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Identification et caractérisation des déterminants moléculaires permettant l'assemblage des canaux TRPCsLepage, Pascale January 2008 (has links)
Le Ca[indice supérieur 2+] joue un rôle majeur dans la régulation de processus physiologiques et biochimiques de l'organisme. Chez les cellules non-excitables, les canaux TRPCs ("transient receptor potential canonical") sont impliqués dans l'influx de Ca[indice supérieur 2+] à travers la membrane plasmique. Au début de mes études graduées en 2002, les déterminants moléculaires qui permettent l'assemblage des canaux TRPC n'étaient pas connus.Le but de la présente étude est d'identifier ces déterminants moléculaires chez les TRPCs et de déterminer leur importance dans la tétramérisation du canal. Pour ce faire, nous avons utilisé l'approche des protéines chimériques. Nous avons utilisé TRPC4 et TRPC6 pour générer les protéines chimériques en échangeant les différents domaines de TRPC4 avec les mêmes régions dans TRPC6. Ces deux TRPCs appartiennent à des sous-familles différentes et par conséquent, ils ne forment pas de canaux ensemble. La première partie de l'étude démontre que TRPC4 co-immunoprécipite avec la chimère qui contient les domaines de l'ankyrine et du coiled-coil de TRPC4 introduits dans TRPC6. Ce premier domaine d'assemblage, nommé AD1, comprend donc le N-terminal de TRPC4. La méthode du GST pull-down a permis de diminuer AD1 à deux domaines d'interaction qui contiennent la troisième et quatrième répétition de l'ankyrine et une région en aval du domaine coiled-coil. Un deuxième domaine d'assemblage, nommé AD2, est composé de la région du pore et de la queue C-terminale. Enfin, le N-terminal de TRPC4 ou 6 interagit avec son propre C-terminal. Ainsi les résultats démontrent qu'il existe deux domaines d'assemblage, AD1 et AD2, chez les TRPCs. Dans la deuxième partie de l'étude, nous démontrons que le N-terminal de TRPC4 s'associe avec lui-même in cellulo pour former un tétramère. Cette association avec lui-même du N-terminal de TRPC4 se fait via le domaine de l'ankyrine et de la région en aval du domaine coiled-coil - les deux domaines d'interaction identifiés en N-terminal. Des expériences de GST pull-down, de double-hybride et de dichroïsme circulaire démontrent que ces deux domaines d'interaction s'associent avec eux-mêmes. Ces résultats suggèrent que cette association avec eux-mêmes des deux domaines d'interaction participe à l'assemblage du canal tétramérique. Cette étude a permis d'identifier deux domaines, AD1 et AD2, permettant l'assemblage des canaux TRPC et de caractériser comment AD1 permet la tétramérisation du N-terminal de TRPC4.
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Applications du groupe de renormalisation aux conducteurs unidimensionnels dimérisésMénard, Marc January 2017 (has links)
Ce travail est consacré à différentes applications de la méthode du groupe de renormalisation dans le cadre des conducteurs unidimensionnels dimérisés comme les sels de Fabre et de Bechgaard. La méthode est d'abord utilisée pour produire un diagramme de phase en tenant compte des effets de réseau dans un contexte quart-rempli. Elle est ensuite poussée plus loin pour expliquer la mise en ordre des anions et l'impact d'un alliage ordonné de ces deux familles de sels sur cette mise en ordre. Puis, on utilise sensiblement la même méthode pour décrire la compétition entre la tétramérisation des chaînes dans la phase spin-Peierls et l'ordre de charge. Enfin, elle est poussée encore plus loin pour évaluer la susceptibilité magnétique.
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Effects of evolutionary changes and mutations on tetramer formation and function in tumor suppressor protein p53Sakaguchi, Shuya 12 1900 (has links)
La protéine p53 répond à divers stress cellulaires pour induire l'apoptose et l'arrêt du cycle cellulaire. Cela permet à p53 de maintenir l'intégrité du génome, et la fonction de p53 est d'une importance capitale dans la suppression de l'oncogenèse cellulaire. En réponse à divers stress, p53 induit une activation transcriptionnelle par stabilisation, tétramérisation et activation. C'est pourquoi des mutations du gène TP53 sont fréquemment trouvées dans tumeurs.
L'homotétramérisation de la protéine p53 via le domaine de tétramérisation est essentielle pour l'expression fonctionnelle de p53, et l'activité transcriptionnelle de p53 est fortement corrélée à la stabilité de la structure tétramérique. p53 a été exprimée depuis les premiers vertébrés jusqu'aux mammifères et aux oiseaux. p53 est en équilibre entre les formes monomériques et tétramériques, et le domaine de tétramérisation de p53 (p53TD) forme une structure ba. En revanche, les poissons tels que le poisson zèbre ont une deuxième hélice dans leurs protéines p63 et p73. p63 et p73 sont des homologues de p53, et il a été démontré que p63 est impliqué dans le développement et la différenciation des organes ectodermiques, et p73 dans le développement du système nerveux. On sait également que p63 et p73 forment des hétérotetrameres pour se réguler négativement l'un l'autre, alors que p53 ne forme pas. Malgré l'importance du rôle de la famille p53 dans l'évolution, les changements dans la stabilité de sa structure tétramérique et leur effet sur sa fonction ne sont pas clairs. C'est pourquoi nous avons tenté d'élucider le mécanisme moléculaire basé sur la structure tétramérique de p53. Dans cette étude, nous avons analysé les effets des mutations dans les tumeurs malignes et des substitutions dans la séquence du domaine de tétramérisation de p53 au cours de l'évolution sur la formation du tétramère, sa stabilité structurelle et la formation d'hétérotétramères, et nous avons étudié le rôle de la fonction de tétramérisation dans les fonctions spécifiques des protéines de la famille p53.
La thèse contient cinq chapitres. Le chapitre 1 décris le rôle de la protéine p53 et du domaine de tétramérisation dans la régulation de son activité. Dans le chapitre 2, je détermine l'importance des effets négatifs dominants des mutations du domaine de tétramérisation de p53 dans le syndrome de Li-Fraumeni (LFS). Chapitre 3 discute des différences entre les espèces en ce qui concerne la stabilité structurelle de p53TD au cours de l'évolution des mammifères et des facteurs qui contribuent à ces différences. Dans le chapitre 4, je discute de la structure et de la stabilité des domaines de tétramérisation de p53 chez plusieurs espèces de vertébrés, et en particulier chez les poissons, ainsi que de l'analyse de la formation de l'hétérotramère p53-p63. Dans le dernier chapitre 5, je donne des conclusions.
En conclusion, ces études permettent de clarifier l'importance de la formation du tétramère p53 dans l'expression fonctionnelle des membres de la famille p53 et les mécanismes moléculaires de stabilité et d'hétérogénéité dans la formation du tétramère. Cette étude apporte de nouvelles perspectives sur la régulation fonctionnelle et l'évolution d'autres protéines multimériques. / The p53 protein responds to various cellular stresses to induce apoptosis and cell cycle arrest. This enables p53 to maintain genome integrity, and p53 function is of paramount importance in the suppression of cellular oncogenesis. In response to various stresses, p53 induces transcriptional activation through stabilization, tetramerization, and activation. Therefore, mutations in the gene TP53 are frequently found in tumors.
The homotetramerization of p53 protein via the tetramerization domain is essential for the functional expression of p53, and p53 transcriptional activity is strongly correlated with the stability of the tetrameric structure. p53 has been expressed from the early vertebrates to mammals and birds. p53 is in equilibrium between monomeric and tetrameric forms, and the p53 tetramerization domain (p53TD) forms a ba structure. In contrast, fish such as Zebrafish have a second helix in their p63 and p73 proteins. p63 and p73 are p53 homologues, and it has been shown that p63 is involved in the development and differentiation of ectodermal organs, and p73 in the development of the nervous system. It is also known that p63 and p73 form heterotetramers to negatively regulate each other, while p53 does not. Despite the importance of the role of the p53 family in evolution, changes in the stability of its tetrameric structure and its effect on its function are not clear. Therefore, we attempted to elucidate the molecular mechanism based on the p53 tetramer structure. In this study, we analyzed the effects of mutations in malignant tumors and substitutions in the p53 tetramerization domain sequence during evolution on tetramer formation, its structural stability, and heterotetramer formation, and investigated the role of the tetramerization function in the specific functions of the p53 family proteins.
The thesis contains five chapters. Chapter 1 describes the role of the p53 protein and the tetramerization domain in regulating its activity. In Chapter 2, I determine the importance of dominant negative effects of mutations in the p53 tetramerization domain in Li-Fraumeni syndrome (LFS). Chapter 3 discusses the species differences in p53TD structural stability in mammalian evolution and the factors that contribute to these differences. In Chapter 4, I discuss the structure and stability of the p53 and p63 tetramerization domains in several vertebrate species, and in particularly fish species, as well the analysis of p53-p63 heterotetramer formation. In the final Chapter 5, I provide the conclusions of this study. In conclusion, these studies help to clarify the importance of the formation of the p53 tetramer in the functional expression of p53-family members and the molecular mechanisms of stability and heterogeneity in tetramer formation. This study provides new insights into the functional regulation and evolution of other multimeric proteins.
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