité de C. elegans en présence de bactéries. J'ai montré que la phase inactive est induite par la perception interne de bactéries nutritives alors que la phase active est favorisée par la perception chemosensorielle. Ce comportement bimodal est aussi contrôlé par la concentration en nourriture de l'environnement et est modulé par son état de satiété. On observe en effet une transition d'un état constamment actif à un comportement majoritairement inactif en une décade de concentrations en bactéries. J'ai également montré que ce comportement est régulé par les voies de signalisation de la sérotonine, de l'insuline et des TGF-beta. J'ai par ailleurs développé un nouveau système d'imagerie permettant l'enregistrement simultané de l'activité calcique de neurones uniques et du comportement de vers se déplaçant librement en conditions standard de laboratoire. J'ai pu montrer que les mouvements de recul spontanés de C. elegans reflètent précisément l'activité calcique des neurones de commande AVA. Par ailleurs, j'ai pu détecter des pics d'activité calcique spontanés des neurones mécanosensoriels PLM lors du déplacement libre du ver corrélés à de courtes phases d'accélération de l'animal.

La forte prévalence des problèmes digestifs chez les lapins en croissance autour du sevrage, et le taux élevé de mortalité chez les lapines associé à une forte prévalence de femelles ayant un état corporel dégradé pourrait être le témoin d’une discordance entre les apports nutritionnels des animaux et leurs besoins. Nous avons visé, dans le cadre d’une alimentation séparée entre les lapines et leurs lapereaux avant le sevrage, de répondre à deux objectifs complémentaires : i) de mieux comprendre les relations entre les apports nutritionnels, la mise en place de l’ingestion d’aliment, la maturation de l’écosystème caecal, la santé et la croissance des jeunes lapereaux, et ii) d’explorer le lien entre la nature des nutriments apportés au cours du cycle de reproduction et les performances chez les lapines reproductrices. Nous avons observé que dans le cadre d’une stratégie de restriction alimentaire après le sevrage, la distribution, de 18 à 70 jours d’âge, d’un aliment plus riche en énergie (+7% ED), mais contenant un niveau de fibres suffisant, permet d’optimiser la croissance des lapereaux avant et après sevrage,sans pénaliser la santé des lapereaux(1,49% de mortalité). Nous avons aussi montré, que lors de l’application d’une restriction alimentaire après le sevrage, la distribution d’un aliment riche soit en amidon (166 vs 72 g/kg),soit en fibres (173 vs 220 g/kg d’ADF),avant le sevrage conditionne le poids des lapereaux non seulement au moment du sevrage (+7,7%) mais également jusqu’au moment de la vente (2522 vs 2584 g). Enfin, nous avons constaté que le niveau d’ingestion de l’aliment chez les lapereaux au moment de la mise en place de l’ingestion d’aliment solide influence la maturation de l’écosystème caecal. Chez les lapines, notre étude a apporté des résultats mitigés. Nous avons observé peu d’effet sur les performances de reproduction chez les lapines, mais nous avons observé des conséquences importantes sur le bilan énergétique des femelles (-4,94 vs -2,05 MJ), la quantité (3911 vs 3415 g)et la qualité du lait produit. Ce dernier élément a des effets sur la croissance des lapereaux et leur ingestion précoce d’aliment solide (7 vs 9 g/j entre 18 à 25 jours d’âge), ce qui en conséquence affecte leur santé après le sevrage (5,8 vs 1,7 % de mortalité).Cela a été le cas avec l’utilisation d’un aliment riche en lipides (49 g/kg de lipides brute) au début de la lactation.Toutefois, nous avons aussi montré que les coefficients d’utilisation digestive des nutriments sont très différents chez les lapereaux et chez les femelles à différents stades physiologiques. Par conséquent, en l’absence de mesures réelles de la valeur nutritionnelle des aliments sur les femelles elles-mêmes et au stade physiologique considéré, nos estimations des apports nutritionnels et donc l’estimation des bilans peuvent être erronés. Au final, nos résultats suggèrent que la stratégie qui consisterait à valoriser le système d’alimentation séparée pour n’utiliser qu’un seul aliment pour les lapines pendant toute leur vie reproductive pourrait être le meilleur compromis entre simplicité, efficacité et rentabilité. Celui-ci devrait être riche en énergie sous forme d’amidon pour favoriser le maintien de la fertilité et des réserves corporelles sur le long terme. Ce système d’alimentation séparée permettrait aussi chez les lapereaux de limiter les conséquences néfastes d’un changement d’aliment et d’optimiser le compromis entre performances de croissance et de santé par l’introduction d’un aliment plus riches en énergie et en protéine mais avec un niveau de fibres suffisant dans le cadre d’une restriction alimentaire après le sevrage. Mieux comprendre l’adaptation digestive et la gestion des priorités métaboliques au cours du cycle de reproduction chez la femelle ainsi que la relation entre ingestion précoce et maturation de l’écosystème caecal chez le jeune lapereau sont des perspectives de recherche intéressante à nos travaux. / The high prevalence of digestive problems in growing rabbits around weaning and the high rate of mortality in rabbit does associated with a high prevalence of does having a degraded body condition can contest to a mismatch between the nutritional intake of animals and their needs. This thesis aimed, through the use of a separate feeding system between rabbits does and their kits before weaning, to respond to two complementary objectives: i) to better understand the relationship between nutrient intake, the establishment of solid feed intake, the maturation of the cecal ecosystem, and the health and growth of young rabbits, and ii) to explore the relationship between the nature of nutrients provided throughout the reproduction cycle and performance in breeding does. We observed that in the context of a feed restriction strategy after weaning, the distribution, from 18 to 70 days of age, of a more energy-rich feed (+7% DE), but containing sufficient level of fiber, optimizes young rabbit growth before and after weaning, without compromising their health (1.49% mortality). We also showed that when a feed restriction plan is implemented after weaning, the nutritional strategy used before weaning, the distribution of a feed either rich in starch (166 vs 72 g/kg) or in fiber (173 vs 220 g/kg ADF), conditions the weight of growing rabbits not only at weaning (+7.7%) but also at the time of sale (2522 vs 2584 g). Finally, we found that the solid feed intake level of rabbit kits at the establishment of solid feed intake influences the maturation of the cecal ecosystem. In reproductive does, our study has produced mixed results. We observed little effect on reproductive performances in does, but observed a significant impact on their energy balance (-4.94 vs -2.05 MJ), and the quantity (3911 vs 3415 g) and quality of the milk produced. The latter had an effect on the growth of young rabbits and early ingestion of solid food (7 vs 9 g/day from 18 to 25 days of age), which consequently affects their health after weaning (5.8 vs 1.7% mortality).This was the case with the introduction of a feed rich in fat (49 g/kg crude fat) during early lactation. However, our latest work revealed that, in the absence of actual measurements of the nutritional value of feed using the females themselves and taking into consideration their physiological state, our estimation of nutrient intake, and therefore the estimation of the energy balance may be wrong. Finally, our results suggest that the strategy which introduces the separate feeding system in order to distribute only one type of feed for the rabbit does throughout their reproductive life might be the best compromise between simplicity, efficiency and profitability. The feed used should be rich in energy, in the form of starch, to help maintain fertility and body reserves of the does in the long term. This separate feeding system would also allow the rabbits to limit the negative consequences of a diet change and optimize the trade off between growth performance and health by introducing a richer food energy and protein but with a sufficient level of fiber as part of a feed restriction strategy after weaning. A better understanding of the digestive adaptation and management of metabolic priorities during the reproductive cycle in the female and the relationship between early maturation and ingestion of cecal ecosystem in young rabbit are interesting research perspectives to our work.

D'après le dernier rapport du Groupe Intergouvernemental d'Experts sur l'Evolution du Climat (GIEC), la réalité d'un réchauffement majeur du climat est sans équivoque. Ce travail de thèse a consisté à dresser un bilan des changements climatiques passés et récents dans l'océan Austral et à évaluer si l'impact de ces changements sur la distribution spatiale des oiseaux marins était déjà détectable et/ou prévisible. Grâce aux données historiques d'observation en mer par bateau sur 12 espèces d'oiseaux marins, nous avons mis en évidence une diminution d'abondance chez trois espèces et des changements de distribution contrastés entre les années 1980 et 2000. Ces espèces ont la particularité d'exploiter les eaux subtropicales où le réchauffement a été plus intense pendant cette période. Les suivis télémétriques apportent des informations précieuses sur la variabilité spatio-temporelle de la distribution des zones d'alimentation. Les modèles d'habitat nous ont permis de (1) caractériser les habitats exploités d'un point de vue océanographique, (2) comprendre la réponse des oiseaux aux variations saisonnières et interannuelles du climat, et enfin (3) prédire la distribution future des habitats favorables en utilisant les projections climatiques du GIEC. Les deux espèces étudiées ciblent des zones productives où les ressources sont prédictibles dans le temps et l'espace. Les variations saisonnières de la distribution du pétrel à menton blanc (Procellaria aequinoctialis) de Kerguelen sont principalement gouvernées par la dynamique de la glace de mer alors que les manchots royaux (Aptenodytes Patagonicus) de Crozet sont étroitement liés au front polaire. Ces structures océanographiques, forcées par la température, gouvernent la distribution et l'abondance des ressources disponibles pour les prédateurs. Le réchauffement de 1 à 3°C prédit par les modèles climatiques pourrait donc avoir des conséquences importantes sur la disponibilité des proies. Ainsi, nos modèles d'habitat prédictifs ont révélé un déplacement de 300 km vers le sud des zones d'alimentation du manchot royal d'ici la fin du 21ème siècle. Un tel changement serait bien au-delà des capacités de recherche alimentaire actuelles des manchots. Malgré les incertitudes liées aux modèles et aux réponses des niveaux trophiques inférieurs, nos résultats suggèrent une forte pression de sélection sur les stratégies d'approvisionnement des oiseaux marins dans les années à venir.

Nourrir les territoires des sociétés urbaines ?Fait alimentaire et fait urbain sont aujourd’hui au cœur d’un faisceau de tensions et de contradictions. Paradoxalement, ils n’étaient plus appréhendés et gérés conjointement. Cette thèse vise à saisir la façon dont l’alimentation peut constituer un prisme au travers duquel le territoire, pris dans le processus de métropolisation, peut être lu mais aussi pensé et géré.Une première partie s’intéresse à l’état des liens entre fait alimentaire et fait urbain dans les territoires et aux potentiels intérêts d’un croisement entre les deux systèmes qui y sont liés à l’heure d’un processus de reterritorialisation du fait alimentaire et de métropolisation du fait urbain. A travers une analyse de la rythmique des croisements successifs entre ces deux systèmes et de leurs évolutions, nous montrons comment le processus de reterritorialisation du fait alimentaire est et peut-être le support d’un monde métropolitain et d’une pensée revisitant conjointement problématiques du système alimentaire et territorial.Une deuxième partie s’attache à l’analyse du traitement des liens entre fait alimentaire et fait urbain à partir du constat d’un défaut d’appréhension du caractère vital et d’approche globale du fait alimentaire. Celui-ci n’est pas saisi comme un champ d’action en soi et est formulé partiellement et de façon éclatée. L’appréhension du fait alimentaire comme problématique publique transversale par les territoires est néanmoins en cours. En France, le prisme dominant d’appréhension est celui de l’action agricole qui évolue vers l’agri-alimentaire. A Lyon, l’arrivée du programme Urbact a permis d’engager les prémices d’une ambition stratégique métropolitaine maillant problématiques alimentaires (accessibilité, qualité, durabilité) et territoriales (gestion de l’agriculture urbaine et périurbaine, logistique territoriale, renouvellement urbain, tissu commercial, action sociale, gestion des espaces publics, développement touristique, développement économique, etc.). Le saisissement et la structuration d’une réflexion ou d’une action territoriale autour de l’alimentation sont caractérisés par une transaction territoriale. Un champ d’action territorial hybride émerge de la constitution d’un fil rouge et de la mise en place d’interactions entre acteurs, thématiques, échelles d’action et espaces autour du fait alimentaire.Ces éléments dégagent des perspectives pour penser la production et l’organisation des régions urbaines en devenir en révélant l’opportunité du fait alimentaire pour une approche transversale des problématiques d’aménagement, de développement, de gouvernance et éventuellement de construction métropolitaine. / Feeding the territories of urban societies?Food and cities are two subjects today at the heart of a bundle relations, tensions and contradictions. Paradoxically, they were not apprehended and managed jointly any longer. This thesis aims to understand how food can be a prism through which the territory as considered in the metropolisation process, can be read but also designed and managed.The first part considers the state of the links between food and the urbanisation process as well as the potential interests of a crossover between the two systems that are related thereto in a time of a reterritorialisation of the food supply and metropolisation of the urban phenomenon. Through an analysis of the rhythm of successive crossovers between these two systems and their evolution, we show how the food in a reterritorialisation process perhaps underpins a thought revisiting jointly the issues of the food and planning system.The second part focuses on the analysis of the treatment of the links between food and the urban system based on the fact that food is not recognised as vital and lacks a comprehensive approach. It is not seen as a field of action in itself. It is formulated partially and in a fragmented manner. The apprehension of food as a public transversal issue by the territories is nevertheless ongoing. In France, the dominant prism of apprehension is that of agricultural action that evolves towards agri-food. In Lyon, the arrival of the Urbact “Sustainable food in urban communities” program helped initiate the beginnings of a metropolitan strategic ambition combining food (accessibility, quality and sustainability) and planning (management of urban agriculture, planning logistics, urban renewal, commercial system, social action, management of public spaces, tourism development, economic development, etc.) issues. The rising awareness and structuring of a reflection or a territorial action around food are characterised by a territorial transaction. A hybrid territorial field of action is emerging from the creation of a red thread and the development of interactions between actors, themes, scales of action and spaces around food.These elements highlight perspectives to consider the production and organisation of urban areas in the making, outlining the importance of the food for a transversal approach to metropolitan planning, governance and possibly construction issues.

Contrairement au requin mako, l´évolution des débarquements de requins peau bleue en Atlantique nord-est a connu une augmentation durant les deux années 2012 et 2013. Les requins vendus à la criée sont majoritairement juvéniles, l´âge de maturité étant tardif chez les deux espèces. Les stratégies alimentaires du peau bleue et du mako ont été étudiées par des analyses des contenus stomacaux associés aux isotopes stables. Le large spectre de proies identifiées confirme le caractère généraliste et opportuniste de leur alimentation. Les résultats indiquent que les céphalopodes sont les proies principales du requin peau bleue et que les téléostéens, en particulier le balaou de l´Atlantique (Scomberesox saurus), sont les principales proies du requin mako. Leur place de prédateurs supérieurs dans l´écosystème marin pélagique a été confirmée par leur niveau trophique à partir, 1) des contenus stomacaux : 4,8 pour le requin bleue et à 5,0 pour le requin mako, et 2) des ratios isotopiques : 5,2 et 5,3 respectivement. Les signatures isotopiques ont montré certaines incohérences en terme de fractionnement entre les requins et leurs principales proies qui peuvent s´expliquer par le caractère opportuniste et migratoire des requins mais également par leur métabolisme. Les teneurs en mercure total (Hg) observées dans la chair consommée des requins peau bleue et requin mako sont, en moyenne, en dessous du seuil limite autorisé par l´Union Européenne (1 mg/kg de chair fraîche). Cependant, les grands individus accumulent des quantités élevées, les requins peau bleue de plus de 248 cm et les requins mako de plus de 178 cm s´avérant majoritairement impropres à la consommation. / Over the past two years, landings of mako have decreased and those of blue shark increased. The sharks landed in a fish market are mainly juvenile, the maturity age being late for both species. Feeding strategies were studied for blue shark and shortfin mako on the basis of stomach content and stable isotope analyses. The high number of identified prey species confirms these sharks’generalist and opportunistic diet. Results showed that cephalopods were the main prey for blue shark, while teleosts, especially Atlantic saury (Scomberesox saurus), were the main prey for shortfin mako. Their top-predator status in the marine pelagic ecosystem was confirmed by their estimated trophic levels from 1) stomach content analyses: 4.8 for blue shark and 5.0 for shortfin mako, and 2) stable isotope ratios: 5.2 and 5.3 respectively. The stable isotope ratios showed some incoherence in fractioning between sharks and their prey. This may be explained by their opportunistic diet and the migratory behaviour of shark, associated with their metabolism. The mercury mean level in the muscle of blue shark and shortfin mako was below the maximum limit allowed by the European Union (1mg/kg fresh meat). However, large sharks showed higher mercury levels. Shark meat was considered unfit for human consumption for blue shark bigger than 248 cm and for shortfin mako bigger than 178 cm. Some tests were undertaken under real longline fishing conditions to investigate ways to reduce shark catches. The results showed that electromagnetic waves were ineffective to reduce catches of blue shark.