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Polymorphisms in G-quadruplex regions of the TP53 tumour suppressor gene : Impact on cancer susceptibility and expression of p53 N-terminal isoforms / Polymorphismes situés dans les régions de type G-quadruplexe du gène suppresseur de tumeur TP53 : Impact sur la susceptibilité au cancer et l’expression des isoformes en N-terminal de p53Sagne, Charlotte 27 November 2013 (has links)
Le gène TP53 est extrêmement polymorphique avec 85 polymorphismes décrits. Certains de ces polymorphismes sont associés à une augmentation du risque de cancer, par exemple rs10425222 peut moduler les fonctions de p53. Cependant, pour d’autres, comme le rs17878362 qui est le polymorphisme intronique le plus étudié, leur association avec une augmentation du riques au cancer est controversée.Pour analyser l’association entre le polymorphisme rs17878362 et la susceptibilité au cancer, nous avons analysé son rôle dans des contextes de cancers sporadiques et familiaux. Les résultats obtenus pour le polymorphisme rs17878362 sont paradoxaux avec une augmentation des cancers sporadiques associée avec le génotype A2A2 alors que l’allèle A2 est associé avec un effet « protectif » chez les patients atteints du syndrome de Li-Fraumeni porteurs d’une mutation germinale de TP53 situé sur l’haplotype A1. Ces observations suggèrent que des haplotypes spécifiques de TP53 pourraient moduler les capacités suppressives de p53. Une hypothèse possible est que les différents haplotypes de TP53 présenteraienrt des mutations somatiques à des fréquences différentes dans la population.De plus, le gène TP53 exprime différentes isoformes, comme le D40p53, inhibant l’activité suppressive de p53. Le D40p53 peut être produite par le maintien de l’intron 2 par épissage alternatif. Nous avons montré que les G-quadruplexes, des structures tridimensionnelles formées dans des régions riches en G, sont formés dans l’intron 3 et régulent la rétention de l’intron 2 et la formation du transcrit p53I2. Nous avons aussi observé que le polymorphisme rs1652785 (localisé dans l’intron 2) semble réguler la stabilité du p53I2. Ces résultats suggèrent que les polymorphismes de TP53 localisés dans une région de 412 pb située entre l’exon 2 et l’exon 4 régulent l’expression des isoformes de p53 dans une séquence temporelle d’évènements en modulant la formation des pré-ARNm (rs17878362), la stabilité des ARNm (rs1642785) et les fonctions protéiques (rs10425222).L’expression des isoformes de p53 est donc finement régulée par des mécanismes impliquant les polymorphismes de TP53 qui sont aussi associés avec une altération dans la susceptibilité au cancer. / The TP53 gene is a highly polymorphic gene with 85 polymorphisms described. Some of these have been associated with an increase of cancer susceptibility, for example rs10425222 that can modulate certain p53 activities. However for others such as rs17878362, the most studied intronic polymorphism, the association with cancer risk is more controversial. To investigate the influence of rs17878362 on cancer susceptibility, we analysed its role in sporadic and familial contexts. The results are paradoxical with an increase of sporadic cancer associated with the rs17878362 A2A2 genotype whereas the rs17878362 A2 allele is associated with a “protective” effect in the context of Li-Fraumeni patients carrying a TP53 germline mutation on an A1 haplotype. These observations suggest that specific TP53 haplotypes could modulate p53’s tumour suppression capacities. A possible hypothesis to explain this could be that somatic mutations are carried on different haplotypes of TP53 present at different allele frequencies in the population. In addition, TP53 is expressed as several protein isoforms, such as D40p53, which inhibits p53’s suppressive activity. D40p53 can be produced from an alternative spliced transcript that retains intron 2. We have shown that G-quadruplexes, tri-dimensional structures formed in G-rich sequences, are formed in intron 3 and regulate the retention of intron 2 and the formation of the p53I2 transcript. We also observed that rs1642785 (located in intron 2) could regulate p53I2’s stability. These results suggest that the TP53 polymorphisms located in a 412 bp region located between exon 2 and exon 4 regulate the expression of p53 isoforms in a temporal sequence of events by modulating the pre-mRNA formation (rs17878362), mRNA stability (rs1642785) and protein functions (rs1042522).p53 isoforms’ expression is thus finely regulated by mechanisms involving TP53 polymorphisms, which are also associated with altered cancer susceptibility.
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Effects of evolutionary changes and mutations on tetramer formation and function in tumor suppressor protein p53Sakaguchi, Shuya 12 1900 (has links)
La protéine p53 répond à divers stress cellulaires pour induire l'apoptose et l'arrêt du cycle cellulaire. Cela permet à p53 de maintenir l'intégrité du génome, et la fonction de p53 est d'une importance capitale dans la suppression de l'oncogenèse cellulaire. En réponse à divers stress, p53 induit une activation transcriptionnelle par stabilisation, tétramérisation et activation. C'est pourquoi des mutations du gène TP53 sont fréquemment trouvées dans tumeurs.
L'homotétramérisation de la protéine p53 via le domaine de tétramérisation est essentielle pour l'expression fonctionnelle de p53, et l'activité transcriptionnelle de p53 est fortement corrélée à la stabilité de la structure tétramérique. p53 a été exprimée depuis les premiers vertébrés jusqu'aux mammifères et aux oiseaux. p53 est en équilibre entre les formes monomériques et tétramériques, et le domaine de tétramérisation de p53 (p53TD) forme une structure ba. En revanche, les poissons tels que le poisson zèbre ont une deuxième hélice dans leurs protéines p63 et p73. p63 et p73 sont des homologues de p53, et il a été démontré que p63 est impliqué dans le développement et la différenciation des organes ectodermiques, et p73 dans le développement du système nerveux. On sait également que p63 et p73 forment des hétérotetrameres pour se réguler négativement l'un l'autre, alors que p53 ne forme pas. Malgré l'importance du rôle de la famille p53 dans l'évolution, les changements dans la stabilité de sa structure tétramérique et leur effet sur sa fonction ne sont pas clairs. C'est pourquoi nous avons tenté d'élucider le mécanisme moléculaire basé sur la structure tétramérique de p53. Dans cette étude, nous avons analysé les effets des mutations dans les tumeurs malignes et des substitutions dans la séquence du domaine de tétramérisation de p53 au cours de l'évolution sur la formation du tétramère, sa stabilité structurelle et la formation d'hétérotétramères, et nous avons étudié le rôle de la fonction de tétramérisation dans les fonctions spécifiques des protéines de la famille p53.
La thèse contient cinq chapitres. Le chapitre 1 décris le rôle de la protéine p53 et du domaine de tétramérisation dans la régulation de son activité. Dans le chapitre 2, je détermine l'importance des effets négatifs dominants des mutations du domaine de tétramérisation de p53 dans le syndrome de Li-Fraumeni (LFS). Chapitre 3 discute des différences entre les espèces en ce qui concerne la stabilité structurelle de p53TD au cours de l'évolution des mammifères et des facteurs qui contribuent à ces différences. Dans le chapitre 4, je discute de la structure et de la stabilité des domaines de tétramérisation de p53 chez plusieurs espèces de vertébrés, et en particulier chez les poissons, ainsi que de l'analyse de la formation de l'hétérotramère p53-p63. Dans le dernier chapitre 5, je donne des conclusions.
En conclusion, ces études permettent de clarifier l'importance de la formation du tétramère p53 dans l'expression fonctionnelle des membres de la famille p53 et les mécanismes moléculaires de stabilité et d'hétérogénéité dans la formation du tétramère. Cette étude apporte de nouvelles perspectives sur la régulation fonctionnelle et l'évolution d'autres protéines multimériques. / The p53 protein responds to various cellular stresses to induce apoptosis and cell cycle arrest. This enables p53 to maintain genome integrity, and p53 function is of paramount importance in the suppression of cellular oncogenesis. In response to various stresses, p53 induces transcriptional activation through stabilization, tetramerization, and activation. Therefore, mutations in the gene TP53 are frequently found in tumors.
The homotetramerization of p53 protein via the tetramerization domain is essential for the functional expression of p53, and p53 transcriptional activity is strongly correlated with the stability of the tetrameric structure. p53 has been expressed from the early vertebrates to mammals and birds. p53 is in equilibrium between monomeric and tetrameric forms, and the p53 tetramerization domain (p53TD) forms a ba structure. In contrast, fish such as Zebrafish have a second helix in their p63 and p73 proteins. p63 and p73 are p53 homologues, and it has been shown that p63 is involved in the development and differentiation of ectodermal organs, and p73 in the development of the nervous system. It is also known that p63 and p73 form heterotetramers to negatively regulate each other, while p53 does not. Despite the importance of the role of the p53 family in evolution, changes in the stability of its tetrameric structure and its effect on its function are not clear. Therefore, we attempted to elucidate the molecular mechanism based on the p53 tetramer structure. In this study, we analyzed the effects of mutations in malignant tumors and substitutions in the p53 tetramerization domain sequence during evolution on tetramer formation, its structural stability, and heterotetramer formation, and investigated the role of the tetramerization function in the specific functions of the p53 family proteins.
The thesis contains five chapters. Chapter 1 describes the role of the p53 protein and the tetramerization domain in regulating its activity. In Chapter 2, I determine the importance of dominant negative effects of mutations in the p53 tetramerization domain in Li-Fraumeni syndrome (LFS). Chapter 3 discusses the species differences in p53TD structural stability in mammalian evolution and the factors that contribute to these differences. In Chapter 4, I discuss the structure and stability of the p53 and p63 tetramerization domains in several vertebrate species, and in particularly fish species, as well the analysis of p53-p63 heterotetramer formation. In the final Chapter 5, I provide the conclusions of this study. In conclusion, these studies help to clarify the importance of the formation of the p53 tetramer in the functional expression of p53-family members and the molecular mechanisms of stability and heterogeneity in tetramer formation. This study provides new insights into the functional regulation and evolution of other multimeric proteins.
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